BMAllison 2 Resumen Del Capítulo Preguntas Analíticas PDF

15/3/2020 Resumen del capítulo Preguntas analíticas
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10 Capítulo 1
Figura 1.7 Los descubridores de la

estructura del ADN. James Watson (izquierda)
y Francis Crick visto con su modelo de
parte de una molécula de ADN en 1953. (Crédito: A.
Barrington Brown / Photo Researchers, Inc.).
del ADN y la información que codifica, y las bases bioquímicas de la expresión génica y su regulación.
Desde este punto pasamos del descubrimiento del material hereditario a su organización en el genoma de
diferentes organismos Los capítulos posteriores están dedicados a su función en la replicación, transcripción y
Traducción. Finalmente, las aplicaciones de la tecnología de ADN recombinante a muchos aspectos de nuestra vida diaria,
incluyendo medicina y ciencias forenses, serán abordados.
Resumen del capítulo

La herencia es la transmisión de características de padres a hijos mediante genes. Mendel describió
La ley de combinación de diferentes caracteres, que definió el gen como el portador invariable de la herencia
rasgos Tres líneas de investigación sobre la naturaleza de los genes, el comportamiento de los cromosomas durante la mitosis y el
La composición química del ADN finalmente convergió para mostrar que el ADN es el material hereditario: los cromosomas
son una sola molécula de ADN y los genes son secuencias de ADN. Avery y sus colegas demostraron que
El ADN era el material genético cuando mostraron que el agente transformador era el ADN. Griffith tenía
Originalmente demostró el fenómeno de la transformación de la bacteria Streptococcus en ratones. Hershey y
Chase demostró que fue el ADN del bacteriófago T2 el que ingresó a la célula bacteriana. Para 1953, el
La evidencia apoyaba fuertemente el ADN como material genético. Varias líneas de evidencia, incluida la X-
Las fotografías de difracción de rayos de Franklin llevaron a Watson y Crick a sugerir el modelo helicoidal doble del
estructura del ADN.
Preguntas analiticas
1 El hidróxido de sodio degrada las proteínas y los ácidos nucleicos, mientras que el fenol desnaturaliza las proteínas pero no
ácidos nucleicos. En los experimentos de transformación realizados por Griffith con Streptococcus pnemoniae , qué
se esperaría un resultado si un extracto de la bacteria de la cepa S se tratara con fenol? Que sería
esperado si fue tratado con hidróxido de sodio?
2 Cuando Hershey y Chase infectaron células bacterianas que habían crecido en presencia de radiactivo
fósforo con bacteriófago T2, tanto el fago ARN como el ADN también deben haber incorporado
marcado con fósforo y, sin embargo, los resultados experimentales no fueron afectados Por qué no?
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Los inicios de la biología molecular. 11
Figura 1.8 Fotografía de difracción de rayos X

de ADN Esta imagen del ADN doble
la hélice fue obtenida por Rosalind Franklin
en 1953, el año en que Watson y
Crick descubrió la estructura del ADN, ayudado
por el trabajo de Franklin. La imagen resulta de
un haz de rayos X se dispersa en un
placa fotográfica por el ADN cristalino.
Varias características sobre la estructura de la
El ADN puede determinarse a partir del patrón de
Manchas y bandas. El cruce de bandas indica
La naturaleza helicoidal del ADN. (Crédito: Omikron
/ Photo Researchers, Inc.)
3 Se estudiaron cuatro auxótrofos de metionina independientes de Neurospora para determinar qué

los compuestos pueden sustituir su requerimiento de metionina. En la tabla a continuación, "+" indica crecimiento
en medio mínimo suplementado con el compuesto indicado, y "-" indica que no hay crecimiento.
Nada añadido O- acetil

Cepa mutante [medio mínimo] homoserina Metionina Homocisteína Cystathione
Tipo salvaje + + + + +
Mutante A - + + + +
Mutante B - - + + +
Mutante C - - + + -
Mutante D - - + - -
Según los resultados, indique el orden de estos cuatro compuestos en la ruta biosintética de la metionina.
Sugerencias para lecturas adicionales

Avery, O., MacLeod, C., McCarty, M. (1944) Estudios sobre la naturaleza química de la sustancia que induce la transformación.
de los tipos neumocócicos . Journal of Experimental Medicine 79: 137–158.
Beadle, GW, Tatum, EL (1941) Control genético de reacciones bioquímicas en Neurospora. Actas de la Nacional
Academy of Sciences USA 27: 499–506.
Chargaff, E. (1951) Estructura y función de los ácidos nucleicos como constituyentes celulares. Procedimientos de la Federación 10: 654–659.
Fuller, W. (2003) ¿Quién dijo "hélice"? Nature 424: 876–878.
Griffith, F. (1928) Importancia de los tipos neumocócicos. Journal of Hygiene 27: 113-159.
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12 Capítulo 1
Hershey, A., Chase, M. (1952) Funciones independientes de la proteína viral y el ácido nucleico en el crecimiento de bacteriófagos.
Journal of General Physiology 36: 39–56.
Judson, HF (1996) El octavo día de la creación. Creadores de la revolución en biología . Laboratorio Cold Spring Harbor
Prensa, Nueva York.
Lee, TF (1991) El Proyecto Genoma Humano. Descifrando el Código Genético de la Vida . Plenum Press, Nueva York.
Olby, R. (2003) Debut silencioso para la doble hélice. Nature 421: 402–405.
Watson, JD (1968) La doble hélice . Signet, Nueva York.
Watson, JD, Crick, FHC (1953) Una estructura para el ácido nucleico desoxirribosa. Nature 171: 737–738.
Weismann, A. (1893) El germoplasma: una teoría de la herencia . Walter Scott, Londres.
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Capitulo 2
La estructura
de ADN
El ADN no se preocupa ni sabe. El ADN simplemente es. Y bailamos
a su música
Richard Dawkins, River Out of Eden: A Darwinian View of Life (1995), pág. 133)
contorno
2.1 Introducción Distinguir entre características de alternativa
2.2 Estructura primaria: los componentes de estructuras de doble hélice
ácidos nucleicos El ADN puede sufrir separación reversible de hebras
Azúcares de cinco carbonos 2.7 Estructuras secundarias de ADN inusuales
Bases nitrogenadas Estructuras deslizadas
El grupo funcional fosfato Estructuras cruciformes
Nucleósidos y nucleótidos ADN de triple hélice
2.3 Significado de 5 ′ y 3 ′ Recuadro de enfermedad 2.1 Ataxia de Friedreich y triple hélice
2.4 Nomenclatura de nucleótidos ADN
2.5 La longitud de ARN y ADN 2.8 Estructura terciaria del ADN
2.6 Estructura secundaria de ADN Sobreenrollamiento de ADN
Se forman enlaces de hidrógeno entre las bases. Las topoisomerasas relajan el ADN superenrollado
El apilamiento de base proporciona estabilidad química al ¿Cuál es el significado del superenrollamiento in vivo ?
Doble hélice de ADN Recuadro de enfermedad 2.2 Anticancerígeno dirigido a la topoisomerasa
Estructura del ADN de Watson-Crick drogas
doble hélice Resumen del capítulo
2.1 Introducción
La doble hélice del ADN es un ícono para la biología moderna; una forma representada desde galerías de arte hasta corporativas
logotipos La estructura del ADN es ciertamente estéticamente agradable, pero es relativamente sin sentido sin un
comprensión de cómo se relaciona con la función. Del mismo modo, la función no puede entenderse realmente sin
conocimiento de estructura. Un objetivo de este capítulo será describir la estructura del ADN, manteniendo
su función dentro de las células vivas en mente.
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14 Capitulo 2
El ADN a menudo se percibe como una simple secuencia muy larga de pares de bases organizados en una invariante,
estructura de doble hélice en forma de escalera. Sin embargo, en la Organización Europea de Biología Molecular de 1988
(EMBO) Taller sobre curvatura y flexión del ADN, se programaron dos sesiones para establecer un común
nomenclatura de los parámetros utilizados para describir la geometría de las cadenas y hélices de ácido nucleico. Como resultado,
¡El ADN puede inclinarse, girar la hélice, doblarse, rodar, inclinarse, escalonarse, estirarse, cortarse, elevarse, deslizarse y desplazarse! Antes de considerar
La flexibilidad de los ácidos nucleicos, la estructura primaria más familiar será revisada.
2.2 Estructura primaria: los componentes de los ácidos nucleicos.

Si bien las siglas ADN y ARN se consideran nomenclatura estándar en estos días, sus nombres
experimentó una larga evolución, desde la nucleina hasta el ácido nucleico del timo, el ácido nucleico y el ácido desoxirribonucleico
y ácido ribonucleico. El ADN primero se llamó ácido nucleico del timo porque estaba aislado del timo
glándula del ganado, mientras que el ARN se identificó por primera vez como ácido nucleico de levadura. Los ácidos nucleicos son una cadena larga o
polímero de subunidades repetidas, llamadas nucleótidos. Cada subunidad de nucleótidos se compone de tres partes: un
azúcar de cinco carbonos, un grupo fosfato y una base. Las estructuras químicas de estos componentes básicos son
mostrado en la Fig. 2.1.
Azúcares de cinco carbonos

Las subunidades de nucleótidos del ARN contienen un azúcar pentosa (cinco carbonos) llamado ribosa. Subunidades de nucleótidos de
El ADN contiene el azúcar desoxirribosa. Los cinco átomos de carbono en cada azúcar pentosa son números asignados
1 'a 5'. Los primos se utilizan en la numeración de las posiciones del anillo en los azúcares para diferenciarlos.
desde las posiciones del anillo de las bases. Ambos azúcares tienen un oxígeno como miembro del anillo de cinco miembros;
Bases
NH 2 O
norte
norte 66 77 1 NUEVA HAMPSHIRE
1 norte
77
Purinas
99
99
3 norte 3
norte norte NH 2
norte
H
H
Adenina (A) Guanina (G)
NH 2 O O
Pirimidinas 44
55 H3C
3 norte 3 NUEVA HAMPSHIRE NUEVA HAMPSHIRE
Figura 2.1 Componentes de nucleico 1 2 1 1
66
ácidos: bases, azúcares y fosfato. norte O norte O norte O
Los primos se usan en la numeración del anillo. H H H
posiciones en los azúcares para diferenciarlos Citosina (C) Timina (T) Uracilo (U)
(ADN) (ARN)
desde las posiciones del anillo de las bases. Hidrógeno
y los átomos de carbono generalmente se omiten para Azúcares
claridad. 5′ 5′
O O
4′ 1′ 4′ 1′
3′ 2′ 3′ 2′
OH H OH OH
2′-desoxirribosa Ribosa
(ADN) (ARN)
Fosfato
O
HO PAGO - También representado comoPAG
O-
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La estructura del ADN 15
El carbono 5 'está fuera del anillo. Los azúcares difieren solo en la presencia o ausencia ("desoxi") de un oxígeno
en la posición 2 '. Esta distinción menor entre ARN y ADN influye dramáticamente en su función.
La notable versatilidad del ARN depende críticamente de este grupo 2'-hidroxilo (ver Capítulo 4).
Bases nitrogenadas
Como su nombre indica, las bases son moléculas que contienen nitrógeno que tienen las propiedades químicas de una base.
+
(una sustancia que acepta una H ion o protón en solución). Dos de las bases, adenina (A) y guanina (G)
tienen una estructura de anillo doble carbono-nitrógeno; Estos se llaman purinas. Las otras tres bases, timina (T),
la citosina (C) y el uracilo (U) tienen una estructura de anillo único; Estas se llaman pirimidinas. La timina se encuentra en
ADN solamente, mientras que la uridina es específica para ARN.
Unos años antes de que Watson y Crick propusieran la estructura tridimensional del ADN, Erwin Chargaff
desarrolló un método
observó ciertas de cromatografía
relaciones enlas
regulares entre papel para analizar molares
concentraciones la cantidad
de de
las cada base presente
diferentes en el
bases (Fig. ADN.
2.2). Chargaff
Estas
las relaciones ahora se llaman reglas de Chargaff. Mostró que el número de residuos A en todas las muestras de ADN
fue igual al número de residuos T; es decir, [A] = [T], donde la concentración molar de la base se denota
por el símbolo de la base entre corchetes. En consecuencia, el número de residuos G es igual al de
C: [G] = [C]. Finalmente, la cantidad de bases de purina es igual a la de las bases de pirimidina: [A] + [G] = [T] +
[C]. Chargaff también descubrió que la composición base del ADN, definida como el "porcentaje de G + C", difiere entre
especie pero es constante en todas las células de un organismo dentro de una especie. El contenido de G + C puede variar de 22 a
73%, dependiendo del organismo.
El grupo funcional fosfato

El grupo funcional fosfato (PO 4 ) le da al ADN y al ARN la propiedad de un ácido (una sustancia que
+
lanza una H ion o protón en solución) a pH fisiológico, de ahí el nombre de "ácido nucleico". La vinculación
los enlaces que se forman a partir de fosfatos son ésteres que tienen la propiedad adicional de ser estables, pero son
Figura 2.2 Datos de Chargaff que muestran la composición base del ADN. (Reproducido de Chargaff, E. 1951.
Estructura y función de los ácidos nucleicos como constituyentes celulares. Procedimientos de la Federación 10: 654–659 con permiso de copyright de
Blackwell Publishing Ltd.)
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dieciséis Capitulo 2
Se rompe fácilmente por hidrólisis enzimática. Cuando se elimina un nucleótido de una cadena de ADN o ARN, el
El nucleótido no se destruye en el proceso. Además, después de que se forma el enlace fosfodiéster (ver más abajo),
un átomo de oxígeno del grupo fosfato todavía está ionizado negativamente. Los fosfatos cargados negativamente
son extremadamente insolubles en lípidos, lo que garantiza la retención de ácidos nucleicos dentro de la célula o nucleares
membrana.
Nucleósidos y nucleótidos
Una cadena de ADN o ARN se forma en una serie de tres pasos (Fig. 2.3). En la primera reacción, cada base es
unido químicamente a una molécula de azúcar en el carbono 1 'del azúcar, formando un compuesto llamado
nucleósido Cuando un grupo fosfato también está unido al carbono 5 'del mismo azúcar, el nucleósido
Base
NH 2
norte
O O O
O PAG O PAG O PAG O CH 2 O norte O
O– O– O–
Azúcar
OH H
1 Nucleósido
2
Monofosfato de nucleósido
Nucleótidos
Difosfato de nucleósido
Trifosfato de nucleósido
3 Cadena de ADN - nucleótido + nucleótido + nucleótido + ...
NH 2
NH 2
norte
norte
PAG
PAG O norte O
O norte O
5′ Enlace fosfodiéster
+ NH 2
NH 2 norte
3′ O H
norte norte
OH H O norte
O PAG O CH 2
5′ O norte
HO PAG O CH 2 norte norte
O norte O–
PAG
O–
PAG 3′
3′ H
H
PAG PAG + H2O
Figura 2.3 Formación de cadenas de ácido nucleico. Las cadenas de ADN y ARN se forman a través de una serie de tres pasos:
(1) una base unida a un azúcar es un nucleósido, (2) un nucleósido con uno o más fosfatos unidos es un nucleótido,
y (3) los nucleótidos están unidos por enlaces fosfodiéster de 5 'a 3' entre nucleótidos adyacentes para formar un ADN o ARN
cadena. Formación de enlace se produce por una reacción de condensación que implica la eliminación de H 2 O y pirofosfato. los
Se muestra la estructura de un nucleósido y tres nucleótidos con diferentes números de fosfatos para el ADN.
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se convierte en un nucleótido. Finalmente, los nucleótidos se unen (polimerizan) mediante reacciones de condensación para formar un
cadena. El grupo hidroxilo en el carbono 3 'de un azúcar de un nucleótido forma un enlace éster con el
fosfato de otro nucleótido, eliminando una molécula de agua. Este enlace químico que une el azúcar
los componentes de nucleótidos adyacentes se denominan enlace fosfodiéster, o enlace fosfodiéster 5 '→ 3',
indicando la polaridad del hilo.
2.3 Significado de 5 ′ y 3 ′
Los extremos de una cadena de ADN o ARN son distintos y tienen diferentes propiedades químicas. Los dos extremos son
designado por los símbolos 5 'y 3'. El símbolo 5 'se refiere al carbono en el azúcar al cual un fosfato
(PO 4 ) se une el grupo funcional. El símbolo 3 'se refiere al carbono en el anillo de azúcar al cual un hidroxilo
El grupo funcional (OH) está unido. La asimetría de los extremos de una cadena de ADN implica que cada cadena tiene
una polaridad determinada por qué extremo lleva el 5′-fosfato y qué extremo lleva el grupo 3′-hidroxilo.
Esta direccionalidad 5 '→ 3' de una cadena de ácido nucleico es una propiedad extremadamente importante de la molécula.
Comprender esta direccionalidad (polaridad) es fundamental para comprender aspectos de la replicación y
transcripción, para leer una secuencia de ADN y para llevar a cabo experimentos en el laboratorio. Por convención, un
La secuencia de ADN se escribe con el extremo 5 'a la izquierda y el extremo 3' a la derecha. Esta es también la dirección.
de síntesis (ver Sección 6.3).
2.4 Nomenclatura de nucleótidos

La nomenclatura bastante complicada de los derivados de nucleósidos y nucleótidos del ADN y ARN
bases se resume en la Tabla 2.1. Los nucleótidos pueden contener una unidad de fosfato (monofosfato), dos de estos
unidades (difosfato) o tres (trifosfato). Cuando se incorpora a una cadena de ácido nucleico, un nucleótido
contiene uno de cada uno de los tres componentes. Cuando están libres en el grupo de células, los nucleótidos generalmente ocurren como
trifosfatos La forma trifosfato sirve como bloque de construcción precursor para una cadena de ADN o ARN
durante la síntesis Debido a que la nomenclatura es bastante complicada, los científicos usan taquigrafía para los nombres
de los nucleótidos. Por ejemplo, la desoxicitidina trifosfato (ADN) y la citidina trifosfato (ARN) son
abreviado a dCTP y CTP, respectivamente. Las letras A, G, C, T y U representan las bases pero, en
En la práctica, se usan comúnmente para representar los nucleótidos completos que contienen estas bases.
Muchos de estos términos no son necesarios en este libro; sin embargo, se incluyen porque es probable que sean
encontrado en lecturas posteriores o por estudiantes involucrados en investigaciones. Conocer los nombres más complejos para
el desoxinucleosido trifosfato (dNTP) y el nucleósido trifosfato (NTP) es importante para comprender
Tabla 2.1 Nomenclatura de ácido nucleico.
Nucleósido Nucleótido *
Base ADN ARN ADN ARN
Adenina (A) Desoxiadenosina Adenosina Deoxyadenosine 5′-trifosfato (dATP) Adenosina 5′-trifosfato (ATP)
Guanina (G) Desoxicoguanosina Guanosina Desoxiguanosina 5′-trifosfato (dGTP) Guanosina 5′-trifosfato (GTP)
Citosina (C) Desoxicitidina Citidina Desoxicitidina 5′-trifosfato (dCTP) Citidina 5′-trifosfato (CTP)
Timina (T) Desoxitimidina - Desoxitimidina 5′-trifosfato (dTTP) -
Uracilo (U) - Uridina - Uridina 5′-trifosfato (UTP)
Genérico (N) Desoxinucleosido Nucleósido Desoxinucleósido 5′-trifosfato (dNTP) Nucleósido 5′-trifosfato (NTP)
* Los nucleótidos pueden contener una unidad de fosfato (monofosfato), dos de esas unidades (difosfato) o tres (trifosfato). La forma de trifosfato que se muestra en la tabla
sirve como el bloque de construcción precursor para la síntesis de ácido nucleico.
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18 años Capitulo 2
literatura científica y para ordenar el compuesto correcto de un catálogo al planificar un experimento.

Tenga en cuenta también que ATP y GTP, la moneda energética de las células, son ambos nucleósidos trifosfatos.
2.5 La longitud de ARN y ADN

Los ARN celulares varían en longitud desde menos de cien hasta muchos miles de nucleótidos; el número de
los nucleótidos (nt) o "bases" se usan como medida de longitud. Las moléculas de ADN celular pueden ser tan largas como varias
cien millones de nucleótidos. El número de pares de bases (pb) se usa como una medida de la longitud de un doble
ADN trenzado. En la práctica, la unidad de longitud utilizada para el ADN es el par de kilobase (kb o kbp), correspondiente
a 1000 pares de bases, o el par de megabase (Mb o Mbp) correspondiente a 1,000,000 de pares de bases. En el
laboratorio, los investigadores a menudo utilizan cadenas cortas de ADN monocatenario (generalmente menos de 50 bases)
llamados oligonucleótidos.
2.6 Estructura secundaria de ADN

Las estructuras primarias de ADN y ARN son generalmente bastante similares, sin embargo, sus conformaciones son bastante
diferente. El ARN existe comúnmente como una cadena o cadena polinucleotídica única. En contraste, como Watson y
Crick dedujo que la estructura biológicamente activa del ADN es más compleja que una sola cadena de nucleótidos.
unidos por enlaces fosfodiéster. El ADN generalmente existe como dos cadenas entrelazadas. Esta diferencia estructural
es crítico para las diferentes funciones de los dos tipos de ácidos nucleicos. La estructura secundaria y terciaria de
El ARN se discutirá junto con la versatilidad de su función en el Capítulo 4. El resto de este capítulo
se centrará en el ADN. Diversas fuerzas químicas impulsan la formación de la doble hélice del ADN. Éstos incluyen
enlaces de hidrógeno entre las bases y el apilamiento de bases por interacciones hidrófobas.
Se forman enlaces de hidrógeno entre las bases.

Se forman enlaces de hidrógeno termodinámicamente estables entre las bases nitrogenadas en las cadenas opuestas del
cadenas de ADN entrelazadas (Fig. 2.4). Los enlaces de hidrógeno son enlaces muy débiles que implican compartir un
hidrógeno entre dos átomos electronegativos, como oxígeno y nitrógeno. Los enlaces de hidrógeno proporcionan
Un tipo de fuerza que mantiene unidos los hilos. Aunque individualmente muy débiles, los enlaces de hidrógeno dan
Estabilidad estructural a una molécula con gran número de ellas. El enlace de hidrógeno entre bases es
denominado "emparejamiento de bases" Watson-Crick "o" complementario ". Ocurre de tal manera que la adenina (A)
normalmente se empareja con timina (T) por dos enlaces de hidrógeno, y la guanina (C) se empareja con citosina (C) por tres
enlaces de hidrógeno. El emparejamiento de bases Watson-Crick permite que los carbonos 1′ en los dos hilos sean exactamente iguales
distancia separada (1.08 nm). Esto da como resultado el marco simétrico regular de la doble hélice de ADN. los
La estructura de Watson-Crick de hilos complementarios emparejados explica las reglas de Chargaff: las relaciones entre
Las concentraciones molares de las diferentes bases.
¿Por qué no hay otros pares de bases estables presentes en el ADN, como G con A o C con T? Algunos de estos
se descartan por la dificultad de formar dos o más enlaces de hidrógeno. Pero otros, como G con T, son
no excluido por ese motivo (Fig. 2.5). El enlace de hidrógeno entre G y T produce un par con un
forma general similar a los pares de bases Watson-Crick (ver Fig. 2.4). Del mismo modo, el emparejamiento de la base GU es estable y es de
importancia en la estructura del ARN y las interacciones ARN-proteína (ver Sección 4.2). Sin embargo, si GC a GT
los cambios debían ocurrir en el ADN, la secuencia de bases en el ADN podría cambiar drásticamente con cada célula
división. De hecho, existen mecanismos de revisión y mecanismos de reparación de ADN que reconocen
Pares de bases Watson-Crick y corrija la mayoría de los errores (consulte las secciones 6.6 y 7.6).
El apilamiento de bases proporciona estabilidad química a la doble hélice de ADN

Los procesos moleculares de la vida celular generalmente tienen lugar en una solución acuosa y componentes intracelulares.
son en gran medida moléculas que se disuelven fácilmente en agua. Las bases nitrogenadas son una excepción ya que son
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Enlace de hidrógeno
H H H Adenina
H
H C O H norte norte
C
C C C C
norte
Timina H C norte H norte C
O norte C C norte O
O H
Desoxirribosa
H Guanina
norte H O norte H
H
C C
C
C C
norte
Citosina CH norte H norte C
norte C C norte O
O
O H norte
H
Desoxirribosa
Figura 2.4 Los dos pares de bases comunes de ADN de Watson-Crick. La adenina (A) se une a la timina (T) por
dos enlaces de hidrógeno, mientras que la guanina (G) se une a la citosina (C) por tres enlaces de hidrógeno.
O CH 3
δ− δ+
norte H
O norte
δ+ norte
norte HOCH 2
HOCH 2 O norte H O δ− O
norte
H H HH
S.S H H norteH
H
H OH
HO H
sol T
Figura 2.5 El emparejamiento de G con T permite dos enlaces de hidrógeno. La forma general de un par de bases GT es similar a
el de los pares de Watson-Crick que se muestran en la figura 2.4. Un par de bases estrechamente relacionado, el de G con U (uracilo), se utiliza para
especificar aminoácidos para la síntesis de proteínas. Como se muestra en la Fig. 2.1, U es como T pero sin el grupo CH 3 .
no polar y por lo tanto hidrofóbico ("odio al agua"). Por sí solos son prácticamente insolubles en agua.
entorno de las células. La distribución asimétrica de la carga a través de una molécula de agua polar tiene, por lo tanto, importantes
consecuencias para la estructura del ADN. Una vez que las bases se unen a un azúcar y un fosfato para formar un
nucleótidos, se vuelven solubles en agua, pero aun así su insolubilidad aún impone fuertes restricciones sobre el
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20 Capitulo 2
(UN)
H
HC norte
norte
H
C C
norte O
CH3 H
C 3,3Å
C H H
norte C
O norte C
H norte O
Base
C CH
CH
H H H C norte
H
O 2.7Å
H
PAG
H Agujero
norte
C H
PAG C O
6Å HC
C
norte
norte C C CH
CH
H H
3,3Å
norte H norte
C
C norte Base
O O
C
O norte
H H H
norte
H
PAG
H
H
(SI)
Figura 2.6 Apilamiento de la base. (A) Dos nucleótidos en forma esquemática, que muestran las dimensiones clave y el "agujero"
entre las bases (B) Diagrama esquemático que muestra cómo los pares de bases (rectángulos de colores) pueden apilarse entre sí
sin espacio por medio de un giro helicoidal. (Redibujado de Calladine, CR, et al. (2004) Understanding DNA. The
Molécula y cómo funciona , 3ª ed. Elsevier Academic Press, Nueva York.)
conformación general del ADN en solución. Las bases emparejadas, relativamente planas, tienden a apilarse encima de una
otro mediante un giro helicoidal (Fig. 2.6). Esta característica del ADN bicatenario se conoce como "base
apilado." Este apilamiento elimina cualquier espacio entre las bases y excluye la cantidad máxima de agua.
desde el interior de la doble hélice. Una molécula de ADN de doble cadena tiene un núcleo hidrófobo.
compuesto de bases apiladas. Debido a que los azúcares y fosfatos son solubles en agua, se orientan hacia el
fuera de la hélice donde los grupos de fosfato polar pueden interactuar con el entorno polar (Fig. 2.7).
La solubilidad de las bases en el agua proporciona una fuerza impulsora para que el ADN forme una doble hélice, y la energía de
El apilamiento base proporciona gran parte de la estabilidad química de la doble hélice. En general, el apilamiento de
las bases a menudo contribuyen tanto o más de la mitad de la energía libre del par de bases total.
Estructura de la doble hélice de ADN Watson-Crick

Alternando azúcares desoxirribosa y grupos fosfato forman la columna vertebral del ADN. Las bases están unidas
a los azúcares y se encuentran entre las cadenas principales de las cadenas de ADN, que se encuentran perpendiculares a las largas
eje de los hilos. A medida que las columnas de los dos hilos se enrollan entre sí, forman una doble hélice
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(UN) (SI)
(C)
2,0 nm
5′ 3′
GC PAG
3′
sol OH
5 ′C C
ejército de reserva
ejército de reserva O
Uno
CG
completar O
GC Mayor
giro
ranura
3,4 nm PAG sol PAG
10,5 pb CG C
GC O
3′
GC 5′ O
GC PAG PAG
CG UN
ejército de reserva T
ejército de reserva3 ′ O 5′
Menor
ranura O
GC
UN T PAG
CG PAG
UN
GC T
O
Azúcar-
fosfato
columna vertebral UNT O
T UN
5′ 3′ OH C 5′
3′
PAG
Figura 2.7 Diversas representaciones de la doble hélice de ADN. (A) El eje de hélice es más evidente a partir de un
ver directamente hacia abajo del eje. El esqueleto de azúcar-fosfato está en el exterior de la hélice donde está el fosfato polar.
Los grupos (rojo y amarillo) pueden interactuar con el entorno polar. Las bases que contienen nitrógeno (azul) están adentro,
apilamiento perpendicular al eje helicoidal (Reimpreso con permiso de la Universidad de California, Lawrence
Livermore National Laboratory, y el Departamento de Energía. Imagen cortesía de Nelson L. Max.) (B) Esta imagen
muestra cómo se apilan las bases de ADN a lo largo de la doble hélice. Los átomos de la cadena principal de azúcar-fosfato son
se muestra en gris, y las porciones de ADN que absorben los rayos ultravioleta (las bases) se muestran en azul o magenta, dependiendo
en qué lado de la cadena de ADN se encuentran. (Imagen cortesía de Bern Kohler, The Ohio State University.) (C)
Las hebras en forma de cinta representan las cadenas principales de azúcar-fosfato, y los peldaños horizontales son la base nitrogenada
pares, de los cuales hay 10.5 por turno completo. Los surcos mayores y menores son evidentes. El recuadro destaca el
naturaleza antiparalela de los dos hilos de la hélice. La secuencia de ADN que se muestra lee 5'-GCTA-3 '.
(Fig. 2.7). La terminología de escalera que a menudo se usa para describir la estructura del ADN implica que hay
espacios entre sucesivos "peldaños" de pares de bases. Una mejor analogía sería una pila de monedas, ya que las bases
están apilados uno encima del otro. El código genético es la secuencia de bases, que varía de uno
Molécula de ADN a otra.
Página 13
22 Capitulo 2
Como se señaló anteriormente, hay polaridad en cada cadena (5 '→ 3') de la doble hélice de ADN: un extremo de un ADN
la cadena tendrá un 5′-fosfato y el otro extremo tendrá un grupo 3′-hidroxilo. Watson y Crick encontraron
ese enlace de hidrógeno solo podría ocurrir si la polaridad de los dos hilos corriera en direcciones opuestas. Así,
Las dos cadenas de la doble hélice del ADN son antiparalelas (5 '→ 3' y 3 '→ 5'). Esta característica estructural tiene
Implicaciones importantes para el mecanismo de replicación del ADN (ver Sección 6.5). La doble hélice de ADN es
también conocido como ADN bicatenario (dsDNA) o ADN dúplex para distinguirlo del ADN monocatenario
ADN (ssDNA) encontrado en algunos virus.
Ranuras mayores y menores

Los dos enlaces que unen un par de bases a sus anillos de azúcar desoxirribosa no son directamente opuestos. Por lo tanto,
el esqueleto de azúcar-fosfato no está igualmente espaciado. Esto da como resultado lo que se llama mayor y menor
surcos de ADN (ver Fig. 2.7). La ranura principal tiene un papel importante en la proteína de ADN específica de secuencia
interacciones Los bordes de las purinas y pirimidinas emparejadas con base son accesibles con solvente. En particular, el
los átomos de nitrógeno y oxígeno expuestos al solvente de las bases que recubren los principales surcos del ADN pueden producir
enlaces de hidrógeno con las cadenas laterales de los aminoácidos de una proteína. El patrón de estos enlaces de hidrógeno
Los grupos (ya sean donantes o aceptores) son diferentes para los pares de bases AT, TA, GC y CG. Por lo tanto, el mayor
groove lleva un mensaje (la secuencia de bases del ADN) en una forma que puede leerse mediante la unión del ADN
proteínas El surco menor del ADN es menos informativo. En el surco menor, los patrones de enlace de hidrógeno
son iguales independientemente de la forma en que se voltea el par base, y solo hay una diferencia en el patrón
entre pares de bases AT y GC. Como se discutirá en el Capítulo 11, la mayoría de los factores de transcripción (proteínas
involucrados en la regulación de la expresión génica) se unen al ADN en el surco principal.
Distinguir entre características de estructuras alternativas de doble hélice

Los oligonucleótidos de cualquier secuencia deseada se pueden sintetizar en cantidad suficiente y lo suficientemente pura como para
ser estudiado por difracción de rayos X de cristal único (ver Fig. 9.17). Sin embargo, incluso con material altamente puro,
La cristalografía de rayos X sigue siendo una técnica desafiante. Los científicos a menudo lo comparan con la jardinería, algunos
los investigadores tienen un "pulgar verde" y otros no lo hacen cuando se trata de hacer crecer cristales con éxito.
Se han determinado estructuras para una serie de oligonucleótidos sintéticos (por lo general, 4 a 24).
bases complementarias que se pliegan en una doble hélice) en diversas condiciones. Los estudios han revelado la
estructura básica de tres tipos fundamentales de doble hélice: ADN B, A y Z (Tabla 2.2, Fig. 2.8).
Tabla 2.2 Formas alternativas de la doble hélice de ADN. *
ADN-A ADN B ADN Z
Orientación Diestro Diestro Zurdo
Surco mayor Profundo y estrecho Profundidad moderada, amplia Muy superficial, prácticamente inexistente,
a veces llamado un "surco único"
Surco menor Poco profundo y amplio (superficial) Profundidad moderada, estrecha Muy profundo y estrecho
Bases / giro 11 10,5 12
Condiciones Baja humedad (75%), alta sal Alta humedad (95%), baja sal Alto contenido de MgCl 2 (> 3 m), NaCl o etanol
En presencia de citosina metilada:
alta humedad y baja sal
* Se han cristalizado otras formas de ADN, incluidas B ', C, C', C ", D, E y T. Todas estas son estructuras diestras y se producen en condiciones únicas.
Por ejemplo, el ADN-C se forma en presencia de sales de litio y baja humedad.
Página 14
(UN)
ADN B ADN-A ADN Z
(SI)
ADN B
ADN B
ADN Z
ADN Z ADN B
Timina extruida
Adenina extruida
Unión B – Z
Figura 2.8 Estructuras alternativas de doble hélice del ADN. (A) Se muestran tres tipos de doble hélice de ADN
en estos modelos que llenan espacios: ADN B (ADN de Watson-Crick), ADN A y ADN Z. (Reproducido de Dickerson,
RE 1983. La hélice de ADN y cómo se lee. Scientific American 249: 94–111, con permiso de la Universidad de
California, Lawrence Livermore National Laboratory y el Departamento de Energía. Imágenes cortesía de Nelson L.
Max. (B) La estructura de la unión B – Z. Una región de Z-DNA está conectada a B-DNA a través de una unión en
cuál par de bases se voltea, o se extruye, de la hélice de ADN. (Reimpreso con permiso de Nature
Publishing Group y Macmillan Publishers Ltd: Sinden, RR 2005. El ADN gira y gira Nature 437: 1097–1098.
Copyright © 2005.)
ADN B (ADN de Watson-Crick)

B-DNA es una hélice diestra; gira en sentido horario cuando se mira hacia abajo de su eje. los
las bases se apilan casi exactamente perpendiculares al eje principal con 10.5 bases por turno. El mayor
el surco es ancho y de profundidad moderada, mientras que el surco menor es de profundidad moderada pero es mucho
más estrecho El ADN B se produce en condiciones de alta humedad (95%) y sal relativamente baja. Desde el
dentro de una celda es principalmente agua con una concentración relativamente baja de sal, se deduce que la forma predominante
in vivo es B-DNA.
Página 15
24 Capitulo 2
ADN-A
Si el contenido de agua disminuye y la concentración de sal aumenta durante la formación de cristales, la forma A de
Se producirá ADN (A-ADN). En esta hélice derecha, las bases están inclinadas con respecto al eje y allí
son más (11) bases por turno que en B-DNA. El surco principal del ADN-A es profundo y estrecho, mientras que el
surco menor es poco profundo y amplio. Es poco probable que el ADN A esté presente en secciones largas en las células.
Sin embargo, el ARN adopta una hélice en forma de A cuando forma regiones bicatenarias. El grupo 2′-hidroxilo en
el azúcar ribosa dificulta la formación de ARN en forma de B (ver Sección 4.2).
ADN Z
En 1979, Alexander Rich y sus colegas del Instituto de Tecnología de Massachusetts (MIT) hicieron un
descubrimiento novedoso Descubrieron que los oligonucleótidos compuestos de secuencias de GC repetidas en una cadena,
con las secuencias CG complementarias en el otro, formó una hélice zurda. Una hélice zurda gira
en sentido antihorario lejos del espectador cuando se ve en su eje. Porque la columna vertebral formó un zig-zag
estructura, llamaron a la estructura Z-DNA. Z-DNA tiene 12 pares de bases por turno. El surco menor es muy
Profundo y estrecho. En contraste, la ranura principal es poco profunda hasta el punto de ser prácticamente inexistente. Z-
El ADN se formó primero en condiciones de alto contenido de sal o en presencia de alcohol. Más tarde, se demostró que
Esta forma de doble hélice se puede estabilizar en condiciones fisiológicamente normales, si se agregan grupos metilo
a las citosinas (ver Sección 12.2).
Durante muchos años, se debatió la función biológica, si la hubiera, del ADN-Z. Sin embargo, el descubrimiento de que
Ciertas familias de proteínas se unen al ADN-Z con alta afinidad y gran especificidad que proporcionan evidencia de
Un papel in vivo . Ahora se cree que el ADN-Z está presente transitoriamente en secciones cortas en las células y desempeña un papel
en la regulación de la expresión génica. Datos recientes muestran que algunas proteínas de unión a Z-DNA participan en el
patología de los virus de la viruela, incluidos el virus vaccinia y la variola (el agente de la viruela). La estructura de cristal
de una unión B – Z se resolvió en 2005 (ver Fig. 2.8). Lo que sorprendió es que el diseño de la B – Z
la unión es tal que minimiza la distorsión estructural de la hélice, al extruir un par de bases en cada unión
punto. La extrusión de la base se produce junto con un giro brusco en el esqueleto de azúcar-fosfato y un ligero
doblar (11 °). Por lo tanto, las secciones cortas de ADN-Z dentro de una célula son más energéticamente favorables y estables que
previamente imaginado Las ideas proporcionadas por la estructura cristalina probablemente conducirán a una comprensión más profunda de
El papel funcional de los elementos reguladores del Z-ADN.
El ADN puede sufrir separación reversible de hebras
La réplica de cada cadena de ADN tiene la secuencia de bases de su cadena complementaria, y de una
filamento, el otro se puede hacer. Esta importante característica de la molécula permite la fidelidad del ADN.
replicación, transcripción (hacer una copia de ARN del ADN) y traducción (decodificar el mensaje de ARN
para hacer una proteína). Durante la replicación y transcripción del ADN, las cadenas de la hélice deben separarse
transitoria y reversiblemente.
La misma característica que permite que el ADN cumpla estos roles biológicos también hace posible manipular el ADN.
in vitro . El desenrollado y la separación de hebras de ADN, denominadas desnaturalización o "fusión", puede ser
inducido en el laboratorio. Los enlaces de hidrógeno se pueden romper y las cadenas de ADN se separan calentando
Molécula de ADN, mientras que los enlaces fosfodiéster permanecen intactos (Fig. 2.9). Se alcanza un punto en el que el
La agitación térmica supera los enlaces de hidrógeno, las interacciones hidrofóbicas y otras fuerzas que estabilizan la
doble hélice, y la molécula "se derrite". La separación de esta cadena de ADN cambia su absorción de ultravioleta.
(UV) luz en el rango de 260 nm. El ADN bicatenario nativo absorbe menos luz a 260 nm en aproximadamente un 40%
que la cantidad equivalente de ADN monocatenario. Por lo tanto, a medida que el ADN se desnaturaliza, su absorción de UV
la luz aumenta, un fenómeno conocido como "hipercromicidad". En contraste, el apilamiento de bases en dúplex de ADN apaga
La capacidad de las bases para absorber la luz UV. La temperatura a la que la mitad de las bases en un bicatenario
Muestra de ADN han desnaturalizado se denota la temperatura de fusión ( T m ) (Fig. 2.10). Cerca de la desnaturalización
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Nativo (doble hélice)

Calor, OH–, formamida
Desnaturalizado
(bobina aleatoria)
Renaturalización
Hibridación
Figura 2.9 La desnaturalización, renaturalización e hibridación de las moléculas de ADN bicatenario.

El ADN se desnaturaliza para separar las dos cadenas. Las moléculas de ADN desnaturalizadas pueden renaturalizarse (recocer) por
incubación justo debajo de la temperatura de fusión. Alternativamente, ADN complementario desnaturalizado de dos diferentes
Las fuentes pueden ser hibridadas.
temperatura, un pequeño aumento en la temperatura causa una pérdida abrupta de las interacciones múltiples y débiles
las dos cadenas juntas, de modo que la desnaturalización ocurre rápidamente a lo largo de toda la longitud del ADN.
El contenido de G + C de una molécula de ADN tiene un efecto significativo en su T m . Dado que un par de bases GC tiene tres
enlaces de hidrógeno a cada dos en un par de bases AT, cuanto mayor sea el contenido de GC en una molécula de ADN dada,
cuanto mayor sea la temperatura requerida para desnaturalizar el ADN (Fig. 2.11). Más importante aún, el apilamiento
Las interacciones de los pares de bases GC con los pares de bases vecinas son más favorables desde el punto de vista energético que las interacciones.
de pares de bases AT con sus pares de bases adyacentes.
Además del calor, se pueden usar otros métodos para desnaturalizar el ADN. Bajar la concentración de sal de un
La solución de ADN promueve la desnaturalización al eliminar los cationes que protegen las cargas negativas en los dos
hebras el uno del otro. A baja fuerza iónica, las fuerzas mutuamente repulsivas de estas cargas negativas de
Los grupos fosforil del esqueleto son suficientes para desnaturalizar el ADN, incluso a una temperatura relativamente baja. En
Además, el pH elevado o los disolventes orgánicos como la formamida interrumpen el enlace de hidrógeno entre el ADN.
hebras y promover la desnaturalización.
Cuando las soluciones calentadas de ADN desnaturalizado se enfrían lentamente, las cadenas individuales a menudo se encuentran con su
hebras complementarias y forman una nueva doble hélice. Esto se llama "renaturación" o "recocido". los
la capacidad de renaturalizar moléculas de ADN desnaturalizadas permite la hibridación: el emparejamiento de bases complementario de
hebras de dos fuentes diferentes (ver Fig. 2.9). Estos principios importantes serán tratados en el Capítulo 8
cuando discutimos el uso de la desnaturalización, la renaturalización y la hibridación como herramientas para la biología molecular
investigación.
Página 17
26 Capitulo 2
Desnaturalizado
(bobina aleatoria)
100
Monocatenario
ADN
Relativo
50 absorbancia a
A 260
Doble cadena
% De ADN monocatenario
ADN
60 60 70 80 90 100
Nativo (doble hélice) Tm Temperatura ( ° C)
Figura 2.10 Curva de desnaturalización del ADN. El ADN bicatenario se calienta y su fusión se mide por el
aumento de la absorbancia a 260 nm. El punto en el que el 50% del ADN es monocatenario es la temperatura de fusión,
o T m . En este ejemplo, el T m es de aproximadamente 80 ° C.
2.7 Estructuras secundarias de ADN inusuales

Originalmente, se pensaba que el ADN era una cadena estática, lineal de información genética. Desde mediados de la década de 1960, hay
Ha habido una rápida expansión en la conciencia de su heterogeneidad y flexibilidad en la forma. A través de dinámica
cambios en estructuras secundarias y terciarias, la molécula de ADN puede regular la expresión de su secuencia lineal
información. Estructuras secundarias inusuales, como estructuras deslizadas, cruciformes y ADN de triple hélice son
generalmente secuencia específica (Fig. 2.12). Algunos de estos pueden depender del superenrollamiento de ADN (ver más abajo).
El superenrollamiento proporciona la energía impulsora necesaria para su formación, debido a la liberación de tensión torsional.
Estructuras deslizadas
Se han postulado estructuras deslizadas para que ocurran en repeticiones en tándem. Una repetición en tándem (a veces llamada un
repetición directa) en el ADN hay dos o más copias adyacentes aproximadas de un patrón de nucleótidos, dispuestos en un
cabeza a la cola de la moda. Por ejemplo, la secuencia 5′-TACGTACGTACGTACG-3 'contiene cuatro tándem
repeticiones de "TACG" (Fig. 2.12A).
Las estructuras deslizadas se encuentran aguas arriba de las secuencias reguladoras (por ejemplo, para la transcripción génica) in vitro . Ellos
se caracterizaron por usar enzimas que cortan enlaces fosfodiéster en el ADN monocatenario pero no en
ADN bicatenario. Es posible que tengan importancia para las interacciones ADN-proteína. Adicionalmente,
Hay una serie de enfermedades neurológicas hereditarias causadas por la expansión de la repetición de triplete simple
secuencias en regiones codificantes o no codificantes (recuadro de enfermedad 2.1; ver también la Sección 7.2). El triplete se repite
Página 18
100
Figura 2.11 Dependencia del ADN.

80
desnaturalización en el contenido de G + C y
en concentración de sal. ADN de muchos
diferentes fuentes se disolvieron en soluciones
60 60 de bajo (línea verde) y alto (línea naranja)
concentraciones de sal a pH 7.0. Los puntos
citosina (% en moles)
+ representar la temperatura a la que el ADN
40 muestras fundidas, graficadas contra su G + C
contenido. (Adaptado de Marmur, J. y
Guanina
Doty, P. 1962. Determinación de la base.
composición de ácido desoxirribonucleico a partir de su
20
temperatura de desnaturalización térmica. Diario de
Molecular Biology 5: 109–118, Copyright ©
1962, con permiso de Elsevier.)
00
60 60 70 80 90 100 110
T m ( ° C)
hace que el ADN asuma estructuras secundarias de ADN inusuales, que a su vez influyen en la replicación y
transcripción al bloquear las horquillas de replicación y promover la reparación. La formación de estructuras deslizantes de ADN.
dentro de las cadenas CTG, GGC y GAA de repetición larga, en comparación con sus cadenas complementarias, juega
Un papel importante en su expansión.
Estructuras cruciformes
La formación de burbujas cortas de ADN monocatenario no apareado a partir del superenrollamiento negativo (ver más abajo) puede
Estabilizarse mediante estructuras cruciformes. Las estructuras cruciformes son formaciones de tallo-asa emparejadas (ver Fig. 2.12B).
Ataxia de Friedreich y ADN de triple hélice CUADRO DE ENFERMEDAD 2.1
La ataxia de Friedreich es una enfermedad neurológica hereditaria rara número de copias repetidas, cuanto antes comience el
caracterizado por la pérdida progresiva de músculo muscular voluntario enfermedad y más rápido el declive del paciente.
coordinación (ataxia) y agrandamiento del corazón. Lleva el nombre de Este tracto GAA ampliado es bien conocido por adoptar el
el médico alemán, Nikolaus Friedreich, quien describió por primera vez conformación triplex. La formación de la triple hélice es
la enfermedad en 1863, la ataxia de Friedreich es generalmente involucrado en la inhibición de la transcripción de la Friedrich
diagnosticado en la infancia y afecta tanto a hombres como a mujeres. gen de ataxia y una reducción correspondiente en la cantidad de
El trastorno es causado por una repetición de trinucleótidos 5'-GAA-3 ' La proteína frataxina. La frataxina se encuentra en las mitocondrias de
expansión en el primer intrón del gen de ataxia de Friedreich, humanos Si bien el papel preciso de la frataxina humana permanece
que se encuentra en el cromosoma 9. Un individuo normal tiene para determinar, la proteína parece estar involucrada en
Se repiten 8-30 copias de este trinucleótido, mientras que las de Friedreich Regulación de la exportación y / o importación de hierro en
los pacientes con ataxia tienen hasta 1000. Cuanto mayor sea el mitocondrias
Página 19
28 Capitulo 2
(UN)Estructura deslizada Bucle monocatenario
Repeticiones en tándem C.A.

3' TG
5' 5' 3'
ejército
C desolreserva
ejércitoC desol
reserva
ejércitoC desol
reserva
ejércitoC desol
reserva ejército
C desolreserva
ejércitoC desol
reserva
ejércitoC desol
reserva
UNT sol C UNT CG UNT CG UNT CG UNT CG UNT CG UNT CG
3' 5' 3' 5'

C.A.
TG
(SI) En forma de cruz TT sol

UN T
T C
5' 3' UN T
UN T
sol T UNUNC C UNsol UNUNT UNT T sol T C T T C T sol sol T UNC T sol C
UN T
C UNT T sol sol T C T T UNT UNUNC UNsol UNUNsolUNC C UNT sol UN C sol
C sol
3' 5'
UN T
5 ' GTA
ACTUAR
3'
3 ' GATO
AT G 5 '
TGA
T UN
Repeticiones invertidas sol C
sol C
Cruciforme cuatro
T UN
cruce de vías C sol
T UN
T UN
UN sol
T UN
(C) Triple hélice C
Automóvil club británico
(R. Y) n espejo AAGAGG GGAGAA

se repite TTCTCC CCTCTT
Figura 2.12 Algunas estructuras secundarias de ADN inusuales. (A) Estructura deslizada con bucles compensadores en
hilos alternos en una repetición en tándem. (B) Cruciforme con formación de bucle de tallo emparejado en una repetición invertida. (C) Triple
hélice de ADN en un tramo de purina-pirimidina (R · Y) que contiene una simetría de repetición espejo.
Se han caracterizado in vitro para muchas repeticiones invertidas en plásmidos (ADN circular pequeño) y
bacteriófagos Las repeticiones invertidas son secuencias de bases de composición idéntica en las cadenas complementarias.
Leen exactamente lo mismo de 5 ′ → 3 ′ en cada cadena (en otras palabras, la secuencia lee lo mismo de
de izquierda a derecha como de derecha a izquierda). A veces las repeticiones invertidas se denominan "palíndromos" debido a
su similitud con una palabra o fase que se lee de forma idéntica cuando se deletrea hacia atrás, como "rotor" o "enfermeras"
correr." Las estructuras cruciformes se han visualizado por microscopía electrónica. El ADN se reorganiza así
cada repetición se empareja con la secuencia complementaria en su propia cadena de ADN, en lugar de con la secuencia
complemento en el otro hilo. La evidencia experimental ha llevado a la hipótesis de que las estructuras cruciformes
puede actuar como elementos reguladores en la replicación del ADN y la expresión génica en varios procariotas y eucariotas
sistemas. La confirmación de un papel funcional in vivo espera más investigación.
ADN de triple hélice

En una triple hélice, una tercera cadena de ADN se une a las dos primeras para formar un ADN triple. Se produce ADN de triple hélice
en purina-pirimidina se extiende en el ADN y se ve favorecida por secuencias que contienen una simetría de repetición espejo
Página 20
(ver Fig. 2.12C). En este tipo de repetición, las secuencias a cada lado del eje de simetría son imágenes especulares
el uno del otro. La tercera cadena participante puede originarse dentro de un solo tracto de purina-pirimidina
(triplex intramolecular) o de una secuencia separada (triplex intermolecular).
La cadena purina del dúplex Watson-Crick se asocia con la tercera cadena a través de Hoogsteen
enlaces de hidrógeno en el surco principal. La estructura dúplex original se mantiene en una conformación tipo B.
Los pares de bases Hoogsteen AT y GC (nombrados en honor a su descubridor Karst Hoogsteen) tienen patrones alterados
de enlaces de hidrógeno en comparación con los pares de bases Watson-Crick (Fig. 2.13; compárese con la Fig. 2.4). En
el par Hoogsteen AT, la base de adenina se gira 180 ° alrededor del enlace con el azúcar, y el
El par GC Hoogsteen solo forma dos enlaces de hidrógeno, en comparación con tres en el par GC Watson-Crick.
Los pares de bases de Hoogsteen GC no son estables al pH neutro de las células (pH 7–8). Uno de los nitrógenos en el
la citosina debe tener un hidrógeno agregado para que se forme este tipo de pares de bases, y esta protonación requiere un
pH más bajo (pH 4–5). Los pares de bases de Hoogsteen han ganado importancia recientemente porque ocasionalmente son
se encuentran en complejos de ADN con medicamentos contra el cáncer y aparecen en triples hélices asociadas con
enfermedad genética (cuadro de enfermedad 2.1).
2.8 Estructura terciaria del ADN

Muchas moléculas de ADN de origen natural son circulares, sin un extremo 5 'o 3' libre. Debido a la polaridad de la
cadenas de la doble hélice de ADN, el extremo 5 'de una cadena solo puede unirse a su propio extremo 3' para cerrar covalentemente un
circulo. Por lo tanto, el ADN circular de doble cadena es esencialmente dos círculos de ADN de cadena sencilla retorcidos
(UN) H
norte norte δ +
H CH3
δ–
O
norte
δ– δ+
norte
H norte norte O HOCH2
HOCH2 O norte
O
H H H
H
H H H H
UN T
H HO
HO H
(SI) H
H
δ–
norte norte
O δ+ H
H H
norte
norte δ–
norte δ+
H norte norte O HOCH2
HOCH2 O norte
O
S.S H H H
H H H H sol C
H HO
HO H
Figura 2.13 Pares de bases Hoogsteen. (A) AT y (B) pares GC. Los símbolos + y - son cargas parciales. Hidrógeno
los enlaces están representados por líneas punteadas. Por simplicidad, no se muestran todos los hidrógenos.
Página 21
30 Capitulo 2
El uno al otro. Dichas moléculas de ADN circulares a menudo se sobreenrollan o subenrollan, con respecto a la
Número de vueltas completas de la doble hélice de ADN. Este ADN puede convertirse en superenrollado (bajo
estrés torsional). Las superenrollamientos son una estructura tridimensional retorcida que es más favorable energéticamente.
El superenrollamiento de ADN se puede visualizar mediante microscopía electrónica y ocurre tanto in vivo como in vitro .
Sobreenrollamiento de ADN
Considere una molécula de ADN lineal de doble cadena de 10 vueltas completas (o giros, T = 10) con 10.5
pb / vuelta (Fig. 2.14). Si los extremos de la molécula de ADN están sellados, el resultado es una energía
círculo relajado que yace plano. Como se ve que cada cadena cruza las otras 10 veces, este círculo relajado tiene un
número de enlace (L) de 10. Pero, si la doble hélice está enrollada por una vuelta completa a la izquierda y luego el
los extremos se sellan juntos, el resultado es un círculo tenso con 11.67 pb / vuelta, donde L = 9 y T = 9. Una vez que el
dos extremos se unen covalentemente, el número de enlace no puede cambiar. Generalmente, cambios en el promedio
El número de pares de bases por turno de la doble hélice se contrarrestará mediante la formación de un
Número de superenrollamientos en la dirección opuesta. En este ejemplo, una superbobina negativa (zurda) es
introducido espontáneamente, restableciendo el número total de "vueltas" originales de la hélice (T = 10, L = 9).
El sobreviraje de la doble hélice generalmente conduce a un superenrollamiento positivo (diestro). Por ejemplo, si el
la doble hélice se enrolla una vuelta completa hacia la derecha y luego los extremos se sellan, el resultado es un
ADN lineal
10.5 pb / vuelta
T = 10
Figura 2.14 Sobreenrollamiento de ADN. Un lineal 3′5′
Girar a la izquierda
Molécula de ADN de 10 vueltas completas (o 5′ 3′
Sello termina un turno;
giros, T = 10) se supone que tiene 10.5 juntos Sello termina juntos
pb / vuelta, como es habitual para el ADN B en solución.
Los extremos de la molécula de ADN pueden sellarse T = 10
juntos para hacer un círculo relajado. Esta relajado 10.5 pb / vuelta 11,67 pb / vuelta
10.5 pb / vuelta
círculo tiene un número de enlace de L = 10. Pero, T = 10 T=9
L = 10 L=9
si la doble hélice está enrollada por uno L=9
giro completo a la izquierda y luego los extremos son
Círculo tenso
sellados juntos, el resultado es un círculo tenso Círculo relajado Supercoil negativo
con 11.67 pb / vuelta, donde L = 9 y T = 9.
Un supercoil negativo (zurdo) es
introducido espontáneamente, restableciendo el
número total de vueltas originales de la hélice Parcial
Círculo relajado
(T = 10, L = 9, 10.5 pb / vuelta). Sobre parcial desnaturalización
desnaturalización, el ADN superenrollado puede convertir
a su forma relajada sin enrollar. El soltero-
área varada puede convertirse en un área más
estructura cruciforme estable si hay invertida
secuencias homólogas en el desnaturalizado
regiones (ver Fig. 2.12).
Círculo relajado Cruciforme

estructura
Página 22
círculo tenso con 9.5 pb / vuelta, donde L = 11, T = 11. La introducción de un positivo (diestro)
Supercoil restaura el número total de vueltas originales de la hélice (T = 10, L = 11).
El estado superenrollado es inherentemente menos estable que el ADN relajado. El estrés presente dentro del superenrollado
Las moléculas de ADN a veces conducen a la desnaturalización localizada, en la que las cadenas complementarias se separan
en una breve sección Esto tiene implicaciones importantes para procesos celulares como la replicación y la transcripción.
Las topoisomerasas relajan el ADN superenrollado

Las formas de ADN que tienen la misma secuencia pero difieren en su número de enlace se denominan topológicas.
isómeros (topoisómeros). Los topoisómeros se pueden visualizar por sus diferentes movilidades cuando se separan por gel
electroforesis (Fig. 2.15) (consulte la Caja de herramientas 8.6 para conocer los métodos). Las topoisomerasas son enzimas altamente conservadas
que convierten (isomerizan) un topoisómero de ADN en otro. Lo hacen cambiando el número de enlace
(L) Las topoisomerasas de ADN se dividen en dos categorías principales, tipo I y tipo II. Los dos tipos pueden ser más
subdividido en cuatro subfamilias: IA, IB, IIA y IIB. Hasta ahora, al menos cinco topoisomerasas diferentes han sido
se informa que está presente en eucariotas superiores, incluidos los humanos (Tabla 2.3). La primera topoisomerasa fue
Figura 2.15 Relajación de superenrollado

ADN plasmídico por topoisomerasa I.
Carril 1: topoisómeros relajados y superenrollados
de ADN plasmídico pUC18. Carriles 2–6: pUC18
ADN plasmídico después del tratamiento con 2, 4, 6 u 8
unidades de topoisomerasa I, respectivamente, para 45
minutos a 37 ° C. Muestras de ADN fueron separadas
por electroforesis en gel de agarosa y visualizado por
tinción con bromuro de etidio (ver Caja de herramientas
8.6 para los métodos). La velocidad con la que
Las moléculas de ADN migran aumentan a medida que
aumenta el número de vueltas superhelical.
1 2 3 44 55
Tabla 2.3 ADN topoisomerasas humanas.
ADN ADN
topoisomerasa Tipo escote Papel estructural Función
yo IB ssb Relaja el ADN superenrollado tanto positivo como negativo Replicación

Transcripción
Recombinación
III a IA ssb Relaja solo ADN superenrollado negativamente Recombinación

Transcripción de
genes de ARN ribosómico
III b IA ssb Relaja solo ADN superenrollado negativamente Recombinación
II a IIA dsb Relaja tanto el ADN superenrollado positivo como el negativo Condensación de cromosomas
Facilitar el anudamiento o la decantación del ADN enredado Segregación cromosómica
Replicación
II b IIA dsb Relaja tanto el ADN superenrollado positivo como el negativo No bien definido
Facilitar el anudamiento o la decantación del ADN enredado
dsb, ruptura bicatenaria en el ADN; ssb, ruptura monocatenaria en el ADN.
Página 23
32 Capitulo 2
descubierto por Jim Wang, mientras buscaba la enzima que alivia las superenrollamientos que se forman durante
Replicación de ADN (ver Sección 6.6).
Las topoisomerasas tipo I son competentes para relajar el ADN superenrollado. No requieren la energía
de ATP. El tipo IA solo puede relajar las superenrollamientos negativos, mientras que el tipo IB puede relajar tanto los negativos como los positivos.
Supercoils. Actúan formando una ruptura transitoria monocatenaria en el ADN (escisión de un fosfodiéster
enlace entre nucleótidos adyacentes) y, mientras enrolla los extremos rotos, pasa la otra hebra a través del
descanso. Las topoisomerasas no crean extremos libres, sino que se unen covalentemente a uno de
los dos extremos rotos del ADN (cuál depende de la enzima específica) (Fig. 2.16). El nick es entonces
sellado, después de la relajación aumenta el número de enlace en uno.
Las topoisomerasas de tipo II suelen depender de ATP. Forman roturas transitorias de doble cadena en el
doble hélice y pase otra doble hélice a través de la brecha temporal o "puerta de proteínas" ligada al ADN. Ellos
son capaces de relajar el ADN superenrollado tanto positivo como negativo y, además, pueden desanudarse o
decatenate moléculas de ADN enredadas (la cateación es el enclavamiento de círculos de ADN como enlaces en una cadena).
La topoisomerasa procariota II (a veces llamada gyrase) tiene la propiedad especial de poder introducir
Supercoils negativos.
Tanto las topoisomerasas de tipo I como las de tipo II juegan papeles importantes en muchos procesos celulares, incluyendo
condensación y segregación cromosómica, replicación de ADN, transcripción génica y recombinación
(Recuadro 2.2).
Figura 2.16 Mecanismo de acción de un

topoisomerasa tipo I La enzima se une
T = 10
a una molécula de ADN circular con un negativo
Supercoil negativo
superenrollador (ver Fig. 2.14) y desenrolla el
doble hélice. Se corta una hebra y evita L=9
Rotación libre de la hélice por el límite restante
a cada extremo roto El extremo roto de 5 'es
unido covalentemente al aminoácido tirosina
(ver recuadro), y el extremo 3 'no es covalente
unido a otra región de la enzima. los 5′ 3′ 5′ 3′
5′ 3′
enzima pasa la cadena ininterrumpida de ADN
a través de la ruptura y liga los extremos cortados,
aumentando así el número de enlace de la 3 ′ - OH T = 10
Topoisomerasa
5 ′ - Tyr L = 10
ADN por uno. La enzima se cae y el
hebras renatura, dejando un círculo relajado. Recuadro:
Círculo relajado
en la reacción de rotura del hilo por el
topoisomerasa, el oxígeno de la tirosina 3′ 5′ 3′ 5′ 3′ 5′
grupo hidroxilo en el sitio activo de la
la enzima ataca un fósforo del ADN, formando un
ADN 5 ' ADN 5 '
enlace de fosfotirosina covalente entre el
O 3 ′ OH
ADN y la enzima, y romper un ADN –O PAG
–O
enlace fosfodiéster al mismo tiempo. O O ADN 3 ′
La unión de la cadena de ADN ocurre por el O PAG
Hidroxilo
marcha atrás. El oxígeno del ADN libre 3′-OH ataque O ADN 3 ′
O
grupo ataca el fósforo de la OH
Tirosina
enlace de fosfotirosina, rompiendo el covalente
Tirosina
enlace entre la proteína y el ADN, y Topoisomerasa
reformando el enlace fosfodiéster entre Topoisomerasa
nucleótidos adyacentes en la cadena de ADN.
Página 24
Medicamentos contra el cáncer dirigidos a la topoisomerasa CUADRO DE ENFERMEDAD 2.2
Las topoisomerasas son los objetivos de una serie de importantes el ADN roto está atrapado como un intermedio estable unido a
medicamentos contra el cáncer Se utilizan fármacos dirigidos a la topoisomerasa II topoisomerasa Hay una alta probabilidad de que este ser
en aproximadamente la mitad de todos los regímenes de quimioterapia. convertido en una ruptura permanente en el genoma.
La topoisomerasa I es el objetivo de una serie de promesas Estos medicamentos se dirigen preferentemente a las células cancerosas porque
agentes, incluida la camptotecina, un medicamento derivado del las células cancerosas crecen rápidamente y generalmente contienen más
corteza de Camptotheca acuminata , un tejo chino. niveles de topoisomerasas que las células de crecimiento más lento. Debido
La camptotecina se aisló por primera vez y se encontró que mataba a ciertos a su modo de acción, cuanto mayor sea el nivel celular de
tipos de células cancerosas en 1966 por el Dr. Monroe E. Wall y topisomerasas, cuanto más letales se vuelven estas drogas. En
Dr. Mansukh C. Wani. No fue sino hasta 1985 que otro Además, las células cancerosas a menudo tienen una reparación defectuosa del ADN
grupo de investigadores determinó que la camptotecina es un vías, por lo que son más susceptibles a los efectos de
Topoisomerasa I Veneno. Ahora, los análogos de camptotecina son Agentes que dañan el ADN. Como todos los agentes quimioterapéuticos,
siendo utilizado para el tratamiento del cáncer de ovario y colon. las drogas dirigidas a las topoisomerasas también afectan el ayuno normal
Los medicamentos contra el cáncer dirigidos a la topoisomerasa actúan en uno células en crecimiento, como los glóbulos blancos, el revestimiento de la
de dos maneras, ya sea como inhibidor de al menos un paso tracto gastrointestinal y folículos pilosos. Por eso el cáncer
en el ciclo catalítico, o como venenos. Saltos creados por los pacientes sometidos a quimioterapia a menudo experimentan
las topoisomerasas son normalmente de naturaleza transitoria (ver náuseas, diarrea y pérdida de cabello, y son susceptibles a
Fig. 2.16). Cuando el medicamento contra el cáncer actúa como un veneno, el infecciones
¿Cuál es el significado del superenrollamiento in vivo ?

Prácticamente todo el ADN dentro de las células procariotas y eucariotas existe en el estado superenrollado negativo. Si estos
los dominios no están restringidos (no están superenrollados alrededor de las proteínas de unión al ADN), existe un equilibrio entre la tensión
y desenrollar la hélice. Si las superenrollamientos están restringidas con proteínas, se estabilizan por la energía de
interacción entre las proteínas y el ADN. La evidencia experimental sugiere que el superenrollamiento de ADN juega
Un papel importante en muchos procesos genéticos, como la replicación, la transcripción y la recombinación.
El superenrollamiento negativo pone energía en el ADN. Underwinding hace que sea más fácil tirar de los dos hilos de la
doble hélice aparte. Por lo tanto, el superenrollamiento negativo hace que sea más fácil abrir orígenes de replicación y genes
promotores La energía potencial en las superenrollamientos también promueve la formación de ADN secundario inusual.
estructuras, como cruciformes (véanse las figuras 2.12 y 2.14). Además, es posible que un ADN B → ADN Z
La transición se desencadena por el aumento de la superenrollamiento negativo. Esto es porque cambiar una porción del ADN
de una hélice diestra a zurda libera la tensión impuesta por las superenrollamientos negativos, ya que el
giro (pares de bases por turno) en una porción del ADN se ha invertido. El superenrollamiento positivo ocurre antes de
horquillas de replicación y complejos de transcripción. El superenrollamiento positivo hace que sea mucho más difícil abrir el doble
hélice y por lo tanto bloquea los procesos esenciales del ADN.
El ADN superenrollado es una característica bien caracterizada del genoma circular de algunos virus pequeños, para
ejemplo, bacteriófago PM2. El genoma de este bacteriófago puede existir como un círculo relajado (covalente
cierre) o un círculo superenrollado, que tiene una apariencia retorcida. Esta es la forma nativa in vivo (Fig. 2.17). En
bacteriófagos se ha demostrado que el ADN circular relajado se correlaciona con una actividad reducida en la replicación
y transcripción, mientras que el superenrollamiento negativo conduce a una mayor actividad en la replicación y transcripción.
Del mismo modo, las bacterias tienen genomas circulares grandes que pueden formar dominios de bucle de ADN independientes. Una proteina
El complejo mantiene cada dominio en su lugar para formar "subcirculos" con un tamaño promedio de ~ 40 kb. Estos dominios
pueden formar estructuras superenrolladas de importancia para la replicación y transcripción. Supercoiling también en gran medida
facilita la condensación cromosómica en bacterias.
Página 25
34 Capitulo 2
(UN) (SI)
ADN
Proteína
complejos
Figura 2.17 El superenrollamiento ocurre en la naturaleza. (A) El ADN del bacteriófago PM2 en dos formas topológicas:
círculo relajado (panel superior) y superenrollado (panel inferior). Esta última es la forma nativa. (Reproducido con permiso
de Wang, JC 1982. ADN topoisomerasas. Scientific American 247: 97.) (B) Representación esquemática del bucle de ADN
dominios (subcircuitos) en ADN genómico bacteriano (genoma circular) o eucariota (lineal).
Mientras que los cromosomas en los eucariotas no suelen ser circulares, las superbobinas son posibles cuando las secciones de
El ADN lineal está incrustado en una red de proteínas asociadas con la cromatina. Esta asociación puede crear
extremos anclados que forman dominios de bucle independientes, como se describió anteriormente para las bacterias. El significado de
El superenrollamiento en eucariotas no es tan evidente como en bacteriófagos o bacterias. Hay algunos
ejemplos de transcripción aumentada con superenrollamiento negativo, pero es difícil de estudiar de manera concluyente porque
los eucariotas tienen genomas tan grandes y complejos. Además, porque los procesos de replicación y transcripción
ellos mismos generan superenrollamiento de ADN (ver Fig. 6.7 y Cuadro de enfoque 10.1), descubriendo el mecanismo por
qué súper bobinado de ADN modula los procesos genéticos plantea un desafío.
Resumen del capítulo

El ADN y el ARN son moléculas en forma de cadena compuestas de subunidades llamadas nucleótidos unidos por fosfodiéster
cautiverio. Cada subunidad de nucleótidos se compone de tres partes: un azúcar de cinco carbonos, un grupo fosfato y un
base nitrogenada. Los ARN naturales vienen en tamaños que van desde menos de cien hasta muchos miles de
nucleótidos, mientras que el ADN puede durar desde varias kilobases hasta miles de megabases. El 5′-PO 4 y 3′-
Los extremos OH de una cadena de ADN o ARN son distintos y tienen diferentes propiedades químicas.
El ADN tiene una estructura de doble hélice con esqueletos de azúcar-fosfato en el exterior y pares de bases en el exterior.
dentro. La forma predominante en las células es B-DNA, una hélice diestra con 10.5 bases por turno. El doble
la hélice se estabiliza mediante enlaces de hidrógeno entre pares de bases y el apilamiento de bases mediante interacciones hidrófobas. los
Las bases se emparejan de una manera específica: adenina (A) con timina (T) y guanina (G) con citosina (C). El G + C
El contenido de un ADN natural puede variar del 22 al 73%, y esto puede tener un fuerte efecto en el físico
propiedades del ADN, particularmente su temperatura de fusión. La temperatura de fusión ( T m ) de un ADN es el
temperatura a la que las dos hebras están desnaturalizadas al 50%. Se pueden inducir cadenas de ADN separadas para
renaturalizar o recocer. Las cadenas complementarias de diferentes fuentes pueden formar una doble hélice en un proceso
llamado hibridación.
Las secuencias de nucleótidos repetitivas en la doble hélice de ADN a veces adoptan estructuras secundarias inusuales,
tales como estructuras deslizadas, cruciformes y ADN de triple hélice. Estas estructuras secundarias pueden afectar el ADN.
Page 26
replicación y transcripción. Algunas de estas estructuras dependen del superenrollamiento de ADN. Casi todo el ADN
dentro de las células procariotas y eucariotas existe en el estado superenrollado negativo. Sobreenrollamiento negativo
facilita la separación de las cadenas de ADN durante la replicación y la transcripción. Formas de ADN que tienen
la misma secuencia, aunque difiere en su número de enlace, se conoce como topoisómeros. Las topoisomerasas son
enzimas que relajan el ADN superenrollado y convierten un topoisómero de ADN en otro cambiando el
número de enlace Las topoisomerasas juegan papeles importantes en la replicación del ADN y la transcripción génica.
1 Los dúplex de ADN a continuación se desnaturalizan y luego se les permite reanudar. ¿Cuál de las dos moléculas?
tendría la mayor T m ? ¿Cuál de los dos tiene menos probabilidades de reformar la estructura original? ¿Por qué?
(a) 5′-ATATCATATGATATGTA-3 ′
3′-TATAGTATACTATACAT-5 ′
(b) 5′-CGGTACTCGTGCAGGT-3 ′
3′-GCCATGAGCACGTCCA-5 ′
2 Está estudiando una proteína que sospecha que tiene actividad de ADN topoisomerasa. Describe cómo lo harías
prueba la proteína para esta actividad in vitro . Mostrar resultados de muestra.
3 Cuando se determinó la composición básica del ADN de un saltamontes, se encontró que el 29% de las bases
ser adenina
(a) ¿Cuál es el porcentaje de citosina?
(b) ¿Cuál es la composición base completa del ADN?
(c) ¿Cuál es el contenido [G] + [C]?

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36 Capitulo 2
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Página 28
Capítulo 3
Genoma
organización:
de nucleótidos
a la cromatina
La forma en que se empaqueta el ADN eucariota en la célula
El núcleo es una de las maravillas de la estructura macromolecular.
G. Michael Blackburn, Ácidos nucleicos en química y biología (1990), p. sesenta y cinco.
contorno
3.1 Introducción 3.6 Genomas de orgánulos: cloroplastos y
3.2 Genoma eucariota mitocondrias
Estructura de la cromatina: perspectiva histórica. ADN de cloroplasto (ADNc)
Histonas ADN mitocondrial (ADNmt)
Nucleosomas Recuadro de enfermedad 3.1 ADN mitocondrial y enfermedad
Beads-on-a-string: la fibra de 10 nm 3.7 Genomas basados en ARN
La fibra de 30 nm. Virus de ARN eucariotas
Dominios de bucle Retrovirus
Cromosomas metafásicos Viroides
Estructuras alternativas de cromatina Otros patógenos subvirales
3.3 Genoma bacteriano Recuadro de enfermedad 3.2 Gripe aviar
3.4 Plásmidos Resumen del capítulo
3.5 Bacteriófagos y ADN de mamíferos Preguntas analiticas
virus Sugerencias para lecturas adicionales
Bacteriófagos
Virus de ADN de mamíferos
3.1 Introducción
En este capítulo compararemos y contrastaremos la organización de genomas de orden superior que será
encontrado con frecuencia en el resto de este libro de texto. Como tal, este capítulo debe servir como referencia
apunte para revisión según sea necesario. El énfasis está en el genoma eucariota, pero en los genomas bacterianos, el plásmido.
ADN, virus y bacteriófagos de ADN de mamíferos, genomas de orgánulos y genomas basados en ARN también son
descrito. La diversidad de mecanismos para empaquetar moléculas muy largas de ADN en células muy pequeñas.
Los espacios son realmente notables (Tablas 3.1 y 3.2).
Página 29
38 Capítulo 3
Tabla 3.1 Contenido de ADN celular de varias especies.
Número de base Tamaño de celular Número de

Organismo pares Longitud del ADN (mm) * espacio (mm) cromosomas †
Bacteriófago l 4.85 × 10 4 0,017 <0.0001 1
Bacteria ( Escherichia coli ) 4.7 × 10 6 1.4 0.001 1
Levadura ( Saccharomyces cerevisiae ) 1.25 × 10 7 4.6 0.005 dieciséis
Mosca de la fruta ( Drosophila melanogaster ) 1.65 × 10 8 56,0 0,010 44
Humano ( Homo sapiens ) 3 × 10 9 999,0 0,010 23
* La longitud dada es antes del embalaje.

† Se proporcionan valores para genomas haploides. Para la mayoría de los eucariotas, las células somáticas diploides tendrían el doble de este número de cromosomas.
Tabla 3.2 Diversidad de la organización del genoma basada en el ADN.
Genoma Formar Tamaño (kb)
Eucariotas ds lineal 10 4 a 10 6
Las bacterias ds circular 10 3
Plásmidos ds circular (algunos ds lineales) 2–15
Virus de ADN de mamíferos ss lineal, ds lineal, ds circular 3–280
Bacteriófago ss circular, ds lineal ~ 50
ADN de cloroplasto ds circular (o ds lineal?) 120-160
ADN mitocondrial ds circular (algunos ds lineales) Animales: 16,5

Plantas: 100–2500
ds, bicatenario; ss, monocatenario.
3.2 Genoma eucariota

Las células eucariotas deben caber aproximadamente hasta 2 m de ADN desempaquetado en el núcleo esférico, que
−6
es un espacio de menos de 10 micras de diámetro (1 µm = 10 m) (Fig. 3.1). Esto representa una relación de empaque de
aproximadamente 1000 a 10,000 veces. Esta maravillosa hazaña se logra mediante el empaquetamiento de ADN lineal
moléculas en cromatina (ADN con sus proteínas asociadas). El ADN se enrolla primero alrededor de un complejo de histonas
llamado un nucleosoma. Las series de nucleosomas se forman en una cadena de cromatina en zigzag que luego es
plegado en dominios de bucle, y finalmente el cromosoma metafásico. La compactación lograda en cada nivel en
esta jerarquía se muestra en la Fig. 3.2.
En eucariotas, el término genoma a menudo se usa indistintamente con los términos ADN genómico, cromosómico
ADN o ADN nuclear (para distinguirlo del orgánulo o ADN plasmídico). La compactación del genoma.
en cromatina forma el sustrato relevante para los procesos vitales de replicación de ADN, recombinación,
transcripción, reparación y segregación cromosómica.
Estructura de la cromatina: perspectiva histórica.

En 1928, Albrecht Kossel aisló pequeñas proteínas básicas de los núcleos de los eritrocitos de ganso (glóbulos rojos
precursores) Llamó a estas proteínas histonas. No fue sino hasta la década de 1970 que fue determinado por un
Página 30
Organización del genoma: de nucleótidos a cromatina 39
(UN) (SI)
ZY
NO
Nebraska
NU
HC
RER
2 µm
Figura 3.1 El genoma eucariota se encuentra en el núcleo celular. (A) Una célula animal típica vista por la luz
microscopía. El diámetro del núcleo (con flechas) es de aproximadamente 10-15 nm. Las dos esferas oscuras dentro del núcleo.
son los nucleolos (B) Una célula acinar pancreática vista por microscopía electrónica. El núcleo celular (NU) está limitado por un
envoltura típica de doble membrana (NE). La heterocromatina densa en electrones (HC) se localiza principalmente en el núcleo
periferia, mientras que un nucleolo moderadamente denso, de forma ovalada (NO) está más centralmente posicionado. Áspero abundante
retículo endoplásmico (RER) y gránulos de zimógeno denso en electrones (ZY), que consiste en una mezcla de digestivo naciente
Las enzimas también se pueden ver en el citoplasma. (Fotografía cortesía de Julia P. Galkiewicz, College of William and Mary.)
combinación de estudios de microscopía electrónica y bioquímica por los laboratorios de Roger Kornberg y
Pierre Chambon dice que la unidad de empaquetamiento fundamental de la cromatina es el nucleosoma. Las primeras ideas claras
en la estructura de la cromatina se produjo por casualidad. Experimentos de nucleasa realizados por otros motivos
reveló que el ADN en la cromatina se degrada en una serie de tamaños de fragmentos discretos separados por 180 pb
(Fig. 3.3). Ahora se sabe que este tamaño de fragmento representa el ADN asociado con un solo nucleosoma
(mononucleosoma).
Histonas
Existen dos tipos de histonas, las histonas centrales altamente conservadas (peso molecular 11,000–16,000 daltons o
Da) y las histonas enlazadoras mucho más variables (ligeramente más grande,> 20,000 Da) (Fig. 3.4). Por ejemplo vaca
la histona H4 difiere del guisante H4 en solo dos lugares, donde se intercambian los aminoácidos valina y lisina
para isoleucina y arginina, respectivamente. Las histonas centrales están presentes en el nucleosoma como un octamero
compuesto por un dímero de histonas H2A y H2B en cada extremo y un tetrámero de histonas H3 y H4 en el
centro, alrededor del cual se enrollan 146 pb de ADN genómico (Fig. 3.5). El enlazador histona H1 (o alternativa
formas como la histona H5 y H1 °) se produce entre octamers centrales, donde el ADN entra y sale del
nucleosoma
Las cuatro histonas centrales contienen un dominio de pliegue de histonas extendido en el extremo terminal carboxilo (C) del
proteína a través de la cual se producen interacciones histona-histona e interacciones histona-ADN, y la carga
colas en el extremo terminal amino (N) que contienen la mayor parte de los residuos de lisina. Estas colas cargadas son las
sitios de muchas modificaciones postraduccionales de las proteínas histonas, incluidas la acetilación y la metilación.
La importancia de estas modificaciones se discutirá en detalle en la Sección 11.6.
Nucleosomas
El término "nucleosoma" se refiere específicamente al octamero central de histonas más el conector histona y
aproximadamente 180 pb de ADN. La partícula central está compuesta por 146 pb de ADN más la histona central
Page 31
40 Capítulo 3
(SI)
(MI)
(C)
(UN)
(RE)
Zigzag Solenoide
Nucleosoma Linker
histona
Núcleo de histona
octamer
11 nm
(F)
Fibra de 30 nm Fibra de 30 nm
Figura 3.2 Modelo de la asociación de histonas y ADN en el nucleosoma. La forma en que el

La fibra de cromatina se envasa en una estructura más condensada, formando finalmente un cromosoma mitótico.
ilustrado. (A) Micrografía de luz de cromosomas humanos teñidos con el tinte Giemsa. Los grandes óvalos están intactos.
glóbulos blancos (no analizados) (Fotografía proporcionada por el autor). (B) Micrografía electrónica de barrido a color (SEM)
de cromosomas sexuales humanos X (derecha) e Y (izquierda). Cada cromátida tiene 700 nm de diámetro. (Crédito: Andrew Syred /
Photo Researchers, Inc.) (C) Los dominios de bucle de ADN forman fibra de cromatina de 200 nm de diámetro. (D) El panel en el
a la izquierda muestra una micrografía electrónica de una fibra de 30 nm. (Reproducido de Thoma, F., Koller TH, Klug, A. 1979.
Implicación de la histona H1 en la organización del nucleosoma y de las superestructuras dependientes de la sal de
cromatina Journal of Cell Biology 83: 403–427, con permiso de copyright de The Rockefeller University Press.) El panel
a la derecha muestra un esquema de la fibra interpretada como un modelo de zigzag o solenoide. (Adaptado de Khorasanizadeh,
S. 2004. El nucleosoma: de la organización genómica a la regulación genómica. Cell 116: 259–272, Copyright © 2004,
con permiso de Elsevier.) (E) Una fibra de 10 nm que muestra la estructura de cuentas en una cuerda. (Reproducido de Thoma
et al. 1979. Journal of Cell Biology 83: 403–427, con permiso de copyright de The Rockefeller University Press.) (F) El
Doble hélice de ADN, 2 nm de diámetro.
octamer. El núcleo de histona octamérica actúa como un carrete; el ADN cargado negativamente se envuelve casi dos veces
alrededor de las histonas cargadas positivamente en 1.67 giros superhelicales para zurdos (Fig. 3.5). Un modelo reciente
sugiere que la conformación del ADN nucleosómico difiere del ADN desnudo. La doble hélice está apretada
curvado alrededor del núcleo del nucleosoma y se "estira" en promedio en 1–2 pb, lo que resulta en una diferencia de
Página 32
Organización del genoma: de nucleótidos a cromatina 41
Cromatina
ADN Marcadores
Nucleosomal
Longitud de repetición
Nucleosoma
Figura 3.3 La escisión por nucleasa micrococócica de la cromatina revela repeticiones de nucleosomas. Cromatina y
El ADN desnudo se trató con una baja concentración de la enzima nucleasa micrococcal, seguido de la eliminación de
proteínas y separación de los fragmentos de ADN en un gel de agarosa (ver Caja de herramientas 8.6). La escalera visible de bandas en el
Las muestras de cromatina están separadas entre sí por una sola longitud de repetición nucleosómica de ADN (múltiplos de ~ 180 pb).
Se observa una escalera porque la cromatina tratada con nucleasa microcócica solo se digiere parcialmente. Más extenso
la digestión daría como resultado que todo el ADN conector se escindiera y la formación de partículas nucleosómicas centrales y una sola
~ 147 pb de fragmento. La escisión del ADN desnudo genera una amplia distribución de tamaños de fragmentos (visible como una mancha),
porque toda la longitud del ADN no está protegida y es accesible para la enzima. (Reproducido de Wolffe, A.
1998. Cromatina. Estructura y función . Tercera edicion. Academic Press, Nueva York, Copyright © 1998 con permiso
de Elsevier.)
10,17 pb / vuelta para nucleosomas, en comparación con 10,5 pb / vuelta para ADN desnudo. Las histonas pueden ser removidas
del ADN por alta concentración de sal, por lo que aparecen las principales interacciones entre el ADN y las histonas centrales
ser electrostático en la naturaleza.
Beads-on-a-string: la fibra de 10 nm
Hace casi 30 años, el laboratorio de Pierre Chambon publicó sorprendentes imágenes de microscopio electrónico del
genoma eucariota. Estas imágenes de 1975 mostraban claramente la existencia de partículas de tamaño uniforme en un
patrón repetitivo, con la apariencia de cuentas en una cuerda. Tales cuentas habían sido insinuadas anteriormente en la parte inferior
Imágenes de resolución. En 1939, Amram Scheinfeld en su libro titulado You and Heredity escribe que "en cierto
veces ellos [los cromosomas] pueden estirarse en filamentos mucho más tiempo, y luego encontramos que
en lo que consisten, aparentemente, es en muchas cuentas gelatinosas muy juntas. Estas cuentas tampoco son,
en sí mismos, o contienen los 'genes'. . . . "
La apariencia de cuentas de cromatina en una cuerda se puede visualizar mediante microscopía electrónica como 10-11 nm
fibra después de una extracción baja en sal (Fig. 3.2). Las cuentas representan ADN envuelto alrededor del octamero del núcleo de histona

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15/3/2020 Resumen del capítulo Preguntas analíticas

Figura 1.7 Los descubridores de la

Resumen del capítulo

Los inicios de la biología molecular. 11

Figura 1.8 Fotografía de difracción de rayos X

3 Se estudiaron cuatro auxótrofos de metionina independientes de Neurospora para determinar qué

Nada añadido O- acetil

Sugerencias para lecturas adicionales

Fuller, W. (2003) ¿Quién dijo "hélice"? Nature 424: 876–878.

Watson, JD (1968) La doble hélice . Signet, Nueva York.

Weismann, A. (1893) El germoplasma: una teoría de la herencia . Walter Scott, Londres.

2.2 Estructura primaria: los componentes de los ácidos nucleicos.

Azúcares de cinco carbonos

Los primos se usan en la numeración del anillo. H H H

HO PAGO - También representado comoPAG

La estructura del ADN 15

El grupo funcional fosfato

3 Cadena de ADN - nucleótido + nucleótido + nucleótido + ...

PAG PAG + H2O

La estructura del ADN 17

2.4 Nomenclatura de nucleótidos

Tabla 2.1 Nomenclatura de ácido nucleico.

Base ADN ARN ADN ARN

Timina (T) Desoxitimidina - Desoxitimidina 5′-trifosfato (dTTP) -

Uracilo (U) - Uridina - Uridina 5′-trifosfato (UTP)

literatura científica y para ordenar el compuesto correcto de un catálogo al planificar un experimento.

2.5 La longitud de ARN y ADN

2.6 Estructura secundaria de ADN

Se forman enlaces de hidrógeno entre las bases.

El apilamiento de bases proporciona estabilidad química a la doble hélice de ADN

La estructura del ADN 19

Estructura de la doble hélice de ADN Watson-Crick

La estructura del ADN 21

Ranuras mayores y menores

Distinguir entre características de estructuras alternativas de doble hélice

Tabla 2.2 Formas alternativas de la doble hélice de ADN. *

ADN-A ADN B ADN Z

Orientación Diestro Diestro Zurdo

Bases / giro 11 10,5 12

La estructura del ADN 23

ADN B ADN-A ADN Z

ADN B (ADN de Watson-Crick)

El ADN puede sufrir separación reversible de hebras

La estructura del ADN 25

Nativo (doble hélice)

Figura 2.9 La desnaturalización, renaturalización e hibridación de las moléculas de ADN bicatenario.

2.7 Estructuras secundarias de ADN inusuales

La estructura del ADN 27

Figura 2.11 Dependencia del ADN.

Ataxia de Friedreich y ADN de triple hélice CUADRO DE ENFERMEDAD 2.1

(UN)Estructura deslizada Bucle monocatenario

Repeticiones en tándem C.A.

3' 5' 3' 5'

(SI) En forma de cruz TT sol

(R. Y) n espejo AAGAGG GGAGAA

ADN de triple hélice

La estructura del ADN 29

2.8 Estructura terciaria del ADN

Círculo relajado Cruciforme

La estructura del ADN 31

Las topoisomerasas relajan el ADN superenrollado

Figura 2.15 Relajación de superenrollado

Tabla 2.3 ADN topoisomerasas humanas.