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Aspectos moleculares de las reacciones enzimáticas: sustrato, sitio activo, grupos prostéticos,
coenzimas. Medida de la actividad enzimática: Definición de enzima, métodos de medida, definición
de unidades.
Cinética de las reacciones enzimáticas: Cinética química. Velocidad inicial de reacción (v0),
dependencia de la velocidad inicial con la concentración de enzima y sustrato. Formación del
complejo enzima-sustrato. Ecuación de Michaelis-Menten. Representaciones gráficas. Significado de
Vmax, KM, y constante catalítica kcat. Efecto del pH y la temperatura sobre la actividad enzimática.
Gráfico de doble recíprocas: determinación de Vmax y KM. Inhibidores.
A + B → C
a) ¿Cuál es la diferencia entre los siguientes vasos? ¿En cuál de los vasos la velocidad de la reacción
planteada (cantidad de producto por unidad de tiempo) será mayor?
La diferencia entre los vasos, es que en el vaso B hay mayor concentración de B (triángulos rojos) que
en el vaso A.
Por lo tanto, el vaso A tendrá una menor velocidad ya que la probabilidad de que el reactivo A se
encuentre con el B disminuye.
b) Indique cuál es la diferencia entre los siguientes vasos. ¿En cuál de ellos la velocidad de la
reacción será mayor?
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vaso 1: A + B → C
vaso 2: D + E → F
*Para resolver este ejercicio es necesario ver la animación en el libro publicado en EVA del taller
En los vasos 1 y 2 las concentraciones de reactivos son iguales, sin embargo la formación del
producto en el vaso 2 es más rápida. Esto es debido a que cada reacción tiene una constante de
velocidad de reacción (k) que depende de la naturaleza de los reactivos y la temperatura.
v = k [A] [B ]
2. Dada la siguiente reacción donde (E) es enzima, (S) el sustrato y (P) el producto de la reacción
(modelo simplificado de reacción catalizada por enzima con un solo complejo intermedio y
asumiendo que la k-2 es despreciable):
a) I ndique qué es ES y plantee la ecuación para la misma reacción en ausencia de enzima.
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b) P
lantee las ecuaciones de velocidad para cada uno de los pasos de la reacción (v1, v-1 y v2)
Ejemplo: para una reacción del tipo: A + B ↔ C, la velocidad de formación de C es: v1 = k1 [A][B] y la
velocidad de formación de A + B, v-1 = k-1 [C]
Iguale la velocidad de formación y de desaparición del complejo ES, tal como ocurre en el estado
estacionario (donde la concentración de ES se mantiene constante). Plantee la ecuación para el
cálculo de KM en estas condiciones.
v 1 = k 1 [S ] [E ]
v −1 = k −1 [ES ]
v 2 = k 2 [ES ]
El complejo ES se forma a una velocidad definida como v1. ES desaparece al volver a formar E + S con
una velocidad definida como v-1, y también al formar P con una velocidad definida como v2. En
condiciones de estado estacionario la velocidad de desaparición de ES (v-1 + v2) es la igual a la
velocidad de formación (v1 )
v 1 = v 2 + v −1
k 1 [S ] [E ] = k −1 [ES ] + k 2 [ES ]
k 1 [S ] [E ] = (k −1 + k 2 ) [ES]
[S ][E ] k −1 + k 2
[ES ]
= k1 = KM
Sustituyendo:
KM = 0.002 M
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El recíproco de kcat (1/kcat) corresponde al tiempo que dura un ciclo catalítico, es decir el tiempo que
transcurre entre la unión de un sustrato al sitio activo, su transformación en producto, y la entrada
del siguiente sustrato en condiciones de saturación (hay suficiente sustrato disponible para que
siempre haya sustrato en el sitio activo).
d) ¿Cuál es el valor de kcat de la reacción propuesta en el punto anterior? Calcule el tiempo del ciclo
catalítico de la reacción.
Para el caso de las enzimas que siguen el modelo de Michaelis-Menten la k2 corresponde al paso
limitante (paso más lento) y por lo tanto es la que define la velocidad de la reacción global, de la
catálisis. Es por eso, que en este modelo k2 corresponde a kcat.
En este ejemplo una molécula de enzima es capaz de transformar 400 moléculas del sustrato por
segundo.
Un ciclo catalítico es: 1/kcat, = 1/ 4 x 102 s-1= 0,0025 s, por lo tanto la enzima libera un producto cada
2,5 milisegundos.
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3. En el laboratorio se realiza un ensayo para determinar la actividad de una enzima que cataliza la
reacción de transformación de A en B. Observando el gráfico indique:
Figura. Formación de B en función del tiempo. Para cada serie de datos se observa un sector lineal de la gráfica (en rojo).
En el recuadro se indica la ecuación de la recta que ajusta al tramo inicial de cada gráfica.
a. ¿Cómo se calcula la velocidad de reacción? ¿Qué se mide en este caso? Indique la velocidad
inicial para cada tubo. ¿Por qué se le denomina velocidad inicial (v0)?
ΔP −ΔS
v = Δt = Δt
En este caso, el gráfico corresponde a la concentración de producto (eje de las ordenadas (Y)) por
tiempo (eje de las abscisas (x)). La pendiente de este gráfico corresponde a la velocidad.
Si observamos el gráfico, a partir del minuto 30, la relación entre la concentración de producto y el
tiempo, deja de ser lineal. Para determinar la velocidad inicial se debe medir la pendiente de la
gráfica en la región lineal (señalada en rojo). La velocidad disminuye luego de ese tiempo porque ya
se ha consumido parte del sustrato de la reacción. Por lo tanto, para determinar la velocidad inicial
de una reacción catalizada por una enzima medimos la pendiente del sector lineal inicial del gráfico,
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La velocidad está afectada por distintos factores, por lo que podemos plantear distintas hipótesis
para explicar las diferencias entre los tubos 1, 2 y 3.
c. Represente sobre el mismo gráfico lo que se observaría poniendo la mitad de enzima que en el
tubo 1.
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La pendiente del gráfico de [sustrato] en función del tiempo tendrá el mismo valor absoluto que la
del gráfico de [producto] en función del tiempo, pero con signo contrario.
ΔP −ΔS
V = Δt = Δt
Ejemplo: tubo 1.
Este gráfico se construye eligiendo un valor de concentración inicial de sustrato y tiene exactamente
la misma pendiente (pero con signo negativo) que el gráfico del ejercicio para el tubo 1.
a. Observe el siguiente gráfico y explique qué se está graficando. Explique cómo se elabora el
mismo.
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Se elabora una tabla de datos con la concentración de sustrato y la velocidad inicial determinada
para cada una.
Al graficar dichos puntos, obtenemos gráficos como los que se muestran en el ejercicio.
El gráfico correspondiente a la enzima 1, es una hipérbola rectangular que corresponde a una enzima
con cinética de Michaelis-Menten (o Michaeliana). El gráfico correspondiente a la enzima 2 es una
curva sigmoide, por lo tanto esta enzima presenta una cinética no Michaeliana (o cinética sigmoide)
La línea punteada señala el valor de velocidad máxima (en este caso ambas enzimas tienen la misma
velocidad máxima). Si cambiamos la concentración de enzima el valor de velocidad máxima cambia.
Para una concentración de sustrato igual al KM la velocidad inicial corresponde a la mitad de la
velocidad máxima. Cuando la concentración es el doble (2KM), la velocidad inicial no es el doble
porque la velocidad no varía de forma directamente proporcional a la concentración de sustrato.
f. ¿Cómo serían los valores de velocidad inicial para cada concentración de sustrato si la
concentración de enzima fuera el doble?
La velocidad es directamente proporcional a la concentración de Enzima, cada punto del gráfico que
corresponde a una concentración de sustrato tendrá el doble de velocidad.
Por lo tanto, la velocidad máxima en esta condición será el doble. No modificando el KM (parámetro
constante para cada enzima con su sustrato).
Ecuación de Michaelis-Menten.
5. Considerando una enzima con cinética Michaeliana y sabiendo que la velocidad máxima (Vmax)
para esa concentración de enzima es de 100 μM/min, determine la velocidad inicial (v0) de la
reacción para los siguientes valores de concentración de sustrato: [S]= 0,5 KM, [S]= KM, [S]= 2 KM, [S]
= 10 KM y [S]= 20 KM.
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Para este problema se debe considerar la ecuación de Michaelis-Menten y que el valor de KM
corresponde a una concentración de sustrato, por lo tanto la concentración de sustrato puede
referirse en función de ese valor.
V máxima. [S ]
vo = K M + [S ]
Sustituyendo en la ecuación.
100 · 0,5 K M
vo = K M + 0,5 K M , al sumar KM + 0,5 KM = 1,5 KM:
100. 0,5 K M
vo = 1,5 K M , pudiéndose de esta forma eliminar el término KM
100. 0,5
vo = 1,5 ,
v= 33,3 µM/min.
V máxima. [S ]
vo = K M + [S ] , sustituyendo la [S ] = 2KM que es la concentración que queremos ver.
V máxima. 2K M
vo = K M + 2K M , KM + 2KM = 3KM, sustituyendo lo anterior:
V máxima. 2K M
vo = 3K M , eliminando KM:
V máxima. 2
vo = 3
para una concentración de sustrato el doble del KM, la velocidad corresponde con 2/3 de Vmax, es
decir, un 67% de Vmax.
● [S] = 10 KM .
100 · 10K M
vo = 11K M = 1000/11 = 91 µM/min
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6. Considerando que una enzima con cinética Michaeliana cuyo KM para el sustrato es 2 x 10-5 M,
cataliza la reacción a una velocidad inicial de 35 μM/min para una concentración de sustrato de
0.01 M.
¿Cuál será la velocidad inicial para las siguientes concentraciones de sustrato: 2 x 10-6 M, 2 x 10-5
M, 2 x 10-4 M, 2 x 10-3 M y 2 x 10-2 M? ¿Qué observa en los valores de velocidad obtenidos?
Represente esquemáticamente estos valores en un gráfico v0 = f [S].
La velocidad inicial para distintas concentraciones de sustrato se puede calcular con la ecuación de
MM. Para ello necesitamos conocer los parámetros cinéticos de la enzima.
Debemos calcular el valor de Vmax y para ello también sabemos que cuando la [S]= 0,01M la Vo de la
enzima es 35 μM/min. De la ecuación de MM podemos despejar la Vmáx de la siguiente manera:
V máxima. [S ]
vo = K M + [S ] ,
V máxima. 0,01 M
35 µM /min = 2x10−5 M + 0,01M
,
despejando:
Una vez que hallamos la Vmáx, como tenemos también el Km podemos hallar la Vo para cualquier
concentración de sustrato
2 x 10 -6 M
35,07µM /min. 2 x 10 −6 M
vo = 2 x 10 −5+ 2 M x 10 −6 M = 3,18 µM/min
35,07µM /min. 2 x 10 −5 M
vo = 2 x 10 −5 M +2 x 10 −5 M = 17,5 µM/min
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2 x 10 - 4 M
35,07µM /min. 2 x 10 −4 M
vo = 2 x 10 −5 M + 2 x 10 −4 M [200] = 31,8 µM/min
2 x 10 - 3 M
35,07µM /min. 2 x 10 −3 M
vo = 2 x 10 −5 M + 2 x 10 −3 M = 34,65 µM/min
2 x 10 - 2 M
35,07µM /min. 2 x 10 −2 M
vo = 2 x 10 −5 M + 2 x 10 −2 M =34,96 µM/min
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b. Se realizó el ensayo para conocer la cinética de la invertasa con este propósito:
[Sacarosa]
10 mM 20 mM 50 mM 100 mM 200 mM 360 mM
0 0 0 0 0 0 0
Los valores de velocidad de la tabla se determinaron en condiciones de velocidad inicial. Por lo tanto, podemos
graficar la concentración de producto en función del tiempo y dicha gráfica tendrá una relación lineal. Al igual
que en el ejercicio 2, los valores de concentración de producto formado a tiempos mayores a 20 min fueron
eliminados para el cálculo de la pendiente.
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Al graficar los valores de [Glucosa] en función del tiempo, para cada tubo, obtenemos los gráficos
siguientes:
Si obtenemos la ecuación de la recta para cada uno de ellos, de la pendiente podemos determinar la
velocidad inicial para cada tubo y completar la tabla:
c. ¿Qué gráfico debe realizar para determinar el tipo de cinética (Michaeliana o no-Michaeliana) de
la enzima? Realice el gráfico. Analice que tipo de cinética corresponde.
V máxima. [S ]
vo = K M + [S ]
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d. Determine los parámetros cinéticos de la enzima. Diseñe qué gráficos debe hacer para obtener
los mismos.
Para obtener los parámetros cinéticos de la enzima (Velocidad máxima y KM) debemos utilizar el
gráfico de dobles recíprocos:
1 KM 1 1
v0 = V máx · [S] + V máx
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1 KM 1 1
v0 = V máx · [S] + V máx
1/Vmáx = 0,8612
24,3 = KM/Vmáx,
KM = 28,21 mM
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1 1
b = 29,4 = V máx
⇒ V máx = 29,4
KM
a = 4,26 = ⇒ K M = 4, 26 ·V máx = 4, 26 · 0, 034
V máx
KM= 0,145 mM
b. Calcular k2 (kcat) si la concentración de enzima en el ensayo es 8 nM, sabiendo que v0= kcat [ES] y
que por lo tanto: Vmax= kcat [Et]
Para poder hacer el cociente, pasamos los dos valores a M (molar), recordando que
1 M = 1 x 103 mM
1M = 1x 109 nM
−3
0,034 x10 M /min −1
k cat = = 4250 min
8 x10−9 M
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c. Determinar la concentración de enzima libre (EL) cuando [S] = 0,02 mM y cuando [S] = 2 mM.
¿Cuál es el % de enzima libre en ambas situaciones?
ETotal = ES + ELibre
y cuando se alcanza la Vmax es porque toda la enzima se encuentra formando complejo ES, es decir,
está saturada, no puede actuar a mayor velocidad, Etotal = ES.
Como ya conocemos el valor de kcat del ejercicio anterior, solo nos queda determinar la velocidad de
la reacción, lo cual podemos hacer utilizando la ecuación de Michaelis-Menten:
V máx . [S ]
vo = K M + [S ]
Sustituyendo los valores de Vmax y KM obtenidos en la parte a. del ejercicio y la concentración de
sustrato para los valores dados obtenemos la velocidad inicial correspondiente a cada concentración
de sustrato estudiada:
Ahora podemos sustituir en la ecuación que despejamos al principio para calcular la [ES]:
−3
v0 0,0041 x10 M /min
Para [S]= 0,02 mM: [ES] = k cat
= = 0, 96 x10−9 M = 0, 96 nM
4250 min−1
−3
v0 0,032 x10 M /min −9
Para [S]= 2 mM: [ES] = k cat
= = 7, 53x10 M = 7, 53 nM
4250 min−1
Sabiendo la concentración del complejo ES, podemos hallar la concentración de enzima libre
despejando la ecuación:
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8 nm ----- 100 %
8 nm ----- 100 %
0,47 nM ------ x = 5,87 % de la enzima se encuentra libre, casi toda la enzima se encuentra como
complejo ES, la velocidad de la reacción es cercana a velocidad máxima.
V máx . [S ]
vo = K M + [S ]
En el problema planteado, cambia la concentración de enzima total y por lo tanto también cambia
Vmax. Recordamos que:
V máx = k cat · [E t ]
El valor de KM se mantiene ya que éste es un parámetro cinético propio de la enzima y su sustrato, no
varía en función de la concentración de enzima.
Para una [E t ] = 1 x 10−8 M : V máx = k cat · [E t ] = 4250 min−1 · 1 x 10−8 M = 0, 0425 mM /min
Ahora sí, sustituímos el nuevo valor de Vmax y la concentración de sustrato dada en la ecuación de
Michaelis-Menten:
Comparando las partes d. y e. del ejercicio observamos que para una misma concentración
de sustrato, la velocidad de una reacción aumenta cuanto mayor sea la concentración de
enzima. Esto resulta lógico ya que hay más cantidad de enzima para transformar el sustrato
en producto.
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9. Se purificó una enzima a partir de un cultivo de bacterias que cataliza la reacción A→ P. Se
estudió la cinética de dicha enzima y el efecto de una molécula llamada J, siendo la concentración
de J, [J] = 0,25mM.
Para determinar KM y Vmáx es necesario realizar el gráfico de doble recíproco, por tal motivo,
generamos tres columnas con los valores inversos.
1 1 0.66 1 1 1.515151515
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Nuevamente, con la ecuación de la recta de cada uno de ellos se puede determinar la velocidad
máxima y el KM.
1 1
En presencia de J: ⇒ V máx = b (ordenada en el origen) = 0,6837 = 1, 46 nM /min
1 1
En ausencia de J: ⇒ V máx = b (ordenada en el origen) = 0,6892 = 1, 45 nM /min
b. ¿Cuál es el efecto de J sobre los parámetros cinéticos evaluados? ¿A qué tipo de modulador
corresponde J?
Con los valores obtenidos de los parámetros cinéticos podemos observar que Vmáx no varía mientras
que KM aumenta. J es un inhibidor competitivo.
Al ser J un inhibidor del tipo competitivo, cuanto mayor es la concentración del inhibidor, mayor será
el KM aparente, pero no afecta la velocidad máxima.
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0 0.00 0.00
2 0.10 0.10
4 0.22 0.70
6 0.40 1.00
8 0.80 1.70
10 1.30 2.00
12 1.80 2.20
14 2.10 2.30
16 2.40 2.35
18 2.50 2.40
20 2.55 2.45
22 2.56 2.55
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b. Analice la forma de la gráfica, ¿qué diferencia encuentra con los gráficos anteriores? ¿A qué se
debe este comportamiento?
La curva es una sigmoide. Este comportamiento se observa en enzimas con más de un sitio de unión
para el sustrato, en las que la unión de un sustrato induce un cambio conformacional en la enzima
que hace que otro de los sitios de unión tenga mayor afinidad por el sustrato, en comparación a
cuando la enzima no tiene unido ningún sustrato. Este efecto resulta en una función con forma
sigmoide. Estas enzimas presentan cooperatividad positiva en la unión al sustrato.
Una enzima Michaeliana puede tener varios sitios de unión a sustrato o solo uno. En estas enzimas la
unión de un sustrato no modifica al resto y por lo tanto no presentan cooperatividad.
c. ¿Qué sucede con la velocidad de la enzima en presencia de ADP? ¿Qué tipo de molécula es el
ADP para la enzima?
Muchas de las enzimas con cinética no michaeliana son enzimas alostéricas . Las enzimas alostéricas
tienen sitios moduladores o sitios alostéricos en los que se unen moduladores alostéricos, estos
sitios son diferentes al sitio activo donde se une el sustrato.
La unión del modulador al sitio alostérico genera un cambio en la enzima que produce un aumento o
una disminución en la actividad de la misma. Los que aumentan la actividad se denominan
moduladores alostéricos positivos, mientras que los que disminuyen la actividad se denominan
moduladores alostéricos negativos.
En este caso, la velocidad de la reacción para cada concentración de sustrato es mayor en presencia
de ADP. Por lo tanto el ADP es un modulador alostérico positivo para la PFK (enzima).
d. ¿Qué significa el valor de K0,5? Estime a partir del gráfico el valor de K0,5 en ausencia y presencia
de ADP
El K0.5 (al igual que el KM) se corresponde con la concentración de sustrato a la cual se alcanza la
mitad de Vmáx. En ausencia de ADP el valor de K0.5 corresponde aproximadamente a 10 mM, mientras
que en presencia de ADP es aproximadamente 6 mM. Por lo tanto, el ADP es un modulador
alostérico positivo que disminuye el K0.5 de la PFK.
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