31/5/22, 12:49 Multi-country outbreak of Monkeypox virus: genetic divergence and first signs of microevolution - Monkeypox / Genome Reports…

Brote multinacional del virus de la viruela del

mono: divergencia genética y primeros signos de
microevolución

vborges 8d

Joana Isidro 1 , Vítor Borges 1 , Miguel Pinto 1 , Rita Ferreira 1 , Daniel Sobral 1 ,
Alexandra Nunes 1 , João Dourado Santos 1 , Verónica Mixão 1 , Daniela Santos 2 , Silvia
Duarte 2 , Luís Vieira 2 , Maria José Borrego 3 , Sofia Núncio 4 , Ana Pelerito 4 , Rita
Cordeiro 4 , João Paulo Gomes 1,* .
1
Unidad de Genómica y Bioinformática, Departamento de Enfermedades Infecciosas,
Instituto Nacional de Salud Doutor Ricardo Jorge (INSA), Lisboa, Portugal

2
Unidad de Tecnología e Innovación, Departamento de Genética Humana, Instituto Nacional
de Salud Doutor Ricardo Jorge (INSA), Lisboa, Portugal

3
Laboratorio Nacional de Referencia de Infecciones de Transmisión Sexual, Departamento
de Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Salud Doutor Ricardo Jorge (INSA),
Lisboa, Portugal

4
Unidad de Emergencia y Biopreparación, Departamento de Enfermedades Infecciosas,
Instituto Nacional de Salud Doutor Ricardo Jorge (INSA), Lisboa, Portugal

contacto: j.paulo.gomes@insa.min-saude.pt

Tras el primer borrador de la secuencia del genoma del virus de la viruela del mono
asociado con el presunto brote multinacional, mayo de 2022 (caso confirmado en
Portugal) ), ahora publicamos 9 secuencias genómicas adicionales del virus Monkeypox que
causan un brote en varios países. Estas secuencias se obtuvieron de especímenes clínicos
recolectados de 9 pacientes el 15 y el 17 de mayo de 2022 a través de metagenómica de
escopeta de alto rendimiento con tecnología Illumina (consulte los detalles a continuación),
con una profundidad de cobertura en todo el genoma de Monkeypox que va de 38x a 508x
(media de 201x).

La rápida integración de los genomas recién secuenciados en la diversidad genética de la

viruela del mono, incluida también la secuencia publicada por EE . ), nos permiten plantear
las siguientes observaciones principales:

Lo más probable es que el brote multinacional tenga un solo origen , con todos los
virus secuenciados liberados hasta ahora* agrupados estrechamente (Figura 1).

Confirmación de la ubicación filogenética revelada por el primer borrador de

secuencia Isidro et al, : el virus del brote pertenece al clado de África Occidental y está
más estrechamente relacionado con los virus (según los datos del genoma disponibles)
asociados con la exportación del virus de la viruela símica de Nigeria a varios países en
2018 y 2019, a saber, el Reino Unido, Israel y Singapur ( 1, 2).
Saltar al contenido principal

https://virological.org/t/multi-country-outbreak-of-monkeypox-virus-genetic-divergence-and-first-signs-of-microevolution/806 1/5
31/5/22, 12:49 Multi-country outbreak of Monkeypox virus: genetic divergence and first signs of microevolution - Monkeypox / Genome Reports…

Aún así, el virus del brote diverge una media de 50 SNP de los virus 2018-2019 (46
SNP de la referencia más cercana MPXV_UK_P2, MT903344.1) ( Tabla 1_2022-05-
23.zip (15,0 KB)), que es mucho más que cabría esperar teniendo en cuenta la tasa
de sustitución estimada para los ortopoxvirus (3).

Como también lo mencionó Rambaut ( Discusión sobre la secuenciación del genoma

MPXV en curso ), no se puede descartar la hipótesis de que la rama divergente
resulta de un salto evolutivo (que conduce a un virus hipermutado) causado por la
edición APOBEC3 (4)

Ya hemos detectado los primeros signos de microevolución dentro del grupo del
brote, a saber, la aparición de 7 SNP ( Tabla 2_2022-05-23.zip (10,9 KB)), que
conducen a 3 ramas descendientes (Figura 1) que incluyen un subgrupo más (apoyado
por 2 SNP) que involucran 2 secuencias (PT0005 y PT0008). En particular, estas dos
secuencias también comparten una deleción de cambio de marco de 913 pb en el
gen MPXV-UK_P2-010 que codifica un Ankyrin/Host Range (Bang-D8L); Proteína D7L
(anotación MT903344.1). Los eventos de pérdida de genes ya se observaron en el
contexto de la circulación endémica de la viruela del mono en África Central, y se
planteó la hipótesis de que se correlacionan con la transmisión de persona a persona
(5).

Este escenario de microevolución también sugiere que la secuenciación del genoma

podría proporcionar suficiente resolución para rastrear la diseminación del virus
en el contexto del brote actual (que podría parecer inverosímil para un virus dsDNA).

Figura 1. Borrador del análisis filogenético de las secuencias del virus de la viruela del mono,
que destaca la diversidad dentro del grupo del brote.

'*' Un genoma adicional ITM_MPX_1_Belgium fue compartido por Selhorst et al (ITM) ( caso
belga del virus de la viruela del mono relacionado con un brote en Portugal ), pero
actualmente no está incluido en el árbol, ya que la secuencia probablemente tenga un
problema técnico que podría generar una mala ubicación filogenética.

Todas las secuencias de Portugal se pueden descargar aquí

2022-05-23_Monkeypox_PT_sequences.zip (505,7 KB). Este conjunto de datos incluye

una versión curada adicional (v2) de la primera secuencia (Monkeypox/PT0001/2022) y 9
Saltar al contenido principal
nuevas secuencias (Monkeypox/PT0002/2022- Monkeypox/PT0010/2022).

https://virological.org/t/multi-country-outbreak-of-monkeypox-virus-genetic-divergence-and-first-signs-of-microevolution/806 2/5
31/5/22, 12:49 Multi-country outbreak of Monkeypox virus: genetic divergence and first signs of microevolution - Monkeypox / Genome Reports…

Breve descripción de los métodos.

Para agotar el ADN del huésped, las muestras de exudado de la piel se sometieron a
sonicación y a un tratamiento combinado de ADNasa/ARNasa, antes de la extracción de ADN
con el kit QIAamp DNA Mini (protocolo para tejidos) (Qiagen). Después de la preparación de
la biblioteca Nextera XT, la metagenómica de escopeta se realizó mediante secuenciación de
extremos emparejados (2x150 pb) en un aparato Illumina NextSeq 2000, con alrededor de ~
40 millones de lecturas totales por muestra. Cinco de las nueve muestras también se
sometieron a secuenciación ONT MinION, y los datos generados también se usaron para
curar las secuencias.

Las lecturas se agotaron en humanos y, posteriormente, se asignaron a la referencia

MPXV_UK_P2 (MT903344.1; también se utilizan como referencia en el nuevo auspicio
de compilación Monkeypox nextstrain) ) utilizando la plataforma INSaFLU (
https://insaflu.insa.pt/ ). Las secuencias del genoma se seleccionaron aún más en función
de los ensamblajes de novo y la inspección cuidadosa de las mutaciones. El envío de lecturas
a la ENA está en curso.

1. Mauldin MR, McCollum AM, Nakazawa YJ, et al. Exportación del virus de la viruela del
mono del continente africano . J Infecciones Dis. 2022; 225(8):1367-1376. doi:
10.1093/infdis/jiaa559.
2. Yinka-Ogunleye A, Aruna O, Dalhat M, et al. Brote de viruela del simio humano en
Nigeria en 2017-18: un informe clínico y epidemiológico . Lancet Infect Dis 2019;
19:872–9. doi: 10.1016/S1473-3099(19)30294-4.
3. Firth C, Cocina A, Shapiro B, et al. Uso de datos estructurados en el tiempo para
estimar las tasas evolutivas de los virus de ADN de doble cadena . Mol Biol Evol. 2010;
27(9):2038-51. doi: 10.1093/molbev/msq088.
4. Pecori R, Di Giorgio S, Paulo Lorenzo J, Nina Papavasiliou F. Funciones y
consecuencias de la desaminación de ADN y ARN mediada por AID/APOBEC . Nat
Rev. Genet. 2022; 7:1–14. doi: 10.1038/s41576-022-00459-8.
5. Kugelman JR, Johnston SC, Mulembakani PM, et al. Variabilidad genómica del virus de
la viruela símica entre humanos, República Democrática del Congo . Emergente Infect
Dis. 2014; 20(2):232-9. doi: 10.3201/eid2002.130118.

Primera secuencia del genoma alemán del virus de la viruela del mono asociado a u…
Secuenciación Illumina del genoma completo del virus de la viruela del mono en un …
Observaciones iniciales sobre la supuesta edición de deaminasa APOBEC3 que imp…

arambaut Red ARTIC 8d

Gracias por publicar sus nuevos genomas aquí. Es interesante que todos estos SNP
adicionales identificados también estén TC→ TTo GA→ AAen el contexto de los dinucleótidos.
Esto apoyaría la idea de que la mayoría de las mutaciones de un solo nucleótido que vemos
en estos genomas son el resultado de la edición de enzimas del huésped en lugar de errores
de replicación de la polimerasa:

Saltar al contenido principal

Discusión de la secuenciación del genoma MPXV en curso

https://virological.org/t/multi-country-outbreak-of-monkeypox-virus-genetic-divergence-and-first-signs-of-microevolution/806 3/5
31/5/22, 12:49 Multi-country outbreak of Monkeypox virus: genetic divergence and first signs of microevolution - Monkeypox / Genome Reports…

Para los sitios donde tanto MA001 como PT0001 difieren de UK_P3 (y donde
ITM_MPX_1 ha llamado N) hay un sesgo muy fuerte en cuál es la diferencia: G → A: 26
(14 no sinónimos, 12 sinónimos) C → T: 13 (9 no sinónimos, 4 sinónimos) G → T: 1 (no
sinónimo) A → C: 1 (región no codificante) El G → A (y C->T en el otro hilo) podría
sugerir la edición APOBEC ? ¿O algún artefacto de secuenciación? Sería interesante
saber por qué ITM llamó N a estos sitios. ¿Es porque estaban am…

vborges 8d

Gracias. De hecho, parece haber un patrón. La mutación adicional C187169T en la secuencia

(recién) publicada de Alemania (MPXV-BY-IMB25241; aislado del virus Monkeypox MPXV-
BY-IMB25241, genoma completo - Nucleótido - NCBI ) es también un TC → TT.

vborges 7d

Las primeras 10 secuencias de consenso del genoma recopiladas en Portugal ahora también
están disponibles en NCBI, con los siguientes números de acceso. Los datos leídos se
enviaron al Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA) y están en proceso de publicación.

Número de acceso al Número de acceso de la

Secuencia
NCBI ENA

Viruela del
ON585029 ERR9769166
mono/PT0001/2022

Viruela del
ON585030 ERR9769168
mono/PT0002/2022

Viruela del
ON585031 ERR9769169
mono/PT0003/2022

Viruela del
ON585032 ERR9769170
mono/PT0004/2022

Viruela del
ON585037 ERR9769171 / ERR9769167
mono/PT0005/2022

Viruela del
ON585033 ERR9769172
mono/PT0006/2022

Viruela del
ON585034 ERR9769173
mono/PT0007/2022

Viruela del
ON585038 ERR9769174
mono/PT0008/2022

Viruela del
ON585035 ERR9769175
mono/PT0009/2022
Saltar al contenido principal

https://virological.org/t/multi-country-outbreak-of-monkeypox-virus-genetic-divergence-and-first-signs-of-microevolution/806 4/5
31/5/22, 12:49 Multi-country outbreak of Monkeypox virus: genetic divergence and first signs of microevolution - Monkeypox / Genome Reports…

Número de acceso al Número de acceso de la

Secuencia
NCBI ENA

Viruela del
ON585036 ERR9769176
mono/PT0010/2022

https://virological.org/t/multi-country-outbreak-of-monkeypox-virus-genetic-divergence-and-first-signs-of-microevolution/806 5/5