BIOQUMICA-1 de Medicina

Dpto. Biologa Molecular

Jess Navas
TEMA 5. Estructura secundaria, terciaria y cuaternaria de
las protenas.
Fuerzas dbiles que estabilizan la estructura tridimensional. Geometra del enlace
peptdico. Estructura secundaria: hlices alfa, hojas beta y giros beta. Protenas
fibrosas: alfa-queratina, colgeno. Protenas globulares. Estructura terciaria.
Desnaturalizacin y plegamiento. Chaperonas moleculares. Estructura cuaternaria.
Ventajas estructurales y funcionales de la asociacin cuaternaria. Hemoglobina:
estructura y funcin. Efecto Bohr y anemia falciforme
TEMA 5
2
ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL
DE LAS PROTEINAS
Cada protena posee una nica estructura 3D.
La estructura 3D de una protena depende de la
secuencia de aacs.
La funcin de una protena depende de su
estructura 3D.
La estructura 3D se estabiliza mediante enlaces
disulfuro y fuerzas no covalentes.
Dentro de la gran variedad de las protenas se
reconocen algunos patrones estructurales
comunes.
TEMA 5
3
FUERZAS QUE ESTABILIZAN LA ESTRUCTURA TERCIARIA
-
+
H O
Ser
Glu
CO
O
-
Asp
COO
Lys
NH
3
Phe
OH
Tyr
1
3
4
1. Puentes di-sulfuro
2. Atraccin electrosttica
3. Puentes de hidrgeno
4. Interaccin hidrofbica
Val
Ile
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
Cys
Cys
S
S
2
TEMA 5
4
Protenas nativas son las que se encuentran en su conformacin
funcional plegada (la ms estable).
Las interacciones que estabilizan la conformacin nativa de una
protena son los puentes disulfuro y las interacciones no covalentes.
La conformacin ms estable es la que permite la formacin del
mximo nmero de puentes de hidrgeno dentro de la protena.
En general los residuos hidrofbicos quedan orientados hacia el
interior de la protena, lejos del contacto con el entorno acuoso.
Los residuos hidroflicos quedan orientados hacia el exterior.
TEMA 5
5
EL ENLACE PEPTDICO ES PLANO Y RGIDO
Los seis tomos del grupo peptdico en el mismo plano debido al
carcter de doble enlace parcial del enlace peptdico
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
6
Un doble enlace puro C-O permitira
la rotacin alrededor del C-N
Un doble enlace C=N impedira la
rotacin pero en ese caso habra
una carga neta negativa en el O
-
La verdadera densidad electrnica es
intermedia. La barrera para la rotacin C-N es
de unos 88 kJ/mol, que es suficiente para
mantener el grupo amido en un plano
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisha
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
La resonancia de
electrones
confiere al enlace
peptdico carcter
de doble enlace
parcial
TEMA 5
7
("Biochemistry" 5th ed. Berg, Tymoczko
and Stryer. Freeman and Co. 2002)
(casi siempre, excepto con Pro)
Prolina
TEMA 5
8
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
Hay libre rotacin
alrededor de los enlaces
Ca-CO y Ca-N
TEMA 5
9
Un pptido tiene muchas
conformaciones segn los
ngulos Phi y Psi
(Adopta la ms favorable
desde el punto de vista
energtico = menores
impedimento estrico y
repulsin electrosttica
Cadena lateral
Planos del
enlace amida
Aminocidos
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisha
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
10
Hlice alfa: un puente de H entre el CO de un aminocido y el
NH del cuarto aminocido (i+4) por detrs
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
TEMA 5
11
Hlice alfa:
Un puente de H entre el CO de un
aminocido y el NH del cuarto por
detrs
3,6 AA por vuelta de hlice
1,5 Amstrong (0,15 nm) de distancia
entre vuelta y vuelta
Dextrgira
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
12
Hlice alfa
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
13
Hlice anfiptica: un
lado apolar y otro
hidrfobo (flavodoxina)
Hlice apolar
(citrato sintasa)
Hlice polar
(calmodulina)
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
Las cadenas laterales
sobresalen de manera
perpendicular al eje de la
hlice
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
TEMA 5
14
FACTORES QUE AFECTAN A LA
ESTABILIDAD DE LA HELICE ALFA
Repulsin o atraccin electrosttica entre
residuos.
Impedimento estrico (entre residuos
adyacentes y entre residuos separados por 3
4 aminocidos).
La prolina y la glicina tienen un efecto
desestabilizador de la alfa hlice.
TEMA 5
15
Mioglobina
Bacteriodopsina
Dos protenas formadas mayoritariamente por hlices alfa
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
16
CONFORMACION EN LAMINA BETA
Esqueleto de la cadena polipeptdica extendido en
zig-zag.
Las cadenas polipeptdicas en zig-zag se disponen
de manera adyacente formando una lmina
estabilizada por puentes de H.
Lminas beta paralelas (cadenas orientadas en la
misma direccin) y antiparalelas (orientadas en
direcciones opuestas).
TEMA 5
17
Hoja beta paralela
Hoja beta antiparalela
1
2
3
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
18
CONFORMACION EN LAMINA BETA
Esqueleto de la cadena polipeptdica extendido en
zig-zag.
Las cadenas polipeptdicas en zig-zag se disponen
de manera adyacente formando una lmina
estabilizada por pp de H.
Lminas beta paralelas (cadenas orientadas en la
misma direccin) y antiparalelas (orientadas en
direcciones opuestas).
TEMA 5
19
Hoja beta antiparalela
N
C
C
C
N N
N
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
TEMA 5
20
Hoja beta paralela
N
N
N N
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
TEMA 5
21
Hlice alfa
Cadena beta: una hoja beta requiere al
menos dos cadenas
Hlice alfa:
Representacin del esqueleto
N- C - CO
Cadena beta
Representacin del esqueleto
N- C - CO y de los C. Los planos amida
quedan perpendiculares a la pgina
TEMA 5
22
GIROS BETA
Son elementos de conexin entre hlices alfa y/o
lminas beta.
Determinan un cambio de direccin de las
cadenas polipeptdicas.
Se forma un puente de hidrgeno entre un residuo
(n) y el situado tres aminocidos despus (n + 3)
La prolinay la glicina abundan en los giros beta
TEMA 5
23
Giro beta
Paralela
Antiparalela
1
2 3
4
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
24
La probabilidad de formar helice alfa o lmina beta es en cierta
medida predecible a partir de la secuencia de aminocidos, segn
los angulos y
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
25
Frecuencias relativas de la aparicin de aminocidos en estructuras secundarias
Hlice alfa Lmina beta Giro beta
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
Glu, Met, Ala, Leu, Lys Phe, Trp, Tyr, Ile, Val, Thr, Cys
TEMA 5
26
Puede haber largos fragmentos de protena sin estructura secundaria definida
Quimotripsina
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
27
ESTRUCTURA TERCIARIA
Estructura espacial de la protena.
Depende de la secuencia de aacs y puede
predecirse. Se determina por difraccin de RX.
Motivo: patrn de plegamiento caracterstico que
aparece en varias protenas.
Dominio: regin de la cadena polipeptdica que
puede plegarse de manera estable e independiente
TEMA 5
28
La secuencia de
aminocidos permite
predecir con cierta
aproximacin la estructura
tridimensional de dominios
no muy grandes de
protenas
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
29 (Stryer, 2002)
Ortlogos y parlogos tienen
estructuras terciarias semejantes
TEMA 5
30
TEMA 5
31
TEMA 5
32
Protenas fibrosas y globulares
Fibrosas: constan de un solo tipo de estructura
secundaria. Funcin estructural. Insolubles en
agua. Alfa-queratinas, colgeno y elastina.
Globulares: constan de varios tipos de estructura
secundaria. Solubles en agua. Enzimas y protenas
reguladoras.
TEMA 5
33
COLAGENO
Se encuentra en el tejido conjuntivo de tendones,
cartlagos, matriz orgnica de huesos y crnea del ojo.
Hlice levgira ms compacta que la alfa hlice.
Superhlice dextrgira formada por enrollamiento de 3
hlices (tropocolgeno)
Gli, Ala, 4-0H-Pro, 5-0H-Lys muy abundantes.
El tripptido Gly-X-Pro aparece repetido numerosas
veces a lo largo de la cadena del colgeno
TEMA 5
34
Triple hlice
del
colgeno
Colgeno tipo I: [1(I)]
2
2(I): tendones, huesos y piel
Colgeno tipo II: [1(II)]
3
: cartlago
Colgeno tipo III: [1(III)]
3
vasos, piel recin nacido,
pared intestinal
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
35
Hlice del
colgeno
Triple hlice
del colgeno
Triple hlice
del colgeno
(corte sagital)
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
TEMA 5
36
TEMA 5
37
Hlice alfa Hlice de colgeno
( Lehninger Principles of Biochemistry Nelson, DL and
Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
Cadena de colgeno
TEMA 5
38
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
Fibras de
colgeno
TEMA 5
39
Puentes de Lys entre cadenas de colgeno
4-Hidroxi-Pro 3-Hidroxi-Pro 5-Hidroxi-Lys
Modificaciones postraduccionales
de aminocidos del colgeno
Lys Lys
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
TEMA 5
40
ENFERMEDADES DEL COLAGENO
Escorbuto: fragilidad capilar, hemorragias, lesiones
cutneas. Dficit de Vitamina C.
Sndrome de osteognesis imperfecta. Mutacin
Gly
988
/Cys en el colgeno tipo I. Huesos quebradizos,
deformaciones en el esqueleto (nios de cristal).
Sndrome de Ehler-Danlos. Piel hiperextensible, exceso
de movilidad en las articulaciones. Rotura de arterias y
vejiga (ms graves).
Latirismo. Inhibicin de la lisil oxidasa. Deformacin
de la columna vertebral, luxacin de articulaciones,
desmineralizacin de huesos, hemorragias articulares.
TEMA 5
41
TEMA 5
42 Molecular Biology of the Cell
Alberts et el. Garland. 1994
TEMA 5
43
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
GLOBINAS
TEMA 5
44
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
Grupo hemo: grupo prosttico de la mioglobina y hemoglobina
Anillo plano, hidrfobo
TEMA 5
45
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
MIOGLOBINA: 153 aac,17200 Da
TEMA 5
46
(Mattews and van Holde.
Bioqumica. McGraw-Hill)
Puente de H entre el O
2
y el H de la His
TEMA 5
47
Los aminocidos hidrofbicos estn en el interior de la globina
Hidrofbicos en rojo
Hidroflicos en verde
TEMA 5
48
(Mattews-van Holde)
TEMA 5
49
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
TEMA 5
50
The tetrameric structure of hemoglobin
TEMA 5
51
Curvas de saturacin de Mb y Hb con oxgeno
S
a
t
u
r
a
c
i

n

c
o
n

O
2
1,0 -
0,8 -
0,2 -
0,4 -
0,6 -
0 40 80 120 P O
2
(mm Hg)
Hemoglobina
Mioglobina
Presin parcial de O
2
en
capilares de tejidos y msculo
Presin parcial de O
2
en
sangre arterial de pulmones
TEMA 5
52
La unin del oxgeno provoca un cambio conformacional
en aminocidos cercanos al grupo hemo .........
TEMA 5
53
... Que se transmite a toda la cadena y a las cuatro cadenas
(+O
2
)
TEMA 5
54 ( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
Efecto Bohr y efecto del BPG
Tejidos Pulmones
100 mm Hg 26
TEMA 5
55
(Mathews -van Holde)
TEMA 5
56
(Bioqumica3 ed. T.M.Devlin
Ed. Revert. 1999))
TEMA 5
57
(Mathews -van Holde)
Hb fetal (
2

2
): His
143
/ Ser. Menor afinidad por el 2,3-BPG
y por tanto mayor afinidad por el O
2
TEMA 5
58
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
Formacin de fibras
de hemoglobina S
Saliente hidrofbico
(Glu
6
Val
6
de -globina)
TEMA 5
59
Anemia falciforme
(Mathews -van Holde)
TEMA 5
60
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
TEMA 5
61
+ -
(Modern Genetic Analysis.
A.J . Griffiths et al. Freeman and Co. 1999)
Identificacin de HbS
por electroforesis
TEMA 5
62
Patologa molecular de la hemoglobina
TEMA 5
63
DESNATURALIZACION DE
PROTEINAS
Prdida de la estructura 3D de una protena.
Cambian las propiedades fsicas, qumicas y
biolgicas.
Se produce por tratamiento con agentes
fsicos y agentes qumicos.
TEMA 5
64
Agentes desnaturalizantes
cidos y bases fuertes
Disolventes orgnicos (alcoholes, cetonas, cloroformo)
Detergentes (SDS)
Agentes reductores (mercaptoetanol)
Compuestos polares neutros (urea, guanidina)
Sales a elevada concentracin
Aumento de temperatura
Agresin mecnica (agitacin, trituracin)
TEMA 5
65
( Lehninger Principles of Biochemistry3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)
Desnaturalizacion
y renaturalizacin
de la RNasa
TEMA 5
66
PLEGAMIENTO DE LAS
PROTEINAS
Para que las protenas funcionen correctamente han de
plegarse y alcanzar el estado nativo, su conformacin
ms estable.
En el proceso de plegamiento de algunas protenas
intervienen las chaperonas (HSPs, disulfuro-isomerasa),
que ayudan a plegarse a otras protenas.
Enfermedades por plegamiento anormal de protenas:
Creutzfeldt-J acob (encefalopata espongiforme),
Alzheimer, esclerosis lateral amiotrfica, Parkinson.
TEMA 5
67
Ruta de plegamiento
de protenas
Formacin rpida de estructuras
secundarias locales
Formacin de dominios a travs de
la agregacin cooperativa de
ncleos de plegamiento
Formacin de glbulo fundido
Ajuste de la conformacin
de los dominios
Protena plegada final
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)