PROCESO 01

1.- Entrar a http://modelseed.org/plant, seleccionar PATRIC Microbes

2.- Buscamos Corynebacterium glutamicum ATCC 13032, para construir el modelo metabólico

3.- Esperamos y completamos

4.- Abrimos el modelo metabólico y nos dirigimos a pathways: Lysine biosynthesis

5.- Obtendremos el mapa metabólico de Producción de lisina, con los diferentes códigos de las
reacciones o flujos metabólicos
6.- Resaltamos los flujos metabólicos que usaremos:
RESULTADO 01

Obtención de los códigos de los flujos metabólicos, se trabajarán con el knockout de las dos
reacciones por separado, con la función objetivo contrarias.

Desde el ciclo de citrato

Desde 2-oxoglutarato hasta L-lisina: código rxn00510

Desde el metabolismo de alanina glutamato y aspartato

Desde L-aspartato hasta L-lisina: código rxn00313

PROCESO 02

Aumento de flujo metabólico en Optflux

Paso 01: Correr el modelo metabólico en optflux

PROCESO 03

DESARROLLO DE REACTIONS KNOCKOUT

Delecionamos la reacción rxn00510, con la función objetivo rxn00313, método de simulación:

MOMA
RESULTADO 03

Nos aparece la producción de Lisina por Corynobacterium glutamicum

cpd00039_b L_Lysine_e0_b 8.8982744E-11

PROCESO 04

Hacemos lo mismo, pero al revés:

Delecionamos la reacción rxn00313, con la función objetivo rxn00510, método de simulación:

MOMA
RESULTADO 04

En ningún lado nos aparece la producción de lisina

PROCESO 05

Probamos con wild type en MOMA, con la función objetivo rxn00313

RESULTADO 05

En ningún lado nos aparece la producción de Lisina

PROCESO 06
RESULTADO 06

En ningún lado nos aparece la producción de lisina

Tampoco aparece producción de lisina si se pone función objetivo a la producción de Lisina

DISCUSIONES

reactantes<---->productos

rxn00510_c0

N6_L_1_3_Dicarboxypropyl_L_lysine_NAD_oxidoreductase_L_lysine_forming_c0
cpd00001_c0 + cpd00003_c0 + cpd00351_c0 <----> cpd00067_c0 + cpd00004_c0 + cpd00024_c0 + cpd00039_c0

rxn00313_c0

meso_2_6_diaminoheptanedioate_carboxy_lyase_L_lysine_forming_c0

cpd00067_c0 + cpd00516_c0 <----> cpd00011_c0 + cpd00039_c0

Al parecer la reacción rxn00510, hace que la lisina producida vaya a la producción de otros
metabolitos