Los conservadores disidentes se apartaron formalmente del Partido Nacional en enero de
1896 con la publicación de un manifiesto titulado "Motivos de la Disidencia". Redactado por Carlos Martínez Silva del departamento de Santander, documento firmado por veintiún conservadores promitentes (todos antiguos colaboradores de la Regeneración, movimiento liderado inicialmente por Rafael Núñez, conformado por liberales moderados y conservadores), documento que obtuvo después el apoyo de Marceliano Vélez, líder de un importante bloque de disidentes conservadores del departamento de Antioquia. El documento era una acusación de prácticamente todos los aspectos de la Regeneración y, a la vez, una declaración de los principios históricos del partido conservador. Los disidentes reconocían los grandes logros de la Regeneración: la consecución de la unidad nacional y la definición del asunto de la Iglesia. Pero alegaban que la constitución de 1886 y las fórmulas económicas y políticas de los gobiernos que la siguieron habían constituido una reacción exagerada contra el extremo federalismo y la debilidad de los gobiernos nacionales bajo la Constitución de 1863. La política y administración propuesta por la regeneración se había vuelto autoritaria y sus políticas fiscales habían resultado desastrosas”.13 Las elecciones presidenciales de 1898 se realizaron después de una campaña agitada por vientos de guerra. Desde marzo de 1897, a nombre de los liberales, Nicolás Esguerra había propuesto un frente nacional, con un ejecutivo plural de liberales y conservadores históricos que excluía del gobierno a los nacionalistas (seguidores del Partido Nacional).14 Por su lado, el partido conservador se oponía continuamente a todo aquello que pudiese llegar a representar el gobierno de los nacionalistas. Sanclemente, debido a problemas de salud, tuvo que delegar provisionalmente el poder al vicepresidente José Manuel Marroquín,15 esto fue aprovechado por los conservadores históricos ya que Marroquín era cercano a este bando. 16 Los primeros actos de gobierno de Marroquín, en materia económica, sorprendieron a todos: los liberales lo aplaudieron y los nacionalistas se sintieron defraudados. Marroquín había comenzado a desmontar la política proteccionista de la Regeneración y a darle vía al libre cambio. Miguel Antonio Caro le envió mensajes de urgencia a Sanclemente para que viniera a posesionarse, generándose un vacío de poder que permitió que se dieran las condiciones para la guerra. Sanclemente asumió el poder en los primeros días de noviembre de 1898, poniendo fin, de esta forma, a los ochenta días de la administración Marroquín.