Bases de Química para

Bioquímica

Cátedra de Bioquímica y Biología Molecular |BBM|

Facultad de Ciencias Médicas
UNLP
Índice

Objetivo 4
1. Composición química de los organismos 4
2. El átomo de carbono 5
3. El átomo de carbono no está sólo 6
4. Enlaces covalentes e interacciones no covalentes 7
1. Puentes de hidrógeno 10
2. Puentes salinos 10
3. Interacciones hidrofóbicas 11
5. Oxidación y reducción en química orgánica 12
6. Grupos funcionales 14
1.- Hidroxilo 14
2.- Carbonilo 15
3.- Carboxilo 16
4.- Amino 17
5.- Sulfhidrilo 18
6.- Fosfato 18
7. Reacciones frecuentes en las vías metabólicas 19
1.- Reacciones de alcoholes 19
1.1 Deshidratación de alcoholes 19
1.2 Oxidación de alcoholes 20
2.- Derivados de ácidos 21
2.1.- Anhídridos de ácidos 21
2.1.1 Anhídrido de ácido fosfórico 21
2.1.2 Anhídrido mixto 22
2.2.- Ésteres 22
2.2.1- Conversión de ácido carboxílico en éster 23
2.2.2 Conversión de ácido carboxílico en tioéster 23
2.3. Fosfoéster 23
2.4. Conversión de ácidos carboxílicos en amidas 25
8. Equilibrio químico 25
9. Ácidos, bases y escala de pH 27
2
10. Sillares estructurales de las biomoléculas complejas 28
1. Monosacáridos 29
2. Ácidos grasos 33
3. Aminoácidos 35
4. Nucleótidos 35
Bibliografía 38
Ejercicios 39
Anexo I 46
Anexo II 49

3
Bases de Química para Bioquímica | BBM | 2024

Objetivo
Esta guía (y el TP correspondiente) fue compilada para revisar conceptos vistos en
instancias anteriores de la carrera. Estos contenidos son necesarios para abordar la
asignatura Bioquímica y Biología Molecular (BBM). En caso de necesitar repasar estos
temas con mayor profundidad, los referimos al módulo “Biología y Química” del “Aula
Virtual de Material complementario para el Ingreso a Medicina…” (Ver acceso en el
Anexo I), así como a las materias de primer año “Ciencias Exactas” y “Biología”. La
bibliografía citada está disponible en la cátedra para quien lo requiera.

1. Composición química de los organismos

Los fundamentos de la química orgánica datan de mediados de 1700, cuando

evolucionó del arte de la alquimia hasta convertirse en una ciencia moderna. Para muchos
químicos de aquella época, la única explicación en la diferencia del comportamiento entre
los compuestos orgánicos e inorgánicos era que los orgánicos debían contener una "fuerza
vital" peculiar como resultado de su origen de fuentes vivas. A mediados de 1800, el peso
de la evidencia empírica era a todas luces contrario a la teoría vitalista y dejó claro que no
existía una diferencia fundamental entre los compuestos orgánicos y los inorgánicos. Los
mismos principios fundamentales explican el comportamiento de todas las sustancias, sin
importar su origen o complejidad. Los elementos que componen los organismos son los
mismos que componen la corteza terrestre, sin embargo difieren en su abundancia
relativa. Así, el carbono, hidrógeno, oxígeno y nitrógeno (CHON) constituyen más del 99%
de los átomos en el cuerpo humano, mientras que el carbono, hidrógeno y nitrógeno,
constituyen menos del 0.25% cada uno en la corteza terrestre.

4
 La única característica distinguible de las sustancias químicas orgánicas es que
todas contienen el elemento carbono. La rama de la química que estudia los compuestos
del carbono es la química orgánica. Pero ¿por qué es especial el carbono?

2. El átomo de carbono

El carbono (C) es incomparable con otros elementos químicos en cuanto a su

capacidad para formar moléculas grandes y complejas. Las proteínas, el ADN, los hidratos
de carbono y otras moléculas de la materia viva están compuestas de átomos de carbono
unidos entre sí y a átomos de otros elementos.

Las características químicas de un átomo se encuentran en la configuración de sus

electrones. La configuración electrónica determina los tipos y números de enlaces que un
átomo formará con otros átomos. El carbono tiene un número atómico (Z) igual a 6. Esto
significa que tiene 6 protones en su núcleo y 6 electrones en sus capas electrónicas: 2 en la
primera órbita electrónica y 4 en la segunda (ver fig. abajo).

Según lo que establece la teoría química de la regla del octeto, los átomos de los
elementos químicos se combinan para formar moléculas estables cuando cada átomo
tiene 8 electrones (e-) en su último nivel de energía. Existen excepciones a esta regla. Por
ej. el hidrógeno (ver más abajo), tiene un solo orbital en su capa de valencia la cual puede
aceptar como máximo 2 electrones.

5
 El carbono, al tener 4 electrones de valencia en una órbita que en la que pueden
ubicarse 8, generalmente comparte sus 4 electrones con otros átomos en enlaces
covalentes, de forma que haya 8 electrones presentes. Así, el átomo de carbono actúa
como punto de intersección a partir del cual una molécula puede ramificarse en hasta 4
direcciónes.

Esta tetravalencia es uno de los aspectos de la versatilidad del carbono que hace
posible que haya moléculas grandes y complejas.
Los cuatro orbitales híbridos que forma el carbono con los electrones de otros
átomos se disponen en ángulos que los sitúan en las esquinas de un tetraedro imaginario
(ver abajo, modelo de esferas y varillas del metano). Cuando dos o más átomos de
carbono se unen entre sí, su estructura se corresponde con tetraedros solapados en sus
ápices, como por ejemplo en el etano (ver abajo). Pero cuando dos carbonos se unen por
un doble enlace, todos los enlaces alrededor de ese carbono se encuentran en el mismo
plano. Por ejemplo, en el eteno (ver abajo).
Formas de tres moléculas orgánicas simples:

3. El átomo de carbono no está sólo

La mayoría de las moléculas orgánicas contienen también hidrógeno (H), además
de carbono. El oxígeno (O), el nitrógeno (N), el azufre (S) y el fósforo (P) son otros

6
elementos comunes de estos compuestos, pero el C es el responsable de la gran
diversidad de las moléculas biológicas.

4. Enlaces covalentes e interacciones no covalentes

La electronegatividad es la capacidad de un átomo de atraer hacia sí los electrones
de un enlace químico. Átomos no metálicos con electronegatividades relativas altas y
similares pueden compartir electrones entre sí mediante enlaces covalentes
(https://www.youtube.com/watch?v=SD-PaviesH0). Estos electrones compartidos pueden
representarse mediante puntos o rayas.

El número de enlaces covalentes que forma un átomo no metálico depende de

cuántos electrones de valencia adicionales necesita para alcanzar la configuración del gas
noble más cercano, especialmente los del segundo período de la tabla periódica.

7
 Los electrones (e-) de valencia que no se utilizan para formar el enlace se conocen
como par de electrones no enlazado, o e- de no enlace; por ejemplo, el átomo de
nitrógeno del amoníaco (ver abajo) comparte seis e- de valencia en tres enlaces covalentes
y le restan dos e- de valencia en un par de e- no enlazado. (Los electrones de no enlace
con frecuencia se omiten cuando se representan las estructuras de enlace-línea, pero
deben tenerse en cuenta, dado que con frecuencia son cruciales en las reacciones
químicas).

Los enlaces covalentes pueden ser no polares (si los átomos que participan en el
enlace no presentan diferencias importantes en su electronegatividad) o polares (si
presentan una diferencia en la misma). En el primer caso, los e- son atraídos de manera
similar por ambos átomos. En el segundo, los e- compartidos son atraídos más
fuertemente por uno de los átomos que participa en el enlace, lo que lleva a una
distribución asimétrica de los mismos. Así, el átomo más electronegativo tendrá una carga
parcial negativa, δ - (δ es la letra griega delta) y el átomo menos electronegativo tendrá
una carga parcial positiva, δ +.

8
Como regla general, los enlaces entre átomos cuyas electronegatividades difieren por
menos de 0.5 son covalentes no polares, los enlaces entre átomos cuyas
electronegatividades difieren entre 0.5 a 2 son covalentes polares.
🡺 Los enlaces carbono-hidrógeno ¿Son polares? ¿Y los enlaces carbono-oxígeno?

Los enlaces entre átomos cuyas electronegatividades difieren en más de 2, no son

covalentes sino iónicos. En estos, los electrones no se comparten, sino que un átomo
“cede” y el otro “capta” e- (https://www.youtube.com/watch?v=GD8qT7mUPgo). El átomo
que cede e- (denominado catión) queda así cargado positivamente, ya que tiene más
protones que e-, mientras que el átomo que capta e- (denominado anión) queda cargado
negativamente, por su mayor número de e- que de protones.

Las uniones covalentes permiten la unión de átomos que forman moléculas. Las
interacciones débiles (uniones no covalentes), en cambio, son importantes para
interacciones entre moléculas (o distintas partes de una macromolécula).

Las fuerzas dipolo-dipolo, dipolo-dipolo inducido y las fuerzas de dispersión integran lo

que los químicos denominan fuerzas de van der Waals, que no describiremos en este
apartado (se puede repasar del módulo “Biología y Química” o consultar cualquier libro de
química general). Nos enfocaremos en 3 interacciones muy importantes en el campo de la
bioquímica: puentes de hidrógeno, puentes salinos, e interacciones hidrofóbicas.

9
1.- Puentes de hidrógeno

Quizá la más importante de las interacciones no covalentes entre las moléculas biológicas
es el “puente de hidrógeno”, una interacción atractiva entre un átomo de hidrógeno
enlazado a un átomo de O o de N (muy electronegativos) y un par de e- sin compartir en
otro átomo de O o de N. En esencia, un puente de hidrógeno es una interacción
dipolo-dipolo fuerte que involucra enlaces polarizados O-H y N-H. Utilizando colores para
indicar la distribución de la carga en la molécula del agua y del amoniaco podemos ver
claramente los hidrógenos polarizados positivamente (celestes) y los oxígenos y nitrógenos
polarizados negativamente (rosas).

Las interacciones por puente de hidrógeno tienen enormes consecuencias para los
organismos vivos (por ejemplo, mantienen las enzimas en las formas necesarias para la
catálisis de reacciones biológicas y permiten que las cadenas del ADN se apareen).

2.- Puentes salinos

Los puentes salinos, o interacciones iónicas, son el resultado de fuerzas de atracción entre
moléculas con cargas opuestas (atracciones electrostáticas). Las interacciones entre los

10
grupos carboxílicos cargados negativamente y los grupos aminos cargados positivamente
en las cadenas laterales de aminoácidos, por ejemplo, son muy importantes en la
estabilización de la estructura de las proteínas.

3.- Interacciones hidrofóbicas

Los compuestos no polares (como el aceite vegetal) son incapaces de establecer

interacciones energéticamente favorables con el agua e interfieren con la formación de
puentes de hidrógeno entre las moléculas de agua. Estos compuestos fuerzan a las
moléculas de agua a que adopten una disposición ordenada (no favorable) alrededor de
los grupos no polares. El número de moléculas de agua “ordenadas” puede ser minimizado
si las moléculas no polares se agregan entre sí. Las fuerzas que mantienen juntas las
regiones no polares de las moléculas se denominan “interacciones hidrofóbicas” (del
griego hidro, agua y phobos, temor). Estas no resultan de una atracción intrínseca entre
moléculas no polares, sino que es el resultado del aumento de la estabilidad
termodinámica al minimizar el número de aguas ordenadas requeridas para rodear las
porciones hidrofóbicas de las moléculas no polares.
Las moléculas anfipáticas (amphi gr. 'de un lado y otro', 'ambiguo' + path(o)- gr.
'padecimiento', 'sentimiento') tienen regiones polares (o cargadas) y regiones no polares.
Cuando un compuesto anfipático se mezcla con agua, las regiones no polares se agrupan
entre sí y las regiones polares se disponen de manera que interaccionan con el solvente.
El ensamblaje espontáneo de membranas en un ambiente acuoso fue lo que permitió el
origen de la vida. Las interacciones hidrofóbicas son importantes también en la
estructuración de proteínas, la interacción de hormonas sexuales con su receptor y otros
procesos.

11
5. Oxidación y reducción en química orgánica
Las reacciones de óxido - reducción (también conocidas como reacciones REDOX)
son reacciones que siempre ocurren de a pares y que implican la transferencia de
electrones entre un átomo que los “pierde” y un átomo que los “gana”. En química
inorgánica una oxidación se define como la pérdida de uno o más electrones por un
12
átomo, mientras que una reducción se refiere a la ganancia de uno o más electrones. Sin
embargo, estas definiciones no caracterizan adecuadamente a las reacciones de
óxido-reducción de compuestos orgánicos.
En química orgánica, una oxidación se define como la pérdida de densidad
electrónica por el carbono, causada por la formación de un enlace entre el carbono y un
átomo más electronegativo (por lo general O, N o un halógeno -> simbolizado como X), o
por la ruptura del enlace entre el carbono y un átomo menos electronegativo (por lo
general H). De manera inversa, una reducción orgánica resulta en una ganancia de
densidad electrónica por el carbono, causada por la formación de un enlace entre el
carbono y un átomo menos electronegativo o por la ruptura del enlace entre el carbono y
un átomo más electronegativo.
Oxidación Disminuye la densidad electrónica en el carbono por:
- la formación de uno de estos enlaces: C - O, C -No C-X
-
- o por la ruptura de este enlace: C H

Reducción Aumenta la densidad electrónica en el carbono por:

-
- la formación de este enlace: C H

- o por la ruptura de uno de estos enlaces C - O, C - N o C – X

Ejemplo:

Para hacer un seguimiento de los electrones en las reacciones redox, es

conveniente asignar números de oxidación a los carbonos de los reactivos y productos. El
número de oxidación se refiere al número de cargas que tendría un átomo si los electrones
fueran transferidos por completo al átomo más electronegativo de los átomos que forman
una molécula. Por ejemplo, en la molécula de CH4, el átomo de C forma cuatro enlaces
sencillos con los átomos de H. Como el C es más electronegativo que el H, la densidad
electrónica se desplazará desde el H hacia el C. Si la transferencia de carga fuera completa,
cada H donaría un electrón al C, que tendría una carga total de -4, en tanto que cada H

13
tendría una carga de +1. Así, en la molécula de CH4, al C se le asigna un número de
oxidación de -4 y al H un número de oxidación de +1.

Un enlace entre átomos idénticos no contribuye al número de oxidación de esos átomos

porque el par de electrones del enlace está igualmente compartido.

IMPORTANTE! Nótese que los distintos carbonos de una molécula orgánica

pueden tener diferente número de oxidación y que una reacción de
óxido-reducción puede modificar el número de oxidación de uno o más
carbonos. Los dos átomos de C del etanol tienen diferente número de oxidación:
el C1 (rojo) tiene -1, mientras que el C2 (azul) tiene -3 (Figura debajo). ¿Qué número de
oxidación tendrá el átomo de C1 (en rojo) del etanal? ¿Este átomo se redujo o se oxidó en
la reacción mostrada?

6. Grupos funcionales

Además del esqueleto carbonado las moléculas orgánicas están formadas por grupos
funcionales. Un grupo funcional es un conjunto de átomos que tienen un comportamiento
químico característico dentro de una molécula. Químicamente, un grupo funcional dado se
comporta casi de la misma manera en todas las moléculas en las que aparece y además
con frecuencia participan en las reacciones químicas.

Si consideramos a los hidrocarburos como las moléculas orgánicas más simples, los
grupos funcionales podemos verlos como sustituyentes de uno o más hidrógenos unidos a
ese esqueleto de carbono del hidrocarburo (aunque algunos grupos funcionales incluyen
átomos de ese esqueleto carbonado).

Algunos de los grupos funcionales más importantes en la química de la vida y que

es necesario conocer para comprender las características y las transformaciones que

14
pueden ocurrir en una biomolécula y las transformaciones metabólicas en los organismos
son, entre otros, los grupos hidroxilo (u oxhidrilo), carbonilo, carboxilo, amino, sulfhidrilo y
fosfato. Todos estos grupos son hidrofílicos y aumentan la solubilidad de los compuestos
orgánicos en el agua.
A continuación haremos referencia a su estructura, daremos ejemplos y
mencionaremos qué propiedades otorgan estos grupos a los compuestos que los
contienen. La nomenclatura y otros grupos funcionales se describen en el Anexo II.

1.- Hidroxilo

En el grupo hidroxilo (-OH) el átomo de hidrógeno está unido a un átomo de

oxígeno, el cual a su vez está unido al esqueleto de carbono de una molécula orgánica (no
-
se debe confundir este grupo funcional con el ion hidróxido, OH ).

Los compuestos que contienen este grupo funcional se denominan alcoholes, sus
nombres específicos terminan en -ol. Por ejemplo, el etanol, que es el alcohol presente en
las bebidas alcohólicas y cuyo metabolismo estudiaremos en la cursada de Bioquímica y
Biología Molecular.
Los hidroxilos se encuentran en moléculas cuyos metabolismos veremos durante la
cursada como los glúcidos (poli-alcoholes), el colesterol, algunos aminoácidos, como la
serina, entre otras biomoléculas.
El -OH es polar debido a que su átomo de oxígeno electronegativo atrae electrones
hacia sí mismo. Interacciona con el agua mediante puentes de hidrógeno, lo que ayuda a
disolver estos compuestos orgánicos.

15
 2.- Carbonilo

El grupo carbonilo (-CO) se compone de un átomo de carbono unido a un átomo

de oxígeno mediante un doble enlace. En las cetonas el grupo carbonilo está dentro del
esqueleto de carbono y en los aldehídos el grupo carbonilo está en el extremo del
esqueleto de carbono.

Por ejemplo, la Acetona, la cetona más simple, un compuesto de 3 carbonos que

veremos más adelante en el curso.

El propanal, es un aldehído propiónico (prop- es el prefijo para nombrar a las

moléculas de 3 carbonos).

Una cetona y un aldehído pueden ser isómeros estructurales con diferentes

propiedades, como es el caso de estas dos moléculas.

16
 Aldehídos y cetonas también son grupos funcionales que encontramos en los
glúcidos. La glucosa es un aldehído y la fructosa una cetona.

3.- Carboxilo

Cuando un átomo de oxígeno está unido mediante un doble enlace a un átomo de

carbono (-CO) que también está unido a un hidroxilo (-OH), forman un grupo carboxilo
(-COOH). Los compuestos que los contienen se denominan ácidos carboxílicos o ácidos
orgánicos.

Por ejemplo, el ácido acético, que le da al vinagre su gusto agrio, es un ácido

carboxílico de 2 átomos de carbono.

17
 El ácido carboxílico tiene propiedades ácidas porque es capaz de ceder un protón
(ver debajo “Ácidos, bases y escala de pH”). El enlace covalente entre el oxígeno y el
hidrógeno es tan polar que los iones hidrógeno tienden a disociarse de forma reversible;
por ejemplo, el ácido acético y el ion acetato.

En las células se encuentra en su forma iónica (con una carga -1) y se denomina
grupo carboxilato.
Los ácidos carboxílicos son los grupos ácidos de los aminoácidos, de los ácidos
grasos, y suelen reaccionar con alcoholes y aminas para formar enlaces éster o amidas
como se explica más adelante.

4.- Amino

El grupo amino (-NH2) se compone de un átomo de nitrógeno unido a dos átomos

de hidrógeno y al esqueleto de carbono. Los compuestos que los contienen se denominan
aminas.

Los aminoácidos son tanto aminas como ácidos carboxílicos, como puede verse en
la glicina, el aminoácido más simple.

18
 Las aminas pueden actuar como bases, ya que pueden captar un protón de la
solución que las contienen y quedar ionizadas con una carga de +1 en condiciones
celulares.

5.- Sulfhidrilo

El grupo sulfhidrilo (-SH) se compone de un átomo de azufre unido a un átomo de

hidrógeno; en su forma se asemeja a un hidroxilo, donde el oxígeno es reemplazado por
un azufre. Las moléculas que los contienen se denominan tioles.

Entre los tioles biológicos podemos encontrar la coenzima A, la glutatión, o el

aminoácido cisteína. La cisteína es muy importante como formadora de puentes disulfuro
(-S-S-) que estabilizan las estructuras terciaria y cuaternaria de las proteínas.

19
 6.- Fosfato

En un grupo fosfato, un átomo de fósforo está unido a cuatro átomos de oxígeno;

un oxígeno está unido al esqueleto de carbono y dos oxígenos llevan cargas negativas. Los
fosfatos aportan cargas negativas a las moléculas de las que forman parte,
transformándolas en aniones.

El grupo fosfato (-OPO3-2) es una forma ionizada de un grupo de ácido fosfórico

(H3PO4)
Los compuestos que contienen fosfatos se denominan fosfatos orgánicos. Por
ejemplo el glicerol fosfato, es un metabolito de 3 carbonos implicado en la síntesis de
triacilgliceroles, glicerofosfolípidos, etc.

También el AMP, ADP, ATP y los nucleótidos compuestos por otras bases
nitrogenadas están constituidos con fosfatos.

7. Reacciones frecuentes en las vías metabólicas

En este apartado describimos reacciones comunes en las vías metabólicas que les
facilitará estudiar a lo largo del año los cambios químicos que ocurren en las moléculas.

20
1.- Reacciones de alcoholes

1.1 Deshidratación de alcoholes

Una reacción importante en las rutas biológicas, es la deshidratación de alcoholes

para dar alquenos. El sustrato es un alcohol donde el grupo -OH está ubicado a dos
carbonos del grupo carbonilo y usualmente el átomo de H eliminado es el adyacente al
grupo carbonilo. Por lo tanto, los compuestos 3-hidroxi-carbonílicos son con frecuencia
convertidos en compuestos carbonílicos insaturados por reacciones de eliminación. Un
ejemplo típico ocurre durante la biosíntesis de ácidos grasos, que veremos con mayor
detalle durante la cursada:

1.2 Oxidación de alcoholes

Los alcoholes se oxidan para producir compuestos carbonílicos. Lo opuesto ocurre

en la reducción de compuestos carbonílicos para producir alcoholes.
Los alcoholes primarios producen aldehídos o ácidos carboxílicos.
Los alcoholes secundarios producen cetonas
Los alcoholes terciarios por lo general no reaccionan con la mayor parte de
los agentes oxidantes.

21
 Una forma práctica de asignar el estado de oxidación al carbono es contar de los 4
enlaces que puede formar el carbono, cuántos están unidos a oxígeno. Así un alcano, sin
oxígeno, no tiene enlaces unidos al O. Un alcohol tiene su carbono con un enlace unido al
oxígeno; en un carbonilo ocurren 2 enlaces unidos a O; un carboxilato tiene 3; y por último
el carbono más oxidado tiene 4 enlaces unidos a O, formando el CO2

22
 Las oxidaciones biológicas de alcoholes son el opuesto exacto de las reducciones
biológicas de carbonilos y son realizadas por las coenzimas NAD+ y NADP+. Una base
remueve el protón del -OH, y se transfiere un ion hidruro a la coenzima. Un ejemplo es la
oxidación de glicerol 3-fosfato a dihidroxiacetona fosfato (un alcohol se oxida a un
carbonilo), un paso en el metabolismo biológico de las grasas (triacilgliceroles). El -OH que
se oxida es el del carbono 2 (C2).

Las reacciones de alcoholes con aldehídos o cetonas que forman hemiacetales o

hemicetales se tratarán más adelante en sillares estructurales - glúcidos.

2.- Derivados de ácidos

Los derivados de ácido son muy comunes en las biomoléculas. Nos referiremos
aquí a tres de los más comunes en bioquímica: ésteres, amidas y anhídridos de ácido. Los
derivados de los ácidos carboxílicos se encuentran entre las moléculas más difundidas en
las rutas metabólicas biológicas.

2.1.- Anhídridos de ácidos

Los compuestos con anhídridos de ácido, también llamados enlace anhídrido,

suelen ser compuestos "de alta energía" porque el enlace es poco estable y al romperse
(por hidrólisis o transferencia de grupo) libera una cantidad notable de energía, como
veremos más adelante en la cursada cuando estudiemos bioenergética.

23
2.1.1 Anhídrido de ácido fosfórico

El anhídrido de ácido fosfórico (o fosfoanhídrido) se forma cuando reaccionan dos

ácidos fosfóricos liberando una molécula de agua.

Los nucleósidos-difosfato (ADP, GDP, etc) tienen grupos difosfoanhídrido y los

nucleósidos-trifosfato (ATP, GTP, etc) grupo trifosfoanhídrido.

2.1.2 Anhídrido mixto

El anhídrido mixto se produce cuando reacciona un ácido carboxílico con un ácido

fosfórico con la liberación de una molécula de agua.

Por ejemplo, el intermediario glucolítico 1,3 bifosfoglicerato, de 3 átomos de C,

posee un anhídrido mixto y es una molécula “de alta energía”

24
2.2.- Ésteres

2.2.1- Conversión de ácido carboxílico en éster

Los ésteres en los sistemas biológicos se sintetizan por una reacción entre un ácido
carboxílico y un alcohol. El proceso es llamado reacción de esterificación. El efecto neto de
la esterificación es la sustitución de un grupo -OH por -OR'. De manera inversa, este enlace
se rompe por hidrólisis.

2.2.2 Conversión de ácido carboxílico en tioéster

Los tioésteres se forman al reaccionar un tiol (-SH) con un ácido carboxílico.

2.2.3. Fosfoéster y fosfodiéster

El fosfoéster es un enlace de tipo covalente que ocurre mediante una reacción

entre un fosfato (-PO4-3) y un alcohol (-OH).

El enlace fosfodiéster se da mediante la reacción de un fosfato (-PO4-3) con dos

hidroxilos (-OH), es decir el mismo fosfato, forma dos enlaces éster. Por ejemplo, en los

25
ácidos nucleicos los fosfatos se encuentran formando fosfodiésteres con el -OH en el C5´de
una pentosa y el -OH en el C3´de la pentosa consecutiva.

También vamos a encontrar fosfodiéster en nucleótidos cíclicos, como en el AMP cíclico

Y en los fosfolípidos

26
2.3. Conversión de ácidos carboxílicos en amidas

Las amidas son enlaces covalentes que se forman entre un ácido carboxílico
y una amina con liberación de una molécula de agua. De manera inversa, este
enlace se rompe por hidrólisis.

8. Equilibrio químico

Todas las reacciones químicas, ya sea las que ocurren dentro de un tubo de ensayo
en el laboratorio, como las que ocurren en los organismos vivos, siguen las mismas
"reglas". En bioquímica, necesitamos conocer no sólo lo que ocurre, sino también por
qué y cómo las reacciones químicas se llevan a cabo.
Toda reacción química puede efectuarse en la dirección directa o inversa. Los
reactivos pueden formar productos y los productos se pueden revertir y formar
nuevamente los reactivos. El equilibrio es un estado en el que no se observan cambios
a medida que transcurre el tiempo. Por ej. cuando ocurre una reacción química y ha
alcanzado el estado de equilibrio, permanecen constantes las concentraciones de
reactivos y productos. Sin embargo, a nivel molecular sí existen cambios ya que sigue

27
 habiendo conversiones entre las moléculas de reactivos y productos: el equilibrio es
dinámico. Este se alcanza cuando las velocidades de formación de productos y de
reactivos (es decir la velocidad directa e inversa) son iguales.
La posición del equilibrio químico resultante está expresada por una ecuación en la
cual, el valor de la constante de equilibrio, es igual al producto de las concentraciones
de los productos de la reacción, dividido entre las concentraciones de los reactivos de
la reacción multiplicadas entre sí, con cada concentración elevada a la potencia de su
coeficiente estequiométrico en la ecuación química balanceada.
Si consideramos la siguiente reacción reversible entre A y B (reactivos) para generar
C y D (productos)

aA + bB <====> cC + dD

Las concentraciones de los diferentes componentes están relacionadas por la expresión:

𝑐 𝑑
[𝐶] [𝐷]
Keq = 𝑎 𝑏
[𝐴] [𝐵]

Donde Keq es la constante de equilibrio

Las cantidades de C y D no dependen de lo rápido que reaccionen A y B, sino de

cuánto han reaccionado para alcanzar el equilibrio.

No se debe confundir la velocidad con el equilibrio

La velocidad habla de qué tan rápido sucede una reacción y el equilibrio de qué
tanto sucede una reacción.

Velocidad-----> ¿Es rápida o lenta la reacción?

Equilibrio-----> ¿En qué dirección procede la reacción? ¿Se ve favorecida la formación de
productos? ¿Se ve favorecida la formación de reactivos?

El valor de la constante de equilibrio es característico de cada reacción. No todas

las reacciones se ven favorecidas hacia la formación de productos; algunas lo son hacia la
formación de reactivos y otras favorecen tanto los productos como reactivos por igual.
Esto se explica mediante conceptos termodinámicos que veremos en Bioenergética.

28
 Entonces, la constante de equilibrio indica cuál lado de la flecha de la reacción está
favorecido energéticamente.
Si analizamos esta ecuación podemos deducir que:

Si Keq es mucho mayor que 1, entonces el término de la concentración de

los productos [C]c [D]d es mucho mayor que el término de la concentración de los
reactivos [A]a [B]b y la ecuación procede como está escrita de izquierda a derecha.

Si Keq es cercana a 1, se presentan en equilibrio cantidades apreciables tanto

de los reactivos como de los productos.

Y si Keq es mucho menor que 1, la reacción no sucede como está escrita y en

su lugar se desplaza en dirección inversa, de derecha a izquierda.

Por ejemplo, dadas las Keq de dos reacciones: Reacción 1) Keq = 1000. Reacción 2) Keq =
0.001 ¿Cuál reacción estará desplazada hacia la formación de productos? ¿Y cuál hacia la
formación de reactivos? Justifique su respuesta utilizando la expresión de la Keq.

9. Ácidos, bases y escala de pH

Los ácidos y las bases son sustancias químicas que al disociarse en solución acuosa
cambian el pH del medio. Existen varias maneras de definir a los ácidos y las bases. Según
la Teoría de Arrhenius un ácido es una sustancia que al disociarse produce protones (H+) y
una base es una sustancia que al disociarse produce oxhidrilos (OH-).

Ejemplos de ácidos:

Ejemplo de base:

29
Las definiciones de Arrhenius de ácidos y bases son limitadas en el sentido de que sólo se
aplican a disoluciones acuosas. Una definición más amplia de ácidos y bases que no
requiere que estén en disolución acuosa es la propuesta en la teoría de Brønsted, según la
cual un ácido es una sustancia que cede H+ y una base es una sustancia que acepta H+.

Ejemplos:

Con la teoría de Brønsted se puede entender por qué son bases sustancias que no tienen
el grupo OH- en su fórmula química.

Concepto de pH:
Dado que las concentraciones de los iones H+ y OH- en disoluciones acuosas con
frecuencia son números muy pequeños y, por lo tanto, es difícil trabajar con ellos, Søren
Sørensen propuso, en 1909, una medida más práctica denominada pH. El pH de una
disolución se define como el logaritmo negativo de la concentración de H+ (en mol/L):

pH = - Log[H+]
30
Esto permite definir una escala numérica de pH, con valores que van desde el cero (el valor
más ácido) hasta el 14 (el valor más básico) según la cuál si en la solución:
[H+] = [OH-] => pH = 7 => la solución es neutra
[H+] > [OH-] => pH < 7 => la solución es ácida
[H+] < [OH-] => pH > 7 => la solución es básica

● Cuando un ácido se disocia en solución acuosa, el pH de la solución disminuye, ya

que aumenta la concentración de H+
● Cuando una base se disocia en solución acuosa, el pH de la solución aumenta, ya
que disminuye la concentración de H+ (o aumenta la concentración de OH-)

10. Sillares estructurales de las biomoléculas complejas

El metabolismo es el conjunto de reacciones químicas que suceden en cada célula

de un organismo. Estas producen la energía y los “materiales” que las células y los
organismos necesitan para crecer, reproducirse y mantenerse sanos. En un punto central
del metabolismo se encuentran los monosacáridos, los ácidos grasos, los aminoácidos y
los nucleótidos, sillares estructurales que sintetizamos u obtenemos de los alimentos para
generar energía metabólica o moléculas más complejas.

1.- Monosacáridos

Los carbohidratos se encuentran en todos los organismos vivos. El azúcar y el

almidón en los alimentos y la celulosa en la madera, el papel y el algodón son
carbohidratos casi puros. Los carbohidratos modificados forman parte del recubrimiento
que rodea a las células vivas, otros carbohidratos son parte de los ácidos nucleicos que
llevan nuestra información genética y otros se utilizan como medicamentos.
La palabra carbohidrato deriva históricamente del hecho de que la glucosa, el
primer carbohidrato simple que se obtuvo puro, tiene la fórmula molecular C6H12O6 y
originalmente se pensaba que era un "hidrato de carbono, C6(H2O)6".

Este punto de vista se abandonó pronto, pero el nombre persistió. Ahora, el

término carbohidrato se utiliza para referirse a una clase amplia de aldehídos y cetonas
polihidroxilados llamados comúnmente azúcares. La glucosa, también conocida como
dextrosa en la medicina, es el ejemplo más familiar.

31
 Dado el gran número de grupos funcionales polares (hidroxilos y carbonilo), los
carbohidratos son muy solubles en agua. Se clasifican por lo general como simples o
complejos. Los azúcares simples, o monosacáridos, como la glucosa y la fructosa, son
carbohidratos simples, no pueden convertirse en azúcares más pequeños por hidrólisis.
Los carbohidratos complejos están formados por dos o más azúcares simples unidos entre
sí por enlaces glucosídicos (ver debajo).
Los monosacáridos se clasifican adicionalmente como aldosas o cetosas. El sufijo
-osa designa un carbohidrato y los prefijos aldo- y ceto- identifican el tipo de grupo
carbonilo presente en la molécula, ya sea un aldehído o una cetona, respectivamente. El
número de átomos de carbono en el monosacárido se indica por el prefijo numérico
apropiado, tri-, tetr-, pent-, hex-, y así sucesivamente, en el nombre. Al ponerlo en
conjunto, la glucosa es una aldohexosa, un azúcar aldehídico de seis carbonos; la fructosa
es una cetohexosa, un azúcar cetónico de seis carbonos; la ribosa es una aldopentosa, un
azúcar aldehídico de cinco carbonos; y la psedoheptulosa es una cetoheptosa, un azúcar
cetónico de siete carbonos. La mayor parte de los azúcares simples comunes son pentosas
o hexosas.

32
Los aldehídos y las cetonas experimentan una reacción de adición rápida y reversible con
los alcoholes para formar hemiacetales y hemicetales, respectivamente.

Si los grupos aldehído e hidroxilo están en la misma molécula, puede suceder una adición
intramolecular, lo que conduce a la formación de un hemiacetal cíclico. Los hemiacetales
cíclicos de cinco y seis miembros están relativamente libres de tensión y son
particularmente estables y, por tanto, existen muchos carbohidratos en un equilibrio entre
las formas de cadena abierta y las cíclicas. Por ejemplo, la glucosa existe en disolución
acuosa principalmente en la forma de piranosa de seis miembros, que se forma de la
adición intramolecular del grupo -OH en C5 al grupo carbonilo en C1, como se muestra en
la figura:

33
Lo mismo ocurre para las polihidroxicetonas, como la fructosa, formando hemicetales
cíclicos:

A su vez, se puede adicionar otra molécula de alcohol a los hemiacetales (o hemicetales)

para formar acetales (o cetales).

.
Cuando el segundo grupo hidroxilo es parte de otra molécula glucídica, la unión se
denomina enlace glucosídico.

34
-> Se recomienda repasar los carbohidratos estudiados en Biología.

2.- Ácidos grasos

Los lípidos son moléculas orgánicas que se encuentran en la naturaleza, que tienen
una solubilidad limitada en agua y que pueden aislarse de los organismos por extracción
con disolventes orgánicos no polares. Son ejemplos las grasas, los aceites, las ceras, varias
vitaminas y hormonas, y la mayor parte de los componentes no proteínicos de las
membranas celulares. Obsérvese que esta definición difiere de la utilizada para otras
biomoléculas (como los carbohidratos y las proteínas) en que los lípidos se definen por
una propiedad física (solubilidad) más que por su estructura.
Los ácidos grasos de cadena larga (ácidos carboxílicos con una cadena
hidrocarbonada de entre 14 a 36 C) forman parte de numerosos lípidos (aunque no de
todos). Son componentes de lípidos estructurales, como los fosfolípidos, lípidos de
reserva, como los triacilglicéridos, y precursores de moléculas señalizadoras, incluyendo
los eicosanoides, entre otras funciones.
Los ácidos grasos son moléculas anfipáticas, es decir, tienen una región no polar hidrófoba
(la cadena hidrocarbonada) y una región polar hidrófila (el extremo carboxílico) que
interactúa con el agua. Los ácidos grasos de cadena corta son más solubles que los ácidos
grasos de cadena larga porque la región hidrófoba es más corta.
35
Los ácidos grasos pueden ser saturados (si presentan enlaces simples entre todos los
carbonos de la cadena hidrocarbonada), monoinsaturados (si presentan un solo doble
enlace) o poliinsaturados (si presentan más de un doble enlace).
Uno de los ácidos grasos más abundantes es el ácido palmítico,
un ácido graso saturado de 16 carbonos, que se muestra en la
figura de la derecha. Nótese la estructura en líneas,
normalmente utilizada para estos compuestos, en que cada
vértice representa un -CH2 (excepto el último que representa un
CH3) y cada línea el enlace que une dos carbonos.
Los carbonos de los ácidos grasos se numeran desde el C
carboxílico (C-1) hacia el extremo metilo. Al segundo C también
se le denomina carbono alfa (el C alfa es el que está unido al
grupo carboxilo) , al tercero beta y al último omega.
La nomenclatura simplificada para los ácidos grasos consiste en
el número de átomos de carbono seguido por dos puntos y el
número de dobles enlaces; la localización de los mismos se
designa por la letra delta (Δ) seguida por el número del átomo
de carbono donde empieza, contando a partir del extremo
carboxílico. Así, el ácido oleico se designa 18:1 (Δ9); el número
18 nos indica el número de carbonos, el 1 tras los dos puntos, el
número de dobles enlaces y el Δ9 entre paréntesis, que este doble enlace comienza en el
9º carbono (está entre el 9º y el 10º), contando desde el extremo –COOH.
No obstante, se usa otro modo de designación para familias de ácidos grasos insaturados:
la posición que ocupa el último doble enlace se indica con respecto al último carbono de la
cadena (el extremo CH3–), o sea, el carbono ω; de ahí derivan las denominaciones de ω-3,
ω-6, etc.

Los ácidos grasos pueden unirse al alcohol glicerol mediante esterificación para formar
diversos glicerolípidos (como los triacilglicerol y glicerofosfolípidos). En este tipo de
reacciones en las que el ácido graso pierde un -OH, el derivado se denomina acilo.

36
-> Se recomienda repasar los lípidos estudiados en Biología.

3.- Aminoácidos

Se verán las características, clasificación, reacciones y propiedades de los aminoácidos en

un TP (y seminario) específico, por lo que no se desarrollarán en esta guía.

-> Se recomienda repasar lo estudiado sobre aminoácidos en Biología.

37
4.- Nucleótidos

Los nucleótidos son moléculas que contienen una base nitrogenada heterocíclica, un
azúcar de 5 carbonos (aldopentosa) y un fosfato. Sus funciones son numerosas; son
“intermediarios energéticos” en prácticamente todos los aspectos del metabolismo
celular, participan como mensajeros químicos y son los repositorios de la información
genética en los ácidos nucleicos (ARN y ADN).

El componente azúcar en el ARN es la ribosa y el azúcar en el ADN es la 2'-desoxirribosa.

(En la nomenclatura y numeración de nucleótidos, los números con un superíndice prima
se refieren a posiciones en el azúcar y números sin superíndice prima se refieren a
posiciones en la base heterocíclica. Por tanto, el prefijo 2 '-desoxi indica que falta el
oxígeno de la posición C2' de la ribosa.) El ADN contiene cuatro bases nitrogenadas
distintas, dos purinas sustituidas (adenina y guanina) y dos pirimidinas sustituidas (citosina
y timina). La adenina, la guanina y la citosina también se encuentran en el ARN, pero en el
ARN se reemplaza la timina por una base pirimidina más estrechamente relacionada
llamada uracilo.

38
Los nucleótidos están unidos entre sí en el ADN y en el ARN por enlaces fosfodiéster
[RO-(PO2 -)-OR'] entre el fosfato, el grupo 5'-hidroxilo en el nucleósido y el grupo
3'-hidroxilo en otro nucleósido. Un extremo del polímero de ácido nucleico tiene un
39
hidroxilo libre en C3' (el extremo 3') y el otro extremo tiene un fosfato en C5' (el extremo
5').

Los nucleótidos pueden unirse a través de sus grupos fosforilo a grupos fosfato
adicionales. El ADP y el ATP son anhídridos de ácido fosfórico, los cuales contienen enlaces

análogos al enlace en los anhídridos de ácido carboxílico.

Bibliografía
- Chang, Química General. Ed. Mc Graw Hill. 7ma Edición.
- Garrett & Grisham, Biochemistry. Ed Brooks/Cole, Cengage Learning . 5ta Edición.
- McMurry, Química Orgánica. Ed. Cengage Learning. 8va Edición
- Nelson-Cox, Lehninger, Principios de bioquímica. Ed. W.H. Freeman. 5ta Edición.
- Campbell & Reece, Biología. Ed. Médica Panamericana. 7ma Edición.

40
Ejercicios

1.- En base a las características vistas para el átomo de carbono, buscar las diferencias con
los átomos de hidrógeno, oxígeno y nitrógeno (número de valencia, número y tipos de
enlaces que pueden formar).

2.- De acuerdo a su respuesta del ejercicio anterior, determine cuál de las siguientes
moléculas es probable que exista (justificar):

3.-. Marcar cuáles de estos puentes de hidrógeno es posible que se formen entre
moléculas. Justificar

4.- Considerando el siguiente esquema que muestra cómo actúan el jabón y los
detergentes, discutir las propiedades químicas que permiten que disuelvan la “grasa”, así
como posibles ingredientes que podríamos encontrar en su formulación.

41
5.- El Acetil-Coenzima A (generalmente abreviado como Acetil-CoA) es un transportador de
acilos en varias reacciones enzimáticas, como veremos a lo largo de la cursada. Su
estructura presenta varios grupos funcionales de los vistos previamente. Buscar en la
estructura del acetil-CoA los siguientes grupos funcionales y marcarlos.

Amino
Amida (x2)
Tioéster
Fosfoéster
Hidroxilo
Fosforilo
Fosfoanhídrido

6.- Completar la fórmula con los grupos funcionales y/o sustituyentes siguientes, que se
encuentran frecuentemente en biomoléculas:

hidroxilo R— CH2 —

42
carbonilo (aldehido) R— CH2 —

carbonilo (cetona) R— CH2 —

carboxilo R— CH2 —

metilo R— CH2 —

etilo R— CH2 —

fenilo R— CH2 —

amino R— CH2 —

amida R— CH2 —

sulfhidrilo R— CH2 —

disulfuro R— CH2 —

fosforilo R— CH2 —

43
hidroxiácido R— CH2 —

cetoácido R— CH2 —

7. Completar las siguientes reacciones colocando los grupos funcionales correspondientes:

R— + R— ­ → + H2 O

alcohol ác. carboxílico éster

R— + → + H2 O

alcohol ac. fosfórico fosfoéster

R— + R— → + H2 O

tiol ac. carboxílico tioéster

R— + R— → + H2O

amina ac. carboxílico amida

44
 + R-OH

R- + R- → → +
H2O

aldehído alcohol hemiacetal acetal

8.- Identificar los grupos funcionales de las siguientes moléculas y nombrar la clase de
compuestos orgánicos a la que pertenecen

9.- Ordenar los carbonos marcados en rosa de acuerdo con su grado de oxidación
(empezando por el más oxidado)

45
10.- Identificar y nombrar las moléculas (clases 1 a 6) y el tipo de reacciones marcadas por
flechas naranjas, verdes, violetas y celeste. Qué tipo de molécula se debe agregar a la
reacción indicada por la flecha celeste para que el compuesto 4 se convierta en 5?

11.- A una solución de 100 mM dihidroxiacetona fosfato (DHAP) se le agrega una cantidad
suficiente de triosafosfato isomerasa, enzima que cataliza la conversión de este compuesto
en gliceraldehído-3-fosfato (G3P). Se incuba a 25ºC y condiciones adecuadas hasta que la
reacción alcance el equilibrio.
a) En el equilibrio, la concentración de G3P resultó ser de 4.5 mM. Con este dato calcular
la Keq para la reacción DHAP → G3P. ¿Cuáles serán las unidades de esta constante? ¿Cuál
será el valor de Keq para la reacción G3P → DHAP?

12.- Escribir la estructura de la glucosa, la cisteína, el ATP, el ácido oleico,

dipalmitoil-fosfatidiletanolamina. Marcar y nombrar sus grupos funcionales. Prediga su
solubilidad en agua y justificar.

46
13.- a) Escribir la fórmula lineal y desarrollada del piruvato y del ácido pirúvico.

b) ¿Se trata de la misma molécula?

c) Enumerar sus C. ¿Con qué criterio elige el C 1?

d) ¿Qué grupo funcional se encuentra en el C1? ¿Y en el C2? ¿Y en el C3?

14.- Escribir la fórmula general de un ácido graso insaturado.

a) Señalar sus carbonos alfa, beta, y omega y nómbrelo trivial y sistemáticamente. Utilice
además el nombre taquigráfico del ácido elegido.
b) Cuál es el producto de reacción de ese ácido con:
b.1) un alcohol
b.2) un tiol
b.3) una amina.

15.- Explicar el concepto de “familia de ácidos grasos”

47
Anexo I

48
49
50
Anexo II
Nomenclatura

Cuando se conocían pocas sustancias orgánicas puras, los nuevos compuestos se

nombraban de acuerdo con el capricho de su descubridor; por tanto, la urea, es una
sustancia cristalina aislada a partir de la orina; la morfina es un analgésico cuyo nombre
se deriva de Morfeo, el dios griego de los sueños; y el ácido barbitúrico es un agente
tranquilizante que se dice fue nombrado por su descubridor en honor de su amiga
Bárbara!.

A medida que se desarrollaba lentamente la ciencia de la química orgánica en el siglo

XIX, también lo hizo el número de compuestos conocidos y la necesidad de disponer de
un método sistemático para nombrarlos. El sistema de nomenclatura que se utiliza
actualmente fue ideado por la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada (IUPAC:
International Union of Pure and Applied Chemistry).

En el sistema IUPAC un nombre químico tiene por lo regular cuatro partes: prefijo,
localizador, cadena principal y sufijo. El prefijo especifica la localización y la identificación
de varios grupos sustituyentes en la molécula, el localizador indica la ubicación del grupo
funcional primario, la cadena principal selecciona una parte principal de la molécula e
indica cuántos átomos de carbono están en esta parte y el sufijo identifica al grupo
funcional primario.

51
Nomenclatura por substitución: prefijos y sufijos. Grupos funcionales según orden
decreciente de prioridad

52
Raíces numéricas para cadenas de carbono y sus ramificaciones

La nomenclatura IUPAC es imprescindible para identificar inequívocamente una molécula.

Sin embargo, un tanto por comodidad y un tanto por costumbre, muchos compuestos se
nombran actualmente mediante nombres no sistemáticos (“triviales”).

Así, al ácido 2-oxopropanoico lo conocemos como ácido pirúvico (o, en su forma

desprotonada, como piruvato) y al ácido (2S)-2-amino-3-(1H-imidazol-5-il)propanoico
como histidina (ver figura debajo).

Algunas raíces y nombres triviales importantes!!

Acet- para el ácido carboxílico de 2C (y derivados)

Glicer- para compuestos relacionados al

propano-1,2,3-triol (glicerol o glicerina)

Gluta- para compuestos carbonílicos de 5C

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Este material fue compilado y editado por Elizabeth Cattaneo, M. Yanina Pasquevich y Natalia
Scaglia (JTPs BBM, Facultad de Ciencias Médicas, UNLP) |2024

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