El dogma central de la Biologa involucra esencialmente la duplicacin del ADN, la transcripcin de la informacin contenida en el ADN en forma de ARN y la traduccin de esta informacin del ARN a la protena. Este principio se puede resumir de la siguiente manera:
Figura 1. La informacin fluye en una nica direccin del ADN a las protenas, pero hay excepciones, como es el caso de la transcripcin de ADN a partir de ARN.
Transmisin de la informacin gentica Implcito en la estructura de doble hlice del ADN esta el mecanismo por el cual este puede replicarse (duplicarse), es decir hacer copias exactas de s mismo. La replicacin del ADN es un proceso que ocurre slo una vez en cada generacin celular, por lo tanto, las dos clulas hijas provenientes de la divisin celular contienen una copia idntica del ADN de la clula madre que le dio origen. Watson y Crick propusieron un mecanismo de replicacin semiconservativa en base al modelo estructural del ADN planteado, segn el cual la doble hlice del ADN se abre por el medio y las bases apareadas se separan a nivel de los puentes de hidrgeno. A medida que se separan, las dos cadenas actan como moldes o guas, cada una dirigiendo la sntesis de una nueva cadena complementaria a lo largo de toda su extensin. Como vimos en el captulo 23, la complementariedad de las bases slo permite dos tipos de apareamientos T-A y G-C; las bases se van agregando una a una y la seleccin de cul base entra en un sitio especfico de la cadena en formacin, queda determinada por la base presente en la cadena molde con la que se va a aparear. De esta manera, cada cadena molde forma una copia de su cadena complementaria original y se producen dos replicas exactas de la molcula. Este modelo brind una respuesta de cmo la informacin hereditaria se duplica y pasa de generacin en generacin. Este mecanismo se denomina replicacin semiconservativa porque la doble hlice progenitora se replica dando lugar a dos dobles hlices hijas, cada una de las cuales est formada por una cadena progenitora (cadena vieja) y una cadena hija (sintetizada de novo). La unidad que se mantiene de una generacin a la siguiente, es una de las dos hebras individuales que formaba parte de la doble hlice progenitora, es por ello que este proceso recibe el nombre de replicacin semiconservativa.
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Figura 2. Mecanismo de replicacin, transcripcin y traduccin.
Replicacin del ADN Luego del descubrimiento de la estructura del ADN, en 1957 dos bilogos americanos, Matthew Meselson y Franklin Stahl utilizando cultivos bacterianos de Escherichia coli, demostraron que el ADN celular se replica por el mecanismo semiconservativo propuesto por Watson y Crick. En el experimento, aprovecharon la disponibilidad de un istopo pesado del nitrgeno ( 15 N) y un mtodo extremadamente sensible para separar macromolculas a base de su densidad. Estos investigadores utilizando el elemento N presente en la molcula de ADN, como el 14 N y el la incorporacin del 15 N radiactivo, pudieron demostrar que cuando el ADN se replica, una de sus cadenas pasa a las clulas hijas sin cambiar ( 14 N) y es la que acta como de molde o patrn, para as formar una segunda hebra complementaria ( 15 N y completar las dos cadenas del ADN. El inicio de la replicacin, tanto en procariotas como en eucariotas, se produce cuando la doble hlice de ADN es desenrollada y abierta en una secuencia especfica de nucletidos denominada origen de replicacin. En los procariotas existe un nico origen de replicacin, localizado dentro de una secuencia especfica de nucletidos cuya longitud es de aproximadamente 300 pares de bases; en los eucariotas, en cambio, hay mltiples orgenes de replicacin. Si se observa la figura 2, la zona de sntesis donde se comienzan a separar las cadenas progenitoras, la molecla de ADN parece formar una estructura en forma de Y, denominada horquilla de replicacin. Dentro de esta horquilla, la ADN polimerasa, sintetiza las nuevas cadenas complementarias. La replicacin es bidireccional, por lo tanto existen dos horquillas de replicacin que se mueven en direcciones opuestas desde el origen de replicacin.
261 Para la sntesis de una nueva cadena complementaria de ADN se necesita no solo la presencia de la cadena progenitora (vieja) que sirva de molde, sino tambin de una secuencia de inicio para la nueva cadena que permita que la ADN polimerasa prolongue la cadena. Esta secuencia de inicio, conocida habitualmente como cebador (primer, en ingls) est formada por nucletidos de ARN. Los nucletidos de ARN pueden formar puentes de hidrgeno con los nucletidos de la cadena de ADN, siguiendo un principio similar de complementariedad (la G se aparea con la C, la A del ARN con la T del ADN y el U del ARN con la A del ADN). La sntesis del cebador es llevada a cabo por una enzima denominada ARN primasa. Con los cebadores de ARN colocados en el lugar correcto, la ADN polimerasa agrega nucletidos al extremo 3 de las cadenas en crecimiento y a continuacin cataliza la formacin del enlace fosfodister para ligar este residuo a la nueva cadena que crece. El complejo polimersico, no formar la unin fosfodister, a menos que la base que est entrando a la cadena en formacin, sea complementaria a la base existente en la cadena patrn. La frecuencia con la que se inserta una base equivocada es menor a 1 en 100 millones, debido a la capacidad de la ADN polimerasa de corregir errores (eliminacin de nucletidos mal incorporados). Se comprob que las primeras polimerasas descubiertas sintetizaban nuevas cadenas solamente en la direccin 5- 3. Dada la estructura antipararela de la doble hlice de ADN, la replicacin de las dos nuevas cadenas de ADN sobre los dos brazos de la horquilla de replicacin pareca requerir la sntesis en la direccin 5- 3, sino tambin en la direccin 3- 5. Durante varios aos los investigadores trataron de identificar otra ADN polimerasa que pudiera funcionar en la direccin 3-5, pero no la encontraron. Un cientfico japons, Reiji Okazaki encontr que, aunque la cadena 5-3 se sintetiza continuamente como una sola unidad, la cadena 3-5 se sintetiza de manera discontinua, como una serie de fragmentos, cada uno de los cuales es sintetizado en la direccin 5-3. La cadena que crece de manera continua se conoce como cadena adelantada y la cadena que se sintetiza por fragmentos se conoce como cadena retrasada. La sntesis de la cadena adelantada requiere un nico cebador en un nico sitio, pero la sntesis de los fragmentos que conforman la cadena rezagada, los fragmentos de Okazaki, requieren mltiples cebadores. Una vez que la ADN polimerasa alarga estos cebadores, todos los fragmentos de ARN de la hebra retrasada son degradados y reemplazados por ADN. Luego de que el cebador es degradado, una enzima especfica es la encargada de unir todos los fragmentos sintetizados. Sntesis de protenas Los procesos que se llevan a cabo para la sntesis de protenas constan de dos pasos fundamentales, la transcripcin (1) y la traduccin (2), a travs de los cuales la informacin contenida en el ADN se convierte en protenas (Figura 1). En la transcripcin se sintetiza ARN a partir de un molde de ADN y en la traduccin, la secuencia de bases del ARNm especifica la secuencia de aminocidos que se ensamblarn para formar las protenas. No solamente una, sino las tres clases de ARN, desempean funciones como intermediarios en los pasos que llevan del ADN a la protena. Cabe destacar que la transcripcin de genes, aparte de dar lugar a la formacin de ARNm, tambin sintetiza el ARNr (que forma parte de los ribosomas, complejo compuesto por protenas y ARNr, donde se realiza el proceso de traduccin) y el ARNt (molculas que funcionan como adaptadores en dicho proceso de traduccin).
262 1) Transcripcin En una clula eucariota, el ARNm, es sintetizado en el ncleo y trasladado a los ribosomas en el citoplasma. El ARNm lleva la informacin que dicta qu aminocidos formarn la protena que se va a sintetizar. Las molculas de ARNm son copias (transcriptos) de secuencias de ADN, pero a diferencia de las molculas de ADN, las molculas de ARN son de cadena nica (monocatenaria). En cada evento de transcripcin, se transcribe solo una de las dos cadenas del ADN y segn el gen en cuestin, se transcribe una cadena o la otra, nunca las dos. Como ocurre en la sntesis de ADN, los ribonucletidos presentes en la clula como trifosfatos son aadidos por una enzima ARN polimerasa, que se desplaza por la cadena patrn de ADN y va insertando nucletidos de ARN siguiendo la complementariedad de bases. Por ejemplo: si la secuencia de ADN es: 3'... TACGCT...5', la correspondiente secuencia de ARNm mediada por la ARN polimerasa ser: 5'... AUGCGA...3'. Es decir, esta enzima cataliza la adicin de ribonucletidos, uno a uno, al extremo 3de la cadena de ARN en crecimiento. Es importante sealar que el ARNm, tiene una secuencia complementaria a la cadena molde de ADN, que es igual a la otra cadena del ADN, salvo el remplazo de timina (T) por uracilo (U). Pero, a diferencia de la ADN polimerasa, la ARN polimerasa no necesita un cebador para comenzar la sntesis de ARN e inicia una nueva cadena simplemente uniendo dos ribonucletidos.
ARN Polimerasa
Figura 3. La ARN polimerasa reconoce el promotor, una secuencia especfica de nucletidos, que define el sitio de inicio de la transcripcin.
En una primera etapa, la enzima ARN polimerasa se asocia a secuencias especficas de nucletidos del ADN, que se conoce como promotoras, las cuales dirigen la transcripcin de segmentos adyacentes de ADN (genes) (Figura 3 y 4). Esta secuencia define adems el punto exacto de inicio de la transcripcin y la direccin hacia la cual avanzar la ARN polimerasa. Una vez unida la ARN polimerasa, abre y desenrolla la doble hlice de manera que queden expuestos algunos nucletidos. sta va aadiendo ribonucletidos, movindose a lo largo de la de la hebra de ADN que se utiliza como patrn, desenrollando la hlice y exponiendo as nuevas regiones para transcribir, hasta que se encuentra con otras secuencias especficas del ADN, llamadas terminadoras, que sealan la detencin de la sntesis de ARN.
263 Cuando se ha copiado toda la hebra al final del proceso, las instrucciones genticas copiadas o transcriptas al ARNm estn listas para salir al citoplasma. La cadena de ARN queda libre y el ADN se cierra de nuevo, por apareamiento de sus cadenas complementarias (Figura 4). Esta etapa, se denomina terminacin de la transcripcin.
Secuencia de inicio (Promotor)
Secuencia de terminacin
ARN m inmaduro
ADN
Figura 4. Inicio y terminacin de la transcripcin.
La transcripcin en las clulas eucariotas es igual, en principio a la de las clulas procariotas; comienza con la unin de la enzima, una ARN polimerasa, a una secuencia determinada, el promotor, en una cadena de la doble hlice. Esta cadena funciona luego como molde para el ensamble de ribonucletidos. Las molculas de ARN transcriptas (ARNr, ARNt y ARNm) desempean luego sus distintos papeles en la traduccin a protena de la informacin gentica codificada.A pesar de esa similitud bsica, hay algunas diferencias significativas de transcripcin, en los procariotas y en los eucariotas. Una diferencia es que los genes eucariticos no estn agrupados en operones (en el cromosoma bacteriano, un segmento de ADN que consiste de un promotor, un operador y un grupo de genes estructurales adyacentes, se le denomina operon) en los cuales dos o ms genes estructurales se transcriben a una sola molcula de ARN, como ocurre frecuentemente en procariotas. En los eucariotas cada gen estructural se transcribe por separado. Tambin hay diferencias en las enzimas implicadas en la trascripcin, siendo la ms notable que en los procariotas una sola ARN polimerasa cataliza la biosntesis de los tres tipos de ARN. En los eucariotas hay tres polimerasas diferentes: una transcribe los genes que se traducirn a protenas, una segunda transcribe los genes de los ARN ribosmicos grandes, y una tercera transcribe para una variedad de ARN pequeos, incluyendo los ARNt y los ARN pequeos del ribosoma.
264 Fenmenos postranscripcionales Si bien los pasos bsicos son los mismos para la mayora de los organismos, hay diferencias entre los distintos dominios (Bacteria, Arquea y Eucaria) tanto en la replicacin, como en la transcripcin y en la traduccin. En los procariontes (organismos que carecen de ncleo y orgnulos limitados por membranas), los ribosomas se unen a molculas de ARNm, sin sufre ninguna modificacin y de esta manera su traduccin a protena comienza an antes de que se haya completado la transcripcin. En los eucariontes, sin embargo, la traduccin y transcripcin ocurren en forma separada tanto en tiempo como en espacio. La transcripcin ocurre en el ncleo y la traduccin, en el citoplasma, puede ocurrir en minutos, horas o incluso das ms tarde. Una molcula de ARN recin sintetizada recibe el nombre de transcripto primario. La modificacin ms extensiva de los transcriptos primarios tal vez tenga ms a lugar en los ARNm que en los ARNt. Por ejemplo, antes de salir del ncleo para ser traducido, el ARNm sufre varias modificaciones. Es decir que, an antes de haberse completado la transcripcin, cuando la cadena de ARNm tiene aproximadamente 25 pares de bases de largo, al extremo 5 del ARNm se le une un nucletido inusual, la 7-metil guanina (caperuza). Esta caperuza es necesaria para la unin del ARNm al ribosoma. Completada la transcripcin el ARNm se separa de la cadena molde de ADN, y enzimas especficas agregan al extremo 3 una cadena de nucletidos de adenina (que se puede denominar poliadenina, cola o poliA) (Figura 5). La longitud de esta cadena puede ser de hasta 200 nucletidos.
El transcripto primario de un ARNm eucaritico contienen las secuencias que corresponden a un gen, aunque las secuencias que codifican un polipptido pueden no ser contiguas. Los fragmentos que interrumpen la regin codificante del transcripto se denominan intrones y los segmentos codificantes se denominan exones. Antes que las molculas de ARNm portando la caperuza y la cola poliA, dejen el ncleo, se produce el procesamiento por corte y empalme (splicing, en ingls), en el cual se eliminan las secuencias no codificantes del transcripto primario (intrones) y los exones son unidos para formar una secuencia continua que especifica un polipptido funcional (Figura 6). Luego de todas estas modificaciones, se obtiene un ARN maduro o trascripto maduro. Varios transcriptos idnticos de ARNm maduro pueden ser procesados de ms de una forma. Este empalme alternativo resulta en la formacin de ms de un polipptido funcional a partir de molculas de ARN que originalmente eran idnticas. Los ARNm son finalmente transportados al citoplasma asociados a protenas (ribonucleoprotenas), que ayudan a transportar las molculas de ARNm a travs de los poros nucleares y adems ayudan a unir estos ARNm a los ribosomas.
Figura 6. Procesamiento del ARNm inmaduro por corte y empalme, dando lugar a un ARNm maduro que es transportado al citoplasma.
2) Traduccin Como se mencion anteriormente, las instrucciones para la sntesis de protenas estn codificadas en secuencias de nucletidos en la molcula de ADN. La replicacin semiconservativa del ADN transmite estas instrucciones de la clula madre a la clula hija y de generacin en generacin. De esta manera cada nueva clula y cada nuevo organismo, hereda la informacin necesaria para sintetizar las protenas especficas que determinan su estructura y funciones particulares. La sntesis de protenas requiere adems del ARNm, de los otros dos tipos de ARN: el ARNr y el ARNt. Estas molculas difieren del ARNm estructuralmente y sobretodo funcionalmente. En la mayora de las clulas el ARNr es el tipo ms abundante. Los ribosomas consisten de dos subunidades (una pequea y otra ms grande) estando formadas aproximadamente por 2/3 de ARN y 1/3 de protenas. Estas subunidades son diferentes en procariotas y eucariotas, en cuanto al tipo de ARNr y las protenas que las conforman. La subunidad pequea del ARNr, contiene un sitio de unin para el ARNm. Por lo cual, cuando el ARNm se encuentra en el citoplasma, es reconocido mediante secuencias especficas (en bacterias) y por la caperuza (en eucariotas), que estn presentes en el extremo 5de la molcula de ARNm. La subunidad ms grande tiene dos tipos de unin para el ARNt. En este momento cobra importancia el ARNt, que funciona como adaptador entre ARNm y los aminocidos; es decir, es el diccionario por medio del cual se traduce el lenguaje de los cidos nucleicos al lenguaje de las protenas. Existen ms de 20 tipos diferentes en cada clula, por lo menos uno para casa uno de los tipos de aminocidos que se encuentran en las protenas. Los 266 ARNt, tienen dos sitios de unin importantes, uno de ellos se conoce como anticodn, que se acopla al codn (tres nucletidos continuos en el ARNm que forman el cdigo para un aminocido especfico) de la molcula de ARNm (Figura 7). El otro sitio, en el extremo 3del ARNt, se acopla a un aminocido en particular. Este extremo, siempre termina en una secuencia que posee el triplete CCA, donde cada aminocido se une. La secuencia de los otros nucletidos, vara de acuerdo con el tipo particular de ARNt.
Figura 7. Acoplamiento entre el ARNm y el ARNt, mediado por los ribosomas.
El aminocido correcto es unido a su ARNt por una enzima especfica llamada aminoacil- ARNt sintetasa, con gasto de una molcula de ATP por cada aminocido que se une a la enzima. Al haber 20 aminocidos, tambin hay 20 aminoacil-ARNt sintetasa. Todos los ARNt con el mismo aminocido son activados por la misma enzima. Primero, se escinde una molcula de ATP desprendindose dos fosfatos (PP) y se forma un complejo entre el aminocido, una molcula de AMP y la enzima. Este complejo permanece intacto hasta que se encuentra con el ARNt apropiado. Cuando esto sucede, la molcula de AMP se desprende de la enzima y se forma un enlace entre el aminocido y el extremo 3del ARN y luego, tambin se desprende el complejo aminoacil-ARNt. Este proceso se llama aminoacilacin o "carga" (Figura 8). Cuando la molcula de ARNt se ha unido mediante puentes de hidrgeno al ARNm, anticodn con codn, coloca de esta manera el aminocido especfico en su lugar. Luego, se rompe el enlace entre el ARNt y el aminocido, cuando se ha formado un nuevo enlace, un enlace petdico. As este ARNt queda libre para unirse a otro aminocido y repetir este proceso de carga.
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Figura 8. Complejo de activacin de los ARNt.
La etapa de elongacin de la cadena polipeptdica, se inicia cuando un segundo codn del ARNm se coloca en la posicin opuesta al sitio A (aminoacil) de la subunidad mayor. Un aminoacil-ARNt complementario al segundo codn del ARNm, se posiciona en el sitio A del ribosoma (Figuras 10). Cuando los dos sitios P y A estn ocupados, una enzima que contiene la subunidad mayor (peptidil transferasa) forja un enlace peptdico entre los dos aminocidos. El ribosoma se mueve un codn a lo largo de la cadena de ARNm. Y se vuelve a repetir el mismo proceso. Ms de un ribosoma puede traducir un ARNm al mismo tiempo, haciendo posible con esto producir varios polipptidos simultneamente a partir de un solo ARNm. Este conjunto de ribosomas, se denominan polisomas. La sntesis del polipptido se lleva a cabo hasta alcanzar el codn de finalizacin (alto o stop, Figura 11). El codn de finalizacin puede ser de tres tipos AUG, UAA y UGA; estos tres codones que no son reconocidos por ningn ARNt (es decir, que no codifican para ningn aminocido) funcionan como seales de terminacin. De esta manera, cuando aparece uno de estos tripletes UAA, UAG, UGA; la protena recin formada se libera del ribosoma, gracias a que un factor de libramiento lee el triplete y la sntesis del polipptido termina. De esta manera, la cadena polipeptdica se desprende y las dos subunidades ribosomales se separan.
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Figura 9. lniciacion de Ia sfntesis proteica 269
Figura 10 . Etapa de elongacin de la cadena polipeptdica. 270
Figura 11. Terminaci6n de Ia traducci6n.
271 Procesos de postraduccin
Una vez traducidas, las protenas deben adoptar una estructura tridimensional adecuada. La cadena polipeptdica naciente se pliega y es modificada para adquirir su forma biolgicamente activa. En algunos casos, el plegamiento se consigue gracias a la ayuda de otras protenas denominadas chaperonas moleculares. Adems pueden ser modificadas mediante la unin de distintas molculas como azcares, nuclesidos, o fosfatos y dirigidas a lugares especficos de la clula, como por ejemplo, la membrana celular, el ncleo, etc., de acuerdo con su funcin. Cuando una protena cumpli su funcin o cuando no se pleg correctamente, es degradada. Las protenas que van a ser degradadas son marcadas por la unin de una protena llamada ubiquitina. Una vez marcadas, un complejo multiproteico denominado proteosoma, degrada las protenas en aminocidos por ruptura de los enlaces peptdicos.
Aminocidos
Como vimos en el Captulo 12, las protenas contienen 20 aminocidos diferentes, pero el ADN y el ARN contienen solo 4 nucletidos diferentes. De las 64 combinaciones posibles de codones, 61 combinaciones especifican aminocidos particulares y 3 son codones de terminacin (Tabla 1). Dado que 61 combinaciones codifican 20 aminocidos, esto denota que existe ms de un codn para la mayora de los aminocidos, es por ello que se dice que el cdigo gentico es degenerado.
Tabla 1. El cdigo gentico, consiste de 64 combinaciones de tripletes (codones) que determinarn cada uno de los aminocidos.
AMINOCIDO CDIGO
DE 3 LETRAS
CDIGO
DE 1 LETRA
CODONES Alanina Ala A GCC - GCU - GCG - GCA Arginina Arg R CGC - CGG - CGU - CGA - AGA - AGC Asparagina Asn N AAU - AAC cido Asprtico Asp D GAU - GAC Cistena Cys C UGU - UGC Acido Glutmico Glu E GAA - GAG Glutamina Gln Q CAA - GAC Glicina Gly G GCU - GGC - CGA - GGG Histidina His H CAU - CAC Isoleucina Ile I AUU - AUC - AUA Leucina Leu L UUA - UUG - CUA - CUG - CUU - CUC Lisina Lys K AAA - AAG Metionina Met M AUG - Fenilalanina Phe F UUC - UUU Prolina Pro P CCU - CCC - CCA - CCG Serina Ser S UCU - UCC - UCA - UCG - AGU - AGC Treonina Thr T ACU - ACC - ACA - ACG Tirosina Tyr Y UAU - UAC Triptofano Trp W UGC Valina Val V GUU - GUC - GUA - GUG