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Todas estas proteínas que veremos están compuestas por aminoácidos y éstos le aportan sus

características a las proteínas, muchos de los grupos aminos carboxilo se perderán de estos aminoácidos
y todos estos grupos que existían antes desaparecerán para formar un enlace peptídico.

Estructura Primaria

Hablamos de ella cuando tenemos una secuencia de aminoácidos (como en la pregunta 5 del seminario)
y esa secuencia esta establecida por el material genético, que al expresarse es capaz de generar un ARN
mensajero que codificará a proteínas, traduciendo toda la información que trae a aminoácidos.

Modificaciones post traduccionales: hay algunos grupos químicos que se pueden modificar, por ejemplo,
la Lys se puede modificar por hidroxilación, ocurre al pegársele algunos aminoácidos en ciertas posiciones
permitiéndole activarse o inactivarse, como un grupo fosfato de ATP.

Estructura secundaria

Esta dada por interacciones locales entre aminoácidos cercanos, que se establecen gracias a la
participación de puentes de hidrogeno, que permiten la formación de estructura secundaria. Estos
puentes que se establecen lo hacen entre componentes que conforman enlaces peptídicos y las cadenas
laterales no tienen “nada que hacer” simplemente se disponen de manera perpendicular a la forma que
tenga la estructura secundaria.

Estructura Terciara

Es la distribución tridimensional de la proteína, es como empuñar la mano, así se verían. Las estructuras
secundarias podemos verlas aquí, agregadas a la estructura y ahora las cadenas laterales tienen
importancia, porque formarán la estructuración para la proteína tridimensional, porque ocurren por estas
interacciones entre cadenas laterales.

Grupos prostéticos: Grupos no proteicos que permiten mantener la estructura de la proteína en su forma
tridimensional, dentro de estos tenemos los lípidos, carbohidratos, metales (globina), etc.
Globina: La globina es una proteína globular en su estructura terciaria, que forma parte de la hemoglobina,
siendo la globina la parte proteica.

Estructura Cuaternaria

Ocurre cuando la proteína está formada por más de una cadena polipeptídica, en este caso que se muestra,
como distintas cadenas están unidas por color rojo y blanco, que al final son varias estructuras terciarias
unidas, por puentes disulfuros, entre cisteínas cercanas, aunque las predominantes son los enlaces débiles,
como los puentes de hidrógeno, puentes salinos, fuerzas de VanderWall y interacciones hidrofóbicas.

Pregunta: ¿Qué define la estructura primaria? La secuencia de aminoácidos

Estructura terciaria: Globular (Forma que tiene la mayoría de las proteínas que cumplen alguna función
dentro de nuestro organismo) y las Fibrosas/Fibrilares (Cumplen una función estructural como por ejemplo
el colágeno y la queratina.
La conformación de una proteína es la disposición espacial que adopta la molécula proteica. Las cadenas
peptídicas, en condiciones normales de pH y temperatura, poseen solamente una conformación y ésta es
la responsable de las importantes funciones que realizan.

Cuando nosotros vemos una estructura


terciaria o cuaternaria dependiendo la
proteína, si esta tiene todos los elementos
necesarios (Grupo prostético, modificación
post tradicional) puede significar que la
proteína esta activa.

En la proteína globular puede contener


bastantes tipos de estructura secundaria a Ilustración 1 Proteína globular
diferencia de la fibrilar que solamente tiene
un tipo de estructura secundaria.

Según el número de cadenas:


• Monomericas/Subunidad: Es una sola cadena poli peptídica que puede plegarse hasta alcanzar una
estructura terciaria y ser una proteína funcional. también se le puede llamar monómeros.
• Oligomericas: Son varias subunidades (Oligo viene de varios) también se les puede llamar
protómeros o oligómeros, son un grupo pequeño de cadenas poli peptídicas que se unieron,
cuando son grandes proteínas y tienen estructura cuaternarias, pasa a ser polímero.

Según su estructura:
• Fibrosas/Fibrilares: Constituyen la estructura.
• De Membrana: Son aquellas que están en la membrana plasmática y pueden atravesarla para
ayudar a transportar moléculas de un lado al otro ya sea para entrar o salir de la membrana celular
• Globulares: Son aquellas que cumplen una función, enzimas, anticuerpos y hormonas.

Según su composición:
• Simples: Solo aa.
• Conjugadas: Grupo no proteico unido a su estructura. Cuando es una proteína conjugada su
nombre completo es Holoproteina, la cual está conformada por una parte proteica (Apo-Proteina)
y una parte no proteica (Grupo prostético), el grupo prostético ayuda a la estructura de la proteína
a que alcance su conformación optima, en algunos casos no todas las proteínas tienen grupos
prostéticos.
Entonces este grupo conjugado se da cuando hay una parte proteica y no proteica.
Proteínas conjugadas
Clase Grupo proteico Ejemplo
Lipoproteínas Lípidos Lipoproteina de la sangre
Glucoproteinas Carbohidratos Inmunogoblina G
Fosfoproteinas Grupos de fosfato Caseina de Leche
Hemoproteinas Hemo (Porfirina de hierro) Hemoglobina
Flavoproteinas Nucleotidos de Flavina Succinato deshidrogenasa
Metaloproteinas Hierro Ferritina
Zinc Alcohol deshidrogenasa
Calcio Calmodulina
Molibdeno Dinitrogenasa
Cobre Plastociacina

Bucles: Son estructuras secundarias que son espirales al azar, pueden ser móviles, no tiene una
estructura secundaria muy clara por ello se llama estructura al azar

En general aminoácidos hidrofóbicos tienden a repeler el agua y en una proteína esta busca
meterse lo más dentro posible de tal manera de evitar esa interacción.
Por lo tanto, la interacción de los a.a. en el centro es a través de enlaces de interacción hidrofóbica
entre ellos.

Ilustración 2 Proteína Globular


La estructura: está definida por la secuencia del material genético ya que existe una colinealidad
entre el gen y la proteína, si tenemos la secuencia de ADN, nosotros podemos ver que es lo que
está codificando el triplete (GCA – GCA – GCA)

Secuencia informativa: La secuencia primaria determina el


plegamiento de la estructura terciaria, también hay secuencias
repetitivas, que pueden ir formando dominios como se ve en la
imagen de colores, algo que es característico de proteínas
secundarias, finalmente tienen secuencias como señal, porque una
proteína si se analiza la secuencia de datos se puede saber si tiene
una señal de localización nuclear, es decir, que tendrá que irse al
núcleo, tipo su naturaleza de a donde pertenece.

La unión de dos o más aminoácidos mediante enlaces amida origina los péptidos. En los péptidos y en las
proteínas, estos enlaces amida reciben el nombre de enlaces peptídicos y son el resultado de la reacción
del grupo carboxilo de un a.a. con el grupo amino de otro, con eliminación de una molécula de agua. (ver
secuencia de imágenes abajo)

El enlace peptídico es un enlace covalente


que se establece entre un átomo de
carbono y un átomo de nitrógeno. Es un
enlace muy resistente, por lo que hace
posible el gran tamaño y estabilidad de las
moléculas proteicas

El enlace carbono nitrógeno se comporta


como un doble enlace y no permite el giro.
Características del enlace peptídico: No
es móvil, es rígido, se define también
como enlace parcial doble, ya que no es
un enlace simple pero tampoco es un
enlace doble.

En la segunda imagen se pueden ver los


seis átomos que se van a mover
(Oxigeno, Carbono, nitrógeno y
Hidrogeno), en enlace favorece la
configuración trans es decir un carbono
alfa de un aminoácido que está unido a
través de un enlace peptídico con otro
aminoácido, se disponen en posiciones
contrarias, esto facilita que las cadenas
laterales vayan a distintos lados, es la
forma más energéticamente favorable
que puede encontrar la estructura.

Configuración trans: En la
conformación trans- los dos carbonos
alfas de residuos adyacentes se sitúan
en diferente lado del enlace peptídico,
en esquinas opuestas del rectángulo
formado por el grupo peptídico,
mientras que en la conformación cis-
están en el mismo lado del enlace
peptídico y se sitúan por tanto más
cerca uno del otro.

I. Enlaces C=O y N-H son paralelos


II. Se favorece la configuración
trans
III. Tiene carácter de doble enlace
debido a la cercanía del doble
enlace C=O

Todos los átomos que están unidos al carbono y al nitrógeno del enlace peptídico mantienen unas
distancias y ángulos característicos y están todos ellos en un mismo plano.

Las proteínas son macromoléculas que pueden contener desde 400 hasta 25.000 residuos.
En la imagen se tiene una secuencia de aminoácidos unidos a través de enlaces peptídicos, es decir, una
proteína, donde la secuencia de un péptido empieza a nombrarse a partir del extremo amino (flecha roja).

• Secuencia determina unívocamente el plegamiento: Es decir va a determinar la función de la


estructura primaria.
• En la evidencia se puede ver el experimento de re-naturalización espontanea de Christian B.
Anfinsen el cual demostró que, una vez desplegadas las proteínas, éstas volvían a su estado original
o más explayadamente demostró que la ribonucleica, tras perder su actividad al ser desnaturalizada
mediante condiciones químicas extremas, era capaz de ser posteriormente re-naturalizada,
recuperando su estructura y por tanto su actividad al restablecerse las condiciones adecuadas. Esta
investigación le permitió sugerir que toda la información requerida por la proteína para adoptar su
configuración final está codificada en su estructura primaria.
El nivel de entropía es muy alta cuando
tenemos una cadena de aminoácidos y a
medida que vamos a formando una proteína
va disminuyendo su energía, porque la
proteína busca una estructura que gaste el
mínimo de energía.

Proceso jerarquizado de las proteínas

1. Formación rápida de estructuras


secundarias locales
2. Formación de los dominios a través
de la agregación cooperativa de
núcleos de plegamiento
3. Formación de glóbulo fundido
4. Ajuste de la conformación de los
dominios
5. Porteína plegada final
6.

La falla en el plegamiento de una proteína conforman la base molécular de algunas enfermedades como:

Fibrosis quistica: Es cuando algunas proteinas de membrana o canales de cloruro se pliegan mal.

Anemaia falciforma: En caso de la hemoglobina lo que sucede es que el acido glutamico se cambia por
balina, el hecho de ponerle balina que es hidrofobica busca esconderse del medio polar entonces va a
desarmar la estructura dentro del globulo rojo, eso provoca que la capacidad de respiracion de estas
personas sea una dificultad toda su vida.

Enfermedad de las vacas locas: Es una enfermedad muy seria que afecta a la parte neural de las personas,
esto es producto de una proteina que se llama prion, esta proteina cuando esta correctamente plegada
tiene un 40% helices alfa y 3% de laminas beta pero cuando se pliega mal se encuentran formas con 30%
de helices alfa y 43% de laminas beta, lo que causa este sindrome.
Insulina: Una de las proteínas más pequeñas, es una hormona, que se genera en las células beta del
páncreas, que ayuda a bajar los niveles de glucosa en la sangre, son secretadas por el páncreas se van a
distintas células y “toca la puerta de la membrana” y se une a un receptor, este envía información para
facilitar que la glucosa que está en la sangre ingrese a las distintas células, de esta forma se baja la glucosa
de la grande.

Cuando la insulina falla, genera


resistencia de insulina y puede
llevar a la diabetes.

La insulina es una cadena


peptídica alfa de 21 aminoácidos
y una beta de 30 aminoácidos.

Algo interesante es que la


estructura primaria se ayuda con
los puentes de sulfuro

Es el arreglo espacial de residuos de aminoácidos que están cercanos en la secuencia lineal, que
corresponden a patrones de plegamiento regular que satisfacen las restricciones estéricas.

Existen varias disposiciones que pueden tomar estos aminoácidos:

Alfa hélice
Hoja Plegada
Colágena
Giro beta
Random Coil o no definida, espiral al azar

Las características de los enlaces peptídicos imponen determinadas restricciones que obligarán a que la
proteína adopte una determinada estructura.
Características generales:

• Posee un puente de hidrógeno entre el CO de un aminoácido y el


NH del cuarto aminoácido
• Poseen 3.6 aminoácidos por vuelta
• 1.5 amstrong (nm.) de distancia entre vuelta y vuelta
• Posee una hélice dextrógira: Significa que gira hacia la derecha.

Sobre la Hélice Alfa: Los enlaces de hidrogeno son débiles, pero al haber
tanta cantidad mantiene una buena estabilización de la proteína.

El puente de hidrogeno se forma entre un oxigeno (Esta unido a un


carbono que está unido a un enlace peptídico) y un hidrogeno (Esta unido
a un nitrógeno que forma parte de un enlace peptídico)

Recordando: El puente de hidrógeno


se establece entre los átomos
significativamente electronegativos,
generalmente el O o N, y un átomo de
H unido covalentemente a uno de los
dos átomos electronegativos

Enlace peptidico

La alfa hélice está estabilizado por sucesivas uniones de puentes de hidrógeno entre un oxígeno carbonílico
electronegativo y un hidrógeno unido al nitrógeno electronegativo ubicado a cuatro residuos (aminoácidos)
de distancia

Resumen: El oxígeno del enlace peptídico va a interaccionar con un hidrogeno que está ubicado a cuatro
aminoácidos, allí se forma en enlace peptídico.
Pauling en 1951 es quien resolvió la estructura de la hélice alfa.

La cadena está enrollada sobre un cilindro imaginario y está estabilizada por puentes de hidrógeno entre
componentes del enlace peptídico.

Esta formación de alfa hélice


ocurre de manera
espontánea

En la imagen hay distintas


disposiciones: En cinta,
donde se marcan los planos,
modelo en bolas, estructura
esquelética.

Factores que afectan la estabilidad del alfa hélice:

1. La atracción o repulsión electrostática entre residuos. (las cadenas laterales no influyen).


2. Impedimento estérico de los grupos R (entre residuos consecutivos o con una separación de 3 o 4
residuos “voluminosos o ramificados”
3. Los residuos de prolina y glicina tienen efectos desestabilizadores

Aquí la cadena está más extendida y tiene una forma de zigzag. Hay zonas de la cadena en esa conformación
que se asocian mediante puentes de hidrógeno para formar una hoja beta.

Dos o más estructuras extendidas vecinas se enlazan mediante puentes de hidrógeno entre C=O y N-H de
sus cadenas principales

Los enlaces peptídicos y los grupos R de residuos adyacentes apuntan en direcciones opuestas

El conjunto de hebras beta son las que forman la lámina beta o hojas beta
Hoja beta antiparalela Hoja beta paralela
• Son estructuras extendidas vecinas que • Son estructuras vecinas extendidas que
avanzan en direcciones opuestas avanzan en la misma dirección
• Son más estables • Tienen una localización interna
• Puentes de hidrógeno rectos • Puente de hidrogeno inclinado hacia
• Unidas por el giro en beta abajo en 45 grados.
• Se encuentran expuestas a solvente • Unidas por giro en beta

Sirven como conexión entre las hélices alfa y/o láminas beta, éstas se forman a partir de un puente de
hidrógeno entre un residuo de aminoácidos(n) y el situado tres aminoácidos después (n+3). Una de sus
características es que cambian la dirección de las cadenas polipeptídicas (determinan un cambio de
dirección).

Las proteínas que sirven de


ejemplo para este tipo de
disposición son la prolina y
glicina, que abundan en giros
beta.
En algunas proteínas se puede dar a la vez tramos con alfa hélice
y tamos con beta hoja plegada.

Ejemplo: El colágeno está formado por 3 cadenas


polipeptídicas, que son sólo hélices y me conforma una
estructura supersecundaria en este caso siendo el
tropocolágeno.

Hay partes de una proteína que muchas veces se pueden ir


repitiendo, lo que se llaman los motivos, esos pueden estar
representados en varias proteínas, por ejemplo el Beta alfa
beta, el meandro beta, donde parte una estructura extendida,
giro en beta y otra extendida, finalmente están las guardas
griegas o grecas, como se ven en la imagen

En la siguiente imagen tenemos nuevamente varios tipos, tenemos un espiral al azar, un giro en beta que
une las dos hojas extendidas, una alfa hélice unida por un espiral azar. (Ribbon significa lámina en beta)

Existe un tipo especial de modelo molecular para resaltar la estructura secundaria de las proteínas. Este
tipo de modelo de proteína representa los segmentos de la lámina beta como cintas en flecha o ribborns y
las alfa hélices como cintas en espiral. La espiral al azar o también llamada random coil.
La estructura tridimensional se forma antes de formar una estructura
cuaternaria.
Tipos de estructura tridimensional
✓ Globular: función dentro del organismo, enzimas, anticuerpos,
hormonas, etc.
✓ Fibrosa: Constituyen estructuras, colágeno, queratina, elastina, etc.
Características de la estructura tridimensional:

• Es un arreglo tridimensional de residuos de la cadena polipeptídica que corresponde a la


conformación biológicamente activa de la proteína
• Sus cadenas laterales hidrofílicas se extienden para formar puentes de hidrógeno con el medio
acuoso.
• Están estabilizadas por interacciones covalentes y de largo alcance e interacciones débiles
• Describen el plegamiento de sus elementos de estructura secundaria y específica la posición de
cada átomo en el espacio.
• Tiene cadenas laterales hidrofóbicas que se internalizan evitando el contacto con agua.
De acuerdo a su estructura terciaria las proteínas se pueden clasificar
en:

• Fibrosas: que forman largos filamentos u hojas y poseen un solo


tipo de estructura secundaria, ya sea laminar o hlicoideal. Son
insolubles en agua
• Globulares: Se pliegan en forma esférica o globular y poseen
varios tipos de estructura secundaria, suelen presentar otro tipo
de estructura como codos o giros en beta. Son solubles en agua

La estructura terciaria se mantiene estable gracias a la existencia de enlaces entre las cadenas
laterales de los aminoácidos, aparecen varios tipos de enlaces, como:

• Interacciones de Van Der Waals: Las fuerzas de Van der Waals o interacciones de Van der Waals
son las fuerzas atractivas o repulsivas entre moléculas distintas a aquellas debidas a un enlace
intermolecular o a la interacción electrostática de iones con moléculas neutras. El término incluye:
La fuerza entre dos dipolos permanentes.
• Puentes disulfuro: Enlaces covalentes más fuertes (El único enlace covalente es el de sulfuro, los
demás son débiles)
• Los puentes de hidrógeno
• Los puentes eléctricos entre aminoácidos de carga diferente, también llamados “atracciones
electrostáticas.
• Las interacciones hidrofóbicas, formación de un núcleo o interface hidrofóbico.
Tienen una forma filamentosa y alargada, éstas tienen funciones estructurales en las células y tejidos
animales. Ejemplos de éstas: proteínas de la piel y el pelo como la queratina, el colágeno y la elastina.

Características estructurales:

La estructura primaria de estas proteínas se caracteriza por la repetición, más o menos ordenada, de
algunos aminoácidos, principalmente la alanina y glicina.

Su estructura secundaria que encontramos puede ser:

• hélices: como la alfa hélice de la queratina, la triple hélice del colágeno (que le permite resistencia
amplificada por la formación de superhélices y entrecruzamientos covalentes) y la elastina
(elasticidad)
• Hoja beta: tenemos la fibroína de la seda, las telas de araña, etc.

En relación con las queratinas podemos encontrar las alfa y beta:

Queratina Beta: No presenta cisteína ni, por lo tanto, puentes de disulfuro.

Queratina alfa: Son las proteínas más


importantes del pelo, las uñas y la piel
animal, tiene como estructura principal la
alfa hélice y presentan en sus cadenas de
aminoácidos restos de monómeros de
cisteína, los cuales constituyen puentes
de disulfuro.

Su secuencia consiste de segmentos


cilíndricos alfas helicoidales de 311 a 314 residuos con extremos N y C terminales no helicoidales. Su
estructura primaria de hélices consiste de repeticiones de 8 residuos (a, b , c, d, e, f, g), donde a y d son no
polares y promueve asociación de hélices.

Se van formando varias hélices, que tienen


311 aminoácidos aproximadamente y 1 de
cada 4 es hidrofóbico, cuando dos cadenas
monoméricas se unen forman un dímero y
éstos interaccionan y se unen entre ellos por
enlaces disulfuros cruzados, uniéndose luego
varios formando protofilamentos que se
unirán a su vez formando las protofibrillas.
Entonces si vemos un cabello vemos la cutícula, las células y dentro de las células podemos estirar una
proteína que es la queratina y podemos ver la estructura que vimos anteriormente donde están los
protofilamentos y las protofibrillas.

En algunos casos cuando los puentes disulfuro se encuentran ordenados harán que el cabello sea liso,
pero cuando lo hacen de manera desordenada se va poniendo rizado.

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