14b.

Estructura de protenas, 2:
Estructuras terciaria y cuaternaria.
Desnaturalizacin de las protenas
Plegamiento de las protenas

Estructura
terciaria

Peso
molecular
Ribonucleasa
Lisozima
Mioglobina
Seroalbmina
Fibringeno
Seroalbmina (urea 6 M)
Miosina
Tropocolgeno

13700
14400
17000
65000
330000
65000
620000
345000

Viscosidad
intrnseca, []
3.3
3.0
3.1
3.7
27.0
53.0
230
1150.0

Fuerzas que mantienen la estructura terciaria:

I. No covalentes
- Efecto hidrofbico
- Enlaces de hidrgeno
- Interacciones inicas o salinas
II. Covalentes
- Enlace disulfuro
- Enlace amida

Val
Leu

Ile

Efecto hidrofbico, 1

Efecto hidrofbico, 2

Residuos
hidrofbicos

Residuos
polares

Enlaces de
hidrgeno

Enlaces de hidrgeno en estructura terciaria

H
HO

CH2

Aceptores

HN

CH2

S,T

HO CH
R

C,M

H
CH2

E,G,N,Q

C
R

N CH2

H
H

Donadores

N
H

NH

NH2+

H
N C
H

N,Q

Enlaces salinos o inicos en estructura terciaria

K
R

CH2

NH3

CH2 NH NH2
C
NH2

CH2
NH
HN

D,E
OOC CH2

Enlaces covalentes en estructura terciaria: disulfuro

S
S

Enlaces covalentes en estructura terciaria: amida

H N

D,E

O C
N H
R
C O
H N
R

H N
C O

N H

O
O C

R
H N
C O

Difraccin de rayos X

Mapas de densidad
electrnica

Papana
Dominio N-terminal

Papana
Dominio C-terminal

Dominio de
inmunoglobulina
(VL)

L
H
H
L

Dominios
estructurales en la
Inmunoglobulina G

C1Q
C345C
CADHE
COL4C
COLFI
CYTR
EGF
FA58A
FBG
FN1
FN2
FN3
HEMOP
IGSF
KRING
LAMD4
LAMEG
LDLRA
LINK
LRR
MACPF
PKD
SOMAB
THYG1
VWFA
WAP
ZONAP

CQ
C3
CA
C4
CF
CR
EG
FA
FG
F1
F2
F3
HX
IG
KR
L4
LE
LA
LK
LR
MA
PK
SO
TY
VA
WA
ZP

C o m p l em e n t C 1 q C - t er m i n a l
C o m p l em e n t C 3 / 4 / 5 C - t e rm i n a l
Cadherin
C o l l a g e n I V C - t er m i n a l
F i b r i l l a r c o l l a ge n s C - t e r mi n a l
C y t o k i n e r e c ep t o r N - t e rm i n a l
E G F -l i k e
C o a g u la t i o n f a c to r s 5 / 8 t y p e A
F i b r i no g e n b e t a /g a m m a C - t er m in a l
F i b r o ne c t i n t y p e- I
F i b r o n e c t i n t y p e- I I
F i b r o n e c t i n t y p e- I I I
H e m o p e x i n- l i k e
I m m u n og l o bu l i n "s u p e r f am i l y"
Kringle
L a m i n i n d o m a i n I V ( B -t y p e)
L a m i n i n E G F -l i k e
L D L- r e c e p t o r c l a s s A
L i n k (H y a l u r on a n-b i n d i n g)
L e u c i n e-r i c h r e p e a t
M A C p r o t e i n s/ p e r f o r i n
P K D 1 -l i k e
S o m a t om e d i n B
T h y r o gl o b ul i n t y p e- I
v o n W i l l e br a n d f a c t o r t y p e A
W A P ( 4 -d i s u l fi d e c o r e )
Z o n a p e l l uc i d a d o m a i n

Algunos dominios
de protenas
extracelulares

Representacin grfica de dominios

en protenas extracelulares

Clasificacin estructural de protenas (CATH)

Niveles:
Nivel C: Clase
Nivel A: Arquitectura
Nivel T: Topologa
Nivel H: Superfamilia

Clase
I. Principalmente
II. Principalmente
III. y
IV. Sin estructura secundaria

Clase I: Principalmente

Clase II: Principalmente

Arquitecturas:

Arquitecturas:

1. No fasciculada
2. Fasciculada
3. Pptidos pequeos

1. Cinta
2. Lmina
3. Rollo
4. Barril
5. Concha
6. Multicapa
7. Multicapa distorsionada
8. Trifolio
9. Prismas
10. Hlices (propellors)
11. Solenoides
12. Complejas

Clase III: y

Clase IV: Sin estructura secundaria

Arquitecturas:

Arquitectura:

1. Rollo
2. Barril
3. Multicapa
4. Multicapa
5. Multicapa
6. Multicapa
7. Caja
8. Herradura
9. Compleja

1. Irregular

Mioglobina

C: Principalmente
A: No fasciculada

Citocromo c

C: Principalmente
A: Fasciculada

Porina

C: Principalmente
A: Barril

Hemopexina

C: Principalmente
A: Hlice (propellor)

Pectato liasa

C: Principalmente
A: Solenoide

Triosafosfato
isomerasa

C: y
A: Barril

Inhibidor de
ribonucleasa

C: y
A: Herradura

Lectina de
Pisum sativum

C: Sin estructura II
A: Irregular

Estructura cuaternaria
a) Ms de un N-trmino en la reaccin de Sanger
b) Disociacin apreciable en electroforesis ante
condiciones desnaturalizantes:

Protena nativa

Protena + SDS
+ mercaptoetanol

Fuerzas que mantienen la estructura cuaternaria:

I. No covalentes
- Contactos hidrofbicos
- Enlaces de hidrgeno
- Interacciones inicas o salinas
II. Covalentes
- Enlace disulfuro
- Enlace amida

Hemoglobina
(forma desoxi-, T)
22

Concanavalina A
(homotetrmero)

Aspartato
transcarbamilasa
(C3)2(R 2)3

Glucgeno fosforilasa
(homotetrmero)

Desnaturalizacin de las protenas

Consiste en la prdida de todas las estructuras de
orden superior (secundaria, terciaria y cuaternaria)
quedando la protena reducida a un polmero estadstico.
Consecuencias inmediatas son:
- Disminucin drstica de la solubilidad de la
protena, acompaada frecuentemente de
precipitacin
- Prdida de todas sus funciones biolgicas
- Alteracin de sus propiedades hidrodinmicas

Agentes desnaturalizantes
I. Fsicos
1. Calor
2. Radiaciones
II. Qumicos: todos los agentes que rompen interacciones
o enlaces presentes en la estructura nativa de la protena:
1. Detergentes
2. Urea y guanidina a altas concentraciones
3. Altas concentraciones de sal y extremos de pH
4. Reactivos de grupos -SH

Agentes desnaturalizantes
HOCH2 CH2 SH

2-mercaptoetanol
CH2 SH
HOCH
HCOH
CH2 SH

Ditiotreitol (DTT)

NH2
C O

Urea

NH2
NH2
C NH Guanidina
NH2
O
O S OO

Dodecilsulfato sdico (SDS, laurilsulfato)

El proceso de desnaturalizacin

Viscosidad intrnseca, []

La desnaturalizacin
es un proceso
cooperativo

0
0

Temperatura (uu.arbitrarias)

10

12

C
Experimento de Anfinsen, 1

N
110

SH

SH

72

26
95
SH

65
58
110

84
C
95
40

26

Urea 8M

SH
40

Mercaptoetanol

65

SH
84

58
SH

SH

SH
72

Experimento de Anfinsen, 2
110

SH
SH

N
72

26
95
SH
SH

SH
84

40
58
65

SH

SH

Dilisis

65
58
110

84
C
95

SH
40
72

26

Plegamiento o ensamblamiento de protenas

Una protena recin sintetizada posee solamente

su estructura primaria. Para que sea plenamente
funcional ha de plegarse correctamente en una
forma tridimensional nica.
1. Autoensamblamiento
La protena se pliega sin ninguna otra ayuda
2. Ensamblamiento dirigido
La protena se pliega gracias a la accin de
otras protenas

Protena
desplegada
(unfolded)

Glbulo
fundido
(molten globule)

Protena
plegada
(folded)

Paso 1:
Rpido (ms); nucleacin de la protena a travs de
las zonas hidrofbicas de la estructura, lo cual permite
la formacin de estructuras secundarias, disulfuros y
cis-prolinas. Hay enzimas que aceleran estos ltimos
pasos.
Paso 2:
Lento (s); Ya estn presentes todos los elementos de
estructura secundaria (hlices y lminas) y el interior
hidrofbico presenta una cierta movilidad, que queda
congelada al alcanzar el estado plegado

Protenas tutoras o chaperoninas

(Hsp: heat-shock proteins)

Hsp70 (DnaK): dependiente de ATP, proceso poco conocido

Hsp60 (GroEL) y Hsp10 (GroES): proceso dependiente de
ATP. La protena desplegada o parcialmente plegada forma
un complejo en la cavidad dejada por estas dos protenas y
adquiere la conformacin correcta.

Estructura molecular de GroEL

Modificaciones covalentes de la estructura proteica

1. Fosforilacin
2. Acilacin (miristilacin)
3. Prenilacin
4. Glicosilacin (N- y O-)
5. Unin covalente a ubicuitina
6. Amidacin C-terminal
7. Carboxilacin dependiente de vitamina K
8. Escisin (Splicing) proteica

Fosforilacin
C O

O
HN
HC CH2 O P OO C
ONH

C O
O
HN
HC CH O P OO C
OCH3
NH

C O

HN
HC CH2
O C
NH

O
O P O-

Fosforilacin de
Ser, Thr y Tyr

O-

Tiene significado funcional,

est producida por protein kinasas

Acilacin (miristilacin)
H
C
O

R1
C
O

C
R2

Unin a una glicina N-terminal, en enlace amida

con el grupo -NH2 de cido mirstico (C14)
Al parecer, sirve para el autoensamblamiento de
estructuras supramoleculares (estructura cuaternaria,
partculas vricas, etc.)

Prenilacin

CO

HN
HC CH2 S
OC
NH

R1
CO

Secuencia consenso:

HN
R2
OC

C-{DENQ}-[LIVM]-X

NH
R3

COO

Tiene lugar en protenas

relacionadas con sistemas de
transduccin de seales:
ras, G, G, Rodopsina kinasa,
cAMP fosfodiesterasa, etc.

N-Glicosilacin
HOCH2

O
OH
OH

NH
HN C CH2 CH
CO
HN
R1

N C CH3
O
Secuencia consenso:

OC
NH
R2
CO

N - {P} - [ST] - {P}

HN

R3
OC

Unin covalente a ubicuitina

N-trmino
H

CH2 NH

N C
R1

Ub

O
CO
HN

H
(CH2)4 N C

OC
O

Ub Ub Ub

CH2 NH
O

NH

C N

(CH2)4

Residuo de
lisina

CO

H
HN

R4
OC

Ub

Ubicuitina:
Marca a las protenas
para su degradacin.

Amidacin C-terminal
NH2
O
O

NH

NH
O

CO
N

CH2
Secuencia consenso:

N
NH
TRH (Hormona liberadora de tirotropina)

X - G - [RK] - [RK]

NH

NH
R

CO

CO
HN
HC CH2 CH2 COOOC
NH

HN
HC CH2 CH COOOC
COONH

vit. K

R
CO

CO

-Carboxilacin de glutamato
(dependiente de vitamina K)

Tiene lugar, entre otros, en algunos factores de la coagulacin:

protrombina, factores VII, IX y X, protenas C, S y Z.

Escisin (splicing) proteica

1

Extena

Intena

Extena

Intena

Extena

COOH

H2N

Extena

Transpeptidacin

Extena

Extena COOH

H2N

Intena