Daniel Alberto Bradley Gonzalez

Z4B

Rosado Martin Samuel Elias

Microbiologia

Actividad 2. Investigacion Documental

31/05/2021
FILUM CRENOARCHAEOTA
Acidilobus aceticus
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

A.aceticus tiene una morfología cocoide de 1-2 μm de diámetro con una capa en S relativamente
gruesa. A. aceticus tiene una temperatura de crecimiento óptima de 85 ° C (calificándolo como
hipertermófilo) y un pH óptimo de 3.8. Es un anaerobio obligado inmóvil con metabolismo
fermentativo caracterizado por la producción de acetato en las condiciones de cultivo celular
ensayadas; su nombre reconoce esta propiedad. Aunque su crecimiento se acelera por la
presencia de azufre elemental, que se reduce a sulfuro de hidrógeno, el azufre no es esencial
para el crecimiento. Es resistente a los antibióticos cloranfenicol, penicilina y estreptomicina. A.
aceticus se diferencia de A. saccharovorans, la única otra especie reconocida en el género, en
dos aspectos principales: es inmóvil mientras que A. saccharovorans está flagelado; y es capaz
de crecer en una gama mucho más estrecha de sustratos.

 CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Las cepas de Acidilobus aceticus se aislaron de las aguas termales ácidas del volcán
Moutnovski en Kamchatka, Rusia. Al igual que la mayoría de los otros aislamientos
termoacidófilos, el hábitat de la arqueona son las aguas termales ácidas terrestres.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Disuelva los ingredientes excepto azufre, extracto de levadura, vitaminas y sulfuro. Ajustar el pH
a 3,5 con H2SO4 y medio de burbujeo con gas CO2 al 100% durante 30 - 45 min para hacerlo
anóxico. Dispense el medio bajo la misma atmósfera de gas en tubos anóxicos de tipo Hungate o
Suero viales que contienen la cantidad adecuada de azufre. Caliente los recipientes que
contengan medio 90 ° C durante 1 hora en cada uno de los 3 días sucesivos. Agregue extracto de
levadura, vitaminas (esterilizadas por filtración) y sulfuro de soluciones madre anóxicas estériles
preparadas con gas N2 al 100%. La solución madre de sulfuro (3% p / v) debe neutralizarse antes
de su uso (ver medio 29). El pH del medio completo debe estar entre 3,5 y 3,8.

IMPORTANCIA

La capacidad de las especies de Acidilobus para crecer en varios sustratos poliméricos se

correlaciona con la presencia de genes que codifican hidrolasas en su genoma (Mardanov et al.
2010). Estas enzimas son activas a altas temperaturas y pH bajo y podrían encontrar aplicación
en diferentes campos de la industria (Bertoldo et al. 2004).

T. pendens
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES
T. pendens es un organismo anaeróbico Gram negativo, inmóvil, con forma de bastoncillo. Tiene
una capa S que rodea la membrana citoplasmática. Durante la división celular, T. pendens
brotará y no se producirá la formación de tabiques. Pertenece a la familia de las Thermofilaceae,
que tiene la forma general de una varilla delgada, de entre 0,15 y 0,35 μm de diámetro y de 1 a>
100 μm de longitud. Una característica interesante de este organismo es que tiene una estructura
filamentosa larga que puede llegar a medir 100 mm. Sin embargo, de los 9 miembros de Genera,
Thermofilum es el más pequeño. Por lo tanto, puede ser difícil de reconocer bajo el microscopio
óptico de contraste de fase. Se ha descubierto que la membrana celular de Thermofilum, así
como otras arqueobacterias termófilas, tienen cadenas de fitanilo C20 y cadenas de bifitanilo
C40. Los tetraéteres de glicerol-dialquil-glicerol, también conocidos como GDGT, están unidos
por dos restos sn-2,3-glicerol a través de enlaces éter mediante dos dioles isoprenoides C40.
Esto permite la estabilidad celular a altas temperaturas.

 CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Thermofilum pendens fue aislado por primera vez de una fuente termal solfataria en Islandia a
principios de la década de 1980 por Wolfram Zillig. Desde su descubrimiento, T. pendens
también se ha aislado en entornos de solfatara, como el Parque Nacional Yellowstone (EE. UU.) Y
la Isla Vulcano (Italia). Por lo tanto, esta arqueabacteria puede mantener la vida en un ambiente
cálido y ligeramente ácido, lo que la convierte en hipertermófila y acidófila o termoacidófila. Sus
condiciones óptimas de crecimiento son 85-90 grados C con un pH de 5-6 y una salinidad de 0,1
a 2%. Sin embargo, se ha encontrado en sitios con temperaturas que oscilan entre 67 y 93 grados
C y un pH entre 2,8 y 7,6. Al ser un archea, T. pendens tiene la capacidad de proporcionar
enzimas resistentes al calor que se pueden aplicar en biotecnología.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Se obtuvieron células congeladas de T. pendens Hrk5 de Karl Stetter. Las células se

resuspendieron en sacarosa 0,25 M en tampón Tris-EDTA. Se añadió dodecilsulfato de sodio a
una concentración del 1% y las células se lisaron mediante tres ciclos de congelación y
descongelación. Se añadió proteinasa K a una concentración de 50 μg / ml y el lisado se incubó a
60 ° C durante 30 min. Las proteínas no digeridas se precipitaron mediante la adición de NaCl 0,5
M y se eliminaron por centrifugación. Los ácidos nucleicos del sobrenadante se precipitaron
mediante la adición de un volumen igual de isopropanol frío y se recogieron por centrifugación.
Después de la digestión con RNasa A, el ADN se purificó mediante extracciones sucesivas con
fenol y fenol-cloroformo y se recuperó mediante precipitación con etanol. El ADN se resuspendió
en tampón Tris-EDTA y se envió al Joint Genome Institute.

IMPORTANCIA

Además, T. pendens es importante para el proceso evolutivo porque es el linaje de ramificación

más profundo del dominio eucariota. Según un árbol filogenético parsimonioso para el ARNr 16S,
T. pendens es el grupo externo de Crenarchaeota, lo que la convierte en la rama evolutiva más
cercana al dominio Eurakyota. Además, es una de las cuatro especies de Crenarchaeota
secuenciadas. Por lo tanto, T. pendens proporciona el genoma ideal para estudios comparativos
para distinguir entre Thermoproteales de otros Crenarchaeotes.
S. islandicus
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

El arqueón Sulfolobus solfataricus tiene un cromosoma circular que consta de 2.992.245 pb. Otra
especie secuenciada, S. tokodaii, también tiene un cromosoma circular, pero es ligeramente más
pequeño con 2.694.756 pb. Ambas especies carecen de los genes ftsZ y minD, que ha sido
característico de Crenarchaeota secuenciada. También codifican para la citrato sintasa y dos
subunidades de 2-oxoácido: ferredoxina oxidorreductasa, que desempeña el mismo papel que la
alfa-cetoglutarato deshidrogenasa en el ciclo de TCA (tricarboxílico / Krebs / ácido cítrico).

Todas las arqueas tienen lípidos con enlaces de éter entre el grupo de la cabeza y las cadenas
laterales, lo que hace que los lípidos sean más resistentes al calor y la acidez que los lípidos con
enlaces éster de bacterias y eucariotas. Los Sulfolobales son conocidos por sus lípidos tetraéter
inusuales. En Sulfolobales, los lípidos unidos a éter se unen covalentemente a través de la
"bicapa", formando tetraéteres. Por tanto, técnicamente los tetraéteres forman una monocapa, no
una bicapa. Los tetraéteres ayudan a las especies de Sulfolobus a sobrevivir a los ácidos
extremos y a las altas temperaturas.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Las especies de ulfolobus crecen en manantiales volcánicos con un crecimiento óptimo que
ocurre a pH 2-3 y temperaturas de 75-80 ° C, lo que los convierte en acidófilos y termófilos
respectivamente. Las células de Sulpholobus son de forma irregular y flagelares. S. solfataricus
se ha encontrado en diferentes áreas, incluido el Parque Nacional de Yellowstone, Mount St.
Helens, Islandia, Italia y Rusia, por nombrar algunos. Sulfolobus se encuentra casi dondequiera
que haya actividad volcánica. Prosperan en ambientes donde la temperatura es de
aproximadamente 80 ° C con un pH de aproximadamente 3 y azufre presente.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

El enriquecimiento de “Ca. N. islandicus ”se inició mediante la inoculación de 40 ml de medio

mineral estéril (Koch et al., 2015) que contenía 0,5 mM de NH4Cl esterilizado por filtración con
aproximadamente 0,1 g de biopelícula de aguas termales, que se había sumergido en agua
corriente en el sitio de muestreo en un área geotérmica en el valle de Graendalur, (64 ° 1 ′ 7 ″ N,
21 ° 11 ′ 20 ″ W) Islandia. En el sitio de muestreo, el manantial tenía un pH de 6.5 y una
temperatura de 73 ° C. El cultivo se incubó inicialmente sin agitación en botellas de vidrio de 100
ml en la oscuridad a 60 ° C y se verificó semanalmente el contenido de amonio y nitrito del medio
mediante el uso de reactivo de Nessler (K2HgI4 - solución de KOH; Sigma-Aldrich) y tiras de
prueba de nitrito / nitrato (Merckoquant; Merck). El amonio (NH4Cl 1 mM) se repone cuando se
consume por completo. Al mismo tiempo, se controló el pH utilizando tiras de prueba de pH
(Macherey-Nagel) y se mantuvo a un pH de 7-8 mediante titulación con NaHCO3. Cuando el pH
descendió por debajo de 6, el cultivo de enriquecimiento dejó de oxidar el amoníaco, pero se
restauró la actividad reajustando el pH entre 7 y 8.
IMPORTANCIA

Las proteínas Sulfolobus son de interés para la biotecnología y el uso industrial debido a su
naturaleza termoestable. Una aplicación es la creación de derivados artificiales a partir de
proteínas de S. acidocaldarius, denominadas affitinas. Sin embargo, las proteínas intracelulares
no son necesariamente estables a pH bajo, ya que las especies de Sulfolobus mantienen un
gradiente de pH significativo a través de la membrana externa. Los sulfolobales son
metabólicamente dependientes del azufre: heterótrofos o autótrofos, su energía proviene de la
oxidación del azufre y / o de la respiración celular en la que el azufre actúa como aceptor final de
electrones. Por ejemplo, se sabe que S. tokodaii oxida el sulfuro de hidrógeno a sulfato
intracelularmente.

FILUM EURYARCHAEOTA
Methanopyrus kandleri
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

Methanopyrus kandleri es un metanógeno anaeróbico Gram positivo, con forma de varilla, que se
clasifica como una arqueona. Aunque M. kandleri se considera un metanógeno y se clasifica
filosóficamente con ellos en la actualidad, se considera el metanógeno más divergente en
función de su secuencia de rRNA 16S, así como de muchas otras características. Se cree que es
tan diferente de sus vecinos filogenéticos debido al aislamiento que crea su nicho.

M. kandleri, es uno de los extremófilos más excepcionales que se conocen en la actualidad. No

solo es un hipertermófilo, sino que también es un halófilo próspero. Puede sobrevivir a
temperaturas de hasta 110 grados Celsius, lo que la convierte en la especie más resistente a la
temperatura de todos los demás metanógenos. Esta resistencia a la temperatura se logra
mediante el uso de sus diferentes adaptaciones en el genoma, la estructura y las enzimas. Las
propiedades hipertermófilas de M. kandleri se corresponden con sus tendencias halófilas. El
contenido de sal intracelular de cDPG trianiónico (2,3-difosfoglicerato cíclico) y K + se ha medido
en concentraciones tan altas como 1,1 M y 3 M, respectivamente. También se cree que su
capacidad para vivir en estos entornos hostiles se atribuye a su metabolismo metanogénico.
Algunas de las enzimas únicas que han sido moldeadas por el proceso evolutivo en este
microbio han demostrado ser muy útiles en el campo biotecnológico. La investigación actual se
ha centrado no solo en descubrir nuevas formas de utilizar esta especie en el laboratorio, sino
también en averiguar cómo clasificar este organismo complejo.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

M. kandleri fue encontrado en el fondo de una chimenea de “fumador negro” a 2.000 metros de
profundidad en el fondo del mar del Golfo de California. Aquí toma dihidrógeno y dióxido de
carbono y lo usa para producir metano a través de sus muchas vías metabólicas. Es capaz de
hacer esto en su entorno principalmente debido a sus enzimas metabólicas modificadas, tales
como formilmetanofurano: tetrahidrometanopterina formiltransferasa y N5, N10-
meteniltetrahidrometanopterina ciclohidrolasa como se discutió anteriormente. Estas enzimas
pueden activarse a altas temperaturas y en altas concentraciones de sal debido a los muchos
aminoácidos cargados negativamente a partir de los cuales se construyen. Su capacidad para
realizar vías metabólicas de forma anaeróbica también les permite vivir en el fondo del océano
donde el oxígeno es escaso o inexistente. El genoma de M. kandleri también se estabiliza por su
alto contenido de guanina y citosina. Esto es una ventaja debido a los 3 enlaces de hidrógeno
que mantienen unidos estos pares de bases. Aunque no existe una relación probada entre estos
microbios y los eucariotas que prosperan en el mismo hábitat, es posible que se encuentre una
asociación en el futuro.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Se aisló un nuevo grupo de metanógenos móviles hipertermófilos en forma de varilla de un

sedimento de aguas profundas calentado hidrotermalmente (Cuenca de Guaymas, Golfo de
California) y de un sistema hidrotermal marino poco profundo (Cordillera de Kolbeinsey, Islandia).
El creció entre 84 y 110 ° C (opción: 98 ° C) y de 0,2% a 4% de NaCl (opción 2%) y pH de 5,5 a 7
(opción: 6,5). Los aislamientos fueron quimiolitoautótrofos obligatorios utilizando H2 / CO2
como fuentes de energía y carbono. En presencia de azufre, se formó H2S y las células tendieron
a lisarse. La pared celular consistía en un nuevo tipo de pseudomureína que contenía ornitina
además de lisina y no N-acetilglucosamina. La capa de pseudomureína estaba cubierta por una
capa superficial de proteína sensible al detergente. El lípido del núcleo consistía exclusivamente
en fitanil dieter. El contenido de GC del ADN fue del 60% en moles. Mediante comparaciones de
ARNr 16S, los nuevos organismos no estaban relacionados con ninguno de los tres linajes
metanogénicos.

IMPORTANCIA

Solo ha habido un descubrimiento sobre cómo se puede utilizar M. kandleri en el campo de la

biotecnología. Ese es el uso de ADN topoisomerasa V, una enzima exclusiva de M. kandleri, en la
secuenciación del ADN. Es una buena opción para esta aplicación debido a su capacidad para
ser activo a altas temperaturas y altas concentraciones de sal. También es capaz de manejar
composiciones de nucleótidos desiguales y estructuras repetidas complejas a diferencia de
otras topoisomerasas. Esta enzima se utilizó por primera vez en el kit de secuenciación
ThermoFidelase para determinar la secuencia del propio M. kandleri.

Las repeticiones en tándem hélice-horquilla-hélice (HhH) 2 en la cola C-terminal que forman el

dominio de unión al ADN de la topoisomerasa V también son de interés para muchos científicos.
Este dominio HhH2 es muy interesante porque proporciona un sitio apurínico y apirimídico que
puede permitir que esta enzima corte el ADN en el enlace fosfodiéster y elimine un solo
nucleótido. Esto es importante porque in vitro la principal causa de daño del ADN es la
depurinación. Aunque este dominio HhH2 se puede encontrar en otras enzimas, casi nunca se
encuentra tan abundantemente como en la topoisomerasa V.La estrategia para utilizar este
dominio in vitro es agregarlos a enzimas como Taq y Pfu ADN polimerasas para aumentar su
efectividad y termoestabilidad.

Nanoarchaeum equitans
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

Nanoarchaeum equitans no puede sintetizar lípidos, pero los obtiene de su anfitrión. Sus células
tienen solo 400 nm de diámetro, lo que lo convierte en uno de los organismos celulares más
pequeños conocidos y el arqueón más pequeño conocido.

El genoma de N. equitans consta de un solo cromosoma circular y tiene un contenido medio de

GC del 31,6%. Carece de casi todos los genes necesarios para la síntesis de aminoácidos,
nucleótidos, cofactores y lípidos, pero codifica todo lo necesario para la reparación y replicación.
N. equitans contiene varios genes que codifican proteínas empleadas en la recombinación, lo que
sugiere que N. equitans puede experimentar una recombinación homóloga. El 95% de su ADN
codifica proteínas o moléculas de ARN estables.

N. equitans tiene pequeños apéndices que salen de su estructura circular. La superficie de la

celda está cubierta por una fina capa en S en forma de celosía, que proporciona estructura y
protección a toda la celda.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

También se encontraron cepas de este microbio en la dorsal oceánica media subpolar y en la

piscina de obsidiana en el parque nacional de Yellowstone. Dado que crece a temperaturas
cercanas a la ebullición, a unos 80 grados centígrados, se considera un termófilo. Crece mejor en
ambientes con un pH de 6 y una concentración de salinidad del 2%.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Se hizo crecer N. equitans en un fermentador de 300 litros en un cocultivo con Ignicoccus sp. y
las células de N. equitans se purificaron de Ignicoccus como se describe. El sedimento celular se
lisó mediante digestión enzimática y química, seguido del aislamiento y purificación del ADN
genómico. El ADN genómico se digirió con enzimas de restricción o se cortó para proporcionar
fragmentos clonables. Se prepararon dos bibliotecas de plásmidos subclonando fragmentos
cortados aleatoriamente de este ADN en un vector de alto número de copias (biblioteca de ~ 2,8
kpb) o un vector de número de copias bajo (biblioteca de ~ 6,3 kpb). La secuencia de ADN se
obtuvo de ambos extremos de los insertos de plásmidos para crear "pares de apareamiento",
pares de lecturas de clones individuales que deberían estar adyacentes entre sí en el genoma.
Los métodos de construcción de bibliotecas, secuenciación de ADN y ensamblaje fueron
esencialmente los descritos. Los procedimientos de montaje dieron como resultado un único
andamio de cuatro contigs que comprenden 489.082 pares de bases. A continuación, se
secuenciaron los espacios entre los cuatro contigs, lo que resultó en una única secuencia
circular.

IMPORTANCIA

Aunque puede que no produzca ningún compuesto o enzima útil, Nanoarchaeum equitans puede
ser útil en biotecnología. Esto se debe a que su pequeño genoma y una pequeña cantidad de
genes podrían facilitar la ingeniería genética, lo que ayudará a futuras investigaciones sobre
productos químicos industriales que funcionan bien en entornos extremos, como las enzimas
que descomponen las sustancias nocivas en los pozos petroleros.

Halobacterium salinarum
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

Dos cepas de H. salinarum, NRC-1 y R1, han sido secuenciadas completamente por Ng et al. y
Oesterhelt et al. respectivamente. NRC-1 tiene 2.571.010 pares de bases, un cromosoma grande
y dos minicromosomas. El cromosoma grande es muy rico en G-C (68%), lo que aumenta su
estabilidad. Esto es vital para los ambientes extremos en los que se encuentra este halófilo.
También hay varios megaplasmidos presentes con 58% de G-C. Se informa que la cepa NRC-1
tiene 2 megaplasmidos y R1 tiene 2 megaplasmidos. El genoma codifica 2.360 proteínas
predichas para NRC-1 y 2.837 proteínas codificadas para R1. Las comparaciones de proteomas
relacionan H. salinarum con Archaea con algunas similitudes con bacterias similares a Bacillus
subtilis Gram-positivas. H. salinarum es un microorganismo móvil unicelular con forma de
bastón que puede vivir solo con luz como fuente de energía debido a su proteína retiniana
bacteriorrodopsina (bomba de protones impulsada por luz). Se clasifica como gramnegativo a
pesar de que no hay pared celular, sino que hay una sola bicapa lipídica rodeada por una capa S.
La capa S, hecha de glicoproteína, representa aproximadamente el 50% de las proteínas de la
superficie celular que forman una red en la membrana. Esta red es estable en condiciones de alta
salinidad debido a los residuos de sulfato en las cadenas de glicanos de la glicoproteína que le
dan una carga negativa.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Las halobacterias, con su indicativo tono rojizo producido por la presencia de bacteriorrodopsina,
se encuentran en lagos salinos como el Mar Muerto y el Lago Magradi. Su temperatura de
crecimiento óptima es de 37 ° C.

Esta arqueona puede adaptarse a condiciones extremas que involucran alto contenido de sal,
poco oxígeno y la presencia de grandes cantidades de radiación ultravioleta. Puede sobrevivir a
altas concentraciones de sal mediante la utilización de solutos compatibles como el cloruro de
potasio para reducir el estrés osmótico. Tiene múltiples transportadores activos para equilibrar
los niveles de potasio y proteínas altamente ácidas para prevenir la precipitación de proteínas. H.
salinarum puede manejar niveles bajos de oxígeno debido a su manejo de la energía lumínica
utilizada por la bacteriorrodopsina. También han desarrollado un método de reparación del ADN
para hacer frente a una alta exposición a la radiación ultravioleta. También absorbe la luz
ultravioleta utilizando bacterioruberin que produce el color rojo observado.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

El crecimiento sumergido de Halobacterium salinarum y por lo tanto la síntesis de

bacteriorrodopsina (BR) y carotenoides dependen en gran medida de los productos de la
oxidación química y / o fotoquímica de los componentes del medio y del metabolismo celular
que actúan como inhibidores. Se revisan algunas variantes de cultivo que permitieron eliminar un
efecto adverso de los inhibidores sobre la acumulación de biomasa y síntesis de BR. Se
demostró que la aplicación de carbón activado o resina de intercambio iónico como adsorbentes
en la preparación de inóculos y las principales etapas de cultivo permite controlar, es decir,
reducir el estrés excesivo de las células halobacterianas por metabolitos. La biomasa
halobacteriana se acumuló hasta 45 g L-1 durante el cultivo de ocho días con suspensión celular
de reciclaje a través del adsorbente en un modo de alimentación por lotes. Dicha biomasa
contenía hasta 1.750 mg L − 1 BR y una cantidad mínima de carotenoides; por tanto, este último
contribuyó a un aislamiento y purificación más fáciles de la bacteriorrodopsina. Para controlar la
biosíntesis de BR, se desarrolló el método expreso de cuantificación de BR basado en los tonos
de color de la suspensión celular.

IMPORTANCIA

Se descubrió ADN de hace 121 a 419 millones de años en antiguos depósitos de sal. Este es el
material genético más antiguo jamás encontrado. Este organismo habría sobrevivido a varias
extinciones masivas. Seis segmentos del ADN nunca antes se habían visto en la ciencia. H.
salinarum es un pariente genético cercano. Se habían hecho otros descubrimientos anteriores de
bacterias halófilas antiguas, pero la contaminación era un problema.

FILUM KORARCHAEOTA
Candidatus Korarchaeum
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES
Candidatus Korarchaeum cryptofilum es un heterótrofo filamentoso ultradelgado, que vive
principalmente a través del metabolismo anaeróbico de la fermentación de péptidos y la
descomposición de proteínas en H2. El organismo utiliza enzimas como peptidasa,
transaminasas y ATPasa. El organismo tiene un ciclo parcial del ácido cítrico en su metabolismo
central. Las enzimas que contiene, como la succinil-CoA ligasa, se utilizan para la degradación o
la biosíntesis del aminoácido glutamato. El genoma de Candidatus Korarchaeum cryptofilum es
un cromosoma circular de 1,590,757 pares de bases de largo con un contenido promedio de G +
C del 49%. AUG es el codón de inicio para el 72,4% del genoma para los genes que codifican
proteínas entendidos, con UUG y GUG al 17,6% y al 10% respectivamente. Al ser una especie de
referencia para la evolución arcaica, gran parte de su genoma se compara con organismos de
otros filos arcaicos.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

La arqueona se encuentra en piscinas de obsidiana en el Parque Nacional Yellowstone en

Wyoming, Estados Unidos. La población general de filo de Korarchaeota es generalmente
diminuta en su microbioma (con Candidatus Korarchaeum cryptofilum incluso menos) viviendo
en el bioma. Sin embargo, en algunos casos constituyen el 7% de todas las Archaea. Las piscinas
de obsidiana son muy calientes y tienen una alta concentración salina y solo viven organismos
unicelulares. Las piscinas de obsidiana en el Parque Nacional Yellow Stone están llenas de
arqueas termófilas que son capaces de soportar el ambiente ácido de algunas de las piscinas,
más que otros microorganismos.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Se inoculó un cultivo de enriquecimiento con sedimentos y muestras de aguas termales tomadas

de Obsidian Pool, YNP. El enriquecimiento se mantuvo en condiciones estrictamente anaeróbicas
a 85 ° C, pH 6,5 y se alimentó continuamente con un medio orgánico diluido. Durante casi 4 años
se mantuvo una comunidad estable de arqueas y bacterias hipertermófilas con una densidad
celular total de ~ 1,0 × 108 células por ml. Las secuencias de las bibliotecas de clones de rDNA
de SSU derivadas del enriquecimiento estaban estrechamente relacionadas con otros aislados
conocidos o secuencias ambientales de Obsidian Pool. Las Korarchaeota estaban representadas
por el clon pOPF_08 de rDNA de SSU, que es 99% idéntico a pJP27 de Obsidian Pool, YNP, y pAB5
de Calcite Springs, YNP. El análisis FISH permitió la identificación positiva de células con la
secuencia pOPF_08 SSU rRNA. Las células que hibridaban con sondas específicas de
Korarchaeota marcadas con Cy3, KR515R y KR565R, eran filamentos ultrafinos de <0,2 μm de
diámetro con una longitud media de 15 μm, aunque se observaron células con longitudes de
hasta 100 μm.

IMPORTANCIA

estudios previos han sugerido que probablemente se encuentran entre los metabolismos
microbianos más antiguos, lo que sugiere que Candidatus Methanodesulfokores washburnensis
podría dar una idea de algunas de las primeras formas de vida en el planeta.
Candidatus Methanodesulfokores
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

contiene genes que son necesarios para el metano anaeróbico y los metabolismos disimilatorios
del azufre. Reconstrucción filogenética y ancestral Los análisis sugieren que el metabolismo del
metano se originó en Korarchaeota, mientras que los genes para la reducción disimilatoria de
sulfitos se transfirieron horizontalmente a Korarchaeota desde Firmicutes. Interacciones entre
enzimas involucradas en ambos los metabolismos podrían facilitar la oxidación anaeróbica
exergónica, dependiente de sulfito, del metano a metanol; alternativamente, "Ca. METRO.
washburnensis ’podría realizar la metanogénesis y la reducción del azufre de forma
independiente. La reconstrucción metabólica sugiere que 'California. M. washburnensis ’es un
mixótrofo, capaz de captar aminoácidos, asimilar carbono derivado del metano y / o CO2 Fijación
por archaeal tipo III-b RuBisCO para eliminar el carbono ribosa.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Los Korarchaeota solo se han encontrado en ambientes hidrotermales. Parecen haberse

diversificado en diferentes niveles filogenéticos según la temperatura, la salinidad (agua dulce o
agua de mar) y / o geografía. Korarchaeota se ha encontrado en la naturaleza en escasa
abundancia.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Aguas termales de Washburn (Yellowstone Parque Nacional) es una zona geotérmica

circunneutral (pH 6,4), altamente sulfídica y anóxica. pool18 que contiene altas concentraciones
de metano, hidrógeno y dióxido de carbono. Un trabajo reciente recuperó genes divergentes del
metabolismo del metano de estos 65–70 ° C sedimentos 19. Los sedimentos para la extracción
de ADN se recogieron (4 de octubre de 2012) en 50 ml Tubos Falcon, colocados inmediatamente
en hielo seco y luego transferidos a -80 ° C congelador en 12 h.

IMPORTANCIA

Los hallazgos vinculan el metabolismo anaeróbico del metano y la reducción disimilatoria del
azufre dentro de una sola población de arqueas profundamente arraigada y tienen implicaciones
para la evolución de estos rasgos en todas las Archaea.

Sulfolobus acidocaldarius
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES
Se utilizó secuenciación de escopeta para mapear el genoma de la cepa acidocaldariosa de
Sulfolobus DSM639. El genoma circular fue secuenciado para transportar 2225950 pb (37% G +
C), con 2292 genes que codifican proteínas predichas. Dentro de los 2.292 genes que codifican
proteínas, 305 son exclusivos de Sulfolobus acidocaldarius y 866 genes son específicos del
género Sulfolobus.

Para ocupar un ambiente tan extremo de manera eficiente, Sulfolobus acidocaldarius tiene
características únicas que les permiten vivir en manantiales calientes y ácidos. Son capaces de
eliminar directamente el daño del ADN, la reparación por escisión de bases, la reparación por
escisión de nucleótidos y la reparación de rotura de doble hebra dependiente de homólogos.
Sulfolobus acidocaldarius tiene una distribución de vida media de ARNm bastante corta, similar a
la de las bacterias de crecimiento rápido, que satisface la necesidad de reprogramar
rápidamente la expresión génica ante cambios repentinos en el medio ambiente.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Sulfolobus acidocaldarius abunda en los manantiales ácidos calientes ricos en azufre del Parque
Yellowstone a una temperatura de 70 a 80 ° C. Ocurren en grandes cantidades adhiriéndose a la
superficie de los cristales de azufre. Sulfolobus acidocaldarius oxida el azufre a ácido sulfúrico y
son responsables de la concentración de ácido sulfúrico en el medio acuático. Tales condiciones
ácidas no permiten interacciones de organismos en la naturaleza.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Sulfolobus acidocaldarius MW001 y Saccharolobus solfataricus P2 se cultivaron aeróbicamente

en medio Brock a un pH de 3. El medio de S. acidocaldarius MW001 se complementó con 20 μg /
ml de uracilo. Los cultivos de crecimiento se complementaron con L-glutamato 24 mM o L-
piroglutamato 24 mM. Ambas cepas se adaptaron al crecimiento sobre glutamato a partir de un
cultivo desarrollado con hidrolizado de caseína en un solo ciclo de adaptación (5 días). La
adaptación al piroglutamato se realizó utilizando células adaptadas al glutamato en dos ciclos
(14 días y 4 días). Se utilizaron reservas de glicerol de las células adaptadas para todos los
experimentos siguientes.

IMPORTANCIA

Los termófilos extremos siempre han sido de gran interés debido a sus capacidades
termoestables. Sulfolobus acidocaldarius ha ayudado en los estudios de proteínas de unión a
cromatina, replicación, ciclo celular, reparación, transcripción, traducción y metabolismo.
Además, su sensibilidad a una amplia gama de antibióticos ribosomales y su facilidad de
transformación ha convertido a Sulfolobus acidocaldarius en un foco de estudios genéticos in
vivo. Es la única arqueona hipertermofílica con una tasa de mutación espontánea cuantificada in
vivo.

Sulfolobus acidocaldarius despierta un gran interés con su baja tasa de mutación en ambientes
de alta temperatura con sus fuertes sistemas de reparación eficientes. Al estudiar sistemas de
arqueas menos complejos, Sulfolobus acidocaldarius sirve como modelo en la comprensión de
sistemas eucariotas más intrincados.

FILUM NANOARCHAEOTA
Ca. N. acidilobi
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

Las células de "Nanopusillus" se encuentran entre los organismos celulares más pequeños
conocidos (100-300 nm). Parecen tener una maquinaria completa de procesamiento de
información genética, pero carecen de casi todas las funciones biosintéticas primarias, así como
de la respiración y la síntesis de ATP. La comparación genómica y proteómica con su pariente
lejano, el Nanoarchaeum equitans marino, ilustra una antigua historia evolutiva común de
adaptación de la Nanoarchaeota a la ectosimbiosis, hasta ahora única entre las Archaea.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Nanoarchaeota expande en gran medida el rango de hospedadores potenciales conocidos del filo
y sugiere qué genes pueden estar involucrados en la adaptación a diversos ambientes o
hospedadores diferentes. Proporcionamos la primera evidencia de que las células
Nanoarchaeota unidas a la misma célula huésped son clonales y proponemos una hipótesis
sobre cómo puede ocurrir la clonalidad a pesar de las diversas poblaciones de simbiontes.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Utilizando la amplificación del gen de la subunidad pequeña del ARNr y la pirosecuenciación 454,
detectamos la presencia relativamente abundante de Nanoarchaeota (7% de las secuencias de
arqueas totales) en Cistern Spring, un manantial termal ligeramente ácido (pH 4.5, 82 ° C) de
Norris Geyser Basin de YNP. . Sobre la base de los hallazgos previos de que Nanoarchaeota en
tales ambientes probablemente usa Crenarchaeota termoacidófilo extremo como
huéspedes22,25 y que pueden utilizar péptidos o azúcares complejos22, establecimos cultivos
de enriquecimiento que seleccionarían para su crecimiento. La presencia estable de
Nanoarchaeota se logró en medio anaeróbico Brock26 suplementado con extracto de levadura,
casaminoácidos, sacarosa o glucógeno a temperaturas de 80-85 ° C y pH 3-3.5. Después de un
aumento continuo en abundancia después de pases en serie, según lo determinado por un
ensayo de PCR cuantitativa (qPCR), las células Nanoarchaeota se observaron
microscópicamente mediante tinción con 4,6-diamidino-2-fenilindol (DAPI) como células
diminutas en la superficie de ∼1 células discoides μm.

IMPORTANCIA

Los orígenes de Nanoarchaeota siguen sin estar claros, ya que su repertorio de genes reducido y
las secuencias de proteínas que evolucionan rápidamente impiden una ubicación filogenética
firme en el árbol de las arqueas. Los análisis filogenéticos recientes sugieren relaciones con
otros linajes distintos de Archaea ultrapequeños, exclusivamente no cultivados, a veces
denominados genéricamente "nanoarchaea" (Parvarchaea, Nanohaloarchaea, Aenigmarchaeota y
Diapherotrites), todos con vínculos con Euryarchaeaota

Candidatus Nanoclepta minuta

CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

La nanoarqueota (Ncl-1) y su huésped (NZ3T) se aislaron en cocultivo y se ensamblaron sus

genomas. Los cocos flagelados pequeños (~ 200 nm) a menudo se unían a cocos más grandes.
Basado en la similitud del gen del ARNr 16S (88,4%) y la identidad de aminoácidos promedio
(52%), Ncl-1 está estrechamente relacionado con Candidatus Nanopusillus acidilobi. Sus
genomas codifican flagelos de arqueas y vías de glucólisis parcial y gluconeogénesis, pero
carecen de genes de ATP sintasa. Como Nanoarchaeum equitans, Ncl-1 tiene un sistema
CRISPR-Cas. Ncl-1 también depende de su huésped crenarchaeotal para la mayoría de sus
necesidades biosintéticas.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

80 ° C, pH 6,0 de una fuente termal de Nueva Zelanda.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Obtuvimos otro cultivo de enriquecimiento anaeróbico estable a 80 ° C, pH 6,0 de una fuente

termal de Nueva Zelanda. La nanoarqueota (Ncl-1) y su huésped (NZ3T) se aislaron en cocultivo
y se ensamblaron sus genomas.

IMPORTANCIA

Un estudio de secuencia de genes de ARNr 16S en East Pacific Rise demostró que
Nanoarchaeota y sus huéspedes pueden estar entre los primeros organismos en colonizar a los
jóvenes depósitos de respiraderos hidrotermales de aguas profundas, lo que sugiere que los
emparejamientos Nanoarchaeota-huésped puede desempeñar un papel clave en la ecología de
los sistemas hidrotermales de alta temperatura.

Ca. N. stetteri
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

Thermococcus son especies de cocoides típicamente de forma irregular, que varían en tamaño
de 0,6 a 2,0 μm de diámetro. Algunas especies de Thermococcus son inmóviles y algunas
especies tienen movilidad, utilizando flagelos como su principal modo de movimiento. Estos
flagelos suelen existir en un polo específico del organismo. Este movimiento se ha observado a
temperatura ambiente o alta, según el organismo específico. En algunas especies, estos
microorganismos pueden agregarse y formar placas de color blanco grisáceo.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Thermococcus generalmente prospera a temperaturas entre 60 y 105 ° C, ya sea en presencia de

fumadores negros (respiraderos hidrotermales) o manantiales de agua dulce. Las especies de
este género son estrictamente anaerobios y termofílicas, que se encuentran en una variedad de
profundidades, como en los respiraderos hidrotermales 2500 m debajo de la superficie del
océano, pero también centímetros debajo de la superficie del agua en manantiales geotérmicos.
Estos organismos prosperan a niveles de pH de 5,6 a 7,9. Se han encontrado miembros de este
género en muchos sistemas de ventilación hidrotermal del mundo, incluso desde los mares de
Japón hasta las costas de California. La sal de cloruro de sodio generalmente está presente en
estos lugares a una concentración del 1% al 3%, pero no es un sustrato necesario para estos
organismos, ya que un estudio mostró que los miembros de Thermococcus viven en sistemas de
agua caliente dulce en Nueva Zelanda, pero requieren una concentración baja. de iones de litio
para el crecimiento.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

El cultivo de la arqueona extremadamente termófila Thermococcus stetteri en un reactor de

membrana de diálisis fue paralelo a la producción de una proteinasa extremadamente
termoestable. Aplicando electroforesis en gel preparativa de dodecilsulfato de sodio (SDS)
-poliacrilamida, se purificó una proteinasa resistente a SDS 67 veces en una etapa con un
rendimiento del 34%. La enzima purificada, que estaba compuesta por una sola cadena
polipeptídica con una masa molecular de 68 kDa, mostró un amplio perfil de temperatura y pH
(50 a 100 (grados) C; pH 5 a 11). La actividad óptima con estabilidad térmica sustancial se midió
con caseína a 85 ° C y pH 8,5 a 9. La inhibición por fluoruro de fenilmetilsulfonilo y
diisopropilfluorofosfato demostró que la enzima era una serina proteinasa.

IMPORTANCIA
Se ha descubierto que una enzima de Thermococcus, la ADN polimerasa Tpa-S, es más eficaz en
la PCR larga y rápida que la polimerasa Taq. Tk-SP, otra enzima de T. kodakarensis, puede
degradar las proteínas priónicas anormales (PrPSc); los priones son proteínas mal plegadas que
pueden causar enfermedades mortales en todos los organismos.

FILUM THAUMARCHAEOTA
Candidatus Nitrosospongia
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

El nombre Nitrosospongia describe la capacidad de este organismo para oxidar el amoníaco para
nitrito (nitrosus es el adjetivo latino que significa lleno de natrón; aquí pretende significar nitroso)
mientras reside dentro de un esponja (spongia es el sustantivo latino femenino para esponja). El
nombre de la especie ianthellae se refiere a su descubrimiento y descripción como un simbionte
de la esponja marina, I. basta. Además, el gen ARNr 16S, amoA y concatenados Las filogenias del
gen marcador sugieren que Ca. N. ianthellae es miembro de la familia Ca. Nitrosopumilaceae.
Basado en la secuencia del gen de ARNr 16S, Ca. N. ianthellae es un miembro del grupo de
secuencia específico de la esponja 174.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

Las esponjas son animales invertebrados simples que viven en hábitats acuáticos. Aunque la
mayoría de las esponjas son marinas, algunas especies viven en lagos y arroyos de agua dulce.
Se encuentran en ambientes oceánicos poco profundos hasta profundidades de hasta cinco
kilómetros (km).

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Grandes ejemplares adultos (n = 4) de la esponja Ianthella basta fueron recolectados en la isla de

Orfeo (1836.8780S, 14629.9900 E), Queensland, Australia, cortado en 10 cm x Explantes de 10
cm y transferidos a racks en el arrecife. Después un período de curación de 12 semanas en el
campo, los clones de esponja se recolectados en dos viajes de muestreo separados por buceo
entre septiembre y octubre de 2011 y transportado a el acuario interior con temperatura
controlada en el australiano Instituto de Ciencias Marinas (AIMS), Townsville, donde se
aclimataron a temperatura ambiente (25 ° C) durante 48 h y luego asignados aleatoriamente a
tratamientos experimentales. Las dos muestras adultas de I. basta utilizadas para los análisis
metaproteogenómicos se obtuvieron de Orpheus Island en octubre de 2010 y 2011 en Orpheus
Island. Tras la recolección de la muestra, las muestras se cortaron en pequeños tiras,
inmediatamente congeladas instantáneamente en N2 líquido y luego almacenadas a -80C hasta
la extracción de ADN.

IMPORTANCIA

California. N. ianthellae, el primero caracterizada pero aún inculta representante de un nuevo

género dentro de los thaumarchaeotes, es responsable de oxidación de amoniaco en la esponja
marina generalizada Yo basta. Mientras que Ca. N. ianthellae está equipado con el repertorio
genético típico de AOA de vida libre, también exhibe un número de adaptaciones putativas a un
estilo de vida asociado al anfitrión. Varias de estas características adaptativas eran exclusivas
de California. N. ianthellae, mientras que otros se compartieron exclusivamente con los
simbiontes esponja descritos anteriormente California. C. simbiosum

Candidatus Nitrosotalea
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

California. Los aislados de Nitrosotalea son, por tanto, representantes de un género novedoso
dentro de Thaumarchaeota. California. Las nitrosotalea son células pequeñas en forma de
bastón con polos angulares y densos en electrones. Son autótrofos aeróbicos obligados y
requieren amoníaco como única fuente de energía. Especie tipo: Candidatus Nitrosotalea
devanaterra

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

“Candidatus Nitrosotalea sp. Nd2 ”, es abundante en suelos ácidos. Ambos aislamientos son
acidófilos obligados, con un crecimiento óptimo alrededor de pH 5,0. Estos organismos son los
primeros y únicos oxidantes de amoníaco autótrofos cultivados que no crecen a pH neutro.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

“Candidatus Nitrosotalea devanaterra” Nd1 se cultivó en cultivo puro como se describió

anteriormente (7). La biomasa de 10 litros del cultivo se concentró utilizando un casete de filtro
de flujo tangencial Pellicon XL (tamaño de poro, 0,22 μm) (Merck Millipore, Billerica, MA, EE. UU.),
Seguido de la sedimentación de las células por centrifugación (15 min a 18.000 × g ). Se extrajo
ADN genómico de alto peso molecular de un sedimento celular mediante lisis química (23).
Brevemente, las células se lisaron en presencia de proteinasa K (concentración final, 100 μg ml −
1) y SDS (0,5% [p / vol]), seguido de la adición de bromuro de cetiltrimetilamonio (CTAB) en
solución de NaCl (1% CTAB [ peso / volumen] y NaCl 0,7 M [concentraciones finales]) en un
volumen final de 780 µl. Las proteínas se eliminaron usando un volumen igual de fenol-
cloroformo-alcohol isoamílico (25: 24: 1) y el ADN se precipitó en presencia de 7,5 µg de
acrilamida lineal con 0,7 volumen de isopropanol al 100%. Después de la centrifugación, el
sedimento se lavó con etanol al 70% y se resuspendió en tampón Tris-EDTA (TE).
IMPORTANCIA

"California. Nitrosotalea devanaterra ”tiene importantes vías metabólicas que se conservan en

todos los AOA y se discuten en otra parte, incluida la biosíntesis de aminoácidos, lípidos y
azúcares y el metabolismo central del C.

Candidatus Nitrosotenuis
CARACTERISTICAS MORFOLOGICAS Y ESTRUCTURALES

La similitud máxima del gen 16S rRNA entre SAT1 y otra cepa de AOA reportada es del 96% (con
“Ca. Nitrosotenuis chungbukensis”), y está afiliada con Wastewater Cluster B (WWC-B) basado en
la filogenia del gen amoA, un cluster dentro del grupo I .1a y específico para lodos activados.
Nuestra cepa es autótrofa, mesófila (25 ° C – 33 ° C) y neutrofílica (pH 5,0–7,0). El tamaño de su
genoma es de 1,62 Mb, con una gran inversión de fragmentos (que representa el 68% del tamaño
genómico) en su interior. La cepa no pudo utilizar urea debido al truncamiento del gen
transportador de urea.

CONDICIONES FISICO-QUIMICAS DE SU HABITAT

es intolerante a la salinidad alta (> 0.03%), pero podría adaptarse a ambientes de baja salinidad
(0.005%). Esta adaptación, junto con la capacidad de unión de la biopelícula celular posiblemente
mejorada, la hace adecuada para el entorno de las EDAR. Proponemos el nombre “Candidatus
Nitrosotenuis cloacae” para la cepa SAT1.

TECNICAS Y MEDIOS DE CULTIVO USADOS PARA SU ESTUDIO

Mediante el uso de lodos activados de una EDAR a gran escala como inóculos iniciales, se
estableció el cultivo de enriquecimiento AOA. Se utilizaron antibióticos que incluían 50 mg / L de
ampicilina y 25 mg / L de estreptomicina. Se necesitó mucho tiempo (aproximadamente 10
semanas) para el consumo completo de aproximadamente 0,3 mM de amoníaco en el cultivo
inicial, pero se redujo a aproximadamente 5 semanas después de las segundas transferencias.
La exitosa amplificación por PCR del ARNr 16S de archaeal y el gen amoA indicó la presencia de
AOA. Después de 5-6 transferencias, se retiraron los antibióticos del medio y se utilizó el filtro de
transferencia, lo que acortó aún más el tiempo de cada ciclo a 3-4 semanas. Después de casi un
año de enriquecimiento, el cultivo se utilizó para un análisis más detallado.

IMPORTANCIA

la adaptación a baja salinidad y los flagelos y pili podrían ayudar a que la cepa SAT1 se adapte al
entorno de las EDAR artificiales. Se podrían utilizar mecanismos similares para las cepas
cercanas de WWC-B. Una vez que ingresaran a los reactores biológicos junto con el afluente de
aguas residuales, esas cepas podrían permanecer y crecer allí y, a través de selecciones
artificiales, finalmente se convirtieron en un grupo AOA significativo en las EDAR. Además, el
clúster AOA de WWC-B también se encontró en plantas de tratamiento de agua potable.