En eucariotas hay una gran

proporción de genes no
codificantes en el genoma
GENOMAS

Es todo lo que esta contenido en el material genético del núcleo de la

célula, un componente estructural, cromatina que constituye al ADN, el
cual varia en tamaño según la especie que estemos estudiando, tiene
todo el material hereditario.
ESTRUCTURAL: como esta constituido el genoma, como esta
empaquetado en ese núcleo.
FUNCIONAL: los genomas son muy grandes, y menos del 2,5% (o
25%) de él codifica para genes.
Se le llamo DNA basura a todo el otro DNA que no tenía genes.
Una definición operacional del genoma es el conjunto de los genes de
un organismo.
- Siempre que se vea un genoma circular, se esta viendo el genoma de
un procarionte, como las bacterias. Estos no tienen cromosomas, sino
una única molécula circular de ADN, pero esta toda la información
necesaria para construir una bacteria, pero es tan pequeño el espacio
que los genes ocupan mas del 85% de la superficie compuesta por
genes y como una hebra no es suficiente, hay genes en la hebra 5´ y 3´
que es la parte superior o externa del circulo y por el interior de la
hebra complementaria.
- Son compactas y circulares, los cuales están densamente poblado de
genes, hay pocos espacios intergenicos. Aunque son simples y
pequeños, pero tienen que hacer muchas funciones metabólicas para
poder subsistir.
Antes de conocer la secuencia del genoma, los médicos detectaban
enfermedades hereditarias, da origen a la genética clásica que da a entender
como hay patologías que se transmiten en el linaje, se traspasan de una
generación a otra.

LAS PROTEINAS SON

RESPONSABLES EN GRAN MEDIDA
DE LA REGULACION DE LA
EXPRESION GENICA.
  Un pedigrí para descubrir una enfermedad como una anemia
falciforme u otra, en la cual se puede detectar los distintos alelos que
controlan genéticamente esa proteína que pueden tener distintas
características de migración en gel de proteína para poder evidenciar
alteración en su secuencia que eso lleva a un cambio en el tamaño
molecular, y por lo tanto se puede además predecir si ese individuo es
homocigoto para el defecto genético o está en heterocigosis y por lo
tanto es portador del síndrome pero no se va a expresar hasta que
entre en homocigosis la siguiente generación si es que la madre
también es portadora del defecto. Fue útil para detectar portadores.

 AEROENZIMA: No siempre se pueden encontrar para todos los

defectos una enzima a la cual echarle la culpa del defecto. Solo una
fracción de nuestras enfermedades son monogenéticas hay un gen
clave que esta mutado y que tiene un problema y que por eso se
puede detectar molecularmente. Muchas de las enfermedades son
pleiotrópicas y decir que son el resultado de una interacción de
muchos genes como enfermedades mentales.
 POLIMORFISMOS: Son pequeños cambios en el genoma que uno
puede encontrar en los pacientes algunas veces esta ligado a la
presencia de una enfermedad.
-Screaning es un análisis molecular del genoma para poder entender que
pasa con ciertas regiones del genomas que varia en pacientñ-es que tienen
una enfermedad v/s otro que tiene otro tipo de variables asociadas a una
persona sana, se comparan los patrones y encontrar que hay algunos
polimorfismos que son exclusivos de la enfermedad y de la persona sana y
algunas son invariantes.
- Son variaciones en el genoma asociadas a enfermedades hereditarias.

Razones para secuenciar un genoma

1- Porque es de interés humano, porque es un
patógeno o importante para una actividad
humana.
2- Es un modelo de estudio científico, hay
organismo que se han convertido por
distintas características fenotípicas o
fisiológicas en modelos de estudio. Ej:
genomas pequeños, transparentes y fácil de
cultivar en el laboratorio
C. elegants es un nematodo que mide
3mm de longitud y que tiene la gracia que
es transparente, genoma pequeño fue el
primer eucarionte multicelular
secuenciado y la levadura unicelular
secuenciado
Un genoma se puede secuenciar con un secuenciador de capilares que
permite automatizar la secuencia de ADN.
Las secuenciación de ADN en esos tiempos se basaba en que la ADN
polimerasa era dependiente del 3´ OH de los nucleótidos, por lo tanto si se
quita químicamente y se crea un nucleótido que no tiene este extremo
cuando este polimerizando la ADN polimerasa al agregar este nucleótidos sin
el 3´ OH se va a detener su síntesis. Se va a poder tener una colección de
fragmentos sintetizados que todos terminen en la misma base y por lo tanto
dependiendo del tamaño se separa en un gel de proteínas en acrilamida y se
separan. Donde los mas pequeños van al comienzo de la secuencia y poder
reconstruir la secuencia de ADN leyendo de abajo hacia arriba.
Para poder hacerlo de manera más rápida a los nucleótidos que no tenían el
3´ OH se le agrego un fluoroforo que emitía una longitud de onda visible
Como resultado obtenemos un CROMATOGRAMA que es posible…………

SECUENCIAS CODIFICANTES: son las repetitivas.

Se concibió que entre mas complejo es el organismo mas pares de bases
tienen. Creencia que se fue acuñando. Pero hay organismos que tienen la
misma cantidad de bases que es ser humano, lo que demostró que el tamaño
del genoma no depende de la complejidad.
A lo largo de la evolución entre organismos cuando se comparan genomas. La
e. coli tiene solo secuencias codificantes, el 100% de su genoma es
codificante, lo cual tiene que ver con un genoma pequeño altamente denso
en genes sin espacios genes.
Hay otros que el 80% del genoma contiene genes y en 14% de secuencias
repetitivas medianamente y un 3% de secuencias altamente repetitivas.
 YA NO ES EL TAMAÑO, NI EL NUMERO DE GENES QUE DETERMINA LA
COMPLEJIDAD, SINO COMO ESTA ESTRUCTURADO EL GENOMA.
 Las ultimas aproximaciones dicen que el ser humano tiene de 21 a 25
mil genes.
 ADN BACTERIANO
El numero de genes en las bacterias no varia mucho, hay una correlación
lineal entre el tamaño del genoma y el numero de genes que es casi una
recta lineal de genes donde no tienen espacio para otra cosa
Mas del 40% de los genes de bacterias esta organizada en estructuras que se
llaman operones
No presentan INTRONES , son continuos
EN EL SER OPERON: es una estructura genética constituida por muchos genes,
HUMANO LA muchas regiones codificantes para proteínas, pueden ser 3, 5, 10 hasta 20
TASA DE ERROR
ES < 1 CADA 10‸9 genes que están uno al lado del otro, todos regulados por una única
NUCLEOTIDOS región reguladora que le permite tener a las bacterias codificadas vivas
POR
GENERACION
metabólicas completas reguladas por una sola señal y eso les da la
flexibilidad de repuesta, por eso responden tan rápido a su ambiente,
hace que sean organismos eficientes.
Esta da origen en bacterias al concepto de colinearidad d ellos genes con sus
productos.
Si se lee en el genoma la secuencia de un gen como no hay nada en medio
que interrumpa la información genética, entonces esta secuencia es idéntica
al mensajero y hay una proteína al 100% codificada. Hay una COLINEARIDAD
entre los productos génicos en distintos niveles en los genomas bacterianos.
LOS PROBIOTICOS SON LOS QUE AYUDAN EN EL TRANSITO LENTO
La micro flora intestinal es un microbioma, un conjunto de números de especies desconocidos
de microorganismos que viven en nuestro intestino, viven ahí siempre. La cual por alguna
razón se ve alterada en algún momento de nuestra vida que da origen a que pueda ser
colonizada por bacterias patogénicas que nos causan enfermedades al tracto gastrointestinal.

Gracias a la genómica se han secuenciado todos los genomas de las bacterias

de nuestro intestino y se ha encontrado una diversidad muy potente en
nuestra microflora, hay millones, hay una función directa entre los alimentos
que son procesados
 Cuando se toman
antibióticos, mata
parte de la microflora
y hace mas susceptible
 Nombre áreas donde la genómica ha sido relevante dentro a ser colonizada por
de los tres años. especies resistentes a
antibióticos.
En nuestro intestino con las bacterias
 No solo generan elementos metabólicos para nuestra vida, sino mas
son ………. Sistema inmunológico. Por lo que si no tenemos esta
diversidad de la microflora somos mucho mas susceptibles a
enfermedades del sistema gastrointestinal
 Neutralizan toxinas e impiden la colonización
 A veces las patógenas le roban los nutrientes

Se cree que hay una relación SECUENCIACION DEL GENOMA HUMANO

directa entre la microflora y
el sistema nervioso. Hay
En la actualidad se una la nanotecnología de secuenciación.
bacterias que producen
neurotransmisores que a Con el estudio del genoma se puedes preveer enfermedades
través del nervio vago es relacionadas con el genoma
capaz de mandar diferentes La nanotecnología permite hacer una placa de secuenciación
señales al cerebro. Hay una
comunicación
que es estallado en un vickio por un robot que tiene un rayo
láser y que hace spoten ese vidrio que tiene un diámetro de
44µm . En estos posillos se secuencian los genomas.
 Se están secuenciando comunidades bacterianas.
 En chile se esta secuenciando el genoma chileno.
ORGANIZACIÓN DEL GENOMA ECUARIONTE
INTRONES Y EXONES
 Tiene gran cantidad de ADN esparcido
 Los genes se encuentran separados por una gran cantidad de ADN no
codificantes. Tiene grandes regiones de espacios de secuencias
nucleotídicas que no tienen ninguna secuencia reguladora conocida.
Esta condición aumenta al pasar de unicelular a pluricelular.
 Entre los genes hay espacios y dentro de un mismo gen donde están
las secuencias codificantes hay segmentos no codificantes y se llaman
INTRONES, y las regiones codificantes son los EXONES
 En el ser humano hay una baja densidad genética y dentro de los
mismos genes una baja cantidad codificantes
  Los genomas fueron interrumpiendo sus genes cada vez con mayor
frecuencia e hizo que el numero de exones disminuyera.
 En el ser humano en las células se cambian las regiones reguladoras
dependiendo de la célula donde se exprese el gen A. Si el gen A se unas
en pulmón, va a usar un promotor, si se expresa en un musculo ocupa
otra región reguladora, es por esta que esta fragmentación nos ayuda
a complejizar la regulación de la expresión de los genes del genoma y
reguladoras que hace posible o consecuencia de esta fragmentación de
la información genética.
MAS DEL 90% DEL GENOMA SON SECUENCIAS REPETITIVAS, por lo tanto el
problema de cuando se esta secuenciando en fragmento cromosómico es
que se puede tener una familia de secuencias repetitivas. Ej: LINE
LINE: tiene un tamaño de 7mil pares de bases que se repiten de 3 o 4
nucleótidos. Rio abajo hay otra LINE, la cual cuando se quiere secuenciar hay
problemas de secuenciar una región con la LINE correspondiente.
 Estas secuencias son utilizadas como marcadores. Cuando se hacen
TEST DE PATERNIDAD se UBICA REGIONES HIPERVARIABLES las cuales
se conocen como MICROSATELITALES que sirven para genotificar,
identificar el genotipo de un individuo.
En los test de
paternidad se
analizan 60 sitios
Las zonas hipervariables son distintas entre todos nosotros , por lo
del genoma que tanto si hay un parentesco genético directo con otro individuo mi
son hipervariables secuencia hipervariable va a tener el tiempo para cambiar, pero con 60
estadísticamente losis en el genoma se puede saber la paternidad
El promedio
 Los pseudogenes fueron genes en algún momento dela evolución
de exones por
humano y que por acumulación de mutaciones esos genes se inactivan gen son 10 en
siguieron siendo funcionales generan productos defectuoso. Hay una humanos
0relación directa con las células del cáncer y están en
heterocromatina, las cuales son descondensadas y expresados y hacen
que las células pierdan sus funciones y control de ciclo celular. El
numero es casi igual a los normales.

El porcentaje de secuenciación El 50% del genoma son

que son exones, que codifican secuencias repetitivas
para proteína o ARN son 1,5%
  El promedio es de 10 exones por gen el 75% del genoma codifica,
donde el 80% esta en bajo numero de copias y el 40% en alto numero
de copias, lo cuales pueden estar agrupadas o dispersas en el genoma.
 En los no codificantes están los intrones, pseudogenes y sec. Rep.
 PROCESAMIENTO ALTERNATIVO DE LOS GENES
-UN GEN EUCARIONTE TIENE SU REGION CODIFICANTE ALTAMENTE
Una proteína de
eritrocitos humanos FRAGMENTADA
tiene 22 exones, pero - LAS REGIONES REGULADORAS TAMBIEN SON FRAGMENTADAS EN
no todos se van a DIDTINTAS CELULAS DEL ORGANISMO SE VA A VER UNA ELECCION
expresar en los QUE VA ESTAR REGULADA QUE VA A ELEGIR DISTINTAS
eritrocitos. Elige y da CONVINACIONES DE SEGMENTOS DE EXONES PRESENTES EN ESTE
una proteína única.
GEN.
Hay 4 veces mas
 Aploidia: son las que tienen solo una copia intrones que exones
 Poliploides: tienen 3 copias del genoma o mas. Ej. Plantas
Se dice que aumento la ploidia como un mecanismo de protección para las
mutaciones. Asegura permanencia en el tiempo porque tiene mas copias.
 La complejidad de un organismo se ven con dos variables. Fracción
del genoma ocupada por genes.
 Mientras mayor sea la fracción del genoma ocupada por genes menor
complejo es el organismo. Ej: bacterias.
 Densidad génica que son cuantas kilobases hay que recorre sobre un
cromosoma para encontrar un gen.
 Mientras menor es la densidad génica menor es la complejidad del
organismo. En el humano hay que recorrer
50 kilobases para encontrar 1
gen

Familias génicas: duplicación génica es un mecanismo que apareció en la

evolución de los eucariontes y que permitió aumentar el numero de
copias de un mismo gen y hace que hayar muchos genes de un mismo
tipo. Cada miembro de la familia va hacer cada vez mas diferente lo cual
dará diversidad funcional en los productos génicas de ese genomas
  En el ser humano solo hay un 40% de identidad promedio entre los
genes que son miembros de una misma familia.
 Para replicar el genoma hay 3 genes de la enzima ADN polimerasa
1,2 y 3
 En bacterias solo hay una que replica todo el genoma pero en
humanos hay 3. Estos es posible porque en algún evento de
duplicación génica de nuestros ancestros el gen original sufrió una
copia la cual se incerta rio abajo en el genoma por lo que dio un
segundo gen de ADN polimerasa y si se sigue avanzando en la
evolución , el gen se volvió a copiar y se volvió a integrar en el
genoma dando origen el tercer gen
 Cada gen de ADN polimerasa evoluciono de manera distinta, lo que
provoco que el producto de expresión de cada copia de DNA
polimerasa permitió crear 3 enzimas que hacen cosas distintas. Si
bien la función es la misma (copiar ADN) lo van a copiar en tamaños
distintos y en situaciones distintas ESPECIALIZACION
1- Hay una encargada del 90% de la replicación
2- Hay otra encaragda de ver si en esta replicación hubieron
espacios que no se replicaron y rellena los espacios
3- Su función es que cuando el genoma es dañado con lus
ultravioleta y se repara este segmento, esta rellena ese espacio
dañado.
LOS SERES HUMANOS EN
DE UN MISMO GEN SALEN OTROS ESPECIALIZADOS. COMPARACION CON LOS
PRIMATES TIENEN EL GENOMA
MAS PEQUEÑO CON MENOS
SECUENCIAS REPETITIVAS
 Las secuencias repetitivas de ADN condensado en nuestros
cromosomas son los centrómeros que sirven para anclar el uso
mitótico para posibilitar el movimiento d ellos mismos durante la
división celular.
 También hay en los telómeros ya que gracias a la actividad de la
telomerasa que es una transcriptasa reversa que sintetiza un
motivo, una secuencia repetitiva miles de veces.
 Hay otras secuencias repetitivas que son las BNR y STR que están
agrupadas en algunos losi del cromosomas especifico.
  Hay regiones repetitivas entre los exones de los genes, entre los genes,
regiones centromericas, regiones reguladora en la expresión de los
genes y tenemos clases de región repetitiva que están en las regiones
intergenicas y además largas regiones intergenicas que son largas
secuencias repetitivas
 Los genes ribosomales están en claster, uno al lado del otro centena de
veces y esta en la parte apical de ciertos cromosomas. En el nucleolo
están todos agrupados, todos juntitos y esos clasters descondensados
de manera de permitir la expresión constante de esos genes lo que da
la forma al nucleolo.
 Cuando se comparo la identidad nucleotídica de los genomas, sin
importar la raza hay 99, 98 y 99,2%, lo cual quiere decir que los
genomas son idénticos no solo en el numero de genes o secuencias
repetitivas sino que la secuencia de cada una de sus estructuras
tenemos un 99,9% de identidad o sea so9mo idénticos. Sino una
relación del genoma con el ambiente y eso es plasticidad genotípica
Tenemos 1 de cada 1250 bases
SECUENCIACION APLICACIONES de diferencia

 Ya no solo se va a secuenciar ADN, sino entender como funciona el

genoma
 Resecuencia genomas a bajo costo genomas completos con el
objetivo de encontrar variaciones entre individuos y caracterizarlos.
 Transcriptomas estudia que genes se están expresando en cada tejido
de nuestro organismo y poder compararlas y identificar los genes que
son exclusivos de algún tipo de células. Permitiendo descubrir exones
nuevos que se están expresando, maneras de procesar ese transcrito
de manera distinta permitiendo caracterizar una gran variedad de
ARNs nuevos
- Los RNA están clasificados en dos familias
- RNA pequeños no codificantes
- RNA largos no codificantes
Son RNA codificados por genes pero el producto final es un RNA, no una
proteína.
 Epigenomica podemos entender los patrones de metilacion de todo el
genoma y de esa manera entender que regiones van a pertenecer a la
heterocromatina y eucromatina, nos permite también entender
algunos productos de expresión.
- Se publico el atlas de los transcriptomas de los diferentes tipos de
cancer (que genes se expresan)
- Poder comparar a nivel genomico que hacen las personas sanas y las
enfermas
- Se descubrió en losi en el genomas que cambia hace que la personas
sea mas susceptible a la esquizofrenia