15.

1 Recambio proteínico 501

Sinopsis
EL METABOLISMO DE LAS MOLÉCULAS NITROGENADAS, COMO LAS PROTEÍNAS Y LOS ÁCI-
DOS NUCLEICOS, SE DIFERENCIA DE FORMA SIGNIFICATIVA DEL METABOLISMO DE LOS
carbohidratos y de los lípidos. Mientras que estas últimas moléculas pueden almacenarse y
movilizarse cuando se requieren para reacciones de biosíntesis o para generar energía, no
existe una molécula de almacenamiento de nitrógeno. (Una excepción a esta regla es el alma-
cenamiento de proteínas en las semillas.) Los organismos deben reponer con constancia sus su-
ministros de nitrógeno utilizable para sustituir al que se pierde en el catabolismo. Por ejemplo,
los animales deben tener un suministro continuo de nitrógeno en su alimentación para sustituir
al nitrógeno que se elimina como urea, ácido úrico y otros productos de desecho nitrogenados.

A
pesar de su estabilidad aparente, la mayoría de las células se están renovando de forma
continua. Uno de los aspectos más obvios de la renovación celular es el recambio de
proteínas y ácidos nucleicos, un proceso que da por resultado el flujo continuo de áto-
mos de nitrógeno a través de los seres vivos. Los seres vivos reciclan el nitrógeno orgánico
en diversos metabolitos antes de que al final se convierta en su forma inorgánica.
Los animales disponen de moléculas que contienen un exceso de nitrógeno (o sea, ami-
noácidos y nucleótidos) mediante la producción y excreción subsiguiente de moléculas ni-
trogenadas de desecho. Aunque se han observado muchas variaciones entre las especies,
pueden realizarse las generalizaciones siguientes. El nitrógeno de los aminoácidos se elimi-
na por reacciones de desaminación y se convierte en amoniaco. La naturaleza tóxica de esta
molécula requiere que se destoxifique, que se elimine tan rápido como se genera o ambas
situaciones. Los animales terrestres, que deben conservar el agua corporal, convierten el
amoniaco en moléculas que pueden eliminarse sin una gran pérdida de agua. Por ejemplo,
los mamíferos convierten el amoniaco en urea. Los humanos también excretan ácido úrico,
el producto nitrogenado de desecho del catabolismo del nucleótido purina.
El capítulo inicia con una revisión del recambio proteínico, un proceso crucial que per-
mite a las células responder de manera eficiente a las circunstancias metabólicas siempre
cambiantes y disponer de las proteínas dañadas, que pueden ser tóxicas. Los átomos de nitró-
geno de las proteínas pueden rastrearse de los aminoácidos a sus productos de degradación.
Después se revisa con brevedad la degradación de varios neurotransmisores. El capítulo con-
cluye con descripciones de las vías catabólicas de los nucleótidos. La degradación del hem,
una molécula porfirina con nitrógeno, se describe en línea, como Heme Biotransformation.

15.1 RECAMBIO PROTEÍNICO

La concentración celular de cada clase de proteína es consecuencia del equilibrio entre su
síntesis y su degradación. Aunque la degradación y la síntesis continuas de las proteínas
parecen ser derrochadoras, un proceso que recibe el nombre de recambio proteínico, tienen
varios fines. El primero de todos es la flexibilidad metabólica, que se consigue mediante
cambios relativamente rápidos de la concentración de hormonas peptídicas, de moléculas
receptoras y de enzimas reguladoras clave. Varios de los procesos fisiológicos dependen de
reacciones de degradación oportunas y de las de síntesis. Por ejemplo, la progresión de las
células eucariotas a través de las fases del ciclo celular (sección 18.1) se regula por la síntesis
y degradación cuidadosamente sincronizadas de una clase de proteínas que se denominan
ciclinas. El recambio proteínico protege también a las células de la acumulación de proteí-
nas anómalas. A pesar de las múltiples salvaguardas, la síntesis de proteínas y el proceso
de plegamiento son proclives a los errores. Hasta un tercio de las proteínas se degrada en
los minutos siguientes a su síntesis porque hubo errores en la transcripción, traducción o
plegamiento.
Las proteínas se diferencian de forma significativa en sus velocidades de recambio, las
cuales se miden en términos de vida media. (La vida media es el tiempo que se requiere para

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 502 CAPÍTULO 15 Metabolismo del nitrógeno II: degradación

CUADRO 15.1 Vida media de que se degrade el 50% de una cantidad específica de una proteína.) Las proteínas que
las proteínas desempeñan funciones estructurales suelen tener vidas medias más largas. Por ejem-
humanas plo, algunas proteínas del tejido conjuntivo (p. ej., los colágenos) suelen tener vidas
Valor
medias que se miden en años. Por el contrario, las vidas medias de las enzimas regu-
aproximado ladoras suelen medirse en minutos. En el cuadro 15.1 se muestran varios ejemplos.
de la vida Aunque algunas proteínas se degradan por acción de enzimas proteolíticas en el
Proteína media (h) citoplasma (p. ej., calpaínas activadas por Ca2+), la mayoría de las proteínas celulares
Ornitina 0.5
se degrada mediante dos sistemas principales; el sistema proteasómico de ubicuitina
descarboxilasa y el sistema de autofagia lisosómica (fig. 15.1).
Tirosina 2
aminotransferasa Sistema proteasómico de ubicuitina
Triptófano 2 En el sistema proteasómico de ubicuitina (UPS, ubiquitin proteasomal system) (fig.
oxigenasa 15.1a), la degradación proteínica se inicia con una modificación covalente referida
Carboxicinasa 5 como ubicuitinación. El UPS degrada la mayoría de las proteínas de corta duración
de PEP (p. ej., proteínas reguladoras como los factores de transcripción). El UPS también se
Arginasa 96 activa por ERAD (p. 46).
Aldolasa 118 No se comprenden bien los mecanismos que dirigen a las proteínas a la destruc-
Gliceraldehído- 130
ción por ubicuitinación (ubiquitinación). Parece que dos características estructurales
3-fosfato las marcan para su destrucción:
deshidrogenasa 1. Residuos terminales N. Es frecuente que las proteínas con vida muy corta ten-
Citocromo c 150 gan residuos terminales N muy básicos o voluminosos e hidrófobos. De manera
Hemoglobina 2 880 característica, proteínas más estables tienen aminoácidos azufrados, hidroxila-
dos o hidrófobos no voluminosos en el extremo N.
2. Motivos peptídicos. Las proteínas con determinadas secuencias homólogas se
degradan con rapidez. Por ejemplo, las proteínas que tienen secuencias extendi-
das con prolina, glutamato, serina y treonina tienen vidas medias de menos de
2 h. (Las secuencias PEST reciben este nombre por las abreviaturas de una letra
de estos aminoácidos. Véase el cuadro 5.1.) La caja de destrucción de ciclina,
un conjunto de secuencias homólogas de nueve residuos cerca del extremo N de
las ciclinas, asegura la rápida ubicuitinación.
Una vez ubicuitinadas, las proteínas se transfieren a masivas máquinas molecula-
res proteolíticas llamadas proteasomas, que las desdoblan en fragmentos peptídicos
con un promedio de siete u ocho residuos. Tales fragmentos son degradados aún más
por proteasas citoplásmicas en aminoácidos, que pueden ser reciclados para formar
nuevas moléculas proteínicas. La ubicuitinación (que es la fijación de una pequeña
proteína altamente conservada de 76 residuos llamada ubicuitina a proteínas gastadas
CONCEPTOS CLAVE o dañadas o a proteínas reguladoras de vida corta) ocurre en varias fases e implica tres
clases de enzimas: E1, E2 y E3. En el primer paso (fig. 15.1a) la E1 (enzima activa-
• El recambio proteínico, que es la dora de ubicuitina) activa una molécula de ubicuitina por adenilación y la transfiere a
síntesis y degradación continuas de un tiol de sitio activo de E1 para formar un tioéster de alta energía. El grupo carboxilo
proteínas, da a los seres vivos flexibi- de la glicina terminal C de las moléculas de ubicuitina participa en esta reacción. En-
lidad metabólica y protege las células tonces la ubicuitina se transfiere a un tiol del sitio activo de E2 (enzima conjugadora
de la acumulación de proteínas de ubicuitina) mediante una reacción de transtiolación. Sólo hay una E1, pero hasta
anormales.
25 enzimas E2 en las células de los mamíferos. Las enzimas E2 varían en cuanto a su
• La mayoría de las proteínas de corta
especificidad de unión a E3 (ligasa de ubicuitina). Las enzimas E3 interactúan con
duración se degrada mediante el
las E2 y con la proteína diana, y transfieren ubicuitina a una cadena lateral de lisina
sistema proteasómico de ubicuitina
para producir péptidos cortos. Las
interna específica de la proteína diana mediante una transición de tioéster a amida. La
proteínas de larga duración y los ubicuitinación subsiguiente prolonga la marca de ubicuitina en la proteína de cuatro
organelos se degradan mediante el a 50 unidades, o hasta que se favorezca la unión con el proteasoma. La especificidad
sistema lisosómico de autofagia. de la ubicuitinación y por tanto, la proteólisis regulada proviene en parte de la es-
• Los aminoácidos producidos a partir pecificidad por sustrato de la gran cantidad de enzimas E2 (25 en los mamíferos) y
de los péptidos que se degradan me- E3 (1 000 en los mamíferos). Hay que señalar que la digestión proteasómica de las
diante proteasas citoplásmicas pasan proteínas muy oxidadas no requiere ubicuitinación.
al acervo de aminoácidos y quedan El proteasoma (fig. 15.2) es un complejo multisubunitario grande (2 000 kD) con
disponibles para su incorporación en forma de un cilindro hueco que mide 1 500 nm por 1 150 nm. Llamado también pro-
nuevas moléculas proteínicas. teasoma 26S, esta estructura consta de una partícula central de 20S y dos partículas

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 15.1 Recambio proteínico 503

Membrana de aislamiento
E1 SH + HO C Ubicuitina
ATP

AMP + PP i

E1 S C Ubicuitina
E2 SH Autofagosoma

E1 SH
O
Lys

E2 S C Ubicuitina Endosoma

E3
E2 SH
Lys Anfisoma
Poli(Ub)-Lys

Lisosoma

Poli(Ub)-Lys

O ATP
Proteasoma

HO C Ubicuitina AMP + PP i

Autofagolisosoma

Péptidos

(a) (b)
FIGURA 15.1
Los sistemas proteasómico de ubicuitina y lisosómico de autofagia
(a) La ubicuitinación de la proteína comienza con la formación impulsada por la hidrólisis de ATP de un enlace éster tiol entre E1
(enzima activadora de ubicuitina) y la ubicuitina. A continuación, la ubicuitina se transfiere a E2 (enzima conjugadora de ubicuitina). E3
(ubicuitina ligasa) transfiere la ubicuitina de E2 a una cadena lateral de la lisina en la proteína blanco y luego a las fracciones de ubicui-
tina ya unidas con la proteína en cuestión. La poliubicuitinación continúa hasta que hay cuatro a 50 ubicuitinas unidas con los residuos
de lisina blanco. La proteína unida con múltiples ubicuitinas se degrada en un proteasoma. (b) En la autofagia, un proceso en apariencia
aleatorio, empieza a formarse una membrana de aislamiento que rodea y secuestra componentes citoplásmicos. Al final, la membrana
de aislamiento expansiva se sella para formar el autofagosoma; cuando éste se fusiona con un endosoma se forma un anfisoma y el pH
interior empieza a disminuir. La fusión del anfisoma con un lisosoma da lugar al autofagolisosoma. Las enzimas lisosómicas degradan
el cargamento. Los productos se reciclan o degradan para generar energía. Antes se creía que eran vías independientes, pero el UPS y la
autofagia están interrelacionados. Comparten algunas proteínas reguladoras y en ciertas circunstancias, cualquiera de estas vías puede
degradar algunos sustratos proteínicos.

reguladoras de 19S. [La unidad Svedberg (S) es una medida de la rapidez con que una
partícula se sedimenta en una ultracentrífuga. Dado que los valores S se relacionan
tanto con la masa como con la forma de las partículas, no son aditivos.] La partícula
de 20S consta de cuatro anillos proteínicos heptaméricos (␣7␤7␤7␣7). Los dos anillos
␤ internos poseen tres tipos distintos de actividad proteolítica en la cámara interna.
Los componentes de anillos ␣ tienen un segmento terminal N que sólo da acceso a
la cámara proteolítica a cadenas peptídicas desplegadas. Las partículas de 19S con-
sisten en una tapa de nueve subunidades y una base de 10 subunidades. Seis de las
subunidades base poseen actividad ATPasa que facilitan el despliegue de las proteí-
nas, fundamental para enhebrar los polipéptidos sustrato en la cámara catalítica. Las
subunidades de la tapa participan en la selección del sustrato y en el procesamiento
de ubicuitina. Esta función de compuerta asegura que sólo las proteínas con la marca
apropiada se trasladen a la cámara catalítica para su degradación. Se degrada una

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 504 CAPÍTULO 15 Metabolismo del nitrógeno II: degradación

FIGURA 15.2 (a)

␣5 ␣4 ␣3
(b)
␣2
El proteasoma
El proteasoma 20S (partícula central) ␣6 ␣1
␣7
(a) es una estructura en forma de barril
que contiene 28 proteínas: dos anillos ␤7 ␤1
␤2
␣ con siete subunidades cada uno y dos
anillos ␤ también con siete subunida- ␤2′ ␤1′ ␤7′
des cada uno. Una vista de un corte (b)
revela la cámara catalítica interna. ␣1′ ␣7′ ␣6′

proteína a la vez y los productos peptídicos con seis a 10 residuos se liberan del pro-
teasoma para su hidrólisis hasta aminoácidos por medio de proteasas citoplásmicas.

Sistema de autofagia lisosómica

La autofagia (“comerse a sí mismo”) es una vía de degradación celular en la que
los componentes de la célula, en particular las proteínas de permanencia prolongada
y los organelos, se degradan por acción de enzimas hidrolíticas dentro de los liso-
somas. La autofagia tiene varias funciones en la célula. Además de su participación
evidente en la degradación de los componentes celulares desgastados o dañados, la
autofagia es un mecanismo de reciclaje que mantiene las funciones vitales cuando
las concentraciones de nutrientes son bajas (durante el ayuno). También participa
en la regulación del desarrollo (remodelación celular) y en la destrucción de los
microorganismos invasores.
Existen tres formas de autofagia: mediada por chaperona, microautofagia y ma-
croautofagia. La autofagia mediada por chaperona (CMA, chaperone-mediated
autophagy) es un proceso activado por un receptor en el que las proteínas específicas
unidas con un complejo chaperona se despliegan y luego se trasladan a un lisosoma,
donde se degradan por efecto de las proteasas lisosómicas. En la microautofagia,
los lisosomas engloban de manera directa pequeñas cantidades de citoplasma. La
macroautofagia (fig. 15.1b), a menudo conocida como autofagia, utiliza una vía li-
sosómica para la degradación de una gran parte de los componentes citoplásmicos. Es
el principal mecanismo catabólico de las células eucariotas para mantener la función
óptima y responder a las condiciones cambiantes del ambiente.
La autofagia se induce por una gran cantidad de factores estresantes, como la
tensión del ER (p. ej., causada por la respuesta a una proteína no plegada), hipoxia,
tensión oxidativa, privación de nutrientes, temperatura elevada e infecciones virales.
La autofagia comienza con la formación del autofagosoma a partir de una estructura
de doble membrana llamada membrana de aislamiento (quizá originada de una zona
sin ribosomas del retículo endoplásmico rugoso). La membrana de aislamiento rodea
y secuestra material citoplásmico conforme se extiende y al final se cierra para formar
el autofagosoma. A continuación, el autofagosoma se fusiona con un endosoma para
dar origen a un anfisoma. La ATPasa unida con la membrana endosómica comienza
a bombear protones hacia la luz del anfisoma. Al final, la membrana externa del
anfisoma se fusiona con un lisosoma para formar un autofagosoma. Las enzimas
lisosómicas digieren la carga citoplásmica y la membrana anfisómica interna. Los
productos de degradación (p. ej., aminoácidos y azúcares) se exportan al citoplasma,
donde pueden usarse en la biosíntesis o degradarse para la generación de energía.
Cualquier autofagolisosoma que contenga sustancias resistentes a la digestión, de-
nominadas cuerpos residuales, permanece en el citoplasma. Por ejemplo, existen
gránulos de lipofuscina, que contienen detritos indigeribles de color pardo, en las
células envejecidas de los nervios, corazón, riñones y glándulas suprarrenales.
La autofagia es un proceso de mantenimiento que opera a una intensidad basal en
casi todas las células eucariotas. Puede incrementarse con rapidez cuando las células se
someten a tensión o cuando los niveles de energía y nutrientes son bajos. Por ejemplo,
el de factor 2␣ que inicia la síntesis proteínica (eIF2␣) y AMPK estimulan la autofagia
cuando disminuyen las cantidades de nutrientes y energía, respectivamente. La autofa-

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 15.2 Catabolismo de los aminoácidos 505

gia se inhibe con la serina-treonina cinasa mTOR (blanco de rapamicina de los mamíferos)
cuando las reservas de nutrientes y energía son elevadas. (La rapamicina es una molécula
bacteriana usada en la clínica para prevenir el rechazo de órganos trasplantados.) El mTOR,
que integra las señales intracelulares (p. ej., cantidad de nutrientes y energía, estado redox)
con las señales extracelulares (p. ej., hormonas y factores de crecimiento) es un regulador
central del metabolismo celular.

15.2 CATABOLISMO DE LOS AMINOÁCIDOS

En general, el catabolismo de los aminoácidos comienza con la eliminación del grupo
amino. Los grupos amino pueden luego eliminarse en la síntesis de la urea. Los esquele-
tos de carbono resultantes se degradan para obtener uno de siete productos metabólicos
posibles: acetil-CoA, acetoacetil-CoA, piruvato, cetoglutarato ␣, succinil-CoA, fumarato
u oxaloacetato. Según las necesidades metabólicas del animal, estas moléculas se utilizan
para sintetizar ácidos grasos o glucosa, o para generar energía. Los aminoácidos que se
degradan para formar acetil-CoA o acetoacetil-CoA se denominan cetógenos, porque
pueden convertirse en ácidos grasos o en cuerpos cetónicos. Los esqueletos carbonados
de los aminoácidos glucogénicos, que se degradan a piruvato o a un intermediario del
ciclo del ácido cítrico, pueden utilizarse después en la gluconeogénesis. La mayoría de
los aminoácidos son glucogénicos. Tras considerar las vías de desaminación y la síntesis
de urea, se describen las vías que degradan a los esqueletos carbonados.

Desaminación
La eliminación del grupo amino ␣ de los aminoácidos incluye dos tipos de reacciones
químicas: la transaminación y la desaminación oxidativa. Ya se han descrito ambas reac-
ciones (sección 14.2). (Recuerde que las reacciones de transaminación ocupan posiciones
importantes en la síntesis de los aminoácidos no esenciales.) Como estas reacciones son
reversibles, los grupos amino se desvían con facilidad de los aminoácidos abundantes y se
utilizan para sintetizar los que son escasos. Los grupos amino quedan disponibles para la
síntesis de urea cuando hay un exceso de aminoácidos. La urea se sintetiza en cantidades
especialmente elevadas cuando la alimentación tiene abundantes proteínas o cuando hay
una degradación masiva de éstas, por ejemplo, durante la inanición.
En los músculos, los grupos amino que sobran se transfieren al ␣-cetoglutarato para
formar glutamato:
␣-Cetoglutarato + l-Aminoácido 7 l-Glutamato + ␣-Cetoácido
Los grupos amino de las moléculas de glutamato se transportan en la sangre al hígado
mediante el ciclo de la alanina (fig. 8.10).
Piruvato + l-Glutamato 7 l-Alanina + ␣-Cetoglutarato
En el hígado, el glutamato se forma al invertirse la reacción catalizada por la alanina
transaminasa. La desaminación oxidativa del glutamato produce ␣-cetoglutarato y NH4+.
En la mayoría de tejidos extrahepáticos, el grupo amino del glutamato se libera por
desaminación oxidativa en forma de NH4+. El amoniaco se transporta al hígado en forma
del grupo amida de la glutamina. La reacción dependiente de ATP en la que el glutamato
se convierte en glutamina es catalizada por la glutamina sintetasa:
l-Glutamato + NH4+ + ATP → l-Glutamina + ADP + Pi
Tras su transporte al hígado, la glutaminasa hidroliza a la glutamina para formar glu-
tamato y NH+4. Se genera otro NH4+ cuando la glutamato deshidrogenasa convierte el
glutamato en ␣-cetoglutarato:
l-Glutamina + H2O → l-Glutamato + NH4+
l-Glutamato + H2O + NAD+ → ␣-Cetoglutarato + NADH + H+ + NH4+
La mayoría del amoniaco que se genera en la degradación de los aminoácidos lo produ-
ce la desaminación oxidativa del glutamato. Se produce más amoniaco en otras reacciones
catalizadas por las siguientes enzimas.

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