En la planta se siguen los esquemas de la fachada. Las líneas curvas-contracurvas se pueden ver perfectamente en los distintos tramos de la planta. Así, a la derecha vemos un tramo cóncavo que se comunica con el tramo cóncavo de la parte inferior por una zona convexa La planta elíptica que tiene el eje mayor dispuesto en sentido longitudinal, contrario al que dispondrá Bernini en San Andrés del Quirinal. En la planta se puede comprobar cómo Borromini la estructura a partir de una clara geometrización del espacio. Dos triángulos equiláteros unidos por la base parecen ser la génesis de la obra Ambas soluciones muestran una racionalización del lenguaje barroco. Alrededor de esta elipse se disponen diagonalmente las capillas y varios nichos; en uno de ellos se encuentra uno de los líderes de la Contrarreforma, San Carlos Borromeo, a quien se dedica el templo. Esta planta le permitía respetar la fuente del chaflán, una de las cuatro que presenta el cruce de las dos calles y que le da el nombre a la iglesia. En su interior presenta un orden único de grandes columnas agrupadas de cuatro en cuatro con nichos y molduras continuas en los muros, que parecen reducir más el espacio y obligar al muro a flexionarse, y a parecer deformada la cúpula oval que corona este espacio interno. Planta, de gran complejidad geométrica: consta de cinco formas espaciales integradas, como si se hubiese inscrito una cruz griega en un rombo alargado, dando predominio a la zona central y dejando los brazos como fragmentos de óvalo. La naturaleza de los materiales es difícil de identificar. Puede incluso tratarse de materiales humildes [ladrillo, estuco, revoque (cal y arena)] transformados por una hábil técnica en formas refinadas de apariencia noble. El muro, interior y exteriormente, está moldeado y ondulado, adquiriendo carácter muy plástico y dinámico: se convierte en un elemento artístico y expresivo importante. Los soportes utilizados son pilastras y columnas de orden compuesto y sobre las que descansa un entablamento tratado con gran libertad (en algunos tramos es rectos, en otros ondulado. Los arcos son de medio punto. La cubierta es una bóveda elipsoidal compleja. La cúpula central, ovalada, descansa sobre un anillo y se remata con una linterna octogonal también convexa.