En 1940 empez a funcionar la escuela mixta Puerto Claver con los
siguientes grados: primero, segundo, tercero y cuarto. Para continuar sus estudios los educandos tenan que desplazarse al Municipio de Zaragoza.
En 1944 la poblacin fue creciendo y la compaa mineros de Antioquia cedi
un terreno para construir la escuela en el lugar que hoy es llamado el bloque o casa del maestro.
En 1954 fue creada la primera I. E. llamada Escuela Urbana Puerto Claver
que solo atenda el ciclo primario; ms adelante con el crecimiento de la poblacin, un grupo de personas netos clavereos observando la cantidad de jvenes que no podan continuar el bachillerato ah mismo se reunieron con la jefa de ncleo de ese entonces doa MARY JIMENEZ le explicaron sus inquietudes quien organiz una junta con las personas de la comunidad.
Se elabor un plano del colegio, y fue presentado en Medelln, ste fue
aprobado y presentado al seor alcalde RAFAEL LOPEZ MEJIA quien dio a la junta su gran ayuda con materiales y la comunidad respondi con la mano de obra.
El terreno lo obsequi el seor ANTONIO GOMEZ. Mientras se construan
las aulas, el bachillerato empez a funcionar en las aulas del CENTRO DE ADULTOS ISAAC DE J COLN. ste fue fundado en 1964 por el sacerdote FRANCISCO GMEZ, quien llev primero el nombre de centro de alfabetizacin y en 1966 le dan el nombre de Mara Auxiliadora. Sigue en marcha la construccin de tres aulas con la ayuda de alumnos, profesores, padres de familia de la comunidad donde se les observa el gran sentido de pertenencia, despus se llam la institucin DEM Puerto Claver para atender el ciclo secundario.
En 1976 se inician labores y el colegio recibe el nombre de SAN PEDRO
CLAVER INEM para pasar despus a ser IDEM de Zaragoza, viendo el empeo de la comunidad y padres de familia le dan la aprobacin al colegio por 6 aos, ya se contaba con 25 alumnos.
Es de recordar que el Liceo Puerto Claver ocup los segundos lugares a
nivel departamental por el buen rendimiento acadmico de sus educandos y el buen desempeo de los docentes.
Ambas instituciones fueron creadas con recursos del departamento, ms las
primeras fueron creadas con ayuda y recursos de la comunidad y la alcalda municipal, las cuales funcionaban de forma aislada y en infraestructuras diferentes.
Las anteriores instituciones funcionaron de forma aisladas hasta el ao 2003,
con el proceso de fusin y reorganizacin de las instituciones educativas en el territorio nacional fue denominada Institucin Educativa Rural Puerto Claver mediante la resolucin departamental 0838 de febrero 7 de 2003, cada sede cuenta un cdigo DANE propio, la sede primaria 205250000392, sede secundaria 205250000023 . La Institucin Educativa Rural Puerto Claver es la nica institucin que existe en la localidad, por consiguiente le ha tocado recibir, a la totalidad de los educandos que resulten, sin embargo a partir el ao 2015, y de acuerdo con las normas establecidas por el Ministerio de Educacin Nacional, a travs de un estudio de proyeccin del servicio educativo, atender a un nmero de estudiantes que le pueda garantizar el derecho de igualdad, en lo relacionado con un lugar digno dentro del aula de clase ( el espacio por estudiante dentro del aula y la silla escolar, entre otros aspectos), evitando el hacinamiento en la institucin, lo cual viene generando graves problemas de faltas tipo 1, 2 y 3 entre los estudiantes. Por lo anterior se hace necesario crear una sede primaria en el barrio El Panorama.
Actualmente la Institucin es digital, cuenta con una biblioteca que posee
obras de literatura infantil, libros de referencias: diccionarios, enciclopedias entre otros, adems existen textos escolares de las diferentes reas del conocimiento, una sala de audiovisuales, auditorio, tiendas escolares un kiosco digital.
A lo largo de la historia la Institucin educativa ha desarrollado actividades
como: concursos de lectura y escritura, el festival del cuento, olimpiadas del saber entre otros; se han desarrollado proyectos pedaggicos de aula como requisito de algunos docentes para obtener el ttulo de licenciados en educacin, tales como: lectura creativa y recreativa Por qu a los nios no les gusta leer? juegos tradicionales entre otros. (IER Puerto Claver, 2014) Referencia Bibliogrfica
IER Puerto Claver. (2014). PEI. En PEI (pg. 208). El Bagre.