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Al hacerse con el poder el general Antonio López de Santa Anna en 1853, fue encarcelado y desterrado
a La Habana. Deportado a Nueva Orleans (Luisiana, Estados Unidos) donde envolvía tabaco para
subsistir.
Secretario de Justicia del nuevo gobierno, dio inicio a las 'Leyes de Reforma' (reformas liberales), que
fueron incluidas en la Constitución de 1857. Expidió una ley con su nombre que terminó con la
jurisdicción de la Iglesia y separó su relación con el estado.
Presidente
Durante 1858 comenzó a ejercer como presidente provisional tras estallar una rebelión encabezada por
elementos conservadores.
Poco a poco se vio en una situación en la que debía huir de la capital, por lo que trasladó la nueva sede
de su gobierno a Veracruz donde inició una serie de reformas radicales, como la reducción del poder de
la iglesia católica mediante el embargo de propiedades eclesiásticas.
Derrotó en 1860 a las fuerzas conservadoras estableciendo de nuevo su gobierno en Ciudad de México.
En 1861, y de acuerdo con la Constitución, fue nombrado presidente; con este cargo creó el Registro
Civil, abrogó los privilegios del clero, confiscó todos sus bienes y reconoció todas las religiones. Debido a
la mala situación financiera, causada por cinco años de guerra civil, se vio obligado a suspender pagos a
los acreedores extranjeros. Francia, España y Gran Bretaña, como medida de protesta, desembarcaron
tropas en Veracruz. Negoció con Gran Bretaña y España consiguiendo que sus tropas abandonaran
México, aunque los franceses continuaron en el país y se hicieron con Ciudad de México.
Se dedicó a organizar la situación económica del país, redujo el ejército, organizó una reforma
educativa, ordenó sofocar los alzamientos militares y enfrentó la división de los liberales. Se mostró
respetuoso ante la organización de los obreros y artesanos. A pesar de todo, existían varios sectores en
contra de su gobierno, entre ellos, Porfirio Díaz, candidato político que encabezó una rebelión en 1871.