ANGULOS DE TORSIÓN

La figura de abajo muestra los tres ángulos de torsión principales del enlace peptídico o de un
polipéptido: phi (F), psi (Y), y omega (W).

La planaridad del enlace peptídico es de 180º en casi todos los enlaces

peptídicos de la cadena principal. Solo en raros casos es de 10º para
un enlace peptídico cis  el cual implica un residuo de prolina.

GRÁFICO DE RAMACHANDRAN

En la cadena polipeptídica los enlaces N-C y C-C tienen libre

rotación. Estas rotaciones están representadas por los ángulos de
torsión phi () y psi (), respectivamente.

GN Ramachandran, científico hindú, uso modelos de pequeños

polipéptidos para variar sistemáticamente estos ángulos con el objeto
de encontrar conformaciones estables. Para cada una de las
conformaciones, la estructura fue examinada para detectar los
contactos cercanos entre los átomos. Los átomos fueron considerados
como esferas rígidas con dimensiones correspondientes a su radio de
van der Waals. Por lo tanto, los ángulos que causaban una colisión de
las esferas correspondían a ángulos prohibidos y correspondían a
conformaciones no permitidas de la cadena polipeptídica.
En el diagrama anterior las zonas blancas corresponden a conformaciones donde los átomos del
polipeptido están más cercanos que sus radios de van der Waals. Estas regiones son estericamente
no permitidas para todos los aminoácidos, excepto para Glicina, el cual es el único aminoácido que
no presenta cadena lateral. Las regiones rojas corresponden a conformaciones donde no hay
impedimentos estericos, es decir estas son zonas permitidas llamadas conformaciones a-hélices y
Hojas-b. Las zonas amarillas muestran las regiones permitidas sí en los cálculos se usan radios van
der Waals ligeramente más pequeños, es decir se permite que los átomos puedan estar un poco
mas cercanos. Esto origina una nueva región que corresponde a una hélice con giro hacia la
izquierda. Los L-aminoácidos no pueden formar una hélice con giro a la izquierda pero
ocasionalmente residuos individuales pueden adoptar esta conformación. Estos residuos
generalmente son glicina pero también pueden ser asparragina y acido aspártico en los que la
cadena lateral forma un puente hidrógeno con la cadena principal y así estabiliza esta
conformación desfavorable. La hélice 310 se presenta en el extremo superior-derecho de la región
helicoidal y esta en el extremo de la región permitida lo que indica su baja estabilidad

Las regiones no permitidas generalmente involucran impedimentos

estericos entre el carbono metilénico de la cadena lateral y los átomos
de la cadena principal. La Glicina no tiene cadena lateral y por lo tanto
puede adoptar ángulos phi y psi en los cuatro cuadrantes del gráfico
de Ramachandran. Por esto ellas aparecen en regiones de vueltas de la
proteína donde cualquier otro residuo estaría estericamente impedido.

Abajo se presenta un gráfico de Ramachandran de una proteína que

contiene casi exclusivamente hojas betas (puntos amarillos) y solo una
hélice (puntos rojos). Note que solo algunos residuos están fuera de
las regiones permitidas; siendo la mayoría de ellos Glicinas ( marcados
como un cuadrado en vez de una cruz).

Observe el efecto de cambios menores en los ángulos Phi y Psi:

primero para phi -120, psi 120; luego un cambio en phi, phi -90, psi
120; ahora un cambio en psi, phi -120, psi 90.
ESTRUCTURA SECUNDARIA

Las diferentes zonas de la cadena polipeptídica pueden adoptar

ordenamientos regulares de sus ángulos phi y psi, lo que origina las
llamdas estructras secundarias regulares. Se describen tres tipos de
estas estructuras: Las hélices, las estructuras extendidas y las
vueltas.

LA -HÉLICE.

Desarrollo de un modelo de estructura de una -hélice.

Pauling y Corey tomaron cadenas polipeptídicas modelos y los plegaron

de forma de obtener plegamientos regulares de la cadena de modo que
pudieran explicar los datos de difracción de la -queratina . El
plegamiento más simple y elegante fue una conformación en espiral a
la derecha conocida como -hélice.
Propiedades de la a-hélice.

La estructura se repite cada 5.4 Å a lo largo del eje de la hélice, es decir, diremos que la hélice
tiene un paso de 5.4 Å. Las a-hélices tienen 3.6 residuos de aminoácidos por vuelta, es decir una
hélice con 36 residuos podría formar 10 vueltas. La separación de los residuos a lo largo del eje de
la hélice es 5.4/3.6 o 1,5; en otras palabras la hélice tiene un avance de1.5 Å.

Cada grupo C=O y N-H de la cadena principal establece un puente hidrógeno con un enlace
peptídico 4 residuos por adelante. (i.e. Oi a N i+4). Esto da un ordenamiento estable.

Los planos del enlace peptídico están semi paralelos con el eje de la hélice y los dipolos dentro de
la hélice están alineados, es decir todos los grupos C=O apuntan en la misma dirección y todos los
grupos N-H apuntan en la otra dirección. Las cadenas laterales apuntan afuera de la hélice y
generalmente se orientan hacia el extremo N-terminal de la hélice.

Todos los aminoácidos tienen phi y psi con valores negativos, valores típicos son -60º y -50º,
respectivamente.

Distorsiones en la a-hélice.

La mayoría de las a-hélices en proteínas globulares están curvadas o distorsionadas si se comparan

con el modelo estándar de Pauling-Corey. Estas distorsiones se originan por varios efectos, entre
los cuales se incluyen:

El empaquetamiento de las hélices internas contra otros elementos de estructura secundaria en el

interior de la proteína.

Los residuos de Prolina inducen una distorsión de alrededor de 20º en la dirección del eje de la
hélice. Esto es debido a que la prolina no puede formar una a-hélice regular, por el impedimento
estérico originado por su cadena lateral cíclica, la cual también bloquea el átomo de N de la
cadena principal y químicamente previene su participación en la formación de un puente
hidrógeno. Janet Thornton ha demostrado que la prolina en la hélice causa la ruptura de dos
puentes hidrógenos ya que el grupo NH del residuo siguiente tampoco puede participar en la
formación de puente hidrógeno. Las hélices que contiene prolinas son generalmente largas quizás
debido a que hélices cortas serían mayormente desestabilizadas por la presencia de prolinas. Las
prolinas generalmente se encuentran en regiones extendidas de la cadena polipeptídica.

Solvente. Las hélices expuestas, a menudo, son curvadas alejándose de la región del solvente. Esto
es debido a que los grupos C=O expuestos tienden a apuntar hacia el solvente para maximizar su
capacidad de formar puentes hidrógeno, es decir tienden a formar puentes hidrógeno con el
solvente además de los puentes con los grupos NH. Esto da origen a una curvatura del eje de la
hélice.
HÉLICES 310.

Estrictamente estás forman una clase de hélices distintas pero son cortas y frecuentemente
aparecen en la región terminal de las a-hélices. El nombre El nombre 310 se origina porque hay
tres residuos por vuelta y diez átomos forman el anillo que se forma con cada puente hidrógeno
(nótese que también se incluye el Hidrógeno formando parte del anillo). Hay puente hidrógeno
entre los átomos de la cadena principal de residuos separados por tres unidades a lo largo de la
cadena ( es decir, Oi a N i+3). En esta nomenclatura de Pauling-Corey la a-hélice es una hélice
3.613-.Los dipolos de la hélice 310 no están alineados como en la a-hélice, es decir es una
estructura menos estable y el empaquetamiento de las cadenas laterales es menos favorable.
LA ESTRUCTURA 

Pauling y Corey encontraron un modelo para las estructuras de

proteínas fibrilares conocidas como -queratinas. En esta
conformación el polipeptido no forma una estructura al azar, por el
contrario forma un zigzag en una conformación más extendida que
la -hélice. Los residuos de aminoácidos en la
conformación  presentan ángulos  negativos y ángulos  positivos.
Los valores típicos son  = -140º y  = 130º. Por el contrario los
residuos en conformación -hélice tienen ambos  y  negativos. Una
sección del polipeptido con residuos en conformación , es llamado
como una hebra- y estas hebras pueden asociarse por medio de
puentes de hidrógeno para formar una hoja-.

En una hoja- dos o más cadenas polipeptidicas corren a lo largo una

de la otra y están unidas de forma regular por puentes de hidrógeno
entre los grupos C=O y N-H de la cadena principal. Por lo tanto los
puentes de hidrógeno en una hoja- son entre diferentes segmentos
de la cadena polipeptidica. Esto contrasta con la -hélice donde los
puentes de hidrógeno involucran el mismo elemento de estructura
secundaria, es decir una misma zona de la cadena polipeptídica. En la
hoja- los grupos R, o cadenas laterales de los residuos vecinos
apuntan en direcciones opuestas.

Imaginemos dos hebras paralelas a esta, una sobre el plano de la

pantalla y otra atrás, es posible visualizar como se origina la
apariencia plegada de la hoja. Note que los grupos del enlace peptídico
de residuos adyacentes apuntan en direcciones opuestas mientras que
en las hélices los enlace peptídicos apuntan en el mismo sentido.

La distancia axial entre los residuos adyacentes es 3.5 Å. Hay dos

residuos por unidad de repetición los cual le da a la hebra-  una
periodicidad de 7 Å. Esto comparado con la -hélice donde la distancia
axial entre residuos adyacentes es solamente 1.5 Å nos muestra
claramente que los polipeptidos en conformación b son bastante más
extendidos que los polipeptidos en conformación helicoidal.

Hojas- Paralelas, anti-paralelas y mixtas.

En las hojas- las hebras corren en una dirección mientras que en las

hebras anti-paralelas estas corren en direcciones opuestas. En las
hojas mixtas algunas hebras están paralelas y otras anti-paralelas
Abajo se presenta un diagrama de una hoja- de ocho hebras
antiparalelas, que esta formada por dos zonas de la proteína. Se
enfatiza el alto orden y la regularidad de los puentes de hidrógeno
entre NH y CO de las cadenas principales de las hebras
constituyentes.

Las hebras- son muy comunes en las proteínas globulares y la mayoría

contiene menos de 6 hebras. El ancho de una hoja- de seis hebras es
de aproximadamente 25 Å. No se observa preferencia por hebras
paralelas o antiparalelas, pero las hebras paralelas con menos de
cuatro hebras son raras, quizás reflejando su baja estabilidad. Las
hojas tienden a ser paralelas o antiparalelas, pero también se
presentan hojas mixtas.

El modelo de Pauling-Corey de las hojas- es plano. Sin embargo, la

mayoría de las hojas- encontradas en las estructuras cristalinas
proteínas globulares son torcidas. Esta torsión es hacia la izquierda
como se muestra en este esquema . La torsión total de la hoja resulta
de la rotación relativa de cada residuo de la hebra en 30 grados en
sentido horario (hacia la derecha).

Las hojas paralelas son menos torcidas que la hojas antiparalelas y

siempre están internas. Por el contrario, las hojas antiparalelas
pueden soportar mayores distorsiones (torsiones y nudos-) y son más
expuestas al solvente. Esto implica que las hojas antiparalelas son más
estables que las paralelas lo cual es consistente tanto con la
geometría de los puentes de hidrogeno como con el hecho que hebras
paralelas pequeñas son escasas.

VUELTAS REVERSAS

Una vuelta reversa es la región de la cadena polipeptidica que tiene un

puente de hidrógeno desde el oxígeno del grupo carbonilo de la cadena
principal hasta el grupo NH del residuo que se encuentra 3 posiciones
más adelante en la cadena ( es decir Oi a Ni+3). Las regiones
helicoidales están excluidas de esta definición y las vueltas entre las
hebras-forman una clase especial de vueltas conocidas como
horquillas- (ver capítulo siguiente). Las vueltas reversas son muy
abundantes en las proteínas globulares y generalmente aparecen en la
superficie. Se ha sugerido las regiones de vueltas actúan como
centros de nucleación durante el plegamiento de las proteínas.

Las vueltas reversas están divididas en clases de acuerdo al valor de

los ángulos  y  de los residuos en las posiciones i+1 e i+2. Los tipos I
y II que se muestran en la figura de más abajo son las vueltas
reversas más comunes la diferencia esencial entre ellas es la
orientación del enlace peptídico entre los residuos i+1 e i+2.
Los ángulos de torsión para los residuos i+1 e i+2 en los dos tipos de
vueltas están en distintas regiones del gráfico de Ramachandran.
Note que el residuo i+2 de la vuelta reversa del tipo II cae en una
región del gráfico de Ramachandran que solo puede ser ocupado por
residuos de glicina. A partir del diagrama de este tipo de vuelta se
puede ver que si el residuo i+2 posee cadena lateral, esta podría
presentar impedimentos estéricos con el oxígeno carbonílico del
residuo precedente. De esto se deduce que el residuos i+2, en la
vueltas reversas del tipo II, siempre es glicina.