Proyecto 11 v-01

Identificación de marcadores
moleculares asociados con la

resistencia a roya naranja causada
por Puccinia kuehnii Krüger en
variedades de caña de azúcar
Eliana Andrea Rincón
Universidad Nacional de Colombia

Facultad de Ciencias Agropecuarias, escuela de Posgrados
Palmira Valle del Cauca, Colombia
2021
Identificación de marcadores
moleculares asociados a la resistencia a
roya naranja causada por Puccinia
kuehnii Krüger en variedades de caña de
azúcar
Eliana Andrea Rincón
Proyecto de investigación presentado como requisito parcial para optar al título de:
Doctor en Ciencias Agrarias en la línea de Protección de Cultivos
Directores:
Jhon Jaime Riascos, Biólogo (Ph.D.)
Fredy Antonio Salazar, Ingeniero agrónomo (Ph.D.)
Jaime Eduardo Muñoz, Ingeniero agrónomo (Ph.D.)
Comité Asesor:
Fernando Silva, Ingeniero agrónomo (Ph.D.)

Jershon López, Biólogo (Ph.D.)
Luis Orlando López, Ingeniero agrónomo (Ph.D.)
Juan Carlos Ángel, Ingeniero agrónomo (M.Sc.)
Línea de Investigación:
Protección de Cultivos
Universidad Nacional de Colombia

Contenido IV
Facultad de Ciencias Agropecuarias, Escuela de Posgrados

Palmira Valle del Cauca, Colombia
2021
Contenido
Pág.
1. Introducción...............................................................................................................8
1.1 Planteamiento del problema y justificación..........................................................8
1.2 Objetivos............................................................................................................ 12
1.3 Pregunta de Investigación.................................................................................13
1.4 Hipótesis............................................................................................................ 13
2. Revisión de literatura..............................................................................................14
2.1 Estado del arte y marco teórico.........................................................................14
2.1.1 La caña de azúcar..........................................................................................14
2.1.2 Resistencia a roya naranja..............................................................................22
2.1.3 Marcadores moleculares.................................................................................27
2.1.4 Técnicas de secuenciación de nueva generación...........................................28
3. Materiales y Métodos..............................................................................................31
3.1 Localización.......................................................................................................31
3.2 Material vegetal.................................................................................................31
3.3 Caracterización fenotípica de la resistencia a roya naranja...............................34
3.3.1 Obtención del material vegetal........................................................................34
3.3.2 Obtención y preparación del inóculo...............................................................35
3.3.3 Inoculación......................................................................................................36
3.3.4 Evaluación......................................................................................................37
3.3.5 Diseño experimental.......................................................................................38
3.4 Identificación de marcadores moleculares asociados a la resistencia a roya
naranja......................................................................................................................... 38
3.5 Validación preliminar de los marcadores moleculares identificados...................40
3.5.1 Material vegetal...............................................................................................40
3.5.2 Fenotipificación del material de validación......................................................40
3.5.3 Extracción de ADN..........................................................................................41
3.5.4 Genotipificación de la población de validación................................................41
3.5.5 Determinación de la precisión y de la eficiencia de los marcadores
moleculares seleccionados........................................................................................44
4. Presupuesto............................................................................................................. 45
5. Bibliografía............................................................................................................... 48
Lista de Figuras
Figura 1. Planta de caña de azúcar.................................................................................15
Figura 2. Roya naranja causada por P. kuehnii Krüger...................................................17
Figura 3. Roya café causada por P. melanocephala H. y P. Sydow................................18
Figura 4. Carbón causado por S. scitamineum...............................................................18
Figura 5. Virus del mosaico.............................................................................................19
Figura 6. Virus de la hoja amarilla...................................................................................20
Figura 7. Raquitismo de la soca causada por Leifsonia xily subsp. Xyli..........................20
Figura 8. Escaldadura de la hoja causada por Xanthomonas albilineans........................21
Figura 9. Proceso para la obtención del material vegetal................................................34
Figura 10. Obtención del inóculo e inoculación...............................................................36
Figura 11. Protocolo de la técnica Droplet Digital PCR (dd PCR)....................................43
Lista de Tablas
Tabla 1. Descriptores morfo-agronómicos evaluados para la selección del material de
referencia......................................................................................................................... 31
Tabla 2. Introducciones del material de referencia..........................................................32
Tabla 3. Escala propuesta para evaluación de severidad................................................37
Tabla 4. Calificación de la reacción de variedades de caña de azúcar a la roya café y
roya naranja..................................................................................................................... 38
Tabla 5. Presupuesto.......................................................................................................45
Glosario
Agricultura específica por sitio: manejo agronómico de acuerdo a las
condiciones edafoclimáticas.
ARE: Azúcar estimada recuperable.
Asses 2.0: Software para el análisis de imágenes de la Sociedad Americana
de Fitopatología.
ATR: Azúcares reductores totales.
Banco de germoplasma: Lugar destinado a la conservación de la diversidad
genética de un cultivo y de sus especies silvestres relacionadas.
Descriptores morfo agronómico: Características físicas y agronómicas de
una especie.
EESA: estación experimental San Antonio de Cenicaña.
Enfermedad de importancia económica: Enfermedad que impacta de
manera negativa la producción
ES: Eficiencia de los marcadores moleculares seleccionados de acuerdo al
porcentaje de individuos que eran tanto fenotípicos como genotípicos
resistentes entre el número total de individuos fenotípicos resistentes
en la cartografía de la población.
Estado de selección: Ciclo en el programa de mejoramiento genético
convencional
Fenotipo: Conjunto de caracteres visibles que un individuo presenta como
resultado de la interacción entre su genotipo y el medio.
Gen: Secuencia de ADN que codifica una proteína.
Genotipo: Información genética que posee un organismo en particular, en
forma de ADN.
Gwas: Análisis de asociación del genoma completo
Hibridación: Cruza de especies que originan un híbrido.
Hoja +3 o TVD: Tercera hoja con lígula visible
ID: Criterio de evaluación de la resistencia varietal que combina el componente
genético (expresado como el grado de reacción de acuerdo a la
escala de Purdy y Dean, 1980) y el componente ambiental
(expresado como el porcentaje de severidad medido con el
Programa Assess 2.0), propuesto por Victoria y Cassalett (1990).
Corresponde al valor de la reacción por 100 y sumando el valor de la
severidad
Inoculación cruzada: Inoculación de materiales con inóculo proveniente de
las mismas.
Inoculación: Método utilizado para el contacto entre un hospedero y un
microorganismo patógeno.
Inóculo: Unidades infectivas utilizadas para que se desarrolle una enfermedad
especifica en un hospedero.
Inter e intravarietal: dentro y entre variedades de una misma especie.
Introducciones: Material genético relacionado con una misma especie.
Identificación de marcadores moleculares asociados con 9
la resistencia a roya naranja causada por Puccinia
kuehnii Krüger en variedades de caña de azúcar
Lala: Rebrote
Librería RADSeq: Secuenciación por restricción del ADN.
Librerías GBS: Genotipificación por secuenciación.
LSD: Escaldadura de la hoja de la caña de azúcar.
Marcador molecular: Secuencias en sitios específicos dentro del genoma
cuyo polimorfismo permite determinar variabilidad génica entre y
dentro de grupos taxonómicos
Patógeno: organismo cuyo parasitismo ocasiona una enfermedad en su
hospedero.
Patotipo: Poblaciones de la misma especie que difieren por su capacidad
patogénica.
Periodo de incubación: Tiempo entre la inoculación y la aparición de
síntomas.
Periodo de latencia: Tiempo transcurrido entre la inoculación y la aparición de
estructuras del microorganismo patógeno.
Pruebas regionales: Ciclo en el programa de mejoramiento genético en el que
se evalúa el comportamiento de una variedad en diferentes
condiciones edafoclimáticas
PS: Precisión de la selección definida como el porcentaje de individuos que
resultan resistentes a una enfermedad en la genotipificación y en la
fenotipificación entre el número total de genotípicos resistentes.
PSI: libras de presión
Reacción varietal: Grado de resistencia o susceptibilidad de una variedad a
una determinada enfermedad
Reacción: Condición del agente causante de roya, en una escala de 0 a 9
propuesta por Purdy & Dean (1980).
Red meteorológica: Conjunto de estaciones meteorológicas para el monitoreo
de las condiciones ambientales.
RSD: Raquitismo de la soca de la caña de azúcar.
SAM: Selección asistida por marcadores moleculares.
SCMV: Virus del mosaico de la caña de azúcar.
SCYLV: Virus de la hoja amarilla de la caña de azúcar.
Severidad: cantidad de daño causado por un organismo, se puede determinar
como porcentaje.
SNPs: Diferentes alternativas alélicas de nucleótidos presentes en una
posición del ADN
Uredospora: Unidad infectiva de las royas
Validación: Aseguramiento de la calidad.
Variabilidad genética: Medida de la tendencia de los genotipos de una
población a diferenciarse.
1
Identificación de marcadores moleculares asociados con la resistencia a roya
0 naranja causada por Puccinia kuehnii Krüger en variedades de caña de azúcar
1. Introducción
1.1 Planteamiento del problema y justificación

En Colombia, la caña de azúcar es un cultivo de gran importancia económica, del cual se
tienen 450,000 ha; 200,000 de las cuales están dedicadas a la producción de panela y
250,000 dedicadas a la producción de azúcar y etanol. El Sector azucarero colombiano
está establecido en 47 municipios desde el norte del departamento del Cauca, la planicie
del Valle del Cauca, hasta el sur de los departamentos de Risaralda y Caldas. Impacta de
manera positiva en la generación de empleo y en la economía de las regiones de
influencia. Adicionalmente, gracias a la visión de sostenibilidad y generación de bienestar
del Sector Azucarero, genera proyectos en lo ambiental y social, dentro de los que está la
protección de las fuentes hídricas, la construcción de vías, etc. (Informe anual Asocaña
2018-2019).
El cultivo de la caña de azúcar es afectado por microorganismos patógenos, que en

algunos casos limitan el desarrollo y la productividad del cultivo. Entre las enfermedades
de mayor importancia en el país y en el mundo se encuentran las Royas: Puccinia
kuehnii (Krüger) Butler, P. melanocephala H. Sydow y P. Sydow, y P. fulva; esta última
no ha sido registrada en el país.
P. kuehnii Krüger, agente causante de la roya naranja, reduce el contenido de clorofila en

las hojas de las plantas enfermas, la eficiencia en la captura de Carbono (C), la
conductancia estomática, la tasa de transpiración y la tasa neta de fotosíntesis, lo que
afecta directamente el crecimiento y la producción de la planta (Chapola y Hoffmann,
2016).
La roya naranja se encontró en Colombia en julio del 2010 en la variedad CC 01-1884

(Ángel et al., 2010). En el año 2018, análisis moleculares y morfológicos confirmaron la
presencia de P. kuehnii en la variedad CC 01-1940 (Rincón & Ángel, 2018) con niveles
de severidad y de reacción por debajo de los umbrales de daño económico (Victoria et
al., 1988). Sin embargo, en el último año se han encontrado plantaciones con niveles en
el porcentaje de área afectada por encima del 12% y de reacción > 5 (escala de Purdy &
Dean, 1980), niveles que de acuerdo con Victoria et al. (1988) superan el umbral de daño
económico.
La variedad CC 01-1940, se convirtió durante los años 2018 y 2020 en la variedad más
sembrada, cubriendo más del 40% del área establecida para la producción de azúcar en
Colombia, lo que ha favorecido la diseminación y prevalencia del patógeno en toda la
zona cañera del país.
El Programa de Variedades del Centro de Investigaciones de la Caña de Azúcar -

Cenicaña, desde la década de 1980, selecciona variedades con alto potencial de
producción de azúcar, biomasa, tolerantes a insectos plagas y a las enfermedades
carbón (Sporisorium scitamineum), roya café (P. melanocephala) y roya naranja (P.
kuehnii), causadas por hongos, y al virus del mosaico Sugarcane mosaic virus (SCMV);
lo que ha permitido hacer económicamente viable, competitivo y sostenible el sector
azucarero del país. De igual manera ha permitido que el manejo de las enfermedades se
centre en la resistencia genética y no se utilicen fungicidas de síntesis química para su
control, reduciendo impactos negativos epidemiológicos, ambientales y económicos
(Magarey, 2000).
La selección de variedades en el programa de Variedades de Cenicaña, en la década de

1980 se basó en el uso de hibridación inter e intravarietal. A partir del año 2000, la
selección y desarrollo de las variedades se realiza con el enfoque de agricultura
específica por sitio, para lo cual el centro de investigación caracterizó tanto física como
químicamente todos los suelos de producción de caña y adicionalmente instaló una red
de meteorología que permite conocer las condiciones climáticas en tiempo real (Amaya
et al., 1995).
1
Para mantener los altos niveles de productividad y competitividad bajo condiciones

adversas debidas a factores climáticos, se han registrado como apoyo nuevas
tecnologías que se han desarrollado en los campos de la biología molecular y la
biotecnología, entre las que está la selección asistida por marcadores moleculares (SAM)
(Hill et al., 2008).
SAM es una herramienta para la selección de una característica determinada en una

planta basada en la detección de polimorfismos de ADN altamente relacionadas con el
carácter de interés. No sustituye al mejoramiento genético vegetal tradicional, sino que
ofrece alternativas para seleccionar de manera dirigida el material vegetal existente,
facilitando el proceso de mejora vegetal (Hill et al., 2008; Azofeifa, 2006).
En la literatura se registran marcadores moleculares para la identificación de razas de P.

kuehnii (Seiiti y Rodríguez, 2018), pero no se tienen registros de marcadores moleculares
asociados a la resistencia a la enfermedad causada por este microorganismo patógeno.
Se tienen registros de los marcadores R12H16 y 9O20-F4, estrechamente relacionados
con el gen principal Bru 1 que confiere resistencia a las cepas de P. melanocephala
agente causante de la roya café en caña de azúcar; estos marcadores han permitido una
selección positiva para la resistencia a la roya café y además permite detectar al menos
una fuente o fuentes adicionales de resistencia (Racedo et al., 2013).
Teniendo en cuenta lo anterior, se identificarán los marcadores moleculares asociados

con la resistencia a roya naranja en una colección de trabajo de 220 introducciones
seleccionadas del Banco de Germoplasma de Cenicaña. El Banco de Germoplasma
conformado por 1,186 introducciones, se caracterizó empleando información de la
evaluación que se realizó en el ingenio Riopaila-Castilla durante los años 2005-2007, en
donde se usaron 39 descriptores entre morfo-agronómicos, fitosanitarios, fisiológicos e
índices de desarrollo ( ).
La identificación de marcadores moleculares asociados con la resistencia a una

enfermedad de alta importancia económica en variedades de caña de azúcar en casi
todas las regiones productoras del mundo como lo es la roya naranja (Chapola y
Hoffmann, 2016; Pérez, 2014; Raid, 2000), servirá de base para iniciar un programa de
mejoramiento genético asistido por marcadores moleculares en una especie de alta

importancia económica y cultural a nivel nacional.
La selección de variedades asistida por marcadores moleculares contribuirá a

incrementar la eficiencia del programa de mejoramiento genético, permitirán concentrar
con mayor probabilidad genes de resistencia a esta enfermedad en variedades nuevas
de caña de azúcar y la selección de materiales resistentes en estados tempranos del
método de selección. El proceso favorecerá la producción de nuevas variedades con
características agronómicas superiores, disminuyendo sustancialmente el impacto
económico que la roya naranja causa en el cultivo de caña. El sector de la agroindustria
de la caña de azúcar dispondrá de variedades de caña de azúcar con nuevas fuentes de
resistencia a roya naranja que contribuirán con la sostenibilidad y rentabilidad del Sector.
El proceso que se establece con esta propuesta de investigación será utilizado para
futuros trabajos con otras royas asociadas al cultivo de la caña de azúcar como Puccinia
melanocephala agente causante de la roya café, y Puccinia fulva agente causante de la
roya ocre (Tawny rust).
1
1.2 Objetivos
Objetivo general
Identificar marcadores moleculares mediante análisis de asociación del genoma completo

(GWAS), relacionados con la resistencia a roya naranja causada por Puccinia kuehnii
Krüger en variedades de caña de azúcar que servirán de base para iniciar un programa
de mejoramiento genético asistido por marcadores moleculares.
Objetivos específicos
 Caracterizar la variabilidad en la reacción varietal a la roya naranja existente en

introducciones de caña de azúcar seleccionadas del banco de germoplasma de
Cenicaña, bajo condiciones semi controladas de invernadero.
 Seleccionar un grupo de marcadores moleculares tipo SNPs asociados a la

resistencia a roya naranja que se puedan utilizar a manera de prueba (test) en un
programa de mejoramiento genético asistido por marcadores moleculares, mediante
estudios de asociación del genoma completo (GWAS).
 Validar de manera preliminar los marcadores identificados en una población

segregante al carácter resistencia a roya naranja de 200 individuos, bajo condiciones
semi controladas en invernadero.
1.3 Pregunta de Investigación

¿Cuáles son los marcadores tipo SNPs que puedan estar asociados a la resistencia a
roya naranja en introducciones de caña de azúcar?
1.4 Hipótesis
La variabilidad en la resistencia a roya naranja de introducciones de caña de azúcar,
permitirá identificar marcadores moleculares asociados con la resistencia a la roya
naranja causada por Puccinia kuehnii Krüger en variedades de caña de azúcar que
contribuyan a incrementar la eficiencia del programa de mejoramiento genético,
concentrar con mayor probabilidad genes de resistencia a esta enfermedad en
variedades nuevas de caña de azúcar y la selección de materiales resistentes en estados
tempranos del proceso de selección.
1
2.Revisión de literatura
2.1 Estado del arte y marco teórico
2.1.1 La caña de azúcar

La caña de azúcar es una monocotiledónea de la familia Poáceae y género Saccharum,
proveniente del Sudeste Asiático y Nueva Guinea. Los cultivares modernos se derivan de
introgresiones de las especies S. officinarum (x = 10 y 2n = 8x = 80) y S. spontaneum (x
= 8 y 2n = 5x - 16x = 40 - 128), lo que conlleva a que los cultivares presenten un genoma
grande y complejo (Sreenivasan y Ahloowalia, 1987).
Fue introducida a Colombia (Ciudad Cartagena de Indias) por Pedro de Heredia en el

año 1538 y establecida en el Valle del Cauca (municipio de Yumbo) por Sebastián de
Belalcázar en 1541 (Ramos, 2005).
En Colombia se cultivó de manera comercial a partir del año 1550 utilizando variedades
criollas originadas de cañas introducidas por los españoles. Entre 1802 y 1808 se sembró
la variedad Otahití por recomendación de Alexander Humboldt (Ramos, 1995; Ramos,
2005). En 1929 Carlos E. Chardón recomendó las variedades POJ 2878, 2714 y 2725, de
alto contenido de sacarosa y resistentes a enfermedades, especialmente al virus del
mosaico (SCMV). En 1937 se iniciaron trabajos de hibridación en la Estación Agrícola de
Palmira Valle del Cauca. El ingenio Mayagüez en 1969, introdujo variedades al país, y en
1974 inicia el programa de cruzamientos originando clones registrados como MZC. En
1974, los ingenios Mayagüez y Central Tumaco introdujeron la variedad CP 57-603
proveniente de Florida (USA), la cual fue sustituida debido a la alta susceptibilidad a la
roya café (Puccinia melanocephala) y al carbón (Sporisorium scitamineum) por
variedades liberadas por el Centro de Investigación de la Caña (CENICAÑA), fundado en
1978 (Ramos, 1995). En el año 2019, el 96% del área sembrada con caña para la
producción de azúcar en Colombia está establecida con variedades liberadas por
CENICAÑA registradas como CC (Cenicaña, 2019).
La caña de azúcar presenta raíces formadas a partir de la estaca original o primordiales y

raíces permanentes que brotan a partir de los anillos de crecimiento radical de los nuevos
rebrotes. Forma cepas constituidas por tallos, órganos en los cuales se almacenan los
azúcares. Los tallos están formados por nudos, que se encuentran separados por
entrenudos, a partir de los cuales se originan las yemas y las hojas. Cada hoja está
formada por la lámina foliar y por la vaina o yagua. La inflorescencia de la caña de azúcar
es una panícula sedosa en forma de espiga (Amaya et al., 1995)
Figura 1. Planta de caña de azúcar.
Fuente: www. wikiwand.com
La selección de variedades en Cenicaña es un proceso que dura alrededor de 10 años y

en el que intervienen genetistas, fitopatólogos, entomólogos y fisiólogos. Se basa en la
obtención de variedades de caña de azúcar que respondan favorablemente a las
condiciones ambientales y a las necesidades de los agricultores, los trabajadores y la
industria (Cassalett y Rangel,1995).
La selección de progenitores se hace de acuerdo a un programa sistematizado, que se

basa en los resultados de cruzamientos realizados durante varios años, en relación a la
concentración de sacarosa, porte erecto, alto grado de deshoje y buena adaptación a
suelos húmedos y salinos (Cassalett y Rangel,1995).
1
La progenie (1000 plantas por variedad aproximadamente), se inocula con virus del
mosaico (SCMV) a los 45 días de edad y con Puccinia melanocephala y P. kuehnii
agentes causantes de la roya café y roya naranja respectivamente, a los dos meses
después de la siembra. Las plántulas que no presentan síntomas de SCMV y royas, se
trasplantan a campo donde se inician los Estados de selección, basados en la
identificación de clones que representan la combinación específica de un par de
gametos, fijación de caracteres desde el Estado I de selección y el control ambiental
(Cassalett y Rangel,1995).
En el Estado I de selección, se siembran más de 100000 plántulas con alta densidad (40
– 50 cm entre plantas y 1.5 m entre surcos) para favorecer la selección por contenido de
azúcar. Se seleccionan las plantas que adicional al contenido alto de sacarosa, no
presenten síntomas de carbón, roya café, roya naranja y SCMV, con buena producción
de tallos, buen deshoje, no florezcan y sean resistentes al volcamiento. Los materiales
seleccionados continúan al Estado II de la selección (Cassalett y Rangel,1995).
En el Estado II, los materiales se plantan en parcelas de un surco de 4 m de largo; una

de las repeticiones se inocula con carbón. En este estado se evalúa el peso, rendimiento
de azúcar, volcamiento, deshoje, porcentaje de floración y la resistencia a carbón, SCM,
roya café y roya naranja. Los materiales seleccionados, pasan a un Estado III en donde
se establecen en parcelas de cuatro surcos de 10 m de largo y una de las repeticiones se
inocula con carbón. Además de las características evaluadas en el estado II, en el Estado
III se determina el porcentaje de fibra. En un estado IV de selección, se adiciona el
establecimiento de los materiales en un sitio bajo condiciones de suelo húmedo, las
parcelas se incrementan a seis surcos de 10 m de largo y se evalúan las mismas
características que en el Estado III (Cassalett y Rangel,1995).
Las variedades seleccionadas en el Estado IV se entregan a los ingenios (200 – 300

yemas por variedad) para que las establezcan, multipliquen la semilla y para que en
conjunto con los investigadores de Cenicaña, seleccionen las variedades que se llevarán
a Pruebas regionales en los diferentes ambientes que existen en las áreas de producción
azucarera del valle del río Cauca (Cassalett y Rangel,1995).
En las Pruebas regionales, una de las cinco repeticiones se utiliza para medir la
maduración de las variedades. Se evalúan adicionalmente, la incidencia de plagas y
enfermedades, producción de caña por hectárea, rendimiento de azúcar, volcamiento,
floración y porcentaje de fibra (Cassalett y Rangel,1995).
De acuerdo al esquema de selección, además de responder favorablemente a las

condiciones ambientales y a las necesidades de los agricultores, los trabajadores y la
industria, las variedades de Cenicaña deben ser resistentes a la roya naranja, roya café,
carbón y al virus del mosaico (SCMV).
La roya naranja causada por Puccinia kuehnii Krüger es una enfermedad foliar de
importancia económica en el cultivo de la caña de azúcar en casi todas las regiones
productoras del mundo (Chapola y Hoffmann, 2016; Pérez, 2014; Raid, 2000). Según
Zhao et al. (2011) reportado por Chapola y Hoffmann (2016), la roya naranja reduce el
contenido de clorofila en las hojas de las plantas enfermas, la eficiencia en la captura de
C, la conductancia estomática, la tasa de transpiración y la tasa neta de fotosíntesis, lo
que repercute directamente en el crecimiento y el rendimiento de la planta (Ángel et al.,
2016)
Figura 2. Roya naranja causada por P. kuehnii Krüger.
Fuente: Rincón, (2019)
La roya café en una enfermedad foliar causada por el hongo Puccinia melanocephala H.
y P. Sydow. Los síntomas son similares a los de roya naranja, pero a diferencia de esta,
las pústulas son de color café rojizo y los síntomas se presentan con mayor intensidad
entre los 2 y 6 meses de edad del cultivo (Ángel et al., 2016)
2
Figura 3. Roya café causada por P. melanocephala H. y P. Sydow
El carbón es una enfermedad causada por el hongo Sporisorium scitamineum M.

Piepenbr., M. Stoll & Oberw. Aunque el patógeno se desarrolla sistémicamente en todo el
tallo, el síntoma característico corresponde a una masa en forma de látigo que sale del
cogollo del tallo de la caña afectada con una cubierta membranosa y delgada que al
romperse libera millones de conidias del patógeno similares a hollín (Ángel et al., 2016)
Figura 4. Carbón causado por S. scitamineum
El virus del mosaico Sugar cane mosaic virus (SCMV) es un virus de ARN que pertenece
a familia Potyviridae y grupo Potyvirus. Este patógeno ingresa a las células de su
hospedero, libera su material genético, el cual se multiplica utilizando las enzimas y la
maquinaria biosintética de la célula afectada, la cual replica las partículas virales, éstas
salen de la célula destruyéndola para luego invadir nuevas células. El número y el
tamaño de los cloroplastos disminuye en las plantas afectadas lo que provoca la
disminución de la clorofila en la hoja y la formación de áreas verdes normales sobre un
fondo verde más claro a amarillento. El síntoma varía dependiendo de la raza del virus,
de la variedad, la temperatura y otras condiciones de crecimiento (Fiallos y Quilambaqui,

1995). El virus se transmite mediante daño mecánico y mediante áfidos de manera
semipersistente. No hay evidencia de transmisión por semilla sexual (Fiallos y
Quilambaqui, 1995). El principal vector registrado en el Valle del Cauca es el áfido
Rhopalosiphum maidis Fitch., el cual adquiere el SCMV al alimentarse de plantas de
sorgo y maíz previamente parasitadas por el patógeno (Ángel et al., 2016)
Figura 5. Virus del mosaico.
Además de las enfermedades anteriormente mencionadas, la caña de azúcar en

Colombia se asocia a otras enfermedades de importancia económica como lo son el virus
de la hoja amarilla (Sugarcane yellow leaf virus SCYLV), el raquitismo de la soca (RSD) y
la escaldadura de la hoja (LSD). Las variedades de Cenicaña Colombia no presentan
resistencia a estas enfermedades; el manejo de SCYLV se centra en la producción de
plántulas mediante cultivo in vitro libres del microorganismo patógeno, y el manejo de
LSD y RSD, se centra en el tratamiento térmico de la semilla y en la desinfestación de
herramientas y maquinaria de corte.
El virus de la hoja amarilla Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) pertenece a la familia
Luteoviridae, género Polerovirus. Los síntomas corresponden a una coloración intensa en
el envés de la nervadura central debido a la acumulación de pigmentos de antocianina en
las hojas, a necrosis foliares que inician en el ápice de la hoja y finalizan en la base de la
2
hoja, bloqueo en la traslocación de azúcar desde las hojas hacia los tallos, acumulación
de azúcar en la nervadura de la hoja y acortamiento de entrenudos terminales (Victoria et
al., 1999; Chavarriaga et al., 2003; Ángel et al., 2016)
Figura 6. Virus de la hoja amarilla.
El raquitismo de la caña de azúcar o RSD (derivado de la expresión inglesa ratoon

stunting disease) es causado por la bacteria Leifsonia xily subsp. Xyli (Evtushenko et al.,
2000). Los síntomas corresponden a la formación de tallos raquíticos derivados del
desarrollo de la bacteria en los vasos conductores lo que afecta la habilidad de la planta
para absorber y transpirar agua, lesiones de color salmón en los tejidos internos debajo
de los puntos de crecimiento de cañas jóvenes, y una coloración naranja rojiza en los
nudos (Pan et al., 1998; Flores et al., 2004; Ángel et al., 2016)
Figura 7. Raquitismo de la soca causada por Leifsonia xily subsp. Xyli.

La escaldadura de la hoja es causada por la bacteria Xanthomonas albilineans. La

enfermedad se puede presentar en tres fases que son, la fase latente en la que la
enfermedad se encuentra en el tallo sin manifestación de los síntomas, la fase crónica en
la que se presentan estrías foliares blanquecinas paralelas a la nervadura central y
formación de lalas o rebrotes, y la fase aguda que corresponde a la muerte del tallo
(Ángel et al., 2016)
Figura 8. Escaldadura de la hoja causada por Xanthomonas albilineans.

2
2.1.2 Resistencia a roya naranja

En una lesión de roya naranja se producen 4,7x103 uredosporas y la producción
continúa por más de 23 días (Hsieh y Fang, 1983). Las uredosporas posteriormente son
diseminadas por el viento y el agua lluvia a plantas sanas donde se vuelve a iniciar el
ciclo del patógeno, pudiéndose desarrollar de nuevo la enfermedad en un ciclo de 14
días (Infante et al., 2000).
La aplicación de fungicidas para el control la roya naranja traería como consecuencia

problemas fitosanitarios, impactos negativos para el ambiente, e incrementaría los costos
de producción, debido a las grandes extensiones en las que se siembra la caña de
azúcar y a que el ciclo reproductivo de las royas es corto, lo que hace que la severidad
pueda incrementarse en un breve periodo de tiempo (Winkler, 2018; Infante et al., 2000;
Ángel, 2020).
Estudios realizados por diversos autores han demostrado que existe variabilidad en la
susceptibilidad de variedades comerciales de caña a la roya naranja (Dean et al., 1984;
Raid et al., 1989; Avellaneda et al., 2015; Ángel et al., 2010), lo cual ha permitido que la
principal y más eficiente medida de control sea la siembra de variedades resistentes
(Magarey, 2000; La O et al., 2018).
La eficiencia del control genético depende de la utilización adecuada de metodologías de

inoculación y de escalas de calificación. Uno de los métodos para la selección de
variedades resistentes a roya, es la evaluación de los síntomas en materiales
establecidos en sitios con alta presión de inóculo natural de la enfermedad (Ángel et al.,
2010).
Para disminuir el efecto del ambiente sobre la expresión de la resistencia, autores como
Montalván y colaboradores (2018) sugieren que la reacción de los materiales de caña de
azúcar debe evaluarse en diferentes localidades.
Trabajos realizados por Ángel et al. (2010) han demostrado variabilidad en la reacción de
variedades establecidas bajo condiciones de campo, lo cual ha servido como base al
programa de mejoramiento genético, para la selección y liberación de variedades de
caña de azúcar que además de presentar caracteres deseados de arquitectura,
sacarosa, tonelada caña/ha., etc., sean resistentes a roya naranja, entre otras
enfermedades.
Uno de los inconvenientes para la evaluación de la resistencia a royas en variedades

bajo condiciones de campo, es la relación de la enfermedad con la textura, el pH y la
nutrición del suelo (Anderson et al., 1990), con la precipitación, la radiación solar, la
evaporación, la humedad relativa y la temperatura (Comstock y Ferreira, 1986; Anthony,
2008; Garcés et al., 2013; Vélez et al., 2019). Adicionalmente, las royas son patógenos
con alto potencial evolutivo que conllevan la formación de variantes dentro de cada
especie (Agrios, 1988).
Existen registros de la posible formación de variantes de P. melanocephala agente

causante de la roya café en diferentes zonas de producción de caña del mundo. Dichos
registros se basan en la pérdida de resistencia de variedades como CP79-1580, CP72-
1210, CL73-239, CP74-2005, CL41-223 (Shine et al., 2005; Purdy et al., 1983, Raid y
Comstock, 2000) y la CC 85-92 (Ángel et al., 2013); y en la variabilidad patogénica y
morfológica de aislamientos monospóricos de P. melanocephala obtenidos de variedades
diferentes de caña de azúcar encontrada por Santacruz et al. (2019).
Moreira et al. (2018) y Sanjel (2016) verificaron la variabilidad patogénica y genética de

aislados de P. kuehnii. Ángel et al. en el año 2019 (presentación evaluación de proyectos
Cenicaña) reportaron la pérdida de la resistencia a roya naranja de la variedad CC 01-
1940, igual a lo sucedido con la variedad CC 85-92 para roya café, lo anterior sugiere la
presencia de variantes de roya naranja en los cultivos de caña del país (Shine et al.,
2005; Purdy et al., 1983, Raid y Comstock, 2000).
Según Kelly et al. (1994) y Zhan et al. (1998), la variación en la virulencia es una
indicación de la aparición de razas patógenas que probablemente superan al menos en
un gen de resistencia del huésped.
Inoculaciones cruzadas bajo condiciones de invernadero de uredosporas de P. kuehnii

obtenidas en campo de las variedades de caña de azúcar CC 01-1940, CC 01-1884 y CC
05-231 mostraron variabilidad en la virulencia. Aunque los tres inóculos fueron
patogénicos (causaron síntomas de la enfermedad) en las tres variedades, los materiales
2
inoculados con uredosporas provenientes de CC 01-1940 y CC 01-1884 presentaron

valores en la reacción y en el porcentaje de área afectada que de acuerdo a Victoria y
Cassalett (1990) las califican como susceptibles a la enfermedad. Al inocular plantas de
CC 01-1940 y CC 01-1884 con uredosporas obtenidas de CC 05-231, las variedades se
comportaron como resistentes; el inóculo de CC 05-231 fue muy virulento (calificación
dentro de los rangos de susceptibilidad) en las plantas inoculadas de la misma variedad
(Rincón y Ángel, 2019).
La presencia de patotipos de P. kuehnii fue demostrada por Rincón et al. (2020) al

encontrar variabilidad en la virulencia de 90 inóculos obtenidos de la variedad CC 01-
1940 a lo largo del valle del río Cauca.
Sin embargo, para obtener información más precisa de la variación genética y estructura
de la población del patógeno, es necesario correlacionar los resultados de la
patogenicidad de los inóculos con resultados de caracterización molecular (Kolmer et al.,
1995).
Teniendo en cuenta el efecto del ambiente, la influencia de otros factores en el desarrollo

de la roya naranja, y la posible formación de variantes de este patógeno descritos
anteriormente, y ante la necesidad de una evaluación precisa de los niveles de
resistencia en materiales como complemento a la evaluación de campo, se recomiendan
metodologías en las que se evalúen materiales bajo condiciones controladas, debido a
que en esta condición los materiales se exponen a condiciones uniformes de
temperatura, humedad relativa, luminosidad y concentración de inóculo, favoreciendo la
infección y el desarrollo de síntomas de manera equitativa en todos los materiales en
evaluación (Sood et al., 2009).
Se ha registrado la eficacia de diferentes métodos de inoculación para la evaluación de la

resistencia de variedades de caña a royas, bajo condiciones controladas.
Como método para la inoculación artificial de roya naranja, Sood et al. (2009) ubicaron
500 µl de una suspensión del patógeno a una concentración de 1.04 x10 2 uredosporas
viables/ml en el verticilo de las plantas. Chapola y Holfman (2016), al comparar la
inoculación de 1.04 x102 uredosporas/ml en plantas de dos meses, utilizando los
métodos de aspersión con aspersor manual y ubicación de 500 µl en la hoja enrollada,

encontraron variabilidad en la reacción varietal y alta y significativa correlación entre la
infección natural en campo y los resultados de la inoculación utilizando los dos métodos
evaluados.
Sanjel (2016), encontró variabilidad en la virulencia de aislados de P. kuehnii al utilizar el

método de ubicación de la suspensión del patógeno en la hoja enrollada y mediante la
inoculación de hojas desprendidas.
El método de inoculación de la hoja enrollada también fue utilizado por Valdés et al.
(2017). Los autores confirmaron que al inocular 250 µl de la suspensión del patógeno con
este protocolo, se garantiza la selección de cultivares de caña de azúcar por su
resistencia a roya naranja bajo condiciones de invernadero.
Porto et al. (2018) inocularon uredoporas colectadas de varias lesiones de una hoja
utilizando el método de aspersión con aspersor manual, e inocularon las uredoporas de
una sola lesión suspendida en 20 µl de agua + tween 20 (0.01%) mediante la dispersión
de las mismas con la ayuda de un bisturí. Los datos obtenidos mostraron que ambos
métodos de inoculación tuvieron resultados significativamente similares para los
parámetros periodos de incubación, periodo de latencia, puntaje de enfermedad (de
acuerdo a lo reportado por Amorim et al., 1987) y en el porcentaje de área afectada. De
igual manera, encontraron que la similitud de los resultados se mantenía
independientemente de la fecha de evaluación, y que los resultados de la reacción
(resistente/susceptible) obtenidos con ambos métodos, fueron similares a los obtenidos
en la evaluación de las mismas variedades bajo condiciones de campo.
Rincón y Ángel (2019) al comparar los métodos de inoculación de una suspensión del
patógeno en la hoja enrollada y el método de inoculación mediante aspersión con
aerógrafo en plantas de dos meses de edad descrito para roya café por Rincón et al.
(2018), encontraron que al inocular con aerógrafo se pudieron determinar niveles de
resistencia en las variedades evaluadas, se obtuvieron mayores valores en el índice de
daño, se utilizó menos inóculo, fue más práctico y se formaron lesiones homogéneas
sobre toda la lámina foliar.
2
Para determinar la reacción varietal a roya café y a roya naranja, en la literatura se han
registrado diferentes variables y escalas de evaluación. Algunos investigadores
determinan la susceptibilidad de las variedades de caña de azúcar a roya de acuerdo con
el número de uredosporas producidas por soros o por unidad de área foliar infectada
(Hsieh y Fang, 1983).
Victoria y Cassalett (1990) proponen determinar la resistencia varietal a la roya café y

roya naranja evaluando el porcentaje de área afectada (severidad) y la reacción de la
enfermedad de acuerdo a la escala propuesta por Purdy y Dean (1980), en la tercera
hoja con lígula visible (hoja +3 o TVD+2). Estos autores califican una variedad como
susceptible cuando el porcentaje de área afectada es superior a 12% y la reacción es
igual o mayor 5. Arellano et al. (2011) proponen las mismas variables de reacción y
severidad, pero la evaluación la realizan en la primera hoja con lígula visible (hoja +1 o
TVD).
La escala de Purdy y Dean (1980), va de cero a 9. De acuerdo a esta escala el grado

cero corresponde a hojas sin síntomas, uno corresponde a hojas con lesiones cloróticas,
dos corresponde a lesiones necrosadas, tres a lesiones necrosadas que empiezan a
juntarse, cuatro a lesiones con pústulas del patógeno sin abrir, cinco corresponde a
lesiones esporuladas o con el polvillo característico de las royas, seis a nueve
corresponde a lesiones esporuladas que se han juntado, asociado a clorosis y a mayor
daño en la hoja.
Como criterio para evaluar la reacción varietal combinando el componente genético

(expresado como el grado de reacción de acuerdo a la escala de Purdy y Dean, 1980) y
el componente ambiental (expresado como el porcentaje de severidad medido con el
Programa Assess 2.0), Victoria y Cassalett (1990), proponen el cálculo del índice de
daño (ID), multiplicando el valor de la reacción por 100 y sumando el valor de la
severidad.
Para determinar la resistencia de variedades de caña de azúcar a roya café, Sood (2000)
propone una escala de cero a cuatro, donde cero corresponde a plantas muy resistentes
(sin síntomas), uno corresponde a plantas resistentes (manchas – hipersensibilidad, sin
pústulas), dos corresponde a variedades moderadamente susceptibles (con pústulas de
1-2 mm con muy poca esporulación), tres corresponde a variedades susceptibles

(pústulas de 2.1 a 4 mm con moderada esporulación), y cuatro corresponde a variedades
susceptible (pústulas mayores a 4 mm con abundante esporulación).
2.1.3 Marcadores moleculares

La selección de especies vegetales basada en el fenotipo es eficiente, pero requiere del
establecimiento de estudios en áreas generalmente extensas, depende de los ciclos
fisiológicos de los cultivos y de las condiciones ambientales, lo que conlleva al
incremento de las repeticiones, del tiempo y de los costos de la investigación (Hill et al.,
2008; Azofeifa, 2006).
Los marcadores moleculares son secuencias en sitios específicos dentro del genoma
cuyo polimorfismo permite determinar variabilidad génica entre y dentro de grupos
taxonómicos (Jones et al., 1997); polimorfismos que se deben a mutaciones resultantes
de la sustitución de un solo nucleótido (polimorfismos de un solo nucleótido − SNP),
inserción o deleción de fragmentos de ADN de diversas longitudes (desde uno a varios
miles de nucleótidos), duplicación o inversión de fragmentos de ADN, o a errores en la
replicación del ADN en tándem (Paterson, 1996; Meksem y Kahl, 2005; Azhar et al.,
2018).
Los marcadores están siendo ampliamente utilizados para la identificación de caracteres

agronómicos de interés (fenotípicos) dentro de la secuencia de ADN (genotipo) de
materiales en un programa de mejoramiento genético; a este proceso se lo denomina
selección asistida por marcadores o MAS por su sigla en inglés "marker assisted
selection".
La eficiencia de los marcadores moleculares en la selección de individuos en un

programa asistido por marcadores moleculares se basa en que son universales
(Rentería, 207), de herencia genética rastreable, no son afectados por factores
ambientales, no son subjetivos, se pueden evaluar en cualquier estado de desarrollo de
la planta, permiten realizar evaluaciones de varios genes a la vez y permiten la selección
3
de individuos que difieren únicamente en el carácter de interés sin afectar otras

características (Collard et al., 2005; Francia et al., 2005).
Los avances en la biología molecular han conllevado al desarrollo de diferentes tipos de

marcadores moleculares, entre los que están los Polimorfismos de longitud de
fragmentos de restricción (RFLP), Amplificación al azar de fragmentos polimórficos de
ADN (RAPD), Repeticiones de secuencia inter-simple (ISSR), Polimorfismos de
microsatélites amplificados al azar (RAMP), Polimorfismos de longitud de fragmentos
amplificados (AFLP), Repeticiones de secuencia simple (SSR o microsatélites),
Retrotransposones, Secuencia polimórfica amplificada escindida (CAP), Secuencia
región amplificada caracterizada (SCAR), Polimorfismo amplificado relacionado con la
secuencia (SRAP) y polimorfismos de un único nucleótido (SNP) (Azhar et al., 2018;
Romero et al., 2013).
Los SNPs corresponden a las diferentes alternativas alélicas de nucleótidos presentes en

una posición del ADN que se encuentran en una frecuencia mayor al 1% en una
población. Según Xu (2010), la frecuencia de SNPs en plantas varía entre 1 SNP por
cada 100-300 pb. Su abundancia, el estar ampliamente distribuidos dentro del genoma, y
el ser la unidad más pequeña de herencia conllevan a que los SNPs proporcionen la más
simple y el máximo número de marcadores (Azhar et al., 2018).
Los SNPs están siendo ampliamente utilizados para la construcción de mapas genéticos,
mapeo asociativo y selección asistida por marcadores (Soler et al., 2014). Su
identificación se realiza mediante la secuenciación de sitios blanco y la amplificación de
locus específicos mediante técnicas basadas en PCR (reacción en cadena de la
polimerasa (Chaisan et al., 2010).
2.1.4 Técnicas de secuenciación de nueva generación

En el ámbito del Fitomejoramiento, el conocimiento de la secuencia de ADN de una
especie permitirá identificar marcadores moleculares y genes asociados a caracteres de
interés, determinar los elementos regulatorios que controlan sus funciones, entender la
variabilidad intra e interespecífica, determinar por qué se expresan unos genes y los
otros no, qué determina que una enzima sea funcional, cómo influye el medio ambiente
en caracteres de interés, a qué se debe la alta virulencia de algunos microorganismos,

cómo se agrupan y regulan los genes involucrados en defensa a patógenos, y llegar
posiblemente, a diseñar una planta que responda eficazmente a las necesidades de una
industria en particular (Montoya et al., 2014).
La primera tecnología de secuenciación fue desarrollada en 1976 en la Universidad de

Harvard por M. Maxam y Walter Gilbert. La técnica consiste en el sometimiento a cuatro
reacciones químicas distintas, de cuatro alícuotas del ADN previamente marcado con
32P, en los extremos 5´ o 3´ de una o ambas cadenas, en las que se metila la cadena de
ADN en nucleótidos específicos, que son identificados de acuerdo a las bandas
generadas en geles de acrilamida (Rubio et al., 2020; Genotipia, 2019; Quail et al., 2012;
Campion & Tec, 2004).
Entre 1975 y 1977, Frederick Sanger y A.R Coulson desarrollaron la tecnología de

Sanger, de primera generación. La técnica consiste en la síntesis de la cadena de ADN
en presencia de los cuatro 2’- deoxinucleótidos que componen la secuencia, y de cuatro
dideoxinucleótidos carentes del grupo 3’-OH, lo que conlleva a que se interrumpa la
síntesis de la cadena cuando la Taq DNA polimerasa lo incorpore de manera
complementaria a la cadena molde; la secuencia se determina de acuerdo a los
fragmentos generados en una electroforesis. El posterior marcaje de los ddNTPs con
fluoróforos y el uso de electroforesis capilar, permitió la automatización del método
Sanger (Amarasinghe et al., 2020; Genotipia, 2019; Campion & Tec, 2004).
Los avances tecnológicos han permitido el desarrollo de tecnologías de segunda

generación o Ultrasecuenciación o NGS (Next-Generation Sequencing) o MPS (Massive
Parallel Sequencing) o HTS (High Troughput sequencing) (Genotipia, 2019). Con estas
tecnologías, previa amplificación de la cadena, se pueden secuenciar millones de
fragmentos pequeños de ADN en paralelo, disminuyéndose sustancialmente los costos y
los tiempos de la secuenciación (Rubio et al., 2020; Genotipia, 2019). Este tipo de
lecturas cortas pueden ser generadas utilizando secuenciación por ligación (SBL,
sequencing by ligation) o secuenciación por síntesis (SBS, Sequencing by synthesis).
Dentro de las tecnologías que más se destacan de esta generación están: Roche/454
lanzada en el 2005 (Margulies et al. 2005), Illumina/Solexa en el 2006 (Bentley et al.
3
2008) y ABI/SOLiD en el 2007 (Shendure and Ji 2008) (Amarasinghe et al., 2020; Rubio
et al., 2020; Valderrama et al., 2020; Quail et al., 2012).
Las tecnologías de tercera generación permiten la generación a bajo costo, de lecturas

de gran tamaño, una secuenciación monitorizada en tiempo real, y la secuenciación
directa del ARN; no necesitan la amplificación previa de los ácidos nucleicos. Gracias a
su capacidad de generar lecturas largas pueden establecer guías robustas para realizar
ensamblajes de calidad en especies con genomas grandes y repetitivos (Valderrama et
al., 2020; Quail et al., 2012).
Dentro de las tecnologías de tercera generación se destaca la tecnología SMRT (Single

molecule real time sequencing) de Pacific Biosciences (PacBio), desarrollada durante la
primera década del siglo XXI. Este sistema de secuenciación usa células de flujo que se
asan en la tecnología “guía de onda de modo cero” (ZMW), que es un dispositivo que
focaliza toda la luz hacia un punto para su detección, y que permite registrar la señal
lumínica emitida por un fluoróforo unido a un único nucleótido (Valderrama et al., 2020;
Rhoads & Fai, 2015; Quail et al., 2012).
Durante las dos primeras décadas del siglo XXI, la compañía Oxford Nanopore
Technology (ONT) presenta la tecnología de secuenciación Nanopore basada en los
perfiles de corriente eléctrica que genera los nucleótidos al pasar a través de un poro en
una membrana que presenta un voltaje diferencial a los lados, y registra la información
bruta de los datos de corriente eléctrica de cada poro de la membrana traducido a
nucleótidos mediante el proceso basecalling en formato de archivo FASTQ. Nanopore
utiliza un dispositivo llamado MinION (Amarasingue et al., 2020; Feng, 2015).
La compañía 10x Genomics desarrolló la tecnología Chromium synthetic linked-read. La

cual se basa en un código de barras únicos para fragmentos largos antes del
fraccionamiento para preparar la genoteca y unir sintéticamente las lecturas. Esta
tecnología tiene la misma precisión y rendimiento que presentan las lecturas Illumina,
pero la preparación de las librerías presenta un costo mucho más alto. Este tipo de
lecturas pueden ser usadas para la corrección de alineamientos o detección de variantes
(Trujillo, 2020).
3
3.Materiales y Métodos
3.1 Localización
El trabajo se desarrollará en la Estación Experimental del Centro de Investigación de la
Caña de Azúcar CENICAÑA (EESA), localizada en el corregimiento de San Antonio de
los Caballeros, municipio de Florida Valle del Cauca, a 3° 21’ de latitud norte, 76° 18’ de
longitud oeste y a una altura sobre el nivel del mar de 1024 m. La temperatura media
anual en este sitio es 23 °C, la precipitación promedio anual es de 1160 mm y la
humedad relativa es de 77%.
3.2 Material vegetal

Se trabajará con 220 introducciones de caña de azúcar, seleccionadas como
representación de la caracterización de 39 descriptores morfo-agronómicos,
fitosanitarios, fisiológicos y de índices de desarrollo (tabla 1), realizada en la plantilla y en
la primera soca de 1,186 individuos del banco de germoplasma de Cenicaña, entre los
años 2006 y 2008 en el ingenio Riopaila-Castilla y planta Castilla, entre los
investigadores de los ingenios y de Cenicaña.
Las 220 introducciones seleccionadas del banco de germoplasma de Cenicaña y que

conforman el material de referencia a utilizar en la presente investigación se describen en
la tabla 1.
Tabla 1. Descriptores morfo-agronómicos evaluados para la selección del material de

referencia.
Tipo Carácter
Descriptor Unidad Técnica o equipo utilizado
variable variable
Altura planta Cuantitativa Agronómica cm Regla
Diámetro tallo Cuantitativa Agronómica mm Pie de rey
Floración Nominal Agronómica Escala: 1-5 1: cero floraciones, 5: abundante
Germinación Nominal Agronómica Escala: 1-5 1: cero germinaciones, 5: abundante germinación
Longitud cogollo Cuantitativa Agronómica cm Regla

Tipo Carácter
Descriptor Unidad Técnica o equipo utilizado
variable variable
Longitud de entrenudo Cuantitativa Agronómica cm Regla
Numero de
Relación altura primera lígula visible y el número de entrenudos
entrenudos Cuantitativa Agronómica cm
Pelusa Nominal Agronómica Escala: 1-5 1: cero pelusas, 5: abundante pelusa
Peso de 10 tallos Cuantitativa Agronómica Kg Báscula
Población /m lineal Cuantitativa Agronómica Tallos/m Conteo tallos maduros/m
Porte de planta Nominal Agronómica Escala: 1-5 1: mejor aspecto, 5: porte no deseado
Raíces Binaria Agronómica Escala: 1-2 1: presencia, 2: ausencia
Rajadura Binaria Agronómica Escala: 1-2 1: presencia, 2: ausencia
Volcamiento Nominal Agronómica Escala: 1-5 1: cepa erecta, 5: mayor volcamiento

Cálculo del SPAD que es equivalente a la clorofila mediante la
Clorofila Cuantitativa Fisiológica Spad absorbancia de la hoja en las zonas roja e infrarroja.
Tolerancia a Herbicida Nominal Fisiológica Escala: 1-5
Azúcar estimada
Relación Brix, fibra, sacarosa y humedad
recuperable (ARE) Cuantitativa Química %
Azúcares reductores
Cromatografía/NIR
totales (ATR) Cuantitativa Química %
Brix Cuantitativa Química Grados Refractómetro
Fibra Cuantitativa Química % NIR
Humedad Cuantitativa Química % NIR
Materia seca Cuantitativa Química % Gravimetría
Sacarosa Cuantitativa Química % Polarimetría

Pureza Cuantitativa Química % Cromatografía/NIR
Azúcares Reductores Cuantitativa Química % Jugo prensado
Sacarosa % caña Cuantitativa Química % Relación sacarosa % y peso caña
Carbón Cuantitativa Sanitaria % Incidencia de plantas con síntomas
Escaldadura de la hoja Cuantitativa Sanitaria % Incidencia de plantas con síntomas
Raquitismo de la soca Cuantitativa Sanitaria % Incidencia de plantas con síntomas
Virus del mosaico Cuantitativa Sanitaria % Incidencia de plantas con síntomas
Roya café Incidencia Cuantitativa Sanitaria % Incidencia de plantas con síntomas
Roya café Reacción Cuantitativa Sanitaria Escala: 1-9 1: sana, 9: muy enferma, Escala Purdy & Dean (1980)
Virus hoja amarilla Cuantitativa Sanitaria % Incidencia de plantas con síntomas

Fuente: Cenicaña. (2014)
Tabla 2. Introducciones del material de referencia.

Introducción Especie o híbrido Origen Introducción Especie o híbrido Origen
Erianhtus
IJ 76-358 arundinaceus World Collection Miami EPC 66644 Híbrido Palmira Colombia
10-95 Erianthus spp. World Collection Miami EPC 679 Híbrido Palmira Colombia
43-78 Erianthus spp. World Collection Miami EPC 72173 Híbrido Palmira Colombia
76 F 2515 Híbrido South África EPC 72175 Híbrido Palmira Colombia
Apta 8 Híbrido Desconocido EPC 73351 Híbrido Palmira Colombia
BT 65/282 Híbrido Desconocido H 73-6110 Híbrido Hawaii
CC Colección 13 Híbrido Cenicaña Colombia ICA 70-11 Híbrido ICA
CC 00-2639 Híbrido Cenicaña Colombia ICA 70-32 Híbrido ICA
CC 01-1484 Híbrido Cenicaña Colombia Mex 52-29 Híbrido México
CC 01-1567 Híbrido Cenicaña Colombia MZC 74-275 Híbrido ING. MZC
3

CC 01-1789 Híbrido Cenicaña Colombia NCo 310 Híbrido South África
CC 01-678 Híbrido Cenicaña Colombia POJ 2878 Híbrido Indonesia
CC 82-15 Híbrido Cenicaña Colombia PR 62-195 Híbrido Puerto Rico
CC 82-28 Híbrido Cenicaña Colombia PR 17395 Híbrido Puerto Rico
CC 84-56 Híbrido Cenicaña Colombia Q 149 Híbrido Australia
CC 84-75 Híbrido Cenicaña Colombia PT 48-67 Híbrido Desconocido
CC 86-02 Híbrido Cenicaña Colombia RD 75-11 Híbrido Rep. Dominicana
CC 09-368 Híbrido Cenicaña Colombia RB 80-5004 Híbrido Brasil
CC 86-29 Híbrido Cenicaña Colombia RB 73-5220 Híbrido Brasil
CC 87-117 Híbrido Cenicaña Colombia Maur 202/46 Híbrido Mauricio
CC 87-216 Híbrido Cenicaña Colombia SP 71-6949 Híbrido Brasil
CC 87-251 Híbrido Cenicaña Colombia CC 01-183 Híbrido Cenicaña Colombia
CC 87-473 Híbrido Cenicaña Colombia V 71-51 Híbrido Venezuela
CC 88-209 Híbrido Cenicaña Colombia Mex 64-1487 Híbrido México
CC 91-1990 Híbrido Cenicaña Colombia CCSP 89-1997 Híbrido Cenicaña Colombia
CC 93-3352 Híbrido Cenicaña Colombia H 78-4153 Híbrido Hawaii
CC 93-3801 Híbrido Cenicaña Colombia SA 2 Híbrido South África
CC 93-3811 Híbrido Cenicaña Colombia B 43-62 Híbrido Barbados
CC 93-3821 Híbrido Cenicaña Colombia CC Colección 198 Híbrido Cenicaña Colombia
CC 94-5732 Híbrido Cenicaña Colombia CP 83-1789 Híbrido Cenicaña Colombia
CC 95-5992 Híbrido Cenicaña Colombia EPC 73-356 Híbrido Palmira Colombia
CC 96-6803 Híbrido Cenicaña Colombia H 293815 Híbrido Hawaii
CC 97-7170 Híbrido Cenicaña Colombia M 31-45 Híbrido Mauricio
CC 99-1405 Híbrido Cenicaña Colombia NA 5679 Híbrido Norte Argentina
CC Colección 113 Híbrido Cenicaña Colombia ICA 69-11 Híbrido ICA
CC Colección 138 Híbrido Cenicaña Colombia M 1246/84 Híbrido Mauricio
CC Colección 28 Híbrido Cenicaña Colombia RB 85-5113 Híbrido Brasil
CC Colección 33 Híbrido Cenicaña Colombia CTC4 Híbrido Brasil
CC Colección 74 Híbrido Cenicaña Colombia Chin S. barberi World Collection Miami
CC Colección 99 Híbrido Cenicaña Colombia Baraukha S. barberi World Collection Miami
CCSP 89-259 Híbrido Cenicaña Colombia Sararoo S. barberi subg. Mungo World Collection Miami
CCSP 89-43 Híbrido Cenicaña Colombia Ruckri S. barberi subg. Nargori World Collection Miami
Co 281 Híbrido India Semari Narg S. barberi subg. Nargori World Collection Miami
S. barberi subg.
Co 421 Híbrido India Paunra sunnabile World Collection Miami
S. barberi subg.
Co 62101 Híbrido India Patarki Mango sunnabile World Collection Miami
CP 38-34 Híbrido Canal Point Aroundoi B S. officinarum World Collection Miami
CP 57-603 Híbrido Canal Point Cristalina S. officinarum World Collection Miami
CP 75-1632 Híbrido Canal Point Green German S. officinarum World Collection Miami
CP 78-1263 Híbrido Canal Point IJ 76-315 S. officinarum World Collection Miami
CP 83 Mis # 15 Híbrido Canal Point IJ 76-442 S. officinarum World Collection Miami
CP 83-1155 Híbrido Canal Point Manteiga S. officinarum World Collection Miami
CP 84-1062 Híbrido Canal Point Muntok Java S. officinarum World Collection Miami
CP 85-1514 Híbrido Canal Point NG 28-37 S. officinarum India
EPC 1957 Híbrido Palmira Colombia NG 51-105 S. officinarum Papua New Guinea
EPC 2072 Híbrido Palmira Colombia S. off 82-76 S. officinarum World Collection Miami
EPC 37(27) Híbrido Palmira Colombia US 95-1008 S. officinarum World Collection Miami
EPC 38148 Híbrido Palmira Colombia Creuola S. officinarum World Collection Miami
EPC 45933 Híbrido Palmira Colombia Badilla S. officinarum World Collection Miami
EPC 47493 Híbrido Palmira Colombia S. sinense S. sinense World Collection Miami
EPC 47650 Híbrido Palmira Colombia Uba S. Sinense
EPC 48994 Híbrido Palmira Colombia Berlin S. Sinense subg. Busahi World Collection Miami
EPC 53733 Híbrido Palmira Colombia Desi Paunda S. Sinense subg. Busahi World Collection Miami
EPC 58839 Híbrido Palmira Colombia Midlan S. Sinense World Collection Miami
EPC 66520 Híbrido Palmira Colombia 19-95 S. spontaneum World Collection Miami
Fuente: Cenicaña. (2014)
3.3 Caracterización fenotípica de la resistencia a roya

naranja
3.3.1 Obtención del material vegetal

La semilla del material de referencia se cortará de los lotes 23 y 24 de la EESA, a una
edad entre los 6 y 8 meses. Las yemas se extraerán con un equipo desarrollado en
Cenicaña denominado Cenizalla®, se llevarán a pre-germinación en canastillas con
carbonilla y ceniza en relación 1:1, se tratarán con una mezcla de fungicida Azimut 320
SC 0.3% (Azoxystrobin y Tebuconazole) + insecticida Engeo SC (Tiametoxam y
Lambdacihalotrina), se cubrirán con carbonilla y se mantendrán bajo condiciones de
umbráculo. 15 días después de la siembra, las plantas germinadas se trasplantarán a
germinadores de 40 pozos y se llevarán a invernadero hasta que cumplan dos meses de
edad.
Figura 9. Proceso para la obtención del material vegetal.

3
3.3.2 Obtención y preparación del inóculo
Se extraerán mediante una bomba de vacío (Figura 10) las uredosporas colectadas de
hojas de plantas con roya naranja de la variedad CC 01-1884 de la EESA, variedad en la
que se presentó por primera vez la enfermedad en el país, y de la variedad CC 01-1940
colectada en la suerte 3 del ingenio La cabaña, variedad susceptible a la enfermedad y
de mayor área sembrada en el país.
El inóculo de la variedad CC 01-1940 se seleccionó por ser uno de los inóculos más
virulentos de un estudio previo, en el que se colectaron uredosporas de roya naranja en
90 suertes establecidas con la variedad CC 01-1940 de sitios seleccionados en la zona
norte, centro y sur del valle del rio Cauca, y de los tiempos térmicos acumulados bajo
(174-200°C, con una temperatura absoluta entre 15.1-31.4°C), medio (200-207°C, con
una temperatura absoluta entre 15.9-32.5°C) y alto (206-232°C, con una temperatura
absoluta 17.3-33.8°C), y se evaluó la virulencia (índice de daño ID, de acuerdo a lo
reportado por Victoria et al, 1990) bajo condiciones controladas en la EESA, utilizando la
metodología de aspersión con aerógrafo en plantas de dos meses de edad (Rincón et al,
2019) en plantas de la variedad susceptible CC 01-1940; como testigo se inocularon
plantas de la variedad resistente CC 85-92. Los resultados mostraron una alta
variabilidad en la virulencia de los 90 inóculos de roya naranja, no asociada al origen
geográfico y al tiempo térmico acumulado, variable que de acuerdo a Vélez et al (2019)
estuvo correlacionada con la población de uredosporas de roya naranja en campo.
Las uredosporas se incubarán bajo condiciones de cámara húmeda en cajas plásticas de

5 L durante 24 horas. La cámara húmeda consiste en una caja plástica con papel toalla
impregnado con agua destilada en la base, las paredes y la tapa de la caja.
El día de la inoculación, las uredosporas se resuspenden en una solución de Tween 20

(0.02%) y nonanol (0.001%) estéril a razón de 0.02 g/ml de solución. Para favorecer la
homogeneidad del inóculo en la suspensión, es necesario agitarlo durante  15 minutos
en una plancha magnética.
El inóculo se tamiza con un fragmento de tela de muselina para evitar el taponamiento de

la boquilla del compresor al momento de la inoculación.
3.3.3 Inoculación
De manera preliminar, se compararon dos métodos de inoculación uno de aspersión con
aerógrafo y un segundo colocando 250 µl de la suspensión de inóculo en la hoja
enrollada (Sood et al., 2009), en ambos casos se inocularon pantas de dos meses de
edad. Los resultados mostraron mayores valores en la reacción (8 en la escala de Purdy
& Dean, 1980) y en la severidad (100%, según el programa Asses 2.0 Image Analysis
Software de la American Phytopathological Society) en las plantas inoculadas mediante
la metodología de aerógrafo. Al validar el protocolo se observaron diferencias en la
reacción varietal y en la patogenicidad de inóculos de P. kuehnii obtenidos de variedades
diferentes. La metodología de aspersión con aerógrafo, además de ser eficiente, es más
práctica y se ahorra más inóculo.
Teniendo en cuenta lo anterior, las plantas se lavarán con abundante agua destilada y se
impregnarán con una solución de Tween 20 (0.02%) y nonanol (0.001%), para lo cual se
asperjarán con un aspersor manual y se sobarán suavemente con los dedos pulgar y
corazón. La inoculación se realizará mediante la aspersión de la suspensión del hongo
utilizando un aerógrafo conectado a un compresor entre 20-30 PSI (Figura 10).
Las plantas inoculadas se dejarán durante 15 minutos para su secado y posteriormente

se llevarán a la cámara de inoculación donde se incubarán durante 16 h bajo oscuridad y
4 h con luz, a una humedad relativa por encima del 90% y una temperatura de 22°C
(Figura 10).
Las plantas se llevan a jaulas plásticas al invernadero durante 4 semanas a una

humedad relativa  60% y una temperatura inferior a los 30°C.
Figura 10. Obtención del inóculo e inoculación.
4
Fuente: Rincón (2020)
3.3.4 Evaluación
Se evalúa la severidad mediante el programa Asses 2.0 Image Analysis Software

(American Phytopathological Society); y la reacción de acuerdo a la escala propuesta por
Purdy y Dean (1980)
Tabla 3. Escala propuesta para evaluación de severidad.

Reacción Descripción según el tipo de pústula
1 Infección no visible. Roya presente en la zona geográfica
2 Pequeñas rayas cloróticas solamente
3 Rayas necróticas solamente
4 Manchas individuales cloróticas o rojas, con pústulas sin abrir
5 Manchas individuales cloróticas o rojas, con pústulas abiertas y produciendo esporas
6 Manchas grandes en la hoja, enrojecidas o necróticas, con pústulas produciendo esporas
Manchas rojas o cafés, fusionadas, que cubren gran parte de la lámina foliar de un borde a
7 otro y atraviesan la nervadura central, con pústulas esporulantes
8 Las pústulas en tejido clorótico esporulando activamente
9 Las pústulas con tejido verde esporulando activamente
Fuente: Escala Purdy y Dean (1980)
Como criterio para evaluar la virulencia combinando el componente genético (expresado

como el grado de reacción de acuerdo con la escala de Purdy y Dean, 1980) y el
componente ambiental (expresado como el porcentaje de severidad medido con el
Programa Asses 2.0 Image Analysis Software de la Sociedad Americana de
Fitopatología), se calculará el índice de daño (ID) de acuerdo a la fórmula que a
continuación se describen. La calificación de la resistencia se determinó de acuerdo a la
escala propuesta por Victoria et al. (1988) (Tabla 4.).
Índice de daño ID = grado de reacción x 100 + severidad
Tabla 4. Calificación de la reacción de variedades de caña de azúcar a la roya café y

roya naranja.
Índice de daño
Calificación
Límite inferior Límite superior
Resistente 0 500
Intermedio 500.1 512
Susceptible 512.1 1000
Fuente: Victoria et al. (1988)
3.3.5 Diseño experimental

La fenotipificación se realizará bajo un diseño de parcelas subdivididas. A nivel de
genotipo se tendrán 30 plantas, distribuidas en tres repeticiones, bajo un diseño de
bloque completos al azar; por planta se evaluarán las hojas TVD (primera hoja con lígula
visible) y TVD+1 (segunda hoja con lígula visible). A nivel de grupo, se tendrá un diseño
completamente aleatorio; en cada grupo de evaluación se inocularán las introducciones
IJ 76-315 y CC 85-92 seleccionados por su resistencia a la enfermedad bajo condiciones
de campo, las introducciones CC 01-1940 y CC 97-7170 por presentar resistencia
intermedia a la enfermedad bajo condiciones de campo, y CC 01-1884 y RB 73-5220 por
la susceptibilidad que presentan a la enfermedad bajo condiciones de campo.
3.4 Identificación de marcadores moleculares asociados

a la resistencia a roya naranja
Para la identificación de las variaciones genéticas presentes en un polimorfismo de un
solo nucleótido (SNP single nucleotide polymorphism) en las 220 introducciones que
conforman el material de referencia, se utilizarán las librerías GBS (Genotyping By
Sequencing) (Elshire et al., 2011) y RADSeq (Restriction DNA Sequencing) (Davey et al.,
2011) de secuenciación de nueva generación (NGS) obtenidas previamente en el área de
Biotecnología de Cenicaña.
La librería Rad-Seq se realizó en el Instituto de Genómica de Beijing (Beijing Genomics

Institute) utilizando la enzima restricción EcoRI (GAATTC), y la secuenciación GBS
(Whole Genome Sequence) se realizó en el Centro de Diversidad Genómica de la
Universidad de Cornell (Genomics Diversity Facility, Cornell University) utilizando la
enzima PstI (CTGCAG).
4
En el área de Biotecnología de Cenicaña, analizaron la calidad de las secuencias usando

la herramienta FastQC y removieron las lecturas que presentaron calidad por debajo de
20 en escala phred utilizando la herramienta Trimmomatic (Trujillo, 2020).
Para la identificación de los marcadores moleculares se utilizará como genoma de

referencia el genoma de la variedad CC 01-1940 de caña de azúcar, ensamblada por el
Dr. Trujillo en Cenicaña en el año 2020.
Los datos GBS y RADSeq fueron mapeados en el área de Biotecnología de Cenicaña

utilizando la herramienta Bowtie2-2.5 (Trujillo, 2020). La detección de las variantes de un
solo nucleótico o SNPs se ejecutará utilizando la herramienta NGSEP 3.0.2 y la opción
“MultisampleVariantsDetector”. Se seleccionarán los marcadores SNPs que presenten
alta calidad en el llamado del genotipo, utilizando la herramienta NGSEP v 3.0.2 y el
módulo “FilterVCF” (Trujillo, 2020):
 Mínima frecuencia alélica = 1 %. Este valor se tomó teniendo en cuenta que una
variante es considerada como un marcador SNP si se presenta al menos en el
1% de la población.
 Mínimo número de individuos genotipados = 110. Este valor hace referencia a
la mitad de los individuos secuenciados con GBS y RADSeq, de esta manera se
asegura que cada marcador seleccionado genotipará al menos la mitad de la
población.
 Mínima cobertura = 50X. Este parámetro define el número de lecturas que debe
soportar el marcador.
 Mínima calidad de genotipado = 40 en escala de Phred. Seleccionar los SNPs
que tienen una probabilidad mayor o igual al 99,99% de precisión en la definición
de su genotipo.
 Mínima distancia entre marcadores = 5 pb. Se seleccionaron los SNPs que no
tuvieran otros SNPs cercanos en al menos 5 bases adyacentes a su posición.
Esto permite tener una mejor confianza en los SNPs seleccionados y facilita el
proceso de reproducir estos marcadores.
 SNPs bialélicos. La selección se hace con el propósito de facilitar el proceso de
reproducibilidad utilizando las tecnologías de genotipificación disponibles y que
han sido diseñadas principalmente para genomas diploides.
Los marcadores tipo SNPs identificados se usarán para realizar el análisis de

componentes principales y el análisis de asociación con los resultados de la
fenotipificación (Genome Wide Association Study GWAS).
Para determinar las asociaciones SNP-característica se usará un modelo lineal mixto

(MLM) usando GAPIT (Lipka et al., 2012) y TASSEL (Bradbury et al., 2007). La ecuación
del MLM que se usará es: Y = Xα + Pβ + Kµ + ɛ
Donde Y es el fenotipo de un genotipo, X es el efecto fijo del SNP, P es el efecto fijo de la

estructura poblaciones (Matriz de componentes principales), K es el efecto aleatorio de la
matriz Kinship (relación entre genotipos) y ɛ es el error experimental.
3.5 Validación preliminar de los marcadores moleculares

identificados
3.5.1 Material vegetal

Se seleccionarán 200 individuos de la progenie proveniente de la cruza de introducciones
que bajo condiciones semi controladas en invernadero resultaron resistente y susceptible
a la roya naranja.
Se colectarán yemas de las plantas seleccionadas, se tratarán con Azimut 320 SC 0.3%
(Azoxystrobin y Tebuconazole) y Engeo SC (Tiametoxam y Lambdacihalotrina), y se
ubicarán en canastillas con carbonilla y ceniza en relación 1:1 bajo condiciones de
umbráculo durante dos semanas. Posteriormente, se trasplantarán a germinadores de 40
pozos y se ubicarán en cubículos plásticos en invernaderos de la EESA.
3.5.2 Fenotipificación del material de validación

Las plantas se inocularán con mezcla de uredosporas de roya naranja colectadas en los
sitios que, de acuerdo a estudios preliminares, se observó variabilidad en la virulencia de
los inóculos. La inoculación se hará mediante la aspersión con aerógrafo a 20-30 PSI de
las uredosporas suspendidas en una solución de Tween 20 (0.02%) y nonanol (0.001%)
estéril a razón de 0.02 g/ml de solución, en las plantas de dos meses de edad
previamente lavadas con agua destiladas e impregnadas con una solución de Tween 20
(0.02%) y nonanol (0.001%).
Las plantas inoculadas se incubarán durante 16 h bajo oscuridad y 4 h con luz, a una
humedad relativa por encima del 90% y una temperatura de 22°C, y serán llevadas
posteriormente a cubículos plásticos en invernadero con humedad relativa  60% y
temperatura inferior a 30°C.
4
Cuatro semanas después de la inoculación, se evaluará la reacción de acuerdo a la

escala de Purdy y Dean (1980) (Tabla 3.) y la severidad mediante el programa Asses 2.0
Image Analysis Software (American Phytopathological Society), y se determinará la
resistencia o susceptibilidad de cada individuo de acuerdo a la categorización de acuerdo
al índice de daño (ID) propuesta por Victoria et al. (1988) (Tabla 4.).
Por cada material se evaluarán las hojas TVD (hoja con primera lígula visible) y TVD +1
(segunda hoja con lígula visible) de 30 plantas distribuidas en tres bloques completos al
azar.
3.5.3 Extracción de ADN
El ADN se extraerá a partir de tres gramos de tejido meristemático o cogollo colectado en

nitrógeno líquido, mediante el protocolo de Gilberston et al. (1991).
La calidad del ADN será determinada en geles de agarosa al 0.8% teñidos con SYBR
Safe y visualizados con luz ultravioleta. La cuantificación se hará por medio del
espectrofotómetro NanoDrop 2000 Thermo Scientific y el nivel de pureza mediante la
relación de las absorbancias a 260nm y 280nm. Luego de la cuantificación del ADN se
almacenará a – 20 °C hasta su uso.
3.5.4 Genotipificación de la población de validación

Se verificará la presencia de los marcadores moleculares tipo SNPs seleccionados en los
materiales resistentes a roya naranja de la población de validación, y la ausencia de los
mismos en los materiales susceptibles. Para lo cual, se sintetizarán sondas marcadas
con fluoróforos y se utilizarán en la amplificación en cadena de la polimerasa, mediante la
técnica ddPCR (Droplet Digital PCR).
La ddPCR es una tecnología de última generación de cuantificación absoluta de ácidos

nucleicos que se basa en la detección de señales fluorescentes y la enumeración de
eventos binominales (presencia de fluorescencia= 1, ausencia de fluorescencia = 0)
(Quan et al., 2018), más sensible que la PCR, basada en la emulsión de gotas de agua.
El sistema de ddPCR de Bio-Rad’s QX200 combina la tecnología de gotas de emulsiones

de agua y aceite con microfluidos. El QX200 AutoDG™ es el generador de gotas y
convierte las muestras en 20.000 gotas. La amplificación de la PCR se lleva a cabo en
cada nanogota en un termociclador. Las nanogotas se clasifican en único archivo con el
lector QX200, el cual cuantifica la fluorescencia positiva. Por último, el software llamado
QuantaSoft mide el número de droplets positivas y negativas para cada fluoróforo

(BioRad, 2019).
En esta técnica se utilizan sondas TaqMan (secuencias específicas marcadas con un

fluoróforo en el extremo 5’ y con un quencher en el extremo 3’). Cuando la sonda está
intacta, debido a la proximidad del quencher, el fluoróforo no emite fluorescencia, pero en
el paso de extensión de la ddPCR la enzima Taq polimerasa (con actividad exonucleasa
5’ a 3’) deja al fluoróforo libre, emitiendo la fluorescencia (Quan et al., 2018; BioRad,
2019).
Para el diseño de los primers y de las sondas, previa apreciación de la longitud del
amplicón, se realizará una búsqueda en BLAST para determinar homología usando la
secuencia/target de interés, se utilizará el Software RealTime Design qPCR Assay
Design, y se tendrán en cuenta las siguientes características (BioRad, 2019).
Para el diseño de los primers:
 Producto amplificado de 75 – 200bp

 Contenido de G-C 50-60%
 Tm entre 50 y 65°C, calculado con Neighborg Joining (50mM sal, 300 nM oligos)
 Evitar repeticiones de más de 3 G o C consecutivas
 En el extremo 3´tratar de diseñar G o C
Para el diseño de sondas:
 Solamente tipo Taqman

 Quencher tipo Nova o ZEN
 Tm mínima de 64°C, óptima de 65°C y 70°C como máximo
 Tm de 3-10°C mayor que la de los primers
 Contenido GC 30-80%
 Tamaño entre 13 y 30 nucleótidos
 No debe tener G en 5´
 Deben ser más largas y deben anillarse antes que los primers. La diferencia de
temperatura de anillaje teórica debe ser de 8 – 10ᴼC. Sin embargo, en algunos
estudios puede ser de 3 – 4ᴼC.
 La distancia entre el fluoróforo y el quencher debe ser menor a 30bp.
Para la reacción, se tendrán 5 µl de ADN (máx 330 ng) de cada individuo de la población
de validación en un volumen total de 24 l, con 12 µl de supermix ddPCR para sondas
2X (1X), 1.2 µl de sondas para el marcador blanco (FAM) (250 nM sonda), 1.2 µl de
Primer Fordward y Reverse para el marcador blanco (FAM) (900 nM sondas), 1.2 µl de
4
sonda para el marcador de referencia (HEX/VIC) (250 nM sonda), 1.2 µl de Primer

Fordward y Reverse para el marcador de referencia (HEX/VIC) (900 nM primers), y 1.2 µl
de enzima de restricción diluida (2-5 U/reacción) (BioRad, 2019).
Para la generación de las gotas, se insertará el cartucho en el soporte con la muesca

en la esquina superior izquierda, se transferirán 20 ml de cada muestra y 70 ml de
aceite generador en los pozos designados para cada uno en el cartucho, evitando la
formación de burbujas. Se ajustará el gasket sobre el soporte del cartucho usando los
agujeros a cada lado y se presionará el botón superior del Generador de gotas QX200;
se ubicará el soporte del cartucho en la ranura y se presionará de nuevo el botón para
dar inicio a la generación de las gotas (BioRad, 2019) (Figura 11).
Cuando el proceso está completo, las tres luces del equipo se encienden. Se sacará el
soporte del equipo y se removerá y descartará el gasket del soporte, las gotas
generadas estarán contenidas en los pozos superiores del cartucho (BioRad, 2019)
(Figura 11).
Con una micropipeta multicanal, se tomarán 40 ml del contenido del pozo superior del
cartucho y se depositarán en una columna de una placa de PCR de pozo profundo. La
placa de PCR se sellará con una lámina de aluminio en el equipo Sellador de placas,
programado a 180°C durante tres segundos (BioRad, 2019) (Figura 11).
Se dará inicio al proceso de PCR, previa programación de la rampa a 2°C/s, para

mantener la uniformidad térmica en la transmisión de energía ante la barrera aceitosa
de las nano gotas. La amplificación se llevará a cabo en un termociclador PTC-100
(Programable Thermal Controller) bajo las siguientes condiciones: una
predenaturación inicial durante 10 min. a 95°C, posteriormente 40 ciclos compuestos
de: denaturación por 30 seg. a 94° C; apareamiento por 1 min. a 60°C; extensión por
10 min. a 98°C, y una incubación infinita a 4°C. Los resultados se visualizarán en los
Softwares Quantasoft y Quantasoft Analysis Pro (BioRad, 2019)
Figura 11. Protocolo de la técnica Droplet Digital PCR (dd PCR).

Fuente: BioRad, (2019)
3.5.5 Determinación de la precisión y de la eficiencia de los

marcadores moleculares seleccionados
Basados en los resultados de la fenotipificación y de la genotipificación, se determinó la
precisión de la selección (PS) definida como el porcentaje de individuos que resultaron
resistentes a la roya naranja en la genotipificación y en la fenotipificación entre el número
total de genotípicos resistentes individuos. La eficiencia (ES) de los marcadores
moleculares seleccionados se determinará de acuerdo al porcentaje de individuos que
eran tanto fenotípicos como genotípicos resistentes entre el número total de individuos
fenotípicos resistentes en la cartografía de la población (Yang et al., 2018):
PS = (No. fenotipos y genotipos resistentes / No. de genotipos de individuos

resistentes) x 100
ES = (No. de fenotípicos e individuos genotípicos resistentes / el número de

fenotípicos de individuos resistentes en la población cartográfica) x 100.
4
4. Presupuesto
Tabla 5. Presupuesto.
4.1 RECURSOS REQUERIDOS
Grupo de investigadores
Dedicación Costo
Nombre Descripción Funciones
(horas/semana) (en especie)
Eliana Andrea Rincón Desarrollo de la tesis 30
John Jaime Riascos Director de tesis, análisis de datos 4
genotípicos y de asociación Gwas.
Cenicaña Salario x 1.8(este es el
valor que contribuye) /
horas mes (160
horas/mes) (este es el
valor por hora) x horas
al mes (160 horas) x
no. de meses (24 que
son 2 años)
Fredy Antonio Salazar Director de tesis, análisis de datos de 4

fenotipificación. Cenicaña
Jaime Eduardo Muñoz Director de tesis, Universidad Nacional 4 58.000.000
de Colombia
Juan Carlos Ángel Análisis de datos fitopatológicos. 2
Cenicaña
Fernando Silva Análisis de datos genotípicos y de 2
asociación Gwas. Cenicaña
Jershon López Gerena Análisis de datos genotípicos. Cenicaña 2
Luis Orlando López Análisis de datos de fenotipificación. 2
Cenicaña
Capacitación
Descripción Universidad
Matrícula doctorado Ciencias Universidad nacional de Colombia sede
Agrarias palmira
Viajes
Descripción del viaje Lugar

Recolección de inóculos de Zona Sur del valle geográfico del río
roya naranja para la Cauca

fenotipificación
Demanda de sitios experimentales
Sitio Ubicación Área m2

Lotes de campo para la Estación experimental de San 7980
obtención de semilla del Antonio, Cenicaña EESA
material de referencia y de
validación
Desarrollo o adquisición de software especializado
Desarrollo No.
Descripción Costo
Interno Comercial Licencias
Asses 2.0 Image Analysis Software X 1
for Plant Disease Quantification
Cenilogger X -
Secuenciación del material de referencia
Descripción Costo
Servicios Biología Molecular (secuenciación fragmentos, iniciadores) 15762500
'Secuenciación poblaciones derivadas de análisis GWAS 120000000
Adecuación de infraestructura
Descripción Costo
'Adecuación cámara húmeda y aire acondicionado para 25000000
inoculación 15m2
'Cultivo lote 1ha fuente de semilla 220 genotipos (2 años) 10000000
'Invernadero de plástico 50 m2 60000000
Materiales e insumos
Descripción Costo
Bomba de vacío 422990
Colectores de uredosporas (2) 571200
Compresor 389900
Humidificadores 1200000
Nonanol
Tween 20
Kit extracción ADN
Kit ddPCR
Cajas de Petri 213010
Agar agua
Microscopio 3000000
Semilleros de 40 pozos 556920
Scaner 1800000
Computador 4500000
Multiplicación y Propagación de Plantas (220*21*3*3*2*7) 87318000
Viáticos y transporte 6000000
5
4.2. PRESUPUESTO
Año 1
Año 2
Total

Gastos de Personal

Adecuaciones e instalaciones

Gastos de viaje

Insumos de laboratorio

Producción de plántulas

Maquinaria y equipo

Equipo de oficina

Equipo de computación

Total

Fuente: el autor.
5
5.Bibliografía
Agrios, G. N. (1988). Plant pathology/by George N. Agrios (No. Libro 632 A37 (2005).
Academic Press. San Diego. US. 803 p. disponible en http://www.sidalc.net/cgi-
bin/wxis.exe/?
IsisScript=sibur.xis&method=post&formato=2&cantidad=1&expresion=mfn=00206
3
Alcántara, M. R. (2007). Breve revisión de los marcadores moleculares. Ecología

molecular, 541-566. Disponible en
https://hopelchen.tecnm.mx/principal/sylabus/fpdb/recursos/r119349.PDF
Amarasinghe, S., Su S., Dong, X., Zappia, L.; Ritchie, M., Goui, Q. (2020). Opportunities
and challenges in longread sequencing data analysis. Genome Biology 21: 30,
2020. Disponible en
https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-020-1935-
5.pdf
Amaya, Estevez, A., Cock, J., Hernández, A. D. P., & Irvine, J. (1995). Biología. El cultivo
de la caña en la zona azucarera de Colombia. Disponible en
http://www.sidalc.net/cgi-bin/wxis.exe/?
IsisScript=cidca.xis&method=post&formato=2&cantidad=1&expresion=mfn=00203
9
Amorim, L., Bergamin Filho, A., Sanguino, A., Cardoso, C. O. N., Moraes, V. A., &
Fernandes, C. R. (1987). Metodologia de avaliação da ferrugem da cana-de-
açúcar (Puccinia melanocephala). Boletim Técnico Copersucar, 39(1), 13-16.
Disponible en http://www.sidalc.net/cgi-bin/wxis.exe/?
0
Anderson, D. L., Raid, R. N., Irey, M. S., & Henderson, L. J. (1990). Association of
sugarcane rust severity with soil factors in Florida. Plant disease, 74(9), 683-
686.disponible en https://www.cabdirect.org/cabdirect/abstract/19902302203
Ángel, J. C. (2020). Efecto en la producción de roya naranja en la variedad CC 01-1940.

Presentación Evaluación de Proyectos agosto de 2020.
Ángel, J. C., Cadavid, M., & Victoria, J. I. (2010) en variedades de caña de azúcar en el
valle del río Cauca, 2007-2010. Carta trimestral. Cenicaña. V.32 Nos 3 y 4 p. 37-
38. Disponible en
https://www.cenicana.org/pdf_privado/carta_trimestral/ct2010/ct3y4_10/ct3y4_10_
p37-38.pdf
Ángel, J.C. (2013). Reemplazar la CC 85-92, un reto para el Sector. Cenicaña Carta
Informativa. Año 1 / Número 1 /febrero de 2013
Ángel, J.C.; Cadavid, M. y Ángel, C.A. (2016). Reconocimiento de las enfermedades de

la caña de azúcar en Colombia. Guía metodológica. Cenicaña. Cali, Colombia.
100 p. (Materiales para la transferencia de tecnología en la agroindustria de la
caña de azúcar. Sistema de producción agrícola). Disponible en
https://www.cenicana.org/reconocimiento-de-las-enfermedades-de-la-cana-de-
azucar-en-colombia/
Anthony PK. (2008) Plant diseases. Published by The American Phytopathological

Society. (Consultado: 23 abr 2008). Disponible en:
http://apsjournals.apsnet.org/loi/pdis?cookieSet=1
Atienza, C. S., & Quimio, A. J. (1982). Reactions to rust of sugarcane clones and varieties
in the Philippines. Sugarcane Pathologists' Newsletter, (29), 3-10. Disponible en
https://www.cabdirect.org/cabdirect/abstract/19841625790
Avellaneda, MC, Hoy, JW y Pontif, MJ (2015). Detección de resistencia a la roya marrón

de la caña de azúcar con inoculación en condiciones controladas. Enfermedad de
las plantas, 99 (11), 1633-1639. Disponible en
https://apsjournals.apsnet.org/doi/pdfplus/10.1094/PDIS-01-15-0078-RE
Azofeifa, A. (2006). Uso de marcadores moleculares en plantas; aplicaciones en frutales

del trópico. Agronomía Mesoamericana 17 (2), 221-242. Disponible en
http://www.mag.go.cr/rev_meso/v17n02_221.pdf
Barksdale, T. H., Papavizas, G. C., & Johnston, S. A. (1984). Resistance to foliar blight
and crown rot of pepper caused by Phytophthora capsici (No. RESEARCH).
Disponible en https://worldveg.tind.io/record/4817/
Bradbury, P. J., Zhang, Z., Kroon, D. E., Casstevens, T. M., Ramdoss, Y., & Buckler, E.
S. (2007). TASSEL: software for association mapping of complex traits in diverse
samples. Bioinformatics, 23(19), 2633-2635. Disponible en
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/23/19/2633/185151
5
Campion, R., Tec J.C. (2004). Métodos Fisicoquímicos en Biotecnología: Secuenciación

de Ácidos Nucleicos. Universidad Nacional Autónoma de Méxic.
Cenicaña. (2020). Centro de investigación de la caña de azúcar en Colombia. Informe

anual 2019. Cali, 117 p.
BioRad (2019). Guia completa Droplet Digital PCR System QX200. Disponible en
http://www.bumc.bu.edu/gsi/files/2019/01/ddPCR-Applications-Guide.pdf
Chaisan, T., Van, K., Kim, MY, Do Kim, K., Choi, BS y Lee, SH (2012). Descubrimiento in
silico de polimorfismo de un solo nucleótido y aplicación a la selección asistida por
marcadores en soja. Mejoramiento molecular, 29 (1), 221-233. Disponible en
https://www.researchgate.net/profile/Kyung-Do-
Kim/publication/225475726_In_silico_single_nucleotide_polymorphism_discovery
_and_application_to_marker-
assisted_selection_in_soybean/links/0c960519148c920e34000000/In-silico-single-
nucleotide-polymorphism-discovery-and-application-to-marker-assisted-selection-
in-soybean.pdf
Chapola, R. G., Hoffmann, H. P., & Massola, N. S. (2016). Reaction of sugarcane

varieties to orange rust (Puccinia kuehnii) and methods for rapid identification of
resistant genotypes. Tropical Plant Pathology, 41(3), 139-146. Disponible en
https://link.springer.com/article/10.1007/s40858-016-0076-6
Chaulagain, B., Hincapie, M., Sanjel, S., Fraisse, C., Raid, R., & Rott, P. (2016,
December). Identification of conducive temperatures for decision support modeling
of sugarcane rusts in Florida. In phytopathology (Vol. 106, No. 12, pp. 129-129).
3340 pilot knob road, st paul, mn 55121 usa: amer phytopathological soc.
Disponible en https://scholar.google.es/scholar?
hl=es&as_sdt=0%2C5&q=Santosh+Sanjel+Disease+Progress+And+Variation+In+
Pathogenicity+Of+Sugarcane+Rusts+In+Florida+University+Of+Florida+2016+125
+pselection+and+genome+editing%2C+Biotechnology+
%26+Biotechnological+Equipment%2C+32%3A2%2C+261-285%2C+DOI
%3A&btnG=
Chavarría, E; Lockhart, B. E.; Moreira, L.; Rivera, C.; Villalobos, W. (2003). Resultados
preliminares del estudio de la distribución del virus de la hoja amarilla en
plantaciones comerciales de caña en Costa Rica. In: Congreso de la Asociación
de Técnicos Azucareros de Costa Rica (XV, Guanacaste, CR) Memorias 2003.
San José, CR. Ed. M. A. Chaves Solera. p 195 – 200. Disponible en
https://d1wqtxts1xzle7.cloudfront.net/43469698/Resultados_preliminares_del_estu
dio_de_l20160307-32327-u4zdfc.pdf?1457380986=&response-content-
disposition=inline%3B+filename
%3DResultados_preliminares_del_estudio_de_l.pdf&Expires=1614226771&Signa
ture=QJ5ganD5aT-tdeTXGX4Bx4tR4VyTq4cJgnI2AtbaQu7sJA-
~VREZy4tTf7S4VTm-
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IWiDiyxk6Wbs~Lx2qqgvwK2RAVmjyXHk~qcTsJe0NTWAuc7xWUaT7rQ-
0CwVzl5yUZxkgQOYGvGFzEG5xyco8Eoa7jokuYSC2e0q9vMgZnMFbB-
eCHfkq6h3qT7kESKPXPYxAa1mlIxiT2cONuWcBJE0LjTTZQQ__&Key-Pair-
Id=APKAJLOHF5GGSLRBV4ZA
Chavarría, E; Lockhart, B. E.; Moreira, L.; Rivera, C.; Villalobos, W. (2003). Resultados
preliminares del estudio de la distribución del virus de la hoja amarilla en
plantaciones comerciales de caña en Costa Rica. In: Congreso de la Asociación
de Técnicos Azucareros de Costa Rica (XV, Guanacaste, CR) Memorias 2003.
San José, CR. Ed. M. A. Chaves Solera. p 195 – 200. Disponible en
ture=PYagujW4g4m-QA7dHRKz6-
j9beyoEXOFxawA8ec36uFlgmdPZQ8pdXURBQnY8INxl7~v9a7~6vCEDTjeqK-
xbZN6LF8kTh66e9piGSM11lKhkILGOHtqF0SLWyXRyrxlLfzC8f33PqcZWsZCMw
HooelTvl1T523FN7mF6L4yZyracFxGA5CqR7SYaZhWVb7EkCO0XkvE2c5tztUfZ
QVYaHwSoTrNKc0-SoKLvoO6iT8l~a4Y6qrPLnDqILyCazx3w9j9VXyWf0iv9jK8t-
v~6DjLN4p1ZyUxaufk7rd-2P9ge0FOhhesk726KfgKywhtlEOE6q~z4LBLyDtpT1bI-
A__&Key-Pair-Id=APKAJLOHF5GGSLRBV4ZA
Collard, B. C., Jahufer, M. Z. Z., Brouwer, J. B., & Pang, E. C. K. (2005). An introduction
to markers, quantitative trait loci (QTL) mapping and marker-assisted selection for
crop improvement: the basic concepts. Euphytica, 142(1), 169-196. Disponible en
https://link.springer.com/article/10.1007/s10681-005-1681-5
Comstock, J. C., & Ferreira, S. A. (1986, August). Sugarcane rust: Factors affecting
infection and symptom development. In Proc. Int. Soc. Sugar Cane Technol (Vol.
19, pp. 402-410). Disponible en https://scholar.google.es/scholar?
hl=es&as_sdt=0%2C5&q=Comstock%2C+J.+C.%2C+%26+Ferreira%2C+S.+A.+
%281986%2C+August%29.+Sugarcane+rust
%3A+Factors+affecting+infection+and+symptom+development.+In+Proc.+Int.
+Soc.+Sugar+Cane+Technol+%28Vol.+19%2C+pp.+402-410%29.&btnG=
Davey, JW, Hohenlohe, PA, Etter, PD, Boone, JQ, Catchen, JM y Blaxter, ML (2011).
Descubrimiento de marcadores genéticos en todo el genoma y genotipado
mediante secuenciación de próxima generación. Nature Reviews Genetics, 12 (7),
5
499-510. Disponible en http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?

doi=10.1.1.1050.2189&rep=rep1&type=pdf
Dean, J. L., & Purdy, L. H. (1984). Races of the sugar cane rust fungus, Puccinia
melanocephala, found in Florida. Sugar Cane, 1(1), 15-16. Disponible en
https://scholar.google.es/scholar?hl=es&as_sdt=0%2C5&q=Dean%2C+J.+L.
%2C+%26+Purdy%2C+L.+H.+
%281984%29.+Races+of+the+sugar+cane+rust+fungus
%2C+Puccinia+melanocephala%2C+found+in+Florida.+Sugar+Cane
%2C+1%281%29%2C+15-16&btnG=
Dhingra, O. D., & Sinclair, J. B. (1985). Basic plant pathology methods. CRC Press, Inc.
p. 119 Disponible en https://www.cabdirect.org/cabdirect/abstract/19861314545
Elshire, R. J., Glaubitz, J. C., Sun, Q., Poland, J. A., Kawamoto, K., Buckler, E. S., &
Mitchell, S. E. (2011). A robust, simple genotyping-by-sequencing (GBS) approach
for high diversity species. PloS one, 6(5), e19379. Disponible en
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0019379
Feng, Y., Zhang, Y., Ying, C., Wang, D., & Du, C. (2015). Nanopore-based fourth-generation
DNA sequencing technology. Genomics, proteomics & bioinformatics, 13(1), 4–16.
Disponible en https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.009
Fiallos Encalada, F. F. (2010). Reacción de 100 variedades de caña de azúcar

(saccharum officinarum) del banco de germoplasma del cincae, al carbón
(ustilago scitaminea sydow), roya (puccinia melanocephala sydow) y mosaico
(sugarcane mosaic virus) en la zona del cantón el triunfo (Bachelor's thesis).
Disponible en
https://www.dspace.espol.edu.ec/bitstream/123456789/11994/3/Tesis%20F.
%20Fiallos%20E..pdf
Francia, E., Tacconi, G., Crosatti, C., Barabaschi, D., Bulgarelli, D., Dall’Aglio, E., & Valè,
G. (2005). Marker assisted selection in crop plants. Plant Cell, Tissue and Organ
Culture, 82(3), 317-342. Disponible en
https://www.researchgate.net/profile/Delfina-
Barabaschi/publication/226480854_Marker_assisted_selection_in_crop_plants/link
s/02e7e51bf2b2c17fd4000000/Marker-assisted-selection-in-crop-plants.pdf
Garcés, FF.; Fiallos, F.; Silva E. 2013. Seguimiento de la roya naranja de la caña de
azúcar Puccinia kuehnii (W. Krüger) E.J. Butler, en Ecuador. In III Congreso
AETA, Sep.18-20 del 2013. Guayaquil-Ecuador. Disponible en
https://cincae.org/wp-content/uploads/2013/05/2013-Garc%C3%A9s-et-al-
seguimiento-roya-naranja-ca%C3%B1a-de-az%C3%BAcar-Puccinia-kuehnii.pdf
García, EO, Casagrande, MV, Rago, AM y Massola Jr, NS (2007). Método de inoculación
de la roya de la caña de azúcar en segmentos de hojas. Fitopatología brasileña,
32 (3), 253-256. Disponible en https://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-
41582007000300011&script=sci_arttext
Genotipia (2019). Tecnología de la secuenciación (NGS). Genética reproductiva.

Disponible en https://genotipia.com/wp-content/uploads/2019/10/11.-NGS.pdf
Gilbertson, R. L., Rojas, M. R., Russell, D. R., & Maxwell, D. P. (1991). Use of the
asymmetric polymerase chain reaction and DNA sequencing to determine genetic
variability of bean golden mosaic geminivirus in the Dominican Republic. Journal
of General Virology, 72(11), 2843-2848. Disponible en
https://www.researchgate.net/profile/Robert-
Gilbertson/publication/21214867_Use_of_the_asymmetric_polymerase_chain_rea
ction_and_DNA_sequencing_to_determine_genetic_variability_of_Bean_golden_
mosaic_geminivirus_in_the_Dominican_Republic/links/00b7d51806dbc50e780000
00/Use-of-the-asymmetric-polymerase-chain-reaction-and-DNA-sequencing-to-
determine-genetic-variability-of-Bean-golden-mosaic-geminivirus-in-the-
Dominican-Republic.pdf
Glynn, N. C., Laborde, C., Davidson, R. W., Irey, M. S., Glaz, B., D’Hont, A., & Comstock,
J. C. (2013). Utilization of a major brown rust resistance gene in sugarcane
breeding. Molecular Breeding, 31(2), 323-331. Disponible en
https://pubag.nal.usda.gov/download/56508/PDF
Gómez, O. G. R. (2005). Caña de azúcar en Colombia. Revista de Indias, 65(233), 49-78.

Disponible en
http://revistadeindias.revistas.csic.es/index.php/revistadeindias/article/view/376
Heinz, D. J. (Ed.). (2015). Sugarcane improvement through breeding. Elsevier. Disponible

en https://books.google.es/books?
hl=es&lr=&id=4lLgBAAAQBAJ&oi=fnd&pg=PP1&dq=Heinz+DJ+(ed)
+Sugarcane+improvement+through+breeding.
5
+Elsevier,&ots=tRV4E_fuwY&sig=OFBrMKjy0C5jy7IvQxhlwWe7AsU#v=onepage
&q=Heinz%20DJ%20(ed)%20Sugarcane%20improvement%20through
%20breeding.%20Elsevier%2C&f=false
Gill, H. R., & Mayek, N. (2008). Los Marcadores Moleculares en el Mejoramiento

Genético de la Resistencia a Enfermedades del Frijol (Phaseolus vulgaris L.):
Aplicaciones y Perspectivas. Revista mexicana de fitopatología, 26(2), 164-176.
Recuperado en 12 de mayo de 2021, de http://www.scielo.org.mx/scielo.php?
script=sci_arttext&pid=S0185-33092008000200009&lng=es&tlng=es
Hsieh, W. H., & Fang, J. G. (1983). The uredospore production of Puccinia

melanocephala and Puccinia kuehnii in sugarcanes. Plant Protection Bulletin,
Taiwan, 25(4), 239-244. Disponible en
Infante, D., Martínez, B., González, E., & González, N. (2009). Puccinia kuehnii
(KRÜGER) BUTLER Y Puccinia melanocephala H. SYDOW Y P. SYDOW. En el
cultivo de la caña de azúcar. Revista de protección vegetal, 24(1), 22-28.
Disponible en http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1010-
27522009000100003
Jones, CJ, Edwards, KJ, Castaglione, S., Winfield, MO, Sala, F., Van de Wiel, C.,... y
Karp, A. (1997). Ensayos de reproducibilidad de marcadores RAPD, AFLP y SSR
en plantas por una red de laboratorios europeos. Mejoramiento molecular, 3 (5),
381-390. Disponible en
https://repository.rothamsted.ac.uk/item/8v640/reproducibility-testing-of-rapd-aflp-
and-ssr-markers-in-plants-by-a-network-of-european-laboratories
Kalia, R. K., Rai, M. K., Kalia, S., Singh, R., & Dhawan, A. K. (2011). Microsatellite
markers: an overview of the recent progress in plants. Euphytica, 177(3), 309-334.
Disponible en https://www.researchgate.net/profile/R-
Kalia/publication/225624497_Microsatellite_markers_An_overview_of_the_recent
_progress_in_plants/links/0f3175369dee409582000000/Microsatellite-markers-An-
overview-of-the-recent-progress-in-plants.pdf
Kelly, J. D., Afanador, L., and Cameron. L. S. (1994). New races of Colletotrichum
lindemuthianum in Michigan and implications in dry bean resistance breeding.
Plant Dis. 78:892- 894. Disponible en
Knapp, S. J. (1998). Marker‐assisted selection as a strategy for increasing the probability

of selecting superior genotypes. Crop Science, 38(5), 1164-1174. Disponible en
https://acsess.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.2135/cropsci1998.0011183X0038
00050009x
La O, M., Perera, M. F., Bertani, R. P., Acevedo, R., Arias, M. E., Casas, M. A., Pérez, J.,
Puchades, Y., Rodríguez, E. A., Castagnaro, A. P. (2018). An overview of
sugarcane brown rust in Cuba. Scientia Agricola, 75(3), 233-
238. https://dx.doi.org/10.1590/1678-992x-2016-0381
Lipka, A. E., Tian, F., Wang, Q., Peiffer, J., Li, M., Bradbury, P. J., ... & Zhang, Z. (2012).
GAPIT: genome association and prediction integrated tool. Bioinformatics, 28(18),
2397-2399. Disponible en http://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts444
Litardo, A. C. A., Leal, M. R., Korneva, S. B., Pilco, J., Chávez, G., Cabrera, C., & Flores,
A. P. (2011). Evaluación de la resistencia a la roya parda (puccinia melanocephala
syd.) de somaclones de caña de azúcar (SACCHARUM SPP. HÍBRIDO)
obtenidos en el Ecuador. Fitosanidad, 15(4), 245-250. Disponible en
http://www.fitosanidad.cu/index.php/fitosanidad/article/view/70
Liu LJ. Evaluation of sugarcane for resístanse to rust in Puerto Rico and in the Dominican
Republic. In: Proc. Int. Soc. Sugarcane.1980;17:1387-1392. Disponible en
https://scholar.google.es/scholar?hl=es&as_sdt=0%2C5&q=Liu+LJ.
+Evaluation+of+sugarcane+for+res
%C3%ADstanse+to+rust+in+Puerto+Rico+and+in+the+Dominican+Republic.+In
%3A+Proc.+Int.+Soc.+Sugarcane.1980%3B17%3A1387-1392&btnG=
Maldonado, A. 2006). Desarrollo de marcadores tipo AFLP para determinar resistencia

genética a Puccinia melanocephala H. Syd. & P. Syd. (roya marrón de la caña) en
variedades de caña de azúcar (Saccharum spp.). In Memoria de presentación de
resultados zafra 2005–2006. Guatemala, CENGICAÑA. p. 3-8.
Montalván Delgado, Joaquín, Alfonso Terry, Isabel, Rodríguez Lema, Eida, Puchades
Izaguirre, Yaquelín, Rodríguez Zayas, José, Aday Díaz, Osmany, Carvajal Jaime,
Omelio, & Delgado Padrón, Javier. (2018). Evaluación de la resistencia a roya
parda de la caña de azúcar en Cuba. Centro Agrícola, 45(2), 47-54. Recuperado
en 13 de abril de 2020, Disponible en http://scielo.sld.cu/scielo.php?
script=sci_arttext&pid=S0253-57852018000200007&lng=es&tlng=es
Montoya, C., Ávila, K., Reyes, P., Navia, M. y Romero, H.M. (2014). Secuenciación del
genoma de las especies vegetales: implicaciones y perspectivas. Palmas, 35(3),
11-22. Disponible en
Moreira, A. S., Nogueira Junior, A. F., Gonçalves, C. R. N. B., Souza, N. A., & Bergamin
Filho, A. (2018). Pathogenic and molecular comparison of Puccinia kuehnii
6
isolates and reactions of sugarcane varieties to orange rust. Plant Pathology,

67(8), 1687-1696. Disponible en
https://bsppjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/ppa.12870
Nadeem, M. A., Nawaz, M. A., Shahid, M. Q., Doğan, Y., Comertpay, G., Yıldız, M.,... &
Baloch, F. S. (2018). DNA molecular markers in plant breeding: current status and
recent advancements in genomic selection and genome editing. Biotechnology &
Biotechnological Equipment, 32(2), 261-285. Disponible en
https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/13102818.2017.1400401
Nadeem, M. A., Nawaz, M. A., Shahid, M. Q., Doğan, Y., Comertpay, G., Yıldız, M., ... &
Oloriz Ortega, M. I., Valdés, B. L., Aday, O., Ocaña, B., Hernández, M., Gil, V., ... &
Rivero, L. (2019). Caracterización histológica de la respuesta de caña de azúcar a
la infección por Puccinia kuehnii. Biotecnología Vegetal, 19(4), 259-264.
Disponible en: <http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2074-
86472019000400259&lng=es&nrm=iso>. Epub 01-Dic-2019. ISSN 2074-8647.
Pan, Y., M. Grisham y D. Burner. 1998. A polymerase chain reaction protocol for
detection of Clavibacter xyli subsp. xyli, the causal bacterium of sugarcane ratoon
stunting disease. Plant Disease, 82: 285-290. Disponible en
https://apsjournals.apsnet.org/doi/pdfplus/10.1094/PDIS.1998.82.3.285
Paterson, A. H. (1996). Making genetic maps In: Paterson AH (ed) Genome Mapping in
Plants RG Landes Company San Diego California. Texas, USA. 330 p
Pérez Hernández, S. (2014). Diagnóstico de la presencia de roya naranja (Puccinia

kuehnii (Krüger) Butler) en clones comerciales de caña de azúcar (Saccharum
spp. Híbridos) en el sureste de México.
Pérez, G., Bernal, N., Chinea, A., o’Relly, J. P., & Prada, F. D. (1997). Recursos
genéticos de la caña de azúcar. Publicaciones Imago, 53-67.
Porto, LNR y Urashima, AS (2018). Desarrollo de un método de inoculación de uredinio

único para Puccinia kuehnii, el agente causal de la roya de la naranja de la caña
de azúcar. Summa Phytopathologica , 44 (4), 311-316. Disponible en
https://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-
54052018000400311&script=sci_arttext
Purdy, L. H., & Dean, J. L. (1983). Rust, an old disease with new importance in sugar-
cane. Sugar y azúcar, 78(12), 30.
Quail M.A., Smith M., Coupland P., Otto T.D., Harris S.R., Connor T.R., Bertoni A.,
Swerdlo H.P., Gu Y. 2012. A tale of three next generation sequencing platforms:
comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers.
BMC Genomics. 13(1): 341-353. doi:10.1186/1471-2164-13-341.
Raid, R. N. (1989). Physiological specialization in sugarcane rust (Puccinia

melanocephala) in Florida. Plant Disease, 73(2). Disponible en
Raid, R. N.; Comstock, J. C. 2000. Common rust. A guide to sugarcane disease CIRAD
ISSCT p. 85 – 89.
Ramos, O. (1995). Solera de la caña de azúcar. El cultivo de la caña en la zona

azucarera de Colombia. Disponible en http://www.sidalc.net/cgi-bin/wxis.exe/?
8
Ríasco, J. J., Victoria, J. I., & Angel, F. Diversidad genética en variedades de caña de
azúcar (Saccharum spp.) usando marcadores moleculares Genetic diversity
among sugarcane (Saccharum spp.) varieties using molecular markers. Disponible
en https://d1wqtxts1xzle7.cloudfront.net/30879161/77650102.pdf?
1362639710=&response-content-disposition=inline%3B+filename
%3DDiversidad_genetica_en_variedades_de_can.pdf&Expires=1614213253&Sig
nature=gt7w-
POiM1jt6WIVdqFreTLspFh0o~a0AZxS4wp0EAw3e7xk~a7kOSkte4K82whmGvDgl
TenzhrNBFmb5dEAMxlsyTWlzG2vewMQaZ3VX-
flcAUaKrMX6cQGiKrzCwxuttzilsKbnPH7TVAtU2QpKH5pYrfsq1Fo44OWszfn3jHW
6
Acb6k-
2yb7W36Mtq8DEBfxQ6bqs84WnzPt6C32emifY~JFEXBohciWeMEf39ie2nRJBeq
O~qqTmrMk1HB0FrX5s18sANzVGmVjuwqahsQCD1lFquLQsCtKf~gwtL2Z2SmLt
WsQxD40Bk9kSLzs6as~qUPgwySVgdsCIvTcNYxg__&Key-Pair-
Id=APKAJLOHF5GGSLRBV4ZA
Rhoads, A., Fai Au, K. (2015). Genomics Proteomics Bioinformatics. 13: 278-289,
2015.Disponible en
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022915001345
Rincón, E. A.; Ángel, J. C. 2019. Evaluación de la patogenicidad y de la virulencia de

inóculos de roya naranja obtenidos de las variedades CC 01-1940, CC 01-1884 y
CC 05-231. Informe evaluación de proyectos. Cenicaña
Romero Guerrero, G. Desarrollo de marcadores funcionales ligados a la resistencia

genética contra la roya del café. Doctorado en Ciencias Agrarias. Disponible en
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/handle/unal/20224/9008501.2013.pdf?
sequence=1&isAllowed=y
Rubio, S; Pacheco, R. A.; Gómez, A. M.; García, R. (2020). DNA Next-Generation

Sequencing (NGS): Present and Future in Clinical Practice.Universitas
Medica, 61(2). Disponible en https://doi.org/10.11144/Javeriana.umed61-2.sngs
Santacruz Delgado, C. X. Identificación de razas patogénicas de Puccinia melanocephala

Syd. and P. Syd. y establecimiento de una metodología de evaluación de roya
café en caña de azúcar (Saccharum spp.) Vol 41 No.1. p. 101. Doctorado en
Ciencias Agrarias. Disponible en
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/handle/unal/76302/2025-Claudia_X_
%20Santacruz.pdf?sequence=1&isAllowed=y
Santacruz Delgado, C. X. Identificación de razas patogénicas de Puccinia melanocephala

Syd. and P. Syd. y establecimiento de una metodología de evaluación de roya
café en caña de azúcar (Saccharum spp.). Doctorado en Ciencias Agrarias. p 91.
Disponible en https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/handle/unal/76302/2025-
Claudia_X_%20Santacruz.pdf?sequence=1&isAllowed=y
Shine Jr, JM, Comstock, JC y Dean, JL (2005, enero). Comparación de cinco

aislamientos de roya de la caña de azúcar y reacción diferencial en seis clones de
caña de azúcar. En Proc. En t. Soc. Sugar Cane Technol (Vol. 25, págs. 638-647).
Disponible en https://www.ars.usda.gov/research/publications/publication/?
seqNo115=158420
Simón, G., Collavino, N., Gray, L., & Mariotti, J. (2016). Heredabilidad de la resistencia a
la roya común (Puccinia melanocephala H. et P. Sydow) en familias FS de caña
de azúcar (Saccharum spp). RIA. Revista de investigaciones agropecuarias,

42(1), 54-65. Disponible en https://www.redalyc.org/pdf/864/86445998012.pdf
Soler Garzón, Á. Desarrollo de marcadores SNPs ligados a QTLs mayores para

resistencia a bacteriosis comun (Xanthomonas axonopodis) en frijol común
(Phaseolus vulgaris L.). Maestría Ciencias Agrarias. Disponible en
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/handle/unal/21967/7711509.2014.pdf?
sequence=1&isAllowed=y
Sood, S. (2008). Field day for growers. Screening clones for sugarcane rust resistance.
Sugarcane Field Station.Canal Point, Florida.
Sood, S. G., Comstock, J. C., & Glynn, N. C. (2009). Leaf whorl inoculation method for
screening sugarcane rust resistance. Plant Disease, 93(12), 1335-1340.
Disponible en https://apsjournals.apsnet.org/doi/pdf/10.1094/PDIS-93-12-1335
Soto Sedano, J., Mora Moreno, R. E., Calle, F., & Lopez Carrascal, C. E. (2017). QTL
identification for cassava bacterial blight resistance under natural infection
conditions. Acta Biológica Colombiana, 22(1), 19-26. Disponible en
http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-
548X2017000100002
Soto, E. C., Lockhart, B. E., Carmona, L. M., & Rivera, C. (2003) Resultados preliminares
del estudio de la distribución del virus de la hoja amarilla en plantaciones
comerciales de caña en costa rica1. Disponible en
ture=EQs34isa9G4P~oGPtrM7hcqOxZCQi7Ti3HSrZG~ktVHzL1e6PEfnHUq8nAE
CJIWQAA1UogTfF9LVPPh10odElUZ8WXTTfPH1KPJvzdywGDdoMQr5aijoVk8M7
uzn0yidR1WlAoU3ziLkUXbwhGT3X4JbeEE3uM~1NVeUgkjrLoJ-
YjeE7PLsuy5rAV2uDv6UlTHyYeWbvC~GRzOkFWCAOZkXXRLhZPLu37stml~35
aENWowJiN7XtUgHXcTKx7lYG-
sQs5~WizjuNBxrlCkK~PY4IsLcR04Zep93~VBnkzhcZxmnWGkWftPujHdkrSYPu5
qTrhLIk8Q4emqUfN3uNQ__&Key-Pair-Id=APKAJLOHF5GGSLRBV4ZA
Sreenivasan, T.V., Ahloowalia, B.S. and Heinz, D.J. (1987). Cytogenetics. In: Sugarcane
Improvement Through Breeding (Heinz D. J., ed.), Elsevier, Amsterdam, pp. 211-
253 disponible en https://scholar.google.es/scholar?
hl=es&as_sdt=0%2C5&q=Cytogenetics.+In
%3A+Sugarcane+Improvement+Through+Breeding&btnG=
6
Trujillo, J. H. 2020. Construcción de un Genoma y una Huella Molecular de Caña de

Azúcar Utilizando Secuenciación de Alto Rendimiento. Escuela de Ingeniería de
Sistemas y Computación. Tesis doctoral. Universidad del Valle
Valderrama, J. M., Ortigosa, F., Cañas, R. (2020). Métodos de secuenciación de ácidos

nucleicos: Tercera generación. Encuentros en la Biología 174: vol 13, verano
2020. Disponible en
http://www.encuentros.uma.es/assets/journals/13/175singles/175.4_secuenciacion
.pdf
Valdés, B. L., Aday, O., Ocaña, B., Jiménez, L. E. R., Hernández, M., Acosta-Suárez,
M., ... & Oloriz, M. I. (2017). Protocolo para seleccionar cultivares de caña de
azúcares resistentes a la roya naranja mediante inoculación artificial en casa de
cultivo. Biotecnología Vegetal, 17(1). Disponible en
https://revista.ibp.co.cu/index.php/BV/article/view/525
Vélez, A.F., Garcés, F.F., Ángel, J.C., Rincón, E.A. 2019 Estudios epidemiológicos de la
roya café (Puccinia melanocephala) y roya naranja (Puccinia kuehnii) en el valle
del rio Cauca, Colombia. Memorias XXXIV Congreso de la Asociación
Colombiana de Fitopatología y Ciencias Afines. Septiembre 18-20 de 2019. p 96
Victoria K, J. I., Moreno G, C. A., & Cassalett D, C. (1988). Interacción genotipo-ambiente

y su efecto en la incidencia de la roya de la caña de azúcar. Programa de
Variedades CENICAÑA (pp 1-19).
Victoria Kaffure, J. I., Ochoa, O., & Gómez, J. F. (1984). La roya de la caña de azúcar en
el Valle del Cauca: diseminación y efecto en la producción. In Memorias. 1.
Congreso de la Sociedad Colombiana de Técnicos de la Caña de Azúcar. Cali
(Colombia); 20-30 Nov p. 209-218 (No. Doc. 7574/v. 1)* CO-BAC, Santafé de
Bogotá). Disponible en http://www.sidalc.net/cgi-bin/wxis.exe/?
IsisScript=bac.xis&method=post&formato=2&cantidad=1&expresion=mfn=008540
Victoria, J., Moreno, C., & Cassalett, C. (1990). Genotype environment interaction and its
effect on sugarcane rust incidence. Sugar Cane, 4, 13-17. Disponible en
http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?
doi=10.1.1.1064.2939&rep=rep1&type=pdf
Victoria, J.I.; Guzmán, M.L.; Cuervo, E.; LockharT, B. (1999). Síndrome de la Hoja Xu Y.
Molecular plant breeding. Wallingford: CABI; 2010.
Yang, X., Islam, M. S., Sood, S., Maya, S., Hanson, E. A., Comstock, J., & Wang, J.
(2018). Identifying quantitative trait loci (QTLs) and developing diagnostic markers
linked to orange rust resistance in sugarcane (Saccharum spp.). Frontiers in plant
science, 9, 350. Disponible en

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00350/full
Winkler, K. (2018). Agrotóxicos en el cultivo de la caña de azúcar y sus impactos en la

salud humana. Causas y orígenes de la nefropatía mesoamericana en Guatemala.
Documento de trabajo. Disponible en
https://latin.weeffect.org/app/uploads/2018/07/ESTUDIO-AGROTOX_11-jul-
2018_VF.pdf

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Identificación de marcadores

moleculares asociados con la

Eliana Andrea Rincón

Universidad Nacional de Colombia

Eliana Andrea Rincón

Fernando Silva, Ingeniero agrónomo (Ph.D.)

Universidad Nacional de Colombia

Facultad de Ciencias Agropecuarias, Escuela de Posgrados

1.1 Planteamiento del problema y justificación

El cultivo de la caña de azúcar es afectado por microorganismos patógenos, que en

P. kuehnii Krüger, agente causante de la roya naranja, reduce el contenido de clorofila en

La roya naranja se encontró en Colombia en julio del 2010 en la variedad CC 01-1884

El Programa de Variedades del Centro de Investigaciones de la Caña de Azúcar -

La selección de variedades en el programa de Variedades de Cenicaña, en la década de

Para mantener los altos niveles de productividad y competitividad bajo condiciones

SAM es una herramienta para la selección de una característica determinada en una

En la literatura se registran marcadores moleculares para la identificación de razas de P.

Teniendo en cuenta lo anterior, se identificarán los marcadores moleculares asociados

La identificación de marcadores moleculares asociados con la resistencia a una

mejoramiento genético asistido por marcadores moleculares en una especie de alta

La selección de variedades asistida por marcadores moleculares contribuirá a

Identificar marcadores moleculares mediante análisis de asociación del genoma completo

 Caracterizar la variabilidad en la reacción varietal a la roya naranja existente en

 Seleccionar un grupo de marcadores moleculares tipo SNPs asociados a la

 Validar de manera preliminar los marcadores identificados en una población

1.3 Pregunta de Investigación

2.1 Estado del arte y marco teórico

2.1.1 La caña de azúcar

Fue introducida a Colombia (Ciudad Cartagena de Indias) por Pedro de Heredia en el

La caña de azúcar presenta raíces formadas a partir de la estaca original o primordiales y

Figura 1. Planta de caña de azúcar.

Fuente: www. wikiwand.com

La selección de variedades en Cenicaña es un proceso que dura alrededor de 10 años y

La selección de progenitores se hace de acuerdo a un programa sistematizado, que se

En el Estado II, los materiales se plantan en parcelas de un surco de 4 m de largo; una

Las variedades seleccionadas en el Estado IV se entregan a los ingenios (200 – 300

De acuerdo al esquema de selección, además de responder favorablemente a las

Figura 2. Roya naranja causada por P. kuehnii Krüger.

Fuente: Rincón, (2019)

Figura 3. Roya café causada por P. melanocephala H. y P. Sydow

Fuente: Rincón, (2019)

El carbón es una enfermedad causada por el hongo Sporisorium scitamineum M.

Fuente: Rincón, (2019)

de la variedad, la temperatura y otras condiciones de crecimiento (Fiallos y Quilambaqui,

Figura 5. Virus del mosaico.

Fuente: Rincón, (2019)

Además de las enfermedades anteriormente mencionadas, la caña de azúcar en

Figura 6. Virus de la hoja amarilla.

Fuente: Rincón, (2019)

El raquitismo de la caña de azúcar o RSD (derivado de la expresión inglesa ratoon

Figura 7. Raquitismo de la soca causada por Leifsonia xily subsp. Xyli.

Fuente: Rincón, (2019)

La escaldadura de la hoja es causada por la bacteria Xanthomonas albilineans. La

Figura 8. Escaldadura de la hoja causada por Xanthomonas albilineans.

Fuente: Rincón, (2019)

2.1.2 Resistencia a roya naranja

La aplicación de fungicidas para el control la roya naranja traería como consecuencia

La eficiencia del control genético depende de la utilización adecuada de metodologías de

Uno de los inconvenientes para la evaluación de la resistencia a royas en variedades

Existen registros de la posible formación de variantes de P. melanocephala agente

Moreira et al. (2018) y Sanjel (2016) verificaron la variabilidad patogénica y genética de

Inoculaciones cruzadas bajo condiciones de invernadero de uredosporas de P. kuehnii

inoculados con uredosporas provenientes de CC 01-1940 y CC 01-1884 presentaron

La presencia de patotipos de P. kuehnii fue demostrada por Rincón et al. (2020) al