Introducción:

Durante la mayor parte de la historia, la vida en la tierra consistía únicamente de

microorganismos (John c. et al, 2010.), hoy en día organismos microscópicos como
Bacteria, Archea y los microorganismos presentes en el dominio Eukarya (algas, hongos,
protistas) y los virus aun dominan la tierra, ya que son las formas de vida más abúndate en
la tierra estando presentes en todos los ecosistemas (Hernández et al, 2014), además de ser
la fuente principal de nutrientes y los recicladoras primarios de la materia muerta,
participando en los procesos biogeoquímicos, ecológicos y biotecnológicos (Rivera-
Urbalejo et al, 2021). Sin embargo, el estudio de estos seres estuvo limitado a tubos y
placas de cultivo, ya que solo se conocen las condiciones adecuadas para cultivar unos
pocos microrganismos, ignorando a los microbios que no son cultivables de esta manera
(Philip y Gen. 2008). Lo que limita la de la visión diversidad microbiana alterando la
percepción del micromundo, sin embargo, existe una nueva tecnología que permite conocer
los microrganismos que no se pueden cultivar y las interacciones entre los miembros de la
comunidad microbiana, esto es posible a través del uso de la metagenómica (Solden et al,
2016).
La metagenómica o genómica ambiental esa definida por el National Research Council
(US) Committee on Metagenomics como: “la ciencia de descubrir, modelar, comprender y
finalmente gestionar a nivel molecular las relaciones dinámicas entre las moléculas que
definen comunidades y la biosfera” (National Research Council (U.S.). Committee on
Metagenomics: Challenges and Functional Applications., 2007), la metagenómica provee el
acceso a los genes funcionales y la composición de las comunidades microbianas, dando un
panorama mucho más amplio de micromundo, a comparación de los estudios filogenético
que comúnmente se basan en la diversidad de u solo gen como el 16S rRNA (Thomas et al,
2012), en síntesis, la metagenómica busca conocer y comprender la ecología microbiana de
cualquier nicho ecológico, como sistemas edáficos, aguas marinas, ecosistema intestinal,
cavidad oral humana, producción de leche entre otros (Rivera-Urbalejo et al., 2021).

Sin importar el ambiente o ecosistema a estudiar existen

tres pasos importantes en la realización de un estudio
metagenómico; el primero es la colecta de la muestra de
interés, el segundo es la extracción del ADN total de la
muestra y el tercero son las tres diferentes opciones que
existen para analizar la muestra. A) El ADN metagenómico
puede ser sometido a un proceso de digestión y clonación en
vectores de expresión como los denominados cromosomas
artificiales de bacterias (BAC), cromosomas artificiales de
levadura (YACs), Cósmidos, o Fósmidos, que nos permiten
construir librerías metagenómicas recuperando insertos
de ADN mayores a 40 Kb (Jung y Kim, 2018; Piel et al.,
2018; Tocchetti et al., 2018; Buckley y Ettensohn, 2019).
B) amplificación por PCR de los genes que codifican para
los ARN´s ribosomales (ARN´s) 16S o 18S, lo cual permite
conocer la diversidad de microorganismos en la muestra
(bacterias, arqueas o eucariontes) para realizar un análisis
filogenético. C) secuenciación directa de la muestra,
usando la plataforma de Biosistems SOLID system o las de
nueva generación (NGS) como las de Illumina sequencing
technology o Roche Genome Secuencer (Dabdoub et al.,
2016; Roeh et al., 2017; Ravi et al., 2018). En cualquiera
de las opciones anteriores el paso final es el análisis de
secuencias de los genes buscando alguna actividad de
interés.