Un conjunto de 665 muestras de sangre de la población estadounidense con etnias

autoidentificadas, incluyendo 265 caucásicas, 260 afroamericanas y 140 hispanas, se

extrajeron para obtener ADN, se cuantificaron, se diluyeron a aproximadamente 1 ng/μL y
se separaron en siete placas de 96 pocillos como se describió anteriormente (1). Se
identificaron y eligieron veinte nuevos marcadores miniSTR en función de su tamaño y
ubicación en determinados cromosomas y se describen en una publicación adjunta (2,
presentada conjuntamente). Todos los loci candidatos están ubicados en cromosomas que
difieren de los 13 loci centrales de CODIS o están a una distancia de al menos ~ 50 MB de
un locus CODIS existente en el mismo cromosoma y, por lo tanto, es probable que no
estén vinculados a ese marcador en particular. Estos 20 nuevos loci se seleccionaron
siguiendo los criterios (es decir, alta heterocigosidad y baja dispersión alélica) descritos en
Coble y Butler (3). Se enumeran en
http://www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/newSTRs.htm. Además, se analizaron otras 190
muestras con los 6 loci miniSTR originales (NC01 y NC02) descritos en el artículo de Coble
de 2005 (3). Se utiliza una nomenclatura revisada para varios de estos loci (2). La
amplificación por PCR se llevó a cabo en un GeneAmp® 9700 (Applied Biosystems, Foster
City, CA) utilizando 1 ng de ADN de la muestra de la población, 1X tampón GeneAmp® PCR
Gold (Applied Biosystems), 2 μM MgCl2 (Applied Biosystems), 250 μM dNTPs (USB
Corporation, Cleveland, OH), 0 2 μM de cebadores (2), 1 U de AmpliTaq Gold DNA
polymerase (Applied Biosystems) y 0,16 mg/mL de BSA (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO), en
un volumen total de reacción de 10 μL. Las condiciones de amplificación de la PCR
utilizando el 9700 fueron las siguientes: desnaturalización durante 10 min a 95ºC,
amplificación durante 28 ciclos de 1 min a 94ºC, 1 min a 59ºC, y 1 min a 72ºC, extensión
durante 45 min a 60ºC, y un remojo final a 25ºC. Los productos de amplificación se
diluyeron en Hi-Di™ formamida (Applied Biosystems) añadiendo 1 μL de producto de PCR
y 0,35 μL de estándar de tamaño interno GS500-LIZ (Applied Biosystems) a 14 μL de Hi-Di.
Las muestras se analizaron en el analizador genético ABI Prism® 3100 de 16 capilares sin
desnaturalización previa de las muestras. Se utilizó POP™-6 (Applied Biosystems) en lugar
de POP™-4 para realizar separaciones de mayor resolución en una matriz de 36 cm. Las
muestras se inyectaron electrocinéticamente durante 10 s a 3 kV. En GeneMapperID se
crearon grupos y paneles a partir de la información de la población (datos no mostrados) y
se utilizaron para determinar las llamadas alélicas de las muestras de la población. Se
secuenciaron al menos dos alelos separados en cada locus STR para proporcionar números
de repetición de alelos adecuados (2). Se evaluó un total de 665 perfiles miniSTR únicos
para cada nuevo marcador: 663 machos y 2 hembras. Los datos resultantes se evaluaron
con el programa estadístico PowerMarker (4). Las frecuencias alélicas, las
heterocigosidades observadas, los valores p de la prueba exacta de Hardy-Weinberg y el
contenido de información de polimorfismo (PIC) en las tres poblaciones estadounidenses
se enumeran en la Tabla 1. El conjunto de datos completo está disponible en
http://www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/NISTpop.htm.
N: tamaño de la muestra; H (ob): heterocigosidad observada; P : equilibrio de Hardy-Weinberg,
prueba exacta; PIC: contenido de información de polimorfismo