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Ejercicios de Enzimas con Soluciones

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Respuestas Taller Enzimas BCM 2020

I. Enzimas- Cinética enzimática

Al finalizar el tema, el estudiante debe conocer los fundamentos teóricos referidos a:

Aspectos moleculares de las reacciones enzimáticas: sustrato, sitio activo, grupos prostéticos,
coenzimas. ​Medida de la actividad enzimática: Definición de enzima, métodos de medida, definición
de unidades.

Cinética de las reacciones enzimáticas: Cinética química. Velocidad inicial de reacción (v​0​),
dependencia de la velocidad inicial con la concentración de enzima y sustrato. Formación del
complejo enzima-sustrato. Ecuación de Michaelis-Menten. Representaciones gráficas. Significado de
V​max​, K​M​, y constante catalítica ​k​cat​. Efecto del pH y la temperatura sobre la actividad enzimática.
Gráfico de doble recíprocas: determinación de V​max​ y K​M​. Inhibidores.

Control de la Actividad Enzimática: Modulación alostérica, covalente y mediada por proteólisis.


Enzimas alostéricas: velocidad en función de la concentración de sustrato, efecto de los
moduladores.

1. Tomando en cuenta la siguiente reacción y los diagramas* responda:

A + B → C

a) ¿Cuál es la diferencia entre los siguientes vasos? ¿En cuál de los vasos la velocidad de la reacción
planteada (cantidad de producto por unidad de tiempo) será mayor?

La diferencia entre los vasos, es que en el vaso B hay mayor concentración de B (triángulos rojos) que
en el vaso A.

Por lo tanto, el vaso A tendrá una menor velocidad ya que la probabilidad de que el reactivo A se
encuentre con el B disminuye.

La concentración de los reactivos influye en la velocidad de reacción.

b) Indique cuál es la diferencia entre los siguientes vasos. ¿En cuál de ellos la velocidad de la
reacción será mayor?

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vaso 1: A + B → C

vaso 2: D + E → F

*Para resolver este ejercicio es necesario ver la animación en el libro publicado en EVA del taller

En los vasos 1 y 2 las concentraciones de reactivos son iguales, sin embargo la formación del
producto en el vaso 2 es más rápida. Esto es debido a que cada reacción tiene una constante de
velocidad de reacción (k) que depende de la naturaleza de los reactivos y la temperatura.

c) Plantee la ecuación de velocidad de la reacción.

La velocidad depende de la concentración de los reactivos y de una constante de reacción:

v = k [A] [B ]

d) ​Indique para la situación planteada en la parte a y en la parte b cuál es el parámetro de la


ecuación que es distinto. ([A], [B], k).

En el primer ejemplo la diferencia entre los recipientes es la concentración de los reactivos de la


reacción y en el segundo ejemplo es la naturaleza de los reactivos, por lo tanto varía la k de la
reacción.

2. Dada la siguiente reacción donde (E) es enzima, (S) el sustrato y (P) el producto de la reacción
(modelo simplificado de reacción catalizada por enzima con un solo complejo intermedio y
asumiendo que la k​-2​ es despreciable):

a)​ I​ ndique qué es ES y plantee la ecuación para la misma reacción en ausencia de enzima.

ES representa el complejo transitorio enzima-sustrato (es decir a la enzima unida al sustrato).


Mientras que E es la enzima libre.

En ausencia de enzima, la reacción sería: S → P

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b) ​ P
​ lantee las ​ecuaciones de velocidad​ para cada uno de los pasos de la reacción (v​1​, v​-1​ y v​2​)

Ejemplo​: ​para una reacción del tipo: A + B ​↔ ​C, la velocidad de formación de C es: v​1 = k​1 [A][B] y la
velocidad de formación de A + B, v​-1​ = k​-1​ [C]

Iguale la velocidad de formación y de desaparición del complejo ES, tal como ocurre en el estado
estacionario (donde la concentración de ES se mantiene constante). Plantee la ecuación para el
cálculo de K​M​ en estas condiciones.

v 1 = k 1 [S ] [E ]

v −1 = k −1 [ES ]

v 2 = k 2 [ES ]

El complejo ES se forma a una velocidad definida como v​1​. ES desaparece al volver a formar E + S con
una velocidad definida como v​-1​, y también al formar P con una velocidad definida como v​2​. En
condiciones de estado estacionario la velocidad de desaparición de ES (v​-1 + v​2​) es la igual a la
velocidad de formación (v​1​ )

v 1 = v 2 + v −1

Sustituyendo por las ecuaciones de arriba:

k 1 [S ] [E ] = k −1 [ES ] + k 2 [ES ]

k 1 [S ] [E ] = (k −1 + k 2 ) [ES]

[S ][E ] k −1 + k 2
[ES ]
= k1 = ​K​M

c) ​ C 7​ -1​ -1​ 4​ -1​


​ alcule K​M​ para los siguientes valores: k​1​ = 1 x 10​ M​ s​ , k​-1​ = 2 x 10​ s​ y k​2​ = 4 x 10​2​ s​-1​.

Aplicando esta definición de K​M​,

Sustituyendo:

k −1 + k 2 2 x 104 s−1 + 4 x 102 s−1


KM = k1 = 1 x 107 M −1s−1

K​M​ = 0.002 M

Analice las unidades de cada constante y las unidades de K​M

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Constante de catálisis de una enzima.

Se denomina k​cat o constante de catálisis a la constante del paso limitante de la velocidad de la


reacción global, es decir la k del paso más lento de la reacción. En el modelo planteado por Michaelis
y Menten esta corresponde a la ​k2​

La k​cat corresponde a la cantidad de moléculas de sustrato transformadas en producto en el sitio


activo por unidad de tiempo y se conoce como el número de recambio de la enzima. La unidad de k​cat
es la inversa de la unidad de tiempo (s-1​ ​, min-1,
​ , etc). Ejemplo: kcat = 500 s-1​ ​, quiere decir que esa
enzima cataliza la transformación de 500 moléculas de sustrato por segundo en su sitio activo.

El recíproco de k​cat (1/k​cat​) corresponde al tiempo que dura un ciclo catalítico, es decir el tiempo que
transcurre entre la unión de un sustrato al sitio activo, su transformación en producto, y la entrada
del siguiente sustrato en condiciones de saturación (hay suficiente sustrato disponible para que
siempre haya sustrato en el sitio activo).

d) ¿Cuál es el valor de k​cat de la reacción propuesta en el punto anterior? Calcule el tiempo del ciclo
catalítico de la reacción.

Para el caso de las enzimas que siguen el modelo de Michaelis-Menten la k​2 corresponde al paso
limitante (paso más lento) y por lo tanto es la que define la velocidad de la reacción global, de la
catálisis. Es por eso, que en este modelo k​2​ corresponde a k​cat​.

k​cat​= 4 x 10​2​ s​-1

En este ejemplo una molécula de enzima es capaz de transformar 400 moléculas del sustrato por
segundo.

Un ciclo catalítico es: 1/k​cat​, = 1/ 4 x 10​2 s​-1​= 0,0025 s, por lo tanto la enzima libera un producto cada
2,5 milisegundos.

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3. ​En el laboratorio se realiza un ensayo para determinar la actividad de una enzima que cataliza la
reacción de transformación de A en B. Observando el gráfico indique:

Figura. Formación de B en función del tiempo. Para cada serie de datos se observa un sector lineal de la gráfica (en rojo).
En el recuadro se indica la ecuación de la recta que ajusta al tramo inicial de cada gráfica.

a. ​¿Cómo se calcula la velocidad de reacción? ¿Qué se mide en este caso? Indique la velocidad
inicial para cada tubo. ¿Por qué se le denomina velocidad inicial (v​0​)?

La velocidad de una reacción se define como la variación en la concentración de productos (o de


reactivos) en el tiempo.

ΔP −ΔS
v = Δt = Δt

En este caso, el gráfico corresponde a la concentración de producto (eje de las ordenadas (Y)) por
tiempo (eje de las abscisas (x)). La pendiente de este gráfico corresponde a la velocidad.

Si observamos el gráfico, a partir del minuto 30, la relación entre la concentración de producto y el
tiempo, deja de ser lineal. Para determinar la velocidad inicial se debe medir la pendiente de la
gráfica en la región lineal (señalada en rojo). La velocidad disminuye luego de ese tiempo porque ya
se ha consumido parte del sustrato de la reacción. Por lo tanto, para determinar la velocidad inicial
de una reacción catalizada por una enzima medimos la pendiente del sector lineal inicial del gráfico,

La velocidad inicial para cada tubo:

Tubo 1: velocidad inicial = 1,081 mM/min

Tubo 2: velocidad inicial = 0,2983 mM/min

Tubo 3: velocidad inicial = 0,0114 mM/min

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b.​ ¿​ Cuál puede ser la diferencia entre los tubos 1, 2 y 3?

La velocidad está afectada por distintos factores, por lo que podemos plantear distintas hipótesis
para explicar las diferencias entre los tubos 1, 2 y 3.

1) Distintas concentraciones de sustrato: podemos considerar que el tubo 1 tenga mayor


concentración de S que el 2 y el 3. En el caso de las enzimas michaelianas la velocidad
presenta una dependencia hiperbólica con la concentración de sustrato.
2) Distintas concentraciones de enzima: cuanto mayor es la concentración de enzima mayor es
la velocidad. En este caso, si la concentración de S es la misma, la velocidad varía de forma
directamente proporcional a la concentración de enzima.
3) Distinto pH en la solución en que se realiza el ensayo: las enzimas tienen un pH óptimo en el
cual la actividad es máxima. Si estos experimentos fueron hechos a diferente pH, es
esperable que cambie la velocidad.
4) Tubos incubados a distintas temperaturas: la actividad de las enzimas también cambia
dependiendo de la temperatura.
5) Presencia de un inhibidor o un activador: puede afectar la velocidad de reacción catalizada
por la enzima explicando las diferencias en la velocidad inicial de la reacción de los tubos.

Cualquiera de las opciones planteadas es correcta.

c. ​Represente sobre el mismo gráfico lo que se observaría poniendo la mitad de enzima que en el
tubo 1.

La concentración de enzima afecta la velocidad de la reacción de manera proporcional.

Si en el tubo 1 la velocidad es de 1,081 mM/min, en presencia de la mitad de enzima la velocidad


será la mitad : 0,5405 mM/min.

En la siguiente gráfica se representa con la recta negra:

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d. ​Represente gráficamente cómo sería el resultado si se midiera la concentración del compuesto


A: [A] (mM) = f (t)

La velocidad de la reacción puede ser determinada midiendo la desaparición del sustrato en el


tiempo o la aparición de producto. La concentración de producto generado es cada tiempo es igual a
la concentración del sustrato consumido.

La pendiente del gráfico de [sustrato] en función del tiempo tendrá el mismo valor absoluto que la
del gráfico de [producto] en función del tiempo, pero con signo contrario.

ΔP −ΔS
V = Δt = Δt

Ejemplo: tubo 1.

Este gráfico se construye eligiendo un valor de concentración inicial de sustrato y tiene exactamente
la misma pendiente (pero con signo negativo) que el gráfico del ejercicio para el tubo 1.

4​- ​Cinética de Michaelis-Menten y cinética no Michaeliana (sigmoide)

a. Observe el siguiente gráfico y explique qué se está graficando. Explique cómo se elabora el
mismo.

El gráfico representa la velocidad de una reacción


enzimática en función de la concentración de sustrato.
Para obtener este gráfico se debe determinar el valor de
velocidad inicial en varios tubos que contienen diferentes
concentraciones de sustrato; el valor de velocidad inicial
de cada tubo corresponde, como vimos en el ejercicio
anterior a d[P]/dt o -d[S]/dt y se obtiene gráficamente.

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Se elabora una tabla de datos con la concentración de sustrato y la velocidad inicial determinada
para cada una.

Al graficar dichos puntos, obtenemos gráficos como los que se muestran en el ejercicio.

b. Describa el tipo de cinética para cada una de las enzimas.

El gráfico correspondiente a la enzima 1, es una hipérbola rectangular que corresponde a una enzima
con cinética de Michaelis-Menten (o Michaeliana). El gráfico correspondiente a la enzima 2 es una
curva sigmoide, por lo tanto esta enzima presenta una cinética no Michaeliana (o cinética sigmoide)

c. ¿Qué se está señalando con la línea punteada?

La línea punteada señala el valor de velocidad máxima (en este caso ambas enzimas tienen la misma
velocidad máxima). Si cambiamos la concentración de enzima el valor de velocidad máxima cambia.

d. ¿A qué corresponden los puntos A, B y C?

El punto A corresponde a la mitad de la velocidad máxima para ambas enzimas.

El punto B indica la concentración de sustrato a la cual la enzima 1 alcanza la mitad de la velocidad


máxima. Como la enzima 1 presenta una cinética michaeliana este valor se denomina K​M​.

El punto C indica la concentración de sustrato a la cual la enzima 2 alcanza la mitad de la velocidad


máxima. Como la enzima presenta una cinética no Michaeliana se denomina K​0,5​.

e. ​Observar en el gráfico cómo es la velocidad inicial cuando la concentración de sustrato es igual a


2K​M​.

Para una concentración de sustrato igual al K​M la velocidad inicial corresponde a la mitad de la
velocidad máxima. Cuando la concentración es el doble (2K​M​), la velocidad inicial no es el doble
porque la velocidad no varía de forma directamente proporcional a la concentración de sustrato.

f. ¿Cómo serían los valores de velocidad inicial para cada concentración de sustrato si la
concentración de enzima fuera el doble?

La velocidad es directamente proporcional a la concentración de Enzima, cada punto del gráfico que
corresponde a una concentración de sustrato tendrá el doble de velocidad.

Por lo tanto, la velocidad máxima en esta condición será el doble. No modificando el K​M (parámetro
constante para cada enzima con su sustrato).

Ecuación de Michaelis-Menten.

5. ​Considerando una enzima con cinética Michaeliana y sabiendo que la velocidad máxima (V​max​)
para esa concentración de enzima es de 100 μM/min, determine la velocidad inicial (v​0​) de la
reacción para los siguientes valores de concentración de sustrato: [S]= 0,5 K​M​, [S]= K​M​, [S]= 2 K​M​, [S]
= 10 K​M​ y [S]= 20 K​M​.

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Para este problema se debe considerar la ecuación de Michaelis-Menten y que el valor de K​M
corresponde a una concentración de sustrato, por lo tanto la concentración de sustrato puede
referirse en función de ese valor.

Utilizando la ecuación de Michaelis-Menten:

V máxima. [S ]
vo = K M + [S ]

Sustituyendo en la ecuación.

100 · 0,5 K M
vo = K M + 0,5 K M , ​al sumar K​M​ + 0,5 K​M​ = 1,5 K​M​:

100. 0,5 K M
vo = 1,5 K M , ​pudiéndose de esta forma eliminar el término K​M

100. 0,5
vo = 1,5 ,

v= 33,3 µM/min.

Si se realiza el mismo razonamiento para las siguientes concentraciones obtendremos:

● Para [S]= K​M

V = 50 µM/min, además de matemáticamente, este dato lo conocíamos porque cuando la


concentración de sustrato se corresponde con el K​M​, tenemos la mitad de velocidad máxima.

● Para [S]= 2K​M

V máxima. [S ]
vo = K M + [S ] , ​sustituyendo la [S ] = 2K​M​ que es la concentración que queremos ver.

V máxima. 2K M
vo = K M + 2K M , K​M​ + 2K​M​ = 3K​M​, sustituyendo lo anterior:

V máxima. 2K M
vo = 3K M , eliminando K​M​:

V máxima. 2
vo = 3

para una concentración de sustrato el doble del K​M​, la velocidad corresponde con 2/3 de V​max​, es
decir, un 67% de V​max​.

● [S] = 10 K​M .​

100 · 10K M
vo = 11K M = 1000/11 = 91 µM/min

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A medida que aumenta la concentración de sustrato el valor de velocidad inicial se aproxima en


forma asintótica al valor máximo (Vmax). Desde el punto de vista experimental para estudiar una
enzima a velocidad máxima se usan una concentración de sustrato mayor o igual a 10 K​M

6. ​Considerando que una enzima con cinética Michaeliana cuyo K​M para el sustrato es 2 x 10​-5 M,
cataliza la reacción a una velocidad inicial de 35 μM/min para una concentración de sustrato de
0.01 M.

¿Cuál será la velocidad inicial para las siguientes concentraciones de sustrato: 2 x 10​-6 M, 2 x 10​-5
M, 2 x 10​-4 M, 2 x 10​-3 ​M y 2 x 10​-2 M? ¿Qué observa en los valores de velocidad obtenidos?
Represente esquemáticamente estos valores en un gráfico v​0​ = f [S].

La velocidad inicial para distintas concentraciones de sustrato se puede calcular con la ecuación de
MM. Para ello necesitamos conocer los parámetros cinéticos de la enzima.

En el enunciado está el valor de K​M ​ que es 2 x 10 -5​​ M

Debemos calcular el valor de Vmax y para ello también sabemos que cuando la [S]= 0,01M la Vo de la
enzima es 35 μM/min. De la ecuación de MM podemos despejar la Vmáx de la siguiente manera:

V máxima. [S ]
​ vo = K M + [S ] ,

V máxima. 0,01 M
35 µM /min = 2x10−5 M + 0,01M
,

despejando:

V​max​ = 35,07 µM/min. (*)

Una vez que hallamos la Vmáx, como tenemos también el Km podemos hallar la Vo para cualquier
concentración de sustrato

Tomando en cuenta que:

● las unidades de velocidad inicial y Vmax deben ser las mismas


● las unidades de [S] y K​M​ son las mismas.

2 x 10 -6​​ M

35,07µM /min. 2 x 10 −6 M
vo = 2 x 10 −5+ 2 M x 10 −6 M = ​3,18 µM/min

2 x 10 -5​ M - concentración igual al K​M , la velocidad debe corresponder a la mitad de la velocidad


máxima:

35,07µM /min. 2 x 10 −5 M
vo = 2 x 10 −5 M +2 x 10 −5 M = ​17,5 µM/min

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2 x 10 -​​ 4​ ​M

35,07µM /min. 2 x 10 −4 M
vo = 2 x 10 −5 M + 2 x 10 −4 M [200] = ​31,8 µM/min

2 x 10 -​​ 3​ ​M

35,07µM /min. 2 x 10 −3 M
vo = 2 x 10 −5 M + 2 x 10 −3 M = ​34,65 µM/min

2 x 10 -​​ 2​ ​M

35,07µM /min. 2 x 10 −2 M
vo = 2 x 10 −5 M + 2 x 10 −2 M =​34,96 µM/min

Al graficar se observa que en concentraciones de sustrato mayores a 10K​M​, la velocidad es cercana a


la velocidad máxima, no pudiendo superar dicha velocidad. Esto se debe a que la enzima se
encuentra saturada.

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7. En el laboratorio de clases prácticas se trabaja con un preparado de enzima invertasa extraída


de levaduras. Esta enzima cataliza la hidrólisis de la sacarosa.

a.​ ¿​ Cuáles son los sustratos y los productos de esta reacción?

El sustrato es la sacarosa y los productos son la glucosa y la fructosa.

b. ​Se realizó el ensayo para conocer la cinética de la invertasa con este propósito:

Se prepararon tubos con diferentes concentraciones de sacarosa (sustrato) manteniendo fija la


concentración de enzima (50 nM). Para cada tubo se determinó la concentración de Glucosa a
diferentes tiempos. Los resultados se presentan en la siguiente tabla:

[Sacarosa]
10 mM 20 mM 50 mM 100 mM 200 mM 360 mM

Tiempo (min) [Glucosa]​ (mM)

0 0 0 0 0 0 0

2 0,6 1 1,5 1,88 2,08 2,16

4 1,2 2 3 3,76 4,16 4,32

6 1,8 3 4,5 5,64 6,24 6,48

8 2,4 4 6 7,52 8,32 8,64

10 3 5 7,5 9,4 10,4 10,8

12 3,6 6 9 11,28 12,28 12,68

14 4,2 7 10,5 13,16 14,16 14,56

16 4,8 8 12 15,04 16,04 16,44

18 5,4 9 13,5 16,92 17,92 18,32

20 6 10 15 18,8 19,8 20,2

Los valores de velocidad de la tabla se determinaron en condiciones de velocidad inicial. Por lo tanto, podemos
graficar la concentración de producto en función del tiempo y dicha gráfica tendrá una relación lineal. Al igual
que en el ejercicio 2, los valores de concentración de producto formado a tiempos mayores a 20 min fueron
eliminados para el cálculo de la pendiente.

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Al graficar los valores de [Glucosa] en función del tiempo, para cada tubo, obtenemos los gráficos
siguientes:

Si obtenemos la ecuación de la recta para cada uno de ellos, de la pendiente podemos determinar la
velocidad inicial para cada tubo y completar la tabla:

c. ¿Qué gráfico debe realizar para determinar el tipo de cinética (Michaeliana o no-Michaeliana) de
la enzima? Realice el gráfico. Analice que tipo de cinética corresponde.

Se grafica la velocidad inicial en función de la concentración de sustrato. El gráfico es una hipérbola


rectangular, por lo tanto se trata de una enzima con cinética Michaeliana.

V máxima. [S ]
vo = K M + [S ]

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d. Determine los parámetros cinéticos de la enzima. Diseñe qué gráficos debe hacer para obtener
los mismos.

Para obtener los parámetros cinéticos de la enzima (Velocidad máxima y K​M​) debemos utilizar el
gráfico de dobles recíprocos:

1 KM 1 1
v0 = V máx · [S] + V máx

En el eje de las y : 1/velocidad inicial

En el eje de las x: 1/[Sustrato]

A partir de la ecuación de la recta del gráfico podemos determinar K​M y​ Vmáx.

Se debe completar la tabla de datos para realizar el gráfico:

por ejemplo: [S]= 10 mM, 1/[S] = 1/10 = 0.1 mM​-1.

Para [S]= 0 no hay valor en esta tabla porque 1/0 no existe

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Al graficar obtenemos una recta:

El gráfico de dobles recíprocos se corresponde con la ecuación:

1 KM 1 1
v0 = V máx · [S] + V máx

Cuya expresión es la ecuación de una recta: y = a · x + b


KM 1
Donde: a (pendiente) = V máx , y b (ordenada en el origen)= V máx

La ecuación de la recta: y = 24,3 x + 0,8612

Pendiente = 24,3 = K​M​/Vmáx

Ordenada en el origen = 0,8612 = 1/Vmáx.

1/Vmáx = 0,8612

Vmáx = 1/0,8612 = ​1,161 mM/min

24,3 = K​M​/Vmáx,

Para obtener K​M​, se sustituye el valor de Vmáx: 24,3 . 1,161 = K​M

K​M​ = 28,21 mM

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8. Se estudió la cinética enzimática de la tripsina. Obteniendo el siguiente gráfico de dobles


recíprocos.

a. Determine la velocidad máxima (V​máx​) y el K​M​ de la enzima.

Primero despejamos V​max​ de la ordenada en el origen:

1 1
b = 29,4 =​ V máx
⇒ V máx = 29,4

V​max​= 0,034 mM/min

Y luego K​M​ de la pendiente:

KM
a = 4,26 = ⇒ K M = 4, 26 ·V máx = 4, 26 · 0, 034
V máx

K​M​= 0,145 mM

b. Calcular k​2 (k​cat​) si la concentración de enzima en el ensayo es 8 nM, sabiendo que v​0​= k​cat [ES] y
que por lo tanto: V​max​= k​cat​ [E​t​]

Habiendo calculado la V​max​ y sabiendo la concentración de enzima podemos determinar la k​cat​ :

V máx 0,034 mM /min


V máx = k cat · [E t ] ⇒ k cat = [E t ]
= 8 nM

Para poder hacer el cociente, pasamos los dos valores a M (molar), recordando que

1 M = 1 x 10​3​ mM

1M = 1x 10​9​ nM
−3
0,034 x10 M /min −1
k cat = = 4250 min
8 x10−9 M

La enzima estudiada cataliza la transformación de 4250 moléculas de sustrato por minuto.

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c. ​Determinar la concentración de enzima libre (E​L​) cuando [S] = 0,02 mM y cuando [S] = 2 mM.
¿Cuál es el % de enzima libre en ambas situaciones?

Debemos considerar que para cada valor de concentración de S se cumple que:

E​Total​ = ES + ELibre

y cuando se alcanza la V​max es porque toda la enzima se encuentra formando complejo ES, es decir,
está saturada, no puede actuar a mayor velocidad, E​total​ = ES.

Para determinar la proporción de enzima libre sabiendo la concentración de enzima total


necesitamos conocer la concentración de ES, que podemos despejar de la siguiente ecuación:
v0
v 0 = k cat · [ES] ⇒ [ES] = k cat

Como ya conocemos el valor de k​cat del ejercicio anterior, solo nos queda determinar la velocidad de
la reacción, lo cual podemos hacer utilizando la ecuación de Michaelis-Menten:

V máx . [S ]
vo = K M + [S ]

Sustituyendo los valores de V​max y K​M obtenidos en la parte a. del ejercicio y la concentración de
sustrato para los valores dados obtenemos la velocidad inicial correspondiente a cada concentración
de sustrato estudiada:

V máx . [S ] 0,034 mM /min . 0,02 mM


Para [S]= 0,02 mM: v o = K M + [S ]
= 0,145 mM + 0,02 mM
= 0, 0041 mM /min

V máx . [S ] 0,034 mM /min . 2 mM


Para [S]= 2 mM: v o = K M + [S ]
= 0,145 mM + 2 mM
= 0, 032 mM /min

Ahora podemos sustituir en la ecuación que despejamos al principio para calcular la [ES]:
−3
v0 0,0041 x10 M /min
Para [S]= 0,02 mM: [ES] = k cat
= = 0, 96 x10−9 M = 0, 96 nM
4250 min−1

−3
v0 0,032 x10 M /min −9
Para [S]= 2 mM: [ES] = k cat
= = 7, 53x10 M = 7, 53 nM
4250 min−1

Sabiendo la concentración del complejo ES, podemos hallar la concentración de enzima libre
despejando la ecuación:

[E t ] = [E libre ] + [ES] ⇒ [E libre ] = [E t ] − [ES]

La concentración de enzima total es 8 nM, por lo que:

Para [S]= 0,02 mM: [E libre ] = [E t ] − [ES] ⇒ [E libre ] = 8 nM − 0, 96 nM = 7, 04 nM

Para [S]= 2 mM: [E libre ] = [E t ] − [ES] ⇒ [E libre ] = 8 nM − 7, 53 nM = 0, 47 nM

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Para determinar el porcentaje de enzima libre:

8 nm ----- 100 %

7,04 ------ x = 88 % de la enzima es E libre cuando la concentración de sustrato es igual a 0,02 mM

Para una concentración de sustrato 2 mM

8 nm ----- 100 %

0,47 nM ------ x = 5,87 % de la enzima se encuentra libre, casi toda la enzima se encuentra como
complejo ES, la velocidad de la reacción es cercana a velocidad máxima.

d. Estas velocidades de reacción fueron obtenidas en presencia de una concentración 8 x 10​-9 M de la


enzima. ¿Cuál sería la velocidad de reacción para [S] = 0,02 mM si la concentración de enzima
hubiese sido 1 x 10​-8​ M? Justifique su respuesta.

Para hallar la velocidad de reacción usamos la ecuación de Michaelis-Menten:

V máx . [S ]
vo = K M + [S ]

En el problema planteado, cambia la concentración de enzima total y por lo tanto también cambia
V​max​. Recordamos que:

V máx = k cat · [E t ]

El valor de K​M se mantiene ya que éste es un parámetro cinético propio de la enzima y su sustrato, no
varía en función de la concentración de enzima.

Entonces, calculamos el nuevo valor de V​max​:

Para una [E t ] = 1 x 10−8 M : V máx = k cat · [E t ] = 4250 min−1 · 1 x 10−8 M = 0, 0425 mM /min

Ahora sí, sustituímos el nuevo valor de ​V​max y la concentración de sustrato dada en la ecuación de
Michaelis-Menten:

V máx . [S ] 0,0425 mM /min . 0,02 mM


Para [S] = 0,02 mM: v o = K M + [S ]
= 0,145 mM + 0,02 mM
= 0, 0052 mM /min

Comparando las partes d. y e. del ejercicio observamos que para una misma concentración
de sustrato, la velocidad de una reacción aumenta cuanto mayor sea la concentración de
enzima. Esto resulta lógico ya que hay más cantidad de enzima para transformar el sustrato
en producto.

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9. ​Se purificó una enzima a partir de un cultivo de bacterias que cataliza la reacción A→ P. Se
estudió la cinética de dicha enzima y el efecto de una molécula llamada J, siendo la concentración
de J, [J] = 0,25mM.

v​0 ​ (nM P/min) en presencia


[A] (mM) v​0 ​ (nM P/ min)
de J (0.25 mM)

1,00 1,00 0,66

0,55 0,71 0,41

0,25 0,50 0,25

0,20 0,40 0,19

a. Determinar K​M y V​max en las condiciones del estudio en ausencia y en presencia de J.


Representar ambas condiciones en el mismo gráfico.

Para determinar KM y Vmáx es necesario realizar el gráfico de doble recíproco, por tal motivo,
generamos tres columnas con los valores inversos.

V (nM/min) en 1/v (min/nM) en


[A] mM Vo (nM/min) 1/[A] (1/mM) 1/V (min/nM)
presencia de J presencia de J

1 1 0.66 1 1 1.515151515

0.55 0.71 0.41 1.818181818 1.408450704 2.43902439

0.25 0.5 0.25 4 2 4

0.2 0.4 0.19 5 2.5 5.263157895

A continuación se presentan los resultados en el gráfico de Lineweaver-Burk (dobles recíprocos): les


incorporamos en este caso una gráfica donde se ve la el corte en el eje de las ordenadas para que se pueda
apreciar que ambas rectas cortan el eje en el mismo valor (1/Vmax )

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Nuevamente, con la ecuación de la recta de cada uno de ellos se puede determinar la velocidad
máxima y el K​M​.
1 1
En presencia de J: ⇒ V máx = b (ordenada en el origen) = 0,6837 = 1, 46 nM /min

⇒ K M = a (pendiente) · V máx = 0, 8870 · 1, 46 = 1, 30 mM

1 1
En ausencia de J: ⇒ V máx = b (ordenada en el origen) = 0,6892 = 1, 45 nM /min

⇒ K M = a (pendiente) · V máx = 0, 3513 · 1, 45 = 0, 51 mM

b. ¿Cuál es el efecto de J sobre los parámetros cinéticos evaluados? ​¿A qué tipo de modulador
corresponde J?

Con los valores obtenidos de los parámetros cinéticos podemos observar que V​máx no varía mientras
que K​M​ aumenta. J es un inhibidor competitivo.

c. ¿Cuál sería el efecto de aumentar la concentración de J sobre la V​max​?

Al ser J un inhibidor del tipo competitivo, cuanto mayor es la concentración del inhibidor, mayor será
el K​M​ aparente, pero no afecta la velocidad máxima.

10- Cinética del tipo No Michaeliana (sigmoide) y modulación alostérica

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En la tabla se muestran valores de velocidad inicial (v​0​) en función de concentración de S ([S]) en


ausencia y en presencia de ADP para una enzima de la glucólisis.

v​0​ con ADP


v​0​ (mM/min)
[S] (mM) (mM/min)

0 0.00 0.00

2 0.10 0.10

4 0.22 0.70

6 0.40 1.00

8 0.80 1.70

10 1.30 2.00

12 1.80 2.20

14 2.10 2.30

16 2.40 2.35

18 2.50 2.40

20 2.55 2.45

22 2.56 2.55

a. Realice la gráfica de v​0​ en función de [S] (en ausencia y en presencia de ADP)

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b. Analice la forma de la gráfica, ¿qué diferencia encuentra con los gráficos anteriores? ¿A qué se
debe este comportamiento?

La curva es una sigmoide. Este comportamiento se observa en enzimas con más de un sitio de unión
para el sustrato, en las que la unión de un sustrato induce un cambio conformacional en la enzima
que hace que otro de los sitios de unión tenga mayor afinidad por el sustrato, en comparación a
cuando la enzima no tiene unido ningún sustrato. Este efecto resulta en una función con forma
sigmoide. Estas enzimas presentan cooperatividad positiva en la unión al sustrato.

Una enzima Michaeliana puede tener varios sitios de unión a sustrato o solo uno. En estas enzimas la
unión de un sustrato no modifica al resto y por lo tanto no presentan cooperatividad.

c. ¿Qué sucede con la velocidad de la enzima en presencia de ADP? ¿Qué tipo de molécula es el
ADP para la enzima?

Muchas de las enzimas con cinética no michaeliana son enzimas alostéricas . Las enzimas alostéricas
tienen sitios moduladores o sitios alostéricos en los que se unen moduladores alostéricos, estos
sitios son diferentes al sitio activo donde se une el sustrato.

La unión del modulador al sitio alostérico genera un cambio en la enzima que produce un aumento o
una disminución en la actividad de la misma. Los que aumentan la actividad se denominan
moduladores alostéricos positivos, mientras que los que disminuyen la actividad se denominan
moduladores alostéricos negativos.

En este caso, la velocidad de la reacción para cada concentración de sustrato es mayor en presencia
de ADP. Por lo tanto el ADP es un modulador alostérico positivo para la PFK (enzima).

d. ¿Qué significa el valor de K​0,5​? Estime a partir del gráfico el valor de K​0,5 en ausencia y presencia
de ADP

El K​0.5 (al igual que el K​M​) se corresponde con la concentración de sustrato a la cual se alcanza la
mitad de V​máx​. En ausencia de ADP el valor de K​0.5 corresponde aproximadamente a 10 mM, mientras
que en presencia de ADP es aproximadamente 6 mM. Por lo tanto, el ADP es un modulador
alostérico positivo que disminuye el K​0.5​ de la PFK.

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