ANLISIS BIOINFORMTICO DE LA

FRATAXINA Y
DE OTRAS PROTENAS
PROBABLEMENTE IMPLICADAS EN LA
ATAXIA DE FRIEDREICH
Isaac Amela Abellan
Laboratorio de Bioinformtica
Instituto de Biotecnologa y de Biomedicina (IBB)
Universidad Autnoma de Barcelona (UAB)
Jornadas FEDAES 2006

Isaac Amela Abellan

Jornadas FEDAES 2006

Me llamo ISAAC AMELA ABELLAN y tengo 28 aos.

Vivo en Cabrils,
Cabrils un pueblo cerca de Barcelona.
Estoy afectado de Ataxia de Friedreich y curiosamente este es el tema
principal de mi tesis doctoral.
Curs la licenciatura de Biologa en la Univesidad de Gerona (UdG) entre
los aos 1996 y 2000.
Curs la licenciatura de Biotecnologa en la Universidad Autnoma de
Barcelona (UAB) entre los aos 2000 y 2004.
Actualmente estoy en el Laboratorio de Bioinformtica del Instituto de
Biotecnologa y de Biomedicina (IBB) de la Universidad Autnoma de
Barcelona (UAB).
Concretamente, en el segundo ao de una beca de cuatro aos (20052009) que obtuve en la Universidad Autnoma de Barcelona (UAB) por el
proyecto titulado: Anlisis bioinformtico de la Frataxina y de otras protenas
probablemente implicadas en la Ataxia de Friedreich.

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Mi area de investigacin en Bioinformtica es la siguiente:

9Anlisis de la secuencia, la estructura y la funcin de ciertas
protenas.
nas
9Modelage molecular

del mecanismo de interaccin entre las

protenas implicadas en algunas enfermedades humanas.

9Anlisis de datos de microarrays de ADN importantes sobre
algunas enfermedades humanas.
9Anlisi de la secuencia de protenas probablemente autoinmunoreactivas en algunas bacterias patgenas humanas.

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La Ataxia de Friedreich es un transtorno neurolgico, progresivo y

hereditario que afecta principalmene al equilibrio y la coordinacin de
movimientos.

Es la ataxia autosmica recesiva ms comn y est asociada con una fuerte

disminucin de una protena mitocondrial muy conservada de funcin an no
completamene conocida llamada Frataxina.
Frataxina

Una larga expansin del triplete GAA en el gen FRDA genera una estructura
aberrante del ADN que complica el paso del enzima ARN Polimerasa durante
la transcripcin del gen provocando as una expresin muy reducida de la
protena Frataxina.

La Frataxina se ha asociado con la acumulacin de Hierro en la mitocondria y

el aumento de la sensibilidad al estrs oxidativo.

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La Bioinformtica es la aplicacin del desarrollo de la computacin y las

matemticas que permite la administracin, anlisis y comprensin de datos
para resolver preguntas biolgicas.
Una de las principales aplicaciones de la bioinformtica es la simulacin y el
anlisis de los datos obtenidos en los proyectos genoma o proteoma. Otras
aplicaciones son el alineamiento de secuencias, la prediccin de estructuras
proteicas y las redes metablicas.
La tcnica bioinformtica de Docking Protena-Protena es la mejor
forma de predecir la unin de molculas y se puede dividir en tres pasos
bsicos:
(1) Definicin de la estructura de las protenas.
(2) Localizacin del sitio de unin entre ellas.
(3) Determinacin del modo de unin entre ellas.

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Por qu se estudian las interacciones en las que intervienen

protenas?
Genoma (~30.000 genes)

Proteoma (~10 millones de protenas)

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Interactoma La gran mayora de las protenas interaccionan entre ellas y

trabajan en grupo.

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La Frataxina es una protena mitocondrial que, entre otras posibles funciones,

est involucrada en la formacin de los grupos Hierro-Azufre necesarios para la
correcta funcin de otras protenas muy imortantes en la mitocondria como
algunos complejos de la cadena respiratoria o la Aconitasa.

Grupo Hierro-Azufre

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La mitocondria es el orgnulo celular donde se generan los clsteres Hierro

Azufre. La Frataxina se une a la protena Isu1 que es el eje central del
ensamblaje de los grupos Hierro-Azufre [U. Mhlenhoff, R. Lill, (2003)]. Adems, se
propone un grupo de protenas involucradas en el ensamblaje y regeneracin de
los grupos Hierro-Azufre.
Mitocondria

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La base del proyecto de tesis en el que estoy inmerso es la de estudiar la

naturaleza de todas estas protenas y modelar un posible mecanismo de
interaccin entre ellas.
Debemos considerar que todo el trabajo se realiza usando las protenas del
modelo de levadura (Saccharomyces cerevisiae) ya que es uno de los
organismos modelo ms estudiados a todos los niveles.
Adems, es la mejor manera de enfocar el proyecto teniendo en cuenta que
Saccharomyces cerevisiae posee sus protenas homlogas a las humanas
mucho mejor estudiadas con todas las secuencias y la mayora de estructuras.
Por ltimo, se supone que existe una gran similitud de mecanismos
moleculares que involucran a la Frataxina entre el humano y la levadura.

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Entre muchos otros, hemos realizado anlisis bioinformticos sobre

la protena Frataxina y sus compaeras cmo:
Anlisis de secuencia y aliniamiento mltiple de secuencias.
Prediccin de estructuras 2D y 3D de protenas.
Prediccin de los probables sitios de interaccin proteicos.
Prediccin del pptido seal y localizacin celular de las protenas.
Prediccin de la possible funcin de la protena basada en algorismos de
lgica borrosa.
Prediccin de los perfiles hidrofbicos y flexibilidad de las protenas.
Estudio de los motivos estructurales y los dominios de las protenas.
Bsquedas en bases de datos de Interactmica.

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El modelage del mecanismo de interaccin entre las protenas implicadas se

realiza mediante programas de docking.

Imagen de una de las posibles

interacciones entre las protenas Isu1 i
Isu2.

El resultado que obtenemos de los programas de docking se analiza mediante

un proceso estadstico que finalmente nos dice las posiciones estructurales ms
posibles para la interaccin entre protenas dos a dos.
Adems, los datos obtenidos de los dockings y los anlisis bioinformticos son
comparados y complementados con la bibliografia existente para poder
confirmar nuestras hiptesis.

Todos los mtodos aqu detallados estan siendo refinados:

Isaac Amela Abellan

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Leyendo y aprendiendo constantemente sobre lo que se est estudiando.

Introduciendo los ltimos avances en investigacin sobre este tema.
Determinando con precisin los parmetros de los programas utilizados en
concordancia a los datos experimentales.
Analizando los diferentes resultados.
Considerando y evaluando modelos alternativos y testando diferentes
condiciones de trabajo.
Finalmente, si todos los diferentes anlisis, modelos y estudios convergen
hacia una solucin comn, esto da firmeza a nuestras hiptesis de estudio.

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COMO MUESTRA, EN LAS TRES

DIAPOSITIVAS SIGUIENTES SE
ADJUNTA UN EXTRACTO DEL TIPO DE
ESTUDIOS QUE
ESTAMOS REALIZANDO:

 Aliniamiento mltiple de diferentes secuencias de

la protena Frataxina dnde se muestran en rojo y
amarillo
las
regiones
ms
conservadas
representadas
tambin
en
la
estructura
tridimensional:

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Zonas predichas de interaccin que, cmo podemos ver,

coinciden con las zonas rojas y azules ms conservadas de la
diapositiva anterior:

Esto quiere decir que estas zonas son muy importantes en la

protena.

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Imgenes secuenciales y modeladas de la probable forma de

interaccin que se establece entre las protenas Frataxina e Isu1:

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Lnia adicional de investigacin:

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Una linia adicional de investigacin en la que gente de mi grupo est

envuelta concierne el diseo de algorismos para la agrupacin de datos de
microarrays de ADN y de redes de expresin gnica en la clula.
Esta herramienta y otras disponibles se van a aplicar para conocer mejor la
funcin de la Frataxina usando datos de microaarrays de ADN accesibles.
Estos anlisis van a contribuir a mapear la red gnica en la cual se
encuentra envuelta la Frataxina y as poder llegar a proponer sus funciones
biolgicas.
Esta ltima propuesta de investigacin puede aportar interesantes claves
sobre como poder llegar a estimular la expresin del gen de la Frataxina.

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PERO EN LA VIDA DE UNA ATXICO

NO TODO CONSISTE EN ESTUDIAR,
TRABAJAR Y OTRAS OBLIGACIONES
SIN QUE ES MUY IMPORTANTE ...

Isaac Amela Abellan

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