ESTRUCTURA Y

PROPIEDADES
DE LOS CIDOS
NUCLICOS
Vernica Burriel Coll
Qumica Aplicada a la Ingeniera Biomdica

Master en Ingeniera Biomdica

 INTRODUCCIN

Definicin

Los cidos Nucleicos son las biomolculas portadoras de la informacin

gentica. Son biopolmeros, de elevado peso molecular, formados por otras
subunidades estructurales o monmeros, denominados Nucletidos.

Desde el punto de vista qumico, los cidos nucleicos son macromolculas

formadas por polmeros lineales de nucletidos, unidos por enlaces ster de
fosfato, sin periodicidad aparente.

De acuerdo a la composicin qumica, los cidos nucleicos se clasifican en

cidos Desoxirribonucleicos (ADN) que se encuentran residiendo en el ncleo
celular y algunos organelos, y en cidos Ribonucleicos (ARN) que actan en el
citoplasma.

Los cidos nucleicos estn formados por largas

cadenas de nucletidos, enlazados entre s
por el grupo fosfato. El grado de
polimerizacin puede llegar a ser
altsimo, siendo las molculas
ms grandes que se conocen,
con molculas constitudas por
centenares de millones de nucletidos
en una sola estructura covalente. De la
misma manera que las protenas son
polmeros lineales aperidicos de aminocidos,
los cidos nucleicos lo son de nucletidos. La
aperiodicidad de la secuencia de nucletidos
implica la existencia de informacin. De hecho,
sabemos que los cidos nucleicos constituyen
el depsito de informacin de todas las
secuencias de aminocidos de todas las
protenas de la clula. Existe una
correlacin entre ambas secuencias, lo que
se expresa diciendo que cidos nucleicos y
protenas son colineares; la descripcin de
esta correlacin es lo que llamamos Cdigo
Gentico, establecido de forma que a una
secuencia de tres nucletidos en un cido
nucleico corresponde un aminocido en
una protena.

-1-
Son las molculas que tienen la informacin gentica de los organismos y son
las responsables de su transmisin hereditaria. El conocimiento de la estructura
de los cidos nucleicos permiti la elucidacin del cdigo gentico, la
determinacin del mecanismo y control de la sntesis de las protenas y el
mecanismo de transmisin de la informacin gentica de la clula madre a las
clulas hijas.

Existen dos tipos de cidos nucleicos, ADN y ARN, que se diferencian por el
azcar (Pentosa) que llevan: desoxirribosa y ribosa, respectivamente. Adems
se diferencian por las bases nitrogenadas que contienen, Adenina, Guanina,
Citosina y Timina, en el ADN; y Adenina, Guanina, Citosina y Uracilo en el
ARN. Una ltima diferencia est en la estructura de las cadenas, en el ADN
ser una cadena doble y en el ARN es una cadena sencilla

Un poco de historia

El descubrimiento de los cidos nucleicos se debe a Meischer (1869), el cual

trabajando con leucocitos y espermatozoides de salmn, obtuvo una sustancia
rica en carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y un porcentaje elevado de
fsforo. A esta sustancia se le llam en un principio Nuclena, por encontrarse
en el ncleo.

Aos ms tarde, se fragment

esta nuclena, y se separ un
componente proteico y un grupo
prosttico, este ltimo, por ser
cido, se le llam cido Nucleico.

En los aos 30, Kossel comprob

que tenan una estructura
bastante compleja.

En 1953, James Watson y Francis

Crick, descubrieron la estructura
tridimensional de uno de estos
cidos, concretamente del cido
Desoxirribonucleico (ADN).

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 BASES PRICAS
Y PIRIMIDNICAS

Definicin

Las Bases Nitrogenadas son las que contienen la informacin gentica. En el

caso del ADN las bases son dos Purinas y dos Pirimidinas. Las purinas son A
(Adenina) y G (Guanina). Las pirimidinas son T (Timina) y C (Citosina). En el
caso del ARN tambin son cuatro bases, dos purinas y dos pirimidinas. Las
purinas son A y G y las pirimidinas son C y U (Uracilo).

Como son aromticas, tanto las

bases pricas como las
pirimidnicas son planas, lo cual es
importante en la estructura de los
cidos nucleicos.

Tambin son insolubles en agua y

pueden establecer interacciones
hidrfobas entre ellas; estas
interacciones sirven para estabilizar la
estructura tridimensional de los cidos
nucleicos. Las bases nitrogenadas
absorben luz en el rango ultravioleta
(250-280 nm), propiedad que se usa
para su estudio y cuantificacin.

-3-
Bases pricas

Estn basadas en el Anillo Purnico. Puede observarse que se trata de un

sistema plano de nueve tomos, cinco carbonos y cuatro nitrgenos.

En esta imagen puede

observarse como se forman
Adenina y Guanina a partir de
una Purina.

El anillo purnico puede

considerarse como la fusin de
un anillo pirimidnico con uno
imidazlico.

En el siguiente cuadro se muestran los nombres de las principales purinas:

Purinas
Nombre comn Nombre sistemtico
Adenina 6-amino purina
Guanina 2-amino 6-oxo purina

Las purinas que comnmente encontramos en el ADN y ARN son Adenina y

Guanina.

La forma degradativa final de las purinas en los primates es el cido rico,

2,6,8-trioxo purina.

Bases pirimidnicas

Estn basadas en el Anillo Pirimidnico. Es un sistema plano de seis tomos,

cuatro carbonos y dos nitrgenos.

En esta imagen puede

observarse como derivan
Citosina, Timina y Uracilo de
Pirimidina.

Las distintas bases pirimidnicas

se obtienen por sustitucin de
este anillo con grupos oxo (=O),
grupos amino (-NH2) o grupos
metilo (-CH3).

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En el siguiente cuadro se muestran los nombres de las principales pirimidinas:

Pirimidinas
Nombre comn Nombre sistemtico
Citosina 2-oxo 4-amino pirimidina
Uracilo 2,4 dioxo pirimidina
Timina 2,4 dioxo5-metil pirimidina

Las pirimidinas que encontramos en el ADN son Citosina y Timina. En el ARN

encontramos Citosina y Uracilo.

Las pirimidinas son degradadas completamente a agua, anhdrido carbnico y

urea.

Bases modificadas

Adems de las purinas y pirimidinas de las que hemos hablado anteriormente,

es frecuente encontrar Bases Modificadas.

Entre las ms abundantes encontramos:

la 5-metilcitosina, la 5-hidroximetilcitosina y la 6-Metiladenina que se
han relacionado con la regulacin de la expresin del DNA
la 7-metilguanina y el dihidrouracilo que forman parte de la estructura de
los RNA
Hipoxantina y Xantina como intermediarios metablicos y productos de
reaccin del DNA con sustancias mutagnicas.

-5-
 NUCLESIDOS Y
NUCLETIDOS

Nuclesidos

La unin de una base nitrogenada a una pentosa da lugar a los compuestos

llamados Nuclesidos.

La unin base-pentosa se efecta a travs de un enlace glicosdico, con

configuracin beta () entre el carbono uno de ribosa o desoxirribosa, y un
nitrgeno de las base, el 1 en las pirimidinas, y el 9 en las purinas, con la
prdida de una molcula de agua.
Para evitar confusiones en la nomenclatura de nuclesidos y nucletidos, los
tomos de la pentosa se designan con nmeros seguidos de un apstrofe (1',
2', 3', 4' y 5'), para distinguirlos de los de la base, por lo que los enlaces de los
nuclesidos se designan como (1-1) en las pirimidinas y (1-9) en las
purinas.

La pentosa puede ser D-

Ribosa (D-ribofuranosa), en
cuyo caso hablamos de
Ribonuclesidos, o bien 2-D-
Desoxirribosa (D-
desoxirribofuranosa),
constituyendo los
Desoxirribonuclesidos.

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Los nuclesidos son ms solubles que las bases libres y los planos de la base
y el azcar son perpendiculares entre si.

Como el enlace glicosdico es sencillo, las bases pueden presentar dos

conformaciones diferentes:

anti cuando el plano de la base est alejada del plano de la pentosa

syn cuando las bases estn sobre el plano de la pentosa

Los nuclesidos pricos pueden presentar ambas conformaciones, aunque la

anti es ms estable; los pirimidnicos slo pueden existir en anti, porque el
Oxgeno en el carbono 2 no permite que se forme la syn.

Veremos en la siguiente tabla las estructuras de los distintos Ribonuclesidos.

DESOXIRRIBONUCLETIDOS
Base Nuclesido
Obsrvese la nomenclatura: se utiliza el
sufijo -osina sobre el nombre radical de
Pirimidinas
la base en el caso de las Purinas, y el
Citosina Desoxicitidina
sufijo -idina en el de las Pirimidinas.
Uracilo Desoxiuridina
Timina Timidina
El Ribonuclesido de Timina recibe el
Purinas nombre de Ribotimidina. Por su parte, el
Adenina Desoxiadenosina Ribonuclesido de Hipoxantina recibe el
Guanina Desoxiguanosina nombre de Inosina.

Por su parte, los Desoxinuclesidos se denominan con el prefijo desoxi-

RIBONUCLESIDOS delante del nombre del nuclesido.
Base Nuclesido
Pirimidinas Se excepta el Desoxirribonuclesido de
Citosina Citidina Timina, que recibe el nombre de Timidina.
Uracilo Uridina
Timina Ribotimidina
Purinas
Adenina Adenosina
Guanina Guanosina
Hipoxantina Inosina

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Nuclesidos modificados

En los tRNA existen en forma caracterstica, nuclesidos modificados como la

Seudouridina, formada por Uracilo y Ribosa unidos a travs de un enlace (1-
5). Tambin se encuentra un nuclesido de Timina y Ribosa, la Ribotimidina.
Otro nuclesido presente en el tRNA es la Dihidrouridina, formado por Ribosa y
Dihidrouracilo unidos por enlace (1-1).

En el metabolismo de las bases pricas se forma un nuclesido con

Hipoxantina y Ribosa llamado Inosina.

Nucletidos

Los nucletidos son los steres fosfricos de los nuclesidos. Estn formados
por la unin de un grupo fosfato al carbono 5 de una pentosa. A su vez la
pentosa lleva unida al carbono 1 una base nitrogenada.

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Se forman cuando se une cido fosfrico a un nuclesido en forma de in
fosfato (PO43-) mediante un enlace ster en alguno de los grupos -OH del
monosacrido. El enlace ster se produce entre el grupo alcohol del carbono 5
de la pentosa y el cido fosfrico. Aunque la ribosa tiene tres posiciones en las
que se puede unir el fosfato (2, 3 y 5), y en la desoxirribosa dos (3 y 5), los
nucletidos naturales ms abundantes son los que tienen fosfato en la posicin
5. Nucletidos con fosfato en 3 aparecen en la degradacin de los cidos
nucleicos.

Se nombra como el nuclesido del que proceden eliminando la a final y

aadiendo la terminacin 5-fosfato, o bien monofosfato; por ejemplo,
adenosn-5-fosfato o adenosn-5-monofosfato (AMP).

Los nucletidos pueden formarse con cualquier nuclesido, con una

nomenclatura idntica. Veamos a continuacin, a modo de ejemplo, los
nucletidos de Adenosina:

Adenosina Monofosfatos
Nombre sistemtico Abreviatura
Adenosina-5'-monofosfato 5'-AMP, AMP
Adenosina-3'-monofosfato 3'-AMP
Adenosina-2'-monofosfato 2'-AMP

Adenosina Polifosfatos
Nombre sistemtico Abreviatura
Adenosina-5'-monofosfato AMP
Adenosina-5'-difosfato ADP
Adenosina-5'-trifosfato ATP

Molcula de
ATP (adenosn
trifosfato): Es el
portador primario de
energa de la clula.
La mayora de las
reacciones
metablicas
que requieren
energa estn
acopladas a la
hidrlisis de
ATP.

El fosfato puede aparecer esterificado a dos grupos simultneamente. Tal es el

caso de los llamados Nucletidos Cclicos. Veamos como ejemplo el
Adenosina-3',5'-monofosfato cclico (cAMP), en el cual el fosfato esterifica
simultneamente a los hidroxilos 3' y 5'.

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En lo que se refiere a los desoxinucletidos, la diferencia es que no pueden
formarse en el carbono 2' por razones obvias (no hay grupo -OH) por lo que
slo puede haber 3' y 5'-desoxinucletidos. Veremos a ttulo de ejemplo los
nucletidos de las cuatro bases que forman parte del DNA:

Desoxinucletidos
Nombre sistemtico Abreviatura
Desoxiadenosina-5'-monofosfato dAMP
Desoxiguanosina-5'-monofosfato dGMP
Desoxicitidina-5'-monofosfato dCMP
Timidina-5'-monofosfato TMP

Adems de formar la estructura de los cidos nucleicos los nucletidos tienen

otras funciones relevantes:
1. El nuclesido Adenosina tiene funciones de neurotransmisor.
2. ATP es la molcula universal para transferencia de energa;
3. UDP y el CDP sirven como transportadores en el metabolismo de glcidos,
lpidos y otras molculas;
4. AMPc, GMPc y el propio ATP cumplen funciones reguladoras;
5. AMP forma parte de la estructura de coenzimas como FAD, NAD+, NADP+ y
CoA.

Aparte de su carcter como monmeros de cidos nucleicos, la estructura de

nucletido est generalizada entre las biomolculas, y particularmente como
coenzimas. Entre las ms representativas podemos nombrar:

Niacina adenina dinucletido (forma reducida, NADH).

Flavina Adenina dinucletido (FAD).
Coenzima A (forma acetilada, Acetil-CoA).
Uridina difosfato glucosa (UDPG).

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 ESTRUCTURA
TRIDIMENSIONAL
DEL ADN

El ADN

cido Desoxirribonucleico (ADN), material gentico de todos los organismos

celulares y casi todos los virus. Es el tipo de molcula ms compleja que se
conoce. Su secuencia de nucletidos contiene la informacin necesaria para
poder controlar el metabolismo un ser vivo.

El ADN lleva la informacin necesaria para dirigir la

sntesis de protenas y la replicacin. En casi todos los
organismos celulares el ADN est organizado en forma
de cromosomas, situados en el ncleo de la clula.

Est formado por la unin de muchos

desoxirribonucletidos. La mayora de las molculas de
ADN poseen dos cadenas antiparalelas (una 5-3 y la
otra 3-5) unidas entre s mediante las bases
nitrogenadas, por medio de puentes de hidrgeno.

La adenina enlaza con la timina, mediante dos puentes

de hidrgeno, mientras que la citosina enlaza con la
guanina, mediante tres puentes de hidrgeno.

El estudio de su estructura se puede hacer a varios

niveles, apareciendo estructuras, primaria, secundaria,
terciaria, cuaternaria y niveles de empaquetamiento
superiores.

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Estructura Primaria

Se trata de la secuencia de
desoxirribonucletidos de una de las cadenas.
La informacin gentica est contenida en el
orden exacto de los nucletidos.

Las bases nitrogenadas que se hallan formando

los nucletidos de ADN son Adenina, Guanina,
Citosina y Timina. Los nucletidos se unen
entre s mediante el grupo fosfato del segundo
nucletido, que sirve de puente de unin entre
el carbono 5' del primer nucletido y el carbono
3' de siguiente nucletido.

Como el primer nucletido tiene libre el carbono

5' y el siguiente nucletido tiene libre el carbono
3', se dice que la secuencia de nucletidos se
ordena desde 5' a 3' (5' 3').

Estructura Secundaria

Es una estructura en doble hlice. Permite explicar el almacenamiento de la

informacin gentica y el mecanismo de duplicacin del ADN. Fue postulada
por James Watson y Francis Crick.

Es una cadena doble, dextrgira o levgira, segn el tipo de ADN. Ambas

cadenas son complementarias, pues la adenina de una se une a la timina de la
otra, y la guanina de una a la citosina de la otra. Estas bases enfrentadas son
las que constituyen los Puentes de Hidrgeno.

Adenina forma dos puentes de hidrgeno con Timina. Guanina forma tres
puentes de hidrgeno con Citosina.

Ambas cadenas son antiparalelas, pues el extremo 3 de una se enfrenta al

extremo 5 de la otra.

Las dos hebras estn enrolladas en torno a un eje imaginario, que gira en
contra del sentido de las agujas de un reloj. Las vueltas de estas hlices se
estabilizan mediante puentes de hidrgeno.

Esta estructura permite que las hebras que se formen por duplicacin de ADN
sean copia complementaria de cada una de las hebras existentes.

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Existen tres modelos de ADN:

ADN-B: ADN en disolucin, 92% de humedad relativa, se encuentra en

soluciones con baja fuerza inica se corresponde con el modelo de la
Doble Hlice. Es el ms abundante y es el descubierto por Watson y
Crick.
ADN-A: ADN con 75% de humedad, requiere Na, K o Cs como
contraiones, presenta 11 pares de bases por giro completo y 23 de
dimetro. Es interesante por presentar una estructura parecida a la de
los hbridos ADN-ARN y a las regiones de autoapareamiento ARN-ARN.
ADN-Z: doble hlice sinistrorsa (enrollamiento a izquierdas), 12 pares de
bases por giro completo, 18 de dimetro, se observa en segmentos de
ADN con secuencia alternante de bases pricas y pirimidnicas
(GCGCGC), debido a la conformacin alternante de los residuos
azcar-fosfato sigue un curso en zig-zag.

Estructura terciaria

El ADN presenta una estructura terciaria, que consiste en que la fibra de 20

se halla retorcida sobre s misma, formando una especie de super-hlice. Esta
disposicin se denomina ADN Superenrollado, y se debe a la accin de
enzimas denominadas Topoisomerasas-II. Este enrollamiento da estabilidad a
la molcula y reduce su longitud.

Vara segn se trate de organismos procariontes o eucariontes:

a) En procariontes se pliega como una super-hlice en forma,

generalmente, circular y asociada a una pequea cantidad de protenas.
Lo mismo ocurre en la mitocondrias y en los plastos.

- 13 -
 b) En eucariontes el empaquetamiento ha de ser ms complejo y compacto
y para esto necesita la presencia de protenas, como son las histonas y
otras de naturaleza no histona (en los espermatozoides las protenas
son las protamnas). A esta unin de ADN y protenas se conoce como
Cromatina, en la cual se distinguen diferentes niveles de organizacin:

- Nucleosoma
- Collar de perlas
- Fibra cromatnica
- Bucles radiales
- Cromosoma.

El ADN es una molcula muy larga en algunas especies y, sin embargo, en las
clulas eucariotas se encuentra alojado dentro del minsculo ncleo. Cuando el
ADN se une a protenas bsicas, la estructura se compacta mucho.

Las protenas bsicas son Histonas o Protamnas.

La unin con Histonas genera la estructura

denominada Nucleosoma. Cada nucleosoma est
compuesto por una estructura voluminosa,
denominada Core, seguida por un eslabn o
"Linker". El core est compuesto por un octmero de
protenas, Histonas, denominadas H2A, H2B, H3 y
H4. Cada tipo de histona se presenta en nmero
par. Esta estructura est rodeada por un tramo de
ADN que da una vuelta y 3/4 en torno al octmero.
El Linker est formado por un tramo de ADN que
une un nucleosoma con otro y una histona H1.

El conjunto de la estructura se denomina Fibra de Cromatina de 100. Tiene un

aspecto repetitivo en forma de collar de perlas, donde las perlas seran los
nucleosomas, unidos por los linker.

Estructura cuaternaria

La cromatina en el ncleo tiene un grosor de 300. La fibra de cromatina de

100 se empaqueta formando una fibra de cromatina de 300. El enrollamiento
que sufre el conjunto de nucleosomas recibe el nombre de Solenoide.

Los solenoides se enrollan formando la

cromatina del ncleo interfsico de la clula
eucariota. Cuando la clula entra en divisin, el
ADN se compacta ms, formando los
cromosomas.

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 ESTRUCTURA
DEL A RN

El ARN

El cido Ribonucleico se forma por la polimerizacin de ribonucletidos, los

cuales se unen entre ellos mediante enlaces fosfodister en sentido 5-3 (igual
que en el ADN). Estos a su vez se forman por la unin de un grupo fosfato, una
ribosa (una aldopentosa cclica) y una base nitrogenada unida al carbono 1 de
la ribosa, que puede ser citosina, guanina, adenina y uracilo. Esta ltima es una
base similar a la timina.

En general los ribonucletidos se unen entre s, formando una cadena simple,

excepto en algunos virus, donde se encuentran formando cadenas dobles.

Un gen est compuesto, como hemos visto, por una secuencia lineal de
nucletidos en el ADN, dicha secuencia determina el orden de los aminocidos
en las protenas. Sin embargo el ADN no proporciona directamente de
inmediato la informacin para el ordenamiento de los aminocidos y su
polimerizacin, sino que lo hace a travs de otras molculas, los ARN.

Se conocen tres tipos principales de ARN y todos ellos participan de una u otra
manera en la sntesis de las protenas. Ellos son: El ARN mensajero (ARNm),
el ARN ribosomal (ARNr) y el ARN de transferencia (ARNt).

ARN mensajero (ARNm)

Consiste en una molcula lineal de nucletidos (monocatenaria), cuya

secuencia de bases es complementaria a una porcin de la secuencia de
bases del ADN. El ARNm dicta con exactitud la secuencia de aminocidos en
una cadena polipeptdica en particular. Las instrucciones residen en tripletes de
bases a las que llamamos Codones.

ARN ribosomal (ARNr)

Este tipo de ARN una vez trascrito, pasa al nucleolo donde se une a protenas.
De esta manera se forman las subunidades de los ribosomas.

ARN de transferencia (ARNt)

Este es el ms pequeo de todos, tiene aproximadamente 75 nucletidos en su

cadena, adems se pliega adquiriendo lo que se conoce con forma de hoja de
trbol plegada. El ARNt se encarga de transportar los aminocidos libres del
citoplasma al lugar de sntesis proteica. En su estructura presenta un triplete de
bases complementario de un codn determinado, lo que permitir al ARNt
reconocerlo con exactitud y dejar el aminocido en el sitio correcto. A este
triplete lo llamamos Anticodn.

- 15 -
Estructura primaria

Al igual que el ADN, se refiere a la

secuencia de las bases nitrogenadas que
constituyen sus nucletidos. La estructura
primaria del ARN es similar a la del ADN,
excepto por la sustitucin de desoxirribosa
por ribosa y de timina por uracilo. La
molcula de ARN est formada, adems
por una sola cadena.

Estructura secundaria

La cadena simple de ARN puede plegarse y

presentar regiones con bases apareadas, de
este modo se forman estructuras secundarias
del ARN, que tienen muchas veces importancia
funcional, como por ejemplo en los ARNt (ARN
de transferencia). Aunque existan zonas
apareadas, los extremos 5 y 3 que marcan el
inicio y el final de la molcula permanecern
libres.

Estructura terciaria

Es un plegamiento complicado sobre la estructura

secundaria adquiriendo una forma tridimensional.

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