D

ia
ly
si
s
1
)
Whatİ
sDi
aly
si
sTh
er
mod
yna
mi
cal
l
y?Ex
pl
ai
nBri
e
fl
yByUs
i
ngTheF
ir
stLa
wO f
The
rmo
dyn
ami
c
sAndTh
eGi
b
bsF
re
eEn
er
gy
E
qua
ti
on
.Fi
ndTh
eThe
rmo
dy
nami
cFu
nc
ti
on
s(U
,G,H)
ForD
ia
ly
si
sPr
oc
essWi
thTh
eLi
st
edAs
su
mpt
i
ons
.

A
ss
um
pti
o
ns:
İs
ol
at
ed
,Co
ns
ta
ntP
res
su
re
,İr
re
ver
si
bl
e
F
ir
stL
awO
fTh
er
mod
yna
mi
cs ΔU
=Q+W
Q
=0,
W=0B
eca
us
eSy
st
emİ
sİs
ol
at
ed
S
o,ΔU
=0

Q
=ΔHA
tCo
ns
ta
ntP
res
su
re
Q
=ΔH
=0

Gi
b
bsF
re
eEn
er
gyE
qua
ti
on
 ΔG=
ΔH-
TΔS
D
ia
ly
si
sİ
sAS
po
nt
ane
ou
sPr
oc
es
sSo
,ΔG<0A
ls
oWeK
nowT
hatΔH=
0,
C
ons
i
der
i
ngT
heE
qua
ti
on
,ΔS
>0.

2
)En
tr
op
y-
Li
feGr
ap
hİsGi
ve
n.E
xpl
ai
nTh
eEf
fe
ctO
fDi
al
ys
i
sOnE
ntr
op
yLe
vel
.

D
ia
ly
si
sDe
cr
ea
se
sTh
eEn
tr
op
yLe
vel
Whi
c
hİn
cr
ea
se
dBe
cau
seO
fUr
emi
a.
C
el
lTr
ans
po
rt
Q
ues
tı
on1
C
al
cu
l
ati
ngGi
b
bsF
re
eEn
er
gyWh
enN
a+İ
on
sAn
dK+İ
on
sMo
veA
cro
ssT
heMe
mbr
ane
WeU
seT
heE
qua
ti
onΔG=
N(
RtL
n(
C2/
C1)
+Zf
ΔV)
Wh
er
eΔGİ
sTh
eGi
b
bsF
re
eEn
er
gy
,Nİ
sTh
eNu
mbe
rOf
Mol
es
Rİ
sTheGasC
ons
ta
nt,
TİsTe
mpe
ra
tur
eC2A
ndC
1Ar
eCo
nce
nt
ra
ti
on
sOf
TheS
ameİ
onİ
n2D
if
fe
re
ntR
egi
o
ns,
ZİsT
heC
har
ge
Of
Theİo
n,Fİ
sFa
rad
ayCo
ns
tan
tAndΔV
I
sTh
ePo
te
nt
ia
lDi
f
fe
re
nceWh
ic
hİsP
os
it
i
veF
orN
aAn
dNe
gat
i
veF
orK

Qu
es
ti
onCa
lcu
l
ateTheFre
eEne
rg
yReq
ui
redT
oTran
sp
ort3Mole
sOf
NaFro
mReg
io
n1Wi
thACon
cen
tr
at
io
nOf2m
mToReg
ion
2Wit
hAConc
entr
at
ionOf1
mmAnd1
MoleOf
KFro
mRegi
on1Wit
hACon
cen
tr
at
io
nOf2m
mT oR
egi
o
n2WithAC
onc
ent
ra
ti
onOf
5m
m.Al
lTh
isHa
ppen
sA t29
3kAndT
akeR=0
.0
083Kj
/Mol
,AndΔV=
0.0
6v,
F=9
6.
4Kj
/Mol
V
A
nswe
r
ΔG(
Na)
=3*
(
0.0
083
*29
3ln(
2/1
)+(
1
)*9
6.
4*
0.
06
)
=
+2
2.
4k
j/
Mol
ΔG(
K)
=1
*(
0.
00
83*
293
ln(
5/4
)+(
1
)*9
6.
4*
-0
.0
6)
=
-3.
55
kj
/Mo
l
T
ota
lGi
b
bsF
re
eEn
er
gy
=2
2.
4k
j/
Mol
-3.
55
kj
/Mo
l
=
+1
8.
8
kj
/Mo
l
Q
ues
tı
on2
Wh
enΔGİ
sPo
si
ti
ve
,Th
eRe
act
i
onİ
sSa
idT
oBeN
ons
po
nt
ane
ou
s.
Exp
l
ainWh
yTh
eRe
act
i
onP
roc
ee
dsİ
nSu
chC
ase
s.
A
nswe
r
T
hi
sİsDu
eToACou
pl
i
ngAc
ti
onİ
nTheS
ys
te
m.AnApp
li
c
ati
o
nOfEn
er
gyİ
sReq
ui
re
dToD
ri
veT
heR
eac
ti
onS
i
nceİ
tİs
E
ndo
the
rmi
c
.Th
isE
ner
gyİ
sSu
ppl
i
edİ
nTh
eFor
mO f
Atpİ
nMemb
ra
neTr
ans
po
rt
.

H
emo
gl
ob
ın
1
)
InC
arb
ox
yhe
mog
lo
bi
nSt
ru
ct
ur
e,C
oMo
le
cu
leİ
sAn
___
_(H
omo
tr
op
ic
/He
te
ro
tr
op
hi
c)
Eff
ec
to
rAn
dCa
us
e__
_(
İn
cr
ea
seİ
nAf
fi
ni
t
y/
D
ecr
ea
seİ
nAf
fi
ni
t
y)F
orO
xyg
en.
Tha
tCa
nEn
dWi
t
hTh
eDe
at
hOf
TheP
ers
on
/An
im
al
.
2
)Th
eOx
yg
ena
ti
onO
fHe
mog
lo
bi
nİs_
___(
Ex
ot
he
rmi
c
/En
dot
he
rmi
c
)An
dTh
atO
ccu
rs_
___(
Sp
ont
ane
ou
sl
y/
Non
-S
po
nt
ane
ou
sl
y)

Mo
le
cu
la
rPh
arm
aco
lo
gy
1
.Wh
atD
oEn
tha
lp
y-
Dr
iv
enA
ndE
ntr
op
y-
Dr
iv
enB
in
di
ngR
el
at
eToI
nMo
le
cu
la
rPh
arm
aco
lo
gy
?
E
nth
al
pyTer
mIsGe
ner
al
lyAs
soc
i
ate
dWit
hTh
eFo
rma
ti
onO
fH-
Bo
ndsB
et
wee
nTh
eDr
ugA
ndI
tsT
arg
etWh
il
eEn
tr
op
yTe
rmI
s
A
ss
oci
at
edWi
thHyd
ro
pho
bicI
nt
er
act
i
ons
.
2
.Wh
yTh
er
mod
yna
mi
csI
sI
mp
or
ta
ntF
orD
rugD
eve
lo
pme
nt
?
B
eca
us
eT h
eCha
ngeI
nFr
eeE
ner
gyO
fBi
ndi
ngR
epr
es
ent
sTheD
riv
in
gFor
ceFo
rRec
ep
to
r-
Li
gan
dIn
te
ra
ct
io
nsA
ndI
nOr
de
rTo
O
pti
mi
zeMol
ec
ul
arI
nt
er
ac
ti
on
s,T
heB
ind
i
ngMus
tBeSe
le
ct
iv
eAndThe
rmo
dyn
ami
ca
ll
yFa
vor
ab
le
.

T
heT
her
mod
yna
mı
cPe
rs
pe
ct
ıv
eOf
TheP
rot
eı
nSt
ab
ıl
ı
ty
Q
ues
tı
on
1:
Whi
c
hSt
ru
ct
ur
eSh
ou
ldB
eCa
ll
edT
heN
ati
veS
ta
te
?
A
nswe
r1
:Th
eSt
at
eAtT
heS
i
teO
fSy
nt
he
si
sOrT
heS
ta
teA
tTh
eSi
t
eWh
er
ePr
ot
ei
nHa
sFu
nc
ti
on
.

Q
ues
tı
on
2:E
xpl
ai
nTh
eCh
ang
eİnF
re
eEn
er
gyA
ndE
ntr
op
yAsY
ouGoF
ro
mDe
nat
ur
edS
ta
teT
oNa
ti
veS
ta
teA
cco
rd
in
gToF
ol
di
ng
F
unn
elT
heo
ry
.
A
nswer
2:AsY
ouGoFr
omTopToBo
tt
omİnTheF
unn
el
,P
rot
ei
nSta
bi
li
t
yİnc
re
as
es.E
ntro
pyİsTheTen
den
cyOfP
art
i
cl
esT
oGo
F
ro
mB ei
ngCo
nce
nt
rat
edToBe
ingS
pr
eadOu
tİnSp
ac
eWhi
chMean
sSp
ont
ane
ou
sl
y,AndAsSta
bi
li
tyİ
ncr
eas
es
,Di
so
rd
erDe
cr
ea
se
s,
S
oEntr
opyWi
ll
Als
oDecr
ea
se.
InDi
re
ctPr
op
ort
io
nToTh
is
,The
reİ
sAD e
cr
eas
eİnTheFre
eE n
ergy
,Whi
chİ
sTheS
umOf
E
ntro
pyAndE
nth
alp
y.

P
hot
os
yn
the
si
s
Q
1)C
al
cu
l
ateT
heC
han
geİ
nEn
tha
lp
y,E
ntr
op
y,A
ndGi
b
bsF
re
eEn
er
gyO
fTh
ePh
ot
os
yn
the
si
sRe
act
i
onB
ase
dOnT
heGi
ve
nTa
bl
e.
A
nswe
r:

Q
2)D
rawT
heS
che
mat
i
cAn
al
ys
i
sOf
TheP
hot
os
yn
the
si
sPr
oc
es
s.
Con
si
de
rTh
eSu
n,T
heL
eaf
,An
dTh
eEa
rt
hAsS
ep
ar
at
eSy
st
ems
.
A
nswe
r:
D
NA
Q
ues
tı
on1
C
ons
i
derT
heF
ol
lo
win
gDn
aSe
qu
en
ce:
Gg
gg
gg
gg
aaa
aaa
aa
C
al
cu
l
ateT
heGi
b
bsF
re
eEn
er
gyWh
en:
a
)No
neO
fTh
eBa
se
sAr
ePa
ir
ed
b
) Wh
enA
llO
fTh
eBa
se
sAr
ePa
ir
ed
c
) Wh
enO
nl
yGsA
reP
ai
re
d
A
nswe
r:
L
etU
sAs
su
meT
hatT
heR
equ
i
redGi
b
b’
sFr
eeE
ner
gyİ
sOf
TheP
roc
es
sOf
Unf
ol
di
ngO
fAD
naD
oub
leH
el
ix
.
ΔgC
orr
es
po
ndi
ngT
oTh
eUn
fo
ld
i
ngO
fTwoS
uc
ce
ss
iv
eAtP
ai
rs=
-4.
26K
j/
Mol
ΔgC
orr
es
po
ndi
ngT
oTh
eUn
fo
ld
i
ngO
fTwoS
uc
ce
ss
iv
eGcP
ai
rs=
-7.
66K
j/
Mol
a
) Wh
enT
her
eIsN
oBa
seP
ai
ri
ng
,Fr
eeE
ner
gyC
han
geC
orr
es
po
ndsT
oBr
ea
ki
ng0B
aseP
ai
rs
.Δg=
0
b
) Whe
nAl
lTh
eBa
sesA
rePa
ir
ed,
ΔgCo
rr
es
po
ndsT
oBr
ea
ki
ng8S
uc
ce
ss
iv
eGcP
ai
rsA
nd8S
uc
ce
ss
iv
eAtP
ai
rs
.Δg=
4x(
-
4.
26
)+4
x(-
7.
66
)=-4
7.
68Kj
/Mol
c
) WhenOn
lyGB
ase
sAr
ePa
ir
ed
,ΔgC
orr
es
po
ndsT
oTh
eBr
ea
ki
ngO
f8S
uc
ce
ss
iv
eGcP
ai
rs
.Δg=
4x(
-
7.
66
)=-
30.
64
Kj
/Mol

Q
ues
tı
on2
T
heMe
lt
in
gTemp
er
atu
reOf
Dnaİ
sAnİ
mpor
ta
ntPa
ram
ete
rAd
dr
es
si
ngT
heT
her
mal
Sta
bi
li
t
yOf
Dup
le
xDn
a.T
mİsD
efi
ne
dAs
T
heTe
mpe
rat
ur
eAtWhi
chTh
eDn
aStr
and
sAreH
alf
-
Dena
tu
re
d.
Gi
ve
nTh
at
:
(
1
)Fo
rma
ti
onOf
TheD
oub
l
e-S
tr
and
ed2
0-MerOl
i
gon
uc
le
ot
id
e(B
el
ow)Fr
omTheS
ep
ar
at
edS
i
ngl
eSt
ra
ndsH
asB
eenMe
as
ur
edT
o
P
roc
ee
dWit
hAnΔHOf-
142Kc
al
/Mo
lAndAnΔSOf-
384Cal
/K.
Mo
l,An
d
5
'-
Tat
ta
agc
gac
ca
cac
at
aa
A
taa
tt
cg
ct
gg
tg
tg
ta
tt
-5
'
(
2)T
heT
ota
lSt
ra
ndC
onc
ent
ra
ti
onİ
s9Μm(
İ
.E
.,
4.
5ΜmF
orE
achS
tr
and
).
C
al
cu
l
ateT
heT
mOf
TheD
na.
A
nswe
r:
ΔH
T

()
=
m c
ΔS
+RnT
l
4

kca
l
-
142
mo
l
T=

()
-6
m
ca
l k c
al -3k
cal 9x
10
-
384 X1 +
1.
97x1
8 0 xl n
K
.
mol 1
000ca
l K
.
mol 4

kc
al
-
1
42
mol
T=
m kc
al kc
al
-
0.
38
4 - 0.
025
8
K.
mo
l K.
mo
l

T
m
=3
46.
48K
=73
.33
℃

D
rugD
esi
g
n
Q
)WhenD
esi
g
nin
gDru
gsU
si
ngTh
eLawsO
f T
her
mod
yna
mi
cs
,Sp
ec
if
i
cal
l
y,T
heE
qui
l
ib
ri
umC
ons
ta
ntK
aİsT
heB
in
di
ngA
ff
in
it
yOf
A
D
rugT
oİt
sTar
get
.Wh
atİ
sTheF
orm
ul
aForK
a?

E(−Δr
g/
∘Rt
)
A
)Ka=

P
CR
Q
ues
ti
on1
:AP
crC
ycl
eCo
ns
is
tsO
f……
………
….
.…
……
.……
….
.
A
nswe
r1:
Thr
eeS
te
ps
,De
nat
ur
at
io
n,A
nne
al
in
gAn
dEx
te
ns
io
n
Q
ues
ti
on2
:WeUs
eTaqP
ol
yme
ra
seF
ro
mTh
er
musA
qua
ti
cu
sWh
enA
ppl
yi
ngT
heP
crMe
th
od.
WhyA
reWeN
otU
si
ngH
uma
nDn
a
P
ol
yme
ras
eToGe
ner
at
ePc
r?
A
nswe
r2:S
in
ceP
crT
ake
sPl
ac
eİnP
rog
re
ss
iv
el
yHi
ghTe
mper
atu
reRa
nge
s,İ
tİsN
ece
ss
ar
yToCho
os
eAT e
mpe
ra
tu
re-
St
abl
e
P
ol
yme
ras
eAsTh
ePo
ly
mer
as
e.
AtTh
isP
oi
nt
,TaqP
ol
ym
era
seİsCho
se
nBec
aus
eOfİt
sHi
ghT
her
mop
hi
li
cHe
atRe
si
st
anc
e.
Huma
n
D
naP
ol
ym
era
seC
anMa
in
tai
nİt
sSt
ru
ct
ur
eAt3
7De
gr
ee
s,Wh
ic
hİsT
heH
uma
nBo
dyT
emp
er
at
ur
e.