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Ejercicio 1
Se llevó a cabo la expresión recombinante de una lipasa BTL2 expresada en E. coli. Para
purificar esta enzima, se realizó una cromatografía de interacción hidrofóbica en batch.
ricuesta experimento
a) Indique cómo determinaría el % de rendimiento de la cromatografía realizada.
b) Diseñe un experimento para determinar la concentración de sustrato a la cual
debemos trabajar para estar en velocidades máximas.
c) ¿La velocidad máxima puede ser una velocidad inicial? Justifique
d) ¿La velocidad de reacción puede variar con el pH? Diseñe un experimento para
corroborar su respuesta
e) Se incubaron 3 fracciones de BTL2 a 50, 60 y 70°C durante 8 horas. Durante este
período se tomaron alícuotas de la enzima incubada en cada condición cada 30 min y se midió
la actividad de la enzima con exceso de sustrato y a 50°C.
Los resultados de este ensayo indicarán (i) o (ii)? Justificar.
i) A qué temperatura la enzima presenta mayor actividad
ii) A qué temperatura la enzima es más estable X
f) En uno de los puntos del ensayo anterior de midió la actividad monitoreando la
aparición de producto a 340 nm (ε340nm=15 mM-1cm-1) durante 5 minutos de una solución de
2 mL de buffer pH 8 que contiene exceso de sustrato con 5μL de una dilución 1 en 200 de
enzima (Stock a 0.2 mM). La pendiente obtenida en este caso fue de 0,15. Calcule las UI/mL y
la Kcat en estas condiciones.
Ds
condiciones de exceso de sustrato
,
Umais
o sea
que trabajamos a
.
1a) R: Es el rendimiento de la purificación. Me indica cuánto de la enzima que estoy purificando logro recuperar en el
último paso con respecto a lo que tenía inicialmente. El parámetro qu e me indica cuánta lipasa tengo es la Actividad
enzimática. Considerado que las fracciones de clarificado y eluído tienen volúmenes diferentes, utilizaremos la a
Actividad total. Por ejemplo, si en el clarificado tenemos 500 UI y en el eluído tenemos 250 UI totales, 500 UI es el
100%, 250 UI es el 50%. El rendimiento en este caso es de 50%. Cuanto se logra recuperar con respecto a tu
material de partida. Miramos actividad total (UI). Hacemos regla de 3. L UI eluidox100/UIclarificado= %rendimiento.
b) exceso de sustrato: cuando todos los sitios activos de la enzima están ocupados.
1) Medimos vel de la reaccion a distintas conc de sustrato.
2) graficamos vel en función de sustrato. Obtenemos hipérbola Michaeliana. Linealizamos haciendo 1/v (en y) y 1/s
(en x). b) 1/vmax. Sacas km. Del término independiente saco vmax y de la pendiente saco km.
3) obtenemos valor de km. Cuanto sustrato es exceso de sustrato? Cuando trabajamos en conc de 10km nos
aseguramos que trabajamos en exceso de sustrato. 10 km pero tomando en cuenta limitante del sustrato podemos
trabajar con km menor. 10km nos aseguramos q trabajamos en velocidades máximas.
La lipasa es una proteína, por lo que un cambio en el pH del medio de lavado puede alterar el grado de ionización de
grupos amino y carboxilo de la superficie de la misma. La actividad enzimática se verá afectada si este cambio se
produce en residuos de aminoácidos implicados en la estabilidad de la enzima, en la unión del sustrato y/o en la
catálisis. Generalmente, a pH extremo se puede producir la desnaturalización de la enzima y en consecuencia su
inactivación. Puede definirse entonces un rango de pH donde la enzima sea activa y dentro del mismo un pH óptimo
el cual se define como el pH en el cual la conformación es la más adecuada para la actividad catalítica.
Se trabaja con exceso de sustrato porque así se sacan mas fácil kcat y nos aseguramos que todas las enzimas están
formando complejo enzima-sustrato.
La vel de la reacción puede variar con el pH.
1) mido velocidad de la reaccion a diferentes pH. Fijamos temperatura, conc de enzima y conc de sustrato.
(10km q sabemos que nuestra enzima no se inhibe).
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.
e) a q temperatura la enzima es más estable. Voy a ver como varia la actividad en distintos tiempos. Factor tiempo.
Dejas el mismo sustrato y la misma enzima, y cambias el pH. Y ahi se mide en el espectrofotómetro.
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,
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Ejercicio 2
Se cuenta con una fracción de tripsina en el laboratorio que ha sido almacenada congelada por
15 meses. Se cuantifica la concentración de proteína presente en la muestra (10 mM) y se
quiere saber cuánta de esa proteína sigue activa. Para esto, se llevó a cabo el estudio de
velocidad de reacción con diferentes concentraciones de esta tripsina en presencia de 2 nM de
aprotinina (BPTI). Los resultados se presentan en la figura debajo.
si todo dela cnzzine estó
11
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a
activo empiczo vero
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,
h
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BPTJ
-y-s,
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,
activa
p * a TESJ X 5
a) ¿Qué tipo de inhibidor es el BPTI? Reversible compsetitivo de alta
=
jmM
afinidad
b) ¿Cuál es la concentración de enzima activa en la fracción que se descongeló?
.
c) A continuación, se observan 2 geles del estudio realizado en clase donde se incubó una
solución de BSA (indicada con una flecha en el gel) con 10 nM de tripsina. Los geles
corresponden al análisis en el tiempo de los ensayos sin inhibidor y con 35 nM de BPTI.
Indique qué gel corresponde a qué condición. Justifique.
Gel A Gel B
de dx
Ejercicio 1
Se llevó a cabo la expresión recombinantes de una lipasa CalB. Para purificar esta enzima, se
realizó una cromatografía de interacción hidrofóbica. Para cada fracción se midió la actividad
con un sustrato sintético, p-nitrofenil palmitato (épsilon de p-NP 16 mM-1cm-1) y se
cuantificaron las proteínas por el método de Bradford. Los resultados se observan en la
siguiente tabla.
D D 1 m M x 1
min
mm
,
A % de rendimiento 16 mig1cm"
Sc 4
min
stock O
:
:
o
mL
).
2min
actividad total zOuldilución 81:50
Para socar 20:50:
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actividad enzimatica
Se multiplica x vol
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:
Paso
:
30001/ paso
mL=3000
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Eluido ACTIVIDAB TOTAL
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Eluido 180001
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* =60
:
z
0mg
Ejercicio 2
Se quiere estudiar el efecto del inhibidor BPTI sobre la tripsina. Para ello se diseña un ensayo
donde se incuba tripsina con BSA y se toman alícuotas cada 15 minutos hasta llegar a una hora.
Por otro lado, se incuba tripsina con BSA con 10 veces más inhibidor que enzima.
Carriles: 1 Marcador de peso molecular, 2 tiempo 0, 3-6 tiempo 15, 30, 45 y 60 min.
parcial 1:
1 ¿
llarificado?
aluler
l
-
sBM del lisado
de
cromatografia interacción
hidrofóbica ¿ Percolado
?
aclarificandro
b) Se corrió la electroforesis para visualizar las proteínas en cada fracción y tener una idea de la pureza
de la fracción del eluído final.
c) Se realizó el lisado celular ya que se debían romper las células porque las lipasas son proteínas
intracelulares. CONSULTAR SI ES CORRECTO O FALTA MÁS.
d) el rendimiento no se calcula con actividad total????? Los datos que nos dan son de actividad
enzimática.
el protrica del
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,
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UImg)
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.
.
z
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a) El BPTI (Aprotinina) es un inhibidor reversible competitivo de alta afinidad. El PMSF es un inhibidor
irreversible.
b) Medir actividad enzimática por duplicado de la tripsina (enzima) con el sustrato (p-NPB?) utilizando
buffers con distintos pH pero con la misma fuerza iónica. Por ejemplo: pH 4.5, 7, 8 y 10. Lo que va a
variar en las medidas es únicamente el pH, la concentración de enzima y sustrato y la temperatura se
mantienen constantes. Se tomarán las muestras a temperatura ambiente. Se va a medir la absorbancia
en el tiempo mientras se forma producto.
P 8
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o
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W
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* J
PH
a) La BTL2 sobre el pNPB lleva a cabo una reacción de hidrólisis, que genera 2 productos: un producto
coloreado llamado p-nitrofenol (amarillo) y ácido butírico (incoloro).
b) Medimos a 400 nm porque es la longitud de onda a la que absorbe el pNPB. CONSULTAR.
c) 1. Añadir buffer fosfato de sodio 25 mM pH 7 en un falcon.
2. Agregar 4-MUB y vortexear bien. Este paso es importante para que el sustrato se resuspenda bien
en el buffer.
3. Pasar rápidamente esa mezcla a una cubeta.
4. Llevar al espectrofotómetro y hacer un blanco a 400 nm. CONSULTAR SI ES A 400NM
5. Agregar la enzima a la cubeta, tapar el tubo con el dedo (con guante), invertir 3 veces rápidamente y
volver a colocar en el espectrofotómetro.
6. Medir absorbancia a 400 nm por 2 minutos, en modo cinético.
7. Anotar la pendiente que otorga el equipo.
8. Repetir cada medida por duplicado. Los duplicados no deben diferir en más de 15% para ser
aceptados, si la diferencia es mayor, repetir el ensayo.
Ahora para obtener la velocidad de reacción, la actividad enzimática (unidades/mL), la actividad total
(unidades totales) y la actividad específica (U/mg) a partir de los datos de absorbancia, se realizó el
siguiente procesamiento de datos:
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=A
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.
Proliento-alin
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la variación de la C en
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I define se como umoles por litro de reaccion Es desir los umoles en 1000 Para obtener
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ml
,
los umoles totales obtenidos se debe tener cuenta el volumen real del
ensayo
en
.
Horcemos de los umoles de
nuevamente uno
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para obtener
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mL enzima
.
Yau sabemos los umoles
generados en el
ensayo
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generaron
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.
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Vensayo
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Calculamos umoles
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.
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.
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.
f) La BTL2 sobre el pNPB lleva a cabo una reacción de hidrólisis, que genera 2 productos: un producto coloreado
llamado llamado p-nitrofenol (amarillo) y ácido butírico (incoloro).
g) Se mide la absorbancia.
h)
i) La velocidad inicial de una reacción se define como la velocidad en la que se consumió menos del 10% de
sustrato.
j) La lipasa tendrá mayor afinidad por el p-NPB ya que la Km para este sustrato es de 0,5 mM, mientras que para
el 4-MUB es de 1mM, y una Km más baja indica mayor afinidad.
Km: es la afinidad que tiene la enzima por un sustrato o la concentración del sustrato a la cual la velocidad de
reacción es la mitad de la velocidad máxima para que la enzima se sature en un 50%.
Km baja: alta afinidad por el sustrato. Enzima es estable, tendencia a la síntesis. Por ejemplo transferasas,
isomerasas.
Km alta: baja afinidad por el sustrato. Enzima inestable, tiende a romper enlaces. Por ejemplo: hidrolasas y liasas.
Km: Vmáx/2
La enzima tiene mayor afinidad por su sustrato a menor Km y el complejo ES es más estable. Es decir, una
enzima con baja Km indica gran afinidad por el sustrato por lo que con una mínima cantidad de sustrato se satura
la mitad o el 50% de la enzima y con un poco más de sustrato se data completamente alcanzándose la velocidad
máxima de reacción.
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producto