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Cap 9
Cap 9
Página 319.
Preguntas clave
- ¿Cómo se relacionan las secuencias de un gen y su proteína?
- ¿Por qué se dice que el código genético no se solapa y es
degenerado?
- ¿Cuál es la evidencia que sugiere que el RNA ribosómico, y no las
proteínas ribosómica, llevan a cabo los pasos claves en la
traducción?
- ¿Qué es el procesamiento postraduccional y por qué es importante
para la función proteica?
Esquema
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fueron plagas de la humanidad por siglos, la polio, la viruela y la
tuberculosis. Un factor importante que contribuyó a la erradicación de
algunas enfermedades infecciosas fue el descubrimiento y el uso
generalizado de los antibióticos, un grupo diverso de compuestos químicos
que matan patógenos bacterianos específicos sin dañar al animal
hospedador. Los antibióticos como la penicilina, la tetraciclina, la
ampicilina y el cloranfenicol, por nombrar algunos, salvaron cientos de
millones de vidas.
Desafortunadamente, el anuncio de victoria de William Stewart en la
batalla contra las enfermedades infecciosas fue prematuro. El uso excesivo
de los antibióticos en todo el mundo estimuló la evolución de cepas
bacterianas resistentes. Por ejemplo, cada año, más de 2 millones de
pacientes en los hospitales de los Estados Unidos adquieren una infección
que es resistente al antibiótico y como resultado mueren más de 90.000
personas. ¿Cómo se desarrolló la resistencia tan rápidamente? ¿Serán
nuevamente las enfermedades infecciosas una causa de mortalidad
humana? ¿Serán capaces los científicos de emplear su comprensión de los
mecanismos de resistencia para desarrollar antibióticos más duraderos?
Para responder a estas preguntas, los científicos focalizaron su
atención en la máquina celular que es el blanco de los antibióticos. Más de
la mitad de todos los antibióticos de uso general atacan al ribosoma
bacteriano, que es el sitio de la síntesis de proteínas de los procariotas. En
este capítulo, aprenderá los increíbles descubrimientos que los científicos
han realizado con el empleo de una técnica llamada cristalografía de rayos
X para visualizar los RNA ribosómicos y las más de 100 proteínas que
conforman la subunidad mayor y menor del ribosoma bacteriano. Aunque
los ribosomas de los procariotas y de los eucariotas son similares, hay
sutiles diferencias entre ellos, que hacen posible que los ribosomas
bacterianos sean el blanco de acción de los antibióticos mientras que a los
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ribosomas eucarióticos no les afectan. Empleando cristalografía de rayos X,
los científicos han visualizado la unión de los antibióticos al ribosoma
(Figura 9-1). A partir de estos estudios, se han determinado qué mutaciones
en el rRNA y/o en las proteínas ribosómicas bacterianas son las
responsables de la resistencia a los antibióticos. Con el conocimiento de los
puntos de contacto entre ciertos antibióticos y el ribosoma, los diseñadores
de fármacos están intentando diseñar una nueva generación de antibióticos
que, por ejemplo, sean capaces de unirse a distintos sitios que se
encuentren cercanos espacialmente. La lógica de este diseño está en que la
resistencia tardaría más en llegar porque se necesitaría que ocurrieran dos
mutaciones, que es un hecho muy poco probable incluso en las bacterias.
Los capítulos 7 y 8 describieron cómo se copia el DNA de una
generación a la siguiente y cómo se sintetiza el RNA a partir de una región
específica del DNA. Se puede pensar que estos dos procesos forman parte
de dos etapas en la transferencia de la información: la replicación (la
síntesis de DNA) y la transcripción (la síntesis de una copia de RNA de
una parte del DNA). En este capítulo, aprenderá el estadio final de la
transferencia de la información: la traducción (la síntesis de un polipéptido
dirigida por la secuencia del RNA).
Como se ha visto en el Capítulo 8, el RNA transcrito de los genes se
clasifica en RNA mensajero (mRNA) y RNA funcional. En este capítulo,
verá el destino de las dos clases de RNA. La gran mayoría de genes
codifica mRNA cuya función es la de servir de intermediario en la síntesis
de la proteína que es el producto final. Por el contrario, recuerde que los
RNA funcionales son activos como RNA, y nunca se traducen a proteínas.
Las principales clases de RNA funcional son los protagonistas principales
en la síntesis de proteínas, incluyendo el RNA de transferencia y el RNA
ribosómico.
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RNA de transferencia (tRNA) son moléculas adaptadoras que
traducen el codón de tres nucleótidos del mRNA al aminoácido
correspondiente, que es transportado por el tRNA al ribosoma
para el proceso de traducción. Los tRNAs son componentes
generales de la máquina de traducción; una molécula de tRNA
puede transportar el aminoácido al ribosoma para traducir
cualquier mRNA.
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procariotas ambos procesos ocurren en el mismo compartimiento celular,
mientras que en los eucariotas están separados físicamente. Después de un
extenso procesamiento, el mRNA eucariótico se exporta del núcleo para la
traducción en los ribosomas que se localizan en el citoplasma. Por el
contrario, la transcripción y la traducción en los procariotas se encuentran
acopladas: la traducción de un RNA comienza en su extremo 5’ mientras el
resto del mRNA está aún siendo sintetizado.
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H
H2N-C-COOH
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presentan ambas. La estructura terciaria se produce por el plegamiento de
la estructura secundaria. Algunas proteínas presentan estructura
cuaternaria, porque están compuestas de dos o más polipéptidos plegados,
llamados subunidades, mantenidos por uniones débiles. La estructura
cuaternaria puede establecerse entre distintos tipos de polipéptidos, que
conforman un heterodímero si está formada por dos subunidades, o un
homodímero si son polipéptidos idénticos. La hemoglobina es un ejemplo
de heterotetrámero, una proteína de cuatro subunidades, compuesta por dos
copias de dos polipéptidos diferentes, que se muestran en verde y morado
en la Figura 9-3d.
Muchas proteínas son estructuras compactas, llamadas proteínas
globulares. Las enzimas y los anticuerpos se encuentran entre las proteínas
globulares mejor caracterizadas. Las proteínas con forma lineal, llamadas
fibrosas, son componentes importantes de estructuras como la piel, el pelo
y los tendones.
La forma es lo más importante de una proteína porque es su forma
específica la que permite su especificidad para realizar un determinado
trabajo en la célula. La forma de una proteína está determinada por la
secuencia primaria de aminoácidos y por las condiciones en la célula que
promueven el plegamiento y las uniones necesarias para alcanzar
estructuras de niveles superiores. El plegamiento de las proteínas en su
conformación correcta se discutirá al final de este capítulo. La secuencia de
aminoácidos también determina qué tipo de grupo R está presente en una
posición específica y
(Fin de página 322)
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Cada enzima tiene un bolsillo llamado centro activo en el que pueden
adaptarse los sustratos. Dentro del centro activo, los grupos R de ciertos
aminoácidos se posicionan estratégicamente para interactuar con un
sustrato y catalizar una reacción química específica.
Hasta el presente no se conoce bien cuáles son las reglas por las que
una estructura primaria adopta estructuras de nivel superior. Sin embargo, a
partir del conocimiento de la estructura primaria de una proteína, se puede
predecir la función de regiones específicas. Por ejemplo, algunas
secuencias de proteínas características son el punto de contacto con los
fosfolípidos de la membrana que posicionan una proteína en la membrana.
Otras secuencias características actúan para unir proteínas al DNA. Las
secuencias de aminoácidos o pliegues proteicos conservados que están
asociados con funciones particulares se denominan dominios. Una proteína
puede contener uno o más dominios separados.
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demostraron la correspondencia lineal entre los nucleótidos del DNA y los
aminoácidos de las proteínas.
Yanofsky demostró la relación entre genes alterados y proteínas
alteradas a través del estudio de la enzima triptófano sintetasa y su gen.
Esta enzima es un heterotetrámero compuesto por dos subunidades α y dos
β, que cataliza la conversión del indol glicerol fosfato en triptófano.
Indol-3-glicerol fosfato
subunidad α
gliceraldehído-3-fosfato
indol
serina
subunidad β
Triptofano
Yanofsky identificó 16 alelos mutantes del gen trpA de E.coli, cuyo alelo
salvaje codifica para la subunidad α de la enzima. Los 16 alelos mutantes
producían formas inactivas de la enzima. Yanofsky cartografió la posición
del sitio mutante de cada alelo. En 1963, aún no se había inventado la
secuenciación del DNA, pero los sitios mutantes podían cartografiarse por
los métodos de análisis de recombinación, descriptos en el Capítulo 4.
A través del análisis bioquímico de la proteína TrpA, Yanofsky
demostró que cada una de las 16 mutaciones resultaba en la sustitución de
un aminoácido en diferentes posiciones de la proteína. Más aún, demostró
que el sitio mutacional en el mapa génico del gen trpA aparecía en el
mismo orden que el correspondiente aminoácido alterado en la cadena
polipeptídica (Figura 9-4). Además la distancia entre los sitios mutados,
medida como frecuencia de recombinación, mostraba una correlación con
(Fin de página 324)
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(Principio de página 325)
la distancia entre el aminoácido alterado en la correspondiente proteína
mutante. De esta manera, Yanofsky demostró la colinealidad, o sea la
correspondencia entre la secuencia lineal de un gen y la del polipéptido.
Posteriormente, estos resultados fueron aplicados a mutaciones en otras
proteínas de manera general.
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por un código de palabras consecutivas (codones), como se muestra en la
parte inferior de la Figura 9-5. Sin embargo, para un código solapado, los
aminoácidos consecutivos están especificados por codones que tienen
algunas bases consecutivas en común; por ejemplo, las últimas dos bases
de un codón pueden ser también las dos primeras del siguiente codón. Los
codones solapados se muestran en la parte superior de la Figura 9-5. De
esta manera, para la secuencia AUUGCUCAG en un código no solapado,
habría tres tripletes que codifican para los tres primeros aminoácidos
respectivamente, AUU, GCU y CAG. Sin embargo, en un código solapado,
los tripletes AUU, UUG y UGC codifican para los tres primeros
aminoácidos si solapan dos bases, como se muestra en la Figura 9-5.
En el año 1961, ya estaba claro que el código no era solapado. Los
análisis de proteínas alteradas por una mutación mostraron que sólo se
cambia un único aminoácido en una región de la proteína. Este resultado es
lo que predice un código no solapado.
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uno de los 20 aminoácidos que se encuentran comúnmente en las proteínas
celulares. Si las palabras tuvieran dos letras de longitud, entonces las
posibilidades serían 4 x 4 = 16, de manera que sólo habría 16 palabras; por
ejemplo, AU, CU, o CC. Este vocabulario todavía no sería lo
suficientemente largo.
Si las palabras tienen tres letras de longitud, entonces las
posibilidades serían 4 x 4 x 4 = 64 palabras posibles, por ejemplo, AUU,
GCG, o UGC. Este vocabulario provee más palabras de las necesarias para
describir los aminoácidos; entonces podemos concluir que las palabras del
código deben consistir al menos de tres nucleótidos. Sin embargo, si todas
las palabras son “tripletes”, entonces las posibles palabras resultantes están
en un exceso considerable respecto a las 20 necesarias para nombrar a los
aminoácidos comunes. Más adelante, en este capítulo, se volverá a este
exceso de codones.
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experimental que no se presentará aquí). El siguiente ejemplo ilustra la
acción de la proflavina sobre la doble hélice del DNA.
-ATCTAGTCT-
Inserción -TAGATCAGA-
-ATCTGTCT-
-TAGACAGA-
Deleción -ATCTGTT-
-TAGACAA-
“Reversión”
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Esta segunda mutación “suprimió” la expresión mutante del original FCO.
Recuerde del Capítulo 6 que una mutación supresora contrarresta o suprime
los efectos de otra mutación.
¿Cómo se puede explicar este resultado? Si suponemos que el gen se
lee sólo desde un extremo, entonces la adición original o la deleción
inducida por la proflavina podría resultar en una mutación porque
interrumpe el mecanismo normal de lectura que establece el grupo de bases
que deben leerse leen como palabras. Por ejemplo, si cada tres bases en el
mRNA resultante constituye una palabra, entonces se podría establecer el
“marco de lectura” agrupando las tres primeras bases del extremo como la
primera palabra, las siguientes tres como la segunda palabra, y así en
adelante. En este caso, la adición o deleción de un par de nucleótidos
simple inducida por la proflavina podría desplazar el marco de lectura en el
mRNA a partir del punto correspondiente, causando la lectura errónea de
todas las palabras siguientes. Una mutación de desplazamiento del marco
de lectura podría reducir gran parte del mensaje genético a un galimatías.
Sin embargo, se podría reestablecer el marco de lectura apropiado por la
inserción o deleción compensatoria en otro punto, lo que produciría un
trecho corto ilegible entre las dos mutaciones. Considere el siguiente
ejemplo en el que se emplean palabras inglesas de tres letras para
representar los codones:
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La inserción suprime el efecto de la deleción restaurando la mayor
parte del sentido de la frase. La inserción, por sí misma, también
interrumpe la frase:
LEO VIO POR AFI NES EDI ASI NLU Z
Si suponemos que el mutante FCO está causado por una inserción de
un par de nucleótidos simple, entonces la segunda mutación (supresora)
podría ser una deleción, porque sólo una deleción restauraría el marco de
lectura del mensaje resultante (una segunda inserción no corregiría el
marco de lectura). En los siguientes diagramas, se emplea una cadena de
nucleótidos hipotética para representar al RNA por simplicidad. Se supone
que las palabras del código son de tres letras de longitud y que se leen en
una dirección (de izquierda a derecha).
2. Mensaje rIIa: las palabras después de la adición están cambiadas (X) por
una mutación que altera el marco de lectura, mientras que las palabras
marcadas con () no se ven afectadas.
Adición
3. Mensaje rIIa, rIIb: Pocas palabras son erróneas, pero se restaura el marco
de lectura en las últimas palabras
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Deleción
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algún significado dentro del código, por lo que algunos aminoácidos deben
estar especificados por al menos dos o más tripletes diferentes.
El razonamiento es el siguiente: Si se emplearan sólo 20 tripletes,
otros 44 carecerían de sentido y no codificarían ningún aminoácido. En este
caso, se espera que la mayoría de las mutaciones que alteran el marco de
lectura produzcan palabras sin sentido, que interrumpirían el proceso de la
construcción de la proteína, y la supresión de las mutaciones que cambian
el marco de lectura se darían, en caso de producirse, raramente. Sin
embargo, si todos los tripletes especifican para algún aminoácido, las
palabras cambiadas podrían resultar simplemente en la inserción de un
aminoácido incorrecto en la proteína. Crick pensó que muchos
aminoácidos, si no todos, tienen varios nombres diferentes en el código de
pares de bases; y esta hipótesis fue confirmada bioquímicamente.
Descifrando el código
El desciframiento del código genético, o sea la determinación del
aminoácido específico para cada triplete, fue uno de los avances genéticos
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más espectaculares de los últimos 50 años. Cuando las técnicas
experimentales necesarias se hallaron disponibles, el código genético se
descifró rápidamente.
El descubrimiento de cómo producir mRNA sintético fue un gran
paso adelante. Si se mezclan los nucleótidos de RNA con una enzima
especial (polinucleótido fosforilasa) la reacción produce una cadena simple
de RNA. A diferencia de la transcripción, no se necesita molde de DNA
para esta síntesis, de manera que los nucleótidos se incorporan al azar. La
capacidad de sintetizar RNA ofreció la perspectiva apasionante de crear
secuencias de mRNA específicas y así ver que aminoácidos podrían
especificar. El primer mensajero sintético se obtuvo mezclando nucleótidos
de uracilo
(Fin de página 328)
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secuencia (AGA)n, es una secuencia larga de AGAAGAAGAAGAAGA,
que se empleó para iniciar la síntesis polipeptídica in vitro (en un tubo de
ensayo que también contenía un extracto celular con todos los componentes
necesarios para la traducción). La secuencia polipeptídica resultante se
observó a partir de una variedad de estos ensayos, con el uso de diferentes
tripletes que residían en otros RNA sintéticos. Realizando este tipo de
ensayos se verificaron muchas palabras del código. (Este experimento se
detalla en el Problema 33 al final de este capítulo. Para resolverlo, puede
colocarse en el lugar de H. Gobind Khorana, que recibió el Premio Nobel
por dirigir estos experimentos).
Otras estrategias experimentales permitieron asignar cada
aminoácido a uno o más codones. Recuerde que se propuso que el código
es degenerado, lo que significa que algunos aminoácidos tienen más de un
codón asignado. La degeneración del código se puede observar claramente
en la Figura 9-6, donde se dan los codones y los aminoácidos que
especifican. Prácticamente todos los organismos de la Tierra usan el mismo
código genético. Hay algunas pocas excepciones en las que un pequeño
número de codones tiene diferentes significados, por ejemplo en los
genomas mitocondriales.
Codones stop
Habrá notado que en la Figura 9-6 hay algunos codones que no especifican
ningún aminoácido; son codones de terminación, o de stop. Pueden
homologarse con señales de puntuación en el mensaje codificado en el
DNA.
Uno de los primeros indicios de la existencia de codones stop
provino del trabajo de Brenner con el fago T4 en 1965. Brenner analizó
ciertas mutaciones (m1-m6) en un gen único que controla las proteínas de la
cabeza del fago; y descubrió que las proteínas de cada mutante tenían una
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cadena polipeptídica más corta que la del tipo salvaje. Brenner examinó los
extremos de las proteínas acortadas y los comparó con la proteína salvaje.
Para cada mutante, registró el aminoácido siguiente al que debería haberse
insertado para continuar con la cadena salvaje. Los aminoácidos para las
seis mutaciones fueron glutamina, lisina, ácido glutámico, tirosina,
triptofano, y serina. Estos resultados no presentan de manera inmediata un
patrón obvio, pero Brenner dedujo brillantemente que ciertos codones de
cada uno de estos aminoácidos son similares. Específicamente, cada uno de
estos codones puede mutar a UAG por un cambio simple en un nucleótido
del DNA. Brenner postuló que UAG es un codón stop (terminación), una
señal de que la proteína está completa para el mecanismo de la traducción.
(Fin de página 329)
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9.4 tRNA: el adaptador
Después de conocer que la secuencia de aminoácidos de una proteína está
determinada por los codones o tripletes de mRNA, los científicos
comenzaron a preguntarse cómo se lleva a cabo este proceso. Un primer
modelo, rápidamente descartado por ingenuo y
(Fin de la página 330)
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específico, que los lleva al ribosoma, que es el complejo molecular que
enlazará los aminoácidos a los polipéptidos que están creciendo.
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muestra en la Figura 9-7b. La estructura tridimensional del tRNA fue
determinada utilizando cristalografía de rayos X. Desde la época en que se
empleó para deducir la estructura de doble hélice del DNA, esta técnica ha
ido perfeccionándose de manera que ahora se puede utilizar para
determinar la estructura de macromoléculas muy complejas como el
ribosoma. Aunque los tRNAs difieren en su secuencia primaria de
nucleótidos, todos ellos se pliegan prácticamente en la misma
conformación de L, excepto para diferencias en el bucle del anticodón y en
el extremo aminoacídico. Su estructura similar se puede observar
fácilmente en la Figura 9-9, que muestra a dos tRNA diferentes
superpuestos. La conservación de la estructura nos dice que la forma es
importante para la función que desempeña el tRNA.
¿Qué ocurriría si un aminoácido incorrecto se uniera covalentemente
al tRNA? Un experimento convincente respondió esta pregunta. El
experimento empleó el tRNA específico de cisteína, el cisteinil-tRNA
(tRNACys), “cargado” con cisteína, de manera que éste aminoácido fue
unido al tRNA. Al tRNA cargado
(Fin de página 331)
La proteína sintetizada con este tRNA híbrido tenía alanina en los lugares
donde debería haber cisteína. El experimento demostró que el aminoácido
es “analfabeto”, se insertan en la posición adecuada debido a que el
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“adaptador” del tRNA reconoce al codón e inserta su aminoácido
apropiadamente. Por lo tanto, la unión del aminoácido correcto a su tRNA
cognado es un paso crítico que asegura que la proteína sea sintetizada
correctamente. Si se une el aminoácido incorrecto, no hay manera de
prevenir que sea incorporado en la cadena de proteína que se está
sintetizando.
Revisión de la degeneración
Como puede observarse en la Figura 9-6, el número de codones de un solo
aminoácido varía, desde un codón (UGG para el triptofano) hasta seis
(UCC, UCU, UCA, UCG, AGC, o AGU para la serina). No está del todo
claro aún por qué el código genético tiene esta variación, pero hay dos
hechos a tener en cuenta:
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(Fin de página 332)
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Mensaje: Se dice que el código genético es degenerado porque, en muchos
casos, más de un codón se asigna a un único aminoácido; además, distintos
codones pueden emparejarse con más de un anticodón (tambaleo).
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eucariotas se denominan 40S y 60S, y conforman el ribosoma de 80S
(Figura 9-11b). Aunque los ribosomas eucariotas son mayores debido a sus
componentes son mayores y más numerosos, los componentes y los pasos
en la síntesis de proteínas son muy similares en conjunto. Las similitudes
indican claramente que la traducción es un proceso antiguo que se originó
en un ancestro común de eucariotas y procariotas.
(Fin de página 333)
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interacción se ilustran en la Figura 9-13. El sitio de unión para el mRNA
está completamente dentro de la subunidad menor, mientras que para el
tRNA hay tres sitios de unión. Cada tRNA unido hace de puente entre la
subunidad 30S y la 50S, con su extremo del anticodón en 30S, y su
extremo aminoacil (que lleva
(Fin de página 334)
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contactos importantes que se realizan en estos centros son los contactos
tRNA-rRNA. La formación del enlace peptídico se cree que está catalizada
por un centro activo del RNA ribosómico y que las proteínas solo lo
asisten. En otras palabras, la subunidad mayor del ribosoma actúa como
una gran ribozima que cataliza la formación del enlace peptídico.
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Iniciación, elongación y terminación de la traducción
El proceso de la traducción se puede dividir en tres fases: iniciación,
elongación y terminación. Dejando de lado al ribosoma, el mRNA y el
tRNA, se requieren proteínas adicionales para llevar a cabo de manera
exitosa cada fase. Debido a que ciertos pasos de la iniciación difieren
significativamente entre procariotas y eucariotas, se describe la iniciación
separadamente para cada grupo. Las fases de elongación y terminación se
describirán principalmente como sucede en bacterias, ya que en éstas se
han realizado muchos estudios recientes de la traducción.
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La iniciación en los procariotas. Los codones de iniciación están
precedidos por unas secuencias especiales llamadas secuencias Shine-
Dalgarno, que aparean con el extremo 3’ de un rRNA, llamado rRNA 16S,
en la subunidad 30S del ribosoma. Este apareamiento posiciona de manera
correcta al codón iniciador en el sitio P donde se unirá el tRNA iniciador
(Figura 9-14). El mRNA puede aparear sólo con la subunidad 30S que se
encuentra disociada del resto del ribosoma. Observe de nuevo que el rRNA
juega un papel clave al asegurar que el ribosoma esté en el sitio correcto
para iniciar la traducción.
Se requieren tres proteínas, IF1, IF2 y IF3 (por factor de iniciación,
en inglés initiation factor) para la iniciación correcta (Figura 9-15). La IF3
es necesaria para mantener disociada a la subunidad 30S de la subunidad
50S, mientras que la IF1 y IF2 actúan asegurando que sólo el tRNA
iniciador constituya el complejo de iniciación. El ribosoma completo 70S
se forma por la asociación de la subunidad grande 50S con el complejo de
iniciación y la liberación de los factores de iniciación.
Debido a que los procariotas carecen de compartimento nuclear que
separa la transcripción de la traducción, el complejo de iniciación es capaz
de formarse en la secuencia Shine-Dalgarno cercano al extremo 5’ del
RNA que aún se está transcribiendo. Así, la traducción puede comenzar en
el RNA procariota antes que se complete la transcripción.
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Al llegar al citoplasma, el mRNA está cubierto generalmente por proteínas,
y algunas regiones pueden formar dobles hélices debido al apareamiento
intramolecular de bases. Estas regiones de estructura secundaria deben
eliminarse para exponer al codón iniciador AUG. La eliminación la
realizan los factores de iniciación eucarióticos llamados eIF4A, B y G, que
se asocian con la caperuza del extremo 5’ que se encuentra en la mayoría
de los mRNA eucarióticos, con la subunidad 40S y con el tRNA iniciador
para formar el complejo de iniciación. Una vez en su lugar, el complejo se
mueve en la dirección 5’ a 3’ y se desenrollan las regiones de las bases
apareadas (Figura 9-16). Al mismo tiempo,
(Fin de página 337)
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Como se ha descrito anteriormente en este capítulo, un aminoacil-
tRNA se forma por unión covalente de un aminoácido del extremo 3’ de un
tRNA que contiene el correspondiente anticodón. Antes que los aminoacil-
tRNAs puedan emplearse en la síntesis de proteínas, deben asociarse al
factor proteico EF-TU para formar un complejo ternario compuesto por el
tRNA, el aminoácido y el EF-TU. El ciclo de elongación comienza con un
tRNA iniciador y su aminoácido unido, la metionina, en el sitio P y con el
sitio A listo para aceptar al complejo ternario (véase la Figura 9-17). El
reconocimiento del codón-anticodón en el centro decodificador la
subunidad pequeña determina cuál de los 20 complejos ternarios diferentes
se acepta
(Fin de página 338)
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tRNA (en el sitio P). Al final, el extremo amino terminal del polipéptido
creciente emerge del túnel de la subunidad 50S y sale del ribosoma.
Terminación El ciclo continúa hasta que el codón del sitio A es uno de los
tres codones stop: UGA, UAA o UAG. Recuerde que no hay ningún tRNA
que reconozca a estos codones. Sin embargo, unas proteínas llamadas
factores de liberación (RF1, RF2 y RF3 en las bacterias) reconocen los
codones stop (Figura 9-18). En las bacterias, el RF1 reconoce a los codones
UAA o UAG, mientras que RF2 reconoce a UAA o UGA; y ambos son
asistidos por RF3. La interacción entre los factores de liberación 1 y 2 y el
sitio A difiere de la que tiene con el complejo ternario en dos formas
importantes. La primera, es que las proteínas RF reconocen a los codones
stop, y no lo reconoce un anticodón. La segunda, es que los factores de
liberación encajan en el sitio A de la subunidad 30S, pero no participan en
la formación del enlace peptídico. Sin embargo, dentro del centro
polipeptidiltransferasa entra una molécula de agua, y su presencia lleva a la
liberación del polipéptido del tRNA del sitio P. Las subunidades
ribosomales se separan, y la subunidad 30S está lista para formar un nuevo
complejo de iniciación.
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Es interesante considerar ahora los supresores de las mutaciones sin
sentido definidas por Brenner y sus colaboradores. Recuerde que las
mutaciones en el fago llamadas ámbar reemplazaban a los codones salvajes
con codones stop, pero las mutaciones supresoras en el hospedador
contrarrestaban los efectos de la mutación ámbar. Podemos ahora decir más
específicamente dónde se localiza la mutación supresora y cómo trabaja.
Muchos de estos supresores son mutaciones en los genes que codifican los
tRNA de manera que un tRNA se vuelve capaz de reconocer un codón stop
en el mRNA. Así, un aminoácido se inserta en respuesta al codón stop y la
traducción continúa pasando ese triplete. En la Figura 9-19, la mutación
ámbar reemplaza al codón salvaje con el codón sin sentido UAG de
terminación de la cadena. Por si mismo, el codón UAG podría causar que la
proteína terminara prematuramente en su posición. La mutación supresora
en este caso produce un tRNATyr con un anticodón que reconoce al codón
stop mutante UAG. El mutante suprimido contiene tirosina en esa posición
de la proteína.
¿Podría el tRNA producido por una mutación supresora también
unirse a las señales de terminación normales de los extremos de las
proteínas? ¿Podría la presencia de una mutación supresora prevenir así la
terminación normal de las proteínas? Muchas señales de terminación
naturales constan
(Fin de la página 339)
35
9.3 El proteoma
El Capítulo 8 comenzó con una discusión del número de genes en el
genoma humano y cómo ese número (cercano a 25 000) es mucho menor al
número de proteínas en una célula humana (más de 100 000). Ahora que
está familiarizado con la forma en que la información que está codificada
en el DNA se transcribe a RNA y cómo el RNA se traduce a proteínas, es
un buen momento para revisar este tema y mirar de una manera más
cercana a la fuente de la diversificación de las proteínas. Primero, se
revisará unos viejos términos y se añadirán unos más que serán útiles en la
discusión. Ya conoce que el genoma el es conjunto completo de material
genético en un complemento cromosómico. También verá en el Capítulo 13
que el transcriptoma es la colección completa de secuencias transcritas del
genoma (incluyendo los mRNA y los ncRNA). Otro término es el
proteoma, que fue brevemente introducido en el Capítulo 8, pero que aquí
se define como el conjunto completo de las proteínas que se pueden
expresar por el material genético de un organismo. En el resto del capítulo,
verá cómo el proteoma está enriquecido por dos procesos celulares: el
empalme alternativo del pre-mRNA y la modificación postraduccional de
las proteínas.
36
crecimiento del fibroblasto y entonces transduce una señal dentro de la
célula (Figura 9-20). La proteína FGFR2 está formada por diversos
dominios que incluyen un dominio extracelular de unión a ligando. El
empalme alternativo produce dos isoformas que difieren en sus dominios
extracelulares. Debido a estas diferencias, cada isoforma se une a diferentes
factores de crecimiento. Para muchos genes que son empalmados
alternativamente, existen distintas isoformas en diferentes tejidos.
Eventos postraduccionales
Cuando se liberan del ribosoma la mayoría de las proteínas recién
sintetizadas son incapaces de funcionar. Este hecho puede ser sorprendente
para los que creen que la secuencia de proteínas codificada en el DNA y
sus transcritos
(Fin de página 340)
37
denomina no nativa. Como se ha visto al principio del capítulo, las
proteínas presentan una extraordinaria variedad de estructuras. Las distintas
estructuras de las proteínas son esenciales para su actividad enzimática,
para su capacidad de unirse al DNA, o para cumplir con sus funciones en la
célula. Aunque desde 1950 se conocía que la estructura tridimensional de
las proteínas está determinada por su secuencia de aminoácidos, también se
conocía que el ambiente acuoso dentro de la célula no favorece el
plegamiento correcto de la mayoría de las proteínas. Dado que las proteínas
se encuentran en la célula plegadas de forma correcta, ha habido una
pregunta que permaneció sin respuesta durante largo tiempo, y es ¿cómo se
pliega de manera correcta la proteína?
Parece ser que las proteínas nacientes se pliegan correctamente con
ayuda de las chaperonas, una clase de proteínas descubiertas en todos los
organismos desde bacterias hasta plantas y humanos. Una familia de
chaperonas, llamadas las chaperoninas GroE, forman un gran complejo de
múltiples subunidades llamado la máquinas de plegamiento chaperoninas.
Aunque aún se desconoce el mecanismo preciso, se cree que las proteínas
recién sintetizadas, que se encuentran sin plegar, entran en una cámara en
la máquina de plegamiento que proporciona un microambiente
eléctricamente neutro dentro del cual las proteínas pueden adoptar su
conformación nativa.
(Fin de página 341)
38
enlazarse covalentemente a las cadenas laterales de aminoácidos. Se
conocen más de 300 modificaciones postraduccionales de las cadenas
laterales de aminoácidos. Seguidamente se analizarán dos de las
modificaciones más comunes, la fosforilación y la ubiquitinización.
39
(Fin de página 342)
40
correcto o al compartimiento celular que le corresponde. Por ejemplo, una
proteína de membrana recién sintetizada o una proteína destinada a un
orgánulo tienen en su extremo amino terminal un péptido corto que le
dirige, denominado secuencia señal. Para las proteínas de membrana, este
grupo de 15 a 25 aminoácidos dirige las proteínas hacia los canales de la
membrana del retículo endoplasmático, donde una peptidasa escinde la
secuencia señal (Figura 9-24). Desde el retículo endoplasmático, la proteína
se dirige a su destino final. Existe un fenómeno similar para ciertas
proteínas bacterianas que se secretan.
Las proteínas destinadas al núcleo incluyen a las polimerasas de
RNA y de DNA, y a los factores de transcripción discutidos en los
Capítulos 7 y 8. Las secuencias de aminoácidos incrustadas en el interior de
las proteínas que rodean al núcleo son necesarias para el transporte de las
proteínas desde el citoplasma hacia el núcleo. Las proteínas receptoras
citoplasmáticas reconocen a las secuencias de localización nuclear (NLS,
del inglés, nuclear localization sequences), y transportan la proteína recién
sintetizada a través de los poros nucleares, que se encuentran en la
membrana. Estos poros permiten que las moléculas grandes atraviesen la
membrana tanto hacia adentro como hacia fuera. Una proteína que
normalmente no se encuentra en el núcleo será transportada a su interior si
se le añade una NLS.
¿Por qué se escinden las secuencias señales mientras llegan a su
destino, mientras que una NLS, localizada en el interior de la proteína,
permanece después que la proteína ya haya entrado en el núcleo? Una
posible explicación sería que, en la desintegración nuclear que acompaña a
la mitosis (véase el Capítulo 2), las proteínas localizadas en el núcleo
podrían encontrarse en el citoplasma, y si contienen un NLS, podrían luego
recolocarse en el núcleo de una célula hija cuando acabe la mitosis.
41
Mensaje: La mayoría de las proteínas eucarióticas son inactivas a menos
que sean modificadas después de la traducción. Algunos eventos
postraduccionales, como la fosforilación o la ubiquitinación, modifican a
los grupos de las cadenas laterales de aminoácidos, promoviendo su
activación o degradación, respectivamente. Otros mecanismos
postraduccionales reconocen señales de aminoácidos en una secuencia
proteica y dirigen a las proteínas a los lugares sonde se requiere su
actividad dentro o fuera de la célula.
Resumen
Este capítulo ha tratado de la traducción de la información codificada en la
secuencia de nucleótidos de un mRNA a la secuencia de aminoácidos de
una proteína. Nuestras proteínas, más que otras macromoléculas,
determinan lo que somos o no somos. Son las enzimas responsables del
metabolismo celular, incluyendo la síntesis de DNA y RNA, y son los
factores de regulación requeridos para la expresión del programa genético.
La versatilidad de las proteínas como moléculas biológicas se manifiesta en
la diversidad de formas que pueden adoptar. Más aún, aún después de ser
sintetizadas, pueden modificarse en una variedad de formas por la adición
de moléculas que pueden alterar su función.
Dado el papel central de las proteínas en la vida, no es sorprendente
que el código genético y la maquinaria de traducción se encuentre
sumamente conservada desde las bacterias hasta los humanos. Los
principales componentes de la traducción son tres clases de RNA: tRNA,
mRNA y rRNA. La exactitud de la traducción depende del ligamiento
enzimático de un aminoácido con su tRNA cognado, generando una
molécula de tRNA cargada. Como adaptadores, los tRNA son moléculas
clave en la traducción. Por el contrario, el enorme ribosoma es la fábrica,
42
donde se encuentran el mRNA, los tRNA cargados y los otros factores
proteicos para la síntesis de las proteínas.
La decisión clave en la traducción es dónde se inicia ésta. En los
procariotas, el complejo de iniciación se ensambla sobre el mRNA en la
secuencia de Shine-Dalgarno, ubicada precisamente aguas arriba del codón
de iniciación AUG. El complejo de iniciación en los eucariotas se ensambla
a la caperuza del extremo 5’ del mRNA y se mueve en dirección 3’ hasta
que se reconoce el codón de iniciación. La fase más larga de la traducción
es el ciclo de elongación; en esta fase, el ribosoma se desplaza a lo largo
del mRNA, dejando ver el siguiente codón que interactuará con su tRNA
cognado y cargado de manera que el aminoácido cargado en el tRNA
pueda ser añadido a la cadena polipeptídica creciente. Este ciclo continúa
hasta que se encuentra un codón stop. Los factores de liberación facilitan la
terminación de la traducción.
Hace unos pocos años que nuevas técnicas de imagen han revelado
las interacciones del ribosoma a nivel atómico. Con estos nuevos “ojos”, se
sabe ahora que el ribosoma es una máquina increíblemente dinámica que
cambia la forma en respuesta a los contactos realizados con los tRNAs y
con las proteínas. Más aún, las imágenes de resolución atómica revelaron
que el RNA ribosómico, y no las proteínas ribosómicas, está íntimamente
relacionado con los centros funcionales del ribosoma.
El proteoma es el conjunto completo de proteínas que puede
expresarse a partir del material genético de un organismo. Mientras que un
eucariota multicelular típico tiene cerca de 20 000 genes, el proteoma típico
es probablemente de 10 a 50 veces mayor. Esta diferencia es, en parte, el
resultado de las modificaciones postraduccionales como la fosforilación y
la ubiquitinación, que influyen sobre la actividad y estabilidad de las
proteínas.
43
Términos claves
aminoácido (página 322)
aminoacyl-tRNA sintetasa (página 331)
anticodón (página 331)
centro decodificador (página 335)
centro peptidiltransferasa (página 335)
código degenerado (página 328)
codón (página 325)
colinealidad (página 325)
diseño de fármacos basados en la estructura (página 336)
dominio (página 324)
estructura cuaternaria (página 322)
estructura primaria (página 322)
estructura secundaria (página 322)
estructura terciaria (página 322)
extremo amino (página 322)
extremo carboxilo (página 322)
factor de iniciación (página 336)
factor de liberación, (RF) (página 339)
iniciador (página 336)
interactoma (página 342)
isoforma (página 340)
polipéptido (página 322)
proteína fibrosa (página 322)
proteína globular (página 322)
proteoma (página 340)
ribosoma (página 321)
RNA de transferencia (tRNA) (página 321)
RNA ribosómico (rRNA) (página 321)
44
secuencia de localización nuclear, NLS (página 343)
secuencia de Shine-Dalgarno (página 336)
secuencia señal (página 343)
sitio A (página 335)
sitio activo (página 324)
sitio E (página 335)
sitio P (página 335)
subunidad (página 322)
tambaleo (página 332)
triplete (página 325)
tRNA cargado (página 331)
tRNA isoaceptor (página 333)
ubiquitina (página 343)
ubiquitinización (página 343)
45
PROBLEMAS RESUELTOS:
Solución
-ACG-AUG-GCA-ACC-ACG-UGA-UAA-GCA
- Thr – Ile – Gly - Thr – Thr – Stop -Stop
46
Solución
—His—Thr—Glu—Asp—Trp—Leu—His—Gln—Asp—
—CAU/C—ACC/U/A/G—GA/G—GAU/C—UGG—CUC/U/A/G/UUA/G
—CAU/C—CAA/G—GAU/C—
CAU/C— GAC—C/U/A/G/GA—A/GGA—U/CUG—GC/UU—
C/U/A/G/C—U/CCA—GAU/C—
-G/A
—His—Asp—Arg—Gly—Leu—Ala—Thr—Ser—Asp—
47
mayoría de estas ambigüedades. Los nucleótidos que deben aparecer en la
secuencia original en estas posiciones están señalados con un círculo. Sólo
en algunos casos se mantiene la ambigüedad.
PROBLEMAS BÁSICOS
1.b. Marque los extremos 5’ y 3’ del DNA y el RNA, así como los
extremos amino y carboxilo de la proteína.
48
c. Escriba la cadena de aminoácidos correspondiente.
d. Marque los extremos amino y carboxilo terminal.
49
7. a. ¿En cuántos casos del código genético sería incapaz de precisar el
aminoácido especificado por un codón si sólo supiera los dos primeros
nucleótidos del codón?
b. ¿En cuántos casos sería incapaz de averiguar los dos primeros
nucleótidos de un codón si conociera el aminoácido que determina?
8. Deduzca cuáles pudieron ser los seis codones originales mutados en las
cepas de Brenner que le permitieron inferir la naturaleza del codón ámbar
UAG.
50
proteína en una transferencia por Western (véase Capítulo 1). ¿Esperaría
detectar con el anticuerpo alguna proteína en el mutante? Explique.
51
inicia la traducción. Esquematice un diagrama de este proceso,
identificando los extremos 5’ y 3’ del mRNA, los extremos amino y
carboxilo de la proteína, la RNA polimerasa y al menos un ribosoma. (¿Por
qué no podría funcionar este sistema en los eucariotas?).
52
22. Las mutaciones que cambian un único aminoácido en el sitio activo de
una enzima dar lugar a la síntesis de una enzima inactiva en cantidades
iguales que la salvaje. ¿En qué otras regiones de la proteína se podría
cambiar un aminoácido y obtenerse el mismo resultado?
25. ¿Por qué los organismos multicelulares necesitan tener cientos de genes
que codifican para quinasas?
26. Nuestro sistema inmune produce muchas proteínas diferentes que nos
protegen de las infecciones bacterianas y virales. Las compañías de
Biotecnología deben producir grandes cantidades de esas proteínas
inmunológicas para ensayos humanos y para venderlas finalmente a la
población. Con este fin, sus científicos diseñan cultivos celulares
bacterianos o humanos para expresar estas proteínas inmunes. Explique por
qué las proteínas aisladas de cultivos bacterianos a menudo son inactivas,
mientras que las mismas proteínas aisladas de cultivos celulares humanos
son activas (funcionales)?
53
Lys—Ser—Pro—Ser—Leu—Asn—Ala—Ala—Lys—
a
—Lys—Val—His—His—Leu—Met—Ala—Ala—Lys
a. ¿Cúales serían las secuencias del mRNA original y del nuevo mRNA?
(Utilice la Figura 9-6).
b. ¿Qué nucleótido se ha insertado y cuál se ha delecionado?
28. Suponga que está estudiando un gen de E. coli que determina cierta
proteína. Parte de su secuencia es:
—Ala—Pro—Trp—Ser—Glu—Lys—Cys—His—
54
lectura. Proponga un mecanismo que explique cómo actúan.
55
longitud.
TAC ATG ATC ATT TCA CGG AAT TTC TAG CAT GTA
ATG TAC TAG TAA AGT GCC TTA AAG ATC GTA CAT
a. ¿Cuál de los dos cadenas del DNA es la que se transcribe y en qué
sentido?
b. Marque los extremos 5’ y 3’ de cada cadena.
c. Si se produce una inversión entre el segundo triplete desde el extremo
izquierdo y el tercer triplete desde el extremo derecho, y la cadena que se
transcribe es la misma, ¿qué longitud tendrá el polipéptido resultante?
d. Suponga que la molécula original está intacta y que la transcripción
utiliza la cadena inferior y se mueve de izquierda a derecha. Indique la
secuencia de bases, y señale los extremos 5’ y 3’ del anticodón que inserta
el cuarto aminoácido del polipéptido en crecimiento. ¿Cuál es este
aminoácido?
33. Una de las técnicas empleadas para descifrar el código genético fue la
síntesis de polipéptidos in vitro, a partir de mRNA con secuencias
repetidas, por ejemplo, (AGA)n, que puede escribirse como
AGAAGAAGAAGAAGA...... En ocasiones, el polipéptido sintetizado
estaba compuesto por un solo aminoácido (un homopolímero), y en otros
casos por más de uno (heteropolímero), dependiendo de la secuencia
repetitiva que se usara. Además, a veces se producían diferentes
polipéptidos a partir de un mismo mRNA, lo que sugería que la síntesis de
proteínas en el sistema in vitro no comenzaba siempre en el nucleótido del
extremo del mensajero. Por ejemplo, a partir de (AGA)n podrían
sintetizarse tres polipéptidos: el homopolímero aa1 (abreviado aa1-aa1), el
homopolímero aa2 (abreviado aa2-aa2) y el homopolímero aa3 (abreviado
aa3-aa3). Probablemente, estos polipéptidos diferentes derivan de la
iniciación de la traducción en posiciones distintas de la secuencia:
56
AGA AGA AGA AGA . . .
GAA GAA GAA GAA . . .
AAG AAG AAG AAG . . .
En la siguiente tabla se muestran los resultados reales obtenidos en un
experimento realizado por Khorana.
mRNA
sintético Polipéptido(s) sintetizados
(UC)n (Ser-Leu)
(UG)n (Val-Cys)
(AC)n (Thr-His)
(AG)n (Arg-Glu)
(UUC)n (Ser-Ser) y (Leu-Leu) y (Phe-Phe)
(UUG)n (Leu-Leu) y (Val-Val) y (Cys-Cys)
(AAG)n (Arg-Arg) y (Lys-Lys) y (Glu-Glu)
(CAA)n (Thr-Thr) y (Asn-Asn) y (Gln-Gln)
(UAC)n (Thr-Thr) y (Leu-Leu) y (Tyr-Tyr)
(AUC)n (Ile-Ile) y (Ser-Ser) y (His-His)
(GUA)n (Ser-Ser) y (Val-Val)
(GAU)n (Asp-Asp) y (Met-Met)
(UAUC)n (Tyr-Leu-Ser-Ile)
(UUAC)n (Leu-Leu-Thr-Tyr)
(GAUA)n Ninguno
(GUAA)n Ninguno
[Nota: el orden en el que aparecen los polipéptidos o los aminoácidos en la
tabla no es significativo excepto en el caso de (UAUC)n y (UUAC)n].
a. ¿Por qué (GUA)n y (GAU)n determinan cada uno sólo dos
homopolipéptidos?
b. ¿Por qué (GAUA)n y (GUAA)n no dan lugar a la síntesis de
polipéptidos?
57
c. Asigne un aminoácido a cada triplete de la siguiente lista. Tenga en
cuenta que suelen haber varios codones para un solo aminoácido y que las
primeras dos letras de un codón son las importantes (mientras que la tercera
letra sólo es ocasionalmente relevante). Recuerde también que algunos
codones muy distintos pueden cifrar el mismo aminoácido. Intente resolver
la pregunta sin consultar la Figura 9-6.
AUG GAU UUG AAC
GUG UUC UUA CAA
GUU CUC AUC AGA
GUA CUU UAU GAG
UGU CUA UAC GAA
CAC UCU ACU UAG
ACA AGU AAG UGA
La resolución de este problema exige cierta lógica combinada con el
método de prueba y error. No se desanime: Khorana recibió el premio
Nobel por resolverlo. ¡Buena suerte!
(El problema 33 está tomado de J. Kuspira y G. W. Walker, Genetics
Questions and Problems, McGraw-Hill, 1973.)
58
Determinando la estructura proteica
La función proteica depende de la estructura tridimensional, que a su vez
depende de la secuencia primaria de la proteína. La estructura proteica se
determina experimentalmente por cristalografía de rayos X o por
resonancia magnética nuclear. En ausencia de información experimental
directa, existen programas potentes que se emplean para intentar ajustar los
datos de la secuencia primaria de aminoácidos al modelo tridimensional.
Escoja uno en el seminario de Genómica en www.whfreeman.com/iga9e.
59
FIGURAS CAPÍTULO 9
Página 319:
Pie de Figura:
La imagen muestra en resolución atómica, la superficie de un ribosoma de
la bacteria Haloarcula marismortuori, deducida por cristalografía de rayos
X. La parte del ribosoma que consiste de RNA se muestra en azul; la que
consiste de proteínas se muestra en morado. Las estructuras en blanco, rojo
y amarillo del centro son los tRNA en los sitios de unión E, P y A; su tallo
aceptor desaparece dentro de una hendidura del ribosoma.
(Tomada de P. Nossen, J. Hensen, N Ban, P.B. Moore, y T.A. Steiz, “The
structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis” Science
289, 200, 920-930, Fig 10A en p. 926)
Página 320
FIGURA 9-1
Título: La unión del antibiótico al ribosoma previene la traducción.
Pie de Figura:
El antibiótico eritromicina (en rojo) bloquea el túnel desde el que emergen
las proteínas recién sintetizadas del ribosoma. La imagen es una vista
superior de la subunidad 50S del ribosoma de la bacteria Deinococcus
radiodurans. Los RNA ribosomales se muestran en azul, y las proteínas
ribosomales en amarillo. (Dr. Joerg Harms, MPI for Molecular Genetics,
Berlín, Alemania)
Página 322
FIGURA 9-2
Título: El enlace peptídico
60
Pie de Figura:
a) Un polipéptido se forma por la extracción de agua entre los aminoácidos
para formar un enlace peptídico. Cada aa indica un aminoácido. R1, R2 y R3
representan a los grupos R (cadenas laterales) que distinguen los
aminoácidos.
b) El enlace peptídico es una unidad rígida y plana con los grupos R
proyectados hacia fuera del esqueleto C-N. Se muestran las distancias
estándar de los enlaces en Angstroms. (b) De L. Stryer, Bioquímica, 4ta
edición. Copyright 1995 por Lubert Stryer).
Página 323
FIGURA 9-3
Título: Niveles de estructura de una proteína
Pie de Figura:
Una proteína tiene cuatro niveles de estructura. a) Estructura primaria. b)
Estructura secundaria. Los polipéptidos pueden formar una estructura
helicoidal (una -hélice) o una estructura en zig-zag (una -hoja plegada).
Las hojas plegadas tienen dos segmentos dispuestos con la polaridad
opuesta, como está indicado por la flecha. c) Estructura terciaria. El grupo
hemo es una estructura en anillo no proteica con un ión de hierro en el
centro. d) Estructura cuaternaria ilustrada por la hemoglobina, que está
compuesta por cuatro subunidades proteicas: dos subunidades y dos .
Página 325
FIGURA 9-4
Título: El gen y la estructura proteica son colineales.
Pie de Figura:
61
Las mutaciones en trpA son colineales con los cambios en los aminoácidos.
Aunque el orden de las mutaciones en el mapa del gen y las posiciones de
los aminoácidos son las mismas, las posiciones relativas difieren porque el
mapa génico deriva de las frecuencias de recombinación, que no son
uniformes a lo largo del gen. (De Yanofsky, “Gene Structure and Protein
Structure”. Copyright 1967 por Scientific American. Todos los derechos
reservados)
Página 325
FIGURA 9-5
Título: Código genético solapado versus no solapado.
Pie de Figura:
Un código genético solapado y no solapado traducirían de manera distinta
una secuencia de aminoácidos. El ejemplo utiliza un codón con tres
nucleótidos en el RNA (un código de tripletes). En un código solapado,
cada nucleótido ocupa una posición en múltiples codones. En esta figura, el
tercer nucleótido en el RNA, la U, se encuentra en tres codones. En un
código no solapado, una proteína se traduce leyendo los nucleótidos
secuencialmente en grupos de tres. Un nucleótido se encuentra en un único
codón. En este ejemplo, la tercera U en el RNA está solamente en el primer
codón.
.
Página 329
FIGURA 9-6
Título: El código genético
Pie de Figura:
El código genético designa el aminoácido especificado por cada codón.
62
Página 330
FIGURA 9-7
Título: La estructura del RNA de transferencia
Pie de Figura:
a) La estructura del tRNA de alanina en levaduras. El anticodón del tRNA
se une a su codón complementario en el mRNA.
b) Diagrama de la estructura tridimensional del tRNA de la fenilalanina en
levaduras. Las abreviaturas , mG, m2G y UH2 se refieren a las bases
modificadas pseudouridina, metilguanosina, dimetilguanosina, metilinosina
y dihidrouridina, respectivamente.
(a) De S. Arnott, “The structure of Transfer RNA”, Prog. Biophys. Mol.
Biol. 22, 1971, 186; b) de L. Stryer, Bioquímica, 4 ta edición. Copyright
1995 por Lubert Stryer. La parte b está basada en un dibujo de Sung-Hou
Kim).
Página 331
FIGURA 9-8
Título: Una aminoacil-tRNA sintetasa une un aminoácido a su tRNA.
Pie de Figura:
Cada aminoacil-tRNA sintetasa tiene bolsillos de unión para un aminoácido
específico y su tRNA cognado, esto quiere decir, que un aminoácido se une
covalentemente al tRNA con el correspondiente anticodón.
Página 331
FIGURA 9-9
Título: Dos tRNA superpuestos
Pie de Figura:
El tRNA de levaduras para glutamina (en azul) plegado en su estructura
tridimensional correcta casi solapa completamente con el tRNA de
63
levaduras para fenilalanina (rojo), excepto en la horquilla del anticodón y el
extremo aminoacil. (De M.A. Rould, J.J. Perona, D. Soll, y T.A. Steitz, “
Structure of E. coli Glutaminyl-tRNA sinthetase complexed with tRNA
(Gln) and ATP at 2.8 A resolution”. Science 246, 1989, 1135-1142).
Página 332
FIGURA 9-10
Título: El tambaleo permite al tRNA reconocer a dos codones
Pie de Figura:
En la tercera posición del anticodón (extremo 5’), la G puede colocarse en
cualquiera de las dos posiciones de tambaleo, siendo capaz de emparejarse
con la U o la C. Esta capacidad permite que una única especie de tRNA
lleve un aminoácido (en este caso, serina) pero pueda reconocer dos
codones en el mRNA (UCU y UCC).
Página 334
FIGURA 9-11
Título: Moléculas de proteínas y de RNA forman las dos subunidades del
ribosoma.
Pie de Figura:
Un ribosoma contiene una subunidad grande y una pequeña. Cada
subunidad contiene rRNA de distintas longitudes y un conjunto de
proteínas. Hay dos moléculas de rRNA principales en todos los ribosomas.
Los ribosomas procarióticos también contienen un rRNA de 120 bases de
longitud que sedimenta a 5S, mientras que los ribosomas eucarióticos
tienen dos rRNA pequeños: una molécula similar al 5S de los procariotas y
una molécula 5.8S de 160 bases de longitud.
Página 334
64
FIGURA 9-12
Título: El rRNA se pliega por emparejamiento intramolecular de bases.
Pie de Figura:
La estructura plegada del RNA ribosómico procariótico 16S de la
subunidad pequeña del ribosoma.
Página 335
FIGURA 9-13
Título: Sitios claves de interacción en el ribosoma
Pie de Figura:
Sitios claves de interacción en un ribosoma en la fase de elongación de la
traducción. a) Modelo por ordenador de la estructura tridimensional del
ribosoma incluyendo el mRNA, los tRNAs y la cadena polipeptídica
creciente conforme emerge de la subunidad mayor del ribosoma. B) Un
modelo esquemático del ribosoma durante la elongación. Ver texto para los
detalles. ((a) De J. Frank, Bioassays 23, 2001, 725-732, Fig. 2.)
Página 336
FIGURA 9-14
Título: Secuencia de Shine-Dalgarno
Pie de Figura:
En las bacterias, la complementariedad de bases entre el extremo 3’ del
rRNA de la subunidad menor del ribosoma y la secuencia de
Shine-Dalgarno del mRNA posiciona al ribosoma para la iniciación
correcta de la traducción, aguas abajo en el codón AUG.
Página 337
FIGURA 9-15
65
Título: Iniciación de la traducción en los procariotas
Pie de Figura:
Los factores de iniciación asisten el ensamblaje del ribosoma en el sitio de
inicio de la traducción y entonces se disocian antes de la traducción. (De J.
Berg, J. Tymoczko, y L. Stryer. Biochemistry, 5th ed. Copyright 2002 por
W.H. Freeman and Company)
Página 337
FIGURA 9-16
Título: Iniciación de la traducción en los eucariotas
Pie de Figura:
El complejo de iniciación se forma en el extremo 5’ del mRNA y rastrea en
la dirección 3’ el codón de iniciación. El reconocimiento del codón de
iniciación dispara el ensamblaje del ribosoma completo y la disociación de
los factores de iniciación (no se muestra). La hidrólisis del ATP provee la
energía para conducir el proceso de búsqueda. (De J. Berg, J. Tymoczko, y
L. Stryer. Biochemistry, 5th ed. Copyright 2002 por W.H. Freeman and
Company)
Página 338
FIGURA 9-17
Título: Pasos de la elongación en la traducción
Pie de Figura:
Un complejo ternario que consiste de un aminoacil-tRNA unido a un factor
EF-Tu se une al sitio A. Cuando un aminoácido se ha unido a la cadena
polipeptídica creciente, un factor EF-G se une al sitio A mientras el tRNA
y los codones del mRNA se arrastran al interior del sitio E y el sitio P.
Véase el texto para mayor detalle.
66
WWW.ANIMATED.ART Los tres pasos de la traducción.
Página 339
FIGURA 9-18
Título: Terminación de la traducción
Pie de Figura:
La traducción se termina cuando los factores de liberación reconocen los
codones stop en el sitio A del ribosoma. (De H. Lodish et al., Molecular
Cell Biology, 5th ed. Copyright 2004 por W. H. Freeman and Company)
Página 340
FIGURA 9-19
Título: Un supresor contrarresta los efectos de una mutación sin sentido
Pie de Figura:
Un supresor permite que la traducción continúe cuando una mutación la
habría detenido. a) Terminación de la traducción. Aquí, el aparato de la
traducción no puede rebasar un codón sin sentido (UAG en este caso),
porque ningún tRNA reconoce el triplete UAG. Por lo tanto, la síntesis
proteica acaba, con la siguiente liberación del fragmento polipeptídico. Los
factores de liberación no se muestran aquí. b) Las consecuencias
moleculares de una mutación que altera al anticodón de un tRNA de
tirosina. Este tRNA puede leer ahora el codón UAG. c) La supresión del
codón UAG por el tRNA alterado, que ahora permite la elongación. (De D.
Watson, J. Tooze and D.T. Kurtz, Recombinant DNA: A short course.
Copyright 1983 por H. Freeman and Company)
Página 341
FIGURA 9-20
67
Título: El corte y empalme alternativo produce isoformas proteicas
distintas pero relacionadas.
Pie de Figura:
Mensajeros de RNA producidos por corte y empalme alternativo del pre-
mRNA del gen humano FGFR2 que codifica dos isoformas proteicas que
se unen a ligandos distintos (los factores de crecimiento)
Página 342
FIGURA 9-21
Título: Fosforilación y desfosforilación de las proteínas.
Pie de Figura:
Las proteínas pueden activarse a través de la unión enzimática de grupos
fosfato a los grupos laterales de sus aminoácidos e inactivarse por la
eliminación de los grupos fosfato.
Página 342
FIGURA 9-22
Título: Todas las interacciones de proteínas en un organismo componen el
interactoma.
Pie de Figura:
Las proteínas (representadas por círculos) interactúan con otras proteínas
(conectadas por líneas) para formar grandes o pequeños complejos
proteicos. Este interactoma está tomado de C. elegans. (Adaptado de S. Li
et al. “A map of the ineractome Network of the metazoan C. elegans.
Science 303, 2004, 540-543)
Página 343
FIGURA 9-23
Título: La ubiquitinación dirige una proteína hacia la degradación.
68
Pie de Figura:
Los pasos principales en la degradación de las proteínas mediados por
ubiquitina. La ubiquitina primero se conjuga con otra proteína, y ambas
proteínas conjugadas son degradadas por el proteosoma. La ubiquitina y los
oligopéptidos se reciclan.
Página 343
FIGURA 9-24
Título: La secuencia señal dirige la secreción de la proteína
Pie de Figura:
Las proteínas destinadas a ser secretadas de la célula tienen una secuencia
aminoterminal que es rica en residuos hidrofóbicos. Esta señal se une a las
proteínas de membrana del retículo endoplasmático (RE) que arrastra de la
proteína restante a través de la bicapa lipídica. Durante este proceso, la
secuencia señal se escinde de la proteína por una enzima llamada peptidasa
de señal (no se muestra). Una vez dentro del retículo endoplasmático, la
proteína se dirige a la membrana celular, desde la que se excreta.
69
Tablas
Tabla 9-1
Apareamientos de codón y anticodón permitidos por la regla del
tambaleo
Extremo 5’ del anticodón Extremo 3’ del codón
G CóU
C G solo
A U solo
U AóG
I U, C ó A
Tabla 9-2
Diferentes tRNA pueden servir codones a la serina
tRNA Anticodón Codón
tRNASer1 ACG + Tambaleo UCC, UCU
tRNASer2 AGU + Tambaleo UCA, UCG
tRNASer3 UCG + Tambaleo AGC, AGU
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PARCHEADO
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FIGURA 9-1
Título: La unión del antibiótico al ribosoma previene la traducción
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FIGURA 9-2
1. El enlace peptídico
2. Extremo amino
3. Extremo carboxilo
4. 5. 6. Enlace peptídico
WWW. ANIMATED ART Traducción: formación del enlace peptídico
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FIGURA 9-3
1. Niveles de estructura de una proteína
2. a) Estructura primaria
3. Extremo amino
4. Extremo carboxilo
5. b) Estructura secundaria
6. Puentes de hidrógeno entre los aminoácidos en diferentes sitios de la
cadena
7. -hélice
8. -hoja plegada
9. c) Estructura terciaria
10. d) Estructura Cuaternaria
11. Hemo
12. Polipéptido
71
13. Grupo hemo.
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FIGURA 9-4
1. El gen y la estructura proteica son colineales.
2. Gen
3. Posición de la mutación.
4. Proteína +H3N COO-
5. Aminoácidos tipo salvaje
6. Aminoácidos alterados
7. Lys Phe Glu
8. Tyr Leu Thr Gly Gly Gly Ser Gln
9. Stop Leu Val Gln Met
10. Cys Arg Ile Arg Glu Val Cys Asp Leu Stop
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FIGURA 9-5
1. Código genético solapado versus no solapado.
2. Código solapado
3. Punto de inicio
4. Codón
5. Código no solapado.
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FIGURA 9-6
1. El código genético
2. Primera letra
3. Segunda letra
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4. Tercera letra
(Stop)
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FIGURA 9-7
1. La estructura del RNA de transferencia
2. 7 Sitio de unión al aminoácido
3.y 6. Horquilla del anticodón
4. Codón para la alanina
5. Anticodón
8. Horquilla DHU
9. Horquilla TC
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FIGURA 9-8
1. Una aminoacil-tRNA sintetasa une un aminoácido a su tRNA.
2. Sitio de unión al tRNAAla
3. Aminoacil-tRNA sintetasa específica para alanina.
4. Sitio de unión para la alanina.
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FIGURA 9-9
1. Dos tRNA superpuestos
2. Anticodón.
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FIGURA 9-10
1. El tambaleo permite al tRNA reconocer a dos codones
2. horquilla del anticodón del tRNA
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3. Posición de tambaleo
4. Codón
5. mRNA
6. Anticodón
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FIGURA 9-11
1. Moléculas de proteínas y de RNA forman las dos subunidades del
ribosoma.
2. a) procariotas
3. Ribosoma 70S
4. b) Eucariotas
5. Ribosoma 80S
6. Subunidad ribosómica 50S
7. Subunidad ribosómica 30S
8. Subunidad ribosómica 60S
9. Subunidad ribosómica 40S
10. 23S rRNA
11. 28S rRNA
12. 5S rRNA
13. 16S rRNA
14. 5.8S rRNA
15. 18S rRNA
16. 5S rRNA
17. 31 proteínas
18. 21 proteínas
19. 49 proteínas
20. 33 proteínas
74
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FIGURA 9-12
1. El rRNA se pliega por apareamiento intramolecular de bases.
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FIGURA 9-13
1. Sitios claves de interacción en el ribosoma
2. a) Modelo por ordenador
3. Polipéptido
4. b) Modelo esquemático
5. tRNA desacilado liberado del sitio E
6. Cadena polipeptídica creciente.
7. Centro peptidiltransferasa
8. Centro decodificador
9. Movimiento del ribosoma
10. mRNA
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FIGURA 9-14
1. Secuencia de Shine-Dalgarno
2. 30S
3. Secuencia de Shine-Dalgarno
4. Codón de iniciación
5. mRNA
6. rRNA 16S
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FIGURA 9-15
75
1. Iniciación de la traducción en los procariotas
2. Subunidad de 30S del ribosoma
3. Factores de iniciación
4. IF2-fMet-tRNAf + mRNA
5. IF3
6. fMet
7. mRNA
8. Complejo de iniciación 30S
9. Subunidad 50S
10. IF1 + IF2
11. fMet
12. Complejo de iniciación 70S
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FIGURA 9-16
1. Iniciación de la traducción en los eucariotas
2. Caperuza
3. mRNA
4. Factores de iniciación + GTP Met-tRNAi subunidad 40S
5. Subunidad 40S con los componentes de iniciación
6. ATP
7. ADP + Pi
8. Met
9. Subunidad 60S
10. Factores de iniciación
11. Met
12. Complejo de iniciación 80S
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FIGURA 9-17
1. Pasos de la elongación en la traducción
2. Complejo ternario
3. y 4. EF-Tu
5. y 8. El aminoacil-tRNA se une al sitio A
6. Se forma el enlace peptídico
7. Translocación
9. El tRNA del sitio E lo abandona
WWW.ANIMATED.ART Los tres pasos de la traducción.
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FIGURA 9-18
1. Terminación de la traducción
2. Escisión del peptidil-tRNA
3. RF1
4. RF1
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FIGURA 9-19
1. Un supresor contrarresta los efectos de una mutación sin sentido
2. La mutación sin sentido rodns.
3. a) La mutación ámbar introduce el codón stop UAG. La traducción se
detiene.
4. b) El anticodón del tRNA tirosina cambia a AUC.
5. El supresor tRNA sin sentido
6. c) El anticodón del tRNA tirosina lee al codón UAG. La traducción
continúa.
7. Supresión sin sentido del alelo rodns.
77
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FIGURA 9-20
1. El corte y empalme alternativo produce isoformas proteicas distintas
pero relacionadas.
2. Gen FGFR2
3. Exones
4. Corte y empalme alternativo
5. mRNA
6. Ligandos: FGF10 FGF7
7. Ligandos FGF2 FGF9 FGF4 FGF8 FGF6
8. Exterior
Membrana celular
9. Citoplasma
10. Receptor 2 del factor de crecimiento del fibroblasto (FGFR2) Primera
isoforma
11. Receptor 2 del factor de crecimiento del fibroblasto (PGFR2) Segunda
isoforma
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FIGURA 9-21
1. Fosforilación y desfosforilación de las proteínas.
2. Señal de entrada
3. Enzima inactiva
4. Fosfatasa
5. Señal de salida
6. Enzima activa
7. Quinasa ATP ADP
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FIGURA 9-22
1. Todas las interacciones de proteínas en un organismo componen el
interactoma.
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FIGURA 9-23
1. La ubiquitinación dirige una proteína hacia la degradación.
2. la cadena de ubiquitina es degradada.
3. La cadena de ubiquitina se elimina.
4. Oligopéptidos
5. La ubiquitina se une a diferentes proteínas
6. Degradación
7. Proteína ubiquitinizada
8. Proteosoma 26S.
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FIGURA 9-24
1. La secuencia señal dirige la secreción de la proteína
2. Lumen del RE
3. Secuencia señal
4. Citosol
5. Membrana del RE.
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