Análisis de secuencias de dominios VH y VL de anticuerpos

Carlos López Portugués

Antígeno de la malaria AMA1

• Introducción y descripción del antígeno.

El antígeno AMA1 o Antígeno Apical de Membrana es una proteína globular que se
halla en la membrana de parásitos apicomplejos que causan enfermedades como la
malaria o la toxoplasmosis.
En cuanto a estructura secundaria cabe destacar que este antígeno tiene un mayor
número de láminas beta en comparación con hélices alfa.
Para la formación del cristal, ambas cadenas, ligera y pesada del anticuerpo 1F9
Fab deben interactuar con las del antígeno AMA1, tal y como se muestra en los
esquemas siguientes:

Figura 1. Estructura AMA1 formando un complejo con 1F9 Fab.

Azul: Cadena ligera de 1F9 Fab

Marrón: Cadena pesada de 1F9 Fab

Violeta: AMA1

Figura 2. Estructura de AMA1 formando un complejo con 1F9 Fab.

Este antígeno es de gran importancia para los parásitos que lo poseen, ya que sin él
dichos parásitos no pueden invadir las células huésped.
A continuación, se adjunta un cuadro donde se puede observar la secuencia
aminoacídica de este antígeno:
>2Q8B_1|Chain A|Apical membrane antigen 1|Plasmodium falciparum (36329)

GNYMGNPWTEYMAKYDIEEVHGSGIRVDLGEDAEVAGTQYRLPSGKCPVFGKGIIIENSNTTFLTPVA
TGNQYLKDGGFAFPPTEPLMSPMTLDEMRHFYKDNKYVKNLDELTLCSRHAGNMIPDNDKNSNYKY
PAVYDDKDKKCHILYIAAQENNGPRYCNKDESKRNSMFCFRPAKDISFQNYTYLSKNVVDNWEKVCP
RKNLQNAKFGLWVDGNCEDIPHVNEFPAIDLFECNKLVFELSASDQPKQYEQHLTDYEKIKEGFKNKN
ASMIKSAFLPTGAFKADRYKSHGKGYNWGNYNTETQKCEIFNVKPTCLINNSSYIATTALSHPIEVE

Tabla 1. Secuencia aminoacídica del antígeno AMA1.

• Características del anticuerpo.

El 1F9 es un anticuerpo monoclonal, es decir, es un anticuerpo producido por un
solo clon de linfocitos B.
Es un anticuerpo inhibidor del crecimiento que reconoce un epítopo polimórfico en el
dominio I.
Este anticuerpo es característico de la especie Mus musculus, también conocido
como ratón común, y está formado por una cadena ligera y una cadena pesada.
La cadena ligera es de tipo kappa, mientras que en el caso de la cadena pesada no
se pudo obtener información sobre su tipo. (Este fallo a la hora de analizar la cadena
pesada pudo deberse a una alta tasa de mutación en la secuencia de esta cadena o
en un fallo de la herramienta online utilizada para su estudio).

Figura 3. Representación de las cadenas ligera y pesada del anticuerpo 1F9.

A continuación, se adjuntas dos tablas con las secuencias aminoacídicas y
nucleotídicas de las cadena ligera y pesada:
>2Q8B_2|Chain L|1F9 light chain|Mus musculus (10090)
SIVMTQTPKFLPVSAGDRVTIICKASQSVSNDVVWYQQKPGQSPKLLIYYASIRYTGVPDRFTGSGY
GTDFTFTISTVQVEDLAVYFCQQGFSSPRTFGGGTKLEINRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVC
FLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHK
TSTSPIVKSFNRNEC
>reverse translation of pdb|2Q8B|L Chain 1F9 light chain|Mus musculus (10090) to a 642-base
sequence of most likely codons.
agcattgtgatgacccagaccccgaaatttctgccggtgagcgcgggcgatcgcgtgacc
attatttgcaaagcgagccagagcgtgagcaacgatgtggtgtggtatcagcagaaaccg
ggccagagcccgaaactgctgatttattatgcgagcattcgctataccggcgtgccggat
cgctttaccggcagcggctatggcaccgattttacctttaccattagcaccgtgcaggtg
gaagatctggcggtgtatttttgccagcagggctttagcagcccgcgcacctttggcggc
ggcaccaaactggaaattaaccgcgcggatgcggcgccgaccgtgagcatttttccgccg
agcagcgaacagctgaccagcggcggcgcgagcgtggtgtgctttctgaacaacttttat
ccgaaagatattaacgtgaaatggaaaattgatggcagcgaacgccagaacggcgtgctg
aacagctggaccgatcaggatagcaaagatagcacctatagcatgagcagcaccctgacc
ctgaccaaagatgaatatgaacgccataacagctatacctgcgaagcgacccataaaacc
agcaccagcccgattgtgaaaagctttaaccgcaacgaatgc

Tabla 2. Secuencias aminoacídica y nucleotídica de la cadena ligera del anticuerpo 1F9.

>2Q8B_3|Chain H|1F9 heavy chain|Mus musculus (10090)

EVQLQQSGAELLRPGASVKLSCIVSGFKIKDTSMHWVKQRPEQGLEWIGRIDPANDNSEYDPKFQ
GKATITADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCTLSHFWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTT
GSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSV
AHPASSTTVDKKLE
>reverse translation of pdb|2Q8B|H Chain 1F9 heavy chain|Mus musculus (10090)to a 630 base
sequence of most likely codons.
gaagtgcagctgcagcagagcggcgcggaactgctgcgcccgggcgcgagcgtgaaactg
agctgcattgtgagcggctttaaaattaaagataccagcatgcattgggtgaaacagcgc
ccggaacagggcctggaatggattggccgcattgatccggcgaacgataacagcgaatat
gatccgaaatttcagggcaaagcgaccattaccgcggataccagcagcaacaccgcgtat
ctgcagctgagcagcctgaccagcgaagataccgcggtgtattattgcaccctgagccat
ttttggggccagggcaccaccctgaccgtgagcagcgcgaaaaccaccccgccgagcgtg
tatccgctggcgccgggctgcggcgataccaccggcagcagcgtgaccctgggctgcctg
gtgaaaggctattttccggaaagcgtgaccgtgacctggaacagcggcagcctgagcagc
agcgtgcatacctttccggcgctgctgcagagcggcctgtataccatgagcagcagcgtg
accgtgccgagcagcacctggccgagccagaccgtgacctgcagcgtggcgcatccggcg
agcagcaccaccgtggataaaaaactggaa

Tabla 3. Secuencias aminoacídica y nucleotídica de la cadena pesada del anticuerpo 1F9.

• Identificación de los segmentos génicos empleados para confeccionar

los dominios VH y VL.
Tras realizar el análisis de la secuencia nucleotídica de la cadena ligera del
anticuerpo, se ha confirmado que es un anticuerpo de la especie Mus musculus.
A la hora de seleccionar su receptor para su análisis, se eligió el del tipo IGK, ya que
posteriormente se había mostrada que esta cadena era del tipo kappa.
También se ha podido observar los segmentos génicos que constituyen esta
cadena, que en este caso son el gen V y el gen J.
Como se puede observar en la siguiente tabla, podemos confirmar los resultados
con una veracidad de más del 75%.

Tabla 4. Resultados obtenidos tras el análisis de la cadena ligera de 1F9.

En cuanto a la cadena pesada, como ya se ha indicado posteriormente, no se han

obtenido los resultados esperados, ya que solo se obtuvo información sobre el gen
V, aunque este también confirma que procede del ratón común con una fiabilidad de
más del 70%.

Tabla 5. Resultados obtenidos tras el análisis de la cadena pesada de 1F9.

• Información sobre el estado de mutación y características de las CDR.

Tras el estudio del antígeno 1F9, se han obtenidos distintas tablas que muestran el
número de aminoácidos y nucleótidos mutados y que se procederán a discutir a
continuación.
-Análisis del estado de mutación de la cadena ligera:
Como se puede observar en las posteriores tablas, la cadena ligera se encuentra
muy mutada, ya que aproximadamente 1 de cada 3 nucleótidos que forman la
cadena se encuentran mutados.

Tabla 6. Análisis de los nucleótidos que forman la cadena ligera del anticuerpo.
Si se atiende a la cadena aminoacídica en vez de a la nucleotídica, el resultado es el
mismo, se puede observar que es una cadena muy mutada, siendo distintos casi la
mitad de los aminoácidos que la forman.

Tabla 7. Análisis de los aminoácidos que forman la cadena ligera del anticuerpo.

-Análisis del estado de mutación de la cadena pesada:

Los resultados obtenidos tras el análisis de la cadena pesada son muy similares a
los obtenidos con la cadena ligera, siendo a tasa de mutación de la cadena pesada
muy alta, aunque algo menor que la de la ligera, aunque suficientemente alta para
decir que está muy mutada.

Tabla 8. Análisis de los nucleótidos que forman la cadena pesada del anticuerpo.

Si se comparan los aminoácidos, el resultado es algo distinto, obteniendo una tasa

de mutación de 1 de cada 9 aminoácidos.

Tabla 9. Análisis de los aminoácidos que forman la cadena pesada del anticuerpo.
-Análisis de las CDR:
Tras el análisis también se obtuvo información sobre las regiones determinantes de
la complementariedad (CDR), las cuales se tratarán a continuación.
Las CDR en ambas cadenas se encuentran en las regiones de los siguientes
aminoácidos:
Para el CDR1-IMGT: Entre el 26 y el 39.
Para el CDR2-IMGT: Entre el 55 y el 66.
Para el CDR3-IMGT: Entre el 104 y el 118.
A continuación, se mostrará una tabla recopilando las CDR de las dos cadenas que
constituyen el anticuerpo:
CDR1 CDR2 CDR3
VH GFKIKDTS IDPANDNS ……..
VL QSVSND YAS QQGFSSPRT

Tabla 10. Secuencias aminoacídicas de las CDR del anticuerpo.

[Anotación: Hay algunas secuencias de las CDR que no están o que están incompletas
debido a posibles mutaciones].

• Detalles del epítopo reconocido por el anticuerpo.

Se realizaron estudios en humanos infectados por malaria, y se observó que los
anticuerpos dirigidos al epítopo 1F9 son un componente de la respuesta de
anticuerpos humanos contra el antígeno AMA1.

Figura 4. Epítopo 1F9 en el antígeno AMA1.

Se puede observar en la figura superior, el epítopo 1F9 cubre gran parte del
antígeno, donde destacan los bucles Ic, Id e Ie del dominio 1.
Como ya se mencionó antes, este epítopo se encontró también en anticuerpos de
ser humano (Homo sapiens), por lo que no son exclusivos del ratón común.
 • Conclusiones.
Tras el estudio realizado, se demostró que el anticuerpo 1F9 es un anticuerpo
formado por una cadena ligera del tipo kappa y por una cadena pesada, ambas con
una alta tasa de mutación.
Se pudo observar en los esquemas anteriores que u epítopo ocupa una gran región
del anticuerpo.
Y finalmente también se demostró que dicho anticuerpo se podía encontrar tanto en
el ratón común, como en los seres humanos.

• Bibliografía.
-Página web PLOS PATHOGENS.
https://journals.plos.org
-Página web del NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMTION
https://www.ncbi.nlm.nih.gov
-Págine web IMGT
http://www.imgt.org