1 Aminoácidos

los aminoácidos forman proteínas: Hay 20 aminoácidos formadores de proteínas.

 Son anfóteros – sustancias que pueden

ceder protones o pueden aceptar
protones. (ác o base)

 Mínimo, todos tienen 1 C asimétrico –

actividad óptica  presentará
estereoisomería.

 El C, será el C alfa.

Ej de aminoácido: lisina y alanina

Cuando el grupo amino está a la izq --- L-amimoácido

Cuando está a la derecha – D-aminoácido

 Los aminoácidos encontrados en la naturaleza, serán L-aminoácidos

CLASIFICACIÓN

Clasificamos a los aminoácidos en función de la naturaleza de su cadena:

 Aminoácidos apolares = alifáticos  en su cadena lateral tienen una cadena

Carbonada, pero no tienen grupos funcionales

 Aminoácidos polares sin carga a pH fisiológico Cisteína con puentes disulfuro

 Polares con carga negativa  a pH fisiológico (7) cede protón.

 Polares con carga positiva a pH fisiológico

 Aminoácidos aromáticos  en su cadena lateral tienen grupos aromáticos 

estructuras cíclicas con dobles enlaces alternos (con pares de e- sin compartir)
 Son capaces de absorber luz ultravioleta a una determinada longitud de onda.

Mediante la espectrofotometría podemos conocer la absorbancia (cantidad de luz

absorbida) (0-1).

Los aminoácidos aromáticos tienen un pico de absorbancia a 280 nm.

o Derivatización – transformar la muestra en algo que se pueda medir.

2.Aminoácidos modificados

Aquel que es fruto de una modificación postraduccional, se dan sobre las cadenas principales
de los aminoácidos. Funciones:

- Garantizar que la proteína adquiera su estructura 3º.

- Etiquetación de manera adecuada para poder llegar a su destino.

3 FUNCIONES de los aminoácidos

 Intermediarios metabólicos –
  actúan como mensajeros químicos – los aminoácidos se transforman - ej: en
neurotransmisores.

 precursores de moléculas complejas con N en su estructura. EJ: a partir de estos ,se

sintetizan las bases nitrogenadas (purinas…)

4 PROPIEDADES ÁC-BASE

Cuando nos encontramos un aminoácido en solución acuosa y se encuentra en forma dipolar

(el grupo carboxílico ha cedido un protón y el grupo amino esta protonado) decimos que se
encuentra en su forma Zwitteriónica 

FT PROBLEMA:
 Fórmula de Henderson-Hanserbulh

Ej: glicina – diprótico  curva de titulación:

El punto isoeléctrico – pH al cual la carga neta del

aminoácido = 0.  en este caso, seria la media de los 2 pka
 5’97

Regiones tamponadoras – cuadros rosas.

PROBLEMA

¿punto isoeléctrico de una disolución acuosa del glutamato?

pKa 1 (-COOH) = 2’19

pKa 2 (R) = 4’25

pKa (-NH3+) = 9’67

ESTAMOS PARTIENDO DE LA UNA

SOLUCIÓN MUY ÁCIDA Y LE
añadimos OH, por lo que el 1º en
ceder protones, será el pka más
pequeño el primero y así
sucesivamente…

SOLUCIÓN

(2’19 + 4’25) /2 = 3’22

¿punto isoeléctrico de la histidina?

(9’17 + 6 )/2 = 7’59

5. Péptidos = cadenas de aminoácidos

 Oligopéptido -- < 20
 Polipéptido – 20-50
 Proteínas > 50

UNIÓN DE AMINOÁCIDOS

Mediante un enlace entre el grupo amino de un aminoácido + el grupo carboxílico del otro =
amida  enlace peptídico

 Es un enlace más fuerte y corto que un enlace C simple, ya que tiene un carácter
parcial de un doble enlace.

 Estructura con capacidad resonante:

Se produce un
carácter parcial de
doble enlace.
  Forma estructuras coplanares y producen isomerías, el enlace puede tener
conformación cis / trans.

 Forma polímeros, con polaridad= direccionalidad, en un extremo me encontraré un

aminoácido con su grupo carboxílico libre (extremo C-terminal) / en el otro extremo, el
aminoácido tendrá su grupo amino libre (extremo N-terminal).

Para calcular el punto isoeléctrico de un oligopéptido:

El 1º en ceder el protón es el que

tenga el pka más pequeño
6.estructura de las proteínas

LA ESTRUCTURA PRIMARIA - Secuencia de los aminoácidos, dependiendo del orden otorgará

el resto de las estructuras.

Es una estructura lineal, es una sucesión de planos, la cadena girará por los enlaces del C alfa
de cada aminoácido.

DIAGRAMA RAMACHANDRAM

Nos indica la probabilidad de que se

den la combinación de ángulos

A mayor intensidad – mayor

probabilidad de que la combinación
de ángulos de rotación se dé.

SECUDARIA

Según la naturaleza de los aminoácidos se dan esta conformación, es la propia secuencia de

aminoácidos, la que dirige la estructura que adoptará

 Alfa hélice

La cadena polipeptídica gira a derechas entorno a un eje imaginario y su estructura

estabiliza a través de puentes de H intracatenarios, entre el grupo amino y el grupo
carboxílico de otro aminoácido a 3 C de diferencia.
 Para que, de una vuelta, hay entre 3 y 4 residuos (aminoácidos)

 Hoja beta plegada  distintos segmentos se organizan a modo zigzag donde quedan
dispuestos de manera paralela en donde las cadenas laterales de aminoácidos vecinos
se encuentran contrapuestos.

Se estabiliza mediante puentes de H intercatenarios.

Hay 2 disposiciones de una hoja BETA plegada:

o Antiparalela – el carboxilo está enfrentada con el grupo amino.

o Paralela – los grupos carboxílicos están enfrentadas.

Existen segmentos de transición (giros BETA), cambiar la dirección del segmento de la

proteína, están estabilizados por un puente de H y están formados por 4 aminoácidos
 estructura de transición

TERCIARIA – organización en el espacio de las estructuras secundarias

Se estabiliza a través de punetes de H, interacciones electroestáticas, puentes de azufre..

mediante interacciones débiles, las cuales son regulables según el entorno de la proteína.

Ej: mioglobina (con grupo “hemo”)

CUATERNARIA – proteínas formadas por más de una subunidad

Se estabiliza mediante enlaces débiles – ej: hemoglobina.

HEMOGLOBINA
 Proteína tetramérica (4 cadenas polipeptídicas = 2 alfa y 2 beta)
Alfa – con 141 aminoácidos // BETA – con 146 aminoácidos
Cada cadena tiene como grupo prostético un grupo “hemo”, y cada uno de ellos puede
fijar un O, por lo que en total la hemoglobina puede fijar 4 O.

La hemoglobina, cuando pasa por los pulmones, tiene mucha afinidad con el O2, pero
cuando pasa a los tejidos, cede el O2, debido a que disminuye su afinidad.

Cuando una proteína pierde su conformación, se produce la DESNATURALIZACIÓN, perdiendo su

función, esa unidad proteica deja de ser funcional, no se puede RENATURALIZAR

7.CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

1º proteínas simples / conjugadas

 Simple- formada por AMINOÁCIDOS

 Conjugada – por aminoácidos y por una porción NO PROTEICA (grupo prostético)

El grupo prostético puede ser un lípido, derivados de vitaminas, ion metálico…

2º proteínas fibrosas / proteínas regulares  se clasifican según su organización

estructural.

 Fibrosas – confeccionadas con 1 solo tipo estructura secundaria, son insolubles en

agua y su función es estructural. (ej: QUERATINA)

 Globulares – combinación de estructuras secundarias, con forma esférica, y son

solubles en agua, función enzimática y transportadora.

Mioglobina.
 Tienen un grupo prostético, el
grupo “hemo” es responsable
de fijar el O2 -> función:
almacenamiento de O2.

El grupo “HEMO” es un grupo prostético:

 pertenecen al grupo de las protoporfirinas

 poseen estructura plana
 tienen compuestos Orgánicos, con N
 Es el resultado de la condensación de 4 anillos pirrol, unidos mediante enlaces
meteno.

Esa estructura tiene coordinado un ion hierro en estado Ferroso (fe+2) , el Fe, puede
formar 4 enlaces en un mismo plano y 2 perpendiculares al plano.

Uno de los enlaces perpendiculares, lo utiliza para unirse a una histidina de la cadena
polipeptídica de la hemoglobina, y el otro fija el O2.

El grupo “hemo”, cuando no se metaboliza bien, dan lugar a las porfirias.

8. ESTUDIO DE PROTEÍNAS  Conocida su estructura, conocida su función

Para estudiarlas:

1º tenemos que aislar las células, mediante cultivos celulares o mediante toma de muestra
2º rotura de las células, para poder acceder a las proteínas:

 Procedimientos químicos
 Procedimientos mecánicos – mediante un homogeneizador.

3º fraccionamiento celular, separar los orgánulos de la célula, mediante una centrifugación

diferencial.

4º aislar las proteínas que estén ahí del resto de los componentes celulares.

5º precipitación específica de proteínas – SALTING IN/ SALTING OUT  añadiremos una sal,
precipitando así específicamente las proteínas.

6º eliminaremos la sal mediante diálisis  cogemos la mezcla de proteínas, y las introducimos

sen una bolsa de diálisis, con un buffer, con una baja concentración de sales.

Por osmosis, salen de la bolsa al exterior, obligando a las proteínas a re- disolverse.

7º separaremos unas proteínas de otras, mediante:

 Cromatografía en columna  consiste en una columna (tubo de vidrio), relleno de una

sustancia (fase estacionaria responsable de retener unas proteínas), sobre esta
columna, añadiremos la mezcla de proteínas en solución acuosa (fase móvil)

-cromatografía de intercambio iónico – en este caso fase

estacionaria compuesta por perlas de silicagel con carga.

Separa según cargas

o Intercambio catiónico (fase estacionaria con carga -)

o Intercambio aniónico (fase estacionaria con carga +)

- Cromatografía de exclusión molecular = filtración en gel  la fase estacionaria está

compuesta por perlas microperforadas.

Separa según el tamaño

- Cromatografía de afinidad = la fase estacionaria esta rellena de ligandos.

separa según la afinidad de la proteína de unirse a un ligando.

El límite de resolución de una técnica es la capacidad de diferenciar dos cosas como distintas.

En las cromatografías en columnas, cuanta más longitud, más tiempo tardan las proteínas en
caer.

Por lo que el límite de resolución varía según la longitud.

 La cromatografía HPLC – aumenta la resolución, en este caso, la columna es un ovillo

con una fase estacionaria.

Mediante presión, voy pasando la mezcla de proteínas mediante el ovillo.

 Electroforesis – técnica para separar y caracterizar moléculas basada en la diferente

movilidad electroforética de moléculas con carga dentro de un campo eléctrico. Hay 2
tipos:

-horizontal

-vertical –> para proteínas; van migrando por el gel poliacrilamida separándose en
función de su tamaño.

En caso de las proteínas, se utilizan una mezcla de SDS-PAGE  por cada enlace
peptídico, se asocia a un SDS, por lo que la carga neta de las proteínas será negativa.

Se irán separando en función de su tamaño.

Una vez tenemos la proteína, la secuenciamos mediante el método de Salgem, sabremos

cuantos residuos tiene, que tipo es…

Con esta secuencia, ya podemos comparar las proteínas, para investigar, observación…

Una vez aislada también podemos conocer la estructura 3D de las proteínas.

9 INMUNOLOGÍA

Generando anticuerpos específicos ante una proteína. Hay una serie de técnicas, que permiten
cuantificar la presencia de anticuerpos.

ELISA: sándwich =directa / indirecto  son cualitativas y cuantitativas.