INFORME DE VARIANTES SARS-CoV-2

Instituto de Salud Pública de Chile

19 de enero de 2024

1 Resumen ejecutivo

- Desde la SE N°50 del 2020 a la fecha, el ISP ha recibido 45.471 muestras de SARS-CoV-2
con un 85,39% (38.829/45.471) del total de muestras secuenciadas.
- Las muestras se analizan según origen de vigilancia comunitaria o de fronteras,
correspondiendo al 70,66% (27.435/38.829) y 29,34% (11.394/38.829) del total de
muestras secuenciadas, respectivamente.
- Tanto en vigilancia comunitaria como de fronteras la variante Ómicron ha presentado la
frecuencia más elevada con un 54,04% (14.825/27.435) y 84,44% (9.621/11.394),
respectivamente.
- Este informe presenta la información desde la SE N°1 del año 2022. En la SE N°52 del
2023 se secuenciaron 53 muestras de vigilancia comunitaria.
- Respecto a los sublinajes de Ómicron, BA.1.1 (incluye los sublinajes descendientes)
presenta la mayor frecuencia acumulada con un 14,92% (2.160/14.476) en vigilancia
comunitaria y BA.2 en vigilancia de fronteras con un 10,46% (817/7.808). En la SE N°52
del 2023, la contribución porcentual del sublinaje XBB.1.5 fue de 41,51% en vigilancia
comunitaria y en vigilancia de fronteras el 61,54% fue XBB.1.5.
- En vigilancia comunitaria se han detectado 2.596 muestras correspondientes a las
subvariantes Ómicron bajo monitoreo. De éstas el 75,00% corresponde al sublinaje
XBB.1.5, el 12,21% a EG.5; 7,36% a XBB; 1,58% a JN.1; 1,46% a XBB.1.16; 0,77% a
XBB.1.9.2; 0,77% a XBB.2.3; 0,39% a XBB.1.9.1 y 0,27% a DV.7.

1
2 Antecedentes

El virus SARS-CoV-2 que causa la enfermedad COVID-19, ha tenido un fuerte impacto en la salud a
nivel mundial. Este virus ha infectado a un gran número de personas causando enfermedad
severa, secuelas a largo plazo, defunciones y exceso de mortalidad (1).

SARS-CoV-2 pertenece al género de los Betacoronavirus y presenta similitudes genómicas con

SARS-CoV y MERS-CoV (2). Este virus consta de una nucleocápside y una envoltura externa
compuesta por proteínas estructurales, su material genético consiste en una cadena de RNA
monocatenario de polaridad positiva, donde se codifican proteínas importantes para su
transcripción y replicación (2). El mecanismo de infección de SARS-CoV-2 comienza con la unión
del virión a un receptor (ACE2) de la célula huésped y su posterior entrada por endocitosis (2).

En el proceso de evolución de los virus, la aparición de cambios en el código genético (por

mutaciones genéticas o recombinación viral) durante la replicación del genoma, es un evento
natural y esperado (3,4). Un linaje corresponde a un grupo de variantes de virus estrechamente
relacionados desde el punto de vista genético, derivados de un ancestro en común (4). Por otro
lado, una variante tiene una o más mutaciones que la diferencian de las otras variantes del virus
del SARS-CoV-2, mientras que un recombinante es una variante creada por la combinación de
material genético de dos variantes diferentes (4).

A medida que SARS-CoV-2 se ha extendido por el mundo, ha ido acumulando mutaciones en el

genoma viral (3). La mayoría de estos cambios genéticos tienen escaso o ningún efecto en las
propiedades del virus, como: facilidad de transmisión, severidad de la enfermedad, efectividad de
las vacunas, utilidad de los tratamientos, herramientas diagnósticas o cualquier otra medida social
o de salud pública (3).

La vigilancia genómica contribuye a investigar de qué forma las variantes impactan en el

comportamiento de la pandemia de COVID-19, por lo que desde enero del 2020 la Organización
Mundial de la Salud (OMS) en colaboración con redes de expertos, instituciones científicas,
investigadores y autoridades gubernamentales, han evaluado regularmente el comportamiento de
las variantes de SARS-CoV-2 respecto a su capacidad de transmisión, cuadro clínico, gravedad de
los síntomas, o si afectan a las medidas empleadas para enfrentarlo, como los exámenes de
diagnóstico, tratamientos disponibles y las vacunas (3). Para llevar a cabo la vigilancia genómica ha

2
sido de gran importancia GISAID, una iniciativa internacional de colaboración pública y privada
creada en el año 2008 para compartir datos genómicos del virus de la influenza y SARS-CoV-2 de
forma oportuna (5).

Frente al incremento de variantes se debe tener en cuenta las limitaciones existentes en los
sistemas de vigilancia, la capacidad de los países y territorios para secuenciar las muestras y los
diferentes criterios utilizados para la selección de las muestras a secuenciar. En Chile, los criterios
epidemiológicos para la selección de muestras a secuenciar, definidos por el Ministerio de Salud,
son: vigilancia genómica en establecimientos de salud y laboratorios de la red de vigilancia de virus
respiratorios ISP, en fronteras, en brotes y en grupos especiales (6).

Respecto a la vigilancia genómica de SARS-CoV-2, la OMS denomina “variante de interés” (VOI, por
sus siglas en inglés) aquella que presenta cambios genéticos que se estima podrían afectar la
transmisibilidad, severidad, escape inmunológico, diagnóstico o terapéutico, junto con haber
identificado que esta variante presenta una significativa transmisión comunitaria o
conglomerados, se encuentra en varios países con aumento de su prevalencia, o cualquier otro
cambio epidemiológico que sugiera un riesgo emergente para la salud pública global (3).

Por otro lado, una “variante de preocupación” (VOC, por sus siglas en inglés) se define como
aquella que cumple las características de una VOI, pero en la cual además se haya demostrado, a
través de estudios comparativos, que presenta uno o más de los siguientes cambios: aumento de
la transmisibilidad, virulencia, presentación clínica, disminución de la efectividad de las medidas
sociales y de salud pública, herramientas diagnósticas, efectividad de las vacunas o tratamientos
(3).

La OMS ha definido un grupo de variantes que se encuentran bajo monitoreo (VUM, por sus siglas
en inglés), que incluye a aquellas con cambios genéticos que podrían afectar las características del
virus constituyendo un riesgo futuro, pero aún no se cuenta con evidencia de su impacto
fenotípico o epidemiológico (3).

Las VOI, VOC y VUM requieren seguimiento y evaluación permanente, correspondiendo a una
clasificación dinámica. Durante la vigilancia genómica de SARS-CoV-2, las variantes o sublinajes
correspondientes a estas categorizaciones se han ido modificando.

3
Las últimas VOC han reemplazado a otras anteriormente consideradas, como Alpha, Beta y
Gamma. Delta alcanzó alrededor de un 90% de todos los secuenciamientos recibidos por GISAID
en octubre del 2021 (3), sin embargo, desde febrero del 2022 a la fecha la variante Ómicron ha
sido la predominante, alcanzando más de un 98% de las muestras secuenciadas a nivel global (3).

Ómicron

En noviembre de 2021 la OMS designó el linaje B.1.1.529 del virus SARS-CoV-2 como VOC,
asignando el nombre Ómicron. Esta variante se caracteriza por tener un elevado número de
mutaciones, especialmente en el gen de la proteína Spike (S) y presenta una elevada capacidad de
transmisión, puede evadir la respuesta inmune e incrementar el número de casos aún en
poblaciones con alta cobertura de vacunación. Sin embargo, la evidencia indica que generalmente
Ómicron no produce un cuadro clínico más severo y los individuos con esquema completo de
vacunación presentan menor hospitalización y muerte (7).

Subvariantes Ómicron bajo monitoreo

La sostenida transmisión Ómicron ha dado lugar a una importante evolución del complejo Ómicron
generando linajes descendientes con diferentes constelaciones de mutaciones genéticas, donde
cada una de éstas puede o no significar un cambio en el riesgo para la salud pública global, así
como cada linaje con sustituciones en sitios clave puede requerir seguimiento para determinar su
divergencia de la VOC de origen (3).

Actualmente, la OMS se encuentra trabajando en la definición de las variantes o sublinajes que

serán considerados VOC (3).

4
La Tabla 1 muestra la circulación del sublinaje de Ómicron clasificado como VOI por la OMS (3).

Tabla 1. Variantes de interés (VOI) actualmente en circulación (18 de diciembre de 2023)

Considerando la diseminación global de Ómicron y el esperado aumento de la diversidad viral, la

OMS agregó la categoría: “Subvariantes de Ómicron bajo monitoreo" para indicar a las autoridades

5
de salud pública a nivel global, aquellos eventuales linajes de VOC que podrían requerir mayor
atención y monitoreo. El objetivo principal de esta categoría es investigar si estos linajes pueden
significar un desafío adicional para la salud pública global, comparado con los otros virus
circulantes (3). Si se determina que cualquiera de estos linajes presenta características diferentes
al compararla con la VOC original a la cual pertenece, el grupo asesor técnico en evolución viral
(TAG-VE) va a sugerir a la OMS asignarle una clasificación por separado (3). La Tabla 2 muestra las
actuales subvariantes de Ómicron bajo monitoreo (VUM) según la OMS.

Tabla 2. Subvariantes bajo monitoreo (VUM) (18 de diciembre de 2023)

6
3 Material y Método

En el contexto de la pandemia de COVID-19, el ISP ha realizado vigilancia genómica a través de

secuenciamiento de genoma completo de SARS-CoV-2 desde la SE N°50 del año 2020 a la fecha.

El Subdepartamento de Genética Molecular, Departamento Biomédico Nacional y de Referencia

del Instituto de Salud Pública (ISP) recibe muestras de casos comunitarios confirmados de SARS-
CoV-2 por PCR positivo procedentes de todo el país y muestras de vigilancia de fronteras, para
secuenciación del genoma completo.

El informe considera las bases de datos recibidas por el Departamento Agencia Nacional de
Dispositivos Médicos, Innovación y Desarrollo hasta el 18 de enero del 2024, las cuales se
depuraron, eliminando registros repetidos correspondientes a un mismo RUT y linaje en un
periodo de tiempo menor o igual a 90 días. Los casos se analizaron según semana epidemiológica
(SE) correspondiente con la fecha de obtención de muestra, incluyendo los resultados hasta la SE
N°52 del año 2023 para la vigilancia comunitaria y SE N°18 en fronteras.

Los datos se procesaron y analizaron utilizando el software Excel 2010 y el software estadístico R
para la creación de figuras y tablas.

La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la

investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.

4 Limitaciones

La información no forma parte de un plan de muestreo estadístico, cuyo fin es representar a la

población bajo estudio, por tal motivo las herramientas estadísticas aplicables al conjunto de
datos son limitadas, incluyendo las metodologías en el plano inferencial.

5 Resultados de la vigilancia genómica realizada por el ISP

Entre la SE N°50 del año 2020 y la SE N°51 del 2023 el ISP ha recibido un total de 45.471 muestras
confirmadas de SARS-CoV-2 (según fecha de obtención de la muestra) y ha secuenciado el 85,39%
(38.829/45.471). Del total de muestras secuenciadas, el 70,66% (27.435/38.829) corresponden a
vigilancia comunitaria y el 29,34% (11.394/38.829) a vigilancia de fronteras. En la SE N°52 del 2023

7
se analizaron 53 muestras de vigilancia comunitaria y 26 muestras en vigilancia de fronteras en la
SE N°18.

5.1 Resultados vigilancia comunitaria

Análisis acumulado

El ISP ha recibido un total de 32.967 muestras comunitarias confirmadas de SARS-CoV-2 para

análisis genético, que corresponden al periodo desde la SE N°53 del año 2020 hasta la SE N°52 del
2023 (según fecha de obtención de muestra). De este total, 27.435 muestras fueron amplificadas
para su secuenciación genética, lo que representa el 83,22% (27.435/32.967).

Las 10 variantes/linajes más frecuentes acumulan el 99,05% (27.175/27.435) del total de muestras
secuenciadas (Tabla 1). La variante Ómicron presenta la mayor frecuencia acumulada con un
54,04% (14.825/27.435), seguido por Delta con un 20,24% (5.553/27.435), Gamma con un 14,06%
(3.857/27.435) y Lambda con un 5,66% (1.553/27.435).

Tabla 1. Número de muestras SARS-CoV-2 comunitarias secuenciadas por el ISP correspondientes

a las 10 variantes/linajes más frecuentes. Chile 2020-2023*.

Variante/Linaje Muestras % tipo

Ómicron 14.825 54,04% VOC
Delta 5.553 20,24%
Gamma 3.857 14,06%
Lambda 1.553 5,66%
Mu 858 3,13%
B.1.1.348 244 0,89%
Alpha 159 0,58%
B.1.1 63 0,23%
N.4 32 0,12%
B.1.1.1 31 0,11%
Otras** 260 0,95%
Total 27.435 100,00% -
*: Datos hasta la SE N°51 del 2023; **: Agrupa al resto de los linajes/variantes no incorporados en la tabla.
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

La variante Ómicron se ha detectado desde la SE N°50 del año 2021 aumentado su contribución
porcentual desde dicha SE hasta convertirse en la variante predominante (Figura 1).

8
Figura 1. Número de muestras SARS-CoV-2 comunitarias secuenciadas y representación
porcentual de las variantes/linajes más frecuentes, por semana epidemiológica. Chile, 2021-2023*.

*: Datos hasta la SE N°52 del 2023.

Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

Análisis desde SE N°1 del 2022 hasta SE N°52 del 2023

Durante el periodo en evaluación, el ISP ha recibido un total de 15.836 muestras confirmadas de

SARS-CoV-2 para análisis genético (según fecha de obtención de muestra). De este total, 14.581
muestras fueron amplificadas para su secuenciación genética, lo que representa el 92,08%
(14.581/15.836).
Durante el periodo analizado, la variante más frecuente ha sido Ómicron con el 99,28%
(14.476/14.581) de las muestras secuenciadas. La alta circulación de la variante Ómicron ha
permitido la evolución de una serie de sublinajes de esta variante.

Sublinajes variante Ómicron

Entre la SE N°1 del 2022 hasta la SE N°52 del 2023, el sublinaje BA.1.1 ha presentado la mayor
frecuencia acumulada con el 14.92% (2160/14476) del total de muestras de la variante Ómicron.
Todas las muestras analizadas en la SE N°52 correspondieron a la variante Ómicron (Figura 2 y 3).

9
Figura 2. Distribución porcentual de muestras comunitarias de SARS-CoV-2 correspondientes a
sublinajes de la variante Ómicron, según semana epidemiológica de obtención de muestra. Chile,
2022 –2023*.

*: Datos hasta SE N°52 del 2023. **: Incluye los sublinajes descendientes.
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

10
Figura 3. Número de muestras comunitarias de la variante Ómicron de SARS-CoV-2 y porcentaje de
sublinajes más frecuentes, según semana epidemiológica de obtención de muestra. Chile, 2022 –
2023*.

*: Datos hasta la SE N°52 del 2023. **: Incluye los sublinajes descendientes.
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

Subvariantes Ómicron bajo monitoreo

A contar de la SE N°48 del año 2022 se han detectado 2.596 muestras correspondientes a
subvariantes Ómicron bajo monitoreo, que incluye los sublinajes descendientes de acuerdo a
clasificación OMS. De Éstas, el 75,00% (1.947/2.596) corresponden a XBB.1.5 (incluye BQ.1.1),
seguida de EG.5 con el 12,21% (317/2.596), XBB con el 7,36% (191/2.596), JN.1 con el 1,58%
(41/2.596), XBB.1.16 con el 1,46% (38/2.596), XBB.1.9.2 con el 0,77% (20/2.596), XBB.2.3 con el
0,77% (20/2.596), XBB.1.9.1 con el 0,39% (10/2.596) y DV.7 con el 0,27% (7/2.596)(Figura 4).

11
Figura 4. Número de muestras SARS-CoV-2 comunitarias de la variante Ómicron secuenciadas y
porcentajes de sublinajes Ómicron bajo monitoreo, según semana epidemiológica de obtención de
muestra. Chile, 2022 –2023*.

*: Datos hasta la SE N°52 del 2023.

**: Incluye los sublinajes descendientes.
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

5.2 Resultados vigilancia de fronteras

Análisis acumulado

Respecto a la vigilancia de fronteras, el ISP ha recibido un total de 12.504 muestras confirmadas

de SARS-CoV-2 para análisis genético, correspondientes según fecha de obtención de muestra
entre SE N°51 de 2020 y la SE N°18 del 2023. El 91,12% (11.394/12.504) fueron amplificadas para
su secuenciación genética.

Las variantes más frecuentes identificadas en el periodo en la vigilancia de fronteras son: Ómicron
con el 84,44% (9.621/11.394) de las muestras secuenciadas, Delta con el 8,78% (1.000/11.394) y
Gamma con el 2,06% (235/11.394) (Tabla 3).

12
Tabla 2: Número de muestras correspondientes a vigilancia de fronteras secuenciadas por el ISP,
según las 10 variantes más frecuentes. Chile 2020-2023*.
Variante/Linaje Muestras % tipo
Ómicron 9.621 84,44% VOC
Delta 1.000 8,78%
Gamma 235 2,06%
Alpha 115 1,01%
Lambda 70 0,61%
Mu 70 0,61%
Zeta 29 0,25%
B.1.623 8 0,07%
B.1 5 0,04%
Otras** 241 2,12%
Total 11.394 100% -
*: Datos hasta la SE N°18 de 2023; **: Agrupa al resto de los linajes/variantes no incorporados en la tabla.
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile

Según fecha de obtención de la muestra, la variante Ómicron ha sido detectada desde la SE N°43
del 2021. En las 26 muestras correspondientes a la SE N°18 del 2023, el total de éstas
correspondieron a la variante Ómicron (Figura 5).

Figura 5. Número de muestras SARS-CoV-2 de vigilancia de fronteras secuenciadas y

representación porcentual de las variantes/linajes más frecuentes, por semana epidemiológica.
Chile, 2020-2023*.

*: Datos hasta la SE N°18 de 2023.

Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

13
Análisis SE N° 1 del 2022 hasta la SE N°18 del 2023
Sublinajes de la variante Ómicron
El sublinaje BA.2 de la variante Ómicron presenta la mayor frecuencia acumulada con el 10,46%
(817/7.808) del total de muestras de esta variante. Sin embargo, el 61,54% (16/26) de las
muestras analizadas en la SE N°18 del 2023 corresponden a XBB.1.5 (Figura 6 y 7).

Figura 6. Distribución porcentual de muestras de vigilancia de fronteras de SARS-CoV-2

correspondientes a sublinajes de la variante Ómicron, según semana epidemiológica de obtención
de muestra. Chile, 2022 –2023*.

*: Datos hasta la SE N°18 del 2023. Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública
de Chile.

14
Figura 7. Número de muestras de fronteras de la variante Ómicron de SARS-CoV-2 y porcentaje de
sublinajes más frecuentes, según semana epidemiológica de obtención de muestra. Chile, 2022 –
2023*.

*: Datos hasta la SE N°18 del 2023. Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública
de Chile.

Subvariantes Ómicron bajo monitoreo

A contar de la SE N°1 del 2022 se han detectado 1.582 muestras correspondientes a subvariantes
Ómicron bajo monitoreo, que incluye los sublinajes descendientes de acuerdo a clasificación OMS.
De éstas, el 44,37% (702/1.582) corresponden a BQ.1 (incluyendo sublinajes), seguida de XBB.1.5
con el 29,27% (463/1.582), XBB (incluyendo sublinajes) con el 18,08% (286/1.582), BA.2.75 con el
5,82% (92/1.582), CH.1.1 con el 1,90% (30/1.582) y XBB.1.9.1 con el 0,32% (5/1.582) (Figura 8).

15
Figura 8. Número de muestras SARS-CoV-2 de fronteras de la variante Ómicron secuenciadas y
porcentajes de sublinajes VOC-LUM, según semana epidemiológica de obtención de muestra.
Chile, 2022 –2023*.

*: Datos hasta la SE N°18 de 2023.

**: Incluye sublinajes descendientes.
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

La información presentada en este informe es dinámica, por lo que podría ser modificada
de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.

16
6 Referencias

1. Organización Mundial de la Salud. Coronavirus disease (COVID-19) – World Health

Organization [Internet]. 2023 [citado 27 de enero de 2023]. Disponible en:
https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019

2. Pastrian-Soto G, Pastrian-Soto G. Bases Genéticas y Moleculares del COVID-19 (SARS-CoV-2).

Mecanismos de Patogénesis y de Respuesta Inmune. Int J Odontostomatol [Internet]. 2020
[citado 27 de enero de 2023];14(3):331-7. Disponible en:
http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_abstract&pid=S0718-
381X2020000300331&lng=es&nrm=iso&tlng=es

3. Organización Mundial de la Salud. Tracking SARS-CoV-2 variants [Internet]. 2023 [citado 18 de

enero de 2024]. Disponible en: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-
variants/

4. Centers for Disease Control and Prevention. Enfermedad del coronavirus 2019 (COVID-19)
[Internet]. Centers for Disease Control and Prevention. 2022 [citado 27 de enero de 2023].
Disponible en: https://espanol.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-
classifications.html

5. GISAID. GISAID - Initiative [Internet]. 2022 [citado 27 de enero de 2023]. Disponible en:
https://www.gisaid.org/

6. Ministerio de Salud de Chile. Ord. B51 N°/2255, 25 de junio 2021. Medidas de refuerzo para
envío de casos de SARS-CoV-2 para secuenciamiento. [Internet]. 2021. Disponible en:
http://epi.minsal.cl/wp-
content/uploads/2021/06/ORD_2255_25_06_2021_MEDIDAS_DE_REFUERZO_PARA_ENVIO_
DE_MUESTRAS_DE_CASOS_SARS_COV2_A_SECUENCIAMIENTO.pdf

7. Organización Panamericana de la Salud. Sublinajes de la variante de preocupación para la

salud pública omicrón - OPS/OMS | Organización Panamericana de la Salud [Internet]. 2022.
Disponible en: https://www.paho.org/es/documentos/sublinajes-variante-preocupacion-para-
salud-publica-omicron

17