358010A 291 Modulo Microbiologia Ambiental UNAD PDF

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA – UNAD
Escuela de Ciencias Agrícolas, Pecuaria y del Medio Ambiente

Microbiología Ambiental 358010A_291
UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA

ESCUELA DE CIENCIAS AGRÍCOLAS, PECUARIA Y DEL AMBIENTE
MICROBIOLOGÍA AMBIENTAL 358010A_291
Autor
CARMEN JULIA PADILLA PEDROZA, MICROBIOL. M.SC
VALLEDUPAR
2011
1
ÍNDICE
Pagina
UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE MICROBIOLOGÍA Y
METABOLISMO MICROBIANO
Capítulo 1. Mundo microbiano
Lección 1. Etapas históricas de la microbiología 4
Lección 2. Microbiología 5
Lección 3. Microorganismos como células 6
Lección 4. Importancia de los microorganismos para el hombre 7
Lección 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales 8
Capítulo 2. Perspectiva general de la vida microbiana
Lección 6. Estructura celular en procariotas 9
Lección 7. Estructura celular en eucariotas 15
Lección 8. Estructura vírica 19
Lección 9. Morfología de bacterias 22
Lección 10. Microscopía óptica y electrónica 23
Capítulo 3. Metabolismo microbiano
Lección 11. Reacciones metabólicas y conservación de la energía 27
Lección 12. Glucólisis 29
Lección 13. Ciclo del ácido cítrico 32
Lección 14. Fotosíntesis en microorganismos 34
Lección 15.Alternativas catabólicas 37
UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA
Capítulo 4. Crecimiento microbiano
Lección 16. Crecimiento celular y fisión binaria 38
Lección 17. Curva de crecimiento 40
Lección 18. Medidas directas del crecimiento microbiano 41
Lección 19. Factores físicos en el crecimiento microbiano 44
Lección 20. Oxígeno y el crecimiento microbiano 46
Capítulo 5. Eucariota y procariota
Lección 21. Archea 48
Lección 22. Hongos 51
Lección 23. Hongos mucosos 55
Lección 24. Protozoos 56
Lección 25. Algas 60
Capítulo 6. Sistema de vida anaerobio
Lección 26. Respiración anaerobia 63
Lección 27.Reducción del nitrato y proceso de desnitrificación 65
Lección 28. Reducción de sulfatos 66
Lección 29. Metanogénesis 69
Lección 30. Acetanogénesis 71
2
UNIDAD 3. ECOLOGÍA Y MICROBIOLOGÍA

Capítulo 7. Métodos para estudiar microorganismos
Lección 31. Análisis de las comunidades microbianas basado en
73
técnicas de cultivo
Lección 32. Aislamiento de cultivo axénico 75
Lección 33. Análisis molecular de las comunidades microbianas 73
Lección 34. Técnicas moleculares usadas en la microbiología y
81
biotecnología
Lección 35. Medición de la actividad microbiana en la naturaleza 85
Capítulo 8. Relaciones microbianas, comunicación celular y
ciclo de nutrientes
Lección 36. Ecosistemas microbianos 86
Lección 37. Comunicación celular 89
Lección 38. Ciclo del carbono y del oxígeno 91
Lección 39. Ciclo del nitrógeno 93
Lección 40. Ciclo del azufre 96
Capítulo 9. Aplicaciones de la microbiología ambiental
Lección 41. Tratamiento de residuos sólidos 98
Lección 42. Tratamiento de agua potable 101
Lección 43. Biorremediación 104
Lección 44. Biodegradabilidad y efectos ecológicos 108
Lección 45. Biorremediación de petróleo y otros contaminantes 111
3
UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE MICROBIOLOGÍA Y METABOLISMO MICROBIANO
Capítulo 1. Mundo microbiano
Lección 1. Etapas históricas de la microbiología
Durante muchos siglos el hombre desconoció la existencia de microorganismos, su

ecología e interacciones con otros seres vivos y mucho menos su relación con las
enfermedades, la mayoría de ellas asociadas a castigos divinos individuales o colectivos
por causa de pecados, crímenes y delitos. La historia de la microbiología inició en 1665
cuando Robert Hooke descubrió con la ayuda de un microscopio rudimentario la
existencia de pequeñas celdas en una rodaja de corcho “celdillas” y la presencia de
cuerpos fructíferos de mohos en un objeto de cuero. Aunque es posible que el primero
en observar bacterias haya sido el reservado comerciante telas y científico aficionado, el
holandés Anton Van Leeuwenhoek quien con microscopios fabricados por él pudo
observar pequeños organismos “animálculos”, obtenidos de heces y raspado de dientes,
espermatozoides y microorganismos que hoy conocemos como algas y protozoos; todas
sus anotaciones y descubrimientos fueron escritas y enviadas a la Royal Society de
Londres la cual también recibió varios microscopios fabricados por este científico
aficionado.
La teoría de la generación espontánea era la más aceptada por la mayoría de los

científicos de la época, muchos creían que sapos podían nacer del suelo húmedo y
gusanos de materia en descomposición. Pero otros, como los italianos Francesco Redi
(1668) y Lazzaro Spallanzani (1765) respectivamente, afirmaban que los gusanos
aparecían porque eran depositados por moscas y que los caldos nutritivos se
contaminaban por acción de microorganismos presentes en el aire. Sólo hasta 1861 el
científico francés Louis Pasteur desaprobó la generación espontánea y demostró a través
de una serie de experimentos empleando matraces que contenían caldo de carne a los
que les dobló el cuello en forma de S y posteriormente hirvió, probó que al transcurrir del
tiempo en la solución fría y estéril no aparecían microorganismos, mientras que el matraz
sin cuello doblado estaba lleno de microorganismos. Con esto demostró que a pesar de
tener contacto con el aire el matraz del cuello doblado los microorganismos quedaban
atrapados en éste y por lo tanto los microorganismos están presentes en el aire pero que
el aire per se no creaba los microbios. Pasteur tuvo otros descubrimientos como la
fermentación de levaduras, modo en que actúan las vacunas, la pasteurización, proceso
muy empleado actualmente para la esterilización o disminución de carga microbiana en
muchos tipos de alimentos y la relación de microorganismos en la causa de
enfermedades(Tortora, Funke y Case, 2007).
Aunque en 1796 el físico inglés Edward Jenner desarrolló la primera vacuna contra la
viruela y el médico inglés Joseph Lister en 1860 practicó técnicas asépticas en cirugías
para contrarrestar las enfermedades causadas por los microorganismos, sólo hasta 1876
el físico alemán Robert Koch demostró pasos experimentales que relacionaban
4
enfermedades con microorganismos específicos, conocidos como postulados de Koch

(Tortora et al. 2007). Desde los años de observaciones de Hooke y descubrimientos al
azar como el de los antibióticos por el escocés Alexander Fleming en 1928, la
microbiología sigue teniendo vertiginosos avances para contrarrestar no sólo
enfermedades en el hombre si no también patógenos en plantas y animales; además de
aprovechar todos aquellos microorganismos benéficos los cuales superan número en la
población microbiana.
NOTA:
Favor ver los videos sobre historia de la microbiología en los siguientes enlaces:
http://www.youtube.com/watch?v=vPGcszfMZjM&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=GBIw1qAOBjA&feature=related
Lección 2. Microbiología
Es la ciencia que trata el estudio de los microorganismos. La palabra microbiología deriva

de las voces griegas mikros, pequeño; bios, vida y logos, estudio, es decir
etimológicamente estudia organismos demasiado pequeños para ser observados a
simple vista. También llamados microbios. El objeto de estudio de la microbiología incluye
bacterias, hongos, protozoos y virus, estos últimos a pesar de no ser entidades celulares
definidas pueden afectar a su huésped (Llop, Valdés-Dapena y Zuazo, 2001; Tortora et
al. 2007).
La microbiología ambiental es una su disciplina que estudia la función, diversidad de los

microorganismos y su papel en la realización de procesos tanto en sistemas naturales
como artificiales. Esta área de la microbiología es especialmente interdisciplinaria
(Madsen, 2008).
Todos los seres vivos tienen características estructurales en común que permite a los
taxónomos agruparlos y clasificarlos para poder asignarles un nombre científico. La
sistemática o filogenia estudia la clasificación de las especies considerando su historia
evolutiva.
La mayor categoría taxonómica que divide a los organismos vivos es el Dominio,

propuesta por el científico estadounidense Carl Woese, existen tres dominios: Eukarya,
Bacteria y Archaea. En Eukarya se encuentran los hongos, plantas, animales y protistas.
En Bacteria, las procariotas patógenas y no patógenas presentes en aire, suelo y
agua, las procariotas fotoautótrofos. Y por último en el dominio Arquea se agrupan todas
5
las células procariotas que no tienen peptidoglicano en su pared celular, las cuales en su
mayoría viven en ambientes extremos o tienen actividades metabólicas poco comunes
(Tortora et al. 2007).
La unidad fundamental de la clasificación es la especie, son el grupo más estrechamente

relacionado que tiene la capacidad de reproducirse entre si. Las especie pueden
agruparse y formar géneros, los géneros relacionados forman una familia y las familias
similares un orden y el grupo de órdenes constituyen una clase y las clases relacionadas
forman un filo y éstos un reino y los reinos relacionados se agrupan en dominios (Tortora
et al. 2007).
Los virus no están considerados como seres vivos por lo tanto no se ubican en ninguno
de los dominios descritos anteriormente.
NOTA:
Leer la sección 1.1 Microbiología en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J.
(2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice
Hall.
Para descargar este libro usar este enlace:
http://www.4shared.com/get/YS071GWm/Biologa_de_los_Microorganismos.html
Dar click en descargar ahora. Esperar el tiempo estipulado en el cronómetro y

dar click en descargar archivo ahora, así obtendrá el libro en formato pdf. Debe
guardarlo, se usará con frecuencia en el desarrollo del módulo. Sería ideal revisar
la tabla del contenido del libro para reforzar todas las lecciones.
Lección 3. Microorganismos como células
La célula es la unidad estructural y funcional de todos los seres vivos. Existen

microorganismos unicelulares, es decir, aquellos que constan de una sola célula como
es el caso de las bacterias, levaduras, protozoos y muchas algas; y los multicelulares, que
están constituidos por muchas células como la mayoría de los hongos. Las células como
entidades estructurales poseen una membrana celular o plasmática que las separa del
entorno, algunas también tienen pared celular, la cual siempre está al exterior de la
membrana celular, un citoplasma que es donde se realizan la mayoría de las actividades
funcionales y un núcleo o nucleoide (procarión), para las que no tienen un núcleo definido
que contiene la información genética.
6
La célula es un sistema abierto que intercambia materia y energía con el entorno para
realizar todas sus reacciones bioquímicas y físico-químicas, es decir, su metabolismo,
éste le permite el crecimiento o reproducción donde a partir de una célula se genera otra
célula hija gracias a las actividades de síntesis celular, el movimiento le permite
desplazamiento y la comunicación celular capacidad para interactuar con otras células y
activar así ciertos genes indispensables en la supervivencia de la especie, todos ellos
importantes en la continuidad de la misma (Madigan, Martinko y Parker, 2003).
NOTA:
Leer la sección 1.2 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Lección 4. Importancia de los microorganismos para el hombre
Si le diéramos la opción a un grupo de personas para mencionar una palabra que asocie
con microorganismos posiblemente la mayoría diría enfermedad, porque desconocen que
sólo unos pocos respecto a la población son patógenos (producen enfermedades); la
mayoría de los ellos cumplen un papel fundamental e irremplazable en el ecosistema
como veremos en la próxima lección. Aunque gracias a la aparición de enfermedades y
pestes en tiempos atrás se desarrollaron las primeras teorías de la microbiología, hoy
después de muchos avances científicos los microorganismos son utilizados en diferentes
áreas que benefician al ser humano. Entre ellas tenemos:
La industria alimentaria, no sólo se han diseñado nuevas estrategias para combatir a los
microorganismos que contaminan los alimentos y causan enfermedades alimentarias
sino que muchos de ellos son básicos en la producción de alimentos como los lácteos
(quesos, yogur, mantequilla), carnes (carnes maduradas), vegetales enlatados o
encurtidos (coles, pepinillos, pimentones, cebollas, zanahorias etc), bebidas alcohólicas
(vinos, cerveza, sidra, etc), vinagre, o en la producción del pan donde se usan cepas
microbianas que ayudan al proceso de fermentación, acidificación y/o maduración; e
incluso el consumo de hongos como es el caso de los champiñones que tienen alto valor
nutricional.
En la industria farmacéutica y biotecnológica los microorganismos son clave para la

obtención a bajo costo y en grandes cantidades de metabolitos (aminoácidos, vitaminas,
enzimas, antibióticos, compuestos orgánicos, promotores de crecimiento vegetal),
producción de organismos transgénicos y en el desarrollo de técnicas con DNA
recombinante e ingeniería genética.
7
En la agricultura no sólo causan enfermedades en plantas (fitopatógenos) sino que

también a través de las interacciones procariota-eucariota o procariota-procariota pueden
beneficiar a las plantas gracias a procesos simbióticos que le permiten a éstas tomar los
nutrientes presentes en el medio con mayor facilidad o el control de plagas gracias al uso
de bacterias. También gracias a los microorganismos se han desarrollado a través de
ingeniería genética plantas transgénicas resistentes a enfermedades y con niveles de
producción elevados respecto a las plantas silvestres (esto todavía requiere muchos
estudios de efectos secundarios y tiene implicaciones éticas).
Con el aumento de la población y el desarrollo tecnológico también se elevan los niveles

de contaminación en fuentes de aguas y suelos, derrames de crudo y compuestos
recalcitrantes o metales pesados los cuales son muy difíciles de remover y degradar pero
gracias a la amplia actividad metabólica microbiana muchos microorganismos usan esos
compuestos como sustrato ofreciéndole al hombre otra aplicación vital para la
conservación y restauración del medio ambiente, la biorremediación.
NOTA:Por favor leer los siguientes

artículos:http://bibliotecadigital.ilce.edu.mx/sites/ciencia/volumen1/ciencia2/43/html/sec_8.ht
ml http://www.musalit.org/pdf/IN060651_es.pdf
Leccción 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales
La ecología microbiana estudia las relaciones entre el microorganismo y su ambiente

natural. Estos organismos viven en ambientes competitivos y en ocasiones extremos
(agua de termales) pero gracias a las asociaciones de células o individuos se forman
conjuntos llamados poblaciones, donde éstas a su vez pueden agruparse para establecer
comunidades microbianas e interactuar dentro de un lugar determinado llamado nicho.
Dentro de un ecosistema se establecen relaciones simbióticas, es decir, las interacciones

entre organismos y poblaciones coexistentes donde se puede o no obtener beneficios,
por ejemplo, las micorrizas (myco = hongo; rhiza = raíz) participan en el desarrollo de las
plantas ya que sirven como pelos de las raíces y absorben nutrientes que a la planta sola
le sería dificultoso y luego los libera de forma gradual para que los pueda asimilar, otro
ejemplo sería la producción de vitamina K por bacterias intestinales en los seres
humanos.
Además de este tipo de asociaciones gracias a los microorganismos se puede mantener

el equilibrio entre lo biótico y abiótico, por ejemplo, las bacterias que participan en el ciclo
de nitrógeno ayudan a degradar residuos e incorporan el nitrógeno presente del aire en
compuestos orgánicos. También participan en los ciclos biogeoquímicos del carbono y
azufre.
NOTA:Leer la sección 1.3 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock
8
Capítulo 2. Perspectiva general de la vida microbiana
Lección 6. Estructura celular en procariotas
Aunque las células eucariotas y procariotas tienen una complejidad que les permite
realizar todas las funciones metabólicas para su mantenimiento y supervivencia existen
características estructurales que ayudan a diferenciarlas, a continuación describiremos
la composición estructural y funcional de células procariotas, eucariotas y la de los virus.
Células procariotas
Son organismos unicelulares que carecen de un núcleo definido, su nombre se deriva del
griego pro = antes de; karion = núcleo. El material genético de estas células, al contrario
de las eucariotas se encuentra en el citoplasma y no en el núcleo. Este es un grupo muy
diverso y con diferencias estructurales que nos permiten su clasificación. Está
conformado por bacterias y archaea, dividas en base a la composición de la pared celular
(figura 1).
Figura 1. Estructuras celulares de una procariota (tomado de Tortora et al. 2007).
 Glicocálix
Es una capa gelatinosa de polisacáridos y/o polipéptidos secretados por las células al
exterior de la pared celular que está relacionada con la virulencia (capacidad de producir
enfermedad), adherencia a superficies, reservas de energía, protección a la
deshidratación, lesiones y salida de nutrientes. Cuando la capa está firmemente unida y
9
de manera organizada a la pared celular se le llama cápsula de lo contrario se considera

una capa mucilaginosa (Tortora et al. 2007).
 Flagelos
Son apéndices largos y finos que se proyectan hacia el exterior y propulsan a las
bacterias permitiéndoles el movimiento y desplazamiento. El flagelo consta de tres partes:
el filamento, que es la parte más larga y externa compuesto por una proteína globular
llamada flagelina, el gancho y por último el cuerpo basal que está compuesto por anillos
que lo fijan a la pared y membrana celular (figura 2).
No todas las bacterias tienen flagelos (átricas), peros las que los tienen pueden adoptar
diferentes disposiciones alrededor de la célula. Entonces las bacterias pueden ser
monotricas (un solo flagelo polar), lofotricas (dos o más flagelos en uno o ambos extremos
de la célula), anfitricas (un flagelo en cada extremo de la célula) y perítricas (muchos
falgelos alrededor de la celula). Los flagelos no pueden verse a simple vista en el
microscopio óptico con la ayuda de tinciones o en el microscopio electrónico.
Figura 2. Estructura flagelar en bacterias. (a) Bacterias gramnegativas, (b) bacterias grampositivas
(tomado de Tortora et al. 2007).
 Fimbrias y pili
Son apéndices más cortos, rectos y finos que los flagelos compuestos por subunidades
proteicas de pilina. Las fimbrias pueden estar en los polos o distribuidas en toda la
10
superficie celular y cumple funciones de fijación, mientras que el pili que es más largo
que las fimbrias y sólo se encuentran uno o dos por célula; cumple funciones de
transferencia intercelular de ADN en el proceso de conjugación, también es llamado pili
sexual.
 Pared celular
Es una estructura compleja y rígida que delimita, da forma y brinda protección ante la lisis
celular dada la fragilidad de la membrana citoplasmática y la presión osmótica a la que
está sometida por el entorno extracelular, también juega un papel importante en la
división celular y en su propia biosíntesis. Está compuesta
por peptidoglucano (mureína) un heteropolímero constituido por N-acetilmurámico
(NAM) y N-acetilglucosamina (NAG), aminoácidos de cadena lateral y puentes
transversales de aminoácidos.
Las bacterias se clasifican según la composición de la pared celular en grampositivas y

gramnegativas (figura 3); las grampositivas además de una capa gruesa de
peptidoglucano tienen elevadas concentraciones de ácidos teicoicos mientras que las
gramnegativas no, pero éstas en cambio están formadas por una capa más delgada de
peptidoglucano que a su vez está cubierta por una membrana externa de
lipopolisacáridos (LPS), lipoproteínas, porinas y fosfolípidos (Llop et al. 2001; Madigan et
al. 2003; Tortora et al. 2007).
Figura 3. Pared celular bacteriana. Arriba se muestra la estructura de células grampositivas y debajo de
células gramnegativas (tomado de Tortora et al. 2007).
11
Existen células procariotas que no tienen pared celular o algunas son muy escasas como
es el caso del género Mycoplasma pero en cambio tienen una membrana plasmática con
esteroles. Las procariotas del dominio archaea no constan de pared celular con
peptidoglucano, siendo esta la principal característica de este dominio (Tortora et al
2007).
 Membrana plasmática, citoplasmática o celular
Es una estructura delgada que rodea al citoplasma y actúa como una barrera
semipermeable y selectiva entre el interior y exterior de la célula controlando así el
ingreso y salida de sustancias; también gracias a la presencia de diferentes enzimas
participa en la degradación de nutrientes, la generación de energía (ATP) y fotosíntesis.
Está compuesta por una bicapa lipídica constituida en su mayoría por fosfolípidos y
proteínas, éstas últimas pueden ser de superficie (periféricas) o transmembranales
(integrales) que facilitan la catálisis y transporte de sustancias. Los iones divalentes de
calcio y magnesio contribuyen a la estabilidad iónica de la membrana celular. A diferencia
de las células eucariotas y con excepción de los Mycoplasmas la membrana de las
procariotas no contiene esteroles (Tortora et al 2007).
 Citoplasma
Es la sustancia semifluida (citosol) al interior de la célula donde se encuentra el

cromosoma (material genético), ribosomas y depósitos de reserva o inclusiones. Está
constituido es su mayoría por agua y otras sustancias (carbohidratos, iones, lípidos,
enzimas y compuestos de bajo peso molecular) A diferencia de las células eucariotas no
tiene citoesqueleto ni flujo citoplasmático (Llop et al. 2001; Tortora et al 2007).
 Nucleoide o procarión
Es la zona que contiene el material genético conformado por un cromosoma (molécula

de ADN bicatenario), unido a la membrana celular pero que a diferencia de las células
eucariotas no está delimitado por una envoltura o membrana nuclear. Muchas bacterias
contienen pequeñas moléculas de ADN circular que no están unidas al cromosoma
bacteriano y que se replican independientemente de éste, llamados plásmidos (muy útiles
en la biotecnología); los cuales le otorgan propiedades especiales como resistencia a
antibióticos, tolerancia a sustancias tóxicas, entre otras (Llop et al. 2001; Madigan et al.
2003; Tortora et al. 2007).
 Ribosomas
Son estructuras celulares que constan de dos subunidades compuestas por acido
ribonucleico ribosomal (ARNr o rRNA por siglas en inglés) y proteínas, se encuentran por
millares en el citoplasma dada su función vital en la síntesis de proteínas. Cuando se
están agrupados en cadenas se les llama polirribosomas. Los ribosomas procariotas son
más pequeños que los eucariotas y se les conoce como ribosomas 70S.
12
 Inclusiones
El citoplasma de las células procariotas contiene diversas estructuras de

almacenamiento, reserva o depósito de nutrientes llamadas inclusiones,que pueden ser
utilizados cuando está expuesta a medios adversos o en condiciones de inanición. Entre
ellas tenemos:
 Gránulos metacromáticos o volutina
Son estructuras conformadas por reservas de fosfato inorgánico utilizados para la síntesis
de ATP, se les llama así por el color rojo que toman cuando son expuestos a colorantes
azules como es el caso del azul de metileno o azul de toluidina. Además de las bacterias.
las algas, hongos o protozoos los pueden tener (Tortora et al. 2007).
 Gránulos polisacáridos
Son reservas de almidón y glucógeno que la bacteria almacena cuando crece en un

medio pobre en nitrógeno pero rico en carbono; al exponerse al yoduro de potasio el
glucógeno toma un color rojo y el almidón azul.
 Inclusiones lipídicas
Son acúmulos de poli-beta hidroxibutíricos (PHB) que en especies

como Bacillus constituyen reservas de carbono y energía durante la esporulación.
También hay bacterias que reservan poli-beta-hidroxialcanoatos (PHA), los cuales hoy
son utilizados para fabricar plásticos bacterianos biodegradables y disminuir a la
contaminación ambiental. Se tiñen con colorantes como el Negro-Sudán.
 Gránulos de azufre
Se forman cuando en el medio hay compuestos de azufre reducido para usarlos como
reservas de energía. Aparece en las bacterias que utilizan sulfuro de hidrógeno (SH 2)
como el género de Thiobacillus.
 Carboxisomas
Son inclusiones compuestas por una monocapa proteínica que contiene la enzima
ribulosa-bifosfato carboxilasa; utilizada por las bacterias fotosintéticas y nitrificantes.
 Vacuolas de gas
Son vesículas con una monocapa proteínica impermeable al agua pero que acumulan
gas dependiendo de la concentración de éste en el exterior. Estas estructuras confieren
13
la flotabilidad óptima que les permite alcanzar luz, oxígeno u otros elementos. Están
presentes en cianobacterias, halobacterias y anoxigénicas.
 Magnetosomas
Son partículas cristalinas de hierro magnetita (Fe3O4), sensores del campo magnético
terrestre ya que permiten la orientación de las bacterias magnetotácticas (Aquaspirillum
magnetotacticum y Magnetospurillum magnetotacticum); en el campo industrial se
desarrollan métodos para obtener magnetita para la fabricación de cintas magnéticas
para audio y datos.
 Endosporas
Son células en “reposo” que se forman intracelularmente por la carencia de nutrientes en

ciertas bacterias (Bacillus, Clostridium, Sporosarcina). Estas estructuras pueden vivir en
ambientes adversos como calor extremo, falta de nutrientes, radiaciones, desecación,
presencia de agentes químicos o bactericidas etc. El proceso de formación de
endosporas se conoce como esporulación o esporogénesis e implica la invaginación de
la membrana celular junto con material genético en una célula vegetativa o progenitora
que después de lisarse libera la endospora y puede permanecer en latencia por millones
de años, hasta que por un estímulo químico o físico se desencadena la germinación
(recuperación del estado vegetativo). Este no es considerado un proceso de
reproducción.
NOTA:
En este enlace encontrará un video sobre bacterias:
http://www.youtube.com/watch?v=KcFjXYzGh20
14
Lección 7. Estructura celular en eucariotas
Célula eucariota
Está conformada por células unicelulares y pluricelulares de mayor tamaño y complejidad

que tienen un núcleo definido; comprende algas, protozoos, plantas y animales. A
continuación se describirá de una forma general de las estructuras en las eucariotas
(figura 4).
Figura 4. Estructura celular eucariota (tomado de Tortora et al. 2007).
 Flagelos y cilios
Al igual que en las procariotas sirven para la locomoción y desplazamiento, pueden estar
recubiertas de citoplasma y membrana plasmática; están conformados por microtúbulos
compuestos de tubulina y dideína. Si son largos se les llama flagelos y si son escasos y
numerosos cilios. Son frecuentes en protozoos y algas.
 Pared celular y glicocálix
Son una estructura más simple que en las células procariotas está compuesta por
celulosa (en plantas y algunos hongos) y quitina, glucano y manano en la mayoría de los
15
hongos. No todas las eucariotas tienen pared, las células animales están desprovistas de
ella pero en cambio constan de una cubierta de carbohidratos llamada glicocálix.
 Membrana celular
Está conformada por una bicapa lipídica, pero a diferencia de las procariotas contiene
carbohidratos (actúan como receptores), esteroles (colesterol en animales) y ergosterol
(en hongos).
 Citoplasma
Al contrario de las procariotas tiene un citoesqueleto que le da soporte y contribuye al

transporte de las sustancias gracias al flujo citoplasmático, las enzimas no están disueltas
en el citosol sino que están confinadas en las organelas.
 Ribosomas
Son estructuras más grandes y densas que en procariotas, conocidas como 80S,
compuestos por ARNr y proteínas, se encuentran en el retículo endoplasmático rugoso y
libres en el citoplasma. Los cloroplastos y mitocondrias contienen ribosomas de 70S.
Pueden formar polirribosomas y su función es la síntesis de proteínas para todas las
actividades celulares (Tortora et al. 2007).
 Núcleo
Es el orgánulo más grande de la célula, con forma esférica u ovalada rodeado por una
doble membrana nuclear con poros nucleares que controlan el intercambio de sustancias
(ARNr, ARNmensajero y enzimas) entre el núcleo y el citoplasma. El nucleolo está
inmerso en la membrana nuclear y se encarga de sintetizar ARNr. El núcleo contiene el
material genético (ADN y ARN). El ADN está rodeado por proteínas llamadas histonas y
contiene múltiples cromosomas.
 Retículo endoplasmático
Existen dos tipos: el retículo endoplasmático rugoso que es una red de canales o sacos
membranosos (cisternas) que se extiende desde la membrana nuclear y están
recubiertos de ribosomas; su función es sintetizar proteínas y catalizar las unión entre
éstas y otros compuestos como carbohidratos o lípidos que luego son secretados a la
membrana.
El retículo endoplasmático liso, no tiene ribosomas (de allí su nombre) pero tiene enzimas
que sintetizan fosfolípidos, grasas, esteroides (estrógenos, tetosterona y colesterol),
además de fagocitar sustancias tóxicas como el alcohol y drogas (figura 5).
16
Figura 5. Estructura del retículo endoplasmático. Se observa el retículo endoplasmático liso (RE liso) y el
retículo endoplasmático rugoso (RE rugoso) con ribosomas en su interior (tomado de Tortora et al. 2007).
 Aparato de golgi
Es una red de canales o cisternas que recibe vesículas (con proteínas) que vienen del
retículo endoplasmático rugoso y después de reacciones enzimáticas las proteinas sufren
modificaciones para generar glicoproteínas, glucolípidos y lipoproteínas las cuales
pueden ser secretadas y transportadas hasta la membrana celular (figura 6).
 Lisosomas
Son estructuras esféricas rodeadas de membrana, formados a partir del aparato de golgi,
contienen enzimas capaces de degradar diversas sustancias e incluso bacterias.
 Vacuolas
Son cavidades derivadas del aparato de golgi rodeadas de una membrana llamada
tonoplasto, presentes en su mayoría en células vegetales. Sus funciones están
relacionadas con almacenamiento de nutrientes, desechos y agua.
17
Figura 6. Aparato de golgi. Se observan vesículas que llegan desde el RE rugoso (tomado de Tortora et
al. 2007).
 Mitocondrias
Son organelas esféricas o bastoniformes compuestas por una doble membrana (interna
y externa) que forma pliegues llamadas crestas y con un interior semilíquido conocido
como matriz. Las mitocondrias contienen ADN y ribosomas 70S indispensables para la
producción de enzimas que participan en varias actividades metabólicas exclusivas de
esta organela. Sus funciones están relacionadas con la respiración celular y producción
de ATP. También pueden dividirse para generar nuevas mitocondrias en la misma célula.
 Cloroplastos
Son estructuras grandes de doble membrana que contienen la clorofila necesaria para la
fotosíntesis. También contienen ADN, ribosomas 70S y enzimas que participan en la
síntesis de proteínas; además de poder “reproducirse” dentro de la misma célula. Los
cloroplastos contienen granas, las cuales son agrupaciones de sacos aplanados
llamados tilacoides donde se encuentra el pigmento de la clorofila. Están presentes en
algas y plantas.
 Peroxisomas
Son orgánulos pequeños rodeados de membranas con enzimas que oxidan sustancias
orgánicas (aminoácidos, ácidos grasos) y tóxicas (alcohol, peróxido de hidrógeno). La
catalasa se encuentra en esta organela.
18
 Centrosomas
Está formado por material pericentriolar (zona del densa citosol de fibras proteínicas) y
centriolos (nueve tripletes de microtúbulos). Sus funciones están relacionadas con la
división celular en la formación del huso mitótico.
NOTA:En este enlace encontrará un video sobre estructura y función celular:
http://www.youtube.com/watch?v=395B4JZg6I0&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=f9TA7-sypXs&feature=related
Lección 8. Estructura vírica
Los virus (del latín virus = veneno) son entidades infecciosas o elementos genéticos de
ADN o ARN que se replican indispensablemente dentro de una célula huésped utilizando
su maquinaría celular y enzimática; pero tienen formas extracelulares que facilitan su
transmisión entre células. Muchos autores no los consideran seres vivos porque sin la
célula huésped que infectan éstos no podrían replicarse y por lo tanto no existirían. A
diferencia de las células eucariotas y procariotas los virus no tienen estructuras celulares
(membrana celular, pared celular, citoplasma, núcleo) y pocas o ninguna enzima que le
permita realizar actividades metabólicas.
Los virus son entidades muy pequeñas (20 - 1000 nm) que sólo pueden observarse con
la ayuda de microscopios electrónicos y tienen la capacidad de atravesar filtros
bacteriológicos. Su espectro de células huésped es amplio (plantas, animales) y los que
infectan a bacterias conocidos comobacteriófagos. Cuando los virus están libres de
manera extracelular se le conoce como virión, están compuestos por ácidos nucleicos
(ADN o ARN pero nunca ambos) y una cubierta o cápside. Los virus no son susceptibles
a antibióticos por lo tanto su empleo en enfermedades virales es inocuo es innecesario,
sólo aumenta la posibilidad de resistencia bacteriana (cuadro 1). Entre las partes víricas
están:
 Acido nucleico
Está constituido por ADN o RNA y éstos pueden ser monocatenario (una cadena o
cadena sencilla) o bicatenario (dos cadenas o cadena doble) o dividido en varios
segmentos. Por lo general el material genético viral es mucho más pequeño que en
bacterias (5000 bases – 230.000 pared de bases). Los ácidos nucleicos tienen la
19
información necesaria para sintetizar proteínas y enzimas virales indispensables para la

replicación viral.
 Cápside y envoltura
La cápside es la cubierta proteínica que envuelve al material genético y está constituido

por subunidades estructurales proteicas llamados capsómeros, la composición química
de éstos puede ser de una o varias proteínas y varía de acuerdo al virus. La cápside es
la que determina la forma del virus.
La envoltura es una membrana constituida por lípidos, proteínas y carbohidratos, se

forma durante la maduración viral mediante un proceso de gemación a través de la
membrana celular de la célula huésped. Algunos virus tienen prolongaciones por fuera
de la envoltura conocidas como peplómeros; usualmente están conformados por
glucoproteínas virales. También tienen proteínas no glucosiladas por debajo de la
envoltura. Es importante aclarar que el carbohidrato que se añade a las proteínas no es
de origen viral si no que es aportado por la célula huésped mientras que la proteína si es
codificada por el virus (Llop et al. 2001).
Cuadro 1. Comparación de virus y bacterias (tomado de Tortora et al. 2007).
20
Existen virus sin envoltura o virus desnudos, en este tipo de virus la cápside protege al
material genético de la degradación por parte de nucleadas (DNasa y RNasa).
Los virus se clasifican morfológicamente con base a la simetría o arquitectura de su

cápside mediante estudios de microscopía electrónica, crioelectrónica y cristalografía de
rayos X. Los principales grupos son: virus helicoidales (virus de la rabia, virus mosaico
del tabaco, TMV), virus poliédricos (virus del papiloma humano, HPV), virus con envoltura
(virus de la gripe, VIH) y virus complejos como el caso de los bacteriófagos (Fago T4),
ver algunos en la figura 7.
Figura 7. Tipos de virus (tomado de Tortora et al. 2007).
NOTA:
En este enlace encontrará un video sobre virus :
http://www.youtube.com/watch?v=L9kwsj9h2Hg
21
Lección 9. Morfología de bacterias
Las bacterias tienen diversidad de formas y tamaños y se clasifican de acuerdo a su

forma en varios grupos (figura 8):
 Cocos: Bacterias de forma esférica, redonda u ovalada. Cuando se dividen pueden agruparse
entre si de varias formas: diplococos (cocos en pares), tetracocos (grupos de cuatro),
estreptococos (cocos unidos en forma de cadena) y estafilococos (en agrupaciones amplias
semejantes a racimos).
 Bacilos: Bacterias en forma cilíndrica o de bastón. Después de la división celular pueden

agruparse de diversas formas: diplobacilos (bacilos unidos en pares), estreptobacilos (unidos en
cadenas) y cocobacilos (bacilos ovalados).
 Espirilos: Bacterias en forma helicoidal o de espiral, son relativamente rígidos.
 Espiroquetas: Bacterias en forma de espiral, sacacorchos o helicoidal pero flexibles.
 Otras formas menos comunes como las bacterias en forma de estrella, rectangular y triangular.
Figura 8. Morfología de células bacterianas (tomado de www.oocities.org) .
NOTA:
En este enlace un documento para ampliar esta lección y las anteriores:
http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/MorfologiayEstructuraBacteriana.pdf
22
Lección 10. Microscopía óptica y electrónica
La gran mayoría de los microorganismos no se pueden observar a simple vista y por lo

tanto se requiere el uso de un equipo o instrumento muy conocido, el microscopio (micro
= pequeño; scopio = observar) el cual permite visualizar objetos de estudios que a simple
vista sería imposibles de percibir por el ojo humano.
El primer microscopio simple fue diseñado por Anton Van Leeuwenhoek e inicialmente
tenía una sola lente; al transcurrir de los años muchos investigadores mejoraron las
técnicas hasta llegar a la microscopía moderna.
 Microscopía óptica (MO)
Se refiere al uso de microscopios que usen luz visible con el fin de visualizar u observar
muestras. Existen varios tipos de microscopía óptica:
Microscopio óptico compuesto
Tiene varias lentes y usan luz visible como fuente de iluminación. Con sus lentes talladas
permite aumentar muchas veces el tamaño de la muestra real gracias a los rayos
luminosos que vienen de la fuente de luz y pasan por el condensador hasta llegar a la
muestra, luego los rayos pasan a través de la lente del objetivo (lentes de 10X, 40 X y
100X) y puede finalmente observarse la muestra en el ocular (monocular o binocular),
mirar la figura 9. Es usado para observar microorganismos vivos o teñidos.
Microscopio de campo oscuro
El condensador tiene un disco que bloquea los rayos de luz directa que llegaría a los
objetivos, al no tener una luz de fondo directa, la muestra se observa iluminada en los
bordes pero con un fondo o campo oscuro; es una técnica muy usada para observar
estructuras muy pequeñas como flagelos y espiroquetas por la alta resolución (capacidad
de distinguir entre dos puntos) de este tipo de microscopio. Ver figura 10.
23
Figura 9. Microscopio óptico compuesto. A la izquierda partes y funciones del microscopio. A la derecha
trayecto de la luz de abajo hacia arriba hasta el ojo humano.
Microscopio de contraste de fase
Con la ayuda de un diafragma anular los rayos de luz de una fuente se reflejan o se
difractan en la muestra, mientras que otros rayos la atraviesan, cuando ambos rayos se
unen en los oculares se pueden detectar muestras con mayor diferenciación de
estructuras internas de células vivas. (Figura 10)
Microscopio de fluorescencia
Se utilizan en muestras que fluorescen al exponerse a la luz ultravioleta. Algunas células

lo hacen de forma natural como las que contienen clorofila; en las que no fluorescen
naturalmente se puede usar fluorocromos (colorantes fluorescentes que tiñen las células)
que absorben la longitud de onda corta (luz U.V) y emiten luz visible, que es de mayor
longitud de onda. Con este tipo de microscopio la muestra se observa brillante o
fluorescente contra un fondo oscuro (figura 10). Usado para diagnóstico de
microorganismos, ecología microbiana o técnicas de inmunofluorescencia (se tiñen
anticuerpos para reaccionar con antígenos).
24
Figura 10. Imágenes de Paramecium por microscopia óptica (MO). A la izquierda fotografía con
microscopio de campo claro, en el centro con MO de campo oscuro y a la derecha con MO de contraste de
fase (Tomado de Tortora et al. 2007).
 Microscopía electrónica (ME)
El microscopio electrónico se ha convertido en una valiosa herramienta para el estudio

detallado de estructuras muy pequeñas, virus e incluso moléculas que serían imposibles
de ver con microscopía óptica. Aunque la finalidad es la misma existen varias diferencias
entre ambos microscopios; los microscopios electrónicos no usa una fuente de luz o
fotones sino un haz de electrones que viajan en forma ondulatoria en longitudes de onda
mucho menores que la luz blanca lo que aumenta notablemente el poder de resolución.
También se diferencia en el uso de lentes electromagnéticas para enforcar la luz en la
muestra deshidratada en lugar de lentes de vidrio; no se usan portaobjetos de vidrio sino
una rejilla de cobre (Tortora et al. 2007). Las imágenes obtenidas son a blanco y negro
pero se les puede dar color desde el ordenador. No se puede trabajar con organismos
vivos. Hay dos tipos de microscopía electrónica:
Microscopio electrónico de transmisión (MET)
Un haz o rayo de electrones enfocado por un lente condensador electromagnético se

dirige sobre una muestra ultra delgada que es atravesada por los electrones dirigidos
hacia lentes electromagnéticas del objetivo, éste se encarga de ampliar la imagen y por
último enfocarlos en las lentes electromagnéticas proyectoras sobre una pantalla que
fluoresce cuando recibe el impacto de los electrones (figuras 11 y 12). Se pueden usar
sales de metales pesados para “teñir” las muestras (Llop et al. 2001; Tortora et al. 2007).
Como desventajas se destaca que los cortes deben ser ultradelgados, fijados y
deshidratados en vacío. No genera imágenes tridimensionales. Las microfotografías por
ME son a blanco y negro pero son coloreadas desde un ordenador.
Figura11. Microscopios
electrónicos. A la
izquierda microscopio
electrónico de transmisión
(MET) y a la derecha
microscopio electrónico
de barrido (MEB) (tomado
de Tortora et al. 2007).
25
Microscopio electrónico de barrido (MEB)
Un haz de electrones (haz primario) producido por un cañón pasa las lentes
electromagnéticas y la muestra que a su vez libera electrones secundarios de la superficie
de ésta que pueden ser capturados, detectados y ampliados para producir una imagen
tridimensional en una pantalla. A pesar de tener menor resolución que el MET es muy útil
para producir imágenes tridimensionales de superficies de células o virus (Llop et al.
2001) ver las figuras 11 y 12.
Figura 12. Microfotografías de Paramecium con microscopía electrónica. A la derecha imagen desde un
microscopio electrónico de transmisión (MET) y a la derecha desde un microscopio electrónico de barrido
(MEB).
NOTA:
En este enlace encontrará un video de microscopía:
http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=fgnkdgHXK_Y&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=9-qps2KU7WM&feature=related
26
Capítulo 3. Metabolismo microbiano
Lección 11. Reacciones metabólicas y conservación de la energía
Para que un organismo pueda cumplir con todas las funciones celulares y crecimiento
realiza un conjunto de reacciones y transformaciones bioquímicas que liberan o
consumen energía, proceso conocido como metabolismo. Cuando la célula degrada
compuestos orgánicos en moléculas más simples y lleva a cabo reacciones químicas que
producen energía (exergónicas) se le conoce como catabolismo o metabolismo
degradativo; un ejemplo de ésto es la glucólisis donde se degrada el azúcar para obtener
o liberar energía y otros compuestos. Esta energía liberada se usa en el anabolismo o
biosíntesis, el cual tiene como finalidad la construcción de macromoléculas a partir de
moléculas simples, éste es un proceso endergónico; por ejemplo la construcción de
proteínas a partir de sus monómeros (aminoácidos). Todas las reacciones catabólicas y
anabólicas están mediadas por enzimas y ambas se complementan, es decir, para la
supervivencia de una célula deben presentarse ambos procesos acoplados.
La forma química más usual de energía es la molécula de adenosín-trifosfato (ATP)

conocida como la moneda energética del metabolismo, éste se forma en procesos de
fotosíntesis o en la degradación de compuestos orgánicos o inorgánicos. Las reacciones
catabólicas están acopladas a liberar o sintetizar ATP mientras que las anabólicas lo
degradan o consumen. Es importante mencionar que aunque las células mantienen el
equilibrio metabólico para todas sus funciones celulares con el ATP, la mayor proporción
de energía aportada por esa molécula es liberada en forma de calor. Ejemplo, la mayor
cantidad de energía en el ser humano es liberada en forma de calor para mantener la
temperatura corporal y la restante para las actividades metabólicas.
Dentro del metabolismo generador de ATP existen dos mecanismos a nivel de membrana
para sintetizarlo, la fosforilación a nivel de sustrato y el transporte de electrones (también
conocido como fosforilación oxidativa) y dentro de esos mecanismos hay dos modos para
generar ATP: la oxidación biológica (fermentación o respiración) y la fotosíntesis. La
fermentación y la respiración son dos mecanismos para la conservación de la energía,
la cual establece que la energía no puede crearse ni destruirse, solo se transforma
(cuadro 2).
27
Cuadro 2. Reacciones de óxido reducción para obtención de energía por bacterias (tomado de Llop et al.
2001).
Fermentación
Es un proceso catabólico generador de ATP a partir de compuestos orgánicos en el que

éstos sirven como donadores y aceptores de electrones. Aquí no existe un aceptor final
de electrones como lo es el O2 en la respiración. Los microorganismos pueden usar como
sustrato en la fermentación carbohidratos, ácidos orgánicos, aminoácidos y nucleótidos.
La fermentación es un proceso anaeróbico que sólo puede generar ATP a través de la
fosforilación a nivel sustrato. Por ejemplo la producción de ácido láctico a partir de glucosa
por Streptococcus. Este proceso es propio de microorganismos anaerobios estrictos,
facultativos y anaerobios aerotolerantes.
Respiración
Es un proceso metabólico generador de ATP a través de la fosforilación oxidativa donde

el oxígeno u otro aceptor de electrones pueden actuar como aceptor final de electrones.
En la respiración compuestos orgánicos (en heterótrofos) e inorgánicos (bacterias
litótrofas) pueden donar y aceptar electrones. La respiración puede ser aerobia, donde el
oxígeno es el aceptor final de electrones y anaerobia, donde el aceptor final de electrones
puede ser sulfatos, nitratos y carbonatos (Llop et al 2001) ver cuadro 2. La respiración
aerobia produce mucha más energía que la fermentación.
La respiración aerobia consta de tres pasos: formación de piruvato a partir de sustancias

orgánicas, ciclo de Krebs y cadena de transporte de electrones. La respiración aerobia
produce mucha más energía que la anaerobia.
Fotosíntesis
Esta actividad metabólica la veremos más adelante en la lección 14.
28
Lección 12. Glucólisis
Es un proceso metabólico catalizado por enzimas que oxidan una molécula de glucosa
en dos moléculas de piruvato, produce 2 ATP por fosforilación a nivel de sustrato y 2
NADH+. Este proceso de degradación de azúcares se da en el citosol de las células y el
destino de los productos finales varía de acuerdo a las necesidades fisiológicas del
organismo (figura 13).
En presencia de oxígeno el piruvato puede pasar al ciclo de Krebs (ciclo del ácido cítrico
o tricarboxílico) en las mitocontrias, el ATP puede usarse como fuente de energía y el
NADH puede pasar a la cadena transportadora de electrones en las mitocondrias para
generar más ATP (figura 13).
En ausencia de oxígeno el piruvato puede usarse como sustrato para la fermentación y

producir lactato, etanol y CO2. El NADH se usa en la reducción del piruvato en la
fermentación (figura 14).
Figura 13. Oxidación global de la glucosa (tomado del

enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20-
%20Capitulo%208.htm)
29
Figura 14. Fermentación para la producción de etanol y lactato (tomado del

enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20-
%20Capitulo%208.htm).
En honor a sus descubridores la glucólisis (figura 15) también es conocida como la vía
de Embden-Meyerhof. La glucólisis se divide en dos etapas, algunos autores la dividen
en tres cuando se refieren a la fermentación del piruvato en ausencia de oxígeno.
30
Figura 15. Glucólisis
En la primera etapa preparatoria no se incluyen reacciones de oxido-reducción, se

invierten dos moléculas de ATP pero no se genera energía, al terminar esta fase a partir
de una molécula de glucosa se forman dos moléculas de gliceraldehido 3-fosfato. Una de
ellas obtenida por la catálisis de una aldolasa y la otra para la actividad enzimática de
una triosa fosfato isomerasa. Por lo tanto en lo sucesivo ocurre el mismo proceso
degradativo para ambas moléculas de gliceraldehido 3-fosfato.
La segunda etapa es la fase de oxido reducción o conversión de energía, en ella por la

acción de la gliceraldehido 3-fosfato deshidrogenasa de forman dos equivalentes
reductores (NADH + H+) y por la fosfoglicerato quinasa se generan las dos primeras
moléculas de ATP. Luego por la actividad de la enzima piruvato quinasa sobre el
fosfoenolpiruvato se forman los dos ATP restantes y dos piruvatos.
31
En la glucólisis se generan 4 moléculas de ATP, pero el valor neto es de 2 ATP dada a

inversión de ATP que se hizo en la primera etapa.
La etapa fermentativa de la glucólisis en ausencia de oxígeno no genera energía, sino

etanol, lactato, acetato o CO2 dependiendo de la enzima que realice la actividad
degradativa, aunque estos productos son muy útiles en la industria alimentaria no se tiene
claro la importancia de estos metabolitos en los microorganismos que los producen
(bacterias, levaduras). La fermentación que forma el lactato también se da en células
humanas (células musculares y eritrocitos).
NOTA:
Favor ver el siguiente enlace para profundizar en la lección:
http://comunidad.uach.mx/carzola/apuntesglucolisis.pdf
Lección 13. Ciclo del ácido cítrico
También conocido como ciclo de Krebs o

ciclo de ácidos tricarboxílicos, es una serie
de reacciones bioquímicas de óxido
reducción de gran energía que hacen parte
de la respiración de células aerobias, en las
procariotas este proceso se realiza en el
citosol mientras que en la células eucariotas
en las mitocondrias.
En este ciclo el piruvato proveniente de la

glucólisis sufre una descarboxilación por la
acción de la enzima piruvato deshidrogenasa
para generar aceltil-CoA, NADH y CO2 antes
de ingresar al ciclo de Krebs en la
mitocondria. Allí el grupo acetilo se integra
con el oxalacetato para formar citrato (un
compuesto de 6 carbonos), luego se dan una
serie de reacciones químicas
(deshidratación, hidratación,
descarboxilación, fosforilación, oxido-
reducción, ect) donde a partir de una
molécula de piruvato se forma: 1 molécula
oxalacetato, 2 moléculas de CO2, 3
equivalentes reductores de NADH+, 1 FADH
y una molécula de GTP (figura 16).
32
Cada equivalente reductor de NADH al ingresar a la cadena de fosforilación oxidativa

genera 2.5 ó 3 moléculas de ATP; cada FADH produce 1.5 ó 2 moléculas de ATP. Ambas
cantidades son usadas. Si usamos la primera entonces a partir de una molécula de
glucosa en la respiración aerobia se pueden generar 38 moléculas de ATP o 32 ATP en
la segunda (cuadro 3).
Figura 16. Ciclo de Krebs o del ácido cítrico (tomado del

enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%
20-%20Capitulo%208.htm).
En la cadena transportadora de electrones o fosforilación oxidativa, las moléculas

transportadoras (flavoproteínas, citocromos, ubiquinona y coenzima Q) producen
reacciones de oxido reducción que liberan energía para generar ATP. En las células
eucariotas la cadena transportadora se encuentra en la membrana interna mitocondrial
mientras que en las procariotas en la membrana celular (figura 17).
Figura 17. Cadena transportadora de electrones en (tomado del

enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%2
0-%20Capitulo%208.htm).
33
Cuadro 3. Rendimiento energético por la oxidación de una molécula de glucosa. Tomado del
enlace:(http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20-
%20Capitulo%208.htm).
NOTA:
Favor ver este video en el siguiente enlace:
http://video.google.com/videoplay?docid=-4979202337380045677#
Lección 14. Fotosíntesis en microorganismos
La fotosíntesis es el proceso de conversión de energía lumínica en energía química,

donde a partir de sustancias inorgánicas simples (CO2) se pueden obtener compuestos
orgánicos de mayor complejidad (azúcares) indispensables para la vida de los
organismos heterótrofos. La molécula de ATP se produce por transferencia de energía
de fotones de luz absorbidos por pigmentos fotosintéticos (clorofilas o bacterioclorofilas)
donde los electrones se transfieren de átomos de hidrógeno a moléculas de azúcar. Este
proceso es realizados por una diversidad de organismos: plantas, algas, cianobacterias,
bacterias sulfurosas verdes y púrpuras.
En la fotosíntesis el CO2 sirve como fuente de carbono y el hidrógeno como aceptor final
de electrones, el cual se oxida y forma agua, las bacterias fotosintéticas usan compuestos
inorgánicos como el hidrógeno o ácido sulfúrico como aceptor final de electrones.
34
Las plantas, algas y cianobacterias usan el agua como fuente de hidrógeno y liberan el
oxígeno:
6CO2 + 12H2O + Luz → C6H12O6 + 6H2O + 6O2
Las bacterias rojas, sulfurosas y verdes usan el H2S como fuente de hidrógeno y
producen gránulos de azufre:
6CO2 + 12H2S → C6H12O6 + 6H2O + 12S
La fotosíntesis se da en dos fases. Fase lumínica (fotofosforilación) o reacciones

dependientes de luz, donde la energía aportada por fotones es absorbida por la
clorofila y excita sus electrones, éstos al excitarse pasan a una cadena transportadora
de electrones donde bombean protones y el ADP se convierte en ATP, cuando la
fotofosforilación es cíclica los electrones retornan a la clorofila pero cuando no lo es
(no cíclica) reducen el NADP en NADPH y los electrones perdidos en este procesos
son devueltos a las fotofosforilación cíclica por moléculas de agua (figura 18 y 19). En
la fase lumínica de forma entonces: oxígeno, ATP y NADPH. En la fase oscura (ciclo
de Calvin) o reacciones independientes de luz los electrones derivados de la fase
lumínica, NADPH y el ATP son empleados para la reducir el CO2 a azúcar.
Figura 18. Fotofosforilación cíclica (tomado de Tortora et al. 2007).
Cuando las plantas, algas y cianobacterias utilizan protones (átomos de hidrógeno)

provenientes del agua para reducir el CO2 y producir oxígeno molecular se dice que
hay una fotosíntesis oxigénica, pero existen bacterias (bacterias verdes y púrpuras)
que no pueden usar el agua para reducir el dióxido de carbono y al no generar oxígeno
se le conoce como fotosíntesis anoxigénica. Estas bacterias no utilizan la
clorofila a sino bacterioclorofila, un pigmento que absorbe la luz en longitudes de onda
superior a la clorofila a; la localización de la bacterioclorofila en los microorganismos
es variable (en clorosomas, en la superficie, inmersas o en invaginaciones de la
membrana celular). El cuadro 4 compara la fotosíntesis en procariotas y eucariotas.
35
Figura 19. Fotofosforilación no cíclica (tomado de Tortora et al. 2007).
Cuadro 4. Comparación de fotosíntesis en células eucariotas y procariotas (tomado de Tortora et al.

2007).
NOTA:
Leer en el siguiente enlace para mayor
información:http://web.usal.es/~jmcsil/biblioteca/biofisica/unizar/FOTO.htm
36
Lección 15.Alternativas catabólicas
Así como los microorganismos son diversos, de la misma manera su comportamiento

nutricional donde las fuentes de carbono y energía varían, la figura 20 sintetiza de forma
clara los tipos de nutriciones.
Según la fuente de energía que usen los microorganismos pueden ser fotótrofos o
quimiótrofos. Los fotótrofos utilizan la luz como fuente de energía mientras que los otros
usan compuestos orgánicos a través de reacciones de óxido reducción. Según la
capacidad para producir alimento pueden ser: autótrofos, fabrican su propio alimento y
usan el CO2 como fuente de carbono, los heterótrofos requieren una fuente de carbono
orgánica. Entonces si combinamos la fuente de energía y carbono los microorganismos
se pueden clasificar en otras categorías: fotoautótrofos, fotoheterótrofos,
quimioautótrofos y quimioheterótrofos.
Figura 20. Clasificación nutricional de organismos vivos
37
UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA
Capítulo 4. Crecimiento microbiano
Lección 16. Crecimiento celular y fisión binaria
El crecimiento celular de las bacterias contrario a lo que podemos inferir no está

relacionado con el aumento de tamaño de las bacterias si no con incremento del número
de células, las cuales incluso pueden ser observadas a simple vista cuando éstas se
agrupan y forman colonias. Pero para que una bacteria sea capaz de dividirse tiene
requerimientos energéticos y nutricionales (disponibilidad de nutrientes, condiciones
ambientales químicas y físicas) que le ayuden a realizar todas las actividades de síntesis
que permitirán conformar su estructura física, es decir, pared celular, membrana, material
genético, cuerpos de inclusión, etc.
La mayoría de las bacterias se reproducen asexualmente por fisión binaria (figura 21),
donde una célula se divide para producir dos células hijas con la misma información
genética (con altas tasas de mutaciones) que su progenitora. Durante el crecimiento
celular se duplican los componentes que constituyen a la célula (macromoléculas,
monómeros, sustancias orgánicas) e incluso el ADN donde éste en su origen de
replicación (Ori) inicia la síntesis de una molécula de ADN a partir de una preexistente;
permitiendo que la célula hija reciba todo el componente genético y estructural de manera
que pueda realizar todas las funciones metabólicas.
Figura 21. Fisión binaria. Tomado del enlace: http://elprofedebiolo.blogspot.com/2010/01/la-celula-

procariota.html
Además de las bacterias, también las levaduras, algas unicelulares, protozoos y

archaeas se reproducen por fisión binaria.
Para el crecimiento celular se necesitan varias condiciones o requerimientos físicos (pH,

temperatura, presión osmótica) y químicos (fuentes de carbono, nitrógeno, azufre,
fósforo, elementos traza, oxígeno, vitaminas, etc). En esta lección describiremos los
requerimientos químicos o nutricionales y en las próximas lecciones los físicos.
38
 Fuente de carbono
Es la principal fuente para la obtención de energía, y composición de elementos o

estructuras celulares. Los organismos fotosintéticos (autótrofos) obtienen el carbono a
partir del CO2 y lo convierten en glucosa, mientras que los heterótrofos lo obtienen de
fuentes orgánicas como carbohidratos, proteínas, y lípidos. El carbono constituye casi la
mitad de peso seco de una célula.
 Fuente de nitrógeno
Sirve para la síntesis de proteínas, ácidos nucleicos (ADN, ARN) y enzimas. Los
microorganismos lo pueden asimilar a partir de fuentes inorgánicas o de compuestos que
lo contengan como es el caso de las proteínas. Unas bacterias utilizan el nitrógeno en la
forma reducida proveniente del amonio (NH4+), otras a partir de nitratos (NO3-) o nitritos
(NO2-) y las fijadoras de nitrógeno o las simbióticas a parir de nitrógeno molecular o libre
(N2).
 Fuentes de azufre y fósforo
El azufre es útil para la síntesis de ciertos aminoácidos, coenzimas y vitaminas que

contienen este elemento es su composición estructural (indispensable para la formación
de enlaces disulfuro en proteínas). Se puede obtener en la naturaleza partir del ión sulfato
(SO4-2), sulfuro de hidrógeno (H2S) y aminoácidos que lo contengan.
El fósforo es un elemento indispensable para la síntesis de ATP, ácidos nucleicos y

fosfolípidos y se encuentra principalmente en iones de fosfato inorgánico (PO43-).
 Elementos traza y vitaminas
Existen otros elementos que si bien no se requieren en grandes cantidades son

importantes para la actividad metabólica o composición celular, donde alguno de ellos
actúa como cofactores o facilita la producción, degradación de ciertos sustratos o
sustancias y en la formación de esporas, entre ellos tenemos al calcio, hierro, cobre,
magnesio, manganeso, potasio, zinc, sodio y cloro. Estos últimos se requieren en
grandes cantidades (NaCl) para el crecimiento de bacterias halófilas.
NOTA:Por favor ver el siguiente enlace las páginas 168 hasta 183 y 188 hasta 208:
http://books.google.com.sv/books?id=Nxb3iETuwpIC&printsec=frontcover&dq=introd
ucci%C3%B3n+a+la+microbi%C3%
B3logia+tortora&hl=es&ei=15w9TuzyHuPX0QH3v7DDBw&sa=X&oi=book_result&ct=
book-thumbnail&resnum=1&ved=0CCsQ6wEwAA#v=onepage&q&f=false
39
Lección 17. Curva de crecimiento
Durante el ciclo de crecimiento el comportamiento de las poblaciones bacterianas puede

estudiarse mediante el crecimiento de las células en función del tiempo. Cuando
inoculamos bacterias en un medio de cultivo líquido y fresco se dan cuatro fases en las
que se puede dividir el crecimiento microbiano (figura 22).
Figura 22. Curva de crecimiento microbiano. Ver detalle en el

texto. (Tomado http://www.facmed.unam.mx/deptos/microbiologia/bacteriologia/generalidades.html).
 Fase de adaptación, retraso o latencia
Es un periodo de adaptación al medio donde las bacterias comienzan a prepararse

metabólicamente sintetizando enzimas y moléculas importantes para la reanimación del
crecimiento. En esta fase la división celular es escasa o nula con velocidad de
crecimiento Vc = 0. Este periodo puede durar entre 1 hora o varios días dependiendo del
microorganismo, las condiciones de crecimiento y la edad del cultivo del que se tomó el
inóculo.
 Logarítmica o exponencial
Es la fase de máximo crecimiento celular y actividad metabólica donde las células

comienzan a dividirse activamente a velocidad constante Vc = constante. En este periodo
los microorganismos aprovechan al máximo los nutrientes presentes en el medio de
40
cultivo y cuando se le aportan todas las condiciones óptimas puede generar productos
de interés industrial; aunque es la fase de mayor sensibilidad a antimicrobianos.
 Fase estacionaria
Cuando de agotan los nutrientes, aumentan las toxinas, cambia el pH y disminuye el

oxígeno la velocidad de crecimiento comienza a decrecer hasta llegar a cero Vc = 0, ya
que el número de células que se dividen es igual al número de células que mueren.
 Fase de declinación o muerte
En esta fase el número de células de células que se dividen comienzan a disminuir

notablemente mientras que aumentan de una forma sostenida las que mueren, Vc =
negativa, en esta etapa las células pierden casi completamente toda sus actividad
metabólica y comienzan a lisarse mientras que unas pocas, las más resistentes pueden
sobrevivir con los nutrientes de las que mueren.
NOTA:
Leer en el siguiente enlace para mayor información:
http://www.ucv.ve/fileadmin/user_upload/facultad_farmacia/catedraMicro/08_Tema_6_crecim
iento.pdf
Lección 18. Medidas directas del crecimiento microbiano
Existen varios métodos para medir el crecimiento de las poblaciones microbianas:
 Recuentos en placa o de colonias
Es el método más usado para medir poblaciones bacterianas, ya que a diferencia de otros
permite contabilizar el crecimiento de células viables, es decir células que pueden dar
una descendencia. Su principal desventaja es que requiere mínimo 24 horas para
conocer los resultados del recuento y en la industria a veces se requieren resultados más
rápidos. Es muy usado en la microbiología de alimentos, pero puede ser impreciso
cuando se toman muestras naturales, como por ejemplo el suelo; donde no todos los
microorganismos a pesar de estar presentes en la misma muestra podrán crecer en el
medio de cultivo seleccionado dado a la diferencia de requerimientos nutricionales.
41
Esta técnica se fundamenta en que cada colonia está compuesta por un solo tipo de
bacteria. Los recuentos se informan en unidades formadoras de colonias (UFC). Existen
dos métodos para realizar el recuento en placa: el método de placa vertida o el método
de extensión en placa (figura 23). Cuando el número de colonias en placa supera el de
300 UFC es recomendable realizar diluciones seriadas para diluir el inóculo original y
facilitar el conteo.
Figura 23. Métodos de recuento en placa de células viables (tomado de Madigan et al. 2003).
 Método de extensión en placa
Se coloca un volumen de inóculo no superior a 0.1 ml (100 µl) sobre la superficie de un

medio de cultivo y se extiende uniformemente por toda la placa con un asa o varilla de
vidrio estéril hasta que el medio lo absorba por completo, posteriormente se incuba a una
temperatura determinada hasta que aparezcan las colonias y así realizar el recuento. Ver
figura 23.
 Método de placa vertida
Sobre una placa estéril sin medio de cultivo se agrega cierto volumen del inóculo (0.1 –
1.0 ml) al que se añade el medio de cultivo con una temperatura de 45 o 50 °C, luego se
agita suavemente la placa para mezclar, después que el agar se solidifica y se incuba las
colonias crecerán y en la superficie del agar. El principal inconveniente de este método
es que ciertos microorganismos sensibles al calor pueden verse dañados por la
temperatura del agar fundido. Ver figura 23.
 Método de diluciones seriadas
Cuando una muestra contenga muchos microorganismos que superen las 300 UFC se
recomienda realizar diluciones seriadas que faciliten el conteo y permita obtener
42
resultados confiables; luego de las diluciones se siembran las placas y se procede a hacer
el conteo del número de colonias que debe ser multiplicado por el factor de dilución para
obtener las UFC por mililitro de muestra original (figura 24).
 Filtración
Es un método muy usado en microbiología de aguas cuando la concentración de

bacterias presentes en la muestra es muy baja. Para la filtración por membranas 100 ml
de agua atraviesan un filtro con poros muy pequeños que no pueden pasar las bacterias,
las cuales se quedan en la superficie del filtro, éste se transfiere a una almohadilla con
medio de cultivo donde las colonias pueden crecer y con una incubación previa hacer el
recuento. Es una técnica muy usada para detectar y cuantificar bacterias de
contaminación fecal (coliformes fecales).
NOTA:
Leer las secciones 6.5, 28.1 y 20.3 en: Madigan, M., Martinko, J &
Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed).
Madrid: Pearson Prentice Hall
Figura 24. Método de diluciones seriadas para recuento en placa de colonias (tomado de Tortora et al.
2007).
43
 Recuento microscópico directo
En esta técnica un volumen definido se coloca en un portaobjetos para luego ser

observado al microscopio. El método de recuento de Breed es muy usado en la industria
láctea, en éste se colocan 0.01 ml de muestra sobre un portaobjetos con un recuadro de
1 cm2 que se tiñe con un colorante para luego contar las células observadas con el
objetivo de 100X, al final el número de bacterias contadas se multiplica por 100. Los
recuentos microscópicos también se realizan usando la cámara de Petroff-Hausser; estos
métodos no requieren tiempo de incubación (Tortora et al. 2007).
Entre las principales desventajas del recuento directo tenemos: se pueden contar células
muertas y vivas, dificulta el conteo de bacterias móviles, se requieren concentraciones
de bacterias adecuadas.
Lección 19. Factores físicos en el crecimiento microbiano
 Temperatura
Es uno de los aspectos más importantes en el crecimiento microbiano porque influencia

las reacciones bioquímicas de la célula, donde para muchas enzimas a medida que
aumenta la temperatura se incrementan las reacciones catalíticas y por tanto el
crecimiento se acelera, pero aumenta demasiado las enzimas se desnaturalizan y se
inactivan además de lisarse las membranas; si son muy bajas las membranas se
congelan y las actividades metabólicas prácticamente se anulan.
Los microorganismos pueden crecer a temperaturas mínimas, óptimas y máxima. La

temperatura mínima es la más baja donde puede crecer la especie, por debajo de ésta
no hay crecimiento. La temperatura óptima es la temperatura donde crece más rápido y
mejor. La temperatura máxima, es la temperatura más elevada que puede soportar el
microorganismo para crecer.
Los microorganismos también se clasifican de acuerdo al rango de su temperatura óptima

(sicrófilos, mesófilas y termófilos) y están subclasificadas como obligadas o facultativas.
Las obligadas deben tener condiciones ambientales específicas y las facultativas son
capaces de tolerar condiciones ambientales (figura 25).
Figura 25.
Efecto de la
temperatura en
el crecimiento
microbiano.
(Tomado de
Madigan et al.
2003).
44
 Sicrófilos
Son aquellos microorganismos afines al frío o con temperaturas de crecimiento bajas (0

– 20 °C). Existen sicrófilos estrictos que crecen a 0 °C pero con una T óptima de 15°C;
mientras que los sicrotrofos o sicrofilos facultativos pueden crecer a 0 °C pero tienen
temperaturas óptimas entre 20 y 30°C. Este grupo se encuentran en océanos, zonas
polares y contaminando alimentos refrigerados.
Las algas (Chlamydomonas Nivalis) están dentro de los sicrófilos más estudiados las
cuales crecen en zonas nevadas dando tonalidad roja o verde a la superficie (Madigan et
al. 2003).
 Mesófilos
Aquellos microorganismos con afinidad a temperaturas moderadas y con temperatura

óptima de crecimiento entre 25 y 40 °C. En este grupo encontramos a la mayoría de los
microorganismos ambientales y patógenos.
 Termófilos
La mayoría de las eucariotas están por fuera de este grupo, son aquellos
microorganismos capaces de crecer a temperaturas elevadas y con afinidad por el calor.
Tienen temperaturas óptimas entre 50 y 60 °C. Los hipertermófilos o termófilos extremos
tienen temperaturas óptimas de crecimiento de 80 °C o más, cierto miembros del
dominio Archaea hacen parte de este grupo. La mayoría se encuentran en compost,
aguas termales y fumarolas hidrotermales de volcanes.
 pH
Los microorganismos se clasifican según su tolerancia al pH en acidófilos, con rangos de

pH desde 0 hasta 5.4 (hongos levaduras, ciertas bacterias quimioautotrofas); neutrófilos,
con pH óptimo de crecimiento de 6.5 a 7.5 (la mayoría de bacterias ambientales y
patógenas) y alcalófilos, con pH óptimo de 9 y 10 (microorganismos productores de
lipasas, Archaea).
NOTA:
Ver en el siguiente enlace para mayor información (desde la página 8):
http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/FisiologiayMetabolismoBacteriano.pdf
45
Lección 20. Oxígeno y el crecimiento microbiano
Los microorganismos tienen diferentes exigencias respecto a la concentración o

disponibilidad de oxígeno para cumplir con todas sus funciones metabólicas (figura 26).
Los microorganismos aerobios producen más energía a partir del nutriente respecto a los
que no usan el oxígeno. Se clasifican en relación al oxígeno como:
 Aerobios estrictos
Son aquellos que necesariamente requieren el oxígeno para vivir, su metabolismo es

de respiración aerobia es decir que el oxígeno es el aceptor final de electrones. La
enzima catalasa y superóxido dismutasa (SOD) permite que contrarreste las formas
tóxicas del oxígeno como es el caso de los radicales libres, anión peróxido, radical
hidroxilo, etc. Existen aerobios facultativos, los cuales pueden crecer en presencia o
ausencia de oxígeno.
 Anaerobios facultativos
Utilizan el oxígeno cuando está presente pero cuando no hay pueden continuar su
crecimiento a través de la fermentación o respiración anaerobia. Aunque su
crecimiento es mayor en presencia de oxígeno así como su producción de energía.
Ejemplo, Escherichia coli.
Figura 26. Efecto del oxígeno en el crecimiento microbiano. (a) Microorganismos aerobios; (b)
anaerobios estrictos; (c) anaerobios o aerobios facultativos (c); (d) microaerófilos y (e) anaerobios
aerotolerantes. (Tomado de Madigan et al. 2003).
46
 Anaerobios estrictos
No pueden usar el oxígeno molecular (O2) como aceptor de electrones para la

producción de energía ni para su crecimiento. No tienen enzimas para neutralizar las
formas tóxicas del oxígeno y por esto dada su extrema sensibilidad pueden morir
cuando este elemento está presente en el medio. Ejemplo, especies de Clostridium.
 Anaerobios aerotolerantes
Toleran el oxígeno porque tiene una enzima (SOD), que neutraliza las formas tóxicas
del oxígeno pero no lo usan para su crecimiento ni para la obtención de energía. Los
de este grupo fermentan los carbohidratos para formar ácido láctico. Ejemplo, los
lactobacilos usados en la producción de quesos, yogures y alimentos fermentados.
 Microaerófilos
Son aerobios que requieren oxígeno pero no en concentraciones elevadas. Son

sensibles a radicales libres y peróxidos. Su tipo de respiración es aerobia. Ejemplo,
bacterias de aguas negras, Methanobacterium formicicum.
NOTA:
Leer la sección 6.13 oxígeno y crecimiento microbiano en: Madigan, M.,

Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos.
(10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
47
Capítulo 5. Eucariota y procariota
Lección 21. Archea
Son microorganismos procariotas unicelulares con morfología similar a las bacterias

(cocos, bacilos) y con otras formas diferentes (células rectangulares, cuadradas y
planas). Una característica importante es que la pared celular no contiene peptidoglucano
como las bacterias sino proteínas, los lípidos de la membrana celular se unen mediante
enlaces éter los cuales le dan una mayor resistencia para sobrevivir en ambientes
extremos (salinidad, acidez, alcalinidad), utilizan isoprenoides para sintetizar fosfolípidos
de membrana que impidan la fusión de éstas a altas temperaturas, en algunas archaeas
la membrana celular está constituida por una monocapa lipídica.
Su locomoción o desplazamiento se da con la ayuda de flagelo, a diferencia de otras

células no forman esporas, se reproducen asexualmente y se dividen por fisión binaria,
fragmentación o brotación. Viven en ambientes extremos como aguas termales, lagos
salados, alta presión, bajas temperaturas y en ambientes habituales: océanos, suelos,
humedales. Aunque pueden establecer relaciones simbióticas con otros organismos
(comensalismo y mutualismo) todavía no se conocen archaeas patógenas humanas.
Nutrición
Su metabolismo es muy diverso; algunos son fotótrofos (usan la luz como fuente de
energía) pero no producen oxígeno como las plantas o las cianobacterias, otras archaeas
son litótrofas (compuestos inorgánicos como fuente de energía y carbono) y también
pueden tener una nutrición organotrófa (compuestos orgánicos como fuente de energía
y carbono). Aunque también existen especies que fijan el CO 2 (autótrofos). Sus
necesidades fisiológicas de oxígeno varían entre aerobios, anaerobios facultativos o
aerobios estrictos. La figura 27 muestra algunas divisiones del dominio Archaea.
Figura 27. Dominio Archaea. (Tomado del enlace: http://universe-review.ca/F10-multicell.htm).
48
Algunos grupos fisiológicos
 Halófilos extremos
Viven en ambientes de elevada salinidad (incluso cercanos a la saturación) como

lagos salados y salinas. Cuando un ambiente salino se acerca a una concentración
mínima de sales las archaeas comienzan a crecer y forman una tonalidad rojiza
producida por carotenoides y otros pigmentos. Algunos géneros crecen en ambientes
muy alcalinos (pH de 9 – 11) pero la mayoría, entre ellos el género Holobacterium lo
hace en medios ácidos, pueden ser gramnegativos, inmóviles aunque algunas tienes
flagelos, tienen una gran proporción de plásmidos y casi todas son aerobias estrictas.
Una característica particular de este grupo frente a otras archaeas es que los
ribosomas requieren altas concentraciones de potasio (Madigan et al 2003) (figura
28).
 Metanógenos
Estos microorganismos producen metano como producto de desecho a partir de la

respiración (metanogénesis). Son anaerobios estrictos, existen algunos termófilos
aunque la mayoría son mesófilas. Los sustratos utilizados para la producción de
metanol son diversos (CO2, CO, formato, metílicos y acetotróficos). Su hábitat está en
ambientes anóxicos (fangos pantanosos, sedimentos de lagos, tracto digestivo de
mamíferos e insectos, fuentes hidrotermales, etc. En este grupo está el
género Methanobacterium y Methanococcus (Madigan et al 2003) (figura 28).
Figura 28. Archaeas halófilas y metanógenas. A la izquierda Halococcus archaea y a la

derecha Methanobacterium formicicum. Imágenes tomadas de los
enlaces:http://www.sciencephoto.com/images/download_lo_res.html?id=662440039 y http://www.look
fordiagnosis.com/mesh_info.php?term=Methanobacterium&lang=2
 Thermoplasmatales
Contiene tres géneros que además de ser termófilos son acidófilos extremos. El
género Thermoplasma, es aerobio facultativo, crece a pH 2.0, no tienen pared celular
pero si flagelos, es quimioorganotrofo; se pueden encontrar en restos orgánicos del
carbón. El género Ferroplasma, es quimiolitótrofo y autótrofo, obtiene la energía a
49
partir del ión férrico y usa el CO2, crece a 35 °C, tampoco tiene pared celular. Por
último el géneroPicrophilus, puede crecer en pH de 0.06, tiene pared celular a pH
moderados de 4.0 las células se desintegran (Madigan et al 2003) (figura 29).
Figura 29. Microfotografía de Thermoplasma acidophilum. Tomado del

enlace: http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Thermoplasma
 Hipertermófilos de volcanes terrestres
Pueden vivir a temperaturas de 100 °C, en este grupo está el género Sulfolobus, que
crece en manantiales ricos en azufre y a pH ácidos, es quimiolitotrófico aeróbico, este
microorganismo se adhiere a los cristales de azufre pero también puede usar iones
de hierro y cobre (Madigan et al 2003) (figura 30).
Figura 30. Solfulobus archaea. Microfotografía tomada del

enlace: http://www.sciencephoto.com/media/13222/enlarge
NOTA:
Leer en el capítulo 13 Diversidad procariota Archaea en: Madigan, M., Martinko, J &
Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson
Prentice Hall.
50
Lección 22. Hongos
Son microorganismos eucariotas pertenecientes al reino Fungi, pueden ser unicelulares

(levaduras) o pluricelulares (setas). Es uno de los grupos más heterogéneos. A diferencia
de las plantas la pared celular está compuesta en su mayoría por quitina. Su hábitat es
muy diverso, pueden estar presentes en la materia orgánica en descomposición del
suelo, en ambientes acuáticos (agua dulce o salada), en desiertos, sedimentos marinos,
o infectando otros organismos como las plantas y animales (incluido el hombre). No
poseen cloroplastos por lo tanto son heterótrofos, incapaces de fabricar su alimento, a
diferencia de células animales vierten enzimas hidrolíticas al medio extracelular para
facilitar la absorción de nutrientes. Su reproducción puede ser sexual o asexual. De
acuerdo a su morfología macroscópica y microscópica se dividen en hongos
filamentosos, levaduriformes y carnosos.
 Hongos filamentosos (mohos) y carnosos
Están compuestos por hifas o filamentos que se pueden unir y entrelazar de forma
abundante hasta formar el micelio que puede verse a simple vista. Las hifas pueden estar
divididas por tabiques llamados septos, con la presencia de un núcleo o también pueden
ser aseptadas o cenocíticas (con muchos núcleos). Tienen pequeños poros que permiten
el intercambio.
El micelio se clasifica en aéreo (o reproductivo), éste crece en la superficie del medio de

cultivo y contiene las estructuras reproductivas (conidias o esporas) y el micelio
vegetativo, que está dentro del medio de cultivo para absorber y obtener los nutrientes
(figura 31).
Figura 31. Ejemplos de hongos filamentosos. A la derecha Aspergillus sp. (Tomado del
enlace: http://www.emlab.com/s/sampling/env-report-09-2006.html) y a la izquierda cultivo en agar
de Aspergillus fumigatus tomado del enlace: http://es.wikipedia.org/wiki/Aspergillus_fumigatus.
51
 Hongos levaduriformes
Son microorganismos unicelulares, de forma ovalada más grandes que las bacterias, se dividen
por gemación o brotación (figura 32), su hábitat es generalmente en ambientes con azúcares:
frutos, cortezas, flores; también pueden infectar insectos o animales. Es importante aclarar que
no todas son patógenas, por ejemplo, Saccharomyces es muy usada en procesos fermentativos
en la industria alimentaria.
Figura 32. Ejemplo de hongo levaduriforme. Microfotografía de Saccharomyces cerevisiae. Tomado

de http://www.microbiologyonline.org.uk/about-microbiology/introducing-microbes/fungi
Reproducción
Los hongos tienen reproducción sexual y asexual a través de esporas, las cuales no
podemos confundir con las endosporas de las bacterias que son estructuras de
resistencia y no reproductiva. Son dos los tipos de esporas (esporas sexuales y conidias
o esporas asexuales). Las esporas asexuales (conidias) se desprenden de una hifa, y
cuando germinan se convierten en un individuo idéntico al parental; mientras que, las
esporas sexuales fusionan núcleos e intercambian material genético de tal manera que
la célula hija tendrá características de ambas cepas parentales (Tortora et al. 2007).
Nutrición y aplicaciones ambientales
Los hongos son heterótrofos (quimioorganotrofos que necesitan compuestos orgánicos

como fuente de energía y carbono), crecen en ambientes con pH ácidos (alrededor de 4
y 5) y altas concentraciones de azúcares porque su requerimiento de carbohidratos es
más alto que el de las bacterias, mientras que el del nitrógeno es menor, los hongos
filamentosos son aerobios entretanto las levaduras son anaerobias facultativas, no
existen hongos anaerobios estrictos.
Los hongos tienen la capacidad de degradar carbohidratos complejos como la lignina y

celulosa en sus actividades metabólicas, compuestos que se encuentra en grandes
cantidades en las plantas, por lo tanto tienen un papel beneficioso en la descomposición
de material vegetal muerto, leñoso o de desecho en los bosques. También establecen
relaciones simbióticas con las plantas (micorrizas) y le ayudan a la absorción y
asimilación de minerales que serían muy difíciles de captar por la planta individualmente.
Los hongos también producen sustancias de interés industrial y farmacológico (etanol,
52
bebidas, antibióticos, etc), además de utilizarse como fuente de alimentos ya que mucho
de ellos son comestibles (champiñones) y tienen importantes calidades nutricionales de
carbohidratos, proteínas y vitaminas.
Algunos filos de importancia
 Zygomycota
Son hongos filamentosos que crecen en materia orgánica en descomposición

(saprofitos), también infectando insectos, tienen hifas cenocíticas. Sus esporas
sexuales (zigosporas), son grandes y cubiertas por una pared gruesa, se que se
producen por meiosis; las esporas asexuales se conocen como esporangiosporas.
Entre los hongos más conocidos tenemos al moho de pan, Rhizopus stonolifer y
el Mucor sp. Ver la figura 33.
 Basidiomycota
Tienen hifas septadas, se encuentran en el suelo o material vegetal, las basidiosporas

son sus esporas sexuales que se forman por meiosis, y las conidias sus esporas
asexuales. Dentro de este grupo encontramos a las setas u hongos macroscópicos.
Ver figura 34.
 Ascomycota
Es el grupo más grande, también

llamados hongos en sacos, crecen en
diversos ambientes (suelos, vegetales,
cuero, tela, vidrios, madera, etc). Sus
esporas asexuales son los conidios y la
sexuales las ascosporas. También hay
levaduriformes entre
ellos Saccharomyces
cerevisiae (ampliamente usada en
procesos fermentativos), la mayoría de
los líquenes, muchos actúan como
micorrizas u hongos endófitos. Ver
figura 34.
Figura 33. Ciclo de vida del moho del

pan Rhizopus stolonifer. (a) Reproducción
asexual y (b) reproducción sexual del
hongo Rhizopus stolonifer. Tomado del
enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estati
ca/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Secci
on%205/5%20-%20Capitulo%2029.htm
53
Figura 34. Ciclo de vida de Basidiomycota y Ascomycota. A la izquierda y derecha

respectivamente.http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%20
5/5%20-%20Capitulo%2029.htm
NOTA:
Leer la sección 14.9 sobre hongos en: Introducción a la microbiología en:Madigan, M.,
Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
54
Lección 23. Hongos mucosos
Son organismos eucariotas, que producen esporas y tienen movimientos ameboides, se

encuentran en material vegetal en descomposición, suelo, en ambientes húmedos o
acuáticos y se alimentan de principalmente de bacterias que ingieren por fagocitosis.
Existen dos grupos:
 Hongos mucosos celulares
Se originan de la germinación de una espora en condiciones favorables que genera

amebas individuales que pueden agregarse gracias a la señal de adenosinmonofosfato
cíclico (cAMP) para posteriormente formar otro cuerpo fructífero que produzca esporas.
Son conocidos como hongos acelulares. Pueden tener reproducción sexual o asexual.
Ejemplo, el géneroDictyostelium (figura 35).
Figura 35. Ciclo de vida de Dictyostelium discoideum. (Tomado de Kessin, 2000).
 Hongos mucosos plasmodiales
Son una masa protoplasmática multinucleada llamada plasmodio, con movilidad

ameboide, tienen microfilamentos debajo de la membrana plasmática que favorecen
el desplazamiento. Pueden tener reproducción sexual u asexual. Ejemplo el
género Physarum (figura 36).
55
Figura 36. Hongos mucilaginosos. A la izquierda imagen de un plasmodio reticulado y a la derecha

imagen de cuerpos fructíferos. Tomado del
enlace:http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB
%C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/
NOTA:
Leer la sección 14.10 sobre hongos mucosos en: Introducción a la microbiología

en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biología de los
microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Lección 24. Protozoos
Son organismos unicelulares eucariotas, sin pared celular, se mueven a través de

flagelos, cilios o seudópodos (pies falsos), son mucho más grandes que las bacterias,
algunos tienen cloroplastos (dinoflagelados y euglenoides), presentes en ambientes
acuáticos (agua dulce o salada), suelo, árboles, ambientes húmedos, viven como
entidades libres o como parásitos. Pueden reproducirse sexual (conjugación) o
asexualmente (fisión). Forman estructuras en medios adversos llamados quistes.
Nutrición
Son quimioheterótrofos, principalmente aerobios, saprofitos (alimentación de materia

orgánica en descomposición), los ciliados se nutren por fagocitosis donde el alimento
(bacterias, resto de células, pequeñas células eucariotas) entra por una abertura
semejante a una boca llamada (citostoma) hacen la digestión en las vacuolas y los
desechos salen por un poro anal. Al estadio de alimentación o crecimiento se le conoce
como trofozoito.
Al ser depredadores que cazan bacterias, hongos pequeños y algas juegan un papel muy
importante en la cadena alimentaria y en el equilibrio de la biomasa y poblaciones de la
56
microbiota. Unos pocos son patógenos humanos pero lo que están en este grupo tienen
una gran repercusión en la salud pública.
Reproducción
Su reproducción en forma asexual es por fisión o esquizogonia (el núcleo sufre múltiples
divisiones para formar varios núcleos que luego son rodeados por citoplasma para formar
nuevas células hijas). En la reproducción sexual (conjugación) de algunos ciliados como
el Paramecium como lo muestra la figura 37, dos células con núcleos haploides se
fusionan donde un núcleo migra hacia el otro y al separarse las dos células cada una
queda fecundada donde luego de la división producirán células hijas con ADN
recombinante (Tortora et al 2007).
Clasificación
Basados en el tipo de locomoción o movimiento podemos clasificarlos en varios grupos:
 Mastigophora: flagelados
Son protozoos flagelados (uno o más flagelos) de vida libre, están presentes en
ambientes acuáticos y pueden ser patógenos de animales (incluido el hombre). En
este grupo encontramos a los euglenoides los cuales tienen cloroplastos que le
permiten tener un tipo de nutrición fotoautótrofa, pero cuando no tiene luz disponible
puede crecer como un quimioorganotrofo (figura 38). Dentro de los flagelados se
encuentran los hemoflagelados (parásitos de la sangre) como el
género Trypanosoma que son transmitidos por insectos hematófagos.
 Ciliophora
Poseen filamentos cortos y numerosos (cilios) alrededor de la célula que le permiten

el desplazamiento, el ciliado más conocido es Paramecium (figura 39). Pueden estar
presentes en agua dulce o salada además de infectar animales.
Figura 37. Conjugación del protozoo Paramecium. Tomado del

enlace: http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
57
 Sarcodina
Se desplazan por medio de proyecciones o extensiones del citoplasma llamadas

seudópodos, pueden estar presentes en ambientes acuáticos y parasitar animales.
En este grupo se encuentra las amebas como Entamoeba histolytica que causa
enfermedades como la disentería. (Figura 38)
 Esporozoos
Son parásitos obligados e inmóviles en estado adulto. El ejemplo más importante es

el género Plasmodium causante de la malaria (figura 38).
Figura 39. Ejemplo de ciliophora. Paramecium y sus partes. Tomado del

enlace: http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
58
Figura 38. Phylum del reino protista. Este reino incluye hongos mucosos, protozoos y algas. En el cuadro
se describen algunas características y ejemplos. (Tomado del
enlace: http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB-
%C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/).
NOTA:
Leer por favor las páginas 8 hasta la 11 del siguiente enlace:
http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7.pdf
59
Lección 25. Algas
Son organismos eucariotas, unicelulares o pluricelulares, forman agregados, tienen

cloroplastos que le permiten realizar procesos de fotosíntesis, la mayoría son verdes pero
pueden presentar coloraciones rojizas o marrones gracias a las xantofilas, viven en
ambientes acuáticos y en el suelo. Cuentan con varios tipos de clorofila y polímeros de
reserva que incluso sirven para su identificación, existen formas microscópicas y
macroscópicas. Las algas multicelulares tienen un cuerpo conocido como tallo. Tienen
reproducción sexual y asexual.
La composición química de sus paredes celulares es variable en algunas está formada

por celulosa modificada por polisacáridos (xilano, peptina, ácido algínico, etc), en otras
por carbonato de calcio, quitina o silicio (diatomeas). Las paredes celulares tienen poros
que le permiten el ingreso de moléculas pequeñas, iones y sustancias nutritivas para su
metabolismo (Madigan et al 2003).
Son habitantes cosmopolitas de la tierra, productores de oxígeno, la mayoría se

encuentran en aguas oceánicas pero es muy común observarlas en ríos, rocas,
vegetales, plancton, cortezas, paredes y formando asociaciones simbióticas mutualistas
con hongos (líquenes), animales y helechos. Aunque también existen algas parásitas.
Tienen una gran importancia ecológica porque fijan el dióxido de carbono en moléculas
orgánicas que puedan ser asimiladas por organismos quimioheterótrofos, convierten el
CO2 en carbohidratos y producen oxígeno. Son indicadores de contaminación y equilibrio
ambiental (Tortora et al 2007).
La ficología es la ciencia que estudia las algas. Las figuras 38, 40, 41 y 42 muestran
ejemplos de los grupos de algas. Las figuras 40 y 41 fueron tomadas del enlace
virtual: http://www.tutorvista.com/content/biology/biology-iii/kingdoms-living-
world/algae.php
Algunos filos de algas
Cuadro 5. Comparación de características de filos de algas.
Phylum Nombre Pared Morfología Pigmentos Reserva Aplicación/característica

Celular
Phaeophyta Algas pardas Celulosa Multicelulares Clorofilas Carbohidratos El alginato se usa en la
o con filamentos acy (laminaria) industria de
alginato o xantófilas alimentos(helados,
ramificaciones repostería), neumáticos,
semejantes a lociones.viven en
plantas ambientes marinos
Rhodophyta Algas rojas Celulosa Unicelulares y Clorofilas a Polímeros de Obtención de agar y
multicelulares, y d, glucosa, carragenina / algunas
filamentosas ficocianina floridean algas producen toxinas
con y ficoeritrina mortales. Viven en
ramificaciones ambientes marinos
60
Phylum Nombre Pared Morfología Pigmentos Reserva Aplicación/característica

Celular
Chlorophyta Algas verdes Celulosa Unicelular y Clorofilas a Almidón Forman el verde en
multicelular yb estanques. Viven en agua
dulce y suelo
Bacillariophyta Diatomeas Pectina Unicelulares Clorofilas a Lípidos o Algunas pueden causar
y sílice y c, aceite intoxicaciones por el ácido
carotenos y domoico. Presentes en
xantófila agua dulce y marina
Pyrrophyta Dinoflagelados Celulosa Unicelulares Clorofila a y Almidón Algunas algas producen
o plancton ce, neurotoxinas, producen la
carotenos y marea roja. Viven en
xantinas ambientes marinos.
Figura 40. Ejemplos de Phaeophyta.
Figura 41. Ejemplos de Clorophyta y Rodophyta. A, algas pertenecientes Clorophyta y B pertenecientes

a Rodophyta.
61
Figura 42. Ejemplos de Bacillariophyta y Pyrrophyta. Izquierda, varios tipos de diatomeas. A la

derecha Gonyaulax verior (A) una célula viva; (b) tecas en vista dorsal y ventral; (C) un quiste. Tomadas
de http://www.flickr.com/photos/52345239@N05/sets/72157625392836753/detail/http://www.nordicmicroa
lgae.org/taxon/Gonyaulax
NOTA:
Leer por favor el siguiente enlace para mayor información:
http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7.pdf
62
Capítulo 6. Sistema de vida anaerobio
Lección 26. Respiración anaerobia
Es un proceso de generación de energía (ATP) a través de reacciones de oxido reducción

similar a la respiración aerobia pero se caracteriza porque el aceptor final de electrones
no es el oxígeno molecular (O2) sino sustancias inorgánicas como nitratos (NO3-), iones
de hierro (Fe3+), sulfatos (SO42-), carbonatos y en algunas o pocas ocasiones compuestos
orgánicos (figura 43). En este tipo de respiración se obtiene menos energía que en la
respiración aerobia pero es vital para la supervivencia y metabolismo de microorganismos
anaerobios estrictos, aunque también puede presentarse en anaerobios facultativos los
cuales en ausencia de oxígeno recurren a esta vía.
Al igual que en la respiración aerobia también hay una cadena transportadora de

electrones análoga (con citocromos, quinonas, ferrosulfoproteínas y otras proteínas
transportadoras de electrones), presentes en la membrana celular. Entre los
microorganismos que utilizan esta vía tenemos: Pseudomonas, Bacillus, Desulfovibrio,
Thermoplasma, Methanococcus, etc.
La fermentación y la respiración anaerobia son dos procesos diferentes, porque aunque

la fermentación es anaeróbica en ésta no participa una cadena transportadora de
electrones y el aceptor final es una sustancia orgánica.
Es importante resaltar que los microorganismos que emplean este tipo de respiración
tienen un crecimiento más lento respecto a los que usan la respiración aerobia.
Metabolismo asimilador y desasimilador
Muchos microorganismos usan compuestos inorgánicos como fuentes de nitrógeno,

carbono, hierro, azufre, etc donde estos grupos se reducen, pero no podemos confundir
la asimilación con el uso de iones inorgánicos como aceptores finales de electrones. Para
esto se emplean dos términos: asimilación y desasimilación. En la asimilación sólo se
reducen los compuestos suficientes para cumplir las necesidades nutritivas del
microorganismo y formar macromoléculas (frecuente en bacterias, hongos, plantas
superiores, etc), mientras que, en el metabolismo desasimilador se reduce una cantidad
mayor de compuestos orgánicos para ser aceptores de electrones, esto sólo ocurre en
ciertas procariotas (Madigan et al 2003).
63
Figura 43. Ejemplos de respiración anaerobia. (Tomado de Madigan et al. 2003).
NOTA:
Leer la sección 17.13 sobre respiración anaerobia en: Madigan, M., Martinko, J
& Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
64
Lección 27.Reducción del nitrato y proceso de desnitrificación
El nitrato (NO3-) y el amoniaco (NH3) son fuentes de nitrógeno inorgánico que pueden
usarse como aceptores de electrones en la cadena respiratoria anaerobia. Uno de los
más comunes y estudiados es el NO3-, el cual puede ser reducido con la participación de
enzimas (nitrato reductasa, nitrito reductasa, óxido nítrico reductasa, y óxido nitroso
reductasa) todas ellas presentes en la membrana celular, las dos primeras se encuentran
inmersas en la membrana mientras que las restantes sólo en la superficie. Ellas sólo se
activan en ausencia de oxígeno y cuando el nitrato está presente antes de expresarse
completamente las enzimas.
Cuando el aceptor de electrones nitrato es reducido a productos gaseosos que pasan a

las atmósfera se le conoce como desnitrificación.
NO3- → NO2- → NO → N2O → N2
Cada reacción es catalizada por las cuatro enzimas descritas arriba en su orden. La
nitrato reductasa (que contiene molibdeno) inicia la reducción del nitrato a nitrito y la nitrito
reductasa lo reduce a óxido nítrico y así sucesivamente hasta obtener nitrógeno gaseoso.
Al ser el nitrato una forma de nitrógeno accesible para las plantas las desnitrificación es
considerada una pérdida para la agricultura porque este pasa a la atmósfera como N 2.
Este proceso puede presentarse cuando los suelos están anegados y la concentración
de oxígeno disminuye. Pero puede convertirse en un beneficio para le tratamiento de
aguas residuales porque la reducción de nitrato desfavorece el crecimiento de algas.
En bacterias como Escherichia coli el nitrato sólo se reduce a nitrito mientras que el las
bacterias Paracoccus denitrificans yPseudomonas stutzeri es reducido hasta nitrógeno
molecular además durante el transporte de electrones en la cadena respiratoria
anaerobia se genera un fuerza motriz protónica que produce ATP (figura 44).
Figura 44. Posible transporte de electrones en Pseudomonas stutzeri durante la desnitrificación. Note que
hay enzimas inmersas en la membrana celular y periplásmicas. Fp = flavoproteinas, Q= ubiquinona y Cyt=
citocromos. (Tomado de Madigan et al. 2003).
65
Es importante mencionar que la mayoría de las procariotas desnitrificantes en presencia

de oxígeno realizan respiración aerobia ya que ella les proporciona más energía aunque
esté presente el nitrato (Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer por favor el siguiente artículo para mayor información:
http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/NOVA6_ARTORIG4.pdf
Lección 28. Reducción de sulfatos
En los sistemas anaeróbicos el sulfato (SO4-), la forma más oxidada del azufre, se usa
como aceptor de electrones para generar energía y reducirlo finalmente a sulfuro (H2S)
para luego excretarlo. El sulfuro de hidrógeno es un compuesto importante en procesos
biogeoquímicos. El proceso más favorable energéticamente es la respiración aeróbica,
pero entre la reducción de nitrato y sulfato esta última es menos favorable. Entre los
compuestos donadores de electrones más usados por las bacterias sulfato reductoras
para reducir el sulfato están el acetato, lactato, piruvato, etanol, fumarato, fosfitos, etc.
Para que el sulfato se reduzca a sulfuro deben ocurrir varias etapas. Primero
la activación del sulfato, como el sulfato es una sustancia estable éste debe activarse
con ATP por medio de la enzima ATP sulfurilasa la cual une el sulfato a un fosfato del
ATP para formar adenosina fosfosulfato (APS), el APS puede reducirse a sulfito (SO3-2 +
AMP) por la actividad de la enzima APS reductasa y por último el sulfito se reduce al
sulfuro (H2S) por la acción de la sulfito reductasa (figura 45).
66
Figura 45. Reducción del sulfato. Esquema de reducción asimiladora y desasimiladora del sulfato (tomado
de Madigan et al. 2003).
Durante la reducción del sulfato el transporte de electrones genera una fuerza motriz
protónica útil para la producción de ATP por la acción de una enzima APT asa. En este
transporte de electrones participan varias proteínas periplásmicas (enzima hidrogenasa,
citocromo c3, complejo de citocromo Hmc). Primero los electrones donados por el sustrato
citoplasmático son recibidos por la enzima hidrogenasa las cual los transfiere al
citocromo c3 y éste a su vez al complejo Hmc el cual finalmente los transporta por la
membrana celular hasta el citoplasma donde los recibe la molécula de APS que
finalmente puede reducirse por la acción de la sulfato reductasa hasta formar sulfuro.
Entonces finalmente, un sulfato reducido a sulfuro genera fuerza motriz protónica que
produce una molécula de ATP. Pero cuando el lactato o piruvato es el donador de
electrones se genera otra molécula de ATP producida por la oxidación del piruvato a
acetato (Madigan et al 2003) ver figura 46. Este es un proceso típico en Desulfovibrio
desulfuricans.
67
Figura 46. Transporte de electrones en bacterias reductoras de sulfato. Para mayor detalle leer el texto
(tomado de Madigan et al. 2003).
En el metabolismo asimilador del sulfato, es decir el que tiene como finalidad la formación
de compuestos orgánicos de azufre o biosíntesis, la enzima APS quinasa añade otro
grupo fosfato a la molécula de APS para formar fosfoadenosina fosfosulfato (PAPS) el
cual puede continuar sus etapas hasta la formación de sulfuro.
Todos los microorganismos reductores de sulfato son anaerobios obligados. El acetato

también es usado por muchas bacterias como donador de electrones para la reducción
del sulfato. Otras bacterias sulfato reductoras usan compuestos de azufre en estado de
oxidación intermedio para reducir desproporcionadamente compuestos de azufre.
También se ha aislado una bacteria autótrofa y anaerobia estricta (Desulfotignum
phosphitoxidans) que acopla la reducción del sulfato a la oxidación del fosfito (HPO3-)
obteniendo como productos fosfatos y sulfuro. Como el fosfito se oxida espontáneamente
en el aire todavía no se conoce el sustrato que usa para obtenerlo pero se asume que
puede estar presente en ambientes anaeróbicos (Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer por favor el siguiente artículo para mayor información:
http://www.scielo.org.bo/pdf/rbfb/v17n1/v17n1a02.pdf
68
Lección 29. Metanogénesis
Es un proceso que realizan microorganismos conocidos como metanógenos (archaeas

anaerobias estrictas) que usan el carbono (dióxido de carbono) como aceptor final de
electrones para producir metano.
CO2 + 4 H2 → CH4 + 2H2O
Coenzimas que participan en la metanogénesis
Según Madigan et al. (2003) pueden dividirse en las transportadoras de carbono y en las
que suministran electrones en la reacciones de óxido reducción:
 Coenzima metanofurano (MF)
Transportan la unidad de carbono desde el sustrato inicial que puede ser CO 2 hasta
el sustrato final CH4. Participa en la primera etapa de la metanogénesis.
 Coenzima metanopterina (MP)
Porta la unidad de carbono en las etapas intermedias de la conversión del dióxido de

carbono a metano.
 Coenzima M (CoM)
Participa en la etapa final de la metanogénesis, convierte el metilo (CH3) a metano

(CH4). Es la coenzima más pequeña de todas.
 Coenzima F430
Su estructura está formada con un tetrapirrol con níquel, participa en el paso final de
la metanogénesis como un complejo enzimático de metilreductasa. A diferencia de
las anteriores no porta la unidad de carbono.
 Coenzima F420
Es un derivado de flavina que participa como donador de electrones en la reducción

del dióxido de carbono. Esta coenzima fluoresce a 420 nm y puede se usada para
identificar metanógenos.
 Coenzima B (CoB)
Participa al finalizar la metanogénesis con el complejo enzimático de la

metilreductasa.
69
Proceso de metanogénesis
Aunque la reducción del dióxido de carbono a metano usualmente depende del hidrógeno
molecular (H2), otros compuestos (acetato, formiato, monóxido de carbono, alcoholes,
etc) también pueden actuar como donadores de electrones para la reducción del CO 2.
En la metanogénesis el CO2 es activado por la enzima que contiene metanofurano (MF)

y reducido a formilo, luego éste se transfiere a la enzima que tiene metanopterina (MP),
aquí se produce una molécula de agua y lo reduce a metileno, posteriormente lo vuelve
a reducir a metilo. El grupo metilo es transferido a la enzima CoM para formar metil-CoM y
reducirse finalmente a metano por la acción del complejo enzimático metil reductasa
donde participan activamente F430 y CoB. La F430quita el CH3 del CH3-CoM y forma el
complejo Ni2+-CH3 que es reducido por los electrones aportados por el complejo unido
por puentes disulfuro CoM-S-S-CoB; para mayor ilustración ver la figura 47. (Madigan et
al 2003).
La enzima que contiene F430 genera una fuerza motriz protónica capaz de generar ATP,
además de las reducciones asociadas a la enzima heterodisulfuro reductasa que generan
reacciones exergónicas y extrusiones a través de la membrana celular (Madigan et al
2003).
Los microorganismos
metanógenos (Methanosarcina barkeri,
Methanobacterim formicicum, Methanopyurus,
etc) pueden encontrarse en materias orgánica
en descomposición, zonas pantanosos,
sedimentos, hidrotermales, reservas de petróleo
y ambientes anoxigénicos con materias
orgánica, aunque también pueden estar
presentes en el trato digestivo de animales.
Figura 47. Proceso de metanogénesis a partir de

dióxido de carbono. El átomo de carbono aparece en
amarillo y la fuente de electrones en marrón. Los
electrones para la reducción del CO2 provienen del
H2. Para mayor detalle leer el texto. (Tomado de
Madigan et al. 2003).
NOTA:Por favor leer el siguiente artículo:
http://redalyc.uaemex.mx/redalyc/pdf/231
1/231116434001.pdf
70
Lección 30. Acetanogénesis
La Acetogénesis es un proceso que realizan microorganismos conocidos como

homoacetógenos (son anaerobios estrictos), que usan el CO 2 (compuesto abundante en
la naturaleza y ambientes anoxigénicos) como aceptor de electrones para la generación
de energía y al hidrógeno (H2) u otras sustancias (azúcares, aminoácidos, ácidos
orgánicos, alcoholes, etc) como donadores de electrones para producción de acetato:
4H2 + H+ + 2HCO3- → CH3COO2 + 4H2O
C6H12O6 → 3CH3COO- + 3H+
2 piruvato + 4H → 3CH3COO- + H+
Los homoacetógenos convierten el dióxido de carbono en acetato a través de la vía

acetil-CoA o vía Ljungdahl-Wood en honor a sus descubridores (figura 48).
Figura 48. Producción de acetato a través de la vía acetil coenzima A. (Tomado de Madigan et al. 2003).
71
La mayoría de homoacetógenos que excretan el acetato como producto del metabolismo

energético son bacterias Gram positivas (Clostridium, Acetobacterium, etc).
Vía de la acetil-CoA
La vía de la acetil-Coenzima-A no es un ciclo, sino que reduce el dióxido de carbono y

produce el acetato por medio de dos vías lineales. En la primera una molécula de CO2 se
reduce al grupo metilo que hará parte del acetato y en la segunda otra molécula de
dióxido de carbono se reduce para formar el grupo carbonilo, ambos se ensamblan y
forman la coenzima A, precursor del acetato (figura 48).
Entonces en mayor detalle, para obtener el acetato participa una enzima que usa como
cofactores iones de níquel, zinc e hierro, conocida como la monóxido de carbono
deshidrogenasa (CO deshidrogenasa), la cual cataliza la formación de CO que terminará
en la posición carbonilo del acetato (-COO-). El grupo metilo se forma porque una
segunda molécula de CO2 se reduce por la coenzima tetrahidrofolato donde ésta lo
transfiere a una enzima que contiene B12; finalmente por acción de la CO deshidrogenasa
se combina el grupo metil y CO, donde el Ni de la enzima interacciona con el grupo metilo
y el Fe de la enzima con el CO, además de la coenzima A para formar acetil coenzima A;
en este paso se genera una fuerza motriz protónica que sirve para la síntesis de ATP.
Posteriormente el acetil coenzima A se convierte a acetato y se genera otro ATP. Por lo
tanto un ATP se forma por la fuerza motriz protónica mientras que el otro por fosforilación
a nivel de sustrato.
NOTA:
Por favor leer el siguiente texto:
http://www.ingenieroambiental.com/4014/tratamiento545.pdf
72
UNIDAD 3. ECOLOGÍA Y MICROBIOLOGÍA
Capítulo 7. Métodos para estudiar microorganismos
Lección 31. Análisis de las comunidades microbianas basado en técnicas de

cultivo
En las muestras ambientales es casi imposible encontrar un solo tipo de microorganismo,

pero cuando queremos aislar o conocer la microbiota de determinada muestra es muy
importante darles las condiciones que reflejen el medio en el que los microorganismos
deseados se encuentran, es decir, se debe tener en cuenta la temperatura, humedad,
pH, tipo de nutrientes, consistencia adecuada del medio, presencia o ausencia de gases,
luz, etc., de tal manera que las condiciones de laboratorio imiten el estado ideal del
microorganismo en la naturaleza y limite el crecimiento de aquellas especies que no
queremos estudiar. Uno de los métodos más usados para aislar microorganismos
ambientales son los medios de cultivo, éstos pueden ser sólidos, semi-sólidos o líquidos
y deben otorgarle todas las condiciones nutricionales y ambientales para que se de el
crecimiento microbiano. Es importante resaltar que no todos los microorganismos pueden
cultivarse en el laboratorio, por ejemplo, archaeas presentes en ambientes con
temperaturas extremas. En estos casos los conocimientos de la biología molecular y la
biotecnología han sido clave para poder conocer parte de este tipo de organismos
extremófilos.
Existen varios tipos de medios de cultivo, entre ellos tenemos:
 Medios definidos
Son aquellos medios de cultivo a los que se les conoce la composición química y
concentración de todos sus componentes, es decir fuente de carbono, nitrógeno, sales,
etc., o sustancias particulares como vitaminas, factores de crecimiento. Estos medios
suelen usarse para trabajos experimentales o para cultivar microorganismos
quimioheterótrofos o autótrofos.
 Medios complejos
Son aquellos medios a los que no se les conoce la composición química exacta de sus
componentes, como los que contienen extracto de levadura, peptona, extracto de carne,
etc. Son muy usados en el laboratorio para microorganismos ambientales y patógenos.
 Medios selectivos
Contiene sustancias que favorecen el desarrollo y crecimiento de microorganismos

deseados pero inhiben el crecimiento de los indeseados. Suele usarse tanto para hongos
como para bacterias. Es muy útil cuando se parte de inóculos con poblaciones
microbianas heterogéneas o mixtas.
73
 Medios diferenciales
Permiten diferenciar microorganismos de acuerdo a sus propiedades y reacciones de

crecimiento en el medio. Ejemplo, en el agar sangre se diferencian microorganismos
hemolíticos y no hemolíticos. También se usan para aislar microorganismos dentro de
una mezcla.
 Cultivo de enriquecimiento
Se usa cuando el/los microorganismo (s) deseado está en pequeñas cantidades mientras
que los indeseados están presentes en altas proporciones de tal manera que con los
sustratos selectivos aportados se promueva el crecimiento de los microorganismos de
interés hasta obtener concentraciones detectables. Por ejemplo, si queremos aislar de
una muestra de sedimento bacterias que degraden o metabolicen lípidos a través de
lipasas, lo ideal es sembrar el inóculo directamente en un medio enriquecimiento líquido
que contenga lípidos (como el aceite de oliva) como única fuente de carbono y energía,
de tal manera que sólo los microorganismos que tengan estas enzimas puedan crecer en
él. Es muy práctico realizar pases sucesivos a medios enriquecidos frescos con el
sustrato limitante para asegurar que toda la población que se obtuvo tiene lipasas (figura
49). Pero si en el estudio queremos no sólo detectar y aislar cepas lipolíticas sino también
termofílicas lo indicado sería además de usar aceite de oliva como fuente de carbono y
energía usar condiciones de incubación a altas temperaturas; de esta manera sólo lo
lipolíticos termofílicos podrían sobrevivir en estas condiciones.
Otro ejemplo de cultivo de enriquecimiento es la columna de Winogradsky, en honor al

investigador que la diseñó. Esta columna es un sistema anaerobio para el
enriquecimiento y aislamiento de bacterias fototróficas (rojas y verdes), sulfato
reductoras, anaerobias, algas o cianobacterias; la columna de Winogradsky se realiza en
un cilindro que contiene material orgánico, lodo y agua de lagos, charchos o acequia;
donde los microorganismos se van desarrollando estratificadamente de acuerdo a sus
actividades metabólicas y requerimientos ambientales (figura 50).
Figura 49. Medio de enriquecimiento. Medio de enriquecimiento FAM + aceite de oliva al 1% (izquierda)
para aislar microorganismos lipolíticos a partir de muestras de sedimentos (a la derecha). Fuente Carmen
Julia Pedroza.
74
Figura 50. Columna de Winogradsky. Imágenes tomadas del

enlace: http://biosonia.blogspot.com/2008/12/webquest-la-columna-de-winogradsky.html
NOTA:
En el siguiente enlace encontrará mayor información:
http://www.unavarra.es/genmic/microgral/Tema%2002.-
%20Cultivo%20de%20microorganismos.pdf
Lección 32. Aislamiento de cultivo axénico
Consiste en la obtención de colonias puras, es decir, grupo o aglomeración de

microorganismos de la misma especie originados a partir de una espora o célula
vegetativa; esta colonias tienes características distintivas que les permite diferenciarlas
de otras.
Si consideramos el ejemplo anterior de enriquecimiento de bacterias lipolíticas, pero

ahora con el objetivo de aislar por aparte cada especie de bacterias (clones), es decir,
obtener un cultivo puro, existen varias técnicas que puede ser muy útiles, entre ellas:
75
diluciones seriadas, siembre en superficie, siembra en profundidad (vistas en la lección

18), siembra por estrías o agotamiento y pinzas ópticas de láser.
 Siembra por estrías
Se toma el inóculo de un cultivo mixto con un asa y se extiende sobre la superficie del
medio de cultivo sólido contenido en una caja de petri, luego se hacen estrías en forma
de zigzag, posteriormente debe esterilizarse el asa con calor, girar la caja e iniciar en la
última línea que se sembró para trazar de nuevo la líneas en formar de zigzag, se
esteriliza de nuevo el asa y se repite el procedimiento de tal manera que el inóculo se va
agotando y las colonias que crecerán después del periodo y temperatura de incubación
tendrán una distribución aislada unas de otras, de tal manera que cada colonia pueda
aislarse de nuevo por agotamiento y comprobar por medio de otras técnicas que el
microorganismo está puro (figura 51).
Figura 51. Método de siembra por estrías o agotamiento. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Las colonias tienen características específicas que ayuda a diferenciarlas (color, borde,
elevación, brillo, etc); pero además de estos detalles es muy importante apoyarse con
tinciones y observaciones microscópicas para determinar morfologías o estructuras.
 Pinzar de láser
En esta técnica se usa un microscopio óptico invertido, con un láser infrarrojo y un

instrumento de micromanipulación, donde un rayo láser se enfoca sobre una célula
(puede ser una bacteria, espora, etc) de forma individual y crea fuerzas de radiación sobre
ella que permite su desplazamiento controlado en cualquier dirección mientras
esté sometida a la fuerza por el haz del láser. Este experimento se realiza en un tubo
capilar donde está contenida la muestra mixta o población, de tal manera que cuando el
76
láser separe la célula o bacteria de interés de la mezcla o cultivo, se corte el capilar y

quede completamente aislada del resto. Luego puede transferirse a un cultivo fresco para
obtener el cultivo puro o clones (figura 52) (Madigan et al 2003).
Figura 52. Pinzas láser. También conocidas como pinzas ópticas láser (tomado de Madigan et al.
2003).
NOTA:
Para mayor ilustración por favor ver este enlace:
http://129.215.156.68/tweezermovies/tweezermovies.htm
http://www.science.oas.org/Simbio/mbio_ind/cap3_mi.pdf
Lección 33. Análisis molecular de las comunidades microbianas
Existen varias técnicas que permiten cuantificar, detectar y conocer los microorganismos
presentes en determinado hábitat microbiano, Madigan et al. (2003) expone varias de
ellas como se describirán a continuación:
Tinción fluorescente con DAPI
Es empleado para teñir microorganismos de ambientes opacos, la tinción se realizan con

el colorante fluorescente 4’,6-diamino-2-fenilindol, el cual se une a los pares de bases
adenina: timina (A:T) del ADN (o también al ARN) del microorganismo . Las células
teñidas con DAPI muestran una fluorescencia azul brillante que facilita su detección y
conteo con un microscopio de fluorescencia con luz ultravioleta. Esta es una tinción que
es muy específica porque se une al ADN y no a material inerte pero no discrimina células
muertas ni microorganismos específicos, de tal manera que permite la cuantificación total
de la población. Se usa para cuantificar microorganismos de muestras clínicas y
alimentos (figura 53).
77
Figura 53. Tinciones fluorescentes de células. (A) Tinción con DAPI, los núcleos de las células se ve en
azul. (B) Tinción de células viables, las células vivas se observan verdes mientras que las muertas rojas.
Tinción de viables
A diferencia de la anterior esta técnica permite diferenciar y contabilizar células vivas y

muertas. En este método se usan dos colorantes fluorescentes, verde y rojo, el verde
puede penetrar todas las células muertas o vivas (viables); mientras que el rojo (yoduro
de propidio) sólo penetra las células cuya membrana está dañada, es decir células
muertas. Por lo tanto las células viables al teñirse de verde pueden cuantificarse. Esta
técnica puede ser inespecífica con materiales inertes por lo tanto no se recomienda su
uso en ambientes naturales si no en cultivos de laboratorio (figura 53).
Anticuerpos fluorescentes
Esta tinción no se realiza sobre los microorganismos sino en anticuerpos; entre los
colorantes útiles para teñir anticuerpos está la Rodamina B y el isotiocianato de
fluorescencia, los cuales emiten una fluorescencia roja o amarillo verdosa
respectivamente. Esta técnica es muy específica porque permite la detección de
anticuerpos unidos a la célula o antígenos de la superficie celular, por la emisión de
fluorescencia del colorante que puede ser detectada con un microscopio. Es muy útil en
estudios de ecología microbiana porque permite identificar microorganismos en
ambientes naturales sin tener que aislarlos o cultivarlos además de rastrearlos en hábitats
complejos. Su desventaja radica en que la preparación de anticuerpos específicos para
microorganismos puede ser larga y laboriosa. Para diagnósticos clínicos es una técnica
muy común por la mayor disponibilidad comercial (figura 54).
78
Figura 54. Tinción con anticuerpos fluorescentes y con FISH. A la izquierda identificación de Yersinia pestis
con anticuerpos fluorescentes CDC y a la derecha FISH múltiple para identificar bacterias nitrificantes de
aguas residuales. En rojo oxidadotas de amoniaco y en verde oxidadotas de nitritos. (Tomado de Brock et
al. 2003)
Proteína fluorescente verde
Por medio de la tecnología del DNA recombinante se puede insertar un gen que codifica
una proteína fluorescente verde (GFP siglas en inglés) en el genoma de una célula, de
tal manera que cuando la proteína se exprese en la célula pueda observarse la coloración
verde con la ayuda de un microscopio de de luz ultravioleta. Cómo sólo las células
recombinantes pueden emitir el color verde no es adecuada para el estudio de
poblaciones naturales (las células nativas en ambientes naturales no emiten color) pero
si para observar el comportamiento in situ de la célula modificada genéticamente frente
a las cepas nativas.
Todas la técnicas descritas anteriormente requieren el uso de un microscopio para poder

observar a los microorganismos, pero no representa una ayuda para estudiar la
diversidad genética en los ambientes naturales porque es muy difícil diferenciar células
con morfologías o tamaño, por lo tanto el uso de técnicas moleculares permite estudiar la
información genética y así dilucidar funciones de genes, interacciones de
microorganismos y funciones dentro de un ecosistema.
Tinciones genéticas
Es un método muy útil para identificar y cuantificar microorganismos en la naturaleza, se

realiza con la ayuda de fragmentos u oligonucleótidos de ADN o ARN complementario a
una secuencia del gen diana (blanco o de estudio) llamada sonda, donde ésta puede
teñirse con colorantes fluorescentes; esta técnica se conoce como hibridación
fluorescente in situ (FISH por sus siglas en inglés).
79
 Tinción filogenética con FISH
Para esta técnica se usan colorantes filogenéticos, llamados así porque la soda empleada
es complementaria a una región del rRNA 16S (en procariotas) o al rRNA 18S (en
eucariotas); se caracteriza porque el colorante penetra la célula directamente hasta llegar
al ribosoma donde la sonda hibrida con su secuencia complementaria. Se han diseñado
sondas filogenéticas para especies e incluso dominios de tal manera que se puede
estudiar, identificar o rastrear organismos particulares o relacionados.
La muestras naturales pueden analizarse con sondas filogenéticas múltiples por FISH
donde cada sonda tendría un colorante que emita un color diferente, así se puede
estudiar un hábitat completo y además de buscar organismos específicos permite
establecer relaciones filogenéticas (figura 54).
 Tinción de cromosomas y transcripción inversa in situ
La tinción de cromosomas se usa para identificar genes específicos de ambientes

naturales, por ejemplo el gen de la nitrogenasa. En este método se pueden usar varios
tipos de sonda (oligonucleótidos, genes completos, conjunto de genes o incluso genomas
completos fragmentados) donde la sonda marcada se unirá a la secuencia
complementaria del gen o genes de interés y así se conoce que microorganismo presente
en la muestra contiene el gen de interés.
En la transcripción inversa in situ (ISRT siglas en inglés) la sonda hibrida con moléculas
de mRNA, luego se da la transcripción inversa para originar ADN complementaria (cDNA)
que es amplificado por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR siglas en inglés)
donde finalmente el ADN amplificado hibrida con una sonda fluorescente. Esta técnica
permite explorar los factores que afectan la expresión génica y transcripción de genes
específicos.
NOTA:
Leer la sección 18.3 y 18.4 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock
80
Lección 34. Técnicas moleculares usadas en la microbiología y biotecnología
Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)
La PCR fue desarrollada en 1986 por el científico Kary Mullis, es una de las técnicas más
importantes de la biología molecular y gracias a ella se han obtenido muchos avances en
la biotecnología (entre ellos secuenciación y clonación). Este método amplifica una región
selectiva del ADN, es decir, permite obtener muchas copias de ese fragmento simulando
el proceso de replicación que se da en las células naturalmente. La técnica depende de
la capacidad del ADN para desnaturalizarse e hibridar con alineadores o primers que
sirven como cebadores para que la enzima Taq polimerasa (una enzima termoestable
aislada del microorganismo Termus aquaticus) sintetice una nueva hebra de ADN usando
una cadena de ADN como molde. Para realizar la PCR no se necesita conocer la
secuencia del ADN a amplificar pero si los bordes que flanquean el ADN de interés,
indispensable ésto para el diseño de los primers o cebadores (figura 55).
Figura 55. Reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Tomado del

enlace: http://es.wikipedia.org/wiki/Reacci%C3%B3n_en_cadena_de_la_polimerasa
La reacción en cadena de la polimerasa tiene varios componentes que permiten obtener

muchas copias de una región del ADN, todos ellos deben estar presentes en el tubo de
reacción para que tener una amplificación exitosa. Se realiza en un equipo llamado
termociclador. Los componentes son:
81
 ADN molde
Contiene la región del ADN que se quiere amplificar, se puede usar segmentos de ADN
o incluso genomas completos.
 Desoxirribonucleosidos-trifosfato (dNTP)
Son los nucleótidos que componen el ADN (adenina, timina, guanina y citosina) y los que
la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) usará para polimerizar y sintetizar nuevas
copias de ADN.
 Cebadores o iniciadores (primers en inglés)
Son fragmentos u oligonucleótidos complementarios a cada cadena del ADN molde, los
cuales apuntan entre si en direcciones opuestas. Flanquean la región a amplificar.
Usualmente se usan primers de 17-20 nucleótidos (merts). El uso de primers muy
pequeños o grandes genera limitantes para la PCR.
 Iones
Usualmente se usan el ión de magnesio divalente (MgCl2) ya que este actúa como
cofactor de la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) para aumentar su procesividad.
 Buffer
Es una solución que mantiene el pH adecuado para la actividad de la enzima y

amplificación del ADN.
 DNA polimerasa
Usualmente se emplea la taq polimerasa, es la enzima que se encarga de unir los dNTPs
al ADN molde para sintetizar una nueva cadena de ADN que a su vez servirá como molde.
La PCR se desarrolla básicamente en tres etapas que se repiten aproximadamente 30

veces, llamados ciclos. Estas son:
 Desnaturalización
La molécula de ADN molde se desnaturaliza (separación de las cadenas) a altas

temperaturas (usualmente a 94- 95 °C). Ver círculo 1 de la figura 55.
82
 Alineación
La mezcla de reacción se enfría a 50-60 °C para que se de la hibridación o unión de los

cebadores o primers a su secuencia complementaria (alineación). Círculo 2 de la figura
55.
 Extensión
De nuevo se aumenta la temperatura (usualmente a 47 °C) para que la enzima Taq

polimerasa sintetice una nueva cadena de ADN usando los dNTP. Círculo 3 de la figura
55.
Luego de la primera extensión o elongación se vuelve al repetir de nuevo el ciclo de

desnaturalización de tal manera que la cadenas de DNA nuevas puedan servir como
molde para generar nuevo ADN (círculo 4 de la figura 55). Los tres ciclos se repiten
aproximadamente 30 veces así que se obtienen millones de fragmentos del ADN que se
quería amplificar.
Los productos de PCR pueden tener varias finalidades: gel de electroforesis, clonación
o secuenciación. Todas estas técnicas son indispensables para el desarrollo de
microorganismos recombinantes que tengan características especiales como
degradación de contaminantes ambientales, transgénicos, resistentes, etc.
Electroforesis en gel
Permite separar moléculas a través de una matriz porosa (gel de agarosa o

poliacrilamida) donde la muestra (ácidos nucleicos o proteínas) migra por un campo
eléctrico con base a su carga, forma, masa o tamaño. Después de terminado el corrido
las muestras menos pesadas migrarán más rápido y quedarán en la parte de abajo del
gel mientras que las más grandes en la parte superior. Para conocer el tamaño se usan
marcadores de peso molecular conocido y programas informáticos. Comúnmente los
fragmentos se pueden observar con tinciones del ADN (bromuro de etidio, con la ayuda
de una cámara de luz U.V) o proteínas (con colorantes como el azul de Coomassie)
(figura 56).
83
Figura 56. Electroforesis de proteínas y gel de corrido. A la izquierda electroforesis en gel de poliacrilamida
de proteínas (lipasas) y a la derecha corrido electroforético de producto de PCR. Fuente Carmen Julia
Pedroza.
Secuenciación de ADN
Es una técnica que permite conocer el orden exacto de los nucleótidos en una muestra
de ADN (ADN genómico, mitocondrial o de cloroplastos, producto de PCR, plásmidos,
etc); existen varios métodos para la secuenciación, entre ellos el método de terminación
en cadena o el de degradación química.
Clonación
La clonación permite obtener muchas copias de un gen determinado, por ejemplo, se

quiere estudiar un producto de PCR éste se puede introducir con la ayuda de enzimas de
restricción a un vector (plásmido o fago) para obtener muchas copias del gen de interés
el cual puede tener alguna característica especial (como la producción de proteínas o
resistencia). Esta información genética puede llevarse hasta organismos vivos pero son
varios los procedimientos que se realizan para lograr transformaciones o expresiones
génicas.
NOTA:Leer la sección 10.14 en el libro: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
Los fundamentos de técnicas como Southern y Northern blot y RFLP aparecen en este
enlace:
http://seqcore.brcf.med.umich.edu/doc/educ/dnapr/mbglossary/mbgloss.html
y leer temas relacionados en los libros de Lodish o Brown (ver la bibliografía del módulo para
mayor detalle.
84
Lección 35. Medición de la actividad microbiana en la naturaleza
En muchos casos se estudia la actividad microbiana in situ para observar la actividad

metabólica y biodiversidad en el hábitat. Madigan et al. (2003) describen varios métodos,
entre ellos:
 Radioisótopos
Se usan las transformaciones químicas que sufren los compuestos por la actividad
metabólica de los microorganismos para evaluar lo que se da en el ambiente, marcando
los productos de esas transformaciones con radioisótopos, éstos son isótopos
radiactivos.
 Microelectrodos
Son pequeños electrodos (dispositivos de oro, vidrio y platino) de cristal para medir pH,
oxígeno, NO2, CO2, H2, H2S o salinidad. Son muy útiles para cuantificar la actividad de
los microorganismos en la naturaleza y se puede usar para estudiar diversos
microorganismos en muchos ambientes, zonas intermareales, fuentes termales, suelos,
etc.
 Isótopos estables
Son isótopos que no se destruyen como resultado de la degradación radiactiva, los más
usados en la ecología microbiana son los isótopos de carbono (12C) y azufre (32S) y los
menos abundantes en la naturaleza son el carbono 13 y el azufre 34. Cuando el carbono
y el azufre son metabolizados en las actividades celulares las reacciones bioquímicas
favorecen al isótopo más liviano es decir al 12 y al 13. De tal manera que cuando el
dióxido de carbono es usado por un microorganismo fotótrofo el carbono celular se
enriquece en 12C y se empobrece en 13C, esto se conoce como fraccionamiento isotópico
(Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer la sección 18.6 y 18.7 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
85
Capítulo 8. Relaciones microbianas, comunicación celular y ciclo de

nutrientes
Lección 36. Ecosistemas microbianos
Los microorganismos están presentes en todas partes e interactúan constante mente con
otros organismos estableciendo incluso relaciones intraespecíficas (dentro de la misma
especie) o interespecíficas (entre diferentes especies), pero no sólo la relación con otros
organismos es importante en la ecología microbiana sino también su interacción con el
medio abiótico en el que están contenidos.
Dado el tamaño microscópico de los microorganismos y su “incapacidad para recorrer

largas distancias” éstos han desarrollado la capacidad de establecer su hábitat en
muchos ambientes y para facilitar el estudio de ellos los ecólogos microbianos han
definido como microambiente al lugar del hábitat en el que el microorganismo vive y
desarrolla todas sus actividades metabólicas; de tal manera que un entorno tan pequeño
para nosotros como una matera y tan grande para una bacteria representa millones de
microambientes donde pueden desarrollarse microorganismos diferentes genética y
metabolitamente, por ejemplo, los microorganismos aerobios siempre estarán en
superficie mientras que los anaerobios en lo más profundo.
A continuación se definirán una serie de términos importantes en la ecología microbiana,

el orden y algunas definiciones fueron descritas por Llop et al. (2001).
 Biomasa
Es el conjunto de seres vivos u organismos que viven en un lugar determinado.
 Biotopo
Es el lugar o sitio donde se encuentra la biomasa, se caracteriza por tener condiciones

ambientales uniformes.
 Biocenosis
Es el conjunto de seres vivos de todas las especies que coexisten en un biotopo.
 Ecosistema
Es una biocenosis en un biotopo determinado. En el ecosistema hay flujo de materia y

energía entre sus componentes. Existen varios tipos de ecosistemas: terrestre, acuáticos
y aéreos.
86
 Biosfera
Es el conjunto de ecosistemas de la tierra. Se puede decir que la biosfera es el

ecosistema global del planeta.
 Hábitat
Es el sitio o ambiente donde vive una especie o población. Debe tener las condiciones
adecuadas para que los organismos que la conforman realicen todas sus actividades
celulares y reproductivas que permita la supervivencia de la especie.
 Nicho
Es la función que realiza un organismo o población dentro de un ecosistema e incluye a

los factores bióticos y abióticos con los cuales el organismo se relaciona. No debe
confundirse con hábitat.
Relaciones entre seres vivos
 Neutralismo
Es una relación en la que dos microorganismos tienen un comportamiento

completamente independiente del otro donde ningún organismo afecta al otro;
usualmente no hay interacción directa por separación física o temporal. Se relaciona más
con la baja densidad celular que con la alta densidad celular.
 Comensalismo
Es una relación donde un solo microorganismo recibe beneficios de la interacción, sin

que el otro se vea afectado. Por ejemplo, las algas fotosintéticas producen el oxígeno que
puede ser usado por bacterias u organismos aerobios. Ciertos microorganismos excretan
componentes que ayudan al crecimiento de otro. Otros disuelven minerales y liberan
nutrientes que pueden ser usados por otros.
 Amensalismo
Es una relación opuesta al comensalismo donde una especie es perjudicada mientras

que la otra no se afecta. Por ejemplo los antibióticos producidos por hongos matan a las
bacterias presentes en el medio.
 Mutualismo
Implica una relación entre microorganismos que reciben beneficios mutuos; esta relación
puede ser o no obligada. Ejemplo, los líquenes que están conformados por hongos y
algas donde el alga proporciona nutrientes mientras que el hongo anclaje y protección.
87
El sinergismo, simbiosis y protocooperación hacen parte del mutualismo
En el sinergismo la cooperación de mutuo beneficio no es obligatoria; por ejemplo la

degradación de herbicidas, un microorganismo degrada una parte del herbicida mientras
que el otro degrada lo restante. La simbiosis es una relación estrecha, persistente y
obligada. Por ejemplo las micorrizas (figura 57) o los protozoos con las termitas. En la
protocooperación los dos microorganismos o poblaciones se benefician mutuamente pero
no son necesarios para la vida de ambos ya que pueden vivir separados.
Figura 57. Ejemplo de micorriza. Relación simbiótica entre hongo y planta.

Enlaces:http://www.forestales.net/archivos/forestal/pdfs%2024/ecologia_hongos_2.html y http://greis-
micorrizas.blogspot.com/
 Competencia
Es una relación en la que ambos organismos se ven perjudicados donde uno suprime al
otro, usualmente compiten nutrientes, territorio, etc. Puede ser intra o interespecífica.
 Parasitismo
Una especie se beneficia mientras perjudica a otra. Se presente entre especies

diferentes. Por ejemplo, virus que infectan a bacterias u hongos que enferman a
nemátodos.
NOTA:
Por favor leer el siguiente artículo:
http://www.revistaecosistemas.net/pdfs/109.pdf
88
Lección 37. Comunicación celular
En los últimos años se han iniciado investigaciones que permitan conocer los diferentes
mecanismos que usan los microorganismos para comunicarse, éstos para “colonizar o
infectar su huésped, dependen y usan el sistema de quórum sensing (QS) o sensación
de quórum, descubierto inicialmente en la bacteria marina Vibrio fischeri en 1970, quien
lo utiliza para regular la expresión de bioluminiscencia (Nealson et al. 1970). El QS
bacteriano es una estrategia de comunicación célular que permite liberar y detectar
pequeñas moléculas de señal que se acumulan a medida que aumenta la densidad
poblacional y así, poder responder de forma individual y colectiva a cambios ambientales,
además de coordinar sincronizadamente la expresión de algunos genes; por ejemplo,
aparte de de la regulación de la bioluminiscencia en V. fisheri y V. harvey, se ha
descubierto que este tipo de moléculas intervienen en la regulación de otros procesos
biológicos en muchos organismos, entre ellos, el intercambio genético en la conjugación
de Enterobacter faecalis, expresión de factores de virulencia y formación de biopelículas
en Pseudomonas aeruginosa, producción de antibióticos por Streptommyces sp. etc (Oh
et al. 2001; Hornby et al. 2001; Dong y Zhang, 2005)” Pedroza, 2010.
Este mecanismo de regulación celular es el mismo que coordina la formación de

biopelículas o biofilms, sistemas biológicos o microlonias de células bacterianas que
excretan polisacáridos en la superficie conde se desarrollan y están adheridas; las
biopelículas forman capas de microorganismos que facilitan la obtención de nutrientes y
protección. Pseudomonas aeruginosaes una bacteria gramnegativa que tiene la
capacidad de secretar pequeñas moléculas de señal conocidas como acilhomoserina
lactonas (AHL) las cuales favorecen el aumento de la densidad poblacional y por lo tanto
la formación del biofilm. Existen muchos tipos de moléculas autoinductores además de
las AHL entre ellas: derivados de ácidos grasos, oligopéptidos, furanonas, tiolactona
cíclica (AIP), éster metílico del ácido palmítico (PAME), furanosylborato (AI-2), methyl
dodecenoic acid (DSF), muchas de ellas vinculadas en la regulación de la virulencia
bacteriana (Dong y Zhang, 2005; Dong et al., 2007); estas señales son producidas por
microorganismos ambientales no patógenos, fitopatógenos, patógenos humanos y de
animales, es decir están ampliamente extendidas en los microorganismos.
La formación de biopelículas puede darse en el ser humano, por ejemplo, la placa dental
o causando enfermedades de importancia como la fibrosis quística entre otras; en la
medicina representan un problema porque los microorganismos son más difíciles de
combatir y desarrollan resistencia ante los tratamientos con antibióticos siendo un
problema mayor en pacientes inmunocomprometidos (como aquellos que tienen SIDA).
Los fitopatógenos usan este mecanismo para activar la expresión de genes de virulencia
y causar enfermedades en plantas como es el caso de la pudrición de la papa
por Pectobacteium carotovorum, ésto representa millones en la economía agrícola.
En la industria las biopelículas reducen el flujo de agua, aceite, petróleo u otras sustancias
líquidas que se muevan por tuberías donde los microorganismos crecen y además de
contaminar pueden corroer la superficie y deteriorar las tuberías (figura 58). La calidad
89
del agua potable también puede verse muy afectada porque a pesar que muchas de las
bacterias que se desarrollan en las tuberías no son patógenas algunas como la Vibrion
cholera pueden causar graves enfermedades en la población cuando parte de la
biopelícula de microorganismo se desprenden de las tuberías y llegan hasta los
consumidores. En las aguas residuales también se forman biopelículas o floc.
Figura 58. Biopelícula microbiana. A la izquierda flujo de la corriente de agua a través de la Biopelícula y
a la derecha Biopelícula bacteriana sobre una superficie de acero de un sistema de provisión de agua
vista desde MEB. Los óvalos grandes son diatomeas. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Para el control de biofilm se han propuesto investigaciones en nuevos antibióticos pero

esta sería una solución costosa y quizá después de un tiempo los microorganismos
desarrollarían resistencia teniendo al final cepas poderosamente patógenas y
multiresistentes. Por eso se han comenzado a dilucidar mecanismos para poder
contrarrestar las biopelículas interrumpiendo la comunicación celular, es decir, no matar
a los microorganismos sino impedir que lleguen las “órdenes” que promuevan la
formación de la biopelícula, por ejemplo hidrolizando los autoinduntores de las AHL con
enzimas; este mecanismo es conocido como Quorum quenching (Q-Q) o inhibición de la
comunicación celular (figura 59).
Figura 59. Modelo de interferencia de mecanismo de QS dependiente de AHL, (tomado de Zhang y Dong
(2004).
90
Lección 38. Ciclo del carbono y del oxígeno
Son una serie de transformaciones químicas de sustancias que contienen carbono,

realizada por macroorganismos y microorganismos el cual se puede dar en dos fases:
aerobia y anaerobia (figura 60). El carbono está presente como constituyente de material
abiótico y en organismos vivos, siendo las rocas y sedimentos marinos los mayores
reservorios de carbono; otro gran portador del carbono es el humus, una mezcla compleja
de materia orgánica que resulta de los organismos vivos, los mayores contenedores de
carbono son las plantas terrestres las cuales a su vez juegan un papel clave en el ciclo
del carbono y oxígeno, ambos muy relacionados e indispensables para el equilibro
ambiental y la vida aerobia sobre la tierra.
El dióxido de carbono (CO2) es el medio más rápido de transferencia del carbono de la

tierra presente en un 0.03% (Seoánez, 2002) pero en los últimos años a aumentado como
resultado de las actividades antrópicas según Madigan et al. (2001) a niveles del 12%.
El CO2 es el sustrato indispensable para la fotosíntesis, en este primer paso del ciclo del
carbono los organismos fotoautótrofos (plantas, cianobacterias, algas y bacterias
sulfurosas verdes y púrpuras) fijan o integran el CO 2 en sustancias orgánicas en
presencia de luz solar. De la misma manera los microorganismos quimioautótrofos fijan
el dióxido de carbono en sustancias orgánicas como producto de sus actividades
metabólicas para la obtención de energía pero no requieren la luz solar.
Figura 60. Ciclo de oxido reducción del carbono. Las flecha amarillas indican oxidaciones y las rojas
reducciones. Tomado de Madigan et al. 2003.
91
El material orgánico, polisacáridos o carbohidratos formados en la fotosíntesis se usan a

su vez como sustrato durante el proceso de respiración para obtener energía y producir
nuevamente CO2, esta es una actividad propia de de fototróficos y quimioheterótrofos
como animales, protozoos y algunos microorganismos de tal manera que el CO 2 se
transfiere de diversas maneras de un organismo a otro en la cadena alimentaria.
CO2 + H2O → (CH2O) + O2 (luz)
CH2O + O2 → CO2 + 2H2O (luz u oscuridad)
El carbono también retorna a la atmósfera cuando los organismos mueren y bacterias y

hongos descomponedores oxidan los compuestos orgánicos retornando el CO 2 al ciclo.
Durante esta descomposición se observan dos estados de oxidación del carbono (CH4 y
CO2) donde el metano lo producen las bacterias metanogénicas y el dióxido de carbono
quimioorganotrofos en los procesos metabólicos de fermentación o respiración aerobia y
anaerobia. En ambientes anaerobios el metano puede ser sintetizado por metanógenos
usando como sustrato el CO2 y a su vez sirve como alimento para microorganismos
metanotrofos que lo oxidan nuevamente a CO2; de tal manera que todo el carbono
orgánico se convierte nuevamente en dióxido de carbono que retorna a la atmósfera para
que inicie el ciclo.
El ciclo del carbono es un equilibrio entre la fotosíntesis y la respiración y está

estrechamente ligado al ciclo del oxígeno, porque este elemento indispensable para el
metabolismo aerobio es producido durante la fotosíntesis de microorganismos
fotoautótrofos.
Con la extensión masiva de las actividades humanas y explotaciones mineras todo el

equilibrio ecológico del ciclo del carbono puede verse gravemente afectado con el uso de
combustibles, emisiones de CO2 y deforestación indiscriminada de bosques que trae
como consecuencia menos fotoautótrofos que usen el dióxido de carbono y produzcan
oxígeno de tal manera que en su conjunto todos llevan a la misma consecuencia negativa:
el aumento de CO2 en la atmósfera terrestre que provoca el efecto invernadero y el
calentamiento global.
NOTA:
Por favor leer el artículo del siguiente enlace:
http://www.scielo.org.bo/pdf/reb/v41n3/v41n3a06.pdf
92
Lección 39. Ciclo del nitrógeno
El nitrógeno (N) es un elemento indispensable para la vida celular y las actividades

metabólicas, hace parte de los componentes de proteínas, ácidos nucleicos y otras
sustancias orgánicas. A continuación veremos las etapas que sufre este elemento en la
naturaleza durante su ciclo (figura 61).
Figura 61. Ciclo del nitrógeno (tomado de Tortora et al. 2007).
 Fijación del nitrógeno
Termodinámicamente el nitrógeno gaseoso o molecular (N2) es el más estable en la

naturaleza pero a pesar que constituye un 79 % del aire que respiramos no podemos
asimilarlo directamente en esa forma para que haga parte de nuestros componentes
celulares sino que sólo unos microorganismos específicos tienen la capacidad de tomarlo
y transformarlo.
La fijación del nitrógeno es un proceso que requiere gran cantidad de energía mediante
el cual algunas especies de bacterias o cianobacterias fijadoras de nitrógeno convierten
el nitrógeno gaseoso en amoniaco (NH3), usando una enzima inestable a la presencia de
oxígeno conocida como nitrogenasa.
N2 + 8H+ + 8e− + 16 ATP → 2NH3 + H2 + 16ADP + 16 Pi
Los microorganismos fijadores de nitrógeno (N2) pueden ser de vida libre o simbiótica.
Las bacterias de vida libre fijadoras de nitrógeno están en altas concentraciones en la

rizósfera, entre ellas la bacteria aerobiaAzotobacter, este género que tiene gran demanda
93
de oxígeno disminuye la difusión de este elemento al interior de la célula puesto que la

nitrogenasa es anaerobia. Beijerinckia es otra bacteria aerobia de vida libre fijadora de
nitrógeno. Las cianobacterias aerobias fotosintéticas también fijan el nitrógeno con la
ayuda de estructuras especializadas llamadas heteroquistes donde se encuentra
contenida la enzima nitrogenasa en condiciones anaerobias.
El nitrógeno molecular también puede ser fijado a amoniaco por bacterias anaerobias de
vida libre como Clostridium pasteurianum y bacterias fototróficas rojas y verdes.
Las bacterias simbióticas fijadoras de nitrógeno tienen un papel vital en los cultivos donde
especies como Rhizobium, Bradyrhizobium y Frankia establecen relaciones con
leguminosas otorgándole el nitrógeno para que las plantas puedan asimilarlo e
incorporarlo a proteínas, ácidos nucleicos y demás necesidades celulares.
 Amonificación
Es la actividad hidrolítica de microorganismos descomponedores (bacterias y hongos)

que permite degradar proteínas (a través de proteasas) en aminoácidos para eliminar el
grupo amino presente en los monómeros de las proteínas y convertirlos en amoniaco
(NH3).
Proteínas de células muertas → aminoácidos (descomposición microbiana)
Aminoácidos → NH3 (Amonificación microbiana)
El amoniaco es un gas que en suelos secos se evapora y desaparece pero en ambientes

húmedos es soluble y forma iones de amonio (NH4+) el cual puede ser usado por otras
bacterias y plantas para sintetizar aminoácidos.
NH3 + H2O → NH4+ OH → NH4+ + OH-
 Nitrificación
Es la oxidación del amonio a nitrato (NO3-) por bacterias nitrificantes del suelo. Se realiza
en dos etapas, en la primera fase especies de Nitrosomonas oxidan el nitrato y lo
convierten a nitrito (NO2-).
NH4+ → NO2-
94
Luego en la segunda etapa bacterias de Nitrobacter oxidan el nitrito a nitrato, una fuente
de nitrógeno móvil y asimilable para la síntesis de proteínas. El amonio es un ión que
requiere menos energía para hacer parte de la constitución de las proteínas pero al tener
una carga positiva es atrapado por las partículas de arcilla con carga negativa, mientras
que los iones de nitrato están libres en el suelo y dispuestos para ser asimilados.
NO2- → NO3-
 Desnitrificación
Como vimos en lecciones anteriores ciertos microorganismos (Pseudomonas, Bacillus)

usan el nitrato (NO3-) como aceptor final de electrones en su metabolismo o respiración
anaerobia, éstos tienen la capacidad de revertir el proceso de nitrificación, es decir
reducen el nitrato a nitrógeno molecular o gaseoso que se libera a la atmosfera.
NO3- → NO2- → N2O → N2
A pesar que para la agricultura no representa un beneficio cuando los campos fertilizados
con nitratos son inundados por las lluvias, porque el agua crea ambientes anóxicos que
favorece la desnitrificación; sino existiera este proceso biológico todo el nitrógeno
gaseoso de la tierra se habría disuelto en los océanos dejando sin fuente de N a la vida
continental.
Las desnitrificación es un proceso biológico útil para el tratamiento de aguas residuales

porque la reducción del nitrato desfavorece en crecimiento de algas cuando el agua se
descarga en otras fuentes de agua y la eutrofización.
http://www.elementos.buap.mx/num38/pdf/43.pdf
95
Lección 40. Ciclo del azufre
Es un proceso donde el azufre (S) sufre una serie de conversiones en su estado de

oxidación, permitiéndole a ciertos microorganismos obtener energía de sustancias
inorgánicas, es similar al del nitrógeno porque también pasa por varios estados de
oxidación. La forma más reducida del azufre es sulfuro de hidrógeno (H2S), una fuente
de energía para bacterias anaerobias autótrofas que lo convierten en azufre elemental
(S0) o en sulfatos (SO4-2), ver la figura 62. El azufre presente mayoritariamente en los
mares está en forma de sulfato inorgánico, en sedimentos y rocas (como el yeso,
CaSO4 .2H2O) o en minerales de sulfuro (como la pirita FeS2).
Figura 62. Ciclo del azufre. Tomado del enlace: http://microgaia.blogspot.com/2009/11/micro-cazadores-

segunda-parte.html
El ciclo del azufre se presenta en condiciones aerobias y anaerobias. Primero el sulfuro

de hidrógeno (H2S) un gas muy volátil es reducido a sulfato por bacterias reductoras de
sulfato (Beggiatoa, Thiobacillus). Las bacterias reductoras usan compuestos con azufre
o el azufre elemental como aceptor final de electrones en la cadena transportadora
durante el proceso de respiración anaerobia para la obtención de ATP. Muchas de estas
bacterias viven en ambientes anaeróbicos como los lodos, donde el H2S produce el color
oscuro y el olor a huevo podrido.
H2S → S0 → SO4-2
La conversión del H2S a SO4-2 está mediada por dos tipos de bacterias. Las
quimioautótrofas, generan ATP oxidando los compuestos que contienen azufre para
obtener como producto final el sulfato pero también un intermediario conocido como
azufre elemental. Las bacterias fotótrofas realizan las mismas reacciones
anaeróbicamente e incluso pueden oxidar también el azufre elemental.
Beggiatoa usa el sulfuro de hidrógeno para reducir el dióxido de carbono, mientras

que Thiobacillus lo usa como fuente de energía para producir sulfato y ácido sulfúrico.
En condiciones anaerobias y preferiblemente en materia orgánica se produce la misma

reacción pero por bacterias fototróficas rojas y verdes. La forma en la que está presente
96
el sulfuro en la naturaleza depende del pH, es decir, en pH = 7.0 predomina H 2S, mientras
a pH > 7.0 predominan las formas HS - y S2-.
Estas reacciones están implicadas cuando se vierten al mar lodos, basuras y aguas
residuales los cuales aumentan la cantidad de materia orgánica de los sedimentos
favoreciendo la contaminación (Madigan et al. 2001).
El sulfato (SO4-2) puede ser utilizado por plantas y bacterias para incorporarlo a los
aminoácidos o proteínas que tienen los puentes disulfuro (asimilación), luego tras la
muerte celular microorganismos descomponedores degradan las proteínas y permiten
que el azufre se libere como H2S (desasimilación o desulfurilación) para volver de
nuevo al ciclo (figura 63). Estos procesos pueden darse en condiciones aerobias o
anaerobias.
Luego el sulfato también puede

reducirse por la acción de bacterias
(Desulfovibrio o Desulfobacter) en
condiciones anoxigénicas a sulfuro
de hidrógeno. El azufre elemental se
reduce u oxida
por Desulfuromonas o archaeas en
condiciones anaerobias o se usa
como fuente de energía inorgánica
por bacterias como Beggiatoa.
SO4-2 → H2S Figura 63. Ciclo de oxido reducción del azufre. Flechas
amarillas reacciones de oxidación y rojas de reducción.
DMSO: dimetilsulfóxido y DMS: dimetilsulfuro. (Tomado de
S0 → H2S Madigan et al. 2003).
Todas las reacciones del ciclo del azufre son aprovechadas para el tratamiento de aguas
residuales, lodos o incluso cultivos donde a suelos muy alcalinos se les añade azufre de
tal manera que las bacterias puedan bajar el pH mediante la oxidación del azufre que
genera ácido sulfúrico (H2SO4).
S + 11/2 O + H2O → H2SO4
El azufre elemental también es un producto con valor comercial usado como materia prima en la
industria química para la producción de H2SO4.
http://b-dig.iie.org.mx/BibDig/P04-0721/D/D-03.pdf
97
Capítulo 9. Aplicaciones de la microbiología ambiental
Lección 41. Tratamiento de residuos sólidos
Como resultado de las actividades antrópicas en distintas áreas (industria, agricultura,

doméstica, etc) se generan una serie de excedentes “no útiles” conocidos como residuos,
los cuales según el estado de agregación de la materia o estado predominante pueden
dividirse en aguas residuales, emisiones a la atmósfera y residuos sólidos. Los residuos
sólidos pueden tener varios estados de agregación, es decir, pueden contener gases o
líquidos contenidos en ellos (Rodríguez y Córdova, 2006). Según Campos, (2000) los
residuos sólidos pueden clasificarse en municipales o urbanos, industriales y peligrosos.
 Residuos sólidos municipales
Su composición varía de acuerdo a la zona, época del año, población, etc. Entre este tipo
de residuos podemos encontrar: residuos de construcción y demoliciones, residuos
especiales (de calles, jardines, etc), desperdicios (papel, cartón, plástico, vidrio, etc) y
residuos orgánicos (provenientes de comida como frutas, verduras, cereales, etc),
cenizas y residuos (material sobrante de quema de combustibles).
 Residuos Industriales
Son aquellos que generan las actividades industriales y pueden incluir las clasificaciones
descritas arriba.
 Residuos peligrosos
Son aquellos que por su naturaleza producen daño a seres humanos, animales o plantas.
Este tipo de residuos pueden ser corrosivos, reactivos, tóxicos o incandescentes.
Para minimizar el impacto de este los residuos en el ecosistema y en la salud pública los
desechos sólidos son tratados con un conjunto de operaciones físicas, químicas,
biológicas o térmicas que tienen como finalidad disminuir o eliminar su potencial
peligroso, reutilizar desechos o adaptar sus propiedades físicas, químicas o biológicas a
los requerimientos de su disposición final (Campos, 2000).
La disposición de residuos sólidos tiene varias alternativas, entre ellas el relleno sanitario,
el compostaje y la incineración. En este módulo nos enfocaremos en el proceso de
compostaje donde los microorganismos tienen un papel protagónico e indispensable.
Compostaje o compost
Los residuos sólidos usualmente se disponen en grandes terrenos donde se forman

“montañas de basura” generando condiciones anaerobias que afectan la biodegradación
de compuestos orgánicos, sin embargo en estas condiciones se pueden desarrollar
98
microorganismos metanógenos que producen metano (este compuesto puede utilizarse

como fuente de energía para industrias y hogares); los metanógenos también
descomponen el lodo de aguas residuales. Pero, aunque produce ciertos beneficios el
objetivo primordial es disminuir la cantidad de residuos sólidos, en este sentido y para
lograr un mejor manejo la cantidad de compuestos orgánicos pueden disminuir si se
separan de la sustancias biodegradables para formar composta o composta (figura 64).
Mark Coyne (1999), propone varias definiciones para compostaje: Es una aceleración de
los procesos de mineralización de la materia orgánica. Desde un punto de vista práctico
es un proceso que convierte los residuos orgánicos en formas adecuadas para
aplicaciones al suelo. O una última definición relacionada directamente con la
microbiología donde dice que es un proceso microbiano en el cual el residuo orgánico
nocivo se convierte en un compuesto estable similar al humus.
El compostaje tiene varias ventajas, entre ellas:
 Reduce el volumen de los residuos.

 Disminuye la demanda biológica de oxígeno (DBO).
 Mejora las características físicas y hace más fácil el manejo.
 Reduce los patógenos de humanos, animales y plantas además de eliminar
semillas de malas hiervas
 Reduce el uso de la tierra para rellenos sanitarios y para la aplicación superficial
de residuos.
Figura 64. Pila de compost. Formada a partir de residuos municipales (tomado de Tortora et al. 2007).
Para realizar el compostaje primero hay que separar la materia orgánica de la inorgánica
y se forman pilas de compostaje para facilitar el proceso biológico de los organismos
presentes en ella.
El proceso de compostaje se inicia con quimioheterótrofos mesófilos (bacterias y hongos)

que oxidan aeróbicamente los residuos y como resultado de este metabolismo aumentan
la temperatura en pila, permitiendo entonces el desarrollo de microorganismos
termofilicos (actinomicetos); eventualmente la temperatura del compost disminuye de tal
99
manera que se reestablecen los mesófilos (hongos y actinomicetos) para que consuman
los sustratos disponibles. La temperatura de una pila puede subir de 76-80 °C, este
incremento permite la muerte de muchos microorganismos patógenos pero usualmente
se trabaja con temperaturas de 60 y 65 °C, por ésto para prevenir el exceso de calor se
emplea la aireación o el riego.
Dentro de las bacterias importantes del compostaje están, Bacillus

stearothermophilus, Clostridium
thermocellum,Thermomonospora y Thermoactinomyces. Entre los hongos, Geotrichum,
Aspergillus y Mucur.
Coyne, (1999) menciona que para un proceso de compostaje óptimo es importante que
se tengan las siguientes consideraciones:
 Tipo y composición de materia orgánica
En este aspecto se considera el tamaño de la partícula, hidrofobicidad y tipos de enlaces

químicos. La descomposición en el compostaje es proporcional al área de superficie e
inversamente proporcional al tamaño de la partícula, de tal manera que en partículas más
pequeñas se incrementa la tasa de descomposición; el tamaño óptimo está entre 0.65-
2.54 cm, porque partículas más pequeñas intervienen con la aireación y más grandes no
son reactivas.
Los compuestos insolubles e hidrofóbicos son más resistentes a la descomposición que

los solubles e hidrofílicos. Otros elementos como los metales pesados o tóxicos también
pueden afectar el compostaje.
 Disponibilidad de microorganismos
El proceso de compostaje puede beneficiarse si el compost se inocula con una mezcla

de microorganismos (bacterias, hongos y actinomicetos mesófilos y termófilos) y con esto
se garantiza una mezcla o cantidad representativa.
 Aireación
La descomposición de compuestos orgánicos se facilita en condiciones aerobias.
 La proporción de carbono, nitrógeno y fósforo
La proporción adecuada de C:N para iniciar el material de compostaje es de 30:1 ó 40:1,

aunque también se usan proporciones bajas 20:1. Proporciones muy altas pueden
inmovilizar el nitrógeno mientras que más bajas causan una pérdida del nitrógeno por
volatilización. La proporción recomendada de C:P es de 100:1 a 150:1.
 Temperatura
100
El proceso de compostaje se da en dos rangos de temperatura, un rango mesófilo desde

10 a 45°C y un rango termófilo de 55 – 60°C. La temperatura es un aspecto crítico durante
el compostaje ya que ella regula el crecimiento y metabolismo de microorganismos
benéficos y no benéficos. El aumento de temperatura es muy útil para matar a
microorganismos patógenos, con este fin usualmente se pueden trabajar a 70 °C por 2
horas. La temperatura óptima para mantener el equilibrio de la microbiota termofílica es
de 60 a 65 °C. La aireación y el riego ayudan a mantener la temperatura óptima.
 pH
El pH ideal es de 6.5 -7.2 para el desarrollo y metabolismo de la mayoría de los

microorganismos benéficos para el compostaje.
NOTA:
Por favor leer los siguientes artículos:
http://ojs.uo.edu.cu/index.php/cq/article/viewFile/2648/2178
http://www.scielo.cl/pdf/infotec/v18n6/art10.pdf
Lección 42. Tratamiento de agua potable
El agua es vital para la sostenibilidad en todos los seres vivos y puede constituirse en
una fuente de enfermedades para plantas, animales y el hombre; por esto se constituye
en un objetivo importante de la salud pública. En la actualidad para lograr la potabilización
del agua se han desarrollado varios métodos o tratamientos microbiológicos, químicos y
físicos que eviten al máximo muchas enfermedades.
Para determinar la pureza del agua no es práctica la búsqueda de microorganismos

patógenos porque si estos están presentes en pequeñas cantidades es posible que no
sean detectados en las muestras analizadas. Por este motivo los estudios de
microbiología de aguas están concentrados en la detección de microorganismos
indicadores, especialmente de aquellos presentes en grandes cantidades en las heces
humanas, de tal manera que puedan sobrevivir del mismo modo que los patógenos y se
relacione su detección en la muestra con la presencia de patógenos humanos que ponen
en riesgo la salud pública. Los microorganismos indicadores asociados al tracto
gastrointestinal son los coliformes.
101
Los coliformes son bacterias gramnegativas, bacilares, no esporuladas, muchas de ellas

entéricas, aerobias o anaerobias facultativas capaces de fermentar la lactosa con la
producción de gas (CO2) a 35 °C. Para evitar la confusión con coliformes no entéricas,
en las pruebas de potabilización del agua se buscan las coliformes fecales. Entre estos
microorganismos se destaca uno de los más estudiados, la bacteria Escherichia
coli (bacteria intestinal frecuente) y Klebsiella pneumoniae(patógenos intestinal), entre
otras.
En general cuando en una muestra se detectan coliformes esto indica que hay
contaminación fecal y por lo tanto no es acta para el consumo humano, de tal manera
que el agua requiere un tratamiento para su consumo.
Métodos para la detección de coliformes
Los métodos más usados para detectar la presencia de coliformes fecales en el agua se
basa en la capacidad de este tipo de bacterias para fermentar la lactosa.
El método de filtración por membrana (descrito en lecciones anteriores) es un método

directo y seguro donde el agua (unos 100 ml de muestra) se hace pasar a través de un
filtro o membrana estéril que tienen el tamaño de poro indicado para retener bacterias.
Luego la membrana se coloca sobre la superficie de un medio de cultivo (eosina-azul de
metileno, por las siglas en inglés EMB) que es selectivo para coliformes, terminado el
periodo de incubación se cuentan las colonias y se calculan el número de coliformes
presentes en el agua. En los sistemas de abastecimiento de agua esta prueba debe ser
negativa pero cuando se detectan indica que hubo una falla en el sistema de filtración,
cloración, o en las tuberías de distribución (Madigan 2003).
En el método del número más probable (NMP, siglas en inglés) se emplean tubos de
ensayo con medios de cultivo líquido al que se le añade la muestra de agua. Si después
del tiempo de incubación del cultivo se observa turbidez indica que hay contaminación
fecal en el agua.
Actualmente se han propuesto otros métodos para detectar la presencia de coliformes

o E. coli utilizando medios de cultivo con o-nitrofenil-β-D-galactopiranosida (ONPG, siglas
en inglés) y 4-metilumbeliferil-β-D-glucoronida (MUG), estos son métodos muy útiles
porque las bacterias coliformes producen la enzima β-galactosidasa capaz de hidrolizar
el ONPG y producir un color amarillo que indica la presencia de coliformes en la muestra.
La prueba con el MUG se basa en la actividad que tiene la enzima β-glucuronidasa de E.
coli sobre este sustrato para formar un compuesto fluorescente de color azul cuando se
expone a la luz ultravioleta (Tortora et al. 2007).
Potabilización del agua
Por todas las implicaciones que tiene en la salud pública la calidad del agua, se han
desarrollado varias estrategias en los procesos de potabilización. El tipo de proceso
102
depende de la fuente de abastecimiento de agua es decir, arroyos montañosos, ríos

cristalinos, pozos, o ríos que reciben residuos municipales o industriales como es el caso
del río Magdalena en Barranquilla.
La potabilización del agua no busca obtener agua estéril sino agua libre de
microorganismos patógenos, además con parámetros físicos y químicos establecidos por
cada legislación como aceptables o tolerables.
Acosta, (2008) propone varias etapas o pasos para el tratamiento de agua, entre ellos
están:
 Captación
Aunque es preferible elegir una fuente de agua que requiera un mínimo tratamiento, la
captación del agua se escoge de acuerdo a las fuentes disponibles (meteóricas,
superficiales o subterráneas).
 Sedimentación
Consiste en la precipitación de partículas sólidas o suspendidas por la acción de

gravedad después de un tiempo determinado. La sedimentación ayuda a reducir la
turbiedad, el contenido bacteriano, el color y la producción de algas (para este fin se usa
el sulfato de cobre).
 Coagulación y floculación
Consiste en la aglutinación de partículas no eliminadas en la sedimentación con la ayuda

de sustancias químicas floculantes (sulfato de potasio, cloruro férrico y sulfato de aluminio
o alumbre) que forma agregados conocidos como floc. Durante este proceso se realiza
una agitación lenta por medios mecánicos y además acidifica el agua.
 Decantación
Los floc se precipitan en el fondo o base del recipiente decantador eliminando así un gran
número de virus y bacterias.
 Alcalinización
Busca disminuir la acidez (aumentar el pH) lograda en la floculación, para ésto se usa la
cal, el carbonato o hidróxido de sodio.
 Filtración
Consiste en el flujo del agua a través de lechos constituidos por arena fina o carbón de
antracita triturado, de tal manera que muchos microorganismos quedan atrapados en la
103
arena por adsorción superficial. Este proceso ayuda a disminuir la turbiedad, los
microorganismos, quistes u ovoquistes de protozoos. Algunos sistemas también usan
carbón activado para eliminar sustancias químicas tóxicas disueltas.
 Desinfección
Consiste en la eliminación o reducción de bacterias patógenas. Para este fin existen

varios métodos: entre los físicos tenemos al calor, la radiación con luz ultra violeta,
ultrafiltrado con membranas; entre los químicos, la cloración, el ozono, el permanganato
de potasio, el exceso de cal, y la oligodinamia.
NOTA:
Por favor leer desde la página 55 hasta la 66 en el siguiente enlace:
http://books.google.com.sv/books?id=g7YIShB-
SXsC&pg=PA55&dq=potabilizaci%C3%B3n+del+agua&hl=es&ei=FJxeTpDlJ8zAtgeNhImmC
w&sa=X&oi=book_
result&ct=result&resnum=3&ved=0CDcQ6AEwAg#v=onepage&q=potabilizaci%C3%B3n%20
del%20agua&f=false
Lección 43. Biorremediación
El desarrollo industrial y las actividades humanas (como las agrícolas, mineras,

petroleras, manufactureras, químicas, etc) han aumentado considerablemente la
contaminación en el planeta poniendo en grave riesgo la vida de muchas especies en los
ecosistemas afectados por los contaminantes; con los avances de la biotecnología
microbiana existen nuevos procesos que ayuden a restaurar los ambientes y minimizar
en muchos casos los daños causados, uno de ellos es la biorremediación. En esta lección
nos enfocaremos en las definiciones de los diferentes procesos que hacen parte de este
mecanismo de recuperación ambiental.
Biodegradación
En estudios de microbiología ambiental se propone varias definiciones que profundizan

en este proceso:
104
Madsen, (2008), asocia el término biodegradación como un “sinónimo” del metabolismo

microbiano sobre compuestos orgánicos en el que se rompen los enlaces
intramoleculares o de carbono en moléculas contaminantes orgánicas para simplificarlas
y generar compuestos inofensivos al ambiente, este proceso microbiano está gobernado
por principios termodinámicos y bioquímicos.
Como lo notará Madsen, (2008) no incluye moléculas o sustancias inorgánicas como

sustrato para los microorganismos, para ésto incluye el termino biotransformación,
definiéndolo como la alteración de la estructura molecular de una sustancia química
(puede ser de compuestos orgánicos o inorgánicos) usualmente por la catálisis
enzimática microbiana. Las reacciones incluyen aquellas que aumentan (condensación)
o disminuyen (mineralización) el número o complejidad de enlaces intramoleculares.
Estas reacciones pueden darse de manera intracelular o extracelularmente.
Coyne, (1998), considera que la biodegradación se refiere a el proceso de la

biorremediación en el cual los xenobióticos (compuestos químicos sintéticos que no
existen de manera natural, ejemplo, plaguicidas, plásticos, etc) son transformados a
sustancias menos tóxicas, porque el hecho que un compuesto sea biodegradable no
significada que los productos de degradación son menos tóxicos o indeseables; por ésto
lo más deseado es la mineralización donde los compuestos tóxicos u orgánicos
contaminantes se descomponen en iones orgánicos y CO2.
Como se describió arriba y aunque algunos autores establezcan diferencia en este tipo
de terminología ambos son aceptables por la comunidad científica y la selección de uno
u otro en realidad dependen del área de estudio del investigador.
Biorremediación
La biorremediación es el proceso de limpieza de ambientes contaminados (Coyne, 1998)

o también, es el proceso de biodegradación y biotransformación controlado o espontáneo
que busca eliminar o atenuar los contaminantes ambientales a través de la actividad
biológica en los sitios afectados (Madsen, 2008); de acuerdo al tipo de organismo que
realiza la biorremediación esta puede llamarse:
 Fitorremediación
Es la descontaminación de suelos, agua o aire de sustancias orgánicas o inorgánicas con

la actividad biológica/metabólica de plantas (arbóreas, arbustivas, herbáceas, etc)
actuando solas o en simbiosis con algas (ficorremediación) u hongos (micorremediación)
para almacenar, absorber, reducir movilidad, modificar, degradar o eliminar las
sustancias tóxicas. Entre los elementos contaminantes más utilizados con este conjunto
de tecnologías están los metales pesados, hidrocarburos, pesticidas y herbicidas (figura
65).
105
Figura 65. Sistema de fitorremediación. Para este sistema se usan 75 hectáreas de sauces en
Suecia Central: en primer plano planta de tratamiento de aguas residuales, al fondo las albercas
para aguas en invierno y campos de sauces regados con efluentes de fangos. Tomado del
enlace:http://www.fao.org/docrep/008/a0026s/a0026s11.htm
 Remediación microbiana
Es la limpieza de sitios contaminados utilizando microorganismos que a través de

actividades metabólicas degradar, eliminan, acumulan o atenúan sustancias orgánicas o
inorgánicas. Para este tipo de biorremediación Gómez, (2004)describe dos enfoques, la
bioestimulación o la bioaumentación.
En la bioestimulación se emplean microorganismos nativos (es decir, cepas propias del

sitio contaminado) a las que se les estimula el crecimiento y actividad metabólica con la
adición de nutrientes (como el nitrógeno, fósforo o materia orgánica) o mejora de
condiciones ambientales como la circulación de oxígeno a través del bioventeo. Este
enfoque es muy útil porque por un proceso de selección natural las cepas nativas ya
están adaptadas a las condiciones ambientales. Pero en algunas situaciones las
poblaciones de cepas nativas son escasas o no realizan actividades metabólicas que
puedan actuar sobre el contaminante, como es el caso de los suelos pobres en nutrientes,
desiertos o terrenos muy contaminados; en estas condiciones también puede
biorremediarse el ambiente contaminado con la bioaumentación.
La bioaumentación es la inoculación o adición de cepas alóctonas (foráneas) que tengan

la capacidad comprobada de degradar el contaminante. Estas pueden ser cepas
“naturales” o modificadas genéticamente para tal fin. Este tipo de microorganismos deben
tener características específicas que aseguren la descontaminación y minimicen el
impacto negativo en el ecosistema contaminado, entre ellas tenemos: no puede ser
patógeno, estabilidad genética, crecimiento rápido, alta producción de enzimas,
capacidad de competencia frente a las cepas nativas y no generar sustancias tóxicas
como producto de su metabolismo.
En la actualidad es muy común el uso de bacterias y hongos para degradar compuestos

como petróleo y sus derivados, sustancias químicas (benceno, acetona, éteres,
alcoholes, etc), xenobióticos (pesticidas, herbicidas, etc); otros compuestos químicos
106
como el PBC, cromo, pueden ser parcialmente degradados y algunos como el uranio,
mercurio o cadmio no pueden ser biodegradados pero si almacenados y concentrados
por los microorganismos de tal manera que se puedan aislar fácilmente del ambiente
contaminado.
Respecto al sitio, la biorremediación se puede realizar “in situ”, es decir en el lugar

contaminado o “ex situ” fuera de sitio contaminado.
En la biorremediación in situ, se usan bacterias nativas o foráneas que degraden o

minimicen el potencial tóxico del contaminante en el lugar afectado. Cuando se emplean
cepas nativas se realiza un tipo de biorremediación intrinseca o pasiva, porque depende
de la capacidad de los microorganismos para responder y metabolizar los contaminantes.
Por ésto para fomentar y mejorar la capacidad del microorganismo para transformar o
biodegradar el contaminante se usan estrategias de ingeniería que ayudan a hacer más
eficiente el proceso de biorremediación, como el control del flujo de agua, aireación,
modificaciones químicas y físicas que influyan en las poblaciones microbianas y en el
contaminante. Es importante medir la eficiencia del proceso con el análisis químico del
agua, aire o suelo contaminado. El lugar contaminado también puede ser modificado por
excavaciones, manipulaciones hidrológicas, instalación de biorreactores o materiales que
apresuren la biorremediación (Madsen, 2008).
En la biorremediación ex situ, el contaminante debe almacenarse y trasladarse del lugar

contaminado para ser tratado. Un ejemplo de ésto es el sistema de tratamiento de aguas
municipales donde se dirigen a través de una serie de ambientes controlados que
estimulan el crecimiento y actividad metabólica microbiana sobre los contaminantes en
filtros, tanques, digestores o biorreactores, de tal manera que las descargas a los ríos,
lagos u océanos tengan los controles físicos, químicos y microbiológicos (Madsen, 2008).
NOTA:
http://www.scielo.org.mx/pdf/rica/v23n3/v23n3a4.pdf
107
Lección 44. Biodegradabilidad y efectos ecológicos
La biodegradación de compuestos contaminantes ha sido posible gracias a la diversidad

metabólica de plantas y en especial la de microorganismos; pero este proceso de
descontaminación debe hacerse de manera responsable y minimizar en todo lo posible
los riesgos. Existen varios aspectos que deben considerarse antes de iniciar un proceso
de biorremediación, Madsen, (2008) propone los siguientes:
 Características del contaminante
Estructura molecular, toxicidad, solubilidad, volatilidad y susceptibilidad al ataque

microbiano.
 El sitio contaminado
Geología, hidrología, tipo de suelo, clima y presiones económicas y políticas del

propietario o causante de la contaminación.
 Microorganismos
Cultivos puros, mezcla de cultivos, cepas nativas o modificadas genéticamente,

condiciones para su crecimiento y actividad metabólica. Suplementos.
 Selección de estrategia
Bioestimulación, bioaumentación o ambas. Biorremediación in situ o ex situ.
 Procedimientos de ingeniería
Control del flujo de agua, aireación, sistema de biorreactores, etc.
 Modificaciones químicas, físicas que influyen en la población microbiana y en el

contaminante.
Fernández, (1996) y Gómez, (2004) plantean que también se deben considerar varios
aspectos que influyen en el proceso de biodegradación:
 Biodegradabilidad del contaminante
Depende de la estructura molecular, si tiene halogenación, ramificaciones en sus

cadenas moleculares, solubilidad en agua lo cual determina la disponibilidad del
contaminante, concentración y toxicidad. Estos aspectos son importantes porque
prácticamente determinan el tiempo del proceso de limpieza en el lugar afectado.
108
 Presencia de componente inhibidores
Se deben considerar los inhibidores que puedan afectar el crecimiento de los

microorganismos y las actividades enzimáticas o metabólicas de los mismos.
 Poblaciones microbianas
Aunque se realice un proceso de bioaumentación también es importante contar con

poblaciones microbianas nativas que ayuden el proceso de recuperación usando los
contaminantes como fuentes nutricionales y de energía.
 Concentración de nutrientes
Nutrientes inorgánicos entre ellos el nitrógeno y fósforo influyen notablemente en el

crecimiento microbiano y esto a su vez favorece una mayor velocidad de biodegradación
y detoxificación del medio. Para cumplir esta necesidad usualmente se emplean
fertilizantes agrícolas.
 Aceptores finales de electrones
Cantidades suficientes en el medio de aceptores de electrones (oxígeno, nitratos,

sulfatos, etc.) garantizan la oxidación enzimática del carbono proveniente de los
contaminantes.
 Temperatura
Se debe considerar la temperatura óptima para el crecimiento de los microorganismos

presentes en el medio contaminado, de las cepas foráneas y la de la actividad enzimática
durante procesos metabólicos; de tal manera que la población aumente con rapidez y las
enzimas no se desnaturalicen. Temperaturas lejanas a la temperatura óptima afecta el
proceso de biorremediación.
 pH
Al igual que la temperatura afecta el crecimiento de los microorganismos, las enzimas y

también la solubilidad del fósforo o metales pesados. Usualmente se trabaja en rangos
de pH de 6 – 8. Es importante mencionar que el uso de cepas nativas es una ventaja
porque ellas están adaptadas a las condiciones en las que está presente el contaminante,
mientras que las cepas modificadas genéticamente deben alcanzar esta adaptación
después de ser inoculadas en el medio.
 Concentración de oxígeno
La biorremediación se puede dar en condiciones aerobias o anaerobias dependiendo del

tipo de microorganismo biorremediador. Pero es importante mencionar que la tasa de
109
biodegradación en condiciones aerobias es mucho más eficiente, 50 a 100 veces mayor

que la degradación anaerobia. Recuerde que en lecciones anteriores se estudió que el
metabolismo aeróbico es más eficiente y produce más energía.
 Humedad
En el caso de los suelos es determinante en la movilidad de los nutrientes. Poca humedad

afecta la biodegradación y demasiada humedad reduce la concentración de oxígeno y
por lo tanto el crecimiento microbiano y las actividades enzimáticas sobre del
contaminante. Es importante contar con un sistema de drenaje y aireación.
 Textura y estructura del suelo
Esta relacionada con el contenido de materia orgánica y las características físicas del
suelo. Suelos de estructura franca mejoran la degradación mientras que los arcillosos la
dificultan. Para solucionar problemas de humedad, drenaje y propiedades físicas del
suelo se pueden usar materiales como la arena, cáscara de arroz o nuez, entre otros.
Respecto a los métodos químicos donde se aprovechan las características físicas y

químicas de los contaminantes para destruirlos o aislarlos del entorno (procesos costosos
y no siempre efectivos), la biorremediación es una excelente alternativa para recuperar
ambientes contaminados. Coyne, (1998) plantea ventajas y desventajas de la
biorremediación. Entre las ventajas están: los productos finales generalmente no son
tóxicos si ocurre una mineralización completa, la actividad biológica en los sitios
contaminados se hace sin muchas perturbaciones, es un proceso expansivo comparado
con los métodos físicos además es menos costosa y requiere menos equipos.
La biorremediación también tiene desventajas, la mayoría de ellas manejables y

controladas. En altas concentraciones de contaminantes es necesario estimular el
crecimiento de microorganismos biorremediadores, hay limitaciones a los materiales que
pueden ser tratados porque algunos son inherentemente recalcitrantes o tóxicos, el
destino de los compuestos xenobióticos depende de las propiedades intrínsecas del
contaminante, de las poblaciones microbianas y condiciones ambientales, la
biorremediación puede afectarse es condiciones extremas, está limitada por el tiempo
disponible para el tratamiento y por último algunas veces se necesita más tiempo para
biorremediar un sitio contaminado que para tratarlo con método físicos o químicos.
NOTA: Por favor leer el siguiente artículo:
http://www.revistas.unal.edu.co/index.php/ingeinv/article/viewFile/15211/16006
110
Lección 45. Biorremediación de petróleo y otros contaminantes
Biodegradación del petróleo
El petróleo es un líquido negro viscoso de composición química diversa,

mayoritariamente de la familia de los hidrocarburos. Este compuesto de gran utilidad para
las actividades humanas, en los últimos años se ha convertido en uno de los
contaminantes ambientales que impactan gravemente a los ecosistemas; actualmente
son frecuentes los vertimientos accidentales en tierra y agua que se extienden
rápidamente de manera casi incontrolable como es el caso de los océanos. Ante esta
grave situación los microorganismos son una herramienta valiosa e indispensable para
la descontaminación de sitios afectados por este combustible (figura 66).
La biodegradación del petróleo, desechos petrolizados y sus derivados ha sido posible

gracias a la actividad metabólica enzimática de una diversidad de bacterias, hongos,
levaduras, cianobacterias y algas que tienen la capacidad de oxidarlo a CO2. Esta acción
de los microorganismos además de descomponerlo dispersa o desaparece la mancha
sobre el sitio contaminado. Es importante mencionar que para este tipo de
contaminaciones es común usar varias estrategias a la vez como la bioestimulación,
bioaumentación o fitorremediación.
Figura 66. Biorremediación de petróleo en suelos. Imagen de la izquierda en enero del 2008, imagen
central en junio del 2008 e imagen de la derecha en septiembre de 2008. Tomado del siguiente
enlace: http://eninteriores.com/2010/05/27/biorremediacion-opcion-contra-derrames-de-petroleo/
El petróleo es una fuente orgánica muy rica que puede ser usada como sustrato por
muchos microorganismos en condiciones aerobias. Su biodegradación tiene lugar en la
interfase petróleo agua donde éste compuesto está mezclado con el sustrato húmedo
que facilita la acción microbiana. Para hacer más eficiente el proceso de biorremediación
es importante fertilizar la zona afectada con compuestos inorgánicos como el nitrógeno,
fósforo y potasio. La eficiencia de la biodegradación también depende de la disponibilidad
de oxígeno y de la temperatura.
111
Entre los factores que afectan la biodegradación del petróleo tenemos:
 Temperatura
El rango de temperatura puede variar de -2 a 35 °C, donde la velocidad de degradación

y volatilidad disminuye a medida que baja la temperatura y se incrementa la viscosidad.
 Oxígeno
La biodegradación del petróleo es mayor en condiciones aerobias que anaeróbias. En el

caso de los vertimientos marinos usualmente no es un limitante pero cuando el petróleo
alcanza los sedimentos marinos la biodegradación disminuye. Cuando la permeabilidad
se reduce y se obstruyen los espacios intersticiales de los sedimentos se deben recurrir
a técnicas que ayuden la aireación como la labranza, rastrillado o arado en forma
periódica.
 Nutrientes
En muchos ambientes contaminados los nutrientes esenciales como el nitrógeno, fósforo,

hierro o potasio puede ser deficientes para el proceso degradativo porque sus
concentraciones no favorecen el crecimiento y el metabolismo microbiano. En estos
casos es usual agregarlos al ambiente, como fertilizantes líquidos y agrícolas, o en forma
de liberación lenta, briquetas, gránulos o con aspersores.
Usualmente se usa una proporción de C:N:P de 120:10:1. Es importante aclarar que la

fuente de carbono es el petróleo.
En la naturaleza se pueden encontrar muchos microorganismos degradadores de

petróleo y su diversidad y efectividad dependen de la exposición a este tipo de
hidrocarburos además de la complejidad de los componentes del petróleo, donde los más
complejos demorarán más en degradarse respecto a los más simples. Es importante
mencionar que hay fracciones de hidrocarburos volátiles que se evaporan rápidamente y
no necesitan la participación de microorganismos, sólo los componentes de mayor
complejidad son tratados con la remediación microbiana.
La biorremediación del petróleo como cualquier otro proceso de limpieza tiene sus
ventajas y desventajas, entre las ventajas tenemos:
 Los cambios físicos que origina sobre el sitio afectado son menores.
 Si se usa correctamente no produce efectos adversos significativos.
112
 Es útil para retirar compuestos tóxicos del petróleo
 Se usan tecnología más simples y menos costosas
Entre las desventajas de la biorremediación del petróleo están:
 Para muchos tipos de vertimientos su efectividad todavía es indeterminada.
 Es un proceso largo.
 Su implementación es única y específica para cada lugar contaminado
 Se requiere información sustancial del lugar contaminado y de las características del

vertido.
NOTA:
http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/ARTREVIS1_5.pdf
Biodegradación de xenobióticos
Los xenobióticos son compuestos desarrollados por síntesis química por el hombre y no
existen en la naturaleza. Como resultado de las actividades industriales, agrícolas y
mineras se han desarrollado una gran variedad de estos componentes de difícil
degradación o tratamiento, los cuales son persistentes en los ambientes
contaminados (recalcitrantes). Entre ellos están: insecticidas clorados (DDT, lindano,
clordano), insecticidas organofosforados (palatión, malatión), herbicidas, PCB, etc.
Entre los procesos más usados para degradar estos compuestos esta la fotodegradación
por radiaciones solares, los procesos de oxidación y reducción química y la
biorremediación o biodegradación microbiana; nos enfocaremos en esta última.
Aunque no existen en la naturaleza, la estructura de los plaguicidas o xenobióticos puede

estar sujeta a la actividad microbiana donde algunas sustancias sirven como fuentes de
carbono y energía o como donadores de electrones. La degradación de estos
compuestos puede ser total o incompleta dependiendo de la toxicidad y complejidad del
113
contaminante. Muchos de ellos no llegan hasta los procesos de mineralización e incluso

se pueden generar sustancias recalcitrantes aún más tóxicas que las originales.
De la misma manera que con otros contaminantes la degradación depende de factores

como temperatura, pH, aireación, contenido de materia orgánica, biodisponibilidad de
oxígeno, solubilidad (muchos son insolubles en agua), entre otros.
Muchas bacterias y hongos en la naturaleza tienen la capacidad de degradar

xenobióticos, pero con los avances biotecnológicos la manipulación genética de
microorganismos se ha convertido en una herramienta clave y muchas veces más
eficiente para biorremediar ambientes contaminados con xenobióticos, petróleo, metales
pesados y casi todos los contaminantes.
Para el tratamiento de sitios contaminados con metales pesados (plomo, mercurio,

selenio, etc) también es muy útil la fitorremediación.
NOTA:
Para mayor información sobre biorremediación de metales pesados por

acción microbiana ver este enlace:
http://binational.pharmacy.arizona.edu/documents/Biorem-HM-es-JAF.pdf
114
Bibliografía
Acosta, Raquel. (2008). Saneamiento ambiental e higiene de los alimentos. Córdoba,
Argentina: Editorial Brujas.
Brown, T.A. (2001). Gene cloning and analysis an introduction. (4 ed). Oxford: Editorial
Blackwell Science.
Campos Gómez, I. (2000). Saneamiento ambiental. San José, Costa Rica: Editorial
Universidad Estatal a Distancia.
Coyne, Marck. (1999). Soil microbiology: an exploratory approach. USA: Delmar

Publishers.
Cruz-Guzmán Alcalá, M. (2007). La contaminación de suelos y aguas, supervención con

nuevas sustancias naturales. España: Secretariado de Publicaciones de la Universidad
de Sevilla.
Dong, Y., and Zhang, L. (2005). Quorum sensing and quorum-quenching enzymes. J.
Microbiol. 43: 101-109.
Dong. Y., Wang, L., and Zhang, L. (2007). Quorum-quenching microbial infections:
mechanisms and implications. Phil. Trans. R. Soc. B. 362: 1201-1211.
Fernández Rubio, R. (1996). Suelos contaminados. Madrid: Instituto Tecnológico

Geominero de España.
Gómez Orea, D. (2004). Recuperación de espacios degradados. Madrid: Editorial Grupo

Mundi-Prensa.
Hornby, J., Jensen, E., Lisec, A., Tasto, J., Jahnke, B., Shoemeker, R., Dussault, P., and
Nickersoni, K. (2001). Quorum sensing in the dimorphic fungus Candida albicans is
mediated by farsenol. Appl. Environ. Microbiol. 67: 2982-2992.
Ingraham, J & Ingraham, C. (1998). Introducción a la microbiología (volumen 2).

Barcelona: Editorial Reverté S.A.
Kessin, R. (2000). Evolucionary biology: cooperation can be dangerous. Nature. 408: 971-
919.
Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P & Kaiser, C. (2003). Molecular cell biology. (5 Ed).
Nueva York: W. H. Freeman & Co.
Llop, A., Valdés-Dapena, M & Zuazo, J. (2001). Microbiología y parasitología medicas (3

tomos). La Habana: Editorial de Ciencias Médicas.
115
Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10
Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Madsen, Eugene. (2008). Enviromental microbiology from genomes to biogeochemestry.

Estados Unidos: Blackwell Publishing.
Morfología de células bacterianas. (s.f). Recuperado el 2 de septiembre de 2011,

dehttp://www.oocities.org/ar/vetterworld/microbiologia/cuest_u2.htm
Nealson, K., Platt, T., and Hastings, J. (1970). Cellular control of the synthesis and activity
of the bacterial luminescent system. J. Bacteriol. 104:313-322.
Nealson, D & Cox, M. (2004). Lehninger principles of biochemistry. (4 Ed). Nueva York:
W. H. Freeman & Co.
Oh, K., Miyazawa, H., Naito, T., and Matsuoka, H. (2001). Purification and
characterization of an autoregulatory substance capable of regulating the morphological
transition in Candida albicans. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98: 4664-4668.
Organización Marina Internacional – OMI. (2005). Manual por la contaminación

ocasionada por hidrocarburos, parte IV, lucha contra los derrames de hidrocarburos.
Reino Unido: OMI.
Pedroza Padilla, C. (2010). Caracterización de la enzima acil homoserina lactonasa de

una cepa de Bacillus thuringiensis. Tesis de grado
obtenido http://www.bdigital.unal.edu.co/3211/. Universidad Nacional de Colombia.
Medellín, Colombia.
Rodríguez, M & Córdova, A. (2006). Manual de Compostaje municipal, tratamiento de

residuos sólidos urbanos. México: Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales
de México
Seoánez Calvo, M. (2002). Tratado de la contaminación atmosférica, problemas,

tratamiento y gestión. Madrid: Ediciones Mundi Prensa.
Silos Rodríguez, J. (2008). Manual de lucha contra la contaminación por hidrocarburos.

Cádiz, España: Servicio de Publicaciones de la Universidad de Cádiz.
Tortora, G., Funke, B & Case, C. (2007). Introducción a la microbiología (9 Ed). Buenos
Aires: Médica Panamericana.
Zhang, L., and Dong, Y. (2004). Quorum sensing and signal interference: diverse
implications. Mol. Microbiol. 53: 1563–1571.
116

358010A 291 Modulo Microbiologia Ambiental UNAD PDF

Cargado por

Información del documento

Título original

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

358010A 291 Modulo Microbiologia Ambiental UNAD PDF

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA – UNAD

Escuela de Ciencias Agrícolas, Pecuaria y del Medio Ambiente

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA

MICROBIOLOGÍA AMBIENTAL 358010A_291

CARMEN JULIA PADILLA PEDROZA, MICROBIOL. M.SC

UNIDAD 3. ECOLOGÍA Y MICROBIOLOGÍA

UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE MICROBIOLOGÍA Y METABOLISMO MICROBIANO

Capítulo 1. Mundo microbiano

Lección 1. Etapas históricas de la microbiología

Durante muchos siglos el hombre desconoció la existencia de microorganismos, su

La teoría de la generación espontánea era la más aceptada por la mayoría de los

enfermedades con microorganismos específicos, conocidos como postulados de Koch

Es la ciencia que trata el estudio de los microorganismos. La palabra microbiología deriva

La microbiología ambiental es una su disciplina que estudia la función, diversidad de los

La mayor categoría taxonómica que divide a los organismos vivos es el Dominio,

La unidad fundamental de la clasificación es la especie, son el grupo más estrechamente

Para descargar este libro usar este enlace:

Dar click en descargar ahora. Esperar el tiempo estipulado en el cronómetro y

Lección 3. Microorganismos como células

La célula es la unidad estructural y funcional de todos los seres vivos. Existen

Lección 4. Importancia de los microorganismos para el hombre

En la industria farmacéutica y biotecnológica los microorganismos son clave para la

En la agricultura no sólo causan enfermedades en plantas (fitopatógenos) sino que

Con el aumento de la población y el desarrollo tecnológico también se elevan los niveles

NOTA:Por favor leer los siguientes

Leccción 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales

La ecología microbiana estudia las relaciones entre el microorganismo y su ambiente

Dentro de un ecosistema se establecen relaciones simbióticas, es decir, las interacciones

Además de este tipo de asociaciones gracias a los microorganismos se puede mantener

Capítulo 2. Perspectiva general de la vida microbiana

Lección 6. Estructura celular en procariotas

Figura 1. Estructuras celulares de una procariota (tomado de Tortora et al. 2007).

de manera organizada a la pared celular se le llama cápsula de lo contrario se considera

Las bacterias se clasifican según la composición de la pared celular en grampositivas y

 Membrana plasmática, citoplasmática o celular

Es la sustancia semifluida (citosol) al interior de la célula donde se encuentra el

Es la zona que contiene el material genético conformado por un cromosoma (molécula

El citoplasma de las células procariotas contiene diversas estructuras de

 Gránulos metacromáticos o volutina

Son reservas de almidón y glucógeno que la bacteria almacena cuando crece en un

Son acúmulos de poli-beta hidroxibutíricos (PHB) que en especies

Son células en “reposo” que se forman intracelularmente por la carencia de nutrientes en

En este enlace encontrará un video sobre bacterias:

Lección 7. Estructura celular en eucariotas

Está conformada por células unicelulares y pluricelulares de mayor tamaño y complejidad

Figura 4. Estructura celular eucariota (tomado de Tortora et al. 2007).

 Pared celular y glicocálix

Al contrario de las procariotas tiene un citoesqueleto que le da soporte y contribuye al

NOTA:En este enlace encontrará un video sobre estructura y función celular:

Lección 8. Estructura vírica

información necesaria para sintetizar proteínas y enzimas virales indispensables para la

La cápside es la cubierta proteínica que envuelve al material genético y está constituido

La envoltura es una membrana constituida por lípidos, proteínas y carbohidratos, se

Cuadro 1. Comparación de virus y bacterias (tomado de Tortora et al. 2007).

Los virus se clasifican morfológicamente con base a la simetría o arquitectura de su

Figura 7. Tipos de virus (tomado de Tortora et al. 2007).

En este enlace encontrará un video sobre virus :

Lección 9. Morfología de bacterias

Las bacterias tienen diversidad de formas y tamaños y se clasifican de acuerdo a su

 Bacilos: Bacterias en forma cilíndrica o de bastón. Después de la división celular pueden

 Espirilos: Bacterias en forma helicoidal o de espiral, son relativamente rígidos.

 Espiroquetas: Bacterias en forma de espiral, sacacorchos o helicoidal pero flexibles.

Figura 8. Morfología de células bacterianas (tomado de www.oocities.org) .