UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO

FACULTAD DE INGENIERÍA QUÍMICA

Escuela Académico Profesional de

Ingeniería Química

BIOTECNOLOGÍA MINERA Y LIXIVIACIÓN

BACTERIANA DE MINERALES AURÍFEROS

Integrantes:
 Aguila Cuisano Jhon Manuel
 Laiza Escobedo Jhaxon
 Zavaleta Cruz Jesus

Trujillo, 1 de Noviembre del 2014

 ÍNDICE.

Introducción------------------------------------------------------------------- 2

Marco teórico ----------------------------------------------------------------- 3

Aplicación de los procesos biotecnológicos --------------------------------- 10

Preparación del cultivo --------------------------------------------------------- 11

Identificación de mxs lixiviantes.---------------------------------------- 14

aplicación de técnica bioinformática de genoma de mxs lixiviantes---- 16

Conclusión --------------------------------------------------------------------- 24

Referencias Bibliográficas --------------------------------------------------- 25

1
 INTRODUCCIÓN

La minería es una de las actividades productivas más antiguas sin embargo, las técnicas
que se utilizan no han evolucionado sustancialmente desde hace siglos. Esto podría
cambiar. Frente a las tecnologías tradicionales, la biotecnología se presenta como
alternativa eficiente, ambientalmente más limpia y de bajo costo.

La biotecnología aplicada a la actividad minero metalúrgica se ha convertido en una

alternativa viable para la extracción de los valores presentes en las minas, así como para la
recuperación de metales presentes en soluciones acuosas contaminantes. En este sector los
procesos biotecnológicos han logrado ser aplicados con éxito en la lixiviación.
Mayormente, los procesos microbianos han sido empleados en la lixiviación de cobre y
uranio, en el mejoramiento de la extracción de metales preciosos contenidos en sulfuros
refractarios, y en el tratamiento de aguas residuales.

I. OBJETIVOS:
1. Preparación de medio de cultivo

2. Identificación de Mxs Lixiviantes:

 Microbiológico
 B. Molecular

3. Aplicación de Técnica bioinformática de Genoma de Mxs Lixiviantes

Marco Teórico.

2
1. La Lixiviación Bacteriana

también conocida como Biolixiviación, Biohidro-metalurgia o Biooxidación de Sulfuros,

puede ser definida como un proceso natural de disolución que resulta de la acción de
un grupo de bacterias - principalmente del género Thiobacillus - con habilidad de oxidar
minerales sulfurados, permitiendo la liberación de los valores metálicos contenidos en
ellos. Por mucho tiempo, se pensó que la disolución o lixiviación de metales era un proceso
netamente químico, mediado por agua y oxigeno atmosférico. El descubrimiento de
bacterias acidófilas ferro- y sulfo-oxidantes ha sido primordial en la definición de la
lixiviación como un proceso catalizado biológicamente.

En términos más globales, se puede señalar que la biolixiviación es una tecnología que
emplea bacterias específicas para lixiviar, o extraer, un metal de valor como uranio, cobre,
zinc, níquel y cobalto presente en las menas o en un concentrado mineral. El producto final
de la biolixiviación es una solución ácida que contiene el metal valor en su forma soluble.
De otro lado, el término biooxidación es un utilizado para describir un proceso que emplea
bacterias para degradar un sulfuro, usualmente pirita o arsenopirita, en la que el oro o la
plata, o ambos, se encuentran encapsulados.

La tecnología microbiana presenta ventajas sobre los métodos no biológicos, entre los que
podemos encontrar:

1. Requiere poca inversión de capital (las bacterias pueden ser aisladas a partir de
aguas ácidas de minas).

1. Bajos costos de operación necesarios para las operaciones hidrometalúrgicas en

comparación con los procesos convencionales.

1. Relativa ausencia de polución o contaminación ambiental durante el proceso.

1. El tratamiento del creciente acumulo de minerales de baja ley en las minas los que
no pueden ser económicamente procesados por los métodos tradicionales.

MICROORGANISMO FUENTE pH TEMPERATURA

ENERGETICA (ºC)

Thiobacillus Fe+2 , U+4 , Sº 1.5 25 - 35

ferrooxidans

3
Thiobacillus thiooxidans Sº 2.0 25 - 35

Leptospirillum Fe+2 1.5 25 - 35

ferrooxidans

Sulfolobus Sº , Fe+2 , C orgánico 2.0 > a 60

Acidiphilium cryptum C orgánico 2.0 25 - 35

Th. intermedius Sº, S-2, C orgánico 2.5 30

Th. napolitanus Sº, S-2 2.8 30

Th. acidophilus Sº, S-2 3.0

Th. Thioparus Sº. S-2 3.5

Thiobacillus TH2 y TH3 Fe+2, S-2 6.0 50

Metallogenium sp. Fe+2 4.5

Heterotrofos C orgánico 25 - 40

Bacterias asociadas a la Lixiviación de Minerales

2. Proceso de biolixiviación.

La Biolixiviación se ubica dentro de la clasificación de proceso comercial de Biominería,

que es el término usado para describir el uso de microorganismos en la extracción de
metales desde minerales o concentrados sulfurados y/o con contenido de hierro. Cuando el
metal es extraído desde soluciones, el proceso recibe el nombre de biooxidación o
biolixiviación.

El verdadero papel que desempeñan los microorganismos en la biooxidación de minerales

es un debate de largo tiempo, en cuanto a si el mecanismo usado por los mismos sería
directo o indirecto. El ataque directo es visto como un proceso en el cual componentes
presentes en la membrana bacteriana interactúan directamente con el metal y sus
compuestos sulfurados usando un tipo de mecanismo enzimático. Por otro lado, el
mecanismo indirecto tiene que ver con al ataque químico del ión férrico o del ácido sobre

4
el mineral sulfurado, lo que resulta en la disolución del mineral y la formación de ión
ferroso y varias formas de sulfuro.

2.1 Mecanismos directo.

En este caso, la bacteria ataca al sulfuro metálico de forma directa, adhiriéndose a la

superficie del mineral y posteriormente lo oxida enzimáticamente por transporte de
electrones desde la parte reducida del mineral al oxígeno. La reacción general es:

2.2 Mecanismo indirecto.

A diferencia del mecanismo directo, el indirecto considera principalmente la acción de
iones férricos sobre el mineral sulfurado, disolviéndolo. A partir de esta reacción química
se producen ión ferroso y azufre elemental, los que posteriormente son oxidados
biológicamente a ión férrico y ión sulfato, respectivamente. Este mecanismo no necesita la
adherencia de las células al mineral. Las ecuaciones de este mecanismo son las siguientes:

En el caso de la pirita, la reacción es:

Por otro lado, la oxidación del ión ferroso y del azufre elemental catalizada por la acción
de bacterias se lleva a cabo según las siguientes reacciones:

Para la explicación de este mecanismo, en los últimos años distintos investigadores han
tratado de proponer modelos que aclaren su funcionamiento. . Según este modelo los iones
férricos y/o los protones son los únicos agentes que disuelven el sulfuro, por lo tanto, el
mecanismo es estrictamente indirecto. Por otro lado, el modelo afirma que las funciones de
las bacterias son: regenerar los iones férricos y/o los protones; y concentrar estos iones en

5
la interface mineral/agua o mineral/célula bacteriana para favorecer la degradación del
mineral.

3. Microorganismos presentes en procesos de biolixiviación

Microorganismos presentes en procesos de biolixiviación Los microorganismos que

participan en procesos de lixiviación de minerales se caracterizan por su capacidad de
desarrollarse en ambientes extremos. Los ambientes acuosos asociados a los vertidos de las
minas se caracterizan por su bajo pH, altas concentraciones de metales pesados y en
algunos casos por elevadas temperaturas. A pesar de estas condiciones, existen estos
microorganismos, que además son capaces de desarrollarse y reproducirse. En estos
ambientes los microorganismos utilizan como fuente primaria de energía las especies
reducidas del azufre y ciertos metales en disolución

Una gran variedad de microorganismos participan en la oxidación de minerales sulfurados,

los que constituyen la microflora natural de estos minerales. Es decir, coexisten distintos
microorganismos cuyo metabolismo aporta los elementos necesarios para el desarrollo de
cada uno de ellos. Estos tienen varias características en común: son quimiolitótrofos
(ocupan compuestos inorgánicos como fuente de energía (azufre reducido o Fe+2), son
autótrofos (CO2como fuente de carbono), son acidófilos (pH óptimo está en un rango de
1.6 a 2) y de acuerdo a la temperatura a la que pueden desarrollarse se dividen en
mesófilos, termófilos moderados y termófilos.

Aunque está claro que existe una gran variedad de microorganismos involucrados, los más
importantes en el proceso de biolixiviación, y de los que se tiene mayor conocimiento son
principalmente bacterias, entre ellas: Acidithiobacillus ferrooxidans, Leptospirillum
ferrooxidans, Acidithiobacillus thiooxidans y Sulfobacillus termosulfidooxidans. Y
también algunas arqueas: Sulfolobus acidocaldarius, Sulfolobus metallicus, etc. [4]. Se
describen a continuación las principales características de las especies lixiviantes que
involucra este estudio:

3.1 Acidithiobacillus ferrooxidans: durante años se pensó que era el único organismo
importante en biolixiviación, y hoy en día es considerado como uno de los más
importantes. Es una bacteria Gram-negativa, acidófila, autótrofa y mesófila, cuya
temperatura óptima de crecimiento es entre 30 y 35ºC. Obtiene su energía de la oxidación
de ion ferroso y especies reducidas de azufre y su pH óptimo de crecimiento está entre 1.8
y 2.5.

3.2 Leptospirillum ferrooxidans: microorganismo aislado por primera vez en 1972, es

una bacteria Gram-negativa, acidófila, mesófila, aytótrofa y quimiolitótrofa [10]. A
diferencia de A. ferooxidans es capaz de oxidar sólo hierro ferroso, es más resistente al
ácido (crece a pH 1.2), más tolerante a temperaturas más elevadas y menos sensible a la
inhibición por Fe+3.
6
3.3 Acidithiobacillus thiooxidans: en procesos de biolixiviación aparece siempre junto
con A. ferooxidans y son indistinguibles morfológicamente. Es una bacteria Gram-
negativa, acidófila, autótrofa y mesófila, cuya temperatura óptima de crecimiento es entre
30 y 35ºC. Obtiene su energía de la oxidación de especies reducidas de azufre y tolera
mayores concentraciones de ácido que A. ferooxidans.

4. Técnicas de detección y cuantificación de microorganismos

En la actualidad las técnicas utilizadas en el estudio de la diversidad microbiana de

procesos de biolixiviación, para la detección y cuantificación de las especies se dividen en:
técnicas convencionales de cultivo, técnicas inmunológicas y técnicas moleculares basadas
en el DNA.

4.1 Métodos convencionales

Corresponden a las técnicas de cultivo convencional y no convencional, análisis

microscópico y Número Más Probable (NMP). Para llegar a la detección y posterior
cuantificación de los microorganismos es necesario primero aislarlos del medio y luego
cultivarlos para obtener una concentración suficiente que permita estudiarlos. Las técnicas
de cultivo utilizadas y descritas se pueden dividir de acuerdo al medio de cultivo utilizado:
agarosa, sílica gel o filtros de membrana.

Para la cuantificación es comúnmente utilizado el recuento directo al microscopio directo,

y la metodología NMP. Esta última consiste en el cultivo de bacterias en medio líquido
específico, el que posteriormente es analizado para determinar la presencia de los
microorganismos deseados y su cuantificación mediante la tabla de NMP.

4.2 Métodos inmunológicos

En el intento por detectar e identificar variedades de bacterias acidofílicas, se han

desarrollado técnicas inmunológicas de identificación y cuantificación basadas en el uso de
anticuerpos marcados fluorescentemente. Estos métodos son de alta sensibilidad e incluso
pueden identificar serotipos específicos. En la literatura se ha encontrado el uso de estas
técnicas para la detección de Acidithiobacillus ferrooxidans, Leptospirillum ferrooxidans,
Sulfolobus acidocaldarius y Acidithiobacillus caldus . Sin embargo, estos métodos sólo
permiten detectar células en suspensión y son ineficientes en el caso de células adheridas.
Así se ha desarrollado la técnica de enzyme-linked immunofiltration assay (ELIFA) , una
7
técnica derivada del método ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) que permite la
detección de bacterias adheridas al mineral.

Sin embargo presentan una serie de desventajas como son el alto costo asociado y los
múltiples serotipos que existen por especies, de los cuales hay una gran cantidad para los
que no existen anticuerpos asociados.

4.3 Métodos moleculares basados en el DNA.

Los métodos moleculares de identificación de microorganismos se basan en el estudio de

las moléculas de DNA y RNA, los que en su mayoría, a excepción de los métodos de
hibridación (DNA-RNA, DNA-DNA, RNA-RNA), están basados en la Reacción en
Cadena de la Polimerasa (PCR). La PCR permite obtener un elevado número de copias del
fragmento a amplificar a partir de una pequeña concentración de DNA, prescindiendo del
cultivo de los microorganismos. Con ella es posible el análisis de ciertas regiones de los
genes 16S, 23S y 5S del rDNA, usando partidores específicos que reconocen la secuencia
nucleotídica de estas regiones. En el caso del gen 16S, es una herramienta comúnmente
utilizada en la identificación de bacterias, esto pues es una unidad evolutivamente
conservada y contiene zonas que son comunes para microorganismos filogenéticamente
semejantes. Por otro lado, se trata de un gen relativamente corto, de aproximadamente
1500pb.

5. Desarrollo Bacteriano

El efecto de ciertos factores ambientales sobre el desarrollo y crecimiento de las bacterias

juega un rol importante dentro del proceso de lixiviación bacteriana, es por ello de mucha
importancia el control de factores, como el pH, la presencia de oxígeno, la temperatura, la
influencia de la luz, los requerimientos nutricionales, tamaño de partícula, y el efecto de
inhibidores, entre otros.

 PH: En general los T. ferrooxidans, desarrollan bien en medios ácidos, siendo

incapaces de desarrollar sobre Fe+2 a un pH mayor de 3.0. Normalmente los
valores sobre el que los tiobacilos se desarrollan se ubican dentro del rango de 1.5 a
2.5.
 Oxígeno y CO2: La disponibilidad de oxígeno es un factor que controla la
extracción de metales por bacterias. No se conoce otro oxidante que pueda ser
utilizado por los microorganismos en ambientes de lixiviación. El dioxido de
carbono es utilizado como fuente de carbono para la fabricación de su arquitectura
celular.
 Nutrientes: Como todos los seres vivientes, T. ferrooxidans requiere de fuentes
nutricionales para su óptimo desarrollo, entre las que tenemos fuente de N2

8
 (amonio), de fosfato, de S, iones metálicos (como Mg+), etc. Magnesio, es
necesario para la fijación de CO2 y el fósforo es requerido para el metabolismo
energético. Los medios de cultivo empleados presentan estos requerimientos,
siendo los más importantes el 9K y el TK.

 Fuente de Energía: Los T. ferrooxidans utilizan como fuente primaria de energía

los iones ferroso y azufre inorgánico. El fierro ferroso debe ser suplementado al
medio cuando se trata de medios sintéticos. En caso de utilizar mineral, no es
necesario añadir Fe+2.

 Luz: La luz visible y la no filtrada tienen un efecto inhibitorio sobre algunas

especies de Thiobacillus, pero el fierro férrico ofrece alguna protección a los rayos
visibles.

 Temperatura: El rango sobre el cual se desarrrollan se encuentran entre 25ºC y

35ºC.
 Presencia de Inhibidores: En los procesos de molienda o por acción propia del
agente lixiviante se liberan algunos iones que en ciertas concentraciones resultan
tóxicas para las bacterias ferrooxidantes afectando el desarrollo bacterial. La
literatura señala que los niveles de tolerancia de las bacterias para ciertos metales
es Zn+2 = 15 -72 g/l; Ni+2 = 12 - 50 g/l; Cu+2 = 15 g/l; Ag+ = 1ppb; UO2+2 =
200 - 500 mg/l, entre otros.

6. APLICACIÓN DE LOS PROCESOS BIOTECNOLÓGICOS

 Biooxidación de Sulfuros
Muchos sulfuros metálicos pueden ser atacados por acción bacterial, dando lugar a la
producción de los correspondientes sulfatos solubles. Para sulfuros refractarios de oro y
metales del grupo del platino, el ataque bacterial resulta siendo un pretratamiento.

 Oxidación de la Pirita: La pirita (FeS2) es un sulfuro ampliamente distribuido y

se lo puede hallar en asociación con muchos metales como cobre, plomo, zinc,
arsénico, plata, oro, entre otros. Su oxidación da lugar a la formación de sulfato
férrico y ácido sulfúrico

9
 Sulfuros de Cobre: La oxidación biológica de sulfuros de cobre ha sido el proceso
más estudiado. El cobre se disuelve transformándose en sulfato de cobre (CuSO4).
La chalcopirita (CuFeS2) es el sulfuro de cobre más difícil de oxidar. Bajo la
influencia de T. ferrooxidans la velocidad de oxidación de este sulfuro ase
incrementa hasta en 12 veces más que el proceso netamente químico. Los sulfuros
secundarios de cobre -chalcocita (Cu2S), covelita, bornita-, son oxidados más
fácilmente bajo el impacto de las bacterias .A nivel industrial, la tecnología ha
venido siendo aplicada en pilas (Chile, USA, Perú, etc.). Southern Perú viene
aplicando la tecnología para la recuperación de cobre en sus botaderos de sulfuros
de baja ley de Toquepala. Más recientemente, Billiton, de Sudáfrica, realiza
investigaciones para recuperar el cobre contenido en minerales arsenicales, en un
proceso que ha denominado BIOCOP.

 Sulfuros de Metales Preciosos: La lixiviación bacteriana se emplea para romper la

matriz del sulfuro (principalmente, pirita y/o arsenopirita) en la que se encuentra
"atrapada" la partícula aurífera, permitiendo la posterior recuperación de la misma
por cianuración convencional. Realmente, el proceso resulta siendo un
pretratamiento antes que una disolución directa del metal. Los procesos industriales
han tenido enorme aplicación, entre los que destacan: el proceso BIOX, de Gencor,
y que tiene plantas como la de Ashanti con capacidad para tratar hasta 1000 tpd de
mineral. En el Perú la tecnología es aplicada en el Proyecto Tamboraque de Minera
Lizandro Proaño, para recuperar oro contenido en arsenopirita. Mintek, también ha
desarrollado el proceso MINBAC, y Bactech de Australia ha desarrollado un
proceso que emplea bacterias moderadamente termófilas para el tratamiento de
sulfuros preciosos y de metales base que se conoce como el proceso BACTECH.

METODOLOGÍA:

10
I. PREPARACIÓN DEL CULTIVO
MATERIALES Y MÉTODOS
Materiales:

 01 vasos de precipitación de 250 mL Pyrex.

 01 matraz Erlenmeyer 250 mL Pyrex.
 01 probeta graduada de 100 mL Pyrex.
 01 termómetro graduado de -10°C a 360°C Pyrex.
 01 Piseta de plástico.
 01 cocina eléctrica.
 01 Pipeta
 01 balanza analítica (Legibilidad: 0.01g)
 02 placas esteriles
 PHmetro
 Microoscopio

Reactivos

11
  H2SO4 (concentrado)
 FeSO4
 NH4SO4
 MgSO4
 K2HPO4
 Garosa
 Agua destilada
PROCEDIMIENTO EXPERIMENTAL

1. Se pesa los reactivos empezando de mayor a menor para una solución de 200ml las
cantidades se muestran en la Tabla 1
2. En un vaso de precipitación de 250 ml se agrega 1ml de H2SO4 (concentrado) y se afora
con agua destilada hasta 200 ml. (solución 1 )
3. A la solución 1 se le adiciona los reactivos previamente pesados y se mezcla hasta que
solubilice (solución 2)
4. Se mide el PH de la solución 2, el PH de esta solución deberá estar entre 1 y 2
5. Aparte se pesa 1 gr de garosa por cada 100 ml de solución 2
6. La garosa se añade a la solución 2 y se calienta hasta que solubilice tener cuidado que no
sobrepase los 80 °C (solución 3)
7. Se pipetea 20ml de solución 3 en las placas y se deja enfriar
8. Se agregan las bacterias en las superficies de las placas, se invierte las placas 180° y se deja
incubar.

Reactivo Cantidad

FeSO47H2O 6.6 gr

(NH4)2SO4 0.3 gr

K2HPO4 0.05 gr

MgSO47H2O 0.5 gr

12
 H2SO4 (concentrado) 1 ml

Garosa 2 gr

Agua destilada 200ml

RESULTADOS:
1. De la preparación del medio de cultivo

Placa con solución para medio de

cultivo de la bacteria A.
Ferrooxidans en medio solido

Solución para medio de cultivo

para la bacteria A. Ferrooxidans en
medio liquido

II. IDENTIFICACION DE MxS LIXIVIANTES.

13
La mayor parte de los microorganismos involucrados en los procesos de
biolixiviación se caracterizan por crecer quimiolitotróficamente en ambientes ácidos
con pH menor a 3, con alta concentración de iones metálicos y por ser capaces de
utilizar el ion ferroso o los compuestos de azufre reducido como fuente de energía.
En el laborotario del curso de biotecnología minera realizado en la Universidad
Nacional de Trujillo observamos algunos tipos de bacterias mesofilas (temperaturas
menores a 40°C) que constituyen el principal grupo de acidolfilos. Se describen a
continuación las principales características de las especies lixiviantes que involucra
este estudio:

Acidithiobacillus ferrooxidans: es una bacteria del género Acidithiobacilli,

mesófilas y se desarrollan en un rango de pH entre 1,8 y 2,0.Tiene habilidad para
oxidar iones ferrosos en soluciones de ácido sulfúrico obteniendo la energía
necesaria para crecimiento y fijación de CO2.
At. Ferrooxidans es útil principalmente para aplicaciones en la lixiviación de
minerales debido a que esta bacteria puede oxidar sulfuros metálicos a sulfatos
solubles en soluciones ácidas. La oxidación de materiales sulfurados es mediada por
ión férrico el cual en la reacción es reducido químicamente a Fe2+ y reoxidado por
At. ferrooxidans. De esta forma durante el proceso de biolixiviación, At.
ferrooxidans mantiene favorable la razón Fe3+ / Fe2+ el cuál se refleja en el
relativamente alto potencial redox en la solución de lixiviación (Grishin y Tuovinen,
1988).

Taxonomía

Tabla 1: Taxonomía de A.ferrooxidans

reino bacteria
filo Proteobacteria
clase Gammaproteobacteria
orden Acidithiobacillales
familia Acidithiobacillaceae
genero Acidithiobacillus
especie Acidithiobacillus
ferrooxidans

14
Ejemplo de Acidithiobacillus ferrooxidans visto con microscopio electrónico

RESULTADOS

Esta muestra mayormente

tiene cobre en solución,
también contiene cadmio,
arsénico.

Acidithiobacillus ferrooxidans:

15
III. APLICACIÓN DE TÉCNICA BIOINFORMÁTICA DE GENOMA DE MXS
LIXIVIANTES

1. Qué es la Bioinformática

La Bioinformática es el uso de técnicas computacionales, matemáticas y estadísticas para

el análisis, interpretación y generación de datos biológicos.

La bioinformática estudia la Minería de Datos de:

|->ADN (Ácido Desoxirribonucleico)

|->Proteínas

|-> Genómicas

-> Mutación /Polimorfismo

En la bioinformática lo que se hace es:

 Almacenar datos de genes a través de minería de datos.

 Observar que hacen los genes

Por ejemplo en la siguiente figura podemos ver lo que se puede lograr con la bioinformática
haciendo visible lo que es regular o irregular en el cuerpo del ser humano u especie.

Se pude concluir que la bioinformática lo que busca es llegar a la medicina y ayudar en la

obtención de curas para enfermedades como el cáncer, las enfermedades que se derivan de
mutaciones, etc.

Base de Biologia

Biologia:Ciencia que estudia los seres vivos.

Tiene las siguientes características

 Universalidad:Las reaciones químicas básicas son las mismas en todos los seres
vivos

 Evolucion:Todos los organismos se evolucionaran de un único ancestro común

 Taxonomia Todos los seres se dividen en una categoría y

subcategoría.Ejemplo:reinos

16
Hay 3 niveles

Orgánico: Tejidos de la celula.Estructura o compartimiento subcelular,análoga a los

órganos de lso seres vivos pluricelulares, que desempeña una función concreta

|->Biología Celular: Estudio sobre las células. Esto incluye su anatomía, su fisiología, las
interacciones de ésta con el medio, su ciclo vital, y su división y muerte.

|->Biología Molecular: Estudio de las moléculas. La biología molecular concierne

principalmente al entendimiento de las interacciones de los diferentes sistemas de la célula,
lo que incluye muchísimas relaciones, entre ellas las del ADN con el ARN, la síntesis de
proteínas, el metabolismo, y el cómo todas esas interacciones son reguladas para conseguir
un correcto funcionamiento de la célula.

Célula: Unidad funcional de todo ser vivo.

Encontramos dos categorías de células:

|->Procariotas: No tienen núcleo.

|->Eucariotas: Tienen núcleo.

Entre las células eucariotas encontramos la vegetal y animal, estas poseen diferencias que
las podemos observar en la Figura 3 donde ilustra las estructuras que son comunes en las
células animales yvegetales, así como las estructuras que les son únicas. Las estructuras que
son comunes a plantas y animales, están en medio de la imagen. Las estructuras propias de
las plantas, a la izquierda y las animales a la derecha.

2. Bases de Genética

17
La genética estudia los genes que determinan nuestras características.

Hay cuatro (4) tipos de genética:

1. Genética Clásica: trata de cromosomas y genes.

|->Cromosomas: Es como el ADN se empaqueta.

|->Genes: Secuencia larga (3Gb) en el genoma humano cada gen codifica las proteínas que
dan nuestras características físicas. Los genes están dentro de los cromosomas.

En nuestro cuerpo hay 33.000 características.

Genética Cuantitativa: Estudia el impacto de los fenotipos.

Genética Evolutiva: Estudia como los genes se vuelven a través del tiempo en determinada
población.

Genética Molecular: Estudia lo mismo que la genética clásica, cuantitativa y evolutiva pero
a nivel molecular.

La genética molecular tiene un dogma denominado DOGMA CENTRAL DE LA

BIOLOGÍA MOLECULAR.

El Dogma Central de la Bilogía nos habla de cómo se pasa de genotipo a fenotipo. El paso
de genotipo a fenotipo se llama expresión genética.

Genotipo: Conjunto de toda nuestra información genética (Nuestro Disco Duro).

-Fenotipo: Conjunto de características Físicas.

|-La replicación consiste en la copia del ADN de una célula, antes de la división celular,
para que la célula hija tenga el mismo ADN que la madre.

|-La transcripción consiste en convertir la información contenida en el ADN en un formato

“legible” para la maquinaria celular de síntesis de proteínas, el ARN.

|-La traducción es el mecanismo por el que el mensaje que lleva el ARN se utiliza para
sintetizar proteínas.

18
Con estos tres mecanismos conseguimos extraer de la información genética (ADN), los
materiales (proteínas) necesarios tanto funcional como estructuralmente para que una célula
funcione.

La copia de trabajo es sobre un gen (de un archivo a la vez). El sistema es universal.

3. NCBI Entrez

Es un portal y un buscador que permite acceder a la base de datos del National Center for
BiotechnologyInformation (NCBI). NCBI es una parte de la National Library of Medicine
(NLM), así como un departamento de National Institutes of Health (NIH) del Gobierno de
los Estados Unidos.

Cada ícono es una base fundamental y diferente. Permite encontrar:

* PubMed: reúne todos los artículos científicos de las ciencias de la vida y la medicina.

* PubMed Central: Parte de los artículos de PubMed que están disponibles.

* SiteSearch: Buscar en todo el sitio.

* Books: Buscar en los libros del portal.

* Nucleotide: Secuencias del ADN y ARN.

* Protein: Todas las secuencias de las proteínas.

* Genome: Buscar secuencias de los genomas completos (Genoma humano).

* Structure: Tiene todas las estructuras.

* Taxonomy: Clasificación de las especies.

19
Aquí toda la información biológica es de dominio público. No se puede patentar la
información genética.

Podemos reducir la búsqueda con ayuda de operadores Booleanos aquí se usan en

mayúscula AND, OR, NOT. Podemos seguir reduciendo la búsqueda con

Limits->limits to (Lo que se hace es poner rangos de búsqueda).

Encontramos de la misma manera en los resultados la opción de poder el formato FASTA o

ver las estructurastridimensionales. Es por ejemplo entramos la siguiente expresión en el
buscador en la opción Protein ->(AIDS) AND NATURE [JOURNAL] obtendríamos los
resultados de todas las proteínas relacionadas con el SIDA publicadas en la revista
NATURE.

4. TECNOLOGÍAS COMPUTACIONALES APLICADAS A LA

BIOINFORMÁTICA.

La biología al igual que todas las ciencias que son base de la investigación científica,
proveen (dependiendo de los objetivos planteados) grandes volúmenes de información que
requieren de técnicas computacionales avanzadas para permitir hacer procesamiento en
tiempo real. Muchas de estas técnicas se enmarcan dentro de temas de investigación y
desarrollo informático que tienen que ver con el almacenamiento y procesamiento de datos,
entre lascuales podemos mencionar las bases de datos (BD) relacionales y semánticas, las
bodegas de datos, minería de datos y algunas técnicas de inteligencia artificial, entre otras.

A. Bases de Datos Biológicas.

Las actuales bases de datos biológicas usan generalmente tres tipos de estructuras de base
de datos: ficheros planos (a pesar de las obvias desventajas de su uso), relacionales y
orientados a objetos. La razón es la falta de dimensionamiento de los modelos reales con el
volumen de datos requeridos.Con base en su contenido, las bases de datos biológicas
sepueden dividir en tres categorías :

- Bases de datos primarias, las cuales contienen datos biológicos originales. Son archivos
de secuencia en bruto o datos estructurales (por ejemplo Gen Bankm y Protein Data Bank).

- Bases de datos secundarias que contienen información procesada computacionalmente (o

manualmente curada), con base en datos primarios. Las bases de datos de secuencias de

20
proteínas traducidas contienen la anotación funcional perteneciente a esta categoría
(ejemplo Swiss-Prot yPIR).

- Bases de datos especializadas, aquellas que atienden a un interés de investigación en

particular (por ejemplo Flybase). La base de datos de secuencias del VIH, y Ribosomal
Database Project son ejemplos de bases de datos que se especializan en un determinado
organismo o un determinado tipo de datos.

Muchos de los problemas detectados en las investigaciones científicas, radican en la

necesidad de conectar las bases de datos secundarias y especializadas a las bases de datos
primarias. Es conveniente que las entradas en una base de datos sean de referencia cruzada
y vinculada o ¨linkeadas¨ a las entradas relacionadas en otras bases de datos que contengan
información adicional.

La barrera principal al enlazar diversas bases de datos biológicas es la incompatibilidad del

formato que actualmente utilizan los tres tipos de estructuras de base de datos mencionadas,
limitándola comunicación entre ellas.Una solución para estandarizar la comunicación entre
bases de datos en sistemas distribuidos, es el uso de un lenguaje de especificación llamado
Common Object Request Broker Architecture (CORBA), que permite a los programas de
bases de datos en diferentes lugares comunicarse en una red a través de un "corredor de
interfaz" sin tener que entender cada estructura de manera independiente.

Un protocolo similar llamado eXtensible Markup Language (XML) también ayuda en el

enlace de las bases de datos. En este formato, cada registro biológico se divide en pequeños
componentes básicos que se marcan con etiquetas de agrupamiento jerárquico.

Las secuencias de genes se pueden contaminar con secuencias de vectores de clonación y

por redundancia de datos primarios causada por la adquisición repetida de secuencias
idénticas ocoincidentes. Para reducir esta redundancia, el National Center for
Biotechnology Information (NCBI) ha creado una base de datos noredundante llamada
RefSeq, en el que las secuencias idénticas del mismo organismo y los fragmentos de
secuencia asociadas se fusionan en una sola entrada.

Otra manera de abordar el problema de la redundancia es crear las bases de datos de

secuencia-cluster tales como UniGene que unen secuencias de etiquetas expresadas (EST)
que son derivadas del mismo gene.

A menudo, la secuencia del gen se puede encontrar bajo diferentes nombres como resultado
de múltiples entradas. Para aliviar este problema, es necesaria la re-anotación de genes y
proteínas utilizando un vocabulario común para describirlos. Gene Ontology proporciona
un sistema coherente e inequívoco de nomenclatura para todos los genes y las proteínas.

21
B. Bodegas de Datos.

Un Data Warehouse (DW) es un conjunto de datos integrados orientados a una materia, que
varían con el

tiempo y que no son transitorios, los cuales soportan el proceso de toma de decisiones de la
administración [3].

A partir de la revisión de los proyectos de Bioinformática se encuentra que los

requerimientos de este campo exigen el almacenamiento de grandes volúmenes de datos,
con múltiples dimensiones, de periodos de tiempo extensos y con formatos heterogéneos al
igual que sus fuentes.

Wang et al[4] describe su propuesta de modelamiento multidimensional para datos

biomédicos, basados en una bodega de datos llamado esquema BioStar, que puede capturar
la rica semántica de datos biomédicos y proporcionar una mayor extensibilidad y
flexibilidad para la rápida evolución de las metodologías de investigación biológica. Esto se
garantiza con el almacenamiento de las diferentes medidas en n-tablas separadas, las cuales
son usadas para manejar las relaciones de muchos-a-muchos entre la entidad central y las
dimensiones pudiendo estar diseñados para soportar características específicas de una
medida.

Ligand Depot es una fuente de datos integrados para encontrar información acerca de
moléculas pequeñas, proteínas y ácidos nucleicos. Se centra en proporcionar información
química y estructural para pequeñas moléculas. A su vez acepta consultas basadas en
palabras clave, también proporciona una interfaz gráfica para la realización de búsquedas
en subestructura química, y permite el acceso a una amplia variedad de recursos Web. Se
plantea como trabajo futuro la implementación de capacidades mejoradas de búsqueda y la
incorporación de una más sofisticada interfaz gráfica de usuario [5].

C. Minería de Datos en Bioinformática.

La minería de datos se orienta hacia el estudio de técnicas para extraer información valiosa
de una gran cantidad de datos biológicos. Para ello, son necesarias herramientas de
software eficientes que permitan recuperar datos, comparar secuencias biológicas, descubrir
patrones y visualizar el descubrimiento del conocimiento.[6]

Entre las técnicas de minería de datos en Bioinformática más comunes se pueden destacar:

- KDD, que es el proceso completo de extracción de conocimientos, no triviales,

previamente desconocidos y potencialmente útiles a partir de un conjunto de datos;

22
- minería textual o KDT, que se orienta a la extracción de conocimiento a partir de datos
(no-estructurados en lenguaje natural) almacenados en las bases de datos textuales, se
identifica con el descubrimiento de conocimiento en los textos, y

- Estadistica en la minería de datos, que se puede dividir en dos grupos: Aprendizaje

supervisado en el que se tiene conocimiento por adelantado de los grupos de secuencias y
en el que el objetivo es deducir la forma de clasificar las futuras observaciones, y el
Aprendizaje no supervisado, el cual consiste en la detección previa de los grupos hasta
ahora desconocidos de casos "similares" en los datos.

Las herramientas de software que facilitan la investigación en bioinformática pueden

clasificarse en cuatro clases:

a. Herramientas de recuperación de datos. Por ejemplo, Entrez[7], que es un sistema

integrado de datos de recuperación desarrollado por la NCBI que proporciona un acceso
integrado a una amplia gama de dominios de datos, incluyendo secuencias de la literatura,
nucleótidos y proteínas, genomas completos, estructuras 3D y más.

b. Comparación de la secuencia y las herramientas de alineación. Un ejemplo es BLAST

(su principal característica es la velocidad), que realiza búsquedas en la totalidad de una
base de datos no redundante en poco tiempo.

GenBank y EMBL, son dos de las herramientas principales de gestión de bases de datos
biológicas para alineamiento local por pares de secuancias.FASTA se puede utilizar para
hacer una comparación rápida de proteínas o de nucleótidos. Alcanza un alto nivel de
sensibilidad para la búsqueda de similitud mediante la realización de búsquedas
optimizadas para alineamientos locales utilizando una matriz de sustitución.

Para alineación de secuencias múltiples, la herramienta disponible es ClustalW, la cual se

puede utilizar para alinear las secuencias de ADN o de proteínas con el fin de dilucidar sus
relaciones, así como su origen evolutivo.

c. Herramientas de descubrimiento de patrones, que se utilizan para buscar patrones o

características de los datos. Análisis de Cluster es una herramienta que se utiliza para
encontrar grupos en un determinado conjunto de datos de tal manera que los objetos en el
mismo grupo sean similares entre sí y diferentes a

los de otros grupos. Otra herramienta útil integrada para el descubrimiento de patrones de
expresión es GeneQuiz, como un sistema integrado de gran escala para el análisis de
secuencias de ADN y proteínas, usando una variedad de métodos de búsqueda y análisis.

d. Herramientas de visualización. Permiten una visualización interactiva y gráfica de los

datos genómicos.

23
Los más grandes paquetes de análisis, tales como Expression Profiler y Gene Quiz, tienen
una herramienta de visualización integrada en ellos. Además, muchos paquetes de software
de visualización también se encuentran disponibles gratuitamente en Internet. Algunos
ejemplos son los siguientes: Protein Explorer que proporciona una visualización en 3D de
la estructura de proteínas en un sistema interactivo y Tree View que proporciona una
representación gráfica de los resultados de la agrupación y la imagen de navegación basada
en los árboles jerárquicos.

CONCLUSIONES:

 Se Logró preparar el medio de cultivos para la bacteria A. ferrooxidans en medio

liquido

 No se logró conseguir solidificar el medio de cultivo para la bacteria A.

ferrooxidans en medio solido debido quizás al escaso control con respecto a la
temperatura ya que no se contó con un termómetro en el momento de disolver la
garosa en la solución la cual pudo haberse visto afectada por un exceso de
temperatura, además que no se contó con un PH-metro adecuado el cual nos pueda
indicar con exactitud el PH de la solución por lo que solo se trabajó con rangos de
PH.
 En esta práctica se logró identificar a la especie lixiviante Acidithiobacillus
ferrooxidans utilizado en los procesos de biotecnología minera.

BIBLIOGRAFIA
 PUICON, Yuri y HURTADO, jasmin
Bioremediacion de suelos contaminados con mercurio utilizado Pseudomonas sp.
Aisladas de zonas de la minerologia.

 Bauer, J. L. ,1986. Lixiviación Bacteriana: Introducción a la parte microbiológica de

la Biohidro-metalurgia con sp. de Thiobacillus. Revista de la ANBIOP, 3(2): 53-60
 Gentina, J. C.; F. C. Acevedo, 1992, Lixiviación Bacteriana de Minerales. En : IV
Curso Latinoamericano de Biotecnología , Chile.
24
 Gilbert, S. R.; C.O. Bounds; R. R. Ice, 1988. Comparative economics of bacterial
oxidation and roasting as a pretreatment for gold recovery from an auriferous pyrite
concentrate. CIM Bulletin 81 (910) 89-94.
 Loayza, C.; C. Troncoso, 1993, Lixiviación de Minerales, Curso de Actualización,
TECSUP, Lima
 Pooley, F.D., 1993, Desarrollos en Bio-hidrometalurgia para el Procesamiento de
Minerales. En: XXI Convención de Ingenieros de Minas del Perú. Ica, 1993.

25