AMINOÁCIDOS

PÉPTIDOS
Y
PROTEINAS

M. EN C. ISRAEL VELÁZQUEZ MARTÍNEZ

1
 AMINOÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS.

Los aminoácidos, como su nombre lo indica, son bifuncionales. Contienen un grupo amino básico y un
grupo carboxílico ácido.

NH2
H
O
R OH
N
H
OH
O
Un α-aminoácido primario L-Prolina
Un α-aminoácido secundario

Con fines de clasificación, las cadenas con menos de 50 aminoácidos se llaman polipéptidos, mientras
que el término proteína se reserva a cadenas mas largas.

O O O
O
H3C
OH
+ H2N H3C
OH NH
OH
NH2 NH2

Alanina Glicina un dipéptido (un enlace amida)

Un polipéptido (muchos enlaces amida).

Estructura de los aminoácidos.

Como los aminoácidos contienen un grupo ácido y un grupo básico, experimentan una reacción ácido-
base intramolecular y se encuentran principalmente en la forma de un ión dipolar, o Zwitterion (del
alemán zwitter, híbrido):
O O

H3C H3C
-
OH O
+
H2N H H3N H
Alanina (sin carga) (zwitterion)

2
Los iones dipolo (zwitterions) de los aminoácidos son sales internas y por ello tienen muchas de las
propiedades físicas asociadas con las sales. Poseen momentos dipolares grandes, son solubles en agua
e insolubles en hidrocarburos, y son sustancias cristalinas con puntos de fusión altos. Además los
aminoácidos son Anfóteros: pueden reaccionar como ácidos o como bases, dependiendo de las
circunstancias.

En solución ácida

En solución básica

En la siguiente tabla se representan las estructuras de los 20 aminoácidos que se que encuentran en las
proteínas. Todos son α-aminoácidos. Diecinueve de los 20 aminoácidos son aminas primarias, RNH2,
y sólo difieren en la naturaleza del sustitúyete unido al carbono α, llamado Cadena lateral.

Cadena lateral

Un α-aminoácido primario Prolina,

Un α-aminoácido secundario
Además de los 20 aminoácidos que se encuentran en las proteínas, hay otros aminoácidos que no son
proteínas y que tienen importancia biológica.
-
O O
I
O
HO I +
O NH3
+ HS
H3N -
O
- I O
O +
NH3
I
Ácido γ-aminobutírico Homocísteina Tiroxina

3
 ESTRUCTURA DE LOS AMINOÁCIDOS.

Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.

COOH NH3+ cad. lat. H2O, g/dL
a 25°C
Aminoácidos Neutros.
O

H3C
OH

Alanina Ala (A) 89 NH2 2.34 9.69 --- 6.01 17 297 d

O

H2N
OH

Asparagina Asn (N) 132 O NH2 2.02 8.80 --- 5.41 2.4 236
O

HS OH

Cisteína Cys (C) 121 NH2 1.96 10.28 8.18 5.07 Muy ---
Soluble
NH2 O

O OH

Glutamina Gln (Q) 146 NH2 2.17 9.13 --- 5.65 3.6 186
O

H2N
Glicina Gly (G) 75 OH 2.34 9.60 --- 5.97 25 233 d
CH3 O

H3C
OH

Isoleucina Ile (I) 131 NH2 2.36 9.60 --- 6.02 4 284
O

H3C
OH

CH3 NH2
Leucina Leu (L) 131 2.36 9.60 --- 5.98 2 337
O

S
H3C OH

NH2
Metionina Met (M) 149 2.28 9.21 --- 5.74 3 283

4
Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.
COOH NH3+ cad. lat. H2O, g/dL
a 25°C

Aminoácidos Neutros cont…

O

OH

NH2
Fenilalanina Phe (F) 165 1.83 9.13 --- 5.48 3 283
O
H
N
OH

Prolina Pro (P) 115 1.99 10.60 --- 6.30 162 220
O

HO OH

Serina Ser (S) 105 NH2

2.21 9.15 --- 5.88 5 228
CH3 O

HO OH

Treonina Thr (T) 119 NH2

2.09 9.10 --- 5.60 Muy 257
Soluble
O

OH

NH2
Triptofano Trp (W) 204 NH
2.83 9.39 --- 5.89 1 289

OH

Tirosina Tyr (Y) 181 NH2 2.20 9.11 10.07 5.66 0.04 344
HO

CH3 O

H3C OH

Valina Val (V) 117 NH2 2.32 9.62 --- 5.96 9 315

5
Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.
+
COOH NH3 cad. lat. H2O, g/dL
a 25°C

Aminoácidos ácidos.
O

Ácido HO
aspártico Asp (D) 133 OH 1.88 9.60 3.65 2.77 0.4 269
O NH2

O O
Ácido
glutámico Glu (E) 147 HO OH 2.19 9.67 4.25 3.22 0.7 247
NH2

NH2 O

Aminoácidos básicos.
HN NH OH

Arginina Arg (R) 174 NH2 2.17 9.04 12.48 10.76 15 230 d
O
H
N
OH

NH2
Histidina His (H) 155 N 1.82 9.17 6.00 7.59 0.4 287

H2N
OH

Lisina Lis (K) 146 NH2 2.18 8.95 10.53 9.74 Muy 255
Soluble

Problema 1. ¿Cuántos de los aminoácidos que se muestran en la tabla contienen anillos aromáticos?
¿Cuántos contienen azufre? ¿Cuántos contienen alcoholes? ¿Cuántos contienen cadenas laterales
hidrocarbonadas?

Con excepción de la glicina, los carbonos de los α-aminoácidos son centros quirales. Por lo tanto, son
posibles dos formas enantioméricas, pero la naturaleza sólo utiliza una para la construcción de las
proteínas. En las proyecciones de Fischer, los aminoácidos que se encuentran en forma natural se
representan colocando el grupo COOH en la parte superior y la cadena lateral abajo, como se dibuja
un carbohidrato, y luego se coloca el grupo –NH2 a la izquierda. Debido a la similitud estereoquímica
con los azúcares L, llamamos a los α-aminoácidos que se encuentran en forma natural como
aminoácidos L.

6
 CHO COOH CHO COOH

H OH H NH2 HO H H2N H

CH2OH R CH2OH R

D-gliceraldehído D-aminoácido L-gliceraldehído L-aminoácido

Problema 2. Dieciocho de los 19 L-aminoácidos tienen configuración S en el carbono α. La císteina

es el único L-aminoácido con una configuración R. Explique la razón.

Problema 3. El aminoácido Treonina, ácido (2S, 3R)-2-amino-3-hidroxibutanoico tiene dos centros

quirales. Dibuje una proyección de Fischer para la Treonina. ¿Cuántos estereoisómeros podrían
existir? Dibuje las proyecciones de Fischer e identifique los centros quirales como R o S.

Problema 4. Dibuje formulas con enlaces de cuña (tetraédricas) y proyecciones de fischer que
representen la configuración de los átomos de carbono de la L-valina, L-leucina y L-isoleucina.

Aminoácidos esenciales.

Son aminoácidos que el organismo no puede sintetizar.

Reacción de transaminación.

COOH COOH COOH COOH

Enzimas transaminasas
H2N H + O O H2N H
(muchos pasos) +
R R1 R R1
Aminoácido cetoácido cetoácido aminoácido
Antiguo antiguo nuevo nuevo

Fenilcetonuria.

O O

OH OH
Enzimas
NH2 NH2
HO

7
REACCIÓN DE TRANSAMINACIÓN.

Un interesante el papel de las iminas como intermediarios es el de la reacción de transaminación, de

importancia biológica. La transaminación es un proceso por el cual se transfiere un grupo amino de
una molécula a otra. En los sistemas biológicos el grupo amino de un aminoácido se transfiere al
grupo carbonilo de otra molécula. La secuencia, es promovida por una enzima, la transaminasa, es un
método de formación de nuevos aminoácidos.

NH2
O O
O
H3C glutamato
+ HO OH transaminasa
OH
O

Alanina Ácido-α-cetoglutárico.

O O O

H3C
HO OH
O
+
HO NH2

Ácido pirúvico Ácido glutámico

Todas las transaminasas importantes parecen compartir la misma coenzima, el fosfato de piridoxal.
Las coenzimas son pequeños constituyentes no proteínicos de las enzimas, con frecuencia
indispensables para la actividad enzimática.
O H

OH
O
HO P
O
HO
N CH3

Fosfato de piridoxal.

La transaminación biológica no es la simple transferencia de un grupo amino de una molécula a otra.

El grupo carbonilo de la coenzima piridoxal forma primero una imina con el grupo amino del
aminoácido “donador”. La reacción subsiguiente de este aducto con el compuesto carbonílico
“receptor” conduce a la formación de un nuevo aminoácido, regenerándose el fragmento de piridoxal.
El piridoxal es el transportador del grupo amino de un reactivo a otro. La secuencia, de numerosos
pasos, supone una serie de adiciones e isomerizaciones reversibles.

8
 Mecanismo general de una reacción de transaminación.

O R OH PRP N R

+ H2O
+ H
PRP H
H2N O O OH

PRP
PRP N R N R

H
H H
O OH O OH

PRP N R PRP NH2 R

H + H2O H + O
H H
OH
O OH

O PRP
PRP NH2 N R1
R1

H
+ O H + H2O

H H
OH O OH

PRP PRP N R1
N R1

H
H
H
O OH
O OH

PRP N R1 H2N R1
PRP O

+ H2O +
H H
O OH O OH

PRP = fosfato de piridoxal.

9
 Reacción de transaminación catalizada por la Aspartato aminotransferasa.

H3C CH3 H3C CH3

N B:
-
O O
O O
H H
P OH -
-
O O
- O -
O O O
- paso lento
+ O NH2 +
N CH3 O NH
H -
O
O
P OH
- O
O

+
N CH3
H

H3C CH3 aldimina

O
O
+
B - O
O -
- O
O O
- -
H O
-
+
+ O
O NH O NH
-
O -
O O O
O O
P OH H2O
P OH
- O O +
O - NH3
O
-
O
N CH3 + O
N CH3
H P OH
H
- O
quinoide O

+
H3C CH3 N CH3
H
+
NH3 B:
-
O
O O O
H
P OH
- O O H3C
-
O H3C O
+ - +
N CH3 O NH
H -
O
O
P OH
- O
O

H3C CH3 +
N CH3
+ H
B
O
O O
H
H3C H3C
- H3C -
O -
O
O
+ +
NH +
NH H3C CH3 NH3
-
O -
O O
O NH2 H3C CH3
P OH P OH
- O O +
O - NH
O
-
O
N CH3 + O
N CH3
H P OH
H
- O
O

+
N CH3
H

10
 ACIDEZ, BASICIDAD Y pKa.

Lewis.
Ácido: acepta electrones.
Base: cede electrones.

Brosnted-Lowry.
Ácido: cede protones
Base: recibe protones.

H-A + H2O H3O+ + A-

Ácido Base ácido base
conjugado conjugada

Keq = [H3O+][A-]
[HA][H2O]

La concentración del agua permanece casi constante. [H2O]= 55.6 M a 25°C.

Ka = Keq [H2O] = [H3O+][A-]

[HA]

log Ka = log [H3O+][A-]

[HA]

log Ka = log [H3O+] + log [A-]

[HA]

- log Ka = - log [H3O+] - log [A-]

[HA]

pKa = pH – log [A-]

[HA]

pH – pKa = log [A-]

[HA]

pH = pKa + log [A-]

[HA]

Ecuación de Henderson – Hasselbalch.

11
™ Un ácido más fuerte (de mayor Ka) tiene pKa menor.
™ Un ácido más débil (de menor Ka) tiene mayor pKa.

™ Compuesto en una solución de pH por debajo del pKa se encuentra protonado (ionizado).
™ Compuesto en una solución de pH por encima del pKa se encuentre no protonado (no ionizado).

Factores que afectan el pKa:

™ Efecto resonante.
™ Efecto inductivo y electrostático.
™ Efecto estérico.
™ Puentes de hidrógeno intramoleculares.
™ Hibridación.

™ Efecto inductivo.

O O O O O
O
Cl
O 2N Cl
OH OH OH F 3C OH
H3C OH OH
Cl
Cl Cl
Cl
pKa: 4.5 1.68 2.8 1.3 0.9 0

™ Efecto resonante
+ + +
O NH3 NH3 NH3
O O O
H3C R1
R1 O
H3C OH OH R O
R
NO2
+
N
-
O O
pKa: 4.5 16 11 19.20 1.11 2.5 4.60

™ Efecto estérico
O
CH3
O H3C
H3C
OH
CH3
H3C OH H3C
H3C
CH3

pKa: 4.5 7.0

12
 ™ Puentes de hidrógeno.
O O

OH OH

HO OH
pKa: 4.5 3.0
pKa: 9.3 13.4

™ Hibridación.
H3C

+
+ H3C C NH
HN
+
H3C CH3 N
H
pKa: 9.8 5.2 - 10

AMINOÁCIDOS.
INFLUENCIA DE LA CADENA LATERAL.

O
O O
H H
N OH N
OH OH
NH2
NH2
NH N

pKa: 1.99 pKa: 2.83 pKa: 1.82

pKa: 10.60 pKa: 9.39 pKa: 9.17
pKa: - - - pKa: 6.00

O NH2 O

HO
OH HN NH OH

O NH2 NH2

pKa: 1.88 pKa: 2.17

pKa: 9.60 pKa: 9.04
pKa: 3.65 pKa: 12.48

13
Problema 5. Pronostique los productos de reacción de: (a) prolina, (b) tirosina, (c) arginina y (d)
triptofano con un exceso de HCl; y con un exceso de NaOH.

Problema 6. Escriba las formulas estructurales para las siguientes ecuaciones:

(a) fenilalanina con un equivalente de NaOH.

(b) Producto de (a) con un equivalente de HCl.
(c) Producto de (a) con dos equivalentes de HCl.

PUNTO ISOELÉCTRICO.

pH bajo pH alto
(protonado) (desprotonado)

Punto Isoeléctrico
PI = pKa1 + pKa2
2
Zwitterion neutro.

El punto isoeléctrico (PI) de un aminoácido depende de su estructura; y es el promedio de las dos

constantes de disociación ácida que incluyen el zwitterion neutro. En cuanto a los aminoácidos con
una cadena lateral que sea un ácido fuerte o un ácido débil, el PI es el promedio de los dos valores de
pKa más bajos. En el caso de los aminoácidos con una cadena lateral básica, el PI es el promedio de
los dos valores de pKa más altos.

Aminoácido ácido Aminoácido neutro Aminoácido básico

Ácido aspártico. Alanina Lisina

14
Así como los aminoácidos tienen sus PI, las proteínas también tienen un PI global debido a los
numerosos residuos ácidos o básicos que pueden contener.

Aprovechamos la ventaja de las diferencias de puntos isoeléctricos para separar una mezcla de
aminoácidos (o una mezcla de proteínas) en sus constituyentes puros mediante la técnica de la
Electroforesis.

Tira de papel a pH = 6.02

Cuando se aplica un potencial eléctrico, los aminoácidos con cargas negativas (los que se han
desprotonado a causa de que el pH del buffer es más alto que sus PI) migra lentamente hacia el
electrodo positivo. Al mismo tiempo que los aminoácidos con cagas positivas (los que se han
protonado porque el pH del buffer es menor que su PI) migran hacia el electrodo negativo.

Los diferentes aminoácidos migran a diferentes velocidades, lo que depende de sus puntos
isoeléctricos y del pH del buffer acuoso. Así es posible separar una mezcla de diversos aminoácidos.

Problema 7. Para las siguientes mezclas de aminoácidos, prediga usted la dirección y la velocidad
relativa de migración de cada componente:

(a) valina, ácido glutámico e histidina a pH= 7.6

(b) glicina, fenilalanina y serina a pH= 5.7
(c) glicina, fenilalanina y serina a pH= 5.5
(d) glicina, fenilalanina y serina a pH= 6.0

Problema 8. La glicina, al igual que la alanina tiene un punto isoeléctrico de 6.0. Trace estructuras de
las formas predominantes de la glicina a pH= 2.0, 6.0 y 10.0.

Problema 9. ¿Cómo podría explicar el hecho de que el triptofano tenga menor punto isoeléctrico que
la histidina, pese a que ambos tienen átomos de nitrógeno en el anillo de cinco miembros? ¿Cual
nitrógeno del anillo de cinco miembros de la histidina es más básico?

15
Un aminoácido reacciona con dos equivalentes del hidrato de ninhidrina, para dar el púrpura de
Ruhemann, un producto azul-violeta. Esta reacción se emplea como ensayo para detectar la presencia
de aminoácidos en una muestra desconocida.
O O

-
OH R O

OH
O +
+
H3N O
O O
H2O
ninhidrina
-
O O

H
N
+ R
+ CO 2
+ H2O
O
O O

púrpura de Ruhemann.

Si se conocen los valores exactos de pKa para los sitios ácidos de un aminoácido, se puede calcular los
porcentajes de las formas protonadas, neutra y desprotonadas en una solución a un pH dado utilizando
la estuación de Henderson-Hasselbalch:

pH – pKa = log [A-]

[HA]

pH = pKa + log [A-]

[HA]

Para ver como se utiliza la ecuación de Henderson-Hasselbalch, encontremos las especies que están
presentes en una solución 1M de alanina a pH= 9.00. de acuerdo a los valores antes mencionados, la
alanina protonada tiene un pKa1 de 2.34, y la alanina neutra tiene un pKa2 de 9.69:

-
H3C OH H3C O
+
+ H2O + H3O

H3N
+
O H3N
+
O pKa1= 2.34

- -
H3C O H3C O
+
+ H3O
+
+ H2O
pKa2= 9.69
H3N O H2N O

16
Como el pH de nuestra solución está mucho más cerca del pKa2 que del pKa1, necesitamos usar pKa2
para nuestros cálculos. De acuerdo a la ecuación de Henderson-Hasselbalch, tenemos:

log [A-] = pH – pKa = 9.0 – 9.69 = - 0.69

[HA]

De tal modo que [A-] = antilog (-0.69) = 0.20

[HA]

Además, sabemos que: [A-] + [HA] = 100% (1.0 M)

[HA]= 83% y [A-] = 17%

Se pueden efectuar cálculos similares a otro pH, con lo que se llega a la curva de titulación siguiente:

Problema 10. La Treonina tiene un pKa1 = 2.1 y un pKa2 = 9.1. Utilice la ecuación de Henderson-
Hasselbalch para calcular la proporción de formas protonadas y desprotonadas a pH= 1.5 y pH = 10.0.

17
 SÍNTESIS DE AMINOÁCIDOS.

1. Síntesis de Strecker.

aldehído α-aminonitrilo α-aminoácido

O C N
+ OH
NH4Cl / KCN H3O

H H2O NH2 NH2

Fenilacetaldehído α-aminonitrilo (R,S)-fenilalanina (53%)

Problema 11. El aminoácido poco común conocido como L-Dopa (3,4-dihidroxifenilalanina) es un

fármaco útil contra el mal de Parkinson. Indique cómo podría sintetizarse a partir de 3,4-
dihidroxifenilacetaldehído.

2. Aminación de ácidos α-halogenados.

Uno de los métodos más antiguos comienza con la α-bromación de un ácido carboxílico por
tratamiento con Br2 y PBr3 (La reacción de Hell-Volhard-Zelinsky). La sustitución del α-bromo ácido
con amoniaco produce un α-aminoácido.

Ácido 4-metilpentanóico
Ácido 2-bromo-4-
metilpentanóico (R,S)-leucina 45%

Problema 12. Indique como podrían obtenerse los siguientes aminoácidos a partir de los ácidos
carboxílicos apropiados:
(a) Valina
(b) Fenilalanina
(c) Alanina
(d) Serina

18
3. Síntesis de Gabriel.
Glicina

Cloroacetato de etilo
Ftalimida
potásica

Glicina Ácido ftálico

(85%)

Fenilalanina
O

CH3 CH3
- +
N K
O O O O

Br Br
O
O O CH3 O O CH3
CCl4 DMF
Br
malonato de dietilo

O O

CO2C2H5
+
1) NaOEt / EtOH H3O
N CH N C

CO2C2H5 2) C6H5CH2Cl (CO2C2H5) 2

calor
O O

O O

N CH KOH / H2O OH

O NH2
o NH2NH2
O HO
Fenilalanina
Ácido Glutámico

19
 O O

CO2C2H5 CH2CH2CO2C2H5 +
1) NaOEt / EtOH H3 O
N CH N C

CO2C2H5 2) CH2=CHCO2C2H5 (CO2C2H5)2 calor

O O

O
OH OH
CH2CH2CO2C2H5

N CH KOH / H2O
O O
O
o NH2NH2
O HO NH2

4. Síntesis del amidomalonato

Ácido (R,S)-aspártico
(55%)
Acetamidomalonato 3 EtOH + CO2 + CH3COOH
de dietilo

Problema 13. Indique los halogenuros de alquilo necesarios para producir los siguientes α-
aminoácidos por el método de síntesis amidomalónica.
(a) leucina (b) Histidina (c) Triptofano (d) Metionina

Problema 14. La serina puede sintetizarse por una simple variación del método amidomalónico
utilizando formaldehído en vez de halogenuro de alquilo. ¿Cómo podría lograrse esto?

5. Aminación reductiva de α-cetoácidos: Biosíntesis.

O O O O
L-glutamato
HO OH NH3 deshidrogenasa
+ HO OH
O NADH
NH2
Ácido-α-cetoglutárico.
Ácido glutámico

O O H3C O
NH3

H3C OH NaBH4 H2N OH

20
 Ácido pirúvico (R,S)-Alanina

Problema 15. Proponga una síntesis para cada uno de los siguientes aminoácidos partiendo del
malonato de dietilo: Valina, Metionina y ácido aspártico.

Problema 16. La prolina puede prepararse por una secuencia que utiliza ftalimida, malonato de dietilo
y 1,3-dibromopropano. Indique los pasos de esta síntesis.

Síntesis Enantioselectiva de aminoácidos.

La síntesis de α-aminoácidos a partir de un precursor aquiral por cualquiera de los métodos descritos
produce una mezcla racémica (una mezcla racémica en partes iguales de enantiómeros R y S).
Existen dos métodos para obtener aminoácidos enantoméricamente puros. Una manera consiste en
resolver la mezcla racémica en sus enantiómeros puros. Sin embargo un método mejor consiste en usar
una síntesis enantioselectiva para preparar directamente sólo el enantiómero S deseado.

Resolución de aminoácidos R, S.

La resolución puede hacerse al convertir el aminoácido en su amida y permitiendo que el aminoácido

racémico intervenga en una reacción ácido-base con un solo enantiómero de una amina quiral. Se
forman dos sales diasteroméricas que luego se separan y se vuelven a convertir en el aminoácido por
hidrólisis del grupo amida.

Mezcla de Mezcla de
enantiómeros de enantiómeros de Mezcla de sales
aminoácidos aminoácidos diasteroméricas

Las enzimas catalizan selectivamente la hidrólisis de amidas formadas de L-aminoácidos (S).

Mezcla de Mezcla de
enantiómeros de enantiómeros de Aminoácido S Aminoácido R
aminoácidos aminoácidos
21
Se utiliza una aminoacilasa obtenida de riñon de cerdo.

Síntesis enantioselectiva de aminoácidos.

Se utiliza un catalizador en una reacción quiral que contenga temporalmente una molécula de sustrato
en un ambiente asimétrico. Mientras se encuentra en este ambiente, el sustrato puede estar más abierto
a reaccionar de un lado que en el otro, lo que lleva a un exceso del producto enantiomérico sobre el
otro.

William Knowles descubrió hace algunos años que los α-aminoácidos pueden prepararse
enantioselectivamente mediante la hidrogenación de un ácido Z enamido con un catalizador de
hidrogenación quiral.

Ácido Z enamido S-fenilalanina 98.7%

El catalizador más efectivo para la síntesis enantioselectiva son los complejos de coordinación de
Rodio (I) con ciclooctadieno (COD) y una difosfina quiral como el (R,R)-1,2-bis(o-
anisilfenilfosfonio)etano, el llamado ligando DiPAMP.

22
 PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS.

Las proteínas y los péptidos son polímeros de aminoácidos en los cuales las unidades individuales de
aminoácidos, llamados residuos, están unidas mediante enlaces amida, o uniones peptídicas.

Alanina (Ala)

Alanilserina (Ala-Ser)

Serina (Ser)

Aminoácido N terminal Aminoácido C terminal

La larga secuencia repetida de enlaces peptídicos forman una cadena, la estructura primaria o
esqueleto de las proteínas. Por convencion siempre se escriben los péptidos con el aminoácido N-
terminal a la izquierda y el aminoácido C-terminal a la derecha. El nombre del péptido se indica
utilizando las abreviaturas para cada aminoácido.

23
 Bradiquinina

H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH

R-P-P-G-F-S-P-F-R

Problema 17. Nombre los seis posibles tripéptidos isoméricos con valina, tirosina y glicina. Utilice la
notación corta de tres letras para cada aminoácido.

Problema 18. Trace la estructura completa de H-Met-Pro-Val-Gli-His-OH

ENLACE COVALENTE EN LOS PÉPTIDOS.

Consecuencias de la resonancia:
• Estabilidad del enlace
• Menor basicidad del átomo de nitrógeno
• Rotación restringida del enlace C-N (carácter de doble enlace)

Configuración Trans.

24
En los péptidos se encuentra un segundo tipo de uniones covalentes cuando se forma un enlace
disulfuro RS-SR entre dos redisuos de Cisterna. El enlace disulfuro se forma con facilidad por medio
de la oxidación suave de los tioles RSH y se rompen con facilidad mediante una reducción suave.

Oxidación
moderada

Císteina Cistina

Oxidación moderada de tioles con Bromo.

- -
HO S R
- Br Br
R SH R S R S S R
Br R S
H2O

Los enlaces disulfuro contribuyen a la forma (estructura) de un polipéptido.

Oxitocina

25
 DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA DE LOS PÉPTIDO:
ANÁLISIS DE LOS AMINOÁCIDOS

¿Cuáles aminoácidos están presentes? ¿Cuántos hay de cada uno? ¿Cuál es la secuencia de
aminoácidos de la cadena peptídica?

Las respuestas a las dos primeras preguntas se obtienen con un Analizador de aminoácidos.

William Stein y Standford Moore.

Mezcla equimolecular
Estándar de 17 α-
aminoácidos.

26
 DETERMINACIÓN DE LA SECUENCIA DE UN PÉPTIDO.

1.- Hidrólisis de los enlaces disulfuro RS-SR con ácido perfórmico.

2.- Hidrólisis del péptido con HCl 6M por 24 horas.
3.- Analizador de aminoácidos.

2-mercaptoetanol

Ácido iodoacético

27
 Ácido cisteico

Ácido cisteico

DETERMINACIÓN DE LA SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS EN PÉPTIDOS:

DETERMINACIÓN DE RESIDUOS N-TERMINALES.

DEGRADACIÓN DE EDMAN.

Isocianato de fenilo
Reactivo de Edman

péptido sin el amino ácido

derivado de N-terminal original
tiazolinona

28
 La transposición de la anilinotiazolinona en medio ácido acuoso
produce el derivado final N-feniltiohidantoina (PTH).

PTH se identifica por

cromatografía

Los péptidos de cadena acortada se vuelven a someter en forma automática a otro ciclo de la
Degradación de Edman.
La determinación de la secuencia completa de proteínas por este método es poco práctica a causa de la
formación de subproductos indeseables que limita el método a un máximo de 50 ciclos.

MÉTODO DE SANGER

N-aminoácidos

2,4-dinitrofluorobenceno polipéptido
(DNFB)

Polipéptido marcado

Mezcla de
Aminoácido N-terminal resto de
marcado. aminoácidos
Separado e identificado 29
El método de Sanger no es tan utilizado como el de Edman.

Dadas las limitaciones de los métodos de Edman y Sanger; primero se rompe una cadena peptídica
larga por medio de una hidrólisis parcial en varios fragmentos más pequeños, se determina la
secuencia de cada fragmento y éstos se ajustan haciendo coincidir los extremos que se traslapan.

HIDRÓLISIS ENZIMÁTICAS.

Enzima Especificidad

Tripsina hidrólisis carboxilo de aminoácidos básicos: Arginina y Lisina.

Quimiotripsina hidrólisis carboxilo de aminoácidos arilo: Fenilalanina, Tirosina y Triptofano.
Elastasa hidrólisis carboxilo de aminoácidos pequeños: Glicina y alanina.

Carboxipeptidasa A Remueve el aminoácido C-terminal

Carboxipeptidasa B Remueve los aminoácidos C-terminal Arginina y Lisina solamente.

Val – Phe – Leu – Met – Tyr – Pro – Gly – Trp – Cys – Glu – Asp – Ile – Lys – Ser – Arg – His

Quimiotripsina rompe estos enlaces Tripsina rompe estos enlaces.

HIDRÓLISIS PARCIAL

1. Un análisis de los aminoácidos de la angiotensina II revelaría la presencia de ocho aminoácidos

diferentes: Arg, Asp, His, Ile, Fen, Pro, Tir y Val en cantidades equimoleculares.

2. Un análisis de extremos N-terminales por el método de Edman indicaría que la angiotensina II

tiene un residuo de ácido aspártico en el extremo N-terminal.

3. La hidrólisis parcial de la angiotensina II con ácido clorhídrico diluido produciría los siguientes
fragmentos, cuya secuencia puede ser determinada por Degradación de Edman:

a. H-Asp-Arg-Val-OH
b. H-Ile-His-Pro-OH
c. H-Arg-Val-Tir-OH
d. H-Pro-Fen-OH
e. H-Val-Tir-Ile-OH
30
4. Traslapando las regiones que se superponen de los fragmentos se obtiene la secuencia completa de
aminoácidos en la angiotensina II:

a. H-Asp-Arg-Val-OH
c. H-Arg-Val-Tir-OH
e. H-Val-Tir-Ile-OH
b. H-Ile-His-Pro-OH
d. H-Pro-Fen-OH

H-Asp-Arg-Val-Tir-Ile-His-Pro-Fen-OH

Problema 19. ¿Cual es la estructura de un pentapéptido que da los siguientes tripéptidos cuando se
hidroliza parcialmente?

Gli-glu-arg, glu-arg-gli, arg-gli-fen

Problema 20. ¿Qué fragmentos resultarían si se rompiera la Angiotensina II con tripsina en un caso, y
con quimiotripsina en otro?.

Problema 21. Dibuje la estructura del derivado PTH que se puede formar por la degradación de
Edman de la Angiotensina II.

Problema 22. Indique la secuencia de los hexapéptidos que producen los siguientes fragmentos por
hidrólisis parcial con ácido:

(a) Arg,Gli,Ile,Leu,Pro,Val forman H-Pro-Leu-Gli-OH, H-Arg-Pro-OH, H-Gli-Ile-Val-OH

(b) Asp,Leu,Met,Trp, Val2 forman H-Val-Leu-OH, H-Val-Met-Trp-OH, H-Trp-Asp-Val-OH

DETERMINACIÓN DE RESIDUOS C-TERMINALES.

carboxipeptidasa

31
Problema 23. Se encuentra que un hexapéptido con la composición Arg, Gli, Leu, Pro tiene prolina en
los extremos C y N. La hidrólisis parcial produce los siguientes fragmentos:

H-Gli-Pro-Arg-OH H-Arg-Pro-OH H-Pro-Leu-Gli-OH

¿Cuál es la estructura del hexapéptido?

Problema 24. Proponga dos estructuras para un tripéptido que por hidrólisis se descompone en Leu,
Ala, y Fen pero que no reacciona con carboxipeptidasa ni con fenilisotiocianato.

El bromuro de cianógeno hidroliza el enlace peptídico de la Metionina.

H – Ala – Lys – Phe – Asp – Met – Val – Arg – Trp – OH

BrCN rompe este enlace.

Mecanismo de la hidrólisis del enlace peptídico por bromuro de cianógeno.

32
 SÍNTESIS DE PÉPTIDOS.

Aunque las amidas simples suelen formarse por la reacción entre aminas y cloruros de ácidos, la
síntesis de los péptidos es más difícil porque se deben de formar muchos enlaces amida diferentes en
orden específico y no aleatoriamente.

2 sitios de unión + 2 sitios de unión = 4 productos distintos.

La solución al problema de la especificidad es la protección.

33
 Protección

NH2

Alanina 1. Formación de
la amida

2. Desprotección

Protección

COOH

Leucina

GRUPOS PROTECTORES EN LA SÍNTESIS DE PÉPTIDOS.

Nombre Estructura Abreviatura Reactivo Eliminación

Grupos Protectores de aminas.

O O

Benciloxicarbonilo R O Z- , CBZ- Cl O H2 / Pd-C

HBr, HF, HCl

CH3
H3C
O H3C
CH3 O O H3C
H3C CH3
tert-Butoxicarbonilo R O
Boc- CF3COOH
CH3 O O O
CH3
HCl gas
BF3 / Et2O / THF
O H3C O H3C

CN CN
R O Cl O
Ciano-t-butoxicarbonilo CH3 Cyoc- CH3 NaOH / THF

34

O
O
9-Fluorenilmetoxicarbonil Fmoc- Piperidina

O O

p-Toluensulfonilo R S CH3 Tos- Cl S CH3 Na / NH3

O O

Grupos protectores de ácidos carboxílicos.

Ester RO- ROH / H+ H2O / NaOH

R3O+X- H3O+

Preparación de Carbamatos para protección del grupo amino.

carbamato
O

OH
OH - HCl
Cl O H2N O NH
+ O
O
O
del Cl2C=O y C6H5CH2OH Glicina Glicina-CBZ
O
O
ZBC NH OH ZBC NH O
- HCl
+ Cl O CH3 O
O O CH3

Glicina protegida Cloroformiato de etilo grupo éster activado

O
O
O

O NH O OH
O +
CH3 NH2
O

35

O
 fenilalanina

Gly-Phe con el grupo amino protegido

Eliminación del grupo protector carbamato

O O
HN HN
H2, Pd / C CH3
O NH OH CO2 H2N OH
O O

ter-butoxicarbonilamida (BOC)

Alanina dicarbonato de di-ter-butilo BOC-Ala

Fluorenilmetoxcarbonilamida

cloroformiato de aminoácido. (cadena aminoácido- FMoc

9-fluorenilmetilo lateral protegida si es protegido (estable en ácidos)
necesario) 36
 (Grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo)
Desprotección. (ruptura del grupo FMoc)

producto
piperidina aminoácido libre secundario

Protección del grupo carboxilo de un aminoácido por formación de un éster.

Leucinato de metilo

Leucina Leucina

Leucinato de bencilo

FORMACIÓN DEL ENLAC PEPTÍDICO.

Cloroformiato de bencilo

37
 Anhídrido mixto de Ala-CBZ

EL USO DE AGENTES ACOPLANTES (ACTIVANTES DEL COOH).

a) Carbonildiimidazol (CDI)

O
O R1
O O R1 CO2
O R O
R
NH +
OH N N N
+ NH2 CH3
N NH-protegido O
NH-protegido N NH
calor
CH3

b) Diciclohexilcarbodiimida (DCC)

O
O O R1
R1
R O
R O
OH NH
N C N NH2 CH3
+ + HN NH
NH-protegido NH-protegido O C
calor H3C
O

38
 c) N-(3-dimetilaminopropil)-N´-etilcarbodiimida. (EDCI ó EDAC)

O
H3C
O
R1
N
O O R1
R
OH H3C
NH2 CH3 R O
+ N C N NH
NH-protegido
CH3 calor +
NH-protegido O
H3C
O

H3C C
N NH NH

CH3
CH3

d) Hexafluorofosfato de (benzotriazol-1-il-oxi)tripirrolidinfosfonio. (PyBOP)

O
R
F O R
O
O F F
N R O
P- H2N CH3
R NH
+ N F F
OH F
calor HN O
N
protegido CH3
HN
protegido O

N +
P N

Resumen de 5 pasos para la síntesis de H-Ala-Leu-OH

1. Proteger el grupo amino de la leucina como su derivado BOC

H-Ala-OH + bicarbonato de di-tert-butilo BOC-Ala-OH

2. Proteger el grupo carbonilo de la leucina como su éster metílico

39
 H-Leu-OH + CH3OH H-Leu-OCH3

3. Acoplar los dos aminoácidos protegidos usando DCC

BOC-Ala-OH + H-Leu-OCH3 BOC-Ala-Leu-OCH3

4. Retirar el grupo protector BOC por tratamiento ácido

BOC-Ala-Leu-OCH3 + CF3COOH H-Ala-Leu-OCH3

5. Retirar el éster metílico por hidrólisis básica:

H-Ala-Leu-OCH3 + NaOH / H2O H-Ala-Leu-OH

Problema 25. Indique el mecanismo de la formación de un derivado BOC para la reacción de Tirosina
con bicarbonato de di-ter-butilo.

Problema 26. Escriba los cinco pasos que se requieren para la síntesis de H-Leu-Ala-OH a partir de
alanina y leucina.

Problema 27. ¿Cómo podrían prepararse los siguientes tripéptidos?

(a) H-Leu-Ala-Gli-OH
(b) H-Gli-Leu-Ala-OH
(c) H-Ala-Gli-Leu-OH

cadena A
21 aminoácidos

cadena B
30 aminoácidos

insulina

40
La insulina esta compuesta por dos cadenas que suman un total de 51 aminoácidos unidos pos dos
puentes disulfuro. Frederick Sanger determinó su estructura y recibió el premio Nobel en Química en
1958 por su trabajo.

SÍNTESIS DE PÉPTIDOS AUTOMATIZADA:

TÉCNICA DE FASE SÓLIDA DE MERREFIELD.

La síntesis de péptidos se efectúa sobre esferas sólidas de poliestireno, preparado de un modo tal que
por cada 100 anillos de benceno uno lleve un grupo clorometilo:

CH3 CH3

CH CH2 HC CH2 CH CH2 CH CH2 CH

CH3
H3C

Cl Cl

Síntesis de un tripéptido utilizando la Fase sólida de Merrifield.

Aminoácido N-protegido

41
 2 Aminoácido N-protegido 2 Aminoácido N-protegido
y COOH activado

Dipéptido
protegido

Dipéptido-Resina

3 Aminoácido
N-protegido y
COOH
activado
3 Aminoácido N-protegido

Tripéptido protegido

42
 Tripéptido-Resina

polímero
Tripéptido libre

Problema 28. La importancia del rendimiento en cada paso de la síntesis de un péptido es muy
grande. La preparación de un decapéptido puede implicar de 30 a 40 reacciones químicas. Suponiendo
que cada paso pueda realizarse con un rendimiento del 90%, calcule el rendimiento global de una
secuencia de 40 pasos.

PROTEÍNAS.

9 Estructura primaria y secundaria

9 Estructura terciaria y cuaternaria
9 Clasificación y funciones de proteínas
9 Enzimas
9 Desnaturalización de proteínas

ESTRUCTURA PRIMARIA.

Se refiere a la secuencia en la que están unidos los aminoácidos.

43
Estructura primaria de la bradiquinina:

H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH

OXITOCINA

VASOPRESINA

44
 ESTRUCTRURA SECUNDARIA.

Es la orientación relativa de los átomos del

“esqueleto” (backbone): átomos que forman en
enlace peptídico.

Depende de:
• La región planar en cada enlace peptídico.
• La formación de puentes de hidrógeno.
• Separación adecuada de grupos R (cadenas
laterales de los aminoácidos)

HELICE ALFA α

Cada oxígeno está unido con un puente de hidrógeno al amino ácido del siguiente giro de la hélice.
(Prolina rompe las hélices alfa)

45
 Vista lateral vista superior

HOJA PLEGADA (LÁMINA) BETA β

Cada carbonilo en un enlace peptídico está unido con un puente de hidrógeno al grupo H-N de un
amino ácido de una cadena adyacente.

46
Dos o más cadenas peptídicas pueden alinearse formando la lámina

Orientación de los puentes de hidrógeno en las láminas Beta β

47
 Tipos de Laminas Beta β

ESTRUCTURA TERCIARIA.

48
Describe el enrollamiento de toda la proteína en una forma tridimensional (3D).

Factores que determinan la estructura terciaria:

• Interacciones hidrófobos de las cadenas laterales.
• Puentes disulfuro.
• Puentes de hidrógeno.
• Grupos prostéticos.

Puede haber combinaciones de Hélices α y láminas β.

ESTRUCTURA CUATERNARIA.

49
Describe como se unen las moléculas de proteínas diferentes en grandes estructuras agregadas.

CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS (COMPOSICIÓN)

• Proteínas simples
– Constituidas únicamente por amino ácidos
• Proteínas conjugadas
Constituidas por amino ácidos y otros compuestos.
– Glicoproteínas (carbohidratos)
– Lipopoproteínas (grasas)
– Nucleoproteínas (ácido ribonucleico)
– Fosfoproteínas (ésteres de fosfato)
– Metaloproteínas (hierro)

PROTEÍNAS CONJUGADAS:

• Globulina (glicoproteína)
• Interferón (glicoproteína)
• Caseína (fosfoproteína)
• Ferritina (metaloproteína)
• Hemoglobina (metaloproteína)

CLASES CONFORMACIONALES DE PROTÉINAS.

50
• Proteínas fibrosas (insolubles)
– Colágeno: tejido conectivo, tendones
– Queratina: cabello, uñas, piel
– Elastina: tejido conectivo elástico
• Proteínas globulares (solubles)
– Insulina: hormona reguladora del metabolismo de la glucosa
– Mioglobina: transporte de oxígeno
– Ribonucleasa: controla la síntesis del RNA

ALGUNAS FUNCIONES BIOLÓGICAS DE LAS PROTEÍNAS.

• Enzimas (catalizadores biológicos)

• Hormonas (insulina)
• Proteínas protectoras (anticuerpos)
• Proteínas de almacenamiento (caseína)
• Proteínas estructurales (queratina, elastina)
• Proteínas de transporte (hemoglobina)

ENZIMAS.

• Casi todas son globulares

• Algunas son conjugadas:
– La parte no proteica se llama cofactor
– La parte proteica se llama apoenzima
– Cofactor + apoenzima = holoenzima
• Son específicas

Posible mecanismo de acción de la quimiotripsina.

51
Posible mecanismo de acción de la tripsina.

52
DESNATURALIZACIÓN DE LAS PROTEÍNAS.

53
Es la alteración de la estructura terciaria. La estructura primaria no se altera.

ESTRUCTURAS DE PROTEÍNAS EN INTERNET.

Protein Data Bank

http://www.rcsb.org/pdb/

54
Problema 29. se cree que la descarboxilación de los α-cetoácidos catalizada por tiamina se inicia con
la eliminación de un átomo de hidrógeno ácido del anillo de tiazol de la tiamina.

H3C H3C

CH3 CH3
H3C + H3C + +
N N
+ H
-
S C S

H
a. ¿Por qué es ácido este hidrógeno?
b. Proponga un mecanismo para la descarboxilación del ácido pirúvico (CH3COCO2H) mediante
tiamina. Se sabe que el intermedio final es la especie A.
H3C

CH3
H3C +
A= N

S
H3C
C
OH
H

La vitamina ácido lipoico es una coenzima en la conversión de A y CoA en acetil coenzima A.

indique de que manera el intermedio A puede justificar la formación de acetil coenzima A a partir del
piruvato inicial.

(CH2)4 CO 2H

55