ESCUELA SUPERIOR

POLITÉCNICA DEL LITORAL

Facultad de Ingeniería en Mecánica y
Ciencias de la Producción

Ingeniería en Alimentos

Tema:
Metabolismo Catabólico Proteico

Profesor:
Ms. María Fernanda Morales
Integrantes:
Andrea Cabrera
Nathaly Herrera
Leonor Moreira
Graciela Prieto
Carlos Salazar
Julio Saltos
Fecha: 26 de Enero del 2010
Introducción
 METABOLISMO CATABOLICO MICROBIANO
Mecanismo catabólico Proteico
Las proteínas, en su forma más básica, no son usadas principalmente como una fuente de
energía puesto que esto solo ocurre cuando hay una baja de glucosa, sino que es más bien
utilizada para la construcción de proteínas en el interior de las células ya que éstas
experimentan un cambio constante.

Los aminoácidos además de ser las unidades monoméricas de las proteínas, son metabolitos
energéticos y precursores de muchos compuestos nitrogenados como los nucleótidos. Los
aminoácidos están clasificados en esenciales y no esenciales. Los microorganismos pueden
sintetizar los no esenciales, los esenciales deben adquirirlos del medio. El exceso de los
aminoácidos consumidos del medio, no puede ser almacenado para uso futuro, por el
contrario, son transformados en intermediarios metabólicos comunes como el piruvato,
oxaloacetato, y alfa-cetoglutarato. Consecuentemente, los aminoácidos son precursores de
glucosa, ácidos grasos y cuerpos cetónicos y por lo tanto son combustibles metabólicos.

Una vez que se obtiene los aminoácidos una compleja cadena de degradación tiene lugar.

Proteólisis

Consiste en la hidrólisis enzimática de las proteínas; la efectúan microorganismos capaces

de elaborar proteinasas extracelulares que transforman las proteínas a unidades más
pequeñas (péptidos). Estos péptidos son atacados posteriormente por peptidasas, dando
como productos finales la liberación de aminoácidos individuales. El alcance de la reacción
se resume así:
La mayoría de las bacterias poseen genes cuyos productos genéticos son una proteasa, la
cual se encuentra principalmente en la superficie de la célula y es la encargada de la
proteólisis; pero existen algunos procariontes, incluyendo algunas bacterias del orden
actinomycetales que tienen homólogos del proteosoma eucarióntico.

El proteosoma, un complejo proteico grande presente en todas las células eucariontes y

Archaea, como también en algunas bacterias. Los proteosomas representan un importante
mecanismo por el cual las células controlan la concentración de determinadas proteínas
mediante la degradación de las mismas. Las proteínas a ser degradadas son marcadas por
una pequeña proteína llamada ubiquitina la cual está compuesta por 76 aminoácidos.

La degradación de una proteína mediante este proceso tiene lugar en dos etapas:

 Proceso de "marcado" de la proteína a degradar.

 Degradación de la proteína marcada, dando lugar a sus componentes (aminoácidos).

El mecanismo mediante el cual se produce el etiquetado de la proteína que va a ser

degradada se realiza en varios pasos:

1. La ubiquitina es transportada por una enzima (activador de ubiquitina) conocida como

E1 que la transfiere a una segunda enzima E2 (conjugador de ubiquitina).

2. Una trecera enzima E3 (ligasa de ubiquitina)  entra en escena para transferir la

ubiquitina desde la enzima E2 hasta la "proteína diana" que de esta manera comienza su
proceso de marcado.

3. El proceso anterior se repite varias veces hasta que la proteína diana acumula, al menos,
cuatro moléculas de ubiquitina, momento en el que ya está lista para su degradación.

4. La degradación es realizada por la proteosoma, una estructura en forma de barril, que

tritura la proteína liberando los aminoácidos y las moléculas de ubiquitina que quedan
disponibles para ser reutilizadas.
Estructuralmente un proteosoma es un complejo con forma de barril que contiene un
"núcleo" compuesto de cuatro anillos apilados alrededor de un poro central. Cada uno de
estos anillos está compuesto por siete proteínas individuales. Los dos anillos internos
contienen subunidades proteicas β, conformando los sitios activos de las proteasas. Estos
sitios se encuentran en las caras internas de los anillos, de manera que la proteína a
degradarse tenga que entrar al poro antes de ser procesada.

Los dos anillos exteriores contienen subunidades α, cuya función es mantener una "puerta"
por la cual las proteínas puedan entrar al barril. Las subunidades α son controladas por
partículas reguladoras, a veces llamadas "pestañas", que reconocen los compuestos
poliubiquitínicos en los sustratos de las proteínas e inician el proceso degradatorio. El
proceso de ubiquitinación mas el proceso de degradación proteosómica recibe el nombre de
sistema ubiquitino-proteosómico.

Rutas Metabólicas usadas por los microorganismos para la

producción de energía a partir de proteínas (peptonas)

Transaminación:

La degradación de aminoácidos si inicia generalmente con la separación de su grupo α-

amino (desaminación). Luego el resto nitrogenado seguirá un camino distinto del que
tomará la cadena carbonada. Antes de la degradación los aminoácidos se interconvierten
entre ellos, transfiriendo el grupo amino de una esqueleto carbonado a otro
(transaminación).
La reacción de transaminación comprende la transferencia de un grupo α-amino de un
aminoácido a un α-cetoácido. El aminoácido se convierte en un cetoácido y el cetoácido
aceptor del grupo amina, en el aminoácido correspondiente. Esta transferencia es realizada
por las enzimas aminotransferasas o también llamadas transaminasas. Mientras que la
mayoría de los aminoácidos sufren transaminación, existen algunas excepciones: lisina,
treonina, prolina e hidrixiprolina. Puesto que las transaminaciones son libremente
reversibles, las transaminasas pueden funcionar tanto en el catabolismo como en la
biosíntesis de aminoácidos. Las reacciones que involucran aminoácidos esenciales son
mayormente unidireccionales, puesto que algunos organismo no puede sintetizar el α-
cetoácido esencial. A modo de ejemplo puede verse lo que sucede con la valina, la cual al
ser metabolizada da α-cetoisovalerato, este a continuación es rápidamente convertido en
succinil-CoA y utilizado como energía en el ciclo de Krebs, sin posibilidad de volver a
transaminarse.
Las transaminasas utilizan una coenzima, el piridoxal fosfato, que se localiza en el sitio
activo de todas las transaminasas. Este es una coenzima derivado de la piridoxamina
(vitamina B6), la cual cumple una importante función en el metabolismo de los
aminoácidos. En todos los casos, la coenzima forma con el aminoácido un compuesto
intermediario, uniéndose a éste por un enlace –CH=N–, denominado Base de Schiff.
Intervienen además interacciones iónicas e hidrófobas para estabilizar el complejo. El
piridoxal fosfato actúa como aceptor transitorio y transportador del grupo amina en el
proceso de transferencia de la transaminación. Por otro lado, las aminotransferasas tienen la
función de “guiar” la reacción en un determinado sentido y asegurar selectivamente la
naturaleza del cambio a producir. Así tenemos que la reacción de cada par aminoácido/α-
cetoácido es catalizada por una enzima especifica, cuyo nombre deriva de los compuestos
participantes en la transferencia: ejemplos de ello son la glutámico oxalacético
transaminasa (GOT), también llamada aspartato amintransferasa (AST), forma oxalacetato
y glutamato a partir de aspartato y α-cetoglutarato. La glutámico piruvato transaminasa
(GPT) o alanina amintransferasa (ALT), produce piruvato, utilizando el par obligado y
alanina.

El aceptor principal de grupos amino es el a-cetoglutarato que produce glutamato como

nuevo aminoácido:

El grupo amino del glutamato es transferido al oxaloacetato en una segunda reacción de

transaminación dando aspartato:

Las reacciones de transaminación más frecuentes son aquellas en las que participan el α-
cetoglutarato, principal aceptor de los grupos aminos en las células. La afinación del α-
cetoglutarato produce glutamato. Por consiguiente, casi todos los aminoácidos pueden
ceder su grupo amino al α-cetoglutarato, a través de una reacción de transaminación para
formar el cetoácido correspondiente y glutamato, ya que este aminoácido puede intervenir
en la siguiente etapa. Así, el glutamato ocupa el papel central alrededor del cual giran las
reacciones de transaminación y el metabolismo del grupo amino.

La transaminación no resulta en una desaminación neta, la cual se presenta realmente a

través de la desaminación oxidativa del glutamato por glutamato deshidrogenasa que libera
amonio; la reacción requiere de NAD+ o NADP+ como oxidante, con lo cual se regenera α
-cetaglutarato.
Mecanismos de las reacciones de Transaminación

Para comprender de mejor manera el mecanismo de reacción es importante recordar que el

complejo enzima-cofactor catalíticamente activo recibe el nombre de holoenzima. Cuando
se separa el cofactor, la proteína restante, que por sí misma es inactiva catalíticamente, se
designa con el nombre de apoenzima.

El PLP se une covalentemente al centro activo de la enzima por lo tanto esta unión recibe el
nombre de grupo prostético.

En una primera reacción entra el aminoácido que dona el NH4 + y sale como alfa-cetoácido
(piruvato).

Primero la coenzima PLP se une a un enzima, la enzima capta su sustrato específico que en
este caso es el alfa-aminoácido 1, la enzima ataca a dicho substrato, arrancándole algunos
de sus átomos (grupo amino) la enzima cede a la coenzima dichos átomos provenientes del
substrato. La coenzima acepta estos átomos y se desprende de la enzima.

La coenzima PLP se encuentra unida al aminoácido mediante un enlace aldimina, luego se

hidroliza liberando el alfa-cetoácido 1, la coenzima PLP que se encuentra unida al grupo
amino se modifica a Piridoxamina fosfato.
En una segunda reacción entra el alfa-cetoácido 2 (alfa-cetoglutarato) que se lleva el grupo
NH4 + y sale como el aminoácido glutamato. Entra el segundo alfa-cetoácido y forma otro
enlace aldimina con la piridoxamina fosfato, pero esta coenzima no es el aceptor final de
los átomos (grupo amino), sino que debe liberarlos tarde o temprano mediante una reacción
de hidrolización, así vuelve a ser PLP recuperando su capacidad de aceptar nuevos átomos
y por otro lado libera un segundo aminoácido.

Desaminación Oxidativa

Teniendo en cuenta los componentes del par obligado, todos los grupos α-amino de los
aminoácidos son finalmente transferidos al α-cetoglutarato mediante transaminación,
formando L-glutamato. A partir de este aminoácido el grupo nitrogenado puede ser
separado por un proceso denominado desaminación oxidativa, una reacción catalizada por
la L-glutamato deshidrogensas, una enzima que utiliza como coenzima NAD+ o NADP+
como oxidante. En la reacción directa, generalmente se utiliza NAD+ y se forma α-
cetoglutarato y amoníaco: NH3; este último, al pH fisiológico del medio se carga con un
protón, presentándose casi en su totalidad como ión amonio (NH4+).

La reacción es reversible, por lo que el amonio pude unirse a una α-cetoglutarato para
formar glutamato, usando como coenzima NADPH+. Es probable que in vivo la reacción
tenga mayormente una dirección hacia la formación de amoníaco.
El glutamato forma parte del par obligado de la transaminación de los aminoácidos y por
tanto es la “puerta de acceso” (access door) del amoniaco libre a los grupos amino de la
mayoría de los aminoácidos; y a la inversa, es la “puerta de salida” (exit door) del nitrógeno
de estos compuestos.

El papel predominante de la L-glutamato deshidrogensas en la eliminación del amoniaco La

enzima se implica también en la producción de amoníaco a partir de aquellos aminoácidos
que son requerido para la producción de glucosa o para dar energía cuando se agotan las
reservas de otras moléculas: azucares y lípidos. Basándose en esto, la L-glutamato
deshidrogensas se regula alostéricamente por los nucleótidos purínicos. Cuando es
necesario la oxidación de aminoácidos para la producción de energía, la actividad en la
dirección de la degradación del glutamato es incrementada por el ADP y GDP, que son
indicadores de un estado de bajo nivel de energía en la célula. El GTP y ATP, indicativos
de un nivel de energía alto, son activadores alostéricos en la dirección de la síntesis de
glutamato.

Descarboxilación

Una de las reacciones generales de los aminoácidos es la descarboxilación para formar

aminas. Esta es la pérdida del grupo carboxilo del aminoácido, catalizada por medio de
enzimas especificas que requiere fosfato de pirodoxal, lo cual produce la amina
correspondiente y CO2.
 Descarboxilación Oxidativa:

La reacción se lleva a cabo sobre el cetoácido derivado por medio del cetoacil
deshidrogenasa específica, que requiere CoA-SH, NAD, FAD. Ácido lipoico y pirofosfato
de tiemona como coenzima, la semejanza de la deshidrogenasa de alfa -cetoglutarato y de
piruvato, que producen el cetoacil CoA derivado.

En manera resumida se puede decir que los aminoácidos pierden sus aminas por un proceso
largo y complejo llamado desaminación, el cual consiste en una transaminación y
desaminación oxidativa. Como es de esperarse las bacterias expulsarán las aminas de su
interior ya que se elevaría el pH dentro de ella y esto es mortal, recordemos que el pH
dentro de la bacteria DEBE estar siempre neutro, es por esto que el pH sube en un medio
de cultivo y lo vemos transformarse en alcalino.

Degradación de los aminoácidos:

Comprende los caminos que pueden seguir los residuos desaminados de los aminoácidos y
por otra parte la conversión del NH4 + en urea.

 Utilización del residuo desaminado

El residuo desaminado del aminoácido sigue uno de dos caminos vuelve a ser aminado para
reconvertirse en un aminoácido o se transforma en moléculas más simples que desembocan
finalmente en el Ciclo de Krebs.

Aspartato, Glutamato, Alanina, Arginina,

Glucogénicos Cistina, Hidroxiprolina, Histidina, Metionina,
Prolina, Serina, Treonina, Valina.

Cetogénicos Lisina, Leucina

Mixtos Fenilalanina, Tirosina, Isoleucina, Triptòfano

Los aminoácidos glucogénicos se convierten en aminoácidos, acetoglucorato, succinil

coenzima A, fumarato y oxalacetato antes de originar la glucosa. Los aminoácidos
Cetogénicos se convierten en acetil coenzima A o en acetoacetil coenzima A y después en
cuerpos cetónicos. En Ambos casos su utilización final depende de las condiciones
metabólicas de la célula en ese momento.

 Aminoácidos que se convierten en Piruvato

Siete aminoácidos se convierten en piruvato el cual a su vez suele dar origen al acetato
CoA.

Se advierte que la glicina debe convertirse primero en serina, reaccionando con el ácido
metileno tetrahidrofílico, la cual al desaminarse, forma directamente el piruvato. Observe
también que la treonina con cuatro carbonos, se fracciona la mitad formando glicina y
acetaldehído que siguen caminos independientes, a piruvato y acetil CoA, respectivamente.

 Aminoácidos que se convierten en Oxalacetato:

Son únicamente aminoácidos que llegan al Ciclo de Krebs a través del oxalacetato como La
asparagina y el aspartato. La desaminación de la asparagina para dar aspartato es una
desaminación directa específica. El aspartato en reacciones acopladas de
transdesaminación, genera amonio y oxalacetato.

ASPARAGINA ASPARTO OXALACETATO

 Aminoácidos que se convierten en Succinil coenzima A:

La valina, la metionina, y la isoleucina convergen hacia un metabolito común, la propionil

coenzima A, a través de complejos mecanismos en los que se incluyen según el caso,
desmetilaciones, desaminaciones y la unión de la coenzima A.

 Aminoácidos que se convierten en Fumarato:

La fenilalanina y la tirosina poseen 9 carbonos en su molécula; la primera se transforma en

tirosina, la cual se desamina y se descarboxila. De los 8 carbonos restantes, 4 forman una
molécula de fumarato (glucogénico) y los otros 4, en combinación de la coenzima A,
generan la acetilcoenzima A (cetogénica); de este modo la fenilalanina y la tirosina son
aminoácidos tanto glucogénicos como cetogénicos.

 Aminoácidos que se convierten en Acetil coenzima A:

Hay tres aminoácidos, la lisina, la leucina y el triptófano, que no se convierte fácilmente en

intermediarios del ciclo de Krebs pero si lo hacen a acetil coenzima A. El acetil coenzima
A en unión con otra molécula de coenzima A, se puede transformar en dos moléculas de
acetil coenzima A, o bien, perdiendo la coenzima A se transforma en acetoacetato.

De todos los aminoácidos la leucina es el aminoácido mas cetogénico. La desaminación

oxidativo y la descarboxilación subsecuente de la leucina termina por formar un derivado
de un acido 6C (hidroximetil glutaril coenzima A) que se fragmenta en acetoacetato y
acetil coenzima A. La lisina es un aminoácido menos cetogénico y da lugar solo a una
molécula de acetoacetil coenzima A y dos moléculas de CO2. Por último el triptófano es,
proporcionalmente, el menos cetogénico de los tres aminoácidos. El triptófano tiene 11
carbonos y de ellos 4 terminan en una molécula de acetoacetil coenzima A, dos en una
molécula de acetil coenzima A, 4 como CO2 y uno como formato.

Rutas

Los aminoácidos que se obtienen a partir de la degradación de los péptidos, con ayuda de
las peptidasas, pueden ser usados de dos maneras diferentes, la primera es para generar más
aminoácidos por medio de una transaminación, en especial glutamato que es la “materia
prima” para la formación de futuros aminoácidos.

La segunda es para formar energía, esto se da cuando en la dieta hay un exceso de

aminoácidos los cuales se desaminan y las cadenas de carbono se alteran en formas
específicas para entrar en las vías centrales del metabolismo del carbono; los aminoácidos
que generan energía se clasifican dependiendo de qué van a formar, tenemos entonces a los
glucogénicos, que son los que van a formar los metabolitos del ciclo del ácido cítrico, los
cetogénicos cuya capacidad consiste en la formación de ácidos grasos o cuerpos cetónicos,
y también están aquellos aminoácidos que formarán piruvato por lo que pueden ser
considerados cetogénicos o glucogénicos.

A continuación presentaremos una lista de los aminoácidos clasificados de acuerdo a su

futura conversión.

Glucogénicos Cetogénicos Mixtos

Aspartato Leucina Treonina

Metionina Isoleucina

Valina Alanina

Glutamato Cisteína

Arginina Triptófano

glutamina Fenilalanina

histidina Tirosina

prolina Glicina

Lisina
Como hay una gran variedad de aminoácidos y lo que resulta más interesante es que
muchas veces unos se originan a partir de otros aminoácidos, solo tomaremos en cuenta a
aquellos que son los más próximos a ser convertidos en metabolitos del ciclo del ácido
cítrico o en Acetil CoA, esto lo demuestra el cuadro a continuación.

La alanina, aspartato y glutamato son sintetizados por reacciones reversibles de

transaminación, donde la alanina da origen a Piruvato, el aspartato a oxaloacetato y

glutamato a α-cetoglutarato.

Como el aspartato y el glutamato se convierten en intermediarios del ciclo del ácido cítrico,
ambos son glucogénicos. El piruvato que se forma a apartir de la alanina puede ser
glucogénico o cetogénico, esto se puede apreciar en el cuadro ya mostrado donde el
piruvato puede formar oxaloacetato o acetil CoA.

Las rutas metabólicas de los glucogénicos mencionados se apreciaran en los siguientes

cuadros.
Como dije anteriormente muchos aminoácidos son precursores de otros aminoácidos, este
es el caso des Aspartato el cual da origen a la lisina, treonina y metionina, lo interesante es
que siendo el aspartato un glucogénico da origen a un cetogénico, mixto y glucogénico
respectivamente, a continuación se presenta un cuadro de las rutas metabólicas.
Como es de esperarse el glutamato es formado por otros aminoácidos, todos ellos
glucogénicos, Arginina, glutamina, histidina y prolina, a continuación se presentan las
diferentes rutas metabólicas necesarias para formar glutamato que como ya se explicó es el
que formará el α-cetoglutarato.
Otro metabolito del ciclo del ácido cítrico es el fumarato el cual se forma de fenilalanina
degradada a tirosina, mediante una serie de reacciones enzimáticas que a continuación se
observan.
El succinil CoA es otro metabolito del ciclo tantas veces mencionado, el cual es elaborado a
partir de Isoleucina, metionina, Valina y Treonina, a continuación se explicaran las rutas
metabólicas de la Valina, Isoleucina y Leucina, ya que son degradados por vías
relacionadas, aclarando que la valina e isoleucina forman Succenil CoA, es decir son
glucogénicos, más la leucina forma Acetil CoA, es decir es cetogénico. Es necesario
recalcar que la leucina es el único aminoácido sólo cetogénico.

Ahora ya que hemos explicado sobre las rutas que se llevan a cabo los aminoácidos
glucogénicos es necesario señalar las rutas que siguen los aminoácidos para producir Acetil
CoA, una ruta quedo detallada en el cuadro anterior ahora veremos un cuadro donde el
triptófano es el precursor de una ruta nueva.
 Condiciones endógenas y exógenas para que los
microorganismos lleven a cabo estas rutas
Condiciones Endógenas:
 Complejo enzimático: Para que una bacteria pueda desarrollar cualquiera de las
rutas metabólicas debe poseer el complejo enzimático respectivo para cada una de
las rutas que va a llevar a cabo.

 Tolerancia a gases presentes en el medio: Debe ser tolerante además al ambiente

en que se encuentre, es decir a la presencia de gases y nutrientes, de lo contrario
muere.

 Forma de obtención de energía: Tiene que procurar una forma de obtención de

energía factible a partir de las condiciones del medio de crecimiento, por lo general,
la mayoría de S que unos las bacterias son quimiotróficas pero existen también
fototróficas y si no existe luz solar no podrían desarrollarse.

Condiciones Exógenas:

 Temperatura: El rango en el que la mayoría de las bacterias efectúan las rutas

metabólicas es alrededor de los 37ºC, pero existen bacterias que soportan los
extremos.

 Oxígeno molecular: Basados en los requerimientos de oxigeno molecular las

bacterias se pueden dividir en 5 grupos:

 Aerobios obligados.- requieren oxigeno para el crecimiento pues dependen

de este elemento para cubrir sus necesidades energéticas. El oxigeno es el
aceptor oficial de electrones en la cadena respiratoria.
 Anaerobios obligados.- crecen en ausencia total del oxigeno por que
necesitan un medio muy reductor. Utilizan respiración anaerobia donde los
aceptores finales de electrones son compuestos inorgánicos u orgánicos.
 Aerobios Facultativos.- Pueden crecer en presencia o ausencia de oxigeno.
Utilizan el oxigeno como aceptor final de electrones en la cadena
respiratoria cuando esta disponible, y en ausencia del oxigeno la energía por
fermentación o respiración anaerobia (generalmente el NO3 es un aceptor
final de electrones en las enterobacterias).
 Anaerobios aereotolerantes.- pueden crecer en presencia o ausencia de
oxigeno, pero la energía la obtienen por fermentación.
 Microaerófilos: solo pueden crecer con bajas tenciones de oxigeno por que
las altas tenciones son toxicas, para este tipo de microorganismos (1 a 12 %
de O2 en la fase gaseosa).

 Presencia de CO2: Todas las bacterias requieren pequeñas cantidades de CO2

(dióxido de carbono) para su crecimiento, que proviene generalmente de la
atmósfera o de reacciones de oxidación y fermentación de la célula pero no
conviene que sea demasiado elevado.
  Potencial de Hidrogeniones: Al igual que para el crecimiento y sobrevivencia,
para el metabolismo se necesita un potencial de hidrogeniones alrededor del neutro
(6.2 – 7.8).

 Humedad: Las bacterias están constituidas por una elevada proporción (80%) de
agua y precisan, además un ambiente húmedo para su desarrollo. El aire
excesivamente seco es perjudicial para muchos microorganismos, y asi Neisseria,
Treponemay algunos tipos de virus mueren rápidamente, mientras que otros como
Staphylococcus aureus pueden sobrevivir durante semanas o meses. Ademas,
ciertas bacterias no esporuladas pueden sobrevivir en ambientes secos, si dicha
desecación se lleva a cabo de una forma rápida y completa, y preferentemente si se
lo hace al vacío y se lo almacena en ampollas de vidrio cerradas.

 Radiaciones: La oscuridad proporciona condiciones favorables de crecimiento. Por

el contrario, los rayos ultravioleta suministrados directamente por la luz del sol o
por una lampara de mercurio destruye los microorganismos.

 Elementos Nutritivos: Esta información ha sido la causa del desarrollo de

numerosos medios de cultivo. Las bacterias también tienen diferencias notables en
lo que respectan las condiciones del ambiente que favorece su proliferación algunas
a los 0°C otras a los 45°C y puede producirse a los 75°C.

 Necesita nitrogeno de alguna manera, algunas bacterias son muy

versátiles a estos aspectos; algunos tipos de ellos absorben nitrógeno
atmosférico, otras lo obtienen en compuestos de nitrógeno inorgánico y
otras más lo toman de proteínas.

 Azufre y Fosforo.

 Sodio, potasio, calcio, magnesio, manganeso, hierro, zinc, cobre, fosforo

y cobalto.

 Vitaminas, complejo B, riboflavina, niacina, piridoxina B6, botina, acido

pantotenico, acido folico, B12.

Formación de Indol, escatol cadaverina, putrescina.

Indol

Indol es aromático heterocíclico compuesto orgánico. Tiene una estructura bicíclica,

consistiendo en a six-membered benceno el anillo se fundió a a five-membered nitrógeno-
conteniendo pyrrole anillo. La participación del nitrógeno par solitario del electrón en el
anillo aromático significa que el indol no es a base, y no se comporta como un simple
amina.
El indol es sólido en la temperatura ambiente. Ocurre naturalmente en ser humano heces y
tiene un fecal intenso olor. En las concentraciones muy bajas, sin embargo, tiene un olor
florido[1], y es un componente de muchos florece olores (por ejemplo las flores anaranjadas)
y perfumes. También ocurre adentro alquitrán de carbón.

La estructura del indol se puede encontrar en muchos compuestos orgánicos como

aminoácido tryptophan y en tryptophan-contener proteína, adentro alcaloides, y adentro
pigmentos.

El indol experimenta substitución electrophilic, principalmente en la posición 3. Los

indoles substituidos son elementos estructurales (y para algunos compuestos los precursores
sintéticos para) del tryptophan-derivado tryptamine los alcaloides tienen gusto
neurotransmisor serotonin, melatonin, hallucinogens psilocybin, DMT, 5-MeO-DMT, o
ergolines como Lsd. Otros compuestos indolic incluyen la hormona de la planta Auxin
(ácido de indolyl-3-acetic, IAA), la droga antiinflamatoria indomethacin, y betabloqueador
pindolol.

El nombre indol es a baúl de viaje de las palabras indigo y oleum, puesto que el indol
primero fue aislado con el tratamiento del tinte del añil con ácido sulfúrico deshidratado.

Producción De Indol:

El indol es uno de los productos de degradación metabólica del aminoácido triptófano. Las
bacterias que poseen la triptofanasa son capaces de hidrolizar y desaminar el triptófano con
producción de indol, ácido pirúvico y amoníaco.

La producción de indol es una característica importante para la identificación de muchas

especies de microorganismos. La prueba de indol está basada en la formación de un
complejo rojo cuando el indol reacciona con el grupo aldehído del p-
dimetilaminobenzaldehído. Este es el principio activo de los reactivos de Kovacs y Ehrlich.
El medio de cultivo utilizado debe ser rico en triptófano.

Mediante la degradación del triptófano ocasionada por la acción bacterias, se obtiene como
compuestos resultantes al indol, ácido pirúvico y amoniaco son uno de los productos de
degradación metabólica del aminoácido triptófano.
El desarrollo de un vivo color rojo fucsia en la interfase del reactivo y el caldo, segundos
después de añadir el reactivo indica la presencia de indol y una prueba positiva.

Escatol

El escatol es el producto de la degradación anaeróbica (en dos etapas) del aminoácido

triptófano por las bacterias del intestino en la parte final del intestino grueso y es un
compuesto asociado al olor fecal o naftalina. Una vez formado el escatol es absorbido por
la sangre y se distribuye .

Es de olor desagradable, muy fuerte, que evoca el olor fétido de los excrementos animales,
aportado por el metil-3 indol, es percibido por el 99% de los consumidores.

El triptófano se obtiene de la alimentación, por lo que un control de la dieta puede reducir

el riesgo de tener carnes con un elevado nivel de escatol. Así la utilización de caseína como
fuente de proteína, en comparación con la levadura de cerveza, produce carne con menos
cantidad de escatol en la grasa subcutánea ya que la caseína se digiere principalmente en el
intestino delgado. Asimismo los niveles de escatol, en esta ocasión medidos en el plasma
sanguíneo, se pueden reducir si la fuente de fibra de la dieta es a base de lupinas,
fructooligosacáridos o almidón de patata.

También se ha sugerido la influencia de una componente genética en los contenidos de

escatol, aunque parece que, para que el gen se exprese, se necesitan factores ambientales
desencadenantes. Asimismo, el sexo de los animales influye en los niveles de escatol, ya
que generalmente estos son inferiores en hembras y castrados respecto a machos enteros .
Esto está relacionado con el efecto de las hormonas sexuales de los machos enteros sobre el
sistema enzimático responsable de la degradación del escatol y con el mayor potencial
anabólico de los machos enteros y su mayor renovación de las células intestinales.

Cadaverina

La cadaverina (C5H14N2), también

conocida como 1,5-diaminopentano,
pentametilenodiamina, pentano-1,5-diamina es una diamina biogénica que se obtiene
por la descomposición del aminoácido lisina. Se encuentra principalmente en la materia
orgánica muerta, y es responsable en parte del fuerte olor a putrefacción.

La cadaverina se forma por descarboxilación de la lisina, reacción catalizada por la enzima

lisina descarboxilasa:

(NH2)- (CH2)4-CH (COOH)-NH2 (Lisina) => NH2-(CH2)5-NH2 (Cadaverina)

Putrescina

La putrescina. o putresceína (NH2(CH2)4NH2), más exactamente butano-1,4-diamina, es

una diamina que se crea al pudrirse la carne, dándole además su olor característico.

Está relacionada con la cadaverina; ambos se forman por la descomposición de los

aminoácidos en organismos vivos y muertos .

La putrescina es producida en pequeñas cantidades por las células vivas gracias a la acción
de la ornitina-descarboxilasa. Las poliaminas, de las que la putrescina es uno de los
ejemplos más simples, parecen ser factores de crecimiento necesarios para la división
celular.

Otros compuestos químicos que se caracterizan por su mal olor son el metanotiol y el ácido
butírico.
 EXPERIMENTACION
Compruebe el uso de proteínas como recurso de energía por
parte de los microorganismos en agua de triptona, y a que
conclusión uds llegarían para caracterizar bioquímicamente a
los microorganismo que cogieron como ensayo.
Metabolismo proteico (uso de peptonas)

METODOLOGÍA.

Prueba de indol.- Utilización de triptófano en la formación de indol, utilizando el reactivo

de kovac’s para su comprobación.

Materiales

 Agua de Triptona.
 Tubo de ensayo.
 Mechero de alcohol.
 Fósforos.
 Asa.
 Pipeta
 Algodón.
 Papel de Aluminio.
 Reactivo de Kovac´s
 Muestra
 Agua de Peptona.

Muestra.
Se utilizo un tipo de muestra, la cual fue sometidas a un pre-enriquecimiento en agua de
peptona por 48 horas; la muestra fue: queso criollo y una pequeña muestra de heces
fecales obtenida de los baños públicos.

MEDIOS DE CULTIVO.

Agua de Peptona.

Medio de pre-enriquecimiento recomendado para su empleo previo al enriquecimiento

selectivo y aislamiento de especies

Fundamento 

Medio de enriquecimiento no selectivo, recomendado para ser utilizado en lugar de

solución fisiológica para recuperar células de enterobacterias dañadas por procesos
fisicoquímicos, a los que ha sido sometido el alimento. Si es utilizado como medio base
para la fermentación de hidratos de carbono, se debe adicionar el indicador de Andrade y
el hidrato de carbono en cuestión.

Fórmula

Incubación 
Aeróbica, a 35-37 ºC durante 18-24 horas.

Resultados
Almacenamiento:
Medio deshidratado: a 10-35 ºC.
Medio preparado: a 2-8 ºC.

Preparación.

 Disolver 20g/litro
 Repartir en recipientes y esterilizar en auto clave (15min, a 120°C)
 pH: 7.2 ± 0.2
 caldo ámbar claro.
Procedimiento.
1. Preparar 135 ml de agua de peptona.
20g 1000ml

Xg 135ml X=2.7gr

2. Repartir en recipientes para el pre-enriquecimiento y autoclavarlos

3. Colocar las diferentes muestras dentro de ellos, incubarlo por 48 horas a 35-37 °C

Agua de Triptona.
Medio líquido recomendado para enriquecimiento y para verificar la producción de indol
por los microorganismos.
Fundamento.
El agua triptona, por su base nutritiva, permite el desarrollo de diversas especies
bacterianas, y debido a su alto contenido de triptofano, es un buen sustrato para la
producción de indol. 
Fórmula.
Siembra
Inoculación directa del material en estudio en tubos conteniendo agua triptona.
Incubación 
Aeróbica, a 35-37 ºC durante 24-48 horas.

Prueba del Indol

Utilizar el reactivo de Kovac´s: se considera un resultado positivo el desarrollo de un
color rojo.

Composición del Reactivo de Kovac’s

Es una sustancia usada para la determinación de indol microbiano en la identificación de
microorganismos indol (+) o de indol (-). Está compuesto por:

 Butanol
 4-dimetilaminobenzaldehído
 Ácido clohídrico

El butanol arrastra el resultado de la reacción a la superficie por diferencia de

densidades. El 4-dimetilaminobenzalhehído es el que le da la coloración rojo carmesí con
el indol formado y el ácido clorhídrico baja el pH del medio.
Modo de acción
Algunos microorganismos pueden utilizar el triptófano el cual es especialmente abundante
para producir ácido pirúvico, amoniaco e indol debido a que este es desaminado. El indol
luego reacciona con el 4-dimetilaminobenzaldehído para formar una coloración roja,
como el triptófano también da una coloración de este color en el 4-
dimetilaminobanzaldehído este debe ser separado del indol y esto se logra extrayendo
selectivamente el indol con butanol.
Resultados

Almacenamiento:
Medio deshidratado: a 10-35 ºC.
Medio preparado: a 2-8 ºC.
Preparación.

 Disolver 15g/litro
 Distribuir en tubos y esterilizar en autoclave (15min, a 121ºC)
 pH 7.3 ± 0.2
 El caldo preparado es claro e incoloro
Procedimiento.
1. Se prepara 51 ml de agua de triptona
15g 1000ml

Xg 51ml X= 0.77g

2. Dividir el caldo en 5 tubos de ensayo y autoclavarlos.

3. Con un asa previamente esterilizada tomamos muestra del pre-enriquecimiento
preparado.
4. Inoculamos en los tubos de ensayo con agua de triptona (realizar de dos a tres
asadas por tubo).
5. Incubarlos en baño María por 48 horas a 44°C
6. Añadir el reactivo de Kovac´s y observar si hubo presencia de Indol.

Interpretación

 Prueba positiva: un anillo rojo en la superficie del medio en la capa alcohólica.

 Prueba negativa: no se produce color en la capa alcohólica; toma el color del
reactivo de Kovac’s (amarillo).
 Variable (±): un color anaranjado en la superficie del medio debido al desarrollo de
escatol, un compuesto metilado que puede ser precursor de la formación de indol.
 Todos los tubos de la experimentación presentaron el halo rojo en la superficie; es
decir que si hubo presencia de indol.

Química de la reacción
Cuando existe indol, éste se combina con el aldehído que se encuentra en el reactivo de
Kovac’s, para dar un color rojo en la capa de alcohol. Esta reacción se produce por un
proceso de condensación formado por un desdoblamiento ácido de la proteína.

La reacción de color se basa en la presencia de la estructura pirrólica en el indol.

La estructura pirrólica puede reaccionar en sus formas tautoméricas (cuando se encuentran
en solución, algunas de las moléculas alteran su disposición de manera que se encuentran
dos formas).

Los grupos CH2 en cualquiera de las

formas pirrólicas permiten la condensación con el aldehído en un método en dos etapas.

Una quinona o
una estructura de tipo quinoide es un importante compuesto que produce color.

Las etapas 1 y 2 de la reacción se producen inmediatamente cuando se emplea el reactivo p-

dimetilamino-benzaldehído en HCl concentrado.
La capa alcohólica extrae y concentra el complejo de color rojo
Observaciones.
Después de terminar nuestra experimentación, y observado los resultados bioquímicos de la
misma, pudimos concluir que existió el uso de proteínas como recurso energético por parte
de los microorganismos, ya que se dio la formación de indol, lo que significo el aislamiento
de Escherichia coli, la cual presenta las siguientes características:

 Indol (+)
 Gram-negativo
 Anaerobio facultativo
 Bacilo no esporulado
Conclusiones
 Las proteínas no son utilizadas como recurso energético inmediato, debido a que los
microorganismos utilizan en primera instancia a los carbohidratos y lípidos; solo
consumen las proteínas cuando se encuentran en ausencia o desgaste de dichos
recursos primordiales en el medio.

 Las proteínas son degradadas a péptidos por una enzima llamada proteasa, y
procedente a esto los péptidos se reducen a aminoácidos que son sus unidades mas
básicos por medio de enzimas denominadas peptidasas. los cuales por medio de un
proceso de desaminación pierden sus aminas y quedan solo cuerpos o esqueletos
carbonatados los cuales son oxidados o utilizados en la síntesis de nuevos
compuestos orgánicos, si es lo primero hay producción de CO 2 y agua, si es lo
segundo va al ciclo de Krebs; el amoniaco es eliminado al exterior siendo el directo
responsable de la alcalinidad del medio de cultivo.

 Algunas bacterias poseen genes los mismos que ayudan a la formación de enzimas
llamadas proteasas, la cual se encuentra principalmente en la superficie de la célula
y es la encargada de la proteólisis; pero existen algunos procariontes, que tienen
homólogos del proteosoma eucarióntico.

 En la transaminación el grupo amino del aminoácido es transferido a un cetoácido

dando como resultado un -cetoácido y glutamato, Este compuesto es materia
prima para la formación de futuros aminoácidos.

 La desaminacion oxidativa consiste en una deshidrogenacion enzamaitca de los

aminoácidos, los cuales se hidrolizan por una reaciion no enzimática, formando el
α-cetoacido correspondiente y amoniaco. Esta reacción se da gracias a la enzima
glutamato deshidrogenasa, cuya actividad se ve afectada por modificadores
alostericos como el ATP, que ayuda a activar la enzima, y el GTP que ihibe a la
misma. Como resultado de las reacciones desaminativas se obtiene un α-
cestoglutarato , el cual es un intermediario del ciclo de Krebs.

 El esqueleto carbonatado de lo aminoácidos da origen a diferentes moléculas con

distinto destino, esto permite clasificarlos como glucogénicos a aquellos que van a
formar parte del ciclo de Krebs.; Cetogénicos que dan origen a Acetil-CoA o
acetoacetil-CoA que significa un ahorro de energía para la celula debido a que entra
directamente a rutas de producción energética; y mixtos que dan origen a
compuestos glucogénicos y cetogenicos.
 Las condiciones endógenas de un microorganismo permiten llevar a cabo una ruta
metabolica especifica, entre las que encontramos complejos enzimáticos, tolerancia
a gases en el medio, y forma de obtención de energía. Mientras que las condiciones
exógenas se refieren a las características del medio las cuales permiten el desarrollo
de los microorganismos como lo son la temperatura, el oxigeno, CO2, pH,
elementos nutritivos y radiaciones.

 El indol es formado por parte de los microorganismos que poseen una enzima
llamada triptofanasa, que es la que va a descomponer el triptófano en indol, acido
piruvico que es el que se utiliza en el ciclo de Krebs, y amoniaco que es expulsado
al medio elevando el pH del mismo.

 Un producto parecido al indol que proviene de la degradación anaeróbica del

triptófano mediante una reaccion de descarboxilacion se llama escatol, por lo cual
es asociado a un olor fecal o de naftalina.

 La cadaverina es una sustancia no toxica de mal olor, y es producida por la

descarboxilacion oxidativa de la lisina; para que se de esta reacción las bacterias
deben poseer una enzima llamada lisina descarboxilasa.

 La putrescina es otro compuesto que también proviene de la descarboxilacion

oxidativa de la ornitina; tiene relación con la cadaverina debido a la descomposición
de los aminoácidos en los organismos vivos y muertos.
Conclusiones Experimentales
 Los microorganismos indol positivo poseen la capacidad de degradar triptófano
formando indol, acido piruvico y amoniaco, el cual afecta de manera negativa al
medio debido a aumenta el pH; el acido piruvico en algunas ocasiones es destinado
al ciclo de Krebs para producción energética o pueden ir a otros destinos según las
necesidades celulares.
 El reactivo de Kovac`s permite comprobar si el microorganismo aislado es indol
positivo o negativo, la formación de halo rojo en la superficie nos dio a concluir que
la muestra fue indol positivo.
 El acido clorhídrico permite bajar el pH del medio alcalino, el n-butanol se encarga
de separar el indol del triptófano logrando hacerlo menos denso por lo cual cuando
el 4 dimetilaminobenzoaldehido reacciona con el indol, da dicha coloración roja,
que se forma solo y únicamente en la superficie del caldo.
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