Espectroscopía

Biofísica en la
Cristalogénesis
Biológica
PRESENTADO POR OMAR VELÁSQUEZ - GONZÁLEZ

1
Definiciones

2
 Biología Estructural
Es el estudio de la estructura molecular y dinámica de las biomacromoléculas, particularmente
de las proteínas y los ácidos nucleicos, así como las alteraciones en la estructura que afectan su
función. Por tanto, incorpora los principios de la Biología Molecular, Bioquímica y Biofísica.

Structural Biology - Latest research and news | Nature, https://www.nature.com/subjects/structural-biology (2020, accessed 5 May 2020).
Hutchings, J., & Zanetti, G. (2018). Fine details in complex environments: the power of cryo-electron tomography. Biochemical Society Transactions, 46(4), 807-816. doi: 10.1042/bst20170351 3
 Biofísica
La biofísica es el campo que aplica las teorías y los métodos de la física para entender como los
sistemas biológicos trabajan.
Análisis de
Simulación Movimientos
Datos y de
Computacional moleculares
Estructura

Bioingienería,
Neurociencia Nanotecnología Imagenología
y Materiales

Aplicaciones
Ecosistemas
Médicas

Careers, E., Resources, E., & Biophysics, W. (2020). What Is Biophysics? | The Biophysical Society. Retrieved 22 October 2020, from https://www.biophysics.org/what-
4
is-biophysics
 Cristalogénesis Biológica
Esta es la parte de la cristalografía que busca entender los principios fisicoquímicos bá sicos de los
procesos de nucleació n, cristalizació n, crecimiento de cristales y medir de manera cuantitativa los
pará metros biofísicos y químicos que está n involucrados en el crecimiento de un cristal.

Giegé R, Mikol V. Crystallogenesis of proteins. Trends Biotechnol 1989; 7: 277–282

5
Una reflexión

6
 Estructuralmente

Zhang, Y., Zhang, H., Xu, X., Wang, Y., Chen, W., & Wang, Y. et al. (2020). Catalytic-state structure and engineering of Streptococcus thermophilus Cas9. Nature
7
Catalysis, 3(10), 813-823. doi: 10.1038/s41929-020-00506-9
 ¿Qué aplicación tiene?

Advanced information. NobelPrize.org. Nobel Media AB 2020. Fri. 23 Oct 2020. <https://www.nobelprize.org/prizes/chemistry/2020/advanced-information/> 8
Descripción Molecular
de la Formación de
Cristales

9
 Interacción de los Rayos X con un
Cristal

https://www.xtal.iqfr.csic.es/Cristalografia/parte_04-en.html 10
Tipos de ordenamiento

11
 “Salting out”

Hyde, A., Zultanski, S., Waldman, J., Zhong, Y., Shevlin, M., & Peng, F. (2017). General Principles and Strategies for Salting-Out Informed by the Hofmeister Series. Organic
12
Process Research & Development, 21(9), 1355-1370. doi: 10.1021/acs.oprd.7b00197
 Diagrama de Fase

Baumgartner, K., Galm, L., Nötzold, J., Sigloch, H., Morgenstern, J., & Schleining, K. et al. (2015). Determination of protein phase diagrams by microbatch experiments: Exploring the influence of precipitants and pH. International Journal Of
Pharmaceutics, 479(1), 28-40. doi: 10.1016/j.ijpharm.2014.12.027
Wöll, A., Desombre, M., Enghauser, L., & Hubbuch, J. (2019). A phase diagram-based toolbox to assess the impact of freeze/thaw ramps on the phase behavior of proteins. Bioprocess And Biosystems Engineering, 43(2), 179-192. doi: 10.1007/s00449-019- 13
02215-5
Fisicoquímica de
Formación de
Monocristal

14
 Termodinámica del Salting out

Concentración de proteína

Fuerza iónica

Concentración de sal
Rozhkov, S., & Goryunov, А. (2012). Salt induced thermodynamic instability, concentration heterogeneity and phase transitions in lysozyme solutions. Biophysical Chemistry, 170, 34-41. doi:
15
10.1016/j.bpc.2012.08.001
 Comportamiento de actividad

Rozhkov, S., & Goryunov, А. (2012). Salt induced thermodynamic instability, concentration heterogeneity and phase transitions in lysozyme solutions. Biophysical Chemistry, 170, 34-41. doi:
16
10.1016/j.bpc.2012.08.001
 Formalización
¿Cuál es el valor crítico de radio?

𝑑 𝐺
mediante
=0
𝑑 𝑟
“Tensión Superficial”

Por lo que

Manuel Garcı́a-Ruiz, J. (2003). Nucleation of protein crystals. Journal Of Structural Biology, 142(1), 22-31. doi: 10.1016/s1047-8477(03)00035-2 17
 Probabilidad de Formación del Núcleo
Distribución de Boltzman de
dimensión i+1 a partir de i

Frecuencia

Parámetros
experimentales

Manuel Garcı́a-Ruiz, J. (2003). Nucleation of protein crystals. Journal Of Structural Biology, 142(1), 22-31. doi: 10.1016/s1047-8477(03)00035-2 18
 Teoría Clásica de Nucleación

Manuel Garcı́a-Ruiz, J. (2003). Nucleation of protein crystals. Journal Of Structural Biology, 142(1), 22-31. doi: 10.1016/s1047-8477(03)00035-2 19
Diagrama de Solubilidad: Un resumen
del comportamiento Fisicoquímico

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Espectroscopías
Biofísicas
EJEMPLOS

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Ejemplo Práctico: Cambio hábito
cristalino
Se ha observado que la lisozima cambia su hábito cristalino en
presencia de líquidos iónicos imidazólicos. Quedan preguntas por
responder:
1. ¿Cambia la interacción entre las proteínas?
2. ¿Cambia el entorno de la solución?
3. ¿Hay alguna interacción entre el líquido iónico y la proteína?
4. ¿La interacción entre el líquido iónico y la proteína será fuerte
o débil, en caso de existir?
5. ¿Existe un efecto a distancia debido a un cambio exclusivo de
la solución?

22
Dispersión de Luz Dinámica:
Fundamento

¿
¿
¿
23
 Gráfico de Debye: Difusividad y
especiación de la micela.

Qin, S. and Zhou, H., 2019. Calculation of Second Virial Coefficients of Atomistic Proteins Using Fast Fourier Transform. The Journal of Physical Chemistry B, 123(39), pp.8203-8215.
Yadav, S., Scherer, T., Shire, S. and Kalonia, D., 2011. Use of dynamic light scattering to determine second virial coefficient in a semidilute concentration regime. Analytical Biochemistry, 411(2), pp.292-296. 24
 Resonancia Magnética Nuclear:
Diffusion Ordered Spectroscopy
(DOSY)

𝐼 ( 𝑞 )= 𝐼 0 𝑒− (− 𝐷 ∆ 𝑞 )
2

Gilard, V., Balayssac, S., Malet-Martino, M. and Martino, R., 2010. Quality Control of Herbal Medicines Assessed by NMR. Current Pharmaceutical Analysis, 6(4), pp.234-245.
25
 ¿Es la interacción permanente?

Unione, L., Galante, S., Díaz, D., Cañada, F. and Jiménez-Barbero, J., 2014. NMR and molecular recognition. The application of ligand-based NMR methods to monitor molecular 26
interactions. Med. Chem. Commun., 5(9), pp.1280-1289.
 Saturation Transfer Difference

Bhunia, A., Bhattacharjya, S. and Chatterjee, S., 2012. Applications of saturation transfer difference NMR in biological systems. Drug Discovery Today, 17(9-10), pp.505-513.
27
 ¿Cuál es el epítopo de la interacción?

Silva, M., Figueiredo, A., & Cabrita, E. (2014). Epitope mapping of imidazolium cations in ionic liquid–protein interactions unveils the balance between hydrophobicity and electrostatics towards protein
destabilisation. Phys. Chem. Chem. Phys., 16(42), 23394-23403. doi: 10.1039/c4cp03534h 28
 Espectroscopía Dieléctrica

Novocontrol.de. 2020. Dielectric And Impedance Spectroscopy - Materials. [online] Available at: <https://www.novocontrol.de/php/intro_mat_spectr.php> [Accessed 14
29
May 2020].
 Efecto de desnaturalizantes y estabilizantes:
¿Cómo se comporta la solución?
Agua – Osm1. 2M

Agua – Osm1. 5M

Agua – Osm2. 2M

Agua – Osm2. 2M

Wolf, M., Gulich, R., Lunkenheimer, P. and Loidl, A., 2012. Relaxation dynamics of a protein solution investigated by dielectric spectroscopy. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics, 1824(5), pp.723-730.
Hayashi, Y., Katsumoto, Y., Oshige, I., Omori, S., & Yasuda, A. (2007). Comparative Study of Urea and Betaine Solutions by Dielectric Spectroscopy: Liquid Structures of a Protein Denaturant and 30
Stabilizer. The Journal Of Physical Chemistry B, 111(40), 11858-11863. doi: 10.1021/jp073238j
Muchas gracias…¿preguntas?

31