17.

1 ■ Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno 521

Las rutas de eliminación de desechos nitrogenados en el metabolismo de los ami-

noácidos también varían entre las especies. Por ejemplo, los animales acuáticos excretan
el exceso de nitrógeno como amoniaco, las aves y la mayor parte de los reptiles como
ácido úrico, y muchos otros vertebrados terrestres como urea. El capítulo termina con
una descripción del ciclo de la urea, una ruta para eliminar nitrógeno en los mamíferos.

17.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

El nitrógeno necesario para los aminoácidos (y para las bases heterocíclicas de nucleó-
tidos, capítulo 18) proviene de dos fuentes principales: nitrógeno gaseoso en la atmós-
fera y nitrato 1NO3䊞2 en el suelo y el agua. El N2 atmosférico, que forma 80% de la
atmósfera, es la fuente original del nitrógeno biológico. Esta molécula puede ser meta-
bolizada, o fijada, sólo por unas cuantas especies de bacterias. El N2 y el 1NO3䊞2 deben
ser reducidos a amoniaco para ser usados en el metabolismo. El amoniaco producido se
incorpora en los aminoácidos a través de glutamato, glutamina y carbamoíl fosfato.
El N2 es químicamente inerte, por la gran fuerza del enlace N ‚ N. Algunas bacterias
tienen una enzima muy específica y sofisticada, la nitrogenasa, que puede catalizar la
reducción de N2 a amoniaco en un proceso llamado fijación de nitrógeno. Además de
la fijación del nitrógeno, hay dos procesos adicionales de conversión de nitrógeno. Du-
rante las tormentas de rayos, las descargas de alto voltaje causan la oxidación de N2 a
nitrato y nitrito 1NO2䊞2. En la industria, el nitrógeno se convierte en amoniaco para
usarlo en fertilizantes vegetales mediante un proceso, costoso en energía, que requiere
alta temperatura y presión, así como catalizadores especiales para impulsar la reducción
de N2 por H2. La disponibilidad de nitrógeno biológicamente útil a menudo es limitante
para el crecimiento de las plantas, y es importante la aplicación de fertilizadores nitro-
genados para obtener altos rendimientos de los cultivos. Aunque sólo un pequeño por-
centaje del nitrógeno que entra en el metabolismo proviene en forma directa de la
fijación del nitrógeno, este proceso es la única forma para que los organismos puedan
usar la gigantesca reserva de N2 atmosférico.
El esquema general de interconversión de los principales compuestos nitrogenados
se muestra en la figura 17.1. El flujo de nitrógeno desde N2 hasta óxidos de nitrógeno,
amoniaco y biomoléculas nitrogenadas, y de regreso a N2, se llama ciclo del nitrógeno. La
mayor parte del nitrógeno va y viene entre amoniaco y nitrato. El amoniaco procedente
de organismos descompuestos es oxidado a nitrato por bacterias del suelo. Esta forma-
ción de nitrato se llama nitrificación. Algunas bacterias anaeróbicas pueden reducir

N2
Nitrógeno atmosférico

Rayos Nitrogenasa

Aminoácidos
Nitrato Amoniaco Rutas
NH 3 Nucleótidos
NO 3 metabólicas
Fosfolípidos

Nitrato Nitrito
reductasa reductasa

Nitrito
NO 2
▼
Figura 17.1
Ciclo del nitrógeno. Unos pocos microorganismos de vida libre o simbióticos son los que pueden
convertir N2 en amoniaco. El amoniaco se incorpora en biomoléculas como aminoácidos y proteínas,
que después se degradan y vuelven a formar amoniaco. Muchas bacterias del suelo y plantas pueden
hacer la reducción de nitrato a amoniaco pasando por nitrito. Varias bacterias convierten amoniaco
en nitrito. Otras oxidan el nitrito a nitrato y algunas pueden reducir nitrato a N2.
522 CAPÍTULO 17 ■ Metabolismo de aminoácidos

nitratos o nitritos a N2 (desnitrificación). La mayoría de las plantas verdes y algunos

microorganismos contienen nitrato reductasa y nitrito reductasa, enzimas que en con-
junto catalizan la reducción de óxidos de nitrógeno a amoniaco.

2e , 2H H2O 6e , 7H 2 H2O
(17.1)
NO 3 NO 2 NH 3

▼
Figura 17.2
Nódulos en la raíz de una planta de trébol.
Las bacterias simbióticas del género Rhizobium
residen en estos nódulos, donde reducen el
nitrógeno atmosférico a amoniaco.
Las plantas usan este amoniaco y suministran aminoácidos a los animales. La ferredoxina
reducida (que se forma en las reacciones actínicas de la fotosíntesis, sección 15.2B) es
la fuente del poder reductor en las plantas y en las bacterias fotosintéticas.
Se examinará la reducción enzimática del N2. La mayor parte de la fijación del ni-
trógeno en la biosfera la efectúan bacterias que sintetizan la enzima nitrogenasa. Esta
proteína de varias subunidades cataliza la conversión de cada molécula de N2 en dos
moléculas de NH3. La nitrogenasa está presente en varias especies de Rhizobium y
Bradyrhizobium que viven en simbiosis en los nódulos de raíces de muchas legumino-
sas, como soya, guisantes, alfalfa y trébol (figura 17.2). También el N2 es fijado por
bacterias de vida libre en el suelo, como Agrobacteria, Azotobacter, Klebsiella y Clos-
tridium, y por las cianobacterias (principalmente Trichodesmium spp.) en el océano. La
mayor parte de las plantas requieren una fuente de nitrógeno fijo de fuentes como teji-
dos animales y vegetales descompuestos, compuestos nitrogenados excretados por bac-
terias y fertilizantes. Los vertebrados obtienen nitrógeno fijado al ingerir materiales
vegetales y animales.
La nitrogenasa es un complejo proteínico formado por dos subunidades polipeptídi-
cas diferentes, con un sistema de transporte de electrones relativamente complicado. Un
polipéptido (llamado hierro proteína) contiene un grupo [4 Fe–4 S], y el otro (llamado
molibdeno proteína) tiene dos centros de óxido-reducción, uno con hierro en un grupo
[8 Fe–7 S] y el otro que contiene tanto hierro como molibdeno. Las nitrogenasas se de-
ben proteger contra el oxígeno, porque las metaloproteínas son muy susceptibles a la
inactivación por O2. Por ejemplo, los anaerobios estrictos efectúan la fijación del nitrógeno
sólo en ausencia de O2. Dentro de los nódulos de las raíces en las leguminosas, la pro-
teína leghemoglobina (homóloga de la mioglobina de los vertebrados, sección 4.12) se
combina con el O2 y con ello mantiene su concentración suficientemente baja en el am-
biente inmediato de las enzimas fijadoras de nitrógeno de los rizobios. La fijación del
nitrógeno en las cianobacterias se efectúa en celdas especializadas (heterocistos) cuyas
gruesas membranas inhiben la entrada de O2 (figura 10.8).
Se requiere un reductor enérgico, sea ferredoxina reducida o flavodoxina reducida
(una flavoproteína portadora de electrones en los microorganismos) para la reducción
enzimática de N2 a NH3. Una reducción obligatoria de 2 H䊝 a H2 acompaña la reduc-
ción del N2. Por cada electrón transferido por la nitrogenasa, deben convertirse al me-
nos dos moléculas de ATP a ADP y Pi, así que la reducción de seis electrones, para una
sola molécula de N2 (más la reducción de dos electrones de 2 H䊝) consume un mínimo
de 16 ATP.

N2 + 8 H䊝 + 8 e䊞 + 16 ATP ¡ 2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi (17.2)

Para obtener el poder reductor y el ATP necesario para este proceso, los microorganismos
simbióticos fijadores de nitrógeno consumen nutrientes obtenidos por la fotosíntesis
efectuada por las plantas con las que se asocian.
La trayectoria del transporte de electrones, uno por uno, en la nitrogenasa va de la
proteína coenzima reducida (por ejemplo, ferredoxina reducida) a la hierro proteína y
después a la hierro-molibdeno proteína, donde se reduce el N2. El ATP, que se enlaza a
la hierro proteína, altera la conformación de ésta, de modo que se puede unir a la hierro-
molibdeno proteína y formar una trayectoria efectiva para el transporte de electrones.
En la transferencia de un electrón, se hidroliza el ATP enlazado, y la conformación de
la hierro proteína se regresa a una forma que no se une a la hierro-molibdeno proteína.
Por lo anterior, la hierro proteína funciona como transductor de señal, en forma muy
parecida a la de una proteína G (sección 9.12A).
 17.2 ■ Asimilación del amoniaco 523

▼
Figura 17.3
Estructura del centro reactivo MoFe7S9N en
Azotobacter vinelandii. a) Estado de reposo.
S Homocitrato b) Una estructura posible, con N2 enlazado.
[PDB 2MIN].
S Fe3 S O HO
Fe7
H C
C H
S S C
S Fe1 N Mo N
Fe4 Fe5 H C
S H
Fe2 Fe6 O C N
H
S S H
S

N
S H
N2
N

S H
S Fe3 Fe7
O C O
C H
H S C
S Fe5 S
Fe1 Fe4 N Mo N
S HC N
Fe2 Fe6 OC HH
H
S H S
S

La reducción del nitrógeno se efectúa en el grupo hierro-molibdeno. Este grupo es

de una complejidad notable. Consiste en una jaula de átomos de Fe y S, que rodean a un
átomo central de N. Un solo átomo de Mo está unido a una orilla de la jaula Fe ¬ S.
Está quelado para formar una sola molécula de homocitrato, formando un grupo
MoFe7S9N ⴢ homocitrato (figura 17.3).
No obstante muchos años de intenso estudio, no se conoce el mecanismo detallado
de la reacción de nitrogenasa. Es probable que cada uno de los tres enlaces N ¬ N se
rompa en forma sucesiva y origine los compuestos intermedios diimina e hidrazina.

2e䊞, 2H䊝 2e䊞, 2H䊝 2e䊞, 2H䊝

N ‚ N ¡ H ¬ N “ N ¬ H ¡ H2N ¬ NH2 ¡ NH3 + NH3
Diimina Hidrazina

(17.3)

La reducción de 2H䊝 a H2, reacción acoplada esencial, consume el par adicional de

electrones de la ferredoxina.

17.2 Asimilación del amoniaco

El amoniaco se asimila a una gran cantidad de metabolitos de bajo peso molecular,

con frecuencia a través de los aminoácidos glutamato y glutamina. A pH 7, la principal
forma iónica del amoniaco es ion amonio, NH4䊝 1pKa = 9.22. Sin embargo, el amo-
niaco no protonado 1NH32 es la especie reactiva en los centros catalíticos de muchas
enzimas.