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SEDE MEDELLÍN
FACULTAD DE CIENCIAS
ESCUELA DE QUÍMICA
NOMENCLATURA Y CLASIFICACIÓN
DE ENZIMAS
Por
CONTENIDO
PRESENTACIÓN…………………………………………………………… iv
2.1 Óxido-reductasas…………………………………………………. 6
2.1.1 Deshidrogenasas…………………………………………………... 6
2.1.2 Oxidasas……………………………………………………………. 6
2.1.3 Oxigenasas…………………………………………………………. 7
2.1.4 Peroxidasas………………………………………………………… 8
2.1.5 Reductasas…………………………………………………………. 9
2.2 Transferasas………………………………………………………. 10
2.2.1 Fosfotransferasas………………………………………………….. 10
2.2.2 Aminotransferasas………………………………………………... 11
2.2.3 Metiltransferasas………………………………………………….. 11
2.2.4 Glicosiltransferasas……………………………………………….. 12
2.2.5 Transcetolasas y transaldolasas…………………………………. 12
2.3 Hidrolasas………………………………………………………… 13
2.3.1 Lipasas…………………………………………………………….. 13
2.3.2 Glicosidasas……………………………………………………….. 14
2.3.3 Proteinasas………………………………………………………… 15
2.3.4 Fosfatasas………………………………………………………….. 16
2.4 Liasas……………………………………………………………… 17
2.4.1 Descarboxilasas………………………………………………….. 17
2.4.2 Deshidratasas…………………………………………………….. 18
2.4.3 Desaminasas……………………………………………………… 18
2.4.4 Carboxilasas que no requieren ATP…………………………… 18
2.5 Isomerasas………………………………………………………. 19
2.5.1 Racemasas………………………………………………………... 19
2.5.2 Epimerasas……………………………………………………….. 20
2.5.3 Cis-trans isomerasas…………………………………………….. 20
iii
2.5.4 Mutasas…………………………………………………………… 20
2.5.5 Isomerasas de grupo funcional………………………………… 21
2.6 Ligasas…………………………………………………………… 22
2.6.1 Carboxilasas……………………………………………………... 22
2.6.2 Sintetasas…………………………………………………………. 22
3.1 Óxido-reductasas………………………………………………... 24
3.2 Transferasas……………………………………………………… 24
3.3 Hidrolasas………………………………………………………… 25
3.4 Liasas……………………………………………………………… 25
4.1 Óxido-reductasas………………………………………………. 27
4.1.1 Enzima málica…………………………………………………... 27
4.1.2 Superóxido dismutasa…………………………………………. 27
4.1.3 Nitrogenasa……………………………………………………… 27
4.1.4 Glutamato deshidrogenasa……………………………………. 28
4.1.5 Desaturasas……………………………………………………… 28
4.2 Transferasas……………………………………………………. 29
4.2.1 Piruvato, fosfato dikinasa……………………………………... 29
4.2.2 Sacarosa fosforilasa…………………………………………….. 29
4.2.3 Glucosa-1-fosfato, UTP, uridiltransferasa…………………… 30
4.3 Liasas……………………………………………………………. 31
4.3.1 Fosfoenolpiruvato carboxikinasa…………………………….. 31
4.3.2 Aconitasa……………………………………………………….. 31
5. BIBLIOGRAFÍA……………………………………………… 35
iv
PRESENTACIÓN
El propósito de este escrito es detallar hasta cierto límite el tema del nombre y la
clasificación de las enzimas, que no es lo suficientemente ilustrado en la
mayoría de los textos de Bioquímica, haciendo énfasis en la relación que
lógicamente debe existir entre el nombre, el código numérico y la reacción
química que cataliza. Subyace en el texto el conocimiento estructural que se
debe tener sobre una reacción química para deducir correctamente el nombre y
la clasificación primaria de la enzima que la cataliza.
-Ejemplo:
ENZIMA
NADH H+ CoQ NAD+ CoQH2
Clase 1: Óxido-reductasas.
2
Clase 2: Transferasas.
Clase 3: Hidrolasas.
Clase 4. Liasas.
Clase 5: Isomerasas.
Clase 6: Ligasas.
. Indica el cambio
X: Denota la clase a la cual pertenece la enzima.
químico global que realiza la enzima sobre el sustrato.
ENZIMA
CH2 CH2 CH CH2 NH3
HO NH2 HO
Significado: La enzima es una liasa (clase 4), que rompe un enlace C-N
(subclase 3), para desprender amoníaco (subsubclase 1), en un sustrato que se
llama etanolamina (número 7).
O O O O
ENZIMA -
NH CH C NH CH C NH CH C O H3N CH C
aa R aa R
H2O básico
básico
Significado: La enzima es una hidrolasa (clase 3), que rompe con agua un
enlace peptídico (subclase 4), usando para ello un residuo de serina en su centro
activo (subsubclase 21). Esta enzima es la cuarta (4) agregada a una lista de
proteinasas.
COO
ENZIMA
HC CH HC CH
MALEATO FUMARATO
Código E.C: 5. 2. 1. 1
ENZIMA
2H2O2 2H2O O2
Significado: Es una óxido-reductasa (clase 1), que usa H2O2 como aceptor de
electrones (subclase 11), y como donador a otra molécula de H2O2 (subsubclase
1). Le tocó el sexto lugar en la lista de enzimas.
5
ENZIMA
AMP ATP 2ADP
Código E.C: 2. 7. 4. 3
O O O
ENZIMA
CH3 C SCoA CO2 O C CH2 C SCoA
Código E.C: 6. 4. 1. 2
Significado: Es una ligasa (clase 6), que forma un enlace C-C (subclase 4)
entre el sustrato y el CO2 (subsubclase 1). El sustrato específico es el acetil CoA
(número 2).
6
2.1 ÓXIDO-REDUCTASAS
PO PO
O GLC-6-P DESHIDROGENASA O
O 1.1.1.49
OH
+ +
NADP NADPH H
GLUCOSA-6-P 6-P-GLUCOLACTONA
CIT.C OXIDASA
2Fe2+ (cit. C) 2H+ 1/2 O2 2Fe3+ (cit. C) H2O (1.9.3.1)
7
CISTEAMINA
DIOXIGENASA
HS CH2 CH2 NH2 O S CH2 CH2 NH2 (1.13.11.19)
HO
O2 HIPOTAURINA
CISTEAMINA
CATECOL-1,2-
OH DIOXIGENASA
COOH
(1.13.11.1)
OH COOH
O2
CATECOL CIS,CIS - MUCONATO
Se les llama también oxidasas de función mixta porque oxidan a dos moléculas
en forma ligeramente diferente: al sustrato principal le agregan un oxígeno, y al
otro sustrato le quitan electrones y protones:
FENILALANINA-4-
HIDROXILASA
CH2 CH COO- HO CH2 CH COO-
NH3 NH3
O2 H2O TYR
PHE
TETRAHIDRO DIHIDRO
BIOPTERINA BIOPTERINA (1.14.16.1)
4-HIDROXIFENILACETATO
3-HIDROXILASA
HO CH2 COO- HO CH2 COO-
HO
+ O2 H2 O
NADH H + (1.14.13.2)
NAD
NADH
+ PEROXIDASA
NADH H NAD+ (1.11.1.1)
H2O2 2H2O
GLUTATION
G S H PEROXIDASA G S (1.11.1.9)
G S H G S
H2O2 2H2O
GLUTATION GLUTATION
REDUCIDO OXIDADO
9
CATALASA
H2O2 O2 (1.11.1.6)
H2 O2 2H2O
NITRATO
REDUCTASA
NO3 NO2 H2O (1.6.6.2)
+ +
NADPH H NADP
NITRITO
REDUCTASA
NO2 NH4OH OH (1.6.6.4)
+
3NADPH 3NADP
+
3H
10
NUCLEÓSIDO DIFOSFATO
BASE O BASE
PiPiO O REDUCTASA PiPiO
H2O (1.17.4.1)
HO OH TIOREDOXINA TIOREDOXINA HO
HS SH S S
HN CH COO- D-PROLINA
-
REDUCTASA CH2 CH2 CH2 CH2 COO (1.4.4.1)
NH2
SH SH S S
- -
CH2 COO CH2 COO
4 4
2.2 TRANSFERASAS
Son las enzimas que catalizan aquellas reacciones celulares donde un grupo de
átomos se transfiere de un sustrato a otro. La subclase especifica los grupos que
se transfieren (metilos, formilos, carboxilos, acilos, glicosilos, alquilos, arilos,
grupos nitrogenados, fosforilos, que contienen azufre); la subsubclase detalla
aspectos de esos grupos como el tamaño, la constitución más específica y los
grupos que actúan como receptores.
UTP, hasta un grupo receptor que puede ser un hidroxilo (HO-), un carboxilo (-
COO-), un fosfato (-OPO32-) o un grupo amino (-NH2):
11
COO- CREATINA
COO-
KINASA CH2
CH2
(2.7.3.2)
H3C N H3C N
C O
C ATP ADP
-
H2N NH2 H2N NH P O
O-
CREATINA P-CREATINA
O
H2N
H2N C COOH ALA, alfa-KG O CH COOH
CH COOH AMINOTRANSFERASA C COOH
CH2 CH2
CH3 CH3
CH2 (2.6.1.2) CH2
ALA COO- PIRUVATO COO-
alfa KG GLUTAMATO
SERINA HIDROXIMETIL
H2N CH COOH
TRANSFERASA
H2N CH2 COOH H2O (2.1.2.1)
CH2
OH GLICINA
THF THF CH2
SERINA
GLUCÓGENO
UDP-GLUCOSA
GLUCOSILTRANSFERASA
O O
O O O
O O A
HO O O O
HO
O UDP
A
GLUCÓGENO (n) O UDP
HO GLUCÓGENO (n+1)
C CH2OH CH C CH2OH
O OH O
CH2OH
CH2OH
C O O CH
O CH C O
TRANSCETOLASA
(2.2.1.1)
CH2OP
CH2OP CH2OP
G-3-P
CH2OP XILULOSA-5-P RIBOSA-5-P
SEDO
HEPTULOSA-7-P
CH2OH
CH2OH
C O
C O HC O
HC O
TRANSALDOLASA
CH2OP
(2.2.1.2)
CH2OP
G-3-P CH2OP
CH2OP ERITROSA-4-P
FRUCTOSA-6-P
SEDO
HEPTULOSA-7-P
2.3 HIDROLASAS
Las hidrolasas más comunes incluyen a las lipasas, las glicosidasas, las
proteinasas y las fosfatasas.
2.3.1 LIPASAS: Son las enzimas que actúan sobre los lípidos, hidrolizando
enlaces tipo éster. Realmente son esterasas:
14
O
O CH2O C R TRIACILGLICEROL CH2OH
LIPASA
R C OCH O H OCH (3.1.1.3)
CH2O C R O CH2OH
-
3 H2 O 3 R C O
O
LACTASA O O
O O (3.2.1.108)
Insulisina (3.4.24.56): Es una peptidasa que actúa que actúa sobre la hormona
insulina y sobre el tripéptido glucagón, degradándolos. También se conoce con
el nombre de insulinasa:
-
COO O COO
- O -
H - O
N O INSULISINA O
- H3N
-
H 3N N (3.4.24.56) H 3N O H 3N
H CH2 O
O CH2 O O
SH SH
2 H 2O GLUTAMATO GLICINA
GLUTATIÓN CISTEÍNA
16
2.3.4 FOSFATASAS: Son las enzimas que rompen hidrolíticamente los enlaces
fosfoéster y fosfoanhídridos:
FRU-1,6-BP
PO O OP HIDROLASA PO O OH
(3.1.3.11)
H2O Pi
FRU-1,6-BP FRU-6-P
O O PIROFOSFATASA O
INORGÁNICA
O P O P OH H2O 2 O P OH (3.6.1.1)
O O O
PIROFOSFATO FOSFATO
4 ATP asa 3 2
ATP H2O ADP Pi H+ (3.6.1.36)
17
2.4 LIASAS
COO- PIRUVATO H
DESCARBOXILASA
+
C O H C O CO2
(4.1.1.1)
CH3 CH3
PIRUVATO ACETALDEHÍDO
COO- ACETOACETATO
DESCARBOXILASA
CH3
CH2
H+ C O CO2
(4.1.1.4)
C O
CH3
CH3
OXALOACETATO PIRUVATO
18
COO-
2-P-GLICERATO COO-
DESHIDRATASA
CH OP C OP H2O (4.2.1.11)
FENILALANINA
AMONIOLIASA
- -
CH2 CH COO CH CH COO NH3
(4.3.1.5)
NH3
COO-
COO- PEP-
CARBOXILASA
C O
C OP CO2 H2O Pi
CH2
CH2 (4.1.1.31)
COO-
PEP OAA
19
COO-
-
COO
PEPCK C O
C OP CO2 GDP GTP
(4.1.1.32) CH2
CH2
COO-
PEP OAA
Dos liasas importantes son: citrato liasa (4.1.3.8), que hace parte del sistema
lanzadera del citrato, e isocitrato liasa (4.1.3.1), que participa en el ciclo del
glioxilato.
2.5 ISOMERASAS
Entre las isomerasas mas frecuentes están las racemasas, las epimerasas, las
mutasas, las cis-trans isomerasas y las isomerasas de grupo funcional.
COOH COOH
L-ASPARTATO D-ASPARTATO
20
CH2OH CH2OH
RIBULOSA-5-P
C O 3-EPIMERASA O
C
(5.1.3.1)
CH2OP CH2OP
D-RIBULOSA-5-P D-XILULOSA-5-P
COO-
MALEATO FUMARATO
CH CH ISOMERASA CH CH (5.2.1.1)
-
OOC COO OOC
MALEATO FUMARATO
3-P-GLICERATO 2-P-GLICERATO
H C O TRIOSA FOSFATO
CH2OH
ISOMERASA
CHOH C O (5.3.1.1)
CH2OP CH2OP
GLICERALDEHÍDO DIHIDROXIACETONA
3-FOSFATO FOSFATO
2.6 LIGASAS
COO-
COO- PIRUVATO
CARBOXILASA
CO2 C O (6.4.1.1)
C O
CH2
CH3
COO-
ATP + H2O ADP + Pi
PIRUVATO
OAA
O ACETIL CoA O
SINTETASA
CH3 C OH HSCoA CH3 C SCoA (6.2.1.1)
Formación de glutamina:
COOH
COOH GLUTAMINA
H2N CH
H2N CH SINTETASA
NH3 CH2 (6.3.1.2)
CH2
CH2
CH2 ATP ADP + Pi
C
COOH O NH2
GLUTAMATO
GLUTAMINA
Formación de un péptido:
CH3
CH CH3 O
H2N COOH D-ALANIL ALANINA
SINTETASA CH NH C
OH (6.3.2.4)
H2 N C CH
CH3 O CH3
Las sintasas no constituyen una categoría o clase como tal; es un término que se
aplica genéricamente a una serie de enzimas, cuyas actividades se concretan en
catalizar la síntesis o formación de una sustancia sin requerir la energía de
hidrólisis de un nucleótido.
3.1 ÓXIDO-REDUCTASAS
O PIRUVATO O
SINTASA -
CH3 C SCoA CO2 CH3 C COO HSCoA (1.2.7.1)
FERREDOXINA FERREDOXINA
REDUCIDA OXIDADA
3.2 TRANSFERASAS
LACTOSA O
O O SINTASA
O O (2.4.1.22)
O UDP
3.3 HIDROLASAS
ATP SINTASA
ATP H2O ADP Pi H+ (3.6.1.36)
3.4 LIASAS
Para las dos últimas enzimas, estas son las reacciones que catalizan:
-
O CITRATO H2C COO-
O C COO SINTASA -
-
CH3 C SCoA HO C COO (4.1.3.7)
H2C COO -
H2C COO
H2 O HSCoA
OXALOACETATO
CITRATO
26
COO- O 2-ACETOLACTATO
COO- O
O C OOC C CH3 SINTASA HO C C CH3 CO2
Sobre las dos carboxilasas que no requieren ATP descritas en el apartado de las
liasas (fosfoenolpiruvato carboxilasa y fosfoenolpiruvato carboxikinasa),
realmente podrían ser dos sintasas, que no se denominan así porque tendrían el
mismo nombre: oxaloacetato sintasa, y no habría forma de diferenciarlas.
27
4.1 ÓXIDO-REDUCTASAS
COO-
COO-
HO CH ENZIMA MÁLICA
C O CO2 (1.1.1.39)
CH2
CH3
COO- NADP+ NADPH + H+
PIRUVATO
L-.MALATO
SUPERÓXIDO
+ DISMUTASA
2 O2 2H O2 H2O2 (1.15.1.1)
NITROGENASA
N2 6 H+ 2 NH3 (1.18.6.1)
COO- COO-
GLUTAMATO
H2N CH DESHIDROGENASA C O
H2O NH3
CH2 CH2
CH2 CH2
NAD(P)+ NAD(P)H
COO -
H+ COO-
GLUTAMATO alfa-CETOGLUTARATO
Existen tres formas isoenzimáticas, con el mismo nombre pero con diferente
código:
O
9 ESTEAROIL CoA O
C DESATURASA 10 9
C
SCoA
SCoA
ESTEAROIL CoA OLEOIL CoA
O2
2 H2O
(1.14.99.5)
NAD(P)H NAD(P)+
H+
4.2 TRANSFERASAS
Es una enzima que transfiere dos grupos fosforilos desde el ATP hacia dos
receptores: piruvato y fosfato. Por ello se llama dikinasa.
O
SACAROSA O
FOSFORILASA O O
O (2.4.1.7)
O -
O P O
O-
O
- GLUCOSA-1-FOSFATO FRUCTOSA
SACAROSA HO P O
O-
Aparentemente esta enzima se podría mirar como una liasa que usa el dianión
fosfato para romper la molécula de sacarosa, pero su código numérico la ubica
en la clase de las transferasas, indicando que el cambio químico es en forma
preferencial una transferencia del radical glucosilo desde la molécula de
sacarosa hasta el dianión fosfato.
NH
GLUCOSA-1-FOSFATO,UDP, O
O O O
O URIDILTRANSFERASA N O
- O P O P O O
O P O
O- O-
O- O O
4.3 LIASAS
COO-
COO-
C O PEPCK
C OP CO2 (4.1.1.32)
CH2
CH2
COO- GTP GDP
OAA PEP
4.3.2 ACONITASA (4.2.1.3). Es una liasa del Ciclo del Ácido Cítrico que
cataliza en los dos sentidos la siguiente reacción:
32
O COMPLEJO PIRUVATO O
DESHIDROGENASA
-
CH3 C COO HSCoA CH3 C SCoA CO2
O PIRUVATO O
S S
-
DESHIDROGENASA
CH3 C COO CH2 CO2H CH3 C S SH
4
(1.2.4.1) CH2 CO2H
4
ÁCIDO LIPOICO CO2 ÁCIDO ACETIL
DIHIDROLIPOICO
C S SH DIHIDROLIPOIL
CH3 HS SH
TRANSACETILASA
CH2 CO2H CH2 CO2H (2.3.1.12)
4 4
O
ÁCIDO ÁCIDO
S-ACETIL DIHIDROLIPOICO HSCoA CH3 C SCoA DIHIDROLIPOICO
DIHIDROLIPOIL
HS SH S S
DESHIDROGENASA
CH2 CO2H
4
CH2 CO2H
4
(1.8.1.4)
BIBLIOGRAFÍA