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Enzimas PDF
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ENZIMAS
Son molculas de naturaleza protenica que
aceleran las reacciones bioqumicas.
Son catalizadores biolgicos que disminuyen
la energa de activacin de las reacciones que
catalizan, de forma que se aceleran
sustancialmente la tasa de reaccin.
QU ES UN CATALIZADOR?
Es una molcula inorgnica u orgnica que
incrementa notablemente la velocidad de las
reacciones qumicas sin ser modificada o
consumida en la reaccin.
ES
EP
E : enzima libre
S : sustrato
ES : complejo enzima-sustrato
EP: complejo enzima producto
P : producto
E+P
Cintica vs termodinmica
Las reacciones proceden espontneamente si hay un
descenso en la energa libre cuando la temperatura y la
presin se mantienen constantes.
bioqumicas,
que
son
termodinmicamente posibles, ocurren a velocidades
despreciables, es decir son cinticamente imposibles.
Muchas
reacciones
Cintica vs termodinmica
Lo que determina si una reaccin es
termodinmicamente posible es el valor del cambio
en energa libre (G).
Lo que determina si una reaccin es cinticamente
posible es el valor de su energa de activacin
(G).
= -RT ln Keq
Reaccin no catalizada
Reaccin catalizada
Necesidad de la biocatlisis
Por qu la gran mayora de las reacciones en los seres
vivos necesitan ser catalizadas para que ocurran a una
velocidad apreciable?
Porque de lo contrario estaran todas en el equilibrio.
Porque as la clula puede regular en forma diferencial su
velocidad, regulando la actividad de los catalizadores de cada
una de ellas.
Ventajas de
inorgnicos
las
enzimas
sobre
los
catalizadores
cido orotidlico
cido uridlico
(UMP)
Unin especfica
Las molculas que van a
reaccionar, llamadas
sustratos, se unen a una
regin en la superficie
llamada sitio activo.
ENZIMAS
Apoenzima: Parte protenica.
Enzima
Parte no protenica:
(holoenzima) Cofactores y coenzimas
Hemoglobina
COFACTORES
Cofactores: Uno o mas iones inorgnicos.
ALCOHOL DESHIDROGENASA
EC 1.1.1.1
Clase: 1 (oxidorreductasa)
Subclase: 1 (acta sobre un sustrato que posee un grupo
CH-OH como donador de electrones)
Subsubclase: 1 (NAD+ o NADP+ es la coenzima aceptor)
Orden dentro de la subsubclase: 1 (primera enzima de este
grupo)
a) 190
b) El plegamiento tridimensional de la enzima hace
que los aminocidos Arg145 y Glu270 queden cerca.
Actividad especfica
U/mg de protena
katal / mg protena
Irreversible simplificada
Parmetros enzimticos
Km
(constante para cada enzima) = concentracin de S a la que V0
es Vmax. Es una medida de la afinidad de la enzima por S.
Cuanto menor es Km, mayor es la afinidad de la enzima por S.
Kcat
(constante para cada enzima) = nmero de recambio =
nmero de molculas de sustrato convertidas en producto por
molcula de enzima y unidad de tiempo, en condiciones
saturantes del sustrato.
Vmax
Velocidad mxima terica = la velocidad cuando todos los
centros activos estn ocupados con sustrato.
REPRESENTACIN GRFICA DE LA
ECUACIN DE MICHAELIS-MENTEN
*Ejercicio 3
Una enzima que cataliza la reaccin
X
Y se aisl de dos especies
bacterianas diferentes. Las enzimas
tienen el mismo valor de Vmax, pero
diferente valor de Km para el
sustrato X. La enzima A tiene un
valor de Km de 2.0 mM, mientras
que le enzima B tiene un valor de Km
de 0.5 mM. En la siguiente grfica se
presenta la cintica de la reaccin a
la misma concentracin de ambas
enzimas Qu curva corresponde a
la enzima A y cual a la enzima B?
Enzima B
Enzima A
ECUACIN DE MICHAELIS-MENTEN
v = Vmax / 2
Constante de especificidad
(Vmax/Km o kcat/Km)
Indica cul es el mejor sustrato de una enzima (aqul que
tenga la mayor constante de especificidad).
Indica la eficiencia cataltica de la enzima a concentraciones
de sustrato por debajo de los niveles de saturacin.
Representa el paso de unin de la enzima y el sustrato
(cualquier factor que afecte esta constante est afectando el
paso de unin).
CINTICA ENZIMTICA
Lineal
1/v
vs
Sigmoidal
v versus log S (semilogartmica)
Grfica sigmoidal
(velocidad inicial vs log [S])
[S]
(M)
V0
(mol/mL min)
2.5 X 10-6
28
4 X 10-6
40
1 X 10-5
70
2 X 10-5
95
4 X 10-5
112
1 X 10-4
128
2 X 10-3
139
1 X 10-2
140
0.5 Km
2.0 Km
10 Km
Respuesta
0.5 Km
2.0 Km
10 Km
INHIBIDOR
TIPOS DE INHIBIDORES
ISOSTRICO
El inhibidor se une al mismo sitio que el sustrato (sitio
activo).
ALOSTRICO
El inhibidor se une a un sitio diferente al que se une
el sustrato (sitio alostrico).
TIPOS DE INHIBIDORES
COMPETITIVO El inhibidor se une a la enzima
libre interfiriendo con la unin del sustrato.
INCOMPETITIVO El inhibidor se une al complejo
enzima-sustrato interfiriendo con la formacin de
producto.
MIXTO El inhibidor se une tanto a la enzima libre
como al complejo enzimas sustrato, interfiriendo la
unin del sustrato y la formacin del producto.
NO COMPETITIVO Es un tipo especial de
inhibidor mixto que se une con igual afinidad a la
enzima libre y al complejo enzima-sustrato.
INHIBICIN COMPETITIVA
El inhibidor se une a la enzima libre interfiriendo con la
unin del sustrato
INHIBICIN INCOMPETITIVA
El inhibidor se une al complejo enzima-sustrato interfiriendo
con la formacin del producto)
Inhibidores cuyo
efecto NO se
contrarresta
incrementando
la concentracin
del sustrato.
INHIBICIN MIXTA
El inhibidor se une tanto a la enzima libre como al complejo
enzima-sustrato, por lo tanto interfiere en la unin del
sustrato y en la formacin del producto
INHIBICIN NO COMPETITIVA
Inhibidor competitivo
Km, no cambia Vmax
Inhibidor mixto
Km, Vmax
Inhibidor incompetitivo
Km, Vmax
Inhibidor no competitivo
No cambia Km, Vmax
*Ejercicio 9. Inhibidores
En la siguiente tabla se incluyen las velocidades iniciales
de una reaccin catalizada por una enzima que sigue
cintica de Michaelis-Menten, medidas en ausencia
(control), y en presencia de dos inhibidores diferentes (1
y 2), ambos a una concentracin de 10 mM. Se us la
misma concentracin de enzima en todas las
determinaciones.
[S] (mM)
1
2
5
10
20
Control
2.50
4.00
6.30
7.60
8.50
V0 (mol/mL s)
Inhibidor 1
Inhibidor 2
1.17
0.77
2.10
1.25
4.00
2.00
5.70
2.45
7.20
2.68
Zimgenos
Formas inactivas de enzimas que son convertidas a formas
activas por protelisis en sitios especficos.
En general son enzimas proteolticas que de sintetizarse
activas produciran daos a la clula.
Se activan una vez fuera de la clula que las produce
(enzimas digestivas, enzimas implicadas en la coagulacin
sangunea) o cuando deben llevar a la muerte celular (caso
de las caspasa en la apoptosis).
Isoenzimas
Protenas que en un organismo catalizan la misma
reaccin pero estn codificadas por genes diferentes.
Difieren en sus propiedades cinticas.
Se expresan diferencialmente en diferentes tejidos,
organelos o estados fisiolgicos o patolgicos.
Cooperatividad enzimtica
OBJETIVO:
Disminucin de la energa de activacin de la reaccin
catalizada con respecto a la no catalizada
Catlisis cido-base
La catlisis cida general consiste en la transferencia de
un protn desde un residuo de la enzima, que se
comporta como un cido de Brnsted, al sustrato o
intermediarios de la reaccin, disminuyndose as la
energa libre del estado de transicin.
La catlisis bsica general consiste en la transferencia de
un protn desde el sustrato o intermediarios de la
reaccin a un residuo de la enzima, que se comporta
como una base de Brnsted, disminuyndose as la
energa libre del estado de transicin.
Si se dan ambos tipos de catlisis se tiene una catlisis
cido-base concertada.
Catlisis electrosttica
La enzima estabiliza intermediarios o estados
de transicin de la reaccin por neutralizacin de
cargas gracias a la disposicin espacial en el sitio
activo de residuos con carga opuesta.
En otros casos la distribucin de cargas en el
sitio activo sirve para guiar a sustratos cargados o
polares a sus sitios de unin.
Catlisis covalente
La enzima forma transitoriamente un enlace covalente con
el sustrato.
La catlisis covalente consiste en tres pasos sucesivos:
Ataque nucleoflico de la enzima sobre el sustrato
(formacin del enlace covalente).
Toma de electrones por el catalizador u otro sustrato
(formacin del producto).
Separacin del producto de la enzima (ruptura del enlace
covalente, generalmente por hidrlisis).
CINTICA ENZIMTICA
VELOCIDAD DE REACCIN
INHIBICIN COMPETITIVA
Cooperatividad de unin
Ecuacin de Arrhenius
Especificidad vs afinidad
Especificidad es la capacidad que tiene una enzima
de discriminar entre posibles sustratos (sustratos
alternos). Nos indica la velocidad relativa a la que se
llevar a cabo la reaccin catalizada con estos sustratos
diferentes.
Se mide por la constante de especificidad para cada
sustrato.
Los mejores sustratos, es decir aquellos que producen
una reaccin ms rpida, son los que tienen una
constante de especificidad mayor.
Especificidad vs afinidad
Afinidad es la estabilidad del complejo ES. Nos
indica la capacidad que tiene la enzima de formar
un complejo con un determinado sustrato.
Se mide por la constante de disociacin (Kd) del
complejo ES, que en ocasiones es igual a la Km.
Los sustratos con mayor afinidad son los que
tienen una menor Kd.
Vmax
Km
Competitivo
Vmax
aKm
Incompetitivo
Vmax /a
Km/a
Mixto
Vmax /a
a Km/a
No competitivo
Vmax /a
*Km
*Si a = a
a Km/a =Km
Patrones de inhibicin
Ecuacin de Hill