CENTRO DE INVESTIGACIÓN Y ESTUDIOS AVANZADOS DEL INSTITUTO

POLITÉCNICO NACIONAL

“Análisis de Estructura de mRNA de Filamina B”

PRESENTA
Rodolfo Daniel Ávila Avilés

Profesor
Dr. Javier Hernández Sánchez

FEBRERO 2019
 Análisis de Estructura de mRNA de Filamina B
La filamina B (FLNB) o proteína de unión a actina 278, es una proteína citoplásmica codificada en humanos por el gen
flnB. Dentro de sus funciones conecta los constituyentes de la membrana celular al citoesqueleto de actina; así mismo
puede promover la ramificación ortogonal de los filamentos de actina y vincular los filamentos de actina a las
glicoproteínas de membrana y anclar varias proteínas transmembrana al citoesqueleto de actina. La interacción con
FLNA (Filamina A) puede permitir la migración de neuroblastos desde la zona ventricular hacia la placa cortical.
Diversas interacciones y localizaciones de las isoformas afectan la morfología y la miogénesis de los miotubos.1

Metodología

Para el análisis del plegamiento estructural del RNA mensajero de la Filamina B humana; se ocupó una variante de
splicing de la clona HP04958-ARi12F08, correspondiente al mRNA de la FLNB de Homo sapiens; el cual fue obtenido
de la base de datos GenBank con numero de acceso AB371582.1. Dicho mRNA tiene una extensión de 7973 nucleótidos
(nt), considerando un ORF del nucleótido 144 al 7952 que codifican para una proteína (BAG48311.1) de 2602
aminoácidos.

Para promover un mejor análisis estructural se realizaron dos archivos en formato fasta provenientes del original
tomado de GenBank; el primero de ellos considera 15 nt rio arriba del codón de inicio de la traducción y 15 nt rio abajo
siendo así un total de 30 nt siendo etiquetado como FLNB30 y una segunda cadena nucleotídica que considera 15nt
rio arriba del codón de inicio y 185nt rio abajo del mismo siendo nombrada como FLNB200.

La cadena FLNB30 fue sometida a un análisis de estructura secundaria utilizando el servidor web mfold2. Por su parte
la cadena FLNB200 fue sometida a un análisis de estructuración y formación de pseudonudos utilizando el servidor
web IPknot3 utilizando un modelo de puntuación McCaskill, sin parámetros de refinamiento.

Resultados

La estructura obtenida para FLNB30 fue la siguiente:

La cual fue calculada con un ΔG = -2.90 el menor entre las predicciones obtenidas. La estructuración secundaria
de FLNB30 considera la formación de dos estructuras tipo tallo-burbuja una cercana al 5´ y otra al 3´ con tallos
ricos en CG, mientras que el codón de inicio de la traducción se encuentra en una región de cadena sencilla entre
estas dos estructuras. Sin embargo, la secuencia de reconocimiento del sitio de inicio (secuencia Kozak) se
encuentra estructurada en doble cadena.

1 https://www.uniprot.org/uniprot/O75369
2 M. Zuker. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Nucleic Acids Res. 31 (13), 3406-15, (2003)
3 K. Sato, Y. Kato, M. Hamada, T. Akutsu and K. Asai, IPknot: fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using

integer programming, Bioinformatics, 27, i85-i93, 2011.

Para la cadena FLNB200 se obtuvo la siguiente estructura:

5´

3´

La estructuración de FLNB200 es una estructuración compleja de estructuras tallo y burbuja que interaccionan a lo
largo de toda la cadena, plegando prácticamente la cadena sobre sí misma; así mismo las regiones de doble cadena
aparte de ser abundantes son ricas CG que generan una estructuración estable. El sitio de inicio de la traducción,
marcado con círculos rojos, se encuentra en la transición de una burbuja-tallo o transición de cadena sencilla a doble
cadena precedido por un extremo 5´ mayoritariamente en doble cadena; de igual manera que la secuencia Kozak
(círculos verdes). Aparte de la estructuración de tallo y burbuja se predice la formación de un pseudonudo que
considera los tres loops superiores estos estos son formados rio debajo del inicio de la traducción. El siguiente grafico
por su parte muestra las interacciones por puentes de hidrogeno entre los nucleótidos de la cadena FLNB200
disponiendo la cadena en dirección 5´-3´
Conclusión

Considerando las estructuras de FLNB30 y FLNB200, podemos concluir que la estructuración secundaria de FLNB30, la
ausencia de pseudonudos y el posicionamiento del codón de inicio y la secuencia Kozak puede de alguna manera
dificultar la traducción del mensajero dado que la secuencia que ayuda al reconocimiento del codón de inicio se
encuentra estructurado en doble cadena siendo una cadena de CG que proporciona mayor estabilidad a la estructura,
sin embargo su complejidad estructural es menor que la de FLNB200 por lo que es más probable su traducción con
respecto a la otra. Por su parte la cadena FLNB200 altamente estructurada y plegado sobre si misma, con regiones de
doble cadena ricas en CG y con las secuencias de reconocimiento del codón de inicio de la traducción bloqueado en
doble cadena dificultan el inicio de la traducción; además de esto rio abajo se encuentra la formación de un
pseudonudo que puede inducir a la pausa en la traducción o a la dificultad para su realización.

Suplementario:

Por su parte un análisis de estructura secundaria del mRNA completo rebelo la siguiente estructura:

Donde el sitio de inicio de la traducción, así como la secuencia Kosok se encuentran en doble cadena de alguna
manera dificultando la traducción del mensajero.