Tema 1: Composición de la materia viva

BLOQUE I:
LA ARQUITECTURA MOLECULAR DE LA VIDA

 Composición de la materia viva

 Proteínas

 Carbohidratos

 Lípidos y membranas biológicas

 Ácidos nucleicos
¿De qué está hecha la materia viva?
Los organismos vivos comparten características
químicas comunes

Eucariotas

Bacterias Arquea

Último ancestro común universal

• Los organismos vivos son muy diversos en sus propiedades macroscópicas

pero similares en su bioquímica
Los organismos vivos comparten características
químicas comunes
Complejos Macromoléculas Unidades
supramoleculares monoméricas
La célula y sus orgánulos Nucleótidos
ADN

Cromatina

Proteína
Aminoácidos
Membrana
plasmática Celulosa

Azúcares
Pared celular

• Mismas unidades estructurales básicas (células)

• Mismas macromoléculas y subunidades monoméricas
 Bioelementos: composición química de la vida

Corteza terrestre Cuerpo humano

Elemento % Elemento %
O 47 H 63
Si 28 O 25.5
Al 7.9 C 9.5
Fe 4.5 N 1.4
Ca 3.5 Ca 0.31
Na 2.5 P 0.22
K 2.5 Cl 0.08
Mg 2.2 K 0.06
Ti 0.46 S 0.05
H 0.22 Na 0.03
C 0.19 Mg 0.01

• La química de los organismos vivos se organiza alrededor del carbono

• El carbono representa más de la mitad del peso seco de las células
 Elementos esenciales para los seres vivos

Elementos principales
Oligoelementos

Lantánidos
Actínidos

• H + O + C + N ˃ 99% de la masa de la mayoría de las células

 Biomoléculas

• Los bioelementos se unen entre sí mediante enlaces químicos

para formar las moléculas que componen la materia viva:
biomoléculas

Bioelementos

Enlaces químicos

Biomoléculas
(Inorgánicas/Orgánicas)
 Enlaces químicos

• Enlaces covalentes: son los enlaces más fuertes que están presentes en los
compuestos bioquímicos. Puedes ser:

 No polares
 Polares

• Enlaces no covalentes: enlaces más débiles que resultan esenciales para el

desarrollo de los procesos bioquímicos y el mantenimiento de la estructura y
función de muchas biomoléculas. Pueden ser:

 Interacciones electrostáticas
 Puentes de hidrógeno
 Interacciones de van der Waals
 Enlaces covalentes
• No polares:
Enlace covalente
• Los electrones
se comparten de
forma igualitaria
• Átomos con igual
(o muy similar)
• Polares: electronegatividad

electrones mas
cerca del O
porque es mas
electronegativo
• Los electrones se
comparten de
forma desigual

• Átomos con distinta

electronegatividad

• Los átomos adquieren

una carga parcial
 Interacciones electrostáticas
• Interacción no covalente entre un par de partículas con carga eléctrica
(iones)

• La energía (E) de la interacción entre un par de cargas q1 y q2, separadas por

una distancia r, viene determinada por la ley de Coulomb:

q1 . q2
q1 q2 E=k k: constante de
r proporcionalidad
ε . r2
cuanta mas distancia menor
sera la fuerza de atraccion
 Si q1 y q2 carga opuesta → Atracción → E = valor negativo
 Si q1 y q2 misma carga → Repulsión → E = valor positivo

• ε: constante dieléctrica. Refleja el efecto del medio circundante. Cuanto más

elevado es este valor menor es la energía de interacción. El agua tiene una
elevada constante dieléctrica (80), comparada con solventes apolares (ε˂5).
 Puentes de hidrógeno

• Interacción no covalente en el que el átomo de hidrógeno está parcialmente

compartido entre dos átomos relativamente electronegativos, como el N y
el O.

• Donador del enlace de hidrógeno: átomo al que el hidrógeno se encuentra

unido covalentemente. El H adquiere una carga parcial positiva (δ+)

• Aceptor del enlace de hidrógeno: átomo con el par de electrones libres que
interacciona electrostáticamente con el hidrógeno. Este aceptor tiene una carga
parcial negativa (δ-)

H
Puente de H
O H
 Puentes de hidrógeno
Algunos ejemplos:

Donador Aceptor
δ- δ + δ-

P
 Interacciones de van der Waals

• Interacción no covalente de dos partículas que se aproximan

• La energía de atracción (valor negativo) aumenta a medida que disminuye la

distancia entre las partículas (de dcha a izda en el eje x), hasta una distancia
máxima de acercamiento entre las partículas (distancia de van der Waals),
donde predominan las fuerzas repulsivas (energía con valor positivo) debido al
solapamiento de las nubes electrónicas más externas

• Las interacciones de van der Waals definen la distancia eficaz para el

empaquetamiento molecular
tex
 Biomoléculas

• Inorgánicas
- H2O
- Iones (NH4+, HCO3-, PO43-)
- Gases (O2, CO2,…)

• Orgánicas: formadas principalmente por C, H, O, N, P y S

Característica: cadena
- Aminoácidos (proteínas) hidrocarbonada

- Carbohidratos (polisacáridos)
- Ácidos grasos (lípidos)
- Nucleótidos (ADN, ARN)
- Metabolitos intermediarios, vitaminas, etc
 Biomoléculas

Iones, moléculas
Célula
pequeñas (4%)
bacteriana
Lípidos (2%)
ADN (1%)
30%
ARN (6%)

MACROMOLÉCULAS
70%
H2O Proteínas (15%)

Polisacáridos (2%)
 Biomoléculas inorgánicas: el agua

• El agua es la molécula más abundante en los seres vivos (≥ 70% de su peso)

• Sus propiedades físicas y químicas son esenciales para la estructura y

función de las biomoléculas con las que interacciona, así como para el
desarrollo de los procesos bioquímicos

• El agua tiene una estructura tetraédrica y es eléctricamente polar, con una

distribución de cargas asimétricas. El O tiene una carga parcial negativa
(δ-) y los dos H tienen cargas parciales positivas (δ+)
para que se polar tambien es importnate la geometria (la orientación) CO2 su geometria
es lineal por tanto no hay simetria en las cargas. Por tanto es apolar aunque tengan
distinta electronegativa sus átomos
Pares de electrones δ-
no enlazados
Pares de electrones
compartidos
δ-

δ+

δ+
 Biomoléculas inorgánicas: el agua

• Su estructura casi tetraédrica y su naturaleza dipolar permiten que el agua

forme una red dinámica de moléculas unidas por puentes de hidrógeno.
Cada molécula de agua forma puentes de H con hasta 3-4 moléculas vecinas
en estado líquido
Agua líquida
Hielo

Los enlaces de H se Los enlaces de H

mantienen estáticos con cambian cada 10 psec
4 moléculas vecinas
 Propiedades del agua: disolvente

• El agua es un disolvente muy versátil: disuelve moléculas tanto polares

como cargadas (moléculas hidrofílicas). Se reemplazan las interacciones
agua-agua por interacciones agua-soluto energéticamente más favorables

 Forma puentes de hidrógeno con una gran variedad de

biomoléculas con grupos polares no cargados que actúan como
aceptores o donadores del enlace

Glucosa disuelta
en agua
 Propiedades del agua: disolvente

 Establece interacciones iónicas con compuestos cargados. La

naturaleza dipolar del agua permite la hidratación de compuestos
iónicos. El agua se agrupa alrededor de los iones debilitando las
interacciones electrostáticas entre ellos y la formación de redes cristalinas

NaCl disuelto en
agua
 Propiedades del agua: disolvente

• Las moléculas apolares son moléculas hidrofóbicas, no son solubles en

agua, dado que no establecen interacciones agua-soluto energéticamente
favorables. El agua establece una red regular (“jaulas”), más ordenada,
alrededor de las moléculas apolares

Molécula
apolar

• Las moléculas anfipáticas contienen regiones que son polares (o cargadas)

y regiones que son apolares. Son a la vez hidrofílicas e hidrofóbicas
Región polar y cargada
(hidrofílica)

MOLÉCULA
Moléculas de agua ANFIPÁTICA
ordenadas alrededor de
Región apolar
la región hidrofóbica
(hidrofóbica)
 Propiedades del agua: disolvente

Algunos ejemplos de biomoléculas polares, apolares y anfipáticas (formas ionizadas a pH 7)

Polar Apolar
Glucosa Cera

apolar: esqueletos
Anfipática hidrocarbonados (CH)
Fenilalanina
Glicina

Aspartato
Fosfatidilcolina

Lactato

Glicerol

Grupos Grupos apolares

polares
Que sea polar: OH, N, cargas,CO
 Propiedades del agua: disolvente

Solubilidad de algunos gases en agua

Solubilidad en
Gas Estructura Polaridad agua (g/L)

Nitrógeno Apolar

Oxígeno Apolar

Apolar
Dióxido de carbono

Amoníaco Polar

Sulfuro de hidrógeno Polar

 Las flechas representan dipolos eléctricos

 Las moléculas polares se disuelven, incluso a bajas temperaturas, mucho mejor que las
moléculas apolares a temperaturas relativamente elevadas
 Efecto hidrofóbico

• Las moléculas hidrofóbicas (apolares) tienden a asociarse unas con otras,

excluyendo al agua, para presentar la menor área posible al disolvente acuoso

• El sistema alcanza la máxima estabilidad termodinámica al minimizar el

número de moléculas de agua ordenadas que son necesarias para rodear
una molécula/región hidrofóbica (↑desorden, ↑ entropía)

Menor nº de
moléculas de agua
ordenadas
 Relevancia de las interacciones del agua con
las estructuras y moléculas biológicas

• El efecto hidrofóbico es esencial para la estructura de las membranas

biológicas, así como para la estructura tridimensional de las proteínas

• Las interacciones débiles (puentes de hidrógeno, interacciones iónicas, de van

der Waals, efecto hidrofóbico) entre el agua y las biomoléculas, así como
entre estas entre sí, son esenciales para su estructura y función

Moléculas de agua ordenadas

interaccionando con el sustrato y el
Moléculas de agua desordenadas
enzima
desplazadas por la interacción
enzima-sustrato

Sustrato

Enzima

Interacción enzima-sustrato
estabilizada por interacciones débiles
 Propiedades del agua: ionización

• El agua tiene una ligera tendencia a ionizarse. Esta tendencia la demuestra la

conductividad eléctrica que existe en el agua pura, que indica la presencia de
especies cargadas (iones)

• La ionización del agua genera un ion hidrógeno (protón, H+) y un ion

hidroxilo (OH-), en un equilibrio reversible

 En agua pura a 25ºC:  [H2O] = 55,5 M

 Keq = 1,8 x 10-16 M
constante. Si aumenta uno disminuyo el otro

Producto iónico del agua a 25ºC

 Propiedades del agua: ionización
• Los H+ no existen realmente en disolución porque son inmediatamente
hidratados a iones hidronio (H3O+)

• Como resultado de la elevada movilidad iónica del H+ (“salto de protón”), las

reacciones ácido-base en disolución acuosa son excepcionalmente rápidas
 Escala de pH

• Representa una forma de referirse a la concentración de H+ en una solución

acuosa

• En agua pura a 25ºC:

Escala de pH

 pH neutro (7): las concentraciones

de H+ y OH- son exactamente las
mismas

 Dado que Kw tiene un valor constante

(10-14 M), si la [H+] aumenta en la
disolución, la [OH-] disminuye y
viceversa
 Escala de pH

pH • Solución ácida:
pH ˂ 7 ([H+] ˃10-7 M; [H+] ˃ [OH-])
Lejía
Amoniaco
• Solución básica (alcalina):
pH ˃ 7 ([H+] ˂10-7 M; [H+] ˂ [OH-])
Básico

Bebida carbonatada
alcalosis: 7.8 muerte
Agua del mar, clara de huevo
Agua pura Neutro Sangre pH sanguíneo: 7.35 – 7.45
Leche, saliva

acidosis: 6.8 muerte

Café negro
Cerveza
Vino tinto
Ácido
Cola, vinagre

Zumo de limón
Jugo gástrico
 Ácidos y bases en disolución

• Ácidos: compuestos dadores de protones

• Bases: compuestos aceptores de protones

• Un dador de protones y su correspondiente aceptor forman un par ácido-base

conjugado

• Ácidos y bases fuertes: están completamente ionizados en soluciones

acuosas. La concentración del H+ o del OH- será la misma que la del ácido o
base añadido
Ácido fuerte: HCl H+ + Cl-
Base fuerte: NaOH Na+ + OH-

• Ácidos y bases débiles: NO están completamente ionizados en soluciones

acuosas y el par ácido-base conjugado se relacionan por una reacción
reversible:

Base conjugada: puede

Ácido débil aceptar de nuevo un H+ y
formar de nuevo el ácido
 Constante de disociación y pKa

• Los ácidos y bases débiles forman parte de los sistemas biológicos

• Muchos grupos funcionales presentes en las proteínas, ácidos nucleicos,

coenzimas y metabolitos intermediarios son ácidos o bases débiles

• El conocimiento de la disociación de ácidos y bases débiles es esencial para

entender la influencia del pH intracelular sobre la estructura y la actividad
biológica

• La fuerza relativa de los ácidos y bases débiles viene definida por la

constante ácida de disociación Ka. Las fuerzas relativas de bases se
expresan en términos de la Ka de sus ácidos conjugados

 Ka: Constante de equilibrio que (Keq) que define la tendencia de

cualquier ácido (HA) a perder un H+ y formar su base conjugada (A-)
 Constante de disociación y pKa

• Los ácidos más fuertes tienen constantes de disociación más altas:

• Dado que los valores numéricos de Ka para ácidos débiles son números
exponenciales negativos, al igual que sucede con la escala de pH, Ka se
expresa como pKa, donde:

 Los ácidos más fuertes tienen pKa más bajos

 pKa de compuestos polipróticos
• Para compuestos polipróticos que contienen más de un protón disociable, se asigna
un número subíndice a cada disociación, en orden decreciente de acidez relativa

1 2

1 2

1 3
2
 Cálculo del pH

• La ecuación de Henderson-Hasselbalch nos permite calcular el pH de

disoluciones acuosas en las que intervienen ácidos o bases débiles,
conociendo su pKa y su concentración molar en la disolución

1º Despejamos [H+] 2º Tomamos logaritmos negativos

3º Sustituimos
Ecuación de Henderson-Hasselbalch por pH y pKa

4º invertir
saber aplicar –log [HA]/[A-]
 Tamponamiento contra los cambios de
pH en los sistemas biológicos

• Un cambio de pH, es decir, en la [H+], alterará los equilibrios de los ácidos

y bases débiles presentes en las biomoléculas, cambiando su estado de
protonación y con ello la estructura y función de dichas biomoléculas

• Los sistemas tampón proporcionan la primera línea de defensa del organismo

contra los cambios de pH interno. Resisten los cambios de pH producidos
por la adición de H+ u OH-

• Los sistemas tampón están formados por una mezcla de un ácido o base
débil y su forma conjugada

• En las células y los tejidos, los sistemas tampón de fosfato y bicarbonato

mantienen los fluidos intracelulares y extracelulares en su pH óptimo
(entre 6.9 y 7.4 para la mayoría de los compartimentos). También el
aminoácido histidina de las proteínas tiene capacidad de tamponamiento
 Biomoléculas

• Inorgánicas
- H2O
- Iones (NH4+, HCO3-, PO43-)
- Gases (O2, CO2,…)

• Orgánicas: formadas principalmente por C, H, O, N, P y S

- Aminoácidos (proteínas)
- Carbohidratos (polisacáridos)
- Ácidos grasos (lípidos)
- Nucleótidos (ADN, ARN)
- Metabolitos intermediarios, vitaminas, etc
 Biomoléculas orgánicas: compuestos
derivados del carbono
• La versatilidad del carbono para formar enlaces simples muy estables
con hasta otros 4 átomos, así como formar enlaces dobles y triples, ha sido
esencial desde el punto de vista biológico

• Molécula orgánica: contiene enlaces covalentes carbono-carbono y/o

carbono-hidrógeno
 Biomoléculas orgánicas: compuestos
derivados del carbono
• Ningún otro elemento químico puede formar moléculas de tamaños, formas y
composición tan diferentes

• Los átomos de carbono enlazados covalentemente en las biomoléculas

pueden formar cadenas lineares, ramificadas y estructuras circulares

Ácido graso
Glucosa
Grupos funcionales comunes en las biomoléculas

• La mayor parte de las biomoléculas son derivados de los hidrocarburos

con los átomos de H reemplazados por grupos funcionales

• Grupos funcionales: conjunto de átomos que confieren propiedades

químicas específicas a la molécula y dan lugar a las diferentes familias de
compuestos orgánicos

• Familias más comunes de compuestos orgánicos:

 Alcoholes: contienen grupos funcionales hidroxilo

 Aminas: contienen grupos funcionales amino
 Aldehídos y cetonas: contienen grupos funcionales carbonilo
 Ácidos carboxílicos: contienen grupos funcionales carboxilo
Grupos funcionales comunes en las biomoléculas

Carbonilo Amino
(aldehído)
Metilo

Carbonilo
Amido
(cetona)

Etilo
Carboxilo
Sulfhidrilo

Disulfuro
Fenilo Hidroxilo
(alcohol)
Tioéster
tio se
Éter
asocia al
azufre

Éster
R: cualquier sustituyente, Fosforilo
lo más común es un grupo
que contiene carbono
 Biomoléculas polifuncionales

• Muchas biomoléculas son polifuncionales: contienen dos o más tipos de

grupos funcionales

Amino
Derivado de
imidazol
Fosfoanhídrido
Tioéster Amido Amido

parte acetilo parte coenzima A Hidroxilo

Fosforilo

Acetil-coenzima A
 Tipos de biomoléculas orgánicas

• Moléculas pequeñas: moléculas orgánicas de masa molecular entre 100 y

500 daltons (Da). Son los metabolitos de las rutas centrales del metabolismo

• Macromoléculas: polímeros de masa molecular ˃ 5000 Da formados a

partir de la unión, mediante enlaces covalentes, de unidades más sencillas
denominadas monómeros (masa molecular ˂ 500 Da). Las interacciones no
covalentes también son esenciales para la estructura de las
macromoléculas

Enlace covalente
entre aminoácidos
(enlace peptídico)

Puentes de hidrógeno entre

aminoácidos para generar la
estructura 3D de una proteína

• Oligómeros: polímeros más cortos, de masa molecular ˂ 5000 Da

 Tipos de biomoléculas orgánicas

• Tipos de macromoléculas:

 Proteínas: polímeros de aminoácidos (monómeros)

 Polisacáridos: polímeros de azúcares (monómeros)

 Ácidos nucleicos (ADN y ARN): polímeros de nucleótidos

(monómeros)

• Los lípidos NO son macromoléculas, no forman polímeros, aunque

pueden formar estructuras muy grandes por asociación no covalente
(membranas celulares)
 Complejos supramoleculares

• Las macromoléculas pueden unirse entre ellas para dar lugar a

complejos supramoleculares (ej: el ribosoma)

• Las macromoléculas se asocian gracias a enlaces no covalentes

ARN

Ribosoma eucariota:
Proteínas
formado por más de 80
Hendidura macromoléculas
ARN (proteínas + ARN)
Organización jerárquica de los seres vivos

Monómeros,
biomoléculas pequeñas

Aminoácido

Macromoléculas

Proteína

Complejos supramoleculares
(ribosomas, complejos
multienzimáticos, membrana
plasmática, cromatina)

Orgánulos (núcleo, mitocondria,

retículo endoplásmico, aparato de
Golgi, vacuolas)
La célula
 Bibliografía

• LEHNINGER PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY

Nelson, D. L., Cox, M. M.
8th ed., W H Freeman & Co, 2021

• PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY
Moran, L. A., Horton, H. R., Scrimgeour, K. G., and Perry, M.
5th ed., Pearson, 2012

• BIOQUÍMICA
Mathews, C. K., van Holde, K. E., Appling, D. R. y Antony-Cahill, S. J.
4ª ed., Pearson, 2013

• BIOCHEMISTRY
Garret, R.H., Grisham, C.M.
6th ed., Brooks Cole, 2016
 Bibliografía

• BIOLOGICAL SCIENCES
Freeman, S., Qullin, K., Allison, L., Black, M., Podgorski, G., Taylor, E., Carmichael, J.
6th ed., Pearson, 2017

• ESSENTIAL CELL BIOLOGY

Alberts, B., Bray, D., Hopkin, K., Johnson, A.D., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P.
2nd ed., Garland Science, 2004

• BIOQUÍMICA. Conceptos esenciales

Feduchi, E., Blasco, I., Romero, C. S. Yáñez, I.
2ª ed., Editorial Médica Panamericana, 2015