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Ecuación de Onda: Desde lo discreto a lo continuo

Sebastián Jara Cifuentes


sebastian.jara@alumnos.usm.cl

Abstract— En el presente documento se introduce el problema II. Caso 1D: Desde el modelo discreto hacia el modelo
del diagnostico de neumonı́a infantil en contextos clı́nicos y las continuo.
razones por las cuales es importante mirar con urgencia este
problema. Luego se propone la realización de una investigación A. Deducción de las ecuaciones de movimiento
para mejorar el diagnóstico de la neumonı́a infantil mediante el Considere un modelo masa-resorte unidimensional de 𝑛 + 1
uso de modelos de Machine Learning (ML), más especı́ficamente masas, donde cada masa es separadas a una distancia 𝑎 de sus
Redes Neuronales Convolucionales (CNN). En este mismo con-
texto, se presentan objetivos de la investigación, el conjunto de masas vecinas (ver figura 1). Sea 𝑢 𝑖 (𝑡) el desplazamiento en
datos a usar para entrenar el modelo propuesto, y métodos la dirección horizontal de la masa i-ésima, con respecto a su
de Inteligencia Artificial Explicable (XAI) para mejorar la posición de equilibrio. Aplicando la segunda ley de Newton
interpretabilidad del modelo de Caja Negra; que posteriormente y la ley de Hooke se deduce que la ecuación que describe el
se aplican para explicar las predicción hechas por un modelo movimiento de una masa i-ésima (ubicada entre dos masa) viene
CNN entrenado.
dada por:
Palabras claves—XAI, CNN, Neumonı́a Infantil, Machine
Learning, Modelos de Caja Negra, LIME, ShapValues, Smooth-
Grad, RISE. 𝑑 2 𝑢 𝑖 (𝑡)
𝑀 = 𝛼(𝑢 𝑖+1 (𝑡) − 𝑢 𝑖 (𝑡)) − 𝛼(𝑢 𝑖 (𝑡) − 𝑢 𝑖−1 (𝑡)), (1)
𝑑𝑡 2
I. Introducción para 𝑖 = 1, ..., 𝑛 − 1, donde 𝑀 es la masa de una partı́cula y 𝛼
es el coeficiente de elasticidad asociado a cada resorte.
Lagrange fue el primero en resolver la dinámica elástica Para imponer condiciones de borde en la ecuación de
de modelos de reticulado de masa uniaxiales (ver figura 1 diferencias-diferencial 1 considere que el extremo izquierdo es
). En 1759, desarrolló las ecuaciones diferenciales mixtas de fijo y el extremo derecho es libre, es decir:
diferencias para una red unidimensional, ası́ como la ecuación
diferencial parcial de onda correspondiente [4,5]. En sus estu- 𝑢 0 (𝑡) = 0, para todo 𝑡 > 0 (2)
dios, Lagrange analizó las vibraciones de una cuerda discreta 𝑑 2 𝑢 𝑛 (𝑡)
formada por un número finito n de masas con extremos fijos 𝑀 = −𝛼(𝑢 𝑛 (𝑡) − 𝑢 𝑛−1 (𝑡)) + 𝑓 (𝑡), (3)
𝑑𝑡 2
(Lagrange, 1759; 1788). Logró determinar con exactitud las
donde 𝑓 (𝑡) es una fuerza externa aplicada sobre la masa 𝑛-
frecuencias naturales de esta red unidimensional para cualquier
ésima del extremo derecho.
valor de n, demostrando que su comportamiento asintótico es
Finalmente, para tener un problema bien definido de ecua-
equivalente al de una cuerda continua.
ciones diferenciales, resulta necesario imponer condiciones
iniciales, en este caso:
𝑢 𝑖 (0) = 0, para todo 𝑖 = 0, ..., 𝑛 − 1. (4)
𝑢 𝑛 (0) = 0.3 𝑎. (5)
2
𝑑 𝑢𝑖
(0) = 0. (6)
𝑑𝑡 2
B. Discretización de la derivada temporal
Resolver numericamente la ecuación 1 implica deducir una
Fig. 1. Reticulado axial unidimensional. La masa de cada partı́cula es M, el aproximación discreta para la derivada temporal del lado
espacio entre cada partı́cula es 𝑎 y la constante de rigidez de los resortes es 𝛼. izquierdo de 1. Para lo anterior, considere la derivada simétrica
de segundo orden, en este caso:
Inspirados por los modelos de retı́cula de n masas desar-
rollados por Lagrange, a continuación, exploramos la relación 𝑑 2 𝑢 𝑖 (𝑡) 𝑢 𝑖 (𝑘Δ𝑡 + Δ𝑡) − 2𝑢 𝑖 𝑘Δ𝑡 + 𝑢 𝑖 (𝑘Δ𝑡 − Δ𝑡)
entre los modelos discretos y los modelos continuos de elas- ≈ , (7)
𝑑𝑡 2 Δ𝑡 2
ticidad, tanto en 1D como en 2D. Las deducciones de las
donde 𝑡 = 𝑘Δ𝑡, para algún número entero 𝑘 ≥ 0. Denotando
ecuaciones y las relaciones algebraicas discretas se implemen-
𝑢 𝑖 (𝑘Δ𝑡) := 𝑢 𝑖𝑘 , la relación 7 queda:
tan numéricamente, con el objetivo de ilustrar la interacción
y correspondencia entre el modelo discreto y el modelo 𝑑 2 𝑢 𝑖𝑘 𝑢 𝑖𝑘+1 − 2𝑢 𝑖𝑘 + 𝑢 𝑖𝑘−1
continuo. ≈ . (8)
𝑑𝑡 2 Δ𝑡 2
C. Hipótesis de Investigación Grad-CAM para explicar las regiones relevantes de las
La hipótesis de investigación de este proyecto es que la imágenes que contribuyen a la predicción.
aplicación de técnicas de XAI permiten una comprensión más
clara de las decisiones que toma un modelo de CNN en el • COV-ELM classifier: An extreme learning machine
diagnóstico de neumonı́a, permitiendo entregar una justificación based identification of COVID-19 using chest X-ray
interpretable a las predicciones del modelo, y ası́ mejorando la images: [8]
confiabilidad del diagnostico. En este trabajo se busca identificar COVID-19, mediante
ML, a partir imágenes de radiografı́as torácicas. Para
D. Objetivo General realizar esto se emplea un clasificador basado en Ex-
El objetivo general de esta investigación es implementar treme Learning Machine [10], el cual es un algoritmo
técnicas de XAI a un modelo de CNN de diagnóstico de de aprendizaje rápido en redes neuronales que inicializa
neumonı́a en infantes usando radiografias torácicas, esto con capas ocultas de manera aleatoria y encuentra pesos
el fin de mejorar interpretabilidad del modelo. eficientemente a través de una operación de inversión de
matriz. Una vez realizada la predicción se utiliza LIME
E. Objetivos Especı́ficos para visualizar y corroborar los resultados con hallazgos
• Construir o re-usar un modelo de CNN para que diag- clı́nicos.
nostique la presencia de neumonı́a a partir de radiografı́as • Explainable Deep Learning for Pulmonary Disease
torácicas. and Coronavirus COVID-19 Detection from X-rays:
• Entrenar el modelo usando un conjunto de datos de [6]
radiografı́as torácicas de infantes Se utiliza una arquitectura de Deep Learning para detectar
• Identificar y seleccionar técnicas de XAI adecuadas para distintas enfermedades pulmonares y COVID-19 a partir
el modelo. de radiografı́as torácicas, para luego hacer uso de Grad-
• Integrar las técnicas de XAI post-hoc en el modelo de CAM para resaltar las regiones de interés que apoyan
manera efectiva. la predicción del modelo, y de esta forma explicar las
• Generar visualizaciones y explicaciones de las predic- predicciones de manera visual.
ciones del modelo.
IV. Configuración Experimental
F. Factibilidad A. Conjunto de Datos
El presente estudio tiene una gran factibilidad debido a que Se empleará el conjunto de datos “Chest X-ray” [1]. En
existe una gran cantidad de datos para entrenar el modelo CNN este conjunto se ha reunido y etiquetado un conjunto de 5.232
para el diagnóstico de neumonı́a infantil. También es factible imágenes de radiografı́as de tórax de niños. De estas, 3.883
mejorar la interpretabilidad del modelo de clasificación, ya que muestran casos de neumonı́a (2.538 de origen bacteriano y
al ser imágenes radiográficas, se pueden generar interpreta- 1.345 de origen viral), mientras que 1.349 son radiografı́as de
ciones visuales, que por lo general pueden ser más interpretables pulmones normales (Ver figura 2). Estas imágenes provienen
por los usuarios. de un grupo de 5.856 pacientes y serán usadas para entrenar y
G. Apoyo experto validar un modelo de redes neuronales convolucionales.
Las dificultades de los autores sobre los conocimientos
médicos relacionas al diagnostico de enfermedades, como la
neumonı́a infantil, serán suplidas a través del contacto con
expertos del área de Biomédica de la Universidad de Valparaı́so.
III. Trabajos Relacionados
Tras revisar un Review Paper del estado del arte en el uso de
XAI [9] se identificaron (y seleccionaron) los siguientes trabajos Fig. 2. La radiografı́a torácica de pulmones normales (izquierda) muestra
relacionados que abordan la aplicación de la inteligencia artifi- pulmones claros sin anormalidades. La neumonı́a bacteriana (centro) muestra
una mancha en el lóbulo superior derecho ( indicado por flechas blancas),
cial en el diagnóstico de enfermedades a partir de radiografı́as mientras que la neumonı́a viral (derecha) muestra un patrón difuso en ambos
torácicas junto con el uso de métodos de XAI para mejorar pulmones.
la explicabilidad e interpretabilidad de las predicciones de las
distintas arquitecturas:
• Automatic Lung Cancer Prediction from Chest X-ray
B. Software y Hardware utilizado
Images Using the Deep Learning Approach: [7] El lenguaje de programación usado ha sido Python. Entre las
Este trabajo utiliza una CNN para extraer las caracterı́sticas bibliotecas utilizadas, destacan numpy y pandas para la manip-
de radiografı́as torácicas para poder realizar predicciones ulación y análisis de datos, tensorflow para la construcción y
sobre la presencia de cáncer de pulmón a partir de entrenamiento de la CNN, y matplotlib para la visualización de
imágenes de Rayos X Pulmonares, para luego emplear datos. Además, se incluye sklearn para funciones de modelado
Neumonía
Normal

(a) (b) (c)

Fig. 3. Resultados aplicando el método LIME. En la columna (A) se presenta las radiografı́as correspondientes a un paciente con neumonı́a (arriba) y a un paciente
sin neumonı́a (abajo). La columna (b) muestra los megapixceles creados para la visualización de el mapa de prominencia mostrado en la columna (c).

y selección de datos, y la biblioteca especializada de LIME para A. Arquitectura de CNN


la interpretación de los modelos de aprendizaje automático.
La red neuronal convolucional (CNN) diseñada sigue una
Estas bibliotecas proporcionaron un entorno adecuado para
arquitectura secuencial usando Keras, una API de alto nivel
implementar los aspectos propuestos en el presente proyecto.
para modelos de aprendizaje automático.
Respecto al hardware, debido a la poca profundidad de la red
propuesta, fue suficiente utilizar los recursos que ofrece Google
Colab para el entrenamiento de la CNN. La plataforma Google
Colab, con su acceso a GPUs, facilitó un eficiente entorno de
entrenamiento sin la necesidad de recursos computacionales
avanzados propios.
V. Metodologı́a
En este proyecto, se empleará un modelo de redes neuronales Capa convolucional
Max pooling
Convolucionales de Clasificación de radiografı́as médicas Fully connected
torácicas para detectar y visualizar la presencia de neumonı́a Softmax

en las radiografı́as torácicas presentes en el conjunto de datos


[1]. El modelo que se propone está fuertemente inspirado en
Fig. 4. La arquitectura de la red combina capas convolutivas y de pooling
el modelo presentado en [3]. Observamos que es de particular con bloques convolutivos y densos personalizados, intercalados con capas de
importancia lograr altos niveles de rendimiento predictivo para normalización y dropout para regularización.
la detección de neumonı́a, pues esta es la clase predominante
disponibles en el conjunto de datos. La capa de entrada de la red recibe como input imágenes de la
Una vez entrenado el modelo, y alcanzado una precisión forma 180 de altura, 180 de ancho y 3 canales (RGB). Luego, la
sobre el 80% en el conjunto de validación, se aplicarán distintos red posee dos capas convolucionales con 16 filtros cada una, un
métodos de explicabilidad sobre las predicciones del modelo tamaño de kernel de 3x3, activación relu, y padding same. Estas
CNN. capas están seguidas por una capa de MaxPooling que reduce la
Finalmente, se comparán los métodos de explicabilidad en dimensionalidad espacial.
función de métricas automáticas y de señalamiento humano. Posteriormente, la red sigue con tres bloques convolucionales
de 32, 64 y 128 filtros repectivamente, seguido de una capa de hoc, agnóstica, local y que no requiere acceso a las capas
Dropout, y luego nuevamente un bloque convolucional. Cada internas o pesos del modelo, lo que lo hace aplicable a una
bloque convolucional se compone de dos capas convlucionales amplia gama de modelos de aprendizaje profundo. RISE
separables (SeparableConv2D), que son una usados para hacer estima la importancia de las regiones de la imagen del input
más eficiente el proceso convolucional, más una capa de para la predicción del modelo. A pesar de su simplicidad y
BatchNormalization y una capa de MaxPool. generalidad, el método supera los enfoques de explicación
Seguido de lo anterior, la red aplana la salida y luego existentes en términos de métricas causales automáticas y
utiliza tres bloques densos personalizados, cada bloque incluye funciona de manera competitiva en términos de la métrica
una capa densa, una capa BatchNormalization y una capa de de señalización centrada en el ser humano, como se reporta
Dropout. en [11].
Finalmente, la capa de salida se compone de una capa Dense
con 2 unidades y activación softmax, lo que permite a la red estar VI. Resultados Experimentales
diseñada para resolver un problema de clasificación binaria (Ver A. Entrenamiento de la CNN
figura 4). El entrenamiento y la validación de la CNN se realizó
utilizando un 4185 imágenes y 1047 imágenes, respectivamente.
B. Métodos de XAI
Se elige el optimizador Adam, la función de pérdida entropı́a
Para mejorar la interpretabilidad del modelo se utilizaron los cruzada binaria y la métrica que se reporta en cada época es
siguiente métodos: el accuracy, calculado sobre el conjunto de entrenamiento y el
• LIME [4]: Es un método para explicar las predicciones de conjunto de validación.
modelos de aprendizaje automático complejos, conocidos Para corregir el desbalance entre las clases normal y neu-
como ”cajas negras”. Lo hace creando un modelo sustituto monı́a, se implementa el parámetro class weight durante el
simple y interpretable, que aproxime al modelo original, entrenamiento. Los pesos asignados a cada clase se definen
para una instancia de datos especı́fica (explicación local), tomando el inverso del número de ejemplos de cada clase y
para luego generar muestras de datos perturbados alrededor multiplicado por la mitad del tamaño total del conjunto de
de la instancia de interés en el modelo simple, ponderadas entrenamiento. El peso asignado a la clase normal es de 1.91 y
por su proximidad. el peso asignado a la clase neumonı́a es de 0.68.
• Kernel SHAP [4]: Es un método que calcula Shapley Val- La primera fase de entrenamiento se realiza en 25 épocas, con-
ues de forma aproximada para explicar la importancia de siderando un batch size de 130 imágenes. Posteriormente, se
las caracterı́sticas en un modelo de aprendizaje automático realiza un fine tuning sobre la tasa de aprendizaje. Inicialmente,
en una región local alrededor de un punto de datos de la tasa de aprendizaje se define como 0.01 y esta disminuye
referencia. Los Shapley Values indican cuánto contribuye exponencialmente cada 20 iteraciones. Para lo anterior se
cada caracterı́stica a una predicción dada, basándose en consideró un lı́mite de 100 épocas junto con una parada
la Teorı́a de Juegos cooperativos. La explicación que temprana que almacena el mejor modelo. Los resultados del
realiza KernelSHAP se hace asumiendo que el modelo entrenamiento se reportan en la imagen 7. El accuracy alcanzado
es lineal, y no tiene en cuenta las interacciones entre sobre el conjunto de validación es de 92.19%.
las caracterı́sticas. Este método proporciona una forma
eficiente de comprender cómo las caracterı́sticas afectan B. Aplicación de los métodos XAI
las predicciones del modelo en un contexto especı́fico. Para comprender qué áreas de la radiografı́a de tórax son
• Saliency Maps [4]: Son un método de explicación local resaltadas por el modelo CNN para la detección de neumonı́a y
que se basan en una expansión de la serie Taylor alrededor para los casos de pacientes sanos, se seleccionan dos imágenes
de una instancia de interés para aproximar la función de torácicas del conjunto de test, una correspondientes a un
puntuación no lineal. Los Saliency Weights se calculan paciente que ha sido diagnosticado sin neumonı́a (etiqueta
como las derivadas parciales de la función de puntuación “normal”) y que el modelo predice como una imágen de la clase
con respecto a las caracterı́sticas. Los Saliency Maps “normal”, y una radiografı́a torácica asociada a un paciente
indican la importancia de cada caracterı́stica para una diagnosticado con neumonı́a (etiqueta “neumonı́a”) y que el
predicción especı́fica y son útiles para comprender la modelo predice como una imagen perteneciente a la clase
contribución de las caracterı́sticas en una predicción local, “neumonı́a”. Las imágenes se presentan en la columna (a) de la
pero no capturan interacciones entre caracterı́sticas. figura 3. El modelo entrenado predice que la primera imagen
Junto a los Vanilla Saliency Maps se ocupo una técnica corresponde a un paciente etiquetado como “normal” con score
llamada SmoothGrad [5], la cual es una técnica que de 0.819. En el segundo caso, la CNN predice con score de
busca mejorar la interpretabilidad de los Saliency Maps 0.928 que la imágen corresponde a un paciente etiquetado con
agregándole ruido a la imagen original, para luego pro- “neumonı́a”.
mediar los Saliency Maps de las imágenes con distintos En la figura 3 se presentan los resultados de aplicar el
niveles de ruido. método LIME para explicar la predicción del modelo sobre
• RISE [11]: El método RISE (Randomized Input Sampling la clasificación de una imagen torácica asociada a un paciente
for Explanation) es una técnica de explicabilidad Post- sano y a un paciente con neumonı́a. Notamos que en el caso
Neumonía
Normal

(a) (b) (c)


Fig. 5. Resultados aplicando el método Sliency Map y SmoothGrad. En la columna (A) se presenta las radiografı́as correspondientes a un paciente con neumonı́a
(arriba) y a un paciente sin neumonı́a (abajo). La columna (b) y (c) representa las zonas de atención del modelo para realizar la predicción. En (b) se aplica el
método Silency Maps y en (c) SmoothGrad.

Fig. 7. El gráfico de la izquierda representa la función de pérdida sobre el


conjunto de entrenamiento y validación. El gráfico de la derecha traza el
accuracy del modelo para el conjunto de entrenamiento y validación. Estos
gráficos muestran los valores de pérdida y accuracy para la segunda fase de
entrenamiento. Dado que inicialmente se efectuaron 25 épocas, estos gráficos
corresponden a las épocas 26-54. El modelo alcanza un accuracy de alrededor
del 92% sobre el conjunto de validación.
Fig. 6. Matriz de confusión sobre el conjunto de test. Se observa que el modelo
no tiene un buen desempeño para clasificar la clase “normal”.
la atención se ubica en el mismo sector que para el caso
“neumonı́a” pero con menor intensidad.
“neumonı́a” el modelo le asigna importancia a la zona ubicada Los resultados obtenidos aplicando el método Shap se
entre ambos pulmones. presentan en 8. Se destaca que la atención del modelo para
Por otro lado, en la figura 5 se presentan los resultados de clasificar la imagen etiquetada como “neumonı́a” en la clase
aplicar el método Silency Maps y SmothGrad. Para el caso neumonı́a, está en la parte superior del pulmón derecho y en el
neumonı́a, la atención del modelo está en la zona inferior sector central-derecho del pulmón izquierdo, observando tonos
del pulmón derecho. Destacamos que en el caso “normal” verdes oscuros, que significan magnitudes altas en comparación
VII. Conclusiones y Proyecciones
Se desprende de la matriz de confusión 6 que el modelo
Neumonía

entrenado no clasifica de manera correcta las clases etiquetadas


como “normal”, 6. Lo anterior puede ser debido a el desbalance
entre las clases presente en el conjunto de entrenamiento. El
método aplicado para corregir el desbalance no ha sido efectivo.
Pese a que el modelo clasifica con alto accuracy las clase
“neumonı́a”, que pueden ser los casos de mayor interés con
respecto a la explicabildiad, es importante tener un modelo con
un buen desempeño en métricas como recall y F1-score previo
a la aplicación de las técnicas de explicabilidad.
Normal

Sobre los métodos de explicabilidad destacamos que para la


imágen etiquetada como neumonı́a existe cierta similaridad en
los resultados obtenidos para el método LIME, Shap values y
RISE. Notamos que los dos casos asociados a Silency más,
el modelo no diferencia de manera significativa las zonas de
atención asociadas a la predicción del modelo para los caso
Fig. 8. Resultados aplicando el método Shap. Las imágenes ubicadas a la “neumonı́a” y “normal”.
derecha de cada radiografı́a representan la atención del modelo para clasificar Para las imágenes clasificadas como neumonı́a, se hace
en cada una de las dos clases. fundamental una métrica de señalamiento humano que permita
marcar previamente zonas donde un experto interprete áreas
de mayor densidad, patrones, etc, que permitan diagnosticar
a los otros tres casos.
esta enfermedad. Lo anterior resulta de vital importancia para
Finalmente, los mapas de prominencia obtenidos con método
determinar si un método de explicabilidad permite construir
RISE son presentado en 9. Notamos que para el caso del paciente
confianza en el modelo propuesto.
con neumonı́a, la atención del modelo esta en el sector superior
Finalmente, el presente trabajo requiere implementar métricas
del pulmón derecho, describiendo la imagen en este sector un
automáticas, por ejemplo de inserción y borrado [11], que
color rojo intenso. Por otro lado, para el caso del paciente sano,
permitan discriminar que método de explicabilidad resulta mas
notamos una distribución relativamente simétrica de los colores
conveniente para apoyar la predicción que hace el modelo en los
y zonas pintadas con menor intensidad.
casos “neumonı́a”.
conclusiones: Para el caso normal sobre la atencion del
modelo, se espera que la atención del modelo no tenga
preferencia por una zona en particular.

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