MLSA

Nombre del alumno: Martinez Moreno José Antonio

Asignatura: Microbiología Industrial
Licenciatura QFBT
Periodo: 2020-2
Fecha de entrega: 08 - octubre - 2020
UVM Lomas Verdes

Las técnicas moleculares disponibles destaca la técnica de secuenciación multilocular MLST

(MultiLocus Sequence Typing) que se basa en el análisis de las secuencias parciales de una serie
de genes conservados.
La gran mayoría de las bacterias son inofensivas o beneficiosas, pero las pocas cepas patógenas son
una de las principales causas de enfermedad y muerte humanas. Los patógenos bacterianos son los
agentes etiológicos de una amplia gama de infecciones, incluidas la sífilis, el cólera y la
tuberculosis, entre otras. La comprensión de los procesos que controlan la transmisión se basa, ante
todo, en la capacidad de identificar y distinguir con precisión entre cepas de patógenos infecciosos.
La identificación precisa y eficiente de las cepas también es esencial para la vigilancia
epidemiológica y el diseño posterior de estrategias de control de salud pública (Comas et al. Al.,
2009; Schulte y Perera, 1993)
Durante las últimas décadas, se han explotado ampliamente diferentes técnicas moleculares para
identificar aislamientos y localizar brotes de enfermedades, pero su escasa portabilidad por lo
general obstaculiza, en lugar de dilucidar, la epidemiología de patógenos (Maiden , 2006; Urwin y
Maiden, 2003). Para superar este problema, la microbiología molecular aprovechó el conocimiento
existente sobre la evolución bacteriana y la biología de la población, el fácil acceso y el bajo costo
de la secuenciación Sanger de alto rendimiento y los recursos de base de datos de Internet, para
proponer el enfoque basado en la secuencia de nucleótidos de la tipificación de secuencias
multilocus (MLST; Maiden et al. , 1998).
Este procedimiento permite la caracterización inequívoca de aislamientos de agentes infecciosos
utilizando secuencias de fragmentos internos de generalmente siete genes domésticos (es decir,
genes constitutivos necesarios para el mantenimiento de las funciones celulares básicas). Se
secuencian regiones genéticas de aproximadamente 450 a 500 pb y se asigna un número de alelo a
aquellas que se encuentran únicas dentro de una especie. Luego, cada aislado se caracteriza por los
alelos en cada uno de los siete loci, que constituyen su perfil alélico o tipo de secuencia (ST). El
enfoque MLST proporciona una evaluación precisa de las especies y, a veces, incluso de las cepas,
y tiene la ventaja adicional de proporcionar información genética de la población sobre los niveles y
niveles. direccionalidad del flujo de genes. Este diagnóstico de especies basado en la genética es
mucho más preciso que realizar ensayos inmunológicos convencionales para determinar especies y
cepas. A menudo, estos ensayos fenotípicos no reflejan información genealógica subyacente (por
ejemplo, Lewis-Rogers et al., 2009). Así, los diagnósticos erróneos pueden ocurrir fácilmente sin
información genealógica relevante analizada en un marco genético evolutivo y poblacional
(Crandall y Pérez-Losada, 2008). Los enfoques MLST proporcionan datos genealógicos de alta
resolución. Los primeros estudios sobre la estructura de la población bacteriana en la década de
1980 fueron fundamentales para el desarrollo de MLST (Feil et al., 1999). de la mayoría de los
procariotas (Mai-den, 2006). Este hallazgo cambió el paradigma predominante del `` modelo clonal
'' en la genética de poblaciones bacterianas a un concepto más amplio de modelos panmícticos y
parcialmente clonales (Smith et al., 1993). En consecuencia, se dedujo la relación genética entre
aislamientos basados en marcadores únicos. poco confiable y se necesitaba un nuevo método que
comparara la información de varios marcadores independientes. El esquema MLST jugó un papel
importante en la investigación de la extensión de la estructura genética en poblaciones bacterianas y
rápidamente se convirtió en la técnica fundamental para la tipificación molecular de
microorganismos patógenos (Maiden, 2006). Tal como se usa actualmente, MLST ha logrado altos
niveles de discriminación y ha proporcionó datos significativos para comprender la evolución y la
epidemiología de los patógenos.
Aplicaciones de MLST
La popularidad de MLST está impulsada por su facilidad de uso y su poder de discriminación. En
consecuencia, en los últimos años hemos visto no solo un aumento en los esquemas MLST y los
tipos de secuencia disponibles, sino también en la diversidad de sus aplicaciones. Aunque se
desarrolló principalmente para la identificación de patógenos (tipificación), los datos de secuencia
de MLST también se han aplicado a otros aspectos de la epidemiología molecular (p. Ej.,
Transmisión de enfermedades, evolución de la virulencia) y salud pública (p. Ej., Monitorear
programas de vacunación), así como a otras áreas como como filogenética, taxonomía, especiación,
genética de la población, bioseguridad e incluso a la inferencia de las migraciones humanas. A
continuación, enumeramos una serie de ejemplos tomados de la literatura publicada más
recientemente que muestran algunas de esas aplicaciones.

Genes buscados en hongos

Las regiones de DNA mitocondrial y nuclear que tiene un mayor interés tanto en estudios de
filogenia como en taxonomía de hongos, son los que codifican para el ARN ribosómico. El rDNA
mitocondrial consta de dos genes, 16S y 23S, que se repiten espaciados a lo largo de su genoma.
Por lo contrario el rDNA nuclear tiene muchas copias desde 60 en el genero Coprinus hasta 220 en
Neurospora que se rpiten en tándem y se trata de un sistema complejo que incluyen incluye los
genes 18S, 28S y 5.8S ARNr. Las secuencias de estos genes están separadas por dos espaciadores
internos que se transcriben, llamados ITS-1 e ITS-2 (Internal Transcribed Spacer) de una longitud
entre 200 y 400 bases. Entre estos genes hay un espaciador intergénico que no transcribe, llamado
IGS (non-transcribed intergenic spacer). Las zonas no codificantes del rADN nuclear (ITS-1, ITS-2
e IGS) son más susceptibles de acumular mutaciones y por lo tanto tienen gran interés en el estudio
de la identificación y tipificación de especies fúngicas. El diseño de cebadores universales dentro de
las zonas altamente conservadas de los genes rARN para PCR ha permitido amplificar las regiones
ITS-1, ITS-2 e IGS en un amplio rango de organismos. Además de las regiones de rADN se
conocen otros fragmentos del ADN con interés en la identificación:

o gen de la Beta-tubulina
o gen de la Orotidina descarboxilasa
o gen de la Chitina sintetasa
o gen de la Actina
o gen de la Factor de elongación
Genes de interés, tales como los de avirulencia/patogenicidad, pero hasta la fecha, han sido pocos
los que se han clonado. El mapeo físico ha permitido entender la composición física del genoma
(tamaño y número de cromosomas), así como también el tamaño del genoma. También se han
utilizado algunos genes [DNAr (DNA ribosomal), âtub (â-tubulina), sod1 (superóxido dismutasa),
niaD (nitrato reductasa), Skn-7 (histidina kinasa 7), ops (opsina), entre otros y algunos marcadores
que pertenecen a los grupos de ligamiento] como sondas para hibridar con algún cromosoma.
Genética bacteriana
Las bacterias son microorganismos con una capacidad extraordinaria de adaptación a diferentes
condiciones ambientales. Para comprender la esencia de esta capacidad es importante conocer sus
bases genéticas, es decir como está organizada la información genética, como realizan y regulan su
expresión y que mecanismos de variación génica poseen. La capacidad infecciosa de las bacterias
patógenas radica en que poseen la información génica necesaria para colonizar los tejidos del
huésped, invadirlos y/o producir sustancias tóxicas que causarán la enfermedad.
Por otro lado, el conocimiento del funcionamiento genético de las bacterias, sumado al hecho de
que son de fácil manejo en el laboratorio y que tienen crecimiento rápido, ha per-mitido usarlas para
sintetizar productos útiles a la medicina, tanto para el diagnóstico como para la prevención y
tratamiento de algunas enfermedades. Estas posibilidades se han visto incrementadas con el
desarrollo de la ingeniería genética y la disponibilidad de técnicas de biología molecular.
Estructura del genoma bacteriano
Toda la información genética esencial para la vida de la bacteria está contenida en una única
molécula de ácido desoxirribonucleico (ADN) de doble cadena y circular, cerrado por enlace
covalente. Dicha molécula se denomina cromosoma bacteriano. Muchas bacterias poseen además
ADN extracromosómico, también circular y cerrado, denominado ADN plasmídico por estar
contenido en los plásmidos. Éstos, portan información génica para muchas funciones que no son
esenciales para la célula en condiciones normales de crecimiento.En términos bioquímicos la
composición y estructura de los ácidos nucleicos bacteria-nos, es la misma que para cualquier
célula. Conviene recordar brevemente, que los ácidos nucleicos son macromoléculas compuestas
de nucleótidos unidos en forma covalente por medio de enlaces fosfodiester entre los carbonos
de las posiciones 3 ́ y 5 ́ de dos residuos de azúcares adyacentes.
referencias
Pérez-Losada, M., Cabezas, P., Castro-Nallar, E., & Crandall, K. A. (2013). Pathogen typing in the
genomics era: MLST and the future of molecular epidemiology. Infection, Genetics and Evolution,
16, 38–53. doi:10.1016/j.meegid.2013.01.009
Manzo-Sánchez, G., James-Kay, A., Ortiz-Vázquez, E., & Simpson-Williamson, J. (2007).
Desarrollo de mapas genéticos y físicos de hongos fitopatógenos: aplicaciones y perspectivas.
Revista mexicana de fitopatología, 25(1), 54-65.
Betancor, L., Gadea, M., & Flores, K. (2008). Genética bacteriana. Instituto de Higiene, Facultad de
Medicina (UDELAR). Temas de Bacteriología y Virología Médica. 3ra Ed. Montevideo: Oficina
del Libro FEFMUR, 65-90.