Código Muestra Analista Revisado RESULTADO

0515722585 NPE (21/05/2020) SEP (26/05/2020) PATOGÈNIC

 Motivo de Estudio:
Gestante de 21+1 sg con arco aórtico derecho. Resultado de QF-PCR: XX, normal resto
de alelos (realizado en otro laboratorio).

 CNVs Detectadas
- Gain 2q31.1 aprox. 324 kb
· Controles Normales: no hay
· Frecuencia en la población sana: no hay
· Genes OMIM: solapa parcialmente con 1 gen omim: SP3 (601804) no
asociado a patología
· Observaciones: PROBAB. BENIGNA

- Loss 8p11.22 HOMOCIGOTA aprox. 153 kb

· Controles Normales: +3 controles
· Frecuencia en la población sana: hay
· Genes OMIM: 0
· Observaciones: BENIGNA

- Gain 14q32.33 aprox. 488 kb

· Controles Normales: +3 controles
· Frecuencia en la población sana: hay
· Genes OMIM: FAM30A (616623)
· Observaciones: ARTEFACTO

- Gain 22q11.21 aprox 118 kb

· Controles Normales: no hay
· Frecuencia en la población sana: no hay
· Genes OMIM: 3 genes:
CECR2 (607576), no asociado a patología
SLC25A18 (609303), no asociado a patología
ATP6V1E1 (108746), relacionado com Cutis laxa, autosomal recessive, type IIC
(mutaciones missense em homocigosis)
En clingen: esta región incluye la región 22q11.21 recurrent (Cat eye syndrome)
region (includes CECR2) con un score de 3 para la triplosensibilidad. Esta
región tiene las coordenadas:
chr22: 17,392,953-18,591,860
y nuestra región:
chr22: 17,971,675 - 18,092,114
solapa totalmente.
Cat eye syndrome (CES) results from tetrasomy/triplication (four copies) of the proximal
region of chromosome 22q. Structurally, this gain presents in the form of a
supernumerary marker chromosome (SMC) that is characterized cytogenetically
as an inv dup(22)(pter-q11.2). Type I CES SMCs are symmetrical and contain two
copies of the 22q11.1-q11.21 region, known as the CES critical region (CESCR). This
region contains 22 genes, of which the genes CECR1 and CECR2 are considered to be
candidates for heart/facial and neurologic/eye features, respectively. Type I SMCs result
from rearrangements involving the most proximal low copy repeat (LCR-A) on
chromosome 22 and do not involve the DiGeorge/Velocardiofacial syndrome
region of 22q11.2. Phenotypic variability is in CES is common and may be attributed to
variation in levels of mosaicism across different tissues. Note that genes used as
landmarks are not necessarily causative of the complete phenotype(s) associated with
the region.

ORPHA:195
El síndrome del ojo de gato (CES) es un trastorno cromosómico poco frecuente con un
cuadro clínico muy variable. La mayoría de pacientes presenta múltiples
malformaciones que afectan a los ojos (coloboma del iris), a las orejas (fositas
preauriculares y/o apéndices), a la región anal (atresia anal), al corazón y a los riñones.
Por lo habitual, el retraso intelectual es leve o límite.
prevalencia al nacimiento estimada en 1/50.000 a 1/150.000. Afecta de forma similar a
hombres y a mujeres.
Descripción clínica
El CES presenta un espectro clínico muy amplio en términos de hallazgos y gravedad,
abarcando desde un fenotipo normal a una enfermedad multisistémica grave. Las tres
características visibles principales son las anomalías preauriculares, la atresia anal y el
coloboma del iris pero ninguna se encuentra de manera constante. El rasgo más
frecuente es la presencia de fositas y/o marcas cutáneas preauriculares. La anomalía
típica del ojo está ausente en más del 50% de los pacientes. El coloboma del ojo puede
afectar el iris, la coroides y/o la retina. Menos frecuentemente se ha observado
microftalmia unilateral, aniridia, opacidad corneal, catarata y/o anomalía de Duane.
Además de la fosita y/o apéndice cutáneo preauricular, las orejas pueden ser de
implantación baja y muy pequeñas, con posible atresia del canal auditivo externo. Los
típicos rasgos faciales incluyen fisuras palpebrales con inclinación hacia abajo, pliegues
epicánticos internos, hipertelorismo, puente nasal plano y mandíbula pequeña. A veces
se observa labio leporino/paladar hendido (ver este término). En algunos individuos, el
canal anal es estrecho o está ausente con una fistula desde el recto a una localización
anormal (vejiga, vagina o perineo). El defecto cardiaco congénito más frecuentemente
descrito es una anomalía total congénita del retorno venoso pulmonar y, menos
frecuentemente, tetralogía de Fallot (ver estos términos). Las anomalías congénitas del
riñón incluyen ausencia de uno o ambos riñones, hidronefrosis, riñones
supernumerarios, y/o hipoplasia renal. Las anomalías óseas incluyen defectos
espinales y malformaciones de las extremidades. Las posibles malformaciones
gastrointestinales son atresia biliar, rotación intestinal anómala y/o enfermedad de
Hirschsprung (ver este término). Otros rasgos variables incluyen hernias, criptorquidia e
hipospadias en hombres. También pueden darse otras malformaciones muy poco
frecuentes que afectan prácticamente a todos los órganos. La mayoría de pacientes
presenta discapacidad intelectual leve (aunque en algunos casos puede ser de
moderada a grave) pero unos pocos tienen desarrollo cognitivo normal. En algunos
casos se observa talla baja asociada a una deficiencia de la hormona de crecimiento.

La tetralogía de Fallot es una afección poco frecuente que se produce a causa de una
combinación de cuatro defectos cardíacos presentes al momento del nacimiento
(congénita).
Estos defectos,
-Estenosis de la válvula pulmonar: es el estrechamiento de esta válvula
-Comunicación interventricular.
-Cabalgamiento de la aorta. la aorta se encuentra un poco desplazada hacia la
derecha y se apoya justo encima de la comunicación interventricular.
-Hipertrofia ventricular derecha.

NO PODEMOS RECOMENDAR FISH pq la sonda que tenemos que hibrida en la

región 22q11.2 no cubre la misma región génica.
Esperar a recomendar cariotipo pq todo y que se describe en forma de marcador podría
ser que por tamaño no lo veamos (aunque pondremos un colce xsi).

· Observaciones: PATOGÉNICA
- Gain Mosaic Xq28 aprox. 7.3Mb
· Controles Normales: -
· Frecuencia en la población sana: -
· Genes OMIM:
· Observaciones: ARTEFACTO

- Gain Xq28 aprox 324 kb

· Controles Normales: no hay
· Frecuencia en la población sana: no hay
· Genes OMIM: 9 genes omim:
CTAG1A (300657), no asociado a patología
CTAG1B (300156), no asociado a patología
CTAG2 (300396), no asociado a patología
GAB3 (300482), no asociado a patología
DKC1 (300126), Dyskeratosis congenita, X-linked x mut missense
MPP1 (305360), no asociado a patología
F8 (300841), Hemophilia A, X-linked x mut y deleción
H2AFB3 (300445), no asociado a patología
F8A1 (305423), no asociado a patología
Es una gestación femenina
· Observaciones: PROBAB. BENIGNA

Filtro verificación: Sí, aparecen 2 CNV’s más

Filtro LOH: no hay

Recopilación de datos
Motivo de estudio:
Gestante de 21+1 sg con arco aórtico derecho. Resultado de QF-PCR: XX, normal resto
de alelos (realizado en otro laboratorio).

Tipo de muestra: ADN procedente de líquido amniótico fresco

Existencia consentimiento informado: asumida

Resultado:
Patrón genómico: sexo femenino
Fórmula (ISCN 2016): arr[GRCh37] 22q11.21(17972675_18091114)x3

Interpretación:
CNVs encontradas:
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1. Interpretación 1
arr[GRCh37] 22q11.21(17972675_18091114)x3
Clasificación: PATOGÉNICA
Chromosome & Data View:
 Figura 2. A la derecha, detalle del cromosoma y la región implicada. En el centro, detalle de la anomalía
detectada indicando: estado del número de copias (rojo=deleción; azul=duplicación;
difuminado=mosaico), distribución de las sondas de oligos (Weighted Log2Ratio), número de copias,
distribución de las sondas de SNPs (Allele Difference) y los genes OMIM.

Interpretación 2
Descripción: se ha detectado una ganancia de 118 Kb, correspondiente a la
región 22q11.21, afectando 3 genes OMIM. La duplicación de esta región se
asocia con el Síndrome del ojo de gato (OMIM #115470, ORPHA:195), en el
cual se considera que un gen clave de la patología es el CECR2 (*607576). Este
síndrome es un trastorno cromosómico poco frecuente con un cuadro clínico
muy variable. La mayoría de pacientes presenta múltiples malformaciones que
afectan a los ojos (coloboma del iris), a las orejas (fositas preauriculares y/o
apéndices), a la región anal (atresia anal), al corazón y a los riñones. El defecto
cardiaco congénito más frecuentemente descrito es una anomalía total congénita
del retorno venoso pulmonar y, menos frecuentemente, tetralogía de Fallot. Por
lo habitual, el retraso intelectual es leve o límite.

Genes OMIM: CECR2 (607576), SLC25A18 (609303), ATP6V1E1 (108746)

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Conclusión:
El análisis de la muestra revela una una ganancia de 118 Kb, correspondiente a la región
22q11.21, catalogada como PATOGÉNICA.

Controles de calidad:
-
SNPQC ( 15) MAPD ( 0.25) WavinessSD ( 0.12)
14.811987 0.19780178 0.055279225