domingo, 7 de abril de 2024

Aminoácidos y proteínas

Aminoácidos
¿Qué son?
- Eslabones que se unen en cadena para formar una proteína
- Las proteínas son los polímeros de los aminoácidos
- Célula = 70% agua y 15-20% proteínas
- Sólo 20 aminoácidos son utilizados para formar proteínas
Estructura
- Carbono central (carbono alfa)
- Grupo carboxilo (enlazado al carbono alfa)
- Grupo amino (enlazado al carbono alfa)
- Grupo R (enlazado al carbono alfa): Varía en estructura, tamaño y carga
eléctrica según el aminoácido, dando distintas propiedades químicas a cada
uno
- Los aminoácidos tienen una estructura tetrahedral
Quiralidad
- Ópticamente activas
- Moléculas quiérales porque el carbono alfa tiene cuatro sustituyentes
- La glicina no es quiral
Estereoisómeros
- Ópticamente activas

1
 - Isómeros ( misma fórmula molecular, propiedades químicas distintas),
también tienen dos formas: L y D
- Enantiómeros (imágenes de espejo que no pueden ser superpuestas)

Clasi cación

- No polares: (Glicina, Alinanina, Valina, Leucina, Isoleucina, Metionina, Prolina,

Fenilalanina, Triptofano)
- Polares y sin carga
• Serina (cadena polar: alcohol)
• Treonina (cadena polar: alcohol)
• Asparagina (cadena polar: amida)
• Glutamina (cadena polar: amida)
• Tirosina (cadena polar: fenol)
• Cisteína (cadena polar: tiol)
- Aminoácidos polares y con carga (Lisina, Arginina, Histidina, Ácido
aspartático, Ácido glutámico)
• Base: compuesto que puede aceptar un ion de H+
• Ácido: compuesto que pueda donar un ion de H+

Positivos y negativos
- Zwitterion: aminoácido con ambas cargas (carga neta 0)
• Muchas condiciones siológicas con aa aislados y en otras ocasiones puros
están en forma de zwitterión

Propiedades ácido - base

- Gpo amino y carboxilo pueden ser provocados y desprotonados al igual que
algunos grupos R
- Protonado = pH bajo, gpo amino carga +, gpo carboxilo carga 0

2
fi
fi
- Desprotonado = pH altos, gpo amino casba 0, gpo carboxilo 1 carga
- Gpos R: Lys, Arg e Hi
- Punto isoeléctrico: promedio de ambos pKa donde la carga neta es 0 (ion
dipolar o zwitterión)
- Comportamiento iónico: gpos carbonilos y amino se ionizan fácil, por ende
pueden actuar como base o ácido
- pH - al punto isoeléctrico + de la mitad de las moléculas están protonadas
- pH + al punto isoeléctrico + de la mitad de las moléculas están
desprotonadas
- Curva de titulación: representación grá ca de la variación del pH de una
solución por la adición de equivalentes de ácido o de base

• Medidas de pK en gpos ionizarles

• Determinar punto isoeléctrico
• Formas ionizadles del aa en cada rango de pH
• Carga eléctrica de aa en cada rango pH
• Solubilidad relativa del aa en cada rango pH
- Propiedades espectroscópicas de los aa: UV, IR, RMN
- Enlace peptídico

Polímeros y su clasi cación

- Dipéptidos, tripéptidos, Oligopéptidos (hasta 40 aa), Plipéptidos (hasta 1000

aa)

Funciones

- Componentes de la membrana: lípidos, proteínas, glicolípidos y

glicoproteínas

3
fi
fi
 - Señalización y respuesta: requiere proteínas especí cas, transporta
moléculas a favor de gradiente, no necesita ATP
- Transporte de vesículas por dineínas y cisteinas
- Relación estructura función : orden secuencial, número, identidad química del
aminoácido
- Otras funciones
• GABA: neurotransmisor
• Histidina: reacciones alérgicas
• Tyrosina: hormona tiroidea que contiene yodo

Reacciones, derivaciones y procesos

- Reacción con Nihidrina: aa reaccionan con nihidrina formando compuestos

púrpuras
- Derivatización con o-ftalaldehído (la derivatización es modi car a la molécula
para hacerla visible)
- Derivatización con FMOC
- Identi cación y cuanti cación por HPLC-DAD-UV
- Cuanti cación por HPLC
- Separación por cromatografía
- Obtención de proteína
• SDS-PAGE (desnaturalización de proteina)
• Secuencia protéica (se debe determinar la secuencia de aminoácidos)
• Niveles de organización
1. Estructura primaria: cadena de aminoácidos
2. Estructura secundaria: alfa hélice y beta plegada (forma tridimensional)
3. Estructura terciaria: polímero formado (forma tridimensional)

4
fi
fi
fi
fi
fi
 4. Estructura cuaternaria: dos subunidades de polímeros (forma tridimensional)
• Reacción del cloruro de dansilo con grupos amino primarios (separar e
identi car las subunidades)
• Romper enlaces S-S (enlaces bisulfuro entre los residuos de cls se deben
escindir para separar cadenas polipeptídicas
• Polipéptidos de 40 a 100 aa: no pueden ser secuenciados directamente
- Secuenciación de aminoácidos (se realiza con la degradación de Edman con
el reactivo de (PITC), reacciona con el gpu N-terminal en condiciones alcalina
• Se realiza una segunda ronda de escisión de proteínas con un reactivo de
diferente especi cad
• Paso nal de 1 análisis de secuencia de aminoácidos es determinar las
posiciones de en las disulfuro
• *albumina*: proteína transportadora de vitaminas liposolubles, sales biliares,
ác. Grasos, hormonas, medicamentos

5
fi
fi
fi
Proteínas
Organización
- Las proteínas no tienen estructuras uniformes y regulares
- Niveles de organización: Primario (secuencie de aminoácidos), Secundaria
(alfa hélice y beta plegada, forma tridimensional), Terciaria (estructura
tridimensional de una subunidad), Cuaternaria (estructuratridimensional con
una o más sub unidades)

Estructura primaria
- Proteínas se sintetizan in vivo mediante polimerización por etapas de aa en el
orden especi co por la secuencia de nucleótidos de un gen
- Traducción: proceso en el cual ARNt, ribosomas y enzimas leen un ARNm y lo
traducen a proteína
- Código genético: alfabeto de 4 letras que combi Adas dan origen a 64
palabras conocidos como codones (codones = 3 bases nucleótidas
consecutivas, base de aa, séales de inicio y de parada)
• Ribosomas: organeros compuestos de 2 subunidades, contienen proteína y
ARNr
I. P (peptídilo): ARNt sostiene la cadena polipepttídica creciente
II. A (aminoacil): ARNt se une y entrega en siguiente aa en la
secuencia
III. E (exit): los ARNt que cedieron aa a la cadena polipeptídica en
crecimiento salen del ribosoma
• Iniciación: proceso en la traducción de bacterias implica un ribosoma, un
ARNm, un iniciador ARNt unida a el formol metionina (fmet)
• Elongación: En cada repetición del proceso de elongación se agrega un
aminoácido a la cadena polipeptídica en crecimiento

6
fi
• Terminación: una señal de parada naliza la síntesis de polipéptidos debido a
que no existen molécula de ARNt con un anticodón complementario a un
codon de parada
- Chaperonas moleculares: proteinas especializadas asociadas a los ribosomas
que apoyan el plegado de la cadena polipeptídica recién sintetizada en su
forma activa tridimensional, se puede secuenciar en ADN para obtener
información de las proteínas, diferencias (incersiones y deleciones)
- * DNA -> RNAm -> Proteína*
- Secuencias conservadoras: segmentos de 40-200 residuos llamados
dominios
• Dominios de proteínas se agrupan en 1000 a 1400 familias diferentes, la mitas
en 200 familias
• Dominios cuyas secuencias son idénticas en + de un 40% tienen la misma
función

- Familias de proteínas: surgen por la duplicación de genes

• Proteínas cinasas
• Inmunoglobulinas: mioglobina (facilita la difusión de O2 a través de tejido
muscular) hemoglobina (transporta O2 desde los pulmones a los tejidos)
• Receptores acoplados a proteinas G
• Proteínas homólogas, misma función en diferentes especies

- Interacciones:
• Van der Waals: entre dipolos
a. Fuerzas de Keesom: polares-polares, dipolos permanentes, más
frecuente
b. Fuerzas de Debye: polares-no polares, entre dipolos instantáneos o
inducidos, menos frecuente

7
fi
• Fuerzas de dispersión de London: dipolos instantáneos o inducidos, no polar-
no polar
• Puentes de hidrógeno

Estructura secundaria

- Disposición espacial local de los átomos de la columna vertebral de un

polipéptido sin tener en cuenta las conformaciones de sus cadenas laterales
• Gpo peptídico: El caracter plano del gpu peptídio limita la exibilidad
conformaciones de la cadena polipeptídica
• La conformación de la columna vertebral puede describirse mediante los
ángulos torsión
• Alfa hélice y b plegada permiten que lacadena polipeptídica adopte ángulos
favorables, formando puentes de hidrógeno

• Ángulos phi ( ) y psi (⍦): ambos de 180º cuando la cadena está extendida,
gira en el sentido de as agujas del reloj visto desde carbono alfa
• Efecto estérico: efecto descrito en la química orgánicacausado por las
interacciones espaciales de grupos funcionales.
- Elemento de la estructura secundaria:
• Estructuras secundarias regulares: alga hélice o lámina b, compuestas por
secuencias de residuos con valores repetidos de phi y psi
• Estructura alfa hélice
I. Composición helicoidal dextrógiro
II. Puentes de hidrógeno entre C=O y N-H
III. Núcleo de hélice apretado (Van del waals)
IV. R de aa se proyecta hacia fuera y hacia abajo desde la hélice
V. Alfa hélice diestra
• Lamina B

8
fl
 I. Puentes de hidrógeno

II. Lámina b antiparalela, cadenas polipeptídicas en direcciones

opuestas

III. Lámina b paralela, cadenas en misma dirección

IV. Contienen de 2 a 22 cadenas de polipéptidos
V. R se extiende a lados opuestos de la hoja
- Plegado y fuerzas intramoleculares: residuos hidrofóbicos de una proteína se
agrupan en el interior sin contacto con el agua, sus cadenas laterales
hidro lias tienden a ocupar la super cie de la proteína
- Características individuales de una proteína
• Dependen mas de su secuencia de aa que de la composición de aa (ejemplo
con palabras en ingles: Kitchen/cocina y Thicken/espesar
• Dirección de giro: Hélice alfa puede enroscarse derecha izquierda, casi
siempre derecha
• Residuos de aac: cadenas laterales de aa en una hélice apuntan desde el
cilindro hacia afuera
• ASAS: contienen residuos hidro licios que forman puentes de hidrógeno con
moléculas de agua
• Giros: Inversos o beta, conectan hebras B, cambio en la dirección de una
cadena polipeptídica

Estructura super secundaria

- Combinaciones de hélices alfa, hebras beta y giros

b. Hélice-asa-hélice
c. Hélice enrollada
d. Triple hélice
e. Unidad beta-alfa-beta

9
fi
fi
fi
f. Horquilla
g. B-meandro
h. Clave griega
i. Sandwich-b
j. Barril-B

Estructura terciaria

- Se debe al plegamiento de un polipéptido para formar una estructura

tridimensional empacada
- Los residuos de aa alejados en estructura primaria se acercan entre si y
permiten interacciones entre sus cadenas laterales
- Describe la cadena polipeptídica plegada y compactada
- Se estabilizan por las interacciones de cadenas laterales de aac en regiones
no vecinas
- Acerca partes lejanas de las estructuras primarias y terciarias
- Dominios: unidades compactas y plegadas en forma independiente,
combinaciones de motivos, 30-300 de aac
• Dominios: alfa, beta, alfa/beta, alfa+beta
I. Estructuras formadas entre 2 dominios
II. Grietas
III. Hendiduras
IV. Bolsas
V. Unirse a pequeñas moléculas
VI. Catalizar una reacción

10
 - Clasi cación de proteínas: se agruopan en familias según semejanzas en
estructura de dominio y secuencia de aa, todos los miembros de una familia
vienen de una proteína en común
- Proteínas homólogas: diferentes proteínas o genes que han descendido de un
ancestro en común
- Fuerzas no covalentes: débiles individualmente, estables colectivamente, dan
elasticidad y exibilidad a las proteínas para que sufran cambios:
hidrofóbicidad, puentes de hidrógeno, van Der waals, enlace iónico
• Efecto hidrofóbico: efecto de cooperatividad del plegamiento, la proteína se
colapsa y compacta, el doblamiento es rápido
- Fuerzas covalentes: puente disulfuro

Estructura cuaternarias

- Nivel adicional de organización, ordenamiento de muchas subunidades

donde cada una es una cadena polipeptídica aparte
- Oligómeros: proteína de multisubunidaes, el ordenamiento de subunidades
produce una estructura estable y pueden ser idénticas o diferentes en cuanto
a función
- Identi cación de subunidades:
• Método taquigrá co,
• Letras griegas: tipo de sub unidad
• Subíndice numérico: número de subunidades
- Unión de sub unidades
• Interacciones débiles no covalentes (hidrofobicidad, fuerzas electrostáticas)
• Oligómelos son más estables que subunidades disociadas
• Los sitios activos de algunas enzimas oligoméricas se forman con residuos de
cadenas de polipéptido

11
fi
fi
fl
fi
 - Simetría rotacional: las subunidades de estas proteínas s disponen a lo largo
de los ejes de rotación para formar las estructuras cerradas
• Simetría cíclica: un único tipo de rotación al rededor de un único eje
• Simetría diédrica: implica dos ejes de rotación dispuestos en un ángulo recto
- Simetria helicoidal, tetrahédrica, octaédrica y la icosaédrica
- Mal plegamiento de las proteínas
• priones
• Agente infeccioso (enfermedades neurodegenerativas)
• Capaz de formar agregados moleculares aberrantes
• Alteración en estructura secundaria teniendo un mal plegamiento en la
estructura terciaria
- Desnaturalización protéica: cambios en ambiente o tratamientos químicos
que alteran la conformación nativa de una proteína
- Desnaturalización por calentamiento: temperatura en el punto medio de
transición entre formas nativas y desnaturalizadas
- Agentes caotrópicos: incrementa solubilidad de sustancias apolares, destruye
interacciones hidrofóbicas, permite solvatación de grupos no polares en su
interior
- Detergentes: las colas hidrofóbicas desnaturalizan las proteínas
- Técnicas de puri cación de proteínas: se determinan probando técnicas
diferentes hasta desarrollar un procedimiento reproducible de la proteína
puri cada

• Muestra proteica
• Aislamiento de proteínas de la célula: homogeneización, centrifugación
• Fraccionamiento: aprovecha las distintas solubilidades de las proteínas en
soluciones salinas

12
fi
fi
13