UNIVERSIDAD MILITAR NUEVA GRANADA

RUTAS METABÓLICAS

TRANSDUCCIÓN Y ALMACENAMIENTO DE LA ENERGÍA

OBJETIVOS:

● Aprender qué es el metabolismo y qué es una ruta metabólica

● Identificar la importancia de la glucólisis y la gluconeogénesis, cuáles son los
puntos de regulación y sus diferencias
● Conocer el ciclo del ácido cítrico e identificar su importancia dentro de los
organismos vivos

MARCO TEÓRICO

Metabolismo

El metabolismo está relacionado con procesos que mediante un conjunto muy ordenado de
reacciones químicas permiten que las células puedan obtener energía y generar los
componentes fundamentales de las macromoléculas para la síntesis de múltiples
macromoléculas que necesita un organismo.

En uno de los organismos más sencillos que existen E. coli, se presentan más de un millar
de reacciones químicas. Sin embargo, aún cuando pueden parecer muchas reacciones, el
metabolismo está diseñado de tal forma que presenta muchos aspectos comunes, como lo
es el uso del ATP (Adenosín Trifosfato) y la aparición repetitiva de un número limitado de
intermediarios activados. De hecho, un grupo de solamente unas 100 moléculas
desempeñan un papel central en todas las formas de vida.

El metabolismo está constituido por muchas reacciones acopladas e

interconectadas

Los seres vivos necesitan un suministro continuo de energía libre para 3 fines principales

1. La realización de trabajo mecánico en la contracción muscular y otros movimientos

celulares
2. El transporte activo de iones y moléculas
3. La síntesis de macromoléculas y otras biomoléculas a partir de precursores
sencillos.
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La energía libre se extrae del entorno, los organismos fotosintetizadores o fotótrofos utilizan
la energía de la luz solar, mientras que los quimiotrofos (animales incluidos), obtienen su
energía química mediante la oxidación de las reservas alimenticias generadas por los
fotótrofos.

El metabolismo consiste en una serie de reacciones químicas interconectadas que

comienzan con una molécula en particular y la transforman en otra u otras moléculas
siguiendo una vía bien definida, tal es el caso del metabolismo de carbohidratos, de lípidos,
de carbohidratos, de aminoácidos, de cofactores y vitaminas, entre otros.

GLUCÓLISIS Y GLUCONEOGÉNESIS

La glucólisis es la secuencia de reacciones que convierte una molécula de glucosa en dos

moléculas de piruvato con la producción neta concomitante de dos moléculas de ATP. Este
proceso es anaeróbico (es decir, no requiere O2). El piruvato luego puede tomar dos rutas,
una de ellas anaeróbica para la formación de lactato (fermentación láctica), proceso dado
en los músculos o para la formación de etanol (fermentación alcohólica), proceso generado
en las levaduras; y la otra es en condiciones aeróbicas, a través del ciclo del ácido cítrico o
ciclo de Krebs, donde el piruvato puede oxidarse completamente a CO2 y generar mucho
más ATP (fuente de energía principal para la mayoría de los procesos celulares) (Figura 1).

Figura 1. Diagrama de rutas metabólicas de carbohidratos en células eucarióticas.

Al ser la glucosa un combustible tan importante, ciertos productos del metabolismo como el
piruvato o el lactato, pueden recuperarse para sintetizar glucosa en el proceso de
gluconeogénesis. Aunque estas dos vías tienen algunas enzimas comunes, no son una la
inversa de la otra, son dos vías diferentes que están controladas por señales intercelulares
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e intracelulares, y están reguladas recíprocamente, de tal forma que ni la glucólisis ni la

gluconeogénesis, se dan de manera simultánea dentro de la misma célula.

La glucólisis es una ruta de conversión de energía

Esta ruta es común a prácticamente todas las células, tanto procariotas como eucariotas.
En las células eucarióticas la glucólisis tiene lugar en el citoplasma, y esta ruta puede
dividirse en tres etapas (Figura 2).

Etapa 1: conversión de la glucosa en fructosa 1,6-bisfosfato, costa de 3 pasos: una

fosforilación, una isomerización y una segunda reacción de fosforilación. Este paso es
fundamental para atrapar la glucosa dentro de la célula y generar una molécula que pueda
escindirse fácilmente en unidades fosforiladas de 3 átomos de carbono.

Etapa 2: Es la ruptura de la fructosa 1,6-bisfosfato en dos fragmentos de 3 carbonos. Estas

unidades resultantes de 3 carbonos son fácilmente interconvertibles.

Etapa 3: se genera ATP neto cuando los fragmentos de 3 carbonos se oxidan a piruvato.
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ETAPA 1

ETAPA
ETAPA2 2

ETAPA 3
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Figura 2. Etapas de la glucólisis. Esta ruta puede dividirse en tres etapas: (1) la glucosa es atrapada y se
desestabiliza; (2) la fructosa de 6 carbonos se rompe y da lugar a dos moléculas interconvertibles de 3 carbonos; y
(3) se genera ATP.

La gluconeogénesis no es la simple inversión de la glucólisis

En la glucólisis la glucosa, se convierte en piruvato; en la gluconeogénesis, el piruvato se

convierte en glucosa. Sin embargo, la gluconeogénesis no es el proceso inverso de la
glucólisis. Varias reacciones deben ser diferentes, dado que la glucólisis tiene 3 pasos
claramente irreversibles catalizados por la hexoquinasa, la fosfofructoquinasa y la piruvato
quinasa.

En la gluconeogénesis, estas reacciones de la glucólisis, prácticamente irreversibles, se

evitan sustituyendolas por 3 reacciones nuevas (las cuales serán analizadas más adelante,
en la parte experimental de esta práctica).

La glucólisis y la gluconeogénesis se regulan de forma recíproca

Cuando una de estas rutas es muy activa, la otra es relativamente inactiva. Los puntos clave
de control son la fosfofructoquinasa y la fructosa 1,6 bisfosfatasa. La fructosa 2,6 bisfosfato,
una molécula-señal intracelular, presente en altos niveles cuando abunda la glucosa, activa
la glucólisis e inhibe la gluconeogénesis. La piruvato quinasa y la piruvato carboxilasa se
regulan mediante otros efectores, de modo que ambas no pueden presentar la actividad
máxima al mismo tiempo.

EL CICLO DEL ÁCIDO CÍTRICO O CICLO DE KREBS

La glucólisis permite obtener ATP a partir de glucosa en condiciones anaerobias; sin

embargo, sólo aporta una pequeña parte de todo el ATP que puede proporcionar esta
molécula. La mayor parte del ATP se obtiene mediante la transformación aeróbica de la
glucosa, a través del ciclo del ácido cítrico también conocido como ciclo del ácido
tricarboxílico o ciclo de Krebs. Este ciclo es la ruta final común para la oxidación de las
moléculas energéticas: carbohidratos, ácidos grasos y aminoácidos. La mayoría de las
moléculas energéticas entran en el ciclo como acetil-coenzima A. En los eucariotas este
ciclo se lleva a cabo dentro de la mitocondria, en tanto que la glucólisis se lleva a cabo en
el citoplasma. Este ciclo también permite obtener precursores de biomoléculas importantes,
tales como las bases de los nucleótidos, las proteínas y los grupos hemo.

La piruvato deshidrogenasa conecta la glucólisis con el ciclo del ácido cítrico

Los carbohidratos, principalmente la glucosa, son procesados en la glucólisis hasta

piruvato. En condiciones anaerobias, dependiendo del organismo, el piruvato se transforma
en ácido láctico o en etanol. En condiciones aerobias, el piruvato es transportado al interior
de la mitocondria mediante una proteína transportadora específica, integrada en la
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membrana mitocondrial. En la matriz mitocondrial, el piruvato sufre una descarboxilación

oxidativa mediante el complejo piruvato deshidrogenasa para dar acetil-CoA.

Piruvato + CoA + NAD+ acetil-CoA + CO2 + NADH + H+

Esta reacción irreversible es la conexión entre la glucólisis y el ciclo del ácido cítrico.

La entrada en el ciclo del ácido cítrico y sus reacciones están controladas

El ciclo del ácido cítrico opera solamente en condiciones aeróbicas porque requiere el
suministro de NAD+ y FAD. La irreversible formación de acetil-CoA a partir de piruvato es
un punto de regulación importante para la entrada en el ciclo del piruvato derivado de la
glucosa. La actividad del complejo piruvato deshidrogenasa está estrictamente controlada
mediante fosforilación reversible. La velocidad del ciclo del ácido cítrico depende de las
necesidades de ATP. En los eucariotas, otro punto importante de control es la regulación
de la actividad de dos enzimas del ciclo. Una carga energética elevada disminuye la
actividad de la isocitrato deshidrogenasa y de la α-cetoglutarato deshidrogenasa. Estos
mecanismos se complementan entre sí, reduciendo la velocidad de formación de acetil-CoA
cuando la carga energética de las células es alta y cuando los intermediarios biosintéticos
son abundantes.

Las reacciones relacionadas con el ciclo del ácido cítrico serán estudiantes más adelante
en la parte experimental de esta guía.

Bases de datos de rutas metabólicas

Actualmente existen diferentes bases de datos de rutas metabólicas, a continuación, se

explican algunas de ellas

KEGG KEGG (Enciclopedia de genes y genomas de Kyoto) es una de las bases

de datos más completas y ampliamente utilizadas que contiene rutas
metabólicas (372 rutas de referencia) de una amplia variedad de
especies (> 700). Estas vías están vinculadas a la información de
metabolitos y proteína_complejo/enzima. Actualmente, KEGG tiene más
de 15.000 compuestos (de animales, plantas y bacterias), 7742 fármacos
(incluidas diferentes formas de sal y portadores de fármacos) y casi
11.000 estructuras de glucanos.
https://www.genome.jp/kegg/
MetaCyc Es una base de datos de vías metabólicas no redundantes, esclarecidas
experimentalmente. MetaCyc contiene más de 1.100 vías de más de
1.500 especies diferentes. MetaCyc está curado de la literatura científica
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experimental y contiene vías involucradas en el metabolismo primario y

secundario, así como en compuestos, enzimas y genes asociados.
https://metacyc.org/
HumanCyc Es una base de datos bioinformática que describe las vías metabólicas
humanas y el genoma humano. La versión actual de HumanCyc se
construyó utilizando Build 31 del genoma humano. La base de datos de
vías / genomas (PGDB) resultante incluye información sobre 28.783
genes, sus productos y las reacciones y vías metabólicas que catalizan.
https://humancyc.org/

BioCyc Es una colección de 371 bases de datos de ruta metabólica/Genoma.

Cada base de datos de la colección BioCyc describe el genoma y las
vías metabólicas de una sola especie. Las bases de datos dentro de la
colección BioCyc están organizadas en niveles según la cantidad de
revisión manual y actualización que hayan recibido. Las bases de datos
de nivel 1 se han creado mediante esfuerzos manuales intensivos e
incluyen EcoCyc, MetaCyc y BioCyc Open Compounds Database
(BOCD). BOCD incluye metabolitos, activadores enzimáticos,
inhibidores y cofactores derivados de cientos de especies. Las bases de
datos de Nivel 2 y Nivel 3 contienen vías metabólicas predichas
computacionalmente, así como predicciones sobre qué genes codifican
las enzimas faltantes en las vías metabólicas y los operones predichos.
https://biocyc.org/

RiceCyc Para plantas también se encuentran bases de datos específicas para

arroz (https://archive.gramene.org/pathway/ricecyc.html) y para maíz
MaizeCyc (https://archive.gramene.org/pathway/maizecyc.html).
Reactome Es una base de conocimientos curada y revisada por pares de vías
biológicas, incluidas las vías metabólicas, así como las vías de
señalización y tráfico del complejo de proteínas. Reactome incluye varios
tipos de reacciones en su colección de diagramas de ruta, incluidas
reacciones confirmadas experimentalmente, inferidas manualmente e
inferidas electrónicamente. Reactome tiene datos de rutas de más de 20
especies diferentes, pero la principal especie de interés es el Homo
sapiens. Reactome tiene datos y diagramas de vías para> 2700
complejos de proteínas, 2800 reacciones y 860 vías para humanos.
https://reactome.org/
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También tiene un espacio donde se pueden encontrar las rutas

metabólicas de las plantas
http://plantreactome.oicr.on.ca/index.php?lang=en

WikiPathways Es una plataforma colaborativa abierta dedicada a la curación de vías

biológicas. Se basa en el software de código abierto MediaWiki utilizado
por Wikipedia, junto con una herramienta de edición de rutas gráficas
personalizada y bases de datos integradas que cubren los principales
genes, protein_complex y sistemas de moléculas pequeñas.
WikiPathways contiene actualmente 544 vías específicas de especies
para humanos, ratones, ratas, peces cebra, moscas de la fruta, gusanos
y levaduras.
https://www.wikipathways.org/

También tiene un espacio donde se pueden encontrar las rutas

metabólicas de las plantas
https://www.wikipathways.org/index.php/Portal:Plants

Actividades

1. La primera ruta metabólica que va a ser estudiada es la glucólisis, para ello vamos
a ingresar a Reactome (https://reactome.org/), y luego entrar al buscador de rutas.

Figura 3. Base de datos para redes metabólicas (Reactome).

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Allí vamos a encontrar una serie de rutas metabólicas de interés que pueden ser exploradas
con detalle, según el interés de cada estudiante. Para la práctica experimental nos
centraremos en la glucólisis, para ello en la parte superior vamos a seleccionar la especie
Homo sapiens. Luego en el panel izquierdo vamos a seleccionar metabolism, y dar click en
el diagrama de flujo para ver una imagen que muestra todas las redes metabólicas.

Figura 4. Rutas metabólicas para Homo sapiens.

Luego ir a glucólisis para obtener toda la ruta metabólica y así poder resaltar en ese
diagrama las diferentes reacciones que fueron mostradas en la figura 2. En este punto se
puede hacer zoom, buscar la enzima o molécula de interés y ver su estructura en la parte
inferior. Revisar cada una de las opciones y escribir la información de mayor interés frente
a esta ruta metabólica. Exportar todo el diagrama en formato PNG (Figura 5).
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Figura 5. Glucólisis y Gluconeogénesis en Homo sapiens.

2. Se realizará la comparación entre la glucólisis y la gluconeogénesis para poder

identificar las enzimas que son exclusivas de esta última.

En la gluconeogénesis, las reacciones que son prácticamente irreversibles en la

glucólisis son sustituidas por las siguientes nuevas reacciones:

a. El fosfoenolpiruvato se forma a partir del piruvato vía oxalacetato por la acción

de la piruvato carboxilasa y la fosfoenolpiruvato carboxiquinasa.
b. La fructosa 6-fosfato se forma a partir de fructosa 1,6-bisfosfato por hidrólisis del
éster fosfato en el carbono 1. Esta hidrólisis es catalizada por la fructosa 1,6-
bisfosfatasa.
c. Por hidrólisis de la glucosa 6-fosfato se forma glucosa, en una reacción
catalizada por la glucosa 6-fosfatasa.

Empleando Reactome ubiquen estas tres reacciones en la red metabólica correspondiente

a la gluconeogénesis, pueden marcarlas en el diagrama que descargaron en PNG. También
deben escribir las reacciones donde se ven implicadas estas enzimas. Compararlas con las
reacciones que se dan en la ruta metabólica de la glucólisis.

3. En el caso de las plantas como se mostró previamente se encuentran algunas bases

de datos específicas para arroz y para maíz, en este caso vamos a emplear las
siguientes bases de datos (https://archive.gramene.org/pathway/maizecyc.html y
https://archive.gramene.org/pathway/ricecyc.html). Entraremos en Pathways
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(Figura 6) y luego ingresaremos a Biosynthesis, carbohydrates Biosynthesis, sugars

Biosynthesis, gluconeogenesis y luego damos click en el último gluconeogénesis
(Figura 7). Allí vamos a poder observar esta ruta metabólica, vamos a hacer lo
mismo para arroz y para maíz, y se comparará esta ruta en las dos especies, se
debe dar click en more details para poder observar bien toda la información. ¿Son
iguales o son diferentes? ¿Cuáles son las enzimas implicadas en esta ruta?, cuál
es la diferencia con la ruta observada previamente para Homo sapiens?

Figura 6. Base de datos de rutas metabólica para arroz

Figura 7. Ruta de acceso para la gluconeogénesis en las bases de datos para plantas (arroz y maíz)

4. La ruta del ácido cítrico se va a estudiar más a fondo a través de la plataforma

https://www.wikipathways.org/. Allí se debe buscar la ruta metabólica como TCA, y
se descargaran las imágenes del TCA para Homo sapiens y para Arabidopsis
thaliana. Comparar las reacciones, tener en cuenta el número de pasos y las
enzimas implicadas en la ruta. Indicar si existen diferencias y de ser así, marcar en
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que puntos se dan estar diferencias. ¿Cuánto ATP se puede obtener a partir de una
molécula de citrato al terminar el ciclo del ácido cítrico?.

Escribir la reacción que permite conectar la glucólisis con el ciclo del ácido cítrico,
para obtener Acetil-CoA a partir de piruvato y la reacción que permite obtener citrato
a partir del Acetil-CoA.

Referencias:

1. Berg, J. M., Tymoczko, J. L., & Stryer, L. (2008). Bioquímica. Sexta edición. Editorial
Reverté. Capítulos 15 y 16.
2. Jaiswal P., Usadel B. (2016) Plant Pathway Databases. In: Edwards D. (eds)
Plant Bioinformatics. Methods in Molecular Biology, vol 1374. Humana Press,
New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3167-5_4