sus dos hebras se van separando a medida que ocurre la replicación (modelo semiconservador).
No comienza al azar, sino en sitios definidos
denominados orígenes de replicación. modelo semiconservador Cebador: La replicación NO es autoiniciadora, se necesita de una molécula que proporcione un –OH libre, “in vivo” se usa un oligonucleótido de RNA. Molde: Hebra de ADN que sirve como guía para el orden en la incorporación de los nucleótidos. Materia prima: dNTP´s. Cationes: Mg2+ o Mn2+, se asocian a los dNTP´s y además actúan como cofactores enzimáticos. Clasificación:
DdDp
DdRp
RdDp
RdRp
ADN polimerasas dependientes de ADN.
Además de la actividad polimerasa, algunas poseen actividad exonucleasa. Como inicia en E. coli?. Posee un único origen de replicación, denominado oriC. oriC es una secuencia de 245 pb que contiene: - 3 repeticiones directas de: GATCTNTTNTTTT. - 4 o más repeticiones de la secuencia: TTATNCANA. La secuencia de 9pb es la diana de unión a DnaA, mientras que la de 13 pb (%T) representan el sitio por donde comienza la desnaturalización de la doble hebra.
Fis regula negativamente el proceso, mientras que
HU lo promueve. DnaA se oligomeriza y con ayuda de IHF se crea una tensión superhelicoidal negativa sobre DUE. Apertura de la doble hélice en el sitio origen de la replicación.
Proteínas de iniciación (DnaA-IHF) provocan una
desnaturalización local sobre la región DUE: complejo de reconocimiento del origen.
La formación y estabilización de la horquilla esta
a cargo de las siguientes proteínas: Helicasas: rompen los puentes de H entre las dos hebras, desnaturalizándolo, usando para ello ATP Se generan dos frentes que avanzan en sentidos opuestos (bidireccionalidad). Proteínas SSB (de unión a monohebra): Se unen a la hebra sencilla que genera la helicasa evitando su renaturalización. En eucariotas esta función la cumple la Proteína de Replicación A (RPA). Topoisomerasas (Tipo I y II (Girasa)). Primasa: ARNpol dependiente de ADN. Genera cadenas cortas de ARN complementarias a las hebras desnaturalizadas libres. En procariotas la primasa es una proteína independiente. En eucariotas tal acción reside en una de las subunidades de la ADN polimerasa alfa (). Ambas hebras son copiadas simultaneamente. a medida que avanza la horquilla. La hebra 3’→5’ sirve como molde para una síntesis continua de su complementaria en sentido 5’→3’. Esto lo hace uno de los dímeros de la ADN pol III (procariotas). La hebra 5’→3’ no ofrece las mismas condiciones, de manera que se generan múltiples primers por lo que la síntesis de la nueva hebra se hace por segmentos (discontinua). Maduración de los fragmentos de Okazaki: Incluye la eliminación de los cebadores, elongación del fragmento adyacente para rellenar el “gap” dejado por el cebador. Unión de los extremos resultantes para generar una hebra continua. Procariotas Eucariotas
Sistema de nucleasas: (FEN1+RNAsa H1) retira el
cebador. DNApol δ o DNApol ε: Rellena el “gap”. Ligasa: repara las mellas. E. coli: Modelo de replicación monofocal y bidireccional. Un origen de replicación y dos puntos de crecimiento. https://proteopedia.org/wiki/index.php/RTP_and_Tus Modelo Tus-Ter. El genoma de E. coli contiene regiones que son reconocidas por la proteína Tus. Esta proteína hace parte de un curioso mecanismo. La proteína se asocia de manera que permite/asegura el paso de la horquilla de replicación, pero no su regreso. Eucariotas: Modelo de replicación multifocal y bidireccional. Múltiples orígenes de replicación, múltiples horquillas de replicación. Consulta: Dada la situación anterior, el acortamiento supone la disminución progresiva de la longitud del cromosoma, poniendo en riesgo la información genética contenida en él.
Zonas de ADN repetitivo No codificante.
Forman bloques de 1 – 12 Kpb, con unidades de 6-8 pb repetidas en tandem. Son adicionados por la Telomerasa. Ribonucleoproteína (RNA + proteína) Es una DNA pol dependiente de RNA (transcriptasa inversa).
Particularidad: NO necesita “cebadores”, ni “molde”.
Su expresión se reprime durante el desarrollo embrionario. Los telómeros protegen el cromosoma de degradaciones y perdida de información. Relacionada con el envejecimiento y cáncer. El genoma de la mitocondria es circular. Una de las 2 hebras posee mas purinas que la otra, por lo que se conoce como la hebra H (heavy). La otra es la hebra L (light).
Otra zona recibe el nombre de bucle-D (D-loop): única
región no codificante que desempeña un papel de regulación de la replicación y transcripción. No ocurre durante la fase S, sino a lo largo de todo el ciclo celular. Su replicación es unidireccional, por medio de 2 horquillas que parten de sitios diferentes. Cada hebra tiene su propio origen de replicación por tanto es bifocal. En consecuencia su replicación no es simultánea y es continua (no se generan fragmentos de Okazaki). Es la pérdida de la forma duplohelicoidal. Las 2 hebras se separan y pasan a una conformación al azar. Se debe a la pérdida de las interacciones hidrofóbicas y la rotura de los puentes de H.
NO hay rotura de enlaces covalentes (hidrólisis).
Digestión es diferente a desnaturalización.
Agentes caotrópicos: moléculas pequeñas, altamente polares con grupos amino y carbonilo.