SHOTGUN METAGENOMIC

ANALYSIS OF MICROBIAL
COMMUNITIES FROM THE
LOXAHATCHEE NATURE
PRESERVE IN THE FLORIDA
EVERGLADES
BIOINFORMATICA, DOCENTE. IVAN DARIO OCAMPO IBAÑEZ
 ESTUDIANTES
⮚ Luis Alexander Baloco Sanchez
⮚ Naria Daniela Claro Arcos
⮚ Daniela Guerrero Rivera
⮚ Angela Valentina Rivera Quiñones
⮚ Anny Marcela Sánchez Guerra
⮚ Emerson Yesid Zamora Adrada
ARTÍCULO
 RESUMEN

Durante esta sección nos introducen que se desconoce la

diversidad taxonómica.
Composición de los
componentes:
• Carbono orgánico
• Nitrógeno
• La acción del agua
en la zona

RESUMEN
 RESUMEN

Los humedales de Everglades en el refugio nacional de vida

silvestre situado en Florida.
 RESUMEN

Para ello se realiza un estudio de técnicas metagenómicas llamado

“metagenómica de escopeta”.
RESUMEN
 RESUMEN

Actinobacter Acidobacter Proteobacteria

En algunos filos en relación con arqueas siendo Euryarchaeotas para todos los
sitios los más predominantes.
 RESUMEN
Marcadores biogeoquímicos:

McrA

NifH

DrsB
RESUMEN
 INTRODUCCIÓ
N
Los humedales son aquellas extensiones de agua
presentes en diversos ecosistemas.
INTRODUCCIÓN
INTRODUCCIÓN
INTRODUCCIÓN
 INTRODUCCIÓN

Los microorganismos reductores de sulfato

Genes participantes en la fijación de

nitrógeno en suelo con exceso de fósforo
 INTRODUCCIÓN
La escorrentía es la circulación del agua sobre una superficie que no posee más
capacidad de absorción y evaporación
INTRODUCCIÓN
INTRODUCCIÓN

GENES  
• Producción de
metano .
• Fijación de
nitrógeno.
• Reducción de
azufre.
 INTRODUCCIÓN
Encontrar genes marcados que se relacionen con el
desbalance de nitrógeno y fósforo
MATERIALES Y
MÉTODOS
RECOLECCIÓN DE LA MUESTRA
EXTRACCIÓN Y SECUENCIÓN DEL
ADN
EXTRACCIÓN Y SECUENCIÓN DEL
ADN
ANÁLISIS DEL SUELO

Thermo cofio IV

Thermo scientific Delta V advantage

ANÁLISIS DEL SUELO

DENSIDAD
ANÁLISIS ESTADÍSTICOS UTILIZADOS

El número de copias de genes estimadas para cada gen involucrado en el estudio dividido por el
número total de genes por metagenoma.
 ANÁLISIS ESTADÍSTICOS UTILIZADOS

Se realizo la abundancia relativa de cada gen comparado con el contenido de agua, el nitrógeno y
el carbono
DISTRIBUCIÓN FILOGENÉTICA Y FUNCIONAL DE
LOS GENES

Análisis de diversidad alfa y beta

RESULTADOS
Mapa de las ubicaciones de los sitios de
muestreo a lo largo del sendero en el
Refugio Nacional de Vida Silvestre de
Loxahatchee.
RESULTADOS
Tubería de PVC con configuración “X”
utilizada durante la toma de muestras.
RESULTADOS
Método de envasado y almacenamiento de
muestras durante la recogida.
RESULTADOS
Condiciones ambientales presentes en
el Sitio 1.
 RESULTADOS

Se generaron aproximadamente 7,1 × 10^9 lecturas filtradas, con una media de 4,2 × 10^8 lecturas por
muestra.
RESULTADOS
 RESULTADOS

• Se encontró alto contenido de agua en

los cuatros sitios

• El sitio 1 tuvo el contenido de agua

más alto y el suelo más desarrollado
(94,85%).

• El sitio 2 tuvo el contenido de agua

más bajo (74,67%)
 RESULTADOS
Recuentos de genes normalizados de biomarcadores para la metanogénesis (mcrABG), fijación de nitrógeno
(nifDHEK) y reducción disimilatoria de sulfato (dsrAB).

Fueron examinados a través de las 17 muestras.

 RESULTADOS
Las muestras del Sitio 1 mostraron la mayor abundancia de los marcadores, seguidas de los
Sitios 3 y 4.
RESULTADOS

Metanogénesis:
• Methanoregula
• Methanocella
• Methanobacterium
 RESULTADOS

Fijación de nitrógeno
• Deltaproteobacteria
• Nitrospira
• Methanotrix
 RESULTADOS

Correlación de Pearson
• nifH y DrsB con Nitrógeno, carbono y agua.
 RESULTADOS

Este análisis mostró una correlación significativa de Proteobacteria

con el porcentaje de nitrógeno en el suelo y sin correlación
significativa con el porcentaje de carbono.
 RESULTADOS

Se encontró una correlación significativa de Actinobacteria con el

porcentaje de nitrógeno y carbono.
 RESULTADOS

Las acidobacterias no tenían una correlación significativa con el

contenido de nitrógeno o carbono en el suelo. 
 DISCUSIÓN
McrA

Agua: +0,7966
Nitrógeno: + 0,6496
Carbono: - 0,5363
 DISCUSIÓN

NifH

Agua: + 0,08204
Nitrógeno: + 0,7418
Carbono: - 0,5057
 DISCUSIÓN

dsrB

Agua: + 0,8967
Nitrógeno: + 0,7547
Carbono: - 0,646
DISCUSIÓN

40,55% Sitio 1 Y 4
Proteobacterias

Sitio 3

Sitio 2
Actinobacteria
DISCUSIÓN
 DISCUSIÓN

Lox_Sample_1.2 Control de ADN

Lox_Sample_1.4
Lox_Sample_1.3
DISCUSIÓN

Total de genes en los MO no

cuantifica cuántos se expresa
 DISCUSIÓN

• Análisis de pH • Métodos de análisis

microbiano
CONCLUSIONES
Los taxones de los sitios dentro del
Refugio eran a menudo diversos.
CONCLUSIONES
CONCLUSIONES
CONCLUSIONES
GRACIAS!