Informe Verificación de Desempeño Ensayo Molecular para Detección de Arn Del Virus Sars Ags 4800

INFORME VERIFICACIÓN DE DESEMPEÑO ENSAYO MOLECULAR PARA DETECCIÓN DE ARN DEL
VIRUS SARS-COV-2 EN EL SISTEMA AGS 4800 CON LA UTILIZACION DE VIASURE SARS-COV-2

REAL TIME PCR DETECTION KIT.
UNIDAD DE ESTUDIOS MOLECULARES (UDEM) DE LA CLÍNICA UNIVERSITARIA MEDICINA

INTEGRAL S.A.S.
ENERO DEL 2021
El presente documento detalla el proceso de verificación de la prueba VIASURE SARS-COV-2

REAL TIME PCR DETECTION KIT (CerTest Biotec S.L.) realizado en la unidad de estudio
molecular UDEM de la Clínica Universitaria Medicina Integral en el sistema PCR en tiempo real
AGS 4800(AGS Hangzhou AnYu Technologies Co., Ltd.).
1. INTRODUCCIÓN.
En enero del 2020 la Organización Mundial de la Salud (OMS) recibió información más
detallada sobre el brote del nuevo coronavirus originado en Wuhan. China informó sobre la
secuencia genética del mismo con el fin de promover la generación de pruebas diagnósticas
específicas a lo largo del mundo. (Organización Mundial de la Salud, 2020).
El Ministerio de Salud y Protección Social en Colombia en el mes de abril del 2020 emitió el
documento “Lineamientos para el uso de pruebas diagnósticas de laboratorio durante la
pandemia del SARS-CoV-2 (COVID-19) en Colombia” según el cual las pruebas de biología
molecular aprobadas para la detección de ARN del virus SARS-CoV-2 son pruebas de PCR en
tiempo real el cual ya va en su versión N°7. De igual manera el ministerio emitió el “Protocolo
de verificación (validación secundaria) para pruebas moleculares de PCR en tiempo real (RT-
qPCR) para la detección del SARS-CoV-2” el cual es base para desarrollar el presente estudio.
Existen varios protocolos de PCR en tiempo real, desde el primero reportado (Corman, 2020)
por el Instituto de Virología de Charité (Berlín, Alemania) hasta las estandarizadas en Tailandia,
Japón, China, Corea, y el diseñado por los CDC (por sus siglas en inglés Centers for Diseases
Control) de EE. UU. (US HHS, 2020). Estas pruebas han demostrado alta sensibilidad y
especificidad, no han mostrado reactividad cruzada con otros coronavirus ni otros virus
respiratorios estacionales; además pueden ser usadas en cualquier contexto.
La plataforma AGS 4800 permite realizar pruebas de PCR en tiempo real para la detección de
ARN del virus SARS-CoV-2 mediante la utilización de las pruebas VIASURE SARS-COV-2 REAL
TIME PCR DETECTION KIT bajo el protocolo del CDC, por lo tanto, está amparada por el
documento del Ministerio de Salud y Protección Social mencionado en el párrafo anterior.
Es una plataforma de última generación que permite la AUTOMATIZACIÓN TOTAL de las pruebas
de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) en tiempo real, incluyendo la lisis celular,
extracción de ácidos nucleicos, amplificación y detección.
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El Kit de prueba VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT es una prueba en tiempo-
real RT-PCR utilizado para la detección cualitativa de ácidos nucleicos del SARS-CoV-2 en
hisopados nasofaríngeos/orofaríngeos.
2. OBJETIVOS.
2.1. Objetivo general.
Realizar la validación del ensayo VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT en la
plataforma analítica AGS 4800, instalada en la Unidad De Estudios Moleculares (UDEM) de la
Clínica Universitaria Medicina Integral S.A.S. frente a resultados obtenidos mediante método
comparador RT-PCR SARS-CoV-2 a través del equipo MINI8 Plus con el que ya se cuenta en la
Unidad de Estudios Moleculares, desde su acta de inicio en Octubre del 2020.
2.2. Objetivos específicos.
 Comprobar el desempeño de la prueba molecular realizada en el Sistema AGS 4800 en

términos de exactitud y concordancia frente al método de referencia de RT-PCR SARS-CoV-
2 convencional, realizando un estudio de comparación de métodos para determinar el
grado de acuerdo con el Índice Kappa o porcentaje de concordancia.
 Definir el porcentaje de acuerdos positivos y negativos obtenidos con el intervalo de
confianza al 95% junto con el índice Kappa, como indicador de confiablidad.
 Evaluar el desempeño del ensayo VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT
procesado en la Unidad De Estudios Moleculares (UDEM) de la Clínica Universitaria
Medicina Integral S.A.S.
3. ALCANCE.
La presente verificación de desempeño es aplicable a la prueba molecular para la detección

del ARN del virus SARS-CoV-2 por PCR en tiempo real en el Sistema AGS 4800 utilizando la
prueba VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT que tiene aprobación con
validación reportada. (1)
4. RESPONSABLES.
 Bacteriólogos de UDEM: Procesamiento de muestras.

 Empresa Labcare De Colombia: Suministro de pruebas para la ejecución del estudio y
asesoramiento científico.
5. DEFINICIONES.
 COVID – 19: La COVID 19 es la enfermedad infecciosa causada por el coronavirus que se ha

descubierto más recientemente. Tanto este nuevo virus como la enfermedad que provoca
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eran desconocidos antes de que estallara el brote en Wuhan (China) en diciembre de 2019.
Actualmente la COVID 19 es una pandemia que afecta a muchos países de todo el mundo.
(OMS, 2019)
 Coronavirus: Los coronavirus (CoV) son una amplia familia de virus que pueden causar
diversas afecciones, desde el resfriado común hasta enfermedades más graves, como ocurre
con el coronavirus causante del síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV) y el que
ocasiona el síndrome respiratorio agudo severo (SRAS-CoV). Un nuevo coronavirus es una
nueva cepa de coronavirus que no se había encontrado antes en el ser humano. (OMS, 2019)
 Falsos positivos: Resultados positivos que se obtienen en pacientes sanos. (CLSI - Clinical and
Laboratory Standars Institute, 2018)
 Falsos negativos: Resultados negativos que se obtienen en pacientes que están cursando la
enfermedad que se está detectando. (CLSI - Clinical and Laboratory Standars Institute, 2018)
 Índice kappa: El coeficiente kappa refleja la concordancia interobservador y puede ser
calculado en tablas de cualquier dimensión, siempre y cuando se contrasten dos
observadores. El coeficiente kappa puede tomar valores entre -1 y +1. Mientras más cercano
a +1, mayor es el grado de concordancia interobservador, por el contrario, mientras más
cercano a -1, mayor es el grado de discordancia inter-observador. (Cerda & Villarroel, 2008)
6. BIOSEGURIDAD.
La verificación de los ensayos moleculares comerciales requiere el uso de normas de

bioseguridad adecuadas y equipo de protección personal para la manipulación de las muestras
y el desarrollo de las pruebas.
La identificación y mitigación de los riesgos es fundamental para mantener un ambiente de

laboratorio seguro. Por lo tanto, deben existir planes de evaluación de riesgos asociados con
los ensayos y procedimientos moleculares empleados en la detección del SARSCoV-2.
La evaluación de riesgos y las estrategias de mitigación dependerán de los procedimientos

realizados, la identificación del peligro asociado con los procedimientos, el nivel de
competencia del personal del laboratorio, el equipo e instalaciones físicas y los recursos
disponibles. Se deben seguir las buenas prácticas de laboratorio en todas las etapas del
diagnóstico de SARS-CoV-2. Así mismo se deben usar desinfectantes apropiados para la
descontaminación de las superficies de trabajo y equipamiento. Es indispensable disponer de
una cabina de seguridad biológica certificada Clase II (BSC) para realizar procedimientos con
el potencial de generar aerosoles. (2)
A nivel del Laboratorio de la Unidad De Estudios Moleculares (UDEM) de la Clínica Universitaria

Medicina Integral S.A.S. cumple con un plan de bioseguridad para mitigar los riesgos que fue
previamente socializado con el personal del laboratorio encargado de realizar las pruebas.
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7. MATERIALES Y METODOS.
7.1. Tipo de muestra.
Para el estudio de comparación se emplean muestras frescas pareadas de aspirado

nasofaríngeo (para procesamiento RT-PCR método comparador) e hisopado nasofaríngeo
(para procesamiento VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT y sistema AGS
4800) en medio de transporte viral.
7.2. Criterios de inclusión.
Las muestras utilizadas para el proceso de verificación será un N de 44 muestras las cuales
fueron analizadas bajo los siguientes escenarios.
 Se seleccionaron 23 muestras francamente positivas previamente caracterizadas por el

laboratorio por resultado pareado y conocido con método comparador RT-PCR SARS-CoV-
2 convencional MINI8 PLUS.
 Se seleccionaron 17 muestras negativas previamente caracterizadas por el laboratorio las
cuales eran francamente negativas, es decir que no presentaron curva de amplificación.
 Se seleccionaron 4 muestras para realizar proceso a la par con método comparador RT-
PCR SARS-CoV-2 convencional MINI8 PLUS sin resultado conocido, para garantizar las
mismas condiciones de procesamiento por ambas metodologías.
 Las muestras que se han procesado se realizaron en el lapso del 06 al 18 de enero de
acuerdo al volumen de montaje del laboratorio.
7.3. Criterios de exclusión.
 Muestras que tengan más de 48 horas de procesamiento.

 Muestras conservadas de manera inadecuada.
 No se tuvieron en cuenta muestras con un Ct mayor o igual a 37 en el proceso de verificación
porque podían acercarse al límite de detección (LoD) y se podrían obtener resultados falsos
negativos debido a la disminución de la carga viral por los ciclos de congelación –
descongelación.
7.4. Control de calidad de VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT
VIASURE SARS-CoV-2 Real Time PCR Detection Kit contiene controles positivo y negativo que
deben ser incluidos en cada ensayo para interpretar correctamente los resultados. Además, el
control interno (CI) en cada pocillo confirma el correcto funcionamiento de la técnica.
 Control positivo, las curvas de detección de los canales FAM y ROX deberían tener el
crecimiento logarítmico y el canal HEX puede haber o no crecimiento de la curva logarítmica
 Control negativo, las curvas de detección de los canales FAM y ROX no deben detectarse. El
canal HEX debe tener el período de crecimiento logarítmico.
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 Control interno, puede o no mostrar una curva de amplificación, en ocasiones, la detección
del control interno no es necesaria, ya que la presencia de un alto número inicial de copias
del ácido nucleico diana puede causar una amplificación preferencial de esta última.
 Si los resultados de detección para los controles positivo, negativo y control interno son
consistentes con los resultados arriba, la prueba es creíble
Para la validación de los resultados se verificó que los controles cumplan tal y como está
especificado por el fabricante.
8. GENERALIDADES.
8.1. VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT
VIASURE SARS-CoV-2 Real Time PCR Detection Kit está diseñado para el diagnóstico de SARS-CoV-
2 en muestras respiratorias. La detección se realiza a través de la retrotranscripción y posterior
amplificación a tiempo real de la secuencia diana, produciéndose ambas reacciones en el mismo
pocillo.
Tras el aislamiento del RNA, se sintetiza el DNA complementario a la secuencia diana gracias a la
retro transcriptasa o transcriptasa inversa. Posteriormente la identificación de SARS-CoV-2 se
lleva a cabo mediante la reacción en cadena de la polimerasa utilizando oligonucleótidos
específicos y una sonda marcada con fluorescencia que hibridan con una región diana conservada
de los genes ORF1ab y N.
VIASURE SARS-CoV-2 Real Time PCR Detection Kit aprovecha la actividad 5´ exonucleasa de la
DNA-polimerasa. Durante la amplificación del DNA, esta enzima hidroliza la sonda unida a la
secuencia de DNA complementaria, separando el fluoróforo del quencher. Esta reacción genera
un aumento en la señal fluorescente proporcional a la cantidad de RNA diana.
Esta fluorescencia se puede monitorizar en equipos de PCR a tiempo real. VIASURE SARS-CoV-2
Real Time PCR Detection Kit contiene en cada tubo de Reaction-Mix todos los componentes
necesarios para llevar a cabo reacciones de PCR a tiempo real (cebadores/sondas específicos,
dNTPS, tampón, polimerasa, retrotranscriptasa) en formato estabilizado, así como, un control
interno para descartar la inhibición de la actividad polimerasa.
Tras la reacción de amplificación, el gen ORF1ab se detecta en el canal FAM, el gen N se detecta
en el canal ROX y el control interno (CI) se detecta en el canal HEX, VIC o JOE
Una muestra se considera positiva, si el valor Ct obtenido es menor de 38 y el control interno

muestra o no una gráfica de amplificación. En ocasiones, la detección del control interno no es
necesaria, ya que la presencia de un alto número inicial de copias del ácido nucleico diana puede
causar una amplificación preferencial de esta última.
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Una muestra se considera negativa, si no se detecta una curva de amplificación por encima del
valor umbral, y el control interno si la presenta. La inhibición de la reacción de PCR puede ser
excluida por la amplificación del control interno.
8.2. Características de la prueba.
 Sensibilidad: El VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT mostro una sensibilidad
(97.5%)
 Límite de detección: Los resultados demuestran que el LoD para el Kit de detección VIASURE
SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT es 1 × 101 copias / ml para hisopos nasofaríngeos
/ orofaríngeos.
 Reactividad cruzada: No se detectaron reacciones cruzadas con ninguno de los siguientes
microorganismos testados, excepto con los patógenos diana que detecta cada ensayo.
 Especificidad: El resultado del diagnóstico para kit de referencia y el Kit DirectDetectTM SARS-
CoV-2 mostro una especificidad (> 99.9%).
8.3. Análisis de los resultados.
El uso de los controles positivo y negativo junto con cada serie de muestras a analizar, valida la
reacción comprobando la ausencia de señal en el pocillo del control negativo y la presencia de
una señal en el pocillo de control positivo para el SARS-CoV-2. Comprobar la emisión de la señal
del control interno para verificar el correcto funcionamiento de la mezcla de amplificación. El
análisis de las muestras se realiza con el software propio del equipo de PCR a tiempo real de
acuerdo con las instrucciones de uso del fabricante. Con ayuda de la siguiente tabla (Tabla N°1),
leer y analizar los resultados:
Tabla N°1
* La amplificación de un solo gen o incluso resultados positivos aleatorios sugieren a) la baja cantidad de RNA molde
presente en la muestra está cerca o por debajo del límite de detección de las reacciones b) mutaciones en las
secuencias de ácido nucleico de las regiones diana c) rendimiento de la amplificación de las regiones diana
ligeramente diferente, o d) otros factores.
# Si únicamente el gen diana N resulta positivo, se recomienda verificar la correcta realización de cada uno de los
pasos y revisar los parámetros y la forma sigmoidea de la curva. También se recomienda repetir el ensayo partiendo
del eluido, preferiblemente por duplicado. Si el gen ORF1ab continúa siendo negativo, y se visualiza una curva de
amplificación sigmoidal para el gen N, la interpretación debería ser SARS-CoV-2 positivo durante la pandemia de
COVID-19. Una vez realizado el ensayo será necesario que el resultado obtenido sea siempre evaluado por un
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profesional de la salud, en el contexto actual de la infección por COVID -19 y del historial médico del paciente,
teniendo en cuenta todos los signos y síntomas clínicos que presente el paciente.
Una muestra se considera positiva, si el valor Ct obtenido es menor de 38 y el control interno

muestra o no una gráfica de amplificación. En ocasiones, la detección del control interno no es
necesaria, ya que la presencia de un alto número inicial de copias del ácido nucleico diana puede
causar una amplificación preferencial de esta última.
Una muestra se considera negativa, si no se detecta una curva de amplificación por encima del
valor umbral, y el control interno si la presenta. La inhibición de la reacción de PCR puede ser
excluida por la amplificación del control interno.
El resultado se considera inválido si se observa una gráfica de amplificación en el control negativo

o ausencia de señal en el pocillo del control positivo. En ese caso, se recomienda repetir el
ensayo.
En caso de ausencia de la señal de control interno en los pocillos de muestra, se recomienda

repetir el ensayo diluyendo la muestra 1:10 o repetir la extracción para descartar posibles
problemas de inhibición.
En caso de un resultado ambiguo, se recomienda verificar la correcta realización de cada uno de

los pasos y revisar los parámetros y la forma sigmoidea de la curva. También se recomienda
repetir el ensayo, preferiblemente por duplicado.
El resultado de la prueba debe ser evaluado en el contexto del historial médico, los síntomas
clínicos y otras pruebas de diagnóstico por un profesional de la salud.
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8.4. Metodología.
Se realizó un estudio de comparación de las pruebas VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR
DETECTION KIT para la determinación de RNA SARS-CoV2 frente al método comparador RT-
PCR SARS-CoV-2 convencional MINI8 Plus, en donde se verificó la validez analítica en términos
de resultados positivos, resultados negativos, siguiendo el protocolo descrito en el inserto del
kit.
El estudio se realizó del 06 al 18 de Enero
9. RESULTADOS.
Se procesaron las 44 muestras en corridas cada una con su juego de control interno, las
muestras correspondían ha aspirado nasofaríngeo por el método RT – PCR método
comparador CDC MINI8 PLUS y se registraron los datos obtenidos en la matriz de Excel.
Los datos registrados en la matriz de Excel se calcularon de acuerdo a las formulas dadas para
los criterios de desempeño analítico solicitados por el INS.
Se realizó el análisis en general, para establecer la concordancia analítica de cada uno de los
resultados frente al método comparador RT-PCR Convencional (Tabla N°2).
Resultados obtenidos mediante AGS 4800 y método convencional MINI8 PLUS.

Tabla N°2
RESULTADO
CANAL RESULTADO
N° NOMBRE TIPO CANAL HEX CANAL ROX METODO CRITERIO
FAM AGS 4800
MINI8 PLUS
1 2123 MUESTRA 17,33 28,01 21,64 POSITIVO POSITIVO CARACTERIZADA
2 2127 MUESTRA 19,29 27,35 23 POSITIVO POSITIVO CARACTERIZADA
4 2552 MUESTRA 23,99 NEGATIVO NEGATIVO CARACTERIZADA
5 2228 MUESTRA 27,33 25 30,38 POSITIVO POSITIVO CARACTERIZADA
11 2548 24,2 NEGATIVO NEGATIVO SIN CARACTERIZAR
14 2455 MUESTRA 35,88 24,07 34,37 POSITIVO POSITIVO SIN CARACTERIZAR
CONTROL
POSITIVO 40,63 24,58 35,6 POSITIVO
EXTRACCION
CONTROL
NEGATIVO 24,39 NEGATIVO
EXTRACCION
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24 2292 MUESTRA 23,39 34,33 POSITIVO POSITIVO CARACTERIZADA
26 2288 MUESTRA 24,09 38,59 NEGATIVO POSITIVO CARACTERIZADA
41 2448 MUESTRA 22,7 25,48 26,62 POSITIVO NEGATIVO CARACTERIZADA
CONTROL POSITIVO 23,69 25,26 27,19 POSITIVO
CONTROL NEGATIVO 24,96 NEGATIVO
10. ANALISIS ESTADISTICO DE LOS RESULTADOS.
La revisión de las bases de datos se realizó por dos observadores independientes (UDEM y
LABCARE DE COLOMBIA) para identificar errores de transcripción o incongruencias.
El análisis estadístico tiene por objeto describir la sensibilidad, especificidad, valores

predictivos y el grado de concordancia entre ambas metodologías, mediante el Índice Kappa
de Cohen. (3) aplicado al escenario evaluado:
Hasta la fecha se considera la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa

(RT-PCR) para la COVID-19 como el gold standard: es la mejor prueba disponible hasta el
momento. A partir de su realización se obtienen resultados positivos (serán verdaderos
positivos en enfermos y falsos positivos en sanos) o negativos (verdaderos en sanos y falsos
Página 9 de 13
en enfermos). Con estos datos se puede construir una tabla de contingencia 2 x 2 como la
siguiente (Tabla N°3).
Tabla N°3: Tabla de contingencia 2*2
En un estudio de comparación en el que el método candidato y los resultados de la prueba por

el método comparativo se clasifican como positivos o negativos, esos resultados se pueden
resumir de la siguiente manera:
 a = Número de resultados donde ambas pruebas son positivas;

 b = Número de resultados donde el método candidato es positivo, pero el comparativo
es negativo;
 c = Número de resultados donde el método candidato es negativo, pero el comparativo
es positivo;
 d = Número de resultados donde ambos métodos son negativos.
Lo anterior, podemos definirlo de la siguiente manera:
Tabla N°4: Tabla de contingencia especificada
Definimos las salidas de la tabla para entender mejor lo que se espera de un test diagnóstico.
Conociendo o estimando la prevalencia, la sensibilidad y la especificidad, se pueden calcular
todas las casillas de la tabla. Las filas informan de la prueba y las columnas del estado real de
la persona.
Calculamos sensibilidad y especificidad por columnas y valores predictivos por filas, de

acuerdo a los siguientes términos:
Página 10 de 13
 Sensibilidad: Capacidad del test para detectar enfermedad, proporción de enfermos que
obtuvieron un resultado positivo en el test. Fracción de verdaderos positivos.
 Especificidad: Capacidad para detectar a los sanos, proporción de sanos que obtuvieron
un resultado negativo en el test. Fracción de verdaderos negativos.
 Valor predictivo positivo (VPP): Probabilidad de tener la enfermedad si se obtiene un

positivo en el test.
 Valor predictivo negativo (VPN): probabilidad de que un paciente con resultado negativo
esté realmente sano.
La sensibilidad y la especificidad nos informan de la calidad de la prueba. Son características

intrínsecas y no varían con la prevalencia de la enfermedad que se pretende detectar. Pero en
la práctica clínica interesa más conocer, ante un resultado positivo o negativo, la probabilidad
de que la persona esté enferma o sana; es decir, los valores predictivos. Si la prevalencia es la
probabilidad antes del test, los valores predictivos son las estimaciones revisadas de esa
probabilidad.
Teniendo en cuenta lo anterior, a continuación, se describen las capacidades operativas del

ensayo VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT para la determinación de RNA
SARS-CoV2 (Tabla N°5).
Tabla N°5 de contingencia de los resultados obtenidos.
Método comparativo - Mini8 Plus

Método comparativo - AGS 4800 Positivo Negativo Total
Positivo 21 1 22
Negativo 1 21 22
Total 22 22 44
Página 11 de 13
Se realizan los cálculos de acuerdo a las formulas propuestas y se obtiene (Tabla N°6):
Tabla N°6: Resultados de capacidad operativa.
Capacidad operativa Calculo Resultado

𝑉𝑃 21
% Sensibilidad = 95%
𝑉𝑃 + 𝐹𝑁 22
𝑉𝑁 21
% Especificidad = 95%
𝑉𝑁 + 𝐹𝑃 22
𝑉𝑃 21
% VPP = 95%
𝑉𝑃 + 𝐹𝑃 22
𝑉𝑁 21
% VPN = 95%
𝑉𝑁 + 𝐹𝑁 22
𝑃1−𝑃𝑒 0.955 − 0.500
Indice Kappa 𝑘= = 0.909
1 − 𝑃𝑒 1 − 0.500
Para la interpretación del índice Kappa se utilizará la tabla de Landis y Koch 1977.
Tabla N°6: Escala de índice Kappa de Cohen
11. INTERPRETACIÓN DE RESULTADOS.
El ensayo VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT evidenció una concordancia
significativa con respecto a la prueba utilizada como referencia para el diagnóstico de SARS –
CoV – 2 en muestras definidas, con un buen desempeño en las diferentes capacidades
operativas y un índice Kappa casi perfecta.
12. SUGERENCIAS.
De acuerdo a los análisis obtenidos en el estudio es importante verificar la calidad de las

muestras para garantizar la integridad y la cantidad del RNA viral, así como también es
importante el momento en el que al paciente se le tome la muestra para asegurar cargas
virales detectables. Estas dos condiciones afectan significativamente el rendimiento de
cualquier método de diagnóstico molecular en términos de sensibilidad.
Página 12 de 13
Se sugiere que las muestras no tengan más de 48 horas entre la toma y la realización del
ensayo, éstas se pueden conservar en refrigeración entre 2 a 8 °C (4).
13. CONCLUSIONES.
Se comprueba el satisfactorio desempeño de la prueba molecular VIASURE SARS-COV-2 REAL

TIME PCR DETECTION KIT realizada en el Sistema AGS 4800 en términos de exactitud,
concordancia, precisión analítica, sensibilidad, especificidad y valores predictivos, al
compararla con el método de referencia (gold standard), de acuerdo con la interpretación del
Índice Kappa según Landis y Koch.
De acuerdo a los análisis obtenidos en el estudio es importante verificar la calidad de las

muestras para garantizar la integridad y la cantidad del RNA viral, así como también es
importante el momento en el que al paciente se le tome la muestra para asegurar cargas
virales detectables. Estas dos condiciones afectan significativamente el rendimiento de
cualquier método de diagnóstico molecular en términos de sensibilidad.
14. ANEXOS.
Se anexan resultados obtenidos de las corridas analíticas.
15. BIBLIOGRAFÍA.
1. Ministerio de Salud y Protección Social. Lineamientos para el uso de pruebas diagnóstica

de SARS-CoV-2 (COVID 19) en Colombia. Abril 2020.
2. Mitchell. Stephanie L. et al. Understanding, verifying and implementing Emergency Use
Authorization molecular diagnostics for the detection of SARS-CoV-2 RNA. J. Clin.
Microbiol. May, 2020 doi:10.1128/JCM.00796-20
3. Corman, V., et al. Diagnostic detection of 2019-nCoV by real-time RT-PCR. World Health
Organization, Jan, 17. 2020
4. Landis J.R. Koch G.G. (1977), The measurement of observer agreement for categorical data.
Biometrics 33:159-174
5. Ministerio de Salud y Protección Social. Lineamientos para la gestión de muestras durante
la pandemia del SARS-CoV-2 (COVID 19) en Colombia. Disponible en
https://www.minsalud.gov.co/RID/lineamiento-gestion-muestras-covid-19-t.pdf. Abril
2020
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VIRUS SARS-COV-2 EN EL SISTEMA AGS 4800 CON LA UTILIZACION DE VIASURE SARS-COV-2

UNIDAD DE ESTUDIOS MOLECULARES (UDEM) DE LA CLÍNICA UNIVERSITARIA MEDICINA

ENERO DEL 2021

El presente documento detalla el proceso de verificación de la prueba VIASURE SARS-COV-2

2.1. Objetivo general.

2.2. Objetivos específicos.

 Comprobar el desempeño de la prueba molecular realizada en el Sistema AGS 4800 en

La presente verificación de desempeño es aplicable a la prueba molecular para la detección

 Bacteriólogos de UDEM: Procesamiento de muestras.

 COVID – 19: La COVID 19 es la enfermedad infecciosa causada por el coronavirus que se ha

La verificación de los ensayos moleculares comerciales requiere el uso de normas de

La identificación y mitigación de los riesgos es fundamental para mantener un ambiente de

La evaluación de riesgos y las estrategias de mitigación dependerán de los procedimientos

A nivel del Laboratorio de la Unidad De Estudios Moleculares (UDEM) de la Clínica Universitaria

7.1. Tipo de muestra.

Para el estudio de comparación se emplean muestras frescas pareadas de aspirado

7.2. Criterios de inclusión.

 Se seleccionaron 23 muestras francamente positivas previamente caracterizadas por el

7.3. Criterios de exclusión.

 Muestras que tengan más de 48 horas de procesamiento.

8.1. VIASURE SARS-COV-2 REAL TIME PCR DETECTION KIT

Una muestra se considera positiva, si el valor Ct obtenido es menor de 38 y el control interno

8.2. Características de la prueba.

8.3. Análisis de los resultados.

Una muestra se considera positiva, si el valor Ct obtenido es menor de 38 y el control interno

El resultado se considera inválido si se observa una gráfica de amplificación en el control negativo

En caso de ausencia de la señal de control interno en los pocillos de muestra, se recomienda

En caso de un resultado ambiguo, se recomienda verificar la correcta realización de cada uno de

El estudio se realizó del 06 al 18 de Enero

Resultados obtenidos mediante AGS 4800 y método convencional MINI8 PLUS.

10. ANALISIS ESTADISTICO DE LOS RESULTADOS.

El análisis estadístico tiene por objeto describir la sensibilidad, especificidad, valores

Hasta la fecha se considera la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa

Tabla N°3: Tabla de contingencia 2*2

En un estudio de comparación en el que el método candidato y los resultados de la prueba por

 a = Número de resultados donde ambas pruebas son positivas;

Lo anterior, podemos definirlo de la siguiente manera:

Tabla N°4: Tabla de contingencia especificada

Calculamos sensibilidad y especificidad por columnas y valores predictivos por filas, de

 Valor predictivo positivo (VPP): Probabilidad de tener la enfermedad si se obtiene un

La sensibilidad y la especificidad nos informan de la calidad de la prueba. Son características

Teniendo en cuenta lo anterior, a continuación, se describen las capacidades operativas del

Tabla N°5 de contingencia de los resultados obtenidos.

Método comparativo - Mini8 Plus

Tabla N°6: Resultados de capacidad operativa.

Capacidad operativa Calculo Resultado

Tabla N°6: Escala de índice Kappa de Cohen

11. INTERPRETACIÓN DE RESULTADOS.

De acuerdo a los análisis obtenidos en el estudio es importante verificar la calidad de las

Se comprueba el satisfactorio desempeño de la prueba molecular VIASURE SARS-COV-2 REAL

De acuerdo a los análisis obtenidos en el estudio es importante verificar la calidad de las

Se anexan resultados obtenidos de las corridas analíticas.

1. Ministerio de Salud y Protección Social. Lineamientos para el uso de pruebas diagnóstica

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