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Una vez adquiridos estos conocimientos Descartes conoce con certeza la existencia de
Dios, del alma y del mundo. Y se refiere a estos tres ámbitos con el término sustancia.
Descartes emplea esta palabra para referirse a las cosas o naturalezas que existen por sí
mismas, o por otra parte, que solo necesitan a Dios, para existir. Distingue entre sustancia
infinita (Dios), sustancia pensante (el alma) y sustancia extensa (el mundo). Como se ha
mencionado, la definición de sustancia en sí tan sólo abarcaría a Dios y es por ello que la
extiende a los demás seres percibibles independientemente de cualquier otra cosa (excepto
de Dios, claro). Es decir, a parte de Dios, las sustancias se dividen en dos: res cogitans
(sustancia pensante) y la res extensa (sustancia extensa) los cuales pueden existir con
independencia el uno del otro.
Sin embargo, la mente humana no es capaz de percibir las sustancias y por tanto para
poder saber de su existencia es necesario percibir un atributo.
Los atributos son cualidades o propiedades de la sustancia que no pueden existir por sí
solos, cada sustancia tiene un atributo que conforma su esencia. Por tanto, conocer
correctamente el atributo es esencial para alcanzar la sustancia. El atributo del yo es el
pensamiento y el del mundo (cosas materiales), la extensión.
Las cualidades primarias hacen referencia a aquello que tiene realidad objetiva en los
cuerpos, o, con otras palabras, todo aquello que se percibe con claridad y distinción. Estas
cualidades se pueden representar matemáticamente y son el volumen, el movimiento y la
figura. Dichas cualidades existen independientemente del sujeto. Por otra parte se
encuentran las cualidades secundarias. Estas no existen objetivamente en las cosas sino
que son apreciaciones subjetivas. Son por ejemplo el olor, el calor o el sonido. No existen
independientemente de aquello que las produce. Por ejemplo, podemos expresar la
velocidad a la que puede circular cualquier objeto mediante una expresión matemática y sin
conocer con exactitud dicho objeto pero no podemos percibir a qué huele sin él. Es por eso
que Descartes asienta que el verdadero conocimiento sólo está en las cualidades primarias
y que, a partir de ellas se pueden deducir otras ciencias como la física o las leyes del
movimiento. Todo eso mediante una visión mecanicista del mundo (al cual percibe según el
símil del reloj como una gran maquinaria en la que todo está conectado y sometido a
movimientos resultantes de otros movimientos). No cabe, sin embargo, presuponer que
resta importancia a las cualidades secundarias dado que estas son sensaciones subjetivas
con una función imprescindible: Enseñan lo que conviene a las personas y lo que les
perjudica, eso sí, no enseñan la verdad de las cosas en ningún caso.
Concluyendo, Descartes distingue por tanto tres tipos de sustancias: infinita, pensante y
extensa. Conocer estas sustancias por sí mismas es complejo y por tanto se han de percibir
a través de sus atributos. El atributo de las cosas materiales es la res extensa. Dentro de
esta se encuentran dos cualidades: las primarias y las secundarias y mientras que las
primarias son objetivas e independientes al sujeto, las secundarias transmiten sensaciones
que guían hacia el conocimiento de lo que nos conviene o perjudica, pero nunca guiarán a
la verdad, pues no son claras y distintas como las primarias. Sin embargo, se plantea aquí
el problema de la relación mente–cuerpo, es decir, cómo se relacionan en un ser humano
las dos substancias cuyas características esenciales son completamente distintas y así
Descartes desarrolla su teoría del dualismo antropológico.