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Se debe distinguir entre tres acepciones en las que se unen la biologa y la informtica, pero con objetivos y metodologas bien diferenciadas: Bioinformtica o Biologa Molecular Computacional: investigacin y desarrollo de la infraestructura y sistemas de informacin y comunicaciones que requiere la biologa molecular y la gentica (Redes y bases de datos para el genoma, microarrays, ...). (Informtica aplicada a la biologa molecular y la gentica) Biologa Computacional: computacin que se aplica al entendimiento de cuestiones biolgicas bsicas, no necesariamente en el nivel molecular, mediante la modelizacin y simulacin. (ecosistemas, modelos fisiolgicos). (Informtica y matemticas aplicadas a la biologa) Biocomputacin: desarrollo y utilizacin de sistemas computacionales basados en modelos y materiales biolgicos. (Biochips, biosensores, computacin basada en ADN, redes de neuronas, algoritmos genticos). (Biologa aplicada a la computacin). Bsicamente, los sistemas informticos que se emplean en este campo son: Bases de datos Software para visualizacin Programas para control de reactivos, geles y otros materiales Generacin y ensamblaje de secuencias Programas para anlisis de secuencias Programas para prediccin de estructura de protenas Paquetes de integracin y ensamblaje de mapas genticos Software para clasificacin y comparacin Tcnicas de Inteligencia Artificial Gestin de datos
Genmica funcional - La Era Post-Genmica Si la genmica estructural es la rama de la genmica orientada a la caracterizacin y localizacin de las secuencias que conforman el DNA de los genes, permitiendo de esta manera la obtencin de mapas genticos de los organismos, la genmica funcional es la disciplina que se orienta hacia la recoleccin sistemtica de informacin acerca de las funciones desempeadas por los genes. Para llevar a cabo este trabajo se requiere, mediante el desarrollo y la aplicacin de unas aproximaciones experimentales globales, la informacin procedente de la genmica estructural. Las metodologas experimentales empleadas han de combinarse con estudios computacionales de los resultados debido al gran volumen de informacin que se genera durante los estudios realizados a gran escala. Con la genmica funcional el objetivo es llenar el hueco existente entre el conocimiento de las secuencias de un gen y su funcin, para de esta manera desvelar el comportamiento de los sistemas biolgicos. Se trata de expandir el alcance de la investigacion biolgica desde el estudio de genes o protenas individuales al estudio de todos los genes y protenas al mismo tiempo en un momento determinado. Conceptos Generales En el campo de las ciencias biomdicas, estamos asistiendo desde hace aos a un boom de la biologa molecular y ms concretamente de la gentica y la genmica, gracias a la continua implementacin y desarrollo de tcnicas experimentales a disposicin de los investigadores en los laboratorios. Los biochips representan una de las herramientas recientes con las que cuentan los investigadores para hacer frente a la resolucin de los problemas biolgicos basados en nuevos enfoques que se orientan a la obtencin masiva de informacin. El desarrollo de estos enfoques integrados para el anlisis ha venido de la mano de la capacidad de gestionar y almacenar grandes cantidades de informacin, por tanto no es de extraar que la llegada de estos dispositivos haya coincidido con la madurez de la bioinformtica en la cual se sustentan la realizacin de los experimentos en general y el anlisis de los datos que de ellos se obtienen en particular. El trmino Biochip en la actualidad est siendo empleado en muy diversos campos cientficos, lo que puede llevar a confusiones, por lo cual se debe aclarar qu es lo que se considera un Biochip y qu no. Esta confusin terminolgica es debida al origen del trmino y es por ello que se deben hacer distinciones entre los Biochips, la Biocomputacin y la Bioinformtica, segn su campo de aplicacin sea biolgico o informtico. En las tecnologas de la informacin, existe una rama dedicada a la utilizacin de material biolgico para aplicaciones informticas o en el desarrollo de hardware para la realizacin de procesos computacionales, como por ejemplo el diseo de unidades de memoria basadas en las diferentes conformaciones de las protenas, la computacin basada en ADN, en la cual se utilizan molculas de ADN para la resolucin de problemas y los procesadores neuronales. En
Las principales aplicaciones de estos dispositivos se han encontrado hasta el momento en el campo del anlisis gentico pero como se ha dicho anteriormente se pueden aplicar para otros usos. La mayor parte de esta pgina web estar dedicada a las aplicaciones que estos dispositivos tiene en genmica, intentando no descuidar las aplicaciones que inmovilicen otros tipos de material. Antecedentes El fundamento de los biochips se encuentra en el desarrollo y miniaturizacin de las tcnicas de afinidad que se conocen y han venido empleando desde hace aos como una herramienta comn en biologa molecular. El desarrollo de los primeros ensayos de afinidad con muestras inmovilizadas sobre soportes slidos se remonta a los primeros ensayos inmunolgicos que se desarrollaron en los aos 60s y en los que se inmovilizaban sobre una superficie antgenos o anticuerpos para su deteccin. El siguiente paso en la evolucin hacia estos dispositivos se dio en los aos 70s cuando Edwin Southern, comenz a emplear filtros de nitrocelulosa para que actuasen como soporte slido para la adhesin de molculas de ADN. El ADN as inmovilizado no interacciona con las otras molculas inmovilizadas pero mantiene su capacidad de hibridar con molculas complementarias en disolucin. La deteccin de estas hibridaciones se realizaba mediante la deteccin de un marcador radiactivo en un revelado por autorradiografa. A este tipo de tcnica se la bautiz con el nombre de Southern blot, que despus se extendi al campo de la inmovilizacin de protenas y ARN.
Fodor, Michael Pirrung, Leighton Read y Lubert Stryer, que trabajaba en la sntesis sobre superficies slidas de pptidos, termin desembocando en la plataforma GeneChip, que ha sido desarrollada por Affymetrix, una compaa escindida de Affymax en 1993. La importancia de este paso radica en la gran capacidad de miniaturizacin alcanzada por este sistema. Posteriormente al nacimiento de la tecnologa desarrollada por Affymetrix se han ido sucediendo la aparicin de nuevas compaas y nuevos desarrollos que han permitido alcanzar el alto grado de diversidad tecnolgica existente en la actualidad. Definiciones A finales de los aos 80, la tecnologa que desembocara en la plataforma GeneChip fue desarrollada por cuatro cientficos, en Affymax: Stephen Fodor, Michael Pirrung, Leighton Read y Lubert Stryer. El proyecto original estaba destinado a la construccin de pptidos sobre chips, pero desemboc en la capacidad para construir secuencias de DNA sobre chips. La aplicacin prctica de esta idea se llev a cabo por la empresa Affymetrix, que comenz a actuar como una compaa independiente en el ao 1993. Los biochips, por tanto, surgieron de la combinacin de las tcnicas microelectrnicas y el empleo de materiales biolgicos. Se basan en la ultraminiaturizacin y paralelismo implcito y se concretan en chips de material biolgico de alta densidad de integracin vlidos para realizar distintos tipos de estudios repetitivos con muestras biolgicas simples. Si en los microchips empleados en los ordenadores se consigue una alta densidad de integracin de circuitos electrnicos en una oblea de silicio, en los biochips se logra una alta densidad de integracin de material gentico en una oblea de silicio, cristal o plstico. Los biochips estn divididos en unas pequeas casillas que actan cada una a modo de un tubo de ensayo en el que se produce una reaccin. El nmero de estas casillas es muy elevado, llegando incluso a los centenares de miles. Cada casilla del chip posee una cadena de un oligonucletido, que puede corresponder a una seccin del gen de estudio (cuando se conoce su secuencia) o a mutaciones del mismo. Debido a la extrema miniaturizacin del sistema se pueden analizar en un nico chip todas las posibilidades de mutacin de un gen simultneamente. Solo aquellos fragmentos de DNA que hibriden permanecern unidos tras los lavados y dado que se conocen las secuencias y posiciones de los oligonucletidos empleados, tras los lavados se produce el revelado que consiste en introducir el chip en un escner ptico que va a ser capaz de localizar, mediante un proceso similar a la microscopa confocal, las cadenas marcadas con el fluorocromo. Un ordenador analiza la informacin procedente del escner y ofrece el resultado. Otro tipo de diseo permite la cuantificacin de la expresin de mltiples genes simultneamente. La potencia de estos sistemas trae consigo la obtencin, en tiempos muy breves, de grandes volmenes de informacin, (secuencias, mutaciones, datos de expresin gnica, determinaciones analticas de inters clnico, screening con frmacos) que necesitan ser gestionados con tcnicas bioinformticas para extraer conocimiento de utilidad en la investigacin biomdica. Parece que el futuro pasa por la integracin de estas nuevas tcnicas en el entorno clnico
Los estudiosos son del Centro de Investigacin y de Estudios Avanzados, Cinvestav, y del Centro de Investigacin en Ciencia Aplicada y Tecnologa Avanzada, CICATA, del Instituto Politcnico Nacional. Este biochip tiene una especie de "plantilla" o "patrn" -llamado microarreglo gentico- que permite comparar el ADN de una muestra de sangre de una persona con los genes causantes de una enfermedad. "Las alteraciones de los genes o de la secuencia del ADN pueden tener efectos profundos sobre las funciones biolgicas de las clulas, como ocurre en el caso del cncer", seal Patricio Gariglio, investigador del Departamento de Gentica del Cinvestav y uno de los impulsores del proyecto. "Estas alteraciones son el corazn de los procesos fisiolgicos de la enfermedad". Este primer biochip ha sido diseado para identificar los genes p53 y Rb del papilomavirus humano, vinculado directamente con el cncer crvico uterino, enfermedad que provoca el mayor nmero de muertes de mujeres cada ao en el pas, con cerca de 6 mil fallecimientos. "En el mundo muere una mujer cada dos horas a causa de este tipo de cncer", seal Gariglio. Esta tecnologa permite no slo analizar de forma simultnea un gran nmero de secuencias de ADN (de 5 a 10 mil muestras en 2 das), sino identificar de manera rpida y efectiva las variaciones y la expresin de los genes en muestras colocadas sobre una plantilla miniatura hecha por un robot computarizado, de forma similar a como se construyen los chips de las computadoras. "Con el biochip se inmovilizan miles de secuencias de ADN en un portaobjetos de vidrio, que son comparados con las muestras biolgicas de los enfermos", explic Jos Luis Herrera, del CICATA. En cada uno de los puntos del biochip marcado se tienen pequeas fracciones de ADN que se comparan con una secuencia de las muestras y, si son complementarias, se muestran con un marcador fluorescente, visualizado a travs de una computadora. El biochip se puede disear con un nmero especfico de secuencias oligonucletidas que constituyen las mutaciones conocidas de genes causantes de enfermedades. Dicho dispositivo tambin se puede aplicar en el estudio de otras enfermedades como el dengue o el sida, pues existen biochips preparados para detectar anticuerpos o virus causantes de otras enfermedades. "Su aplicacin a gran escala permitir contar con una muestra completa de las mutaciones
cDNA Arrays, chips en los que se inmovilizan cDNAs por lo general sintetizados previamente y depositados sobre la superficie para su inmovilizacin. Protein Chips inmovilizan sobre la superficie protenas diversas Tissue Chips, sobre la superficie de estos chips lo que se inmovilizan son pequeas muestras de tejido para permitir el posterior anlisis en paralelo de varias muestras o la realizacin de diferentes ensayos sobre una misma muestra.
La clasificacin en funcin del diseo permite distinguir entre dos enfoques claramente diferenciados, uno comercial y otro ms personalizado. Biochips Comerciales: son aquellas soluciones en las que se adquieren los chips con el material inmovilizado y listos para su empleo. El diseo de los elementos del chips es realizado por la empresa. Para permitir la rentabilidad de su fabricacin masiva las empresas inmovilizan conjuntos de material biolgico que no siempre es de utilidad y encarece la posibilidad de personalizar su diseo por parte del comprador. Su principal ventaja es que se adquieren listos para su empleo. El ms claro ejemplo de este tipo de aproximacin es la seguida por la empresa Affymetrix. Biochips Personalizados o Home Made: son una segunda solucin para la tecnologa de biochips fundamentada en el diseo y fabricacin por parte de los laboratorios de investigacin de sus propios chips, mediante unos dispositivos denominados Arrayers. Los arrayers son generalmente robots capaces de depositar cantidades microscpicas de material biolgico sobre la superficie del chip. Dentro de esta categora se puede hacer una subdivisin en funcin del tipo de arrayer empleado, distinguindose la corriente de la Universidad de Stanford y P. Brown que aboga por la fabricacin por parte de los grupos de sus propios robots y otra corriente liderada por las empresas dedicadas a la fabricacin de robots comerciales para la fabricacin de los chips. La forma de fabricacin es una importante herramienta para la clasificacin de los biochips debido a las grandes diferencias de concepto existentes en este campo. Los dos principales criterios para la clasificacin se fundamentan en el tamao de los puntos que constituyen la matriz y en el lugar en el que se sintetiza u obtienen las sustancias biolgicas que van a ser inmovilizadas y que se denominan sondas. Micromatrices, este es un concepto ntimamente ligado a los biochips, el trmino micromatriz de material biolgico es equivalente al de Biochip. Las macromatrices no estn incluidas dentro de los biochips debido al gran tamao de los puntos. Son matrices de baja densidad de integracin. Por lo general se han desarrollado sobre superficies porosas. In situ se refiere a los chips en los que se hacen crecer las cadenas, no muy largas y en general de ADN o PNA, sobre la superficie del chip. Deposicin, con este trmino nos referimos a la forma de fabricar chips en los que el material inmovilizado ha sido previamente sintetizado. El soporte y el tipo de unin estn ntimamente unidos, ya que la metodologa de la inmovilizacin y el tipo de inmovilizacin que se origina depender del soporte sobre el cual se vayan a realizar los ensayos. Dentro de este apartado se pueden distinguir tres grandes rasgos diferenciales. Los chips glass-based son chips en los que el material se encuentra covalentemente inmovilizado a la superficie slida que le sirve de soporte y que puede ser cristal o cualquier otra superficie como silicio, plstico u oro. Los chips gel- based son chips en los que las interacciones entre el material a inmovilizar y el soporte slido de inmovilizacin no tiene carcter covalente. Los soportes ms comnmente empleados son pequeas porciones de geles, o membranas porosas de nylon o nitrocelulosa presentes sobre portaobjetos de cristal.
Metodologa de Trabajo La metodologa de trabajo a la hora de plantear un ensayo con una plataforma de biochips est dividida en varios pasos, y la realizacin de algunos de ellos est condicionada por el tipo de Biochip que se desee emplear durante el experimento. An as, a grandes rasgos, la metodologa a seguir es la misma y sera la siguiente:
Diseo del biochip: durante este proceso se produce la seleccin del tipo y cantidad de material biolgico que se va a inmovilizar sobre la superficie, que variar en funcin del tipo de experimento que se desee llevar a cabo. Se determina tambin la densidad de integracin, es decir el nmero de sondas que se desean inmovilizar sobre la superficie del chip, que se ver limitada por el mtodo de fabricacin que se desee emplear. Se seleccionan los estndares internos para el tipo de ensayo. Todas estas selecciones deben ser realizadas por el investigador en el caso de que se vaya a emplear un biochip personalizado. Fabricacin: este paso est muy diversificado como consecuencia de la gran cantidad de soluciones tecnolgicas presentes en el mercado. Este paso determina la densidad de integracin que se puede lograr en un chip. En general las grandes empresas que comercializan los chips ya listos son capaces de ofrecer mayores densidades de integracin que las que se pueden alcanzar empleando los arrayers para la fabricacin en el laboratorio de un biochip personalizado. Preparacin de la muestra: en este paso estn incluidos todos los procesos que debe sufrir la muestra para ser empleada en este tipo de ensayos. Los procesos a seguir son la extraccin y purificacin del material a analizar (ADN, ARN o protenas), un proceso de amplificacin en el caso de tratarse de material gentico y por ltimo el marcaje de la muestra para permitir su deteccin en el proceso de revelado. Los marcadores ms comnmente empleados son los fluorescentes pero tambin puede utilizarse marcaje radiactivo o quimioluminiscencia. Hibridacin y lavado: a partir de este paso el procedimiento de trabajo es prcticamente igual para los chips comerciales y para los personalizados, con algunas diferencias debidas a las diferentes soluciones tecnolgicas empleadas. Resulta un paso clave ya que en l se produce la reaccin de afinidad en la que se hibridan las hebras de ADN de la muestra marcadas para permitir su posterior identificacin, con sus complementarias inmovilizadas en la superficie del chip. Segn las condiciones en las que se produzca esta reaccin de afinidad se obtendrn mejores o peores resultados posteriormente en el proceso de revelado. El lavado se realiza para eliminar las interacciones inespecficas que se dan entre la muestra y el material inmovilizado o la superficie del biochip.
Tcnicas y Mtodos de Fabricacin Las tcnicas de fabricacin de los biochips surgieron de la combinacin de las tcnicas de miniaturizacin con el uso de las herramientas de la biologa molecular. Los procesos de fabricacin y generacin de las matrices de material gentico se han diversificado mucho desde su origen y permiten establecer grandes diferencias entre los distintos dispositivos y plataformas existentes en los mercados (Nomenclatura). En esta seccin nos vamos a centrar en algunas de las diferentes posibilidades que existen en los procesos de fabricacin de las matrices de material biolgico; para ello hemos seleccionado algunas de las ms relevantes tecnologas existentes en la fabricacin de biochips con una alta densidad de integracin. Entre las matrices de material gentico se debe hacer una primera y muy clara diferenciacin entre las micromatrices y las macromatrices. Como el nombre indica, la diferencia entre estos dos tipos de dispositivos radica en el tamao, pero ms que por el tamao fsico de los dispositivos es por el tamao de los puntos en los que el material gentico es depositado. En las micromatrices la densidad de integracin es mucho ms alta, debido a que los dispositivos de generacin de los puntos estn mucho ms avanzados tecnolgicamente. Por el contrario, las macromatrices son ms sencillas de conseguir. Las diferencias en la capacidad de integracin entre ambos dispositivos son enormes y esto determina las posibles aplicaciones de unas y otras, por ejemplo en una micromatriz se pueden llegar a generar hasta ms de 10.000 posiciones reactivas esta cifra se aleja mucho del millar que podra llegar a conseguirse mediante una macromatriz. El material sobre el que se va a generar la matriz es un componente muy importante del proceso ya que segn su resistencia se podrn llevar a cabo determinados procesos de lavado y eliminacin de uniones inespecficas, podrn o no ser reutilizados, existirn diferentes mecanismos de revelado y un aspecto muy importante es tambin el coste que conlleva la fabricacin de la matriz. Se han buscado diferentes soluciones que permitan la inmovilizacin del material gentico a la superficie, de esta forma se pueden distinguir dos procesos claramente diferenciados en la fabricacin de las matrices: En el primero de ellos el material gentico de las sondas es sintetizado en un lugar ajeno a la matriz y posteriormente se deposita sobre la superficie. Ha impulsado el desarrollo de robots que son capaces de generar las matrices tomando para ello las diferentes muestras del material gentico y depositndolas sobre una superficie en forma de una matriz con puntos. Estos robots tienen un brazo que porta unos cabezales encargados de recoger la muestra cuando se introducen en ella para depositarla posteriormente sobre la superficie. La aplicacin de esta tcnica ha supuesto un aumento en la capacidad de produccin de matrices, pero no es la nica que emplea un material ya sintetizado. La segunda posibilidad alternativa para la generacin de las matrices consiste en la unin qumica de la muestra sobre la superficie de la matriz. En algunos casos el material gentico
Labchips La inclusin de una pgina dedicada a los Labchips surge como consecuencia de la estrecha relacin que existe entre estos dispositivos miniaturizados y los Biochips. Los labchips, tambin conocidos como dispositivos microfudicos, son sistemas miniaturizados capaces de realizar ensayos de laboratorio en una red de canales miniaturizados generalmente grabados mediante lseres o reacciones qumicas sobre polmeros, plsticos cristal o silicio. Por lo tanto los Labchips pueden considerarse como "microchips analticos". La finalidad de esta tecnologa es la de suministrar un mtodo rpido, porttil, desechable y econmico para la realizacin de ensayos.
labchip desarrollado por la empresa Agilent en colaboracin con Caliper (fuente www.Agilent.com) La principal caracterstica de estos dispositivos es su pequeo tamao, como consecuencia de ello, logran que los volmenes que se emplean sean mnimos. Esto redunda en un menor coste en reactivos en la
Bioinformtica Asociada Los nuevos enfoques experimentales en los que se estn aplicando tecnologas basadas en biochips estn permitiendo al obtencin de grandes cantidades de informacin que deben ser almacenadas y procesadas mediante la colaboracin de la bioinformtica que se hermana con estas tecnologas al proporcionar las herramientas necesarias para poder completar los ensayos mediante el anlisis de los resultados. Asimismo la bioinformtica ofrece utilidades que son empleadas durante todo el proceso de trabajo con los biochips. En la actualidad se han desarrollado herramientas bioinformticas que permiten monitorizar el conjunto del proceso de trabajo en el laboratorio con los sistemas LIMS (sistemas de gestin de la informacin de laboratorio). Gracias a estos sistemas se puede seguir y gestionar todo el proceso de trabajo de laboratorio con detalle desde el diseo de los biochips hasta el anlisis, la informacin que se almacena en estos sistemas incluye la descripcin del material de las sondas inmovilizadas en la superficie del chip, informacin del proceso de fabricacin del chip proveniente de la gestin del robot, la descripcin del material de la muestra, la descripcin de los reactivos empleados as como de los investigadores encargados del proceso. Las principales etapas en las que participa la bioinformtica en el proceso de trabajo con estos dispositivos son los siguientes: Diseo del Chip, la bioinformtica participa muy activamente a la hora de seleccionar las sondas de anlisis que se van a inmovilizar a la superficie del chip. El tipo de sonda que se desee inmovilizar variar segn el tipo de experimento que se desee realizar. La bioinformtica participa en los estudios previos necesarios para la determinacin de las secuencias que proporcionarn una hibridacin ms especfica, que son seleccionadas como sondas para su inmovilizacin. Fabricacin: Los procesos de gestin de los equipos en cargados de la fabricacin de los biochips estn regulados mediante herramientas informticas. Revelado: En este proceso la participacin bioinformtica es clave para la obtencin de los datos procedentes de los dispositivos de deteccin de seales positivas procedentes de los dispositivos de deteccin. Almacenamiento de los datos, los datos son ofrecidos en soporte electrnico por lo que se debe recurrir a herramientas de las tecnologas de la informacin y las comunicaciones que gestionen y almacenen estos datos. Anlisis, debido a la gran cantidad de datos que generan este tipo de ensayos se hace imprescindible la participacin bioinformtica para realizar los anlisis de datos. Software Una de las consecuencias del alto grado de automatizacin y de la gran cantidad de datos que son capaces de generar estos dispositivos, es la necesidad de emplear la bioinformtica en casi todos los pasos de trabajo. Por tanto la necesidad de aplicaciones de software que permitan la gestin y anlisis de los experimentos se ha convertido en un rea candente en el campo de los Biochips. En la actualidad se podran distinguir varios tipos de software destinados cada uno a un proceso de los que se realizan durante los experimentos. Asimismo tambin existen entornos integrados capaces de ofrecer en un nico paquete muchas de las aplicaciones requeridas. En el mundo del software desarrollado para su aplicacin en entornos bioinformticos de trabajo con biochips volvemos a encontrar una tendencia bipolar. En un polo podemos encontrar
LabManager Beckman Coulter iLIMS Quickstart LabView LIMS LIMS 2000 LIMS se LIMSOFT Nautilus StarLIMS YourLIMS Array Analyzer National Instruments LabWare SAME LIMS Corp. Sola y Asoc. AEREN LabSystems SoftTeam - STARLIMS LabVantage Solutions MolecularWare T.I.G.R. Imaging Research Clontech BioDiscovery Media Cybernetics NuTec GeneData Incyte
ANLISIS Y Array Viewer PROCESAMIENTO DE IMGENES Array Vision Atlas Image Autogene ARRAY-Pro Analyzer Gleams 2.0 Expressionist GEMTools
ArrayAnalyzer DB MolecularWare ArrayScout Cluster Treeview Atlas Navigator DecisionHouse EDMT GeneCluster GeneMine Stingray GeneSpring GeneVision GenExplore LionBioscience Stanford Clontech-Silicon Genetics Quadstone Affymetrix M.I.T.-Whitehead Molecular Applications Group - Affymetrix Silicon Genetics BioDiscovery Applied Maths
Enterprise Miner SAS Intelligent Miner LifeArray MedMiner IBM Incyte NCI-NIH
En Noviembre de 1999 tuvo lugar una reunin en Cambridge-UK una reunin internacional sobre las bases de datos de expresin gnica basadas en estudios de microarrays. Como consecuencia de esta reunin se estableci el MGED Group (http://www.mged.org) que es un grupo muy activo en el que se han integrado los principales actores del mundo de los biochips, Affymetrix, Berkeley, DDBJ, DKFZ, EMBL, Gene Logic, Incyte, Max Plank Institute, NCBI, NCGR, NHGRI, Sanger Centre, Stanford, Universidad de Pennsylvania, Universidad de Washington y Whitehead Institute. Esta iniciativa tiene el propsito de adoptar una serie de estndares para la representacin de datos de microarrays, as como la utilizacin de controles para normalizar los mtodos de trabajo. Este grupo se puede considerar como el fruto del trabajo desarrollado por el OMG. El MGED est organizado en cinco grupos de trabajo que comprenden: Descripcin de experimentos y representacin estndar de los datos, dirigido por Alvis Brazma. (Homepage) Formato XML para interpretar los datos en microarrays dirigido por Paul Spellman (Homepage) Ontologas para la descripcin de la muestra dirigido por Michael Brittner (Homepage) Normalizacin, control de calidad y comparaciones cruzadas de los datos dirigido por Frank Holtege Usos futuros del grupo: queries, query language, gestin del conocimiento dirigido por Martn Vingron. Como fruto del trabajo desarrollado hasta ahora se present en Noviembre de 2000 MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) que es la informacin mnima que se debe almacenarse en una base de datos orientada a ser un repositorio pblico. El objetivo es aportar la informacin mnima de un experimento de microarray de expresin gnica que asegure a otros grupos de trabajo la interpretacin y verificacin de los resultados. Otros proyectos en los que se est trabajando desde esta misma iniciativa son: Desarrollo de un formato XML para la descripcin de los datos en un microarray: MAML (Microarray markup language) es el primer borrador en lenguaje XML que ya ha sido enviado a OMG en el ao 2000. Este lenguaje tiene como caractersticas: los datos se dan como un conjunto de matrices en dos dimensiones: anotaciones + datos. el formato de los datos es independiente del escner y del software de anlisis. la muestra y el tratamiento pueden representarse como un DAG. incluye el concepto de "composite images" y "composite spots". el sistema LIMS de microarrays NOMAD exportar los datos en formato MAML y ArrayExpress y GEO importara los datos en formato NAML. Desarrollo de Ontologas para la descripcin del tratamiento y de la fuente de las muestras utilizadas. Ontologa es una especificacin explicita sobre algn tema en concreto. En este caso es una representacin que incluye el vocabulario o nombres para referirnos a una materia determinada y como estos trminos estn relacionados entre s. Puede obtenerse una definicin ms extensa en Grupos y Proyectos de Ontologas.
en la actualidad, los principales acuerdos suscritos por las empresas que lideran el sector son: Incyte Motorola Nanogen Agilent Affymetrix Hyseq PerkinElmer INCYTE GENOMICS, INC. Nombre de empresa asociada Concepto
Desarrollo de soluciones software para anlisis de expresin gnica CV Therapeutics Desarrollo de un prototipo de base de datos de expresin gnica en el rea de enfermedades cardiovasculares NetGenics Desarrollo de software para productos farmacuticos Oxford GlycoSciences plc Desarrollo de bases de datos protemicas para humanos, animales, plantas y microorganismos. LifeExpress, base de datos de secuencia y expresin proteica, es el primer producto obtenido de esta alianza. Synomics Desarrollo de integracin de software de gestin genmica y de investigacin farmacutica MOTOROLA Biochip Systems Nombre de empresa asociada Concepto Argonne National Laboratory Motorola obtiene la licencia de patente sobre una tecnologa de biochip sobre microgel tridimensional con ventajas sobre las tecnologas de array convencionales Clinical Micro Sensors Deteccin bioelectrnica de ADN Engelhardt Institute for Molecular Posee 19 invenciones sobre biochips. Junto con Argonne Biology intenta desarrollar la tecnologa de "gel array" Genometrix Incorporated Motorola es el licenciatario exclusivo de sus patentes Lawrence Berkeley Laboratory Orchid Biocomputer Motorola es el licenciatario exclusivo de sus patentesde sobre la tecnologa en microfluido tridimensional Packard Instruments Proveedor de tecnologa de instrumentacin para Motorola The Rockefeller University Colaboracin para utilizar "gel array" para anlisis de SNP The SNP Consortium Creacin de mapas de SNPs y hacerlos de dominio pblico Xenometrix Incorporated Motorola recibe el apoyo experto sobre perfiles de expresin gnica, siendo el licenciatario de sus patentes, y genotoxicologa NANOGEN, INC. Nombre de empresa asociada Concepto Hitachi, Ltd./Nissei Sangyo Co. Ltd./ Desarrollo, fabricacin y dsitribucin de los productos basados Hitachi Instruments Service Co.Ltd. en las tecnologas propiedad de ambas empresas The Bode Technology Group Empleo de NanoChip en tcnicas forenses Aventis Research & Technologies Colaboracin en microarrays y descubrimiento de frmacos Gmbh Co KG (filial de Hoechst AG) Becton, Dickinson & Co. Programas de diagnstico de enfermedades infecciosas y diagnsticos basados en biochips AGILENT TECHNOLOGIES INC. (subsidiaria de HP) Nombre de empresa asociada Concepto Rosetta Inpharmatics Agilent es licenciataria del Rosetta Resolver System
PERKINELMER LIFE SCIENCES Nombre de empresa asociada Concepto NEN Life Sciences Adquisicin de la empresa con el fin de consolidar su posicin europea Genomics Solutions Socio estratgico de NEN en el mercado de microarrays. Alianza tecnolgica, de distribucin y venta, con opcin para adquirir el control de la compaa por parte de PerkinElmer Patentes My Gene, compaa coreana de tipo joint venture, prepara una solicitud de patente para un tratamiento de la diabetes utilizando un biochip que ella misma ha desarrollado. BATALLAS DE PATENTES.- Se han originado diversos pleitos legales entre diferentes compaas por considerar que se infringen derechos relativos a patentes y de propiedad industrial. Las demandas ms notables que en la actualidad se han presentado ante los tribunales de justicia corresponden a: HySeq contra Affymetrix Incyte contra Affymetrix ACLARA Biosciences contra Caliper Caliper contra ACLARA Biosciences por apropiacin indebida de secretos comerciales La revista norteamericana, Scientific American, public en su nmero correspondiente a Febrero de 2001 el siguiente cuadro que muestra grficamente el cruce de litigios legales entre las diferentes empresas del sector:
Tendencias y proyecciones En Noviembre de 2000 fue publicado el informe "The State of the Art of Microarray Analysis: A profile of Microarray Laboratories" por el Association of Biomolecular Resource Facilities (ABRF) Microarray Research Group. Este estudio tiene por objeto reunir informacin procedente de laboratorios del mbito acadmico, farmacutico y comercial que ofrecen la tecnologa de microarrays como un recurso compartido, as como de laboratorios individuales que utilizan estas tecnologas. En este informe se ofrecen los resultados de los datos recogidos desde Diciembre de 1999 hasta Febrero de 2000. Este estudio tiene vocacin de continuidad, por lo que en Septiembre de 2000 se ha iniciado un nuevo perodo de obtencin de datos, cuyas conclusiones se espera que sean hechas pblicas en 2001. Entre sus conclusiones destacan: La mayora de los laboratorios comenzaron a utilizar las tecnologas de microarrays hace menos de dos aos. La mayora de los laboratorios planean su expansin tanto en lo que se refiere al nmero de su plantilla laboral como en lo relativo a su equipamiento instrumental.