Práctica N° 2 y 3

UTILIZACIÓN DE NCBI

Propósito general de las prácticas

En la práctica anterior se tuvo como propósito el conocer una de las páginas más
importantes en datos genéticos, en estas 4 horas veremos como utilizar los datos y
emplearlos para tener un mejor conocimiento de algunos programas bioinformáticos.
1. Para obtener datos de secuencias volveremos a utilizar:
a. National Center for Biotechnology Information: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
b. En Search buscar Nucleotid, donde pone For poner LRP12
c. Abrir la secuencia con número de acceso: NM_001315806. Revisar la
información contenida en la descripción de la secuencia: No de acceso,
taxonomía del organismo, región codificante (CDS), publicación, autores,
secuencias nucleotídica y proteica.

Nº de acceso NM_001315806

Taxonomía del organismo Eukaryota; Metazoa;

Chordata;Craniata;Vertebrata;
Euteleostomi; Mammalia;
Eutheria; Laurasiatheria;
Artiodactyla;Suina; Suidae;
Sus.

CDS 2..2581

Publicación J. Anim. Sci. 91 (4),

1531-1537 (2013)

Autores Melo C, Quintanilla R,

Gallardo D, Zidi A, Jordana J,
Diaz I, Pena RN and Amills M.

Secuencia nucleotídica 1 ..2971

Secuencia proteica 1..80

d. Extrae 5 secuencias nucleotídicas del gen DQA del complejo mayor de

histocompatibilidad de la base de datos GenBank:
i. Cerdo (Sus scrofa)
ii. Vaca (Bos taurus)
iii. Perro (Canis familiaris)
iv. Oveja (Ovis aries)
v. Caballo (Equus caballus)
vi. Humano (Homo sapiens)
vii. Ratón (Mus musculus)
viii. Chimpancé (Pan troglodytes)
e. Rellena los datos de cada una de las especies que se ha citado:

Nº de acceso Tamaño (pb) Tamaño (aa)

 humano DQ284439 256

caballo NM_001142812 256

perro NM_001011726 256

cerdo NM_001114062 256

vaca AF037314 256

f. Poner título y autores del artículo donde se han publicado estas secuencias.
Guardar 3 secuencias aminoacídicas que le agraden, sólo guárdelas para
usarlas en Multalin

1. Traducción de cada una de las secuencias a aminoácido: EXPASY Proteomic tools

en https://web.expasy.org/translate/
2. Para cambio de secuencia nucleotídica a aminoacídica hacer click en translate
sequence. Escoger una de las secuencias y copiarla en word.
3. para el alineamiento de secuencias:
a. Usaremos el programa Multalin de alineamiento múltiple:
http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/multalin/multalin.html
Para poner secuencias aminoacídicas o nucleotídicas debemos poner el signo > y
luego el nombre de la secuencia elegida, seguida de un punto aparte.
Ejemplo: >Homosapiens.

A partir del fichero de secuencias DQA aminoacídicas, realizar un alineamiento

múltiple. Indica 5 posiciones:
- Altamente conservadas (color rojo)
- Medianamente conservadas (color azul)
- Poco conservadas (color negro)