MAGISTER EN CIENCIAS QUIMICO BIOLOGICAS.
INFORMÁTICA APLICADA A SOLUCIONES CIENTÍFICAS
CLASE PRACTICA
CONOCIENDO EL SOFTWARE GAUSSIAN
Karina Muñoz Becerra
Doctora en Química
4 de agosto, 2023.
OBJETIVOS DE APRENDIZAJE
- Reconocer conceptos generales que serán útiles para el trabajo práctico.
- Explorar el software Gaussian: G09 / GaussianView.
- Construir un archivo de entrada (*gjf) para la optimización de una molécula pequeña.
- Analizar los datos del archivo de salida (*log) obtenido.
- Construir contornos superficiales (orbitales y superficie de potencial electrostático, ESP)
- Realizar de forma independiente cálculos de optimización + frecuencia de una molécula que
será asignada.
- Entrega de informe con análisis sistemático de sus datos.
OBJETIVOS DE APRENDIZAJE
- Reconocer conceptos generales que serán útiles para el trabajo práctico.
CONCEPTOS GENERALES
En mecánica cuántica, el sistema microscópico está descrito mediante la ecuación de Schröedinger,
independiente del tiempo (1).
Hamiltoniano
Energía total del sistema
Aproximación de Born-Oppenheimer
Energía potencial
inter-electrónica
(término complicado)
CONCEPTOS GENERALES
HARTREE FOCK (HF)
Es el punto de partida para la utilización de orbitales atómicos y moleculares en sistemas poli-electrónicos.
Epotencial(interelectrónica)
Epotencial(e-núcleo.carga Ze´)
Ecinética
J = termino debido a la integral de Coulomb.
K = intergral de intercambio.
NO CONSIDERA LA CORRELACIÓN ELECTRÓNICA
CONCEPTOS GENERALES
CORRELACIÓN ELECTRÓNICA.
HF trata el movimiento de los electrones independientes unos de otros.
Se deben considerar las interacciones instantáneas entre los electrones.
Se dice que el movimiento de electrones está correlacionado entre sí, por lo que se debe incluir la
correlación electrónica en la función de onda que describe al sistema en estudio.
ECorrelación = Eexperimental - EHF
CONCEPTOS GENERALES
HF entrega resultados satisfactorios para una gran variedad de comparaciones termoquímicas y
cinéticas.
Limitaciones:
• Reacciones donde existe generación o rompimiento de enlaces (no considera correlación
electrónica) (diferencia errónea entre energía de reactantes y TS)
• No adecuado para el estudio de moléculas que posean metales de transición.
• No es un método práctico para moléculas con demasiado átomos (>100).
CONCEPTOS GENERALES
TEORÍA FUNCIONAL DE LA DENSIDAD (DFT) (B3LYP)
Para sistemas mas complejos.
Calcula la densidad de probabilidad electrónica del estado fundamental ρo, obteniendo así la energía
electrónica del estado fundamental E0, a partir de ρ0.
Funcional híbrido Define el funcional de la energía de
correlación de intercambio.
B3LYP Funcionales de correlación de
gradiente corregido
Funcional de intercambio de Lee-Yang-Parr
gradiente corregido
Becke
CONCEPTOS GENERALES
TEORÍA FUNCIONAL DE LA DENSIDAD (DFT) (B3LYP)
Entrega buenas descripciones de la termoquímica de reacciones en las que ocurre rompimiento o generación de
enlaces, y para cálculos de energía de activación.
Adecuado para moléculas de mayor tamaño.
Cálculos para sistemas inorgánicos y organometálicos.
Limitaciones:
• Cálculos en sistemas muy pequeños.
• Optimización geométrica y optimización de estado de transición donde la superficie de energía potencial de la
reacción es poco pronunciada.
CONCEPTOS GENERALES
BASE DE CÁLCULO (orbitales atómicos)
Los átomos no hidrogenoides se
complementan con 6 funciones de
polarización gaussianas tipo-d
6 - 31 G*
Hay dos funciones de base
(combinación lineal de dos
6 funciones gaussianas que van a
gaussianas)
describir los OA de capa interna
Para cada OA de capa de valencia
Conjunto de Bases de Polarización
CONCEPTOS GENERALES
ESPECTROSCOPÍA FT-IR
• Región del Infrarrojo = 750 nm
• Espectroscopía de absorción Frecuencias vibracionales
• Composición de la muestra.
Oscilador Harmónico simple Oscilador Harmónico cuántico
F = Fuerza del resorte
x = Deslazamiento
k = Constante de fuerza (resistencia a la deformación)
La energía está cuantizada.
La energías mas baja no coincide con el mínimo de energía potencial (n=0; E0=hν/2).
Se hacer una corrección.
CONCEPTOS GENERALES
ESPECTROSCOPÍA FT-IR
Los enlaces de las moléculas no son rígidos, se pueden estirar y flexionar (stretching y bending).
Sus energías vibracionales se relacionan con niveles cuánticos de energías, al igual que sus
estados electrónicos.
Transiciones entre estados de energía vibracionales se pueden inducir mediante una radiación
infrarroja.
Mayor energía
Energía del enlace
Frecuencia de stretching de un enlace covalente
entre dos átomos de masa m1 y m2
ν = frecuencia (cm-1)
Proporcional a la
fuerza del enlace f = constante de fuerza
covalente. c = velocidad de la luz
CONCEPTOS GENERALES
ESPECTROSCOPÍA FT-IR
La determinación de frecuencias vibracionales mediante métodos computacionales
ab initio se ha vuelto una herramienta fundamental en la química.
Frecuencias vibracionales obtenidas de forma teórica son mayores en magnitud que
las observadas experimentalmente.
Esta sobreestimación de las frecuencias vibracionales es relativamente uniforme
No considera la anarmonicidad Incompleta incorporación de la
correlación electrónica (HF)
Factor de escalada
El uso de factores de escala permiteTiende a sobreestimar
obtener las frecuencias
frecuencias vibracionales
vibracionales e información
termodinámica precisa con métodos computacionales no tan costosos.
La aplicación de éstos factores a moléculas de tamaño moderado es posible.
CONCEPTOS GENERALES
ESPECTROSCOPÍA FT-IR
Obtenidos en base a 1066 frecuencias (122
J. Phys. Chem., Vol. 100, No. 41, 1996, 16502-16513
moléculas)
OBJETIVOS DE APRENDIZAJE
- Explorar el software Gaussian: G09 / GaussianView.
- Construir un archivo de entrada (*gjf) para la optimización de una molécula pequeña.
- Analizar los datos del archivo de salida (*log) obtenido.
METODOLOGÍA DE TRABAJO
Para un sistema molecular (H2O), realizar el cálculo de optimización de geometría + frecuencia y
determinación de propiedades electrónicas al nivele de cálculo Funcional de la Densidad
(DFT)(B3LYP) usando la base de orbitales atómicos 6-31G*(d)
A partir de los resultados, realizar un análisis de:
1. Energía Total
2. Distancia y ángulos de enlace
3. Orbitales moleculares HOMO y LUMO
4. Superficie de energía potencial
5. Cargas netas atómicas
6. Modos vibracionales
METODOLOGÍA DE TRABAJO
ESTRUCTURA ELECTRÓNICA DEL AGUA.
ORBITALES FRONTERA.
HOMO: highest occupied molecular orbital.
LUMO: lowest unnocupied molecular orbital.
METODOLOGÍA DE TRABAJO
MODOS VIBRACIONALES DEL AGUA.
METODOLOGÍA DE TRABAJO
Para un sistema molecular (H2O), realizar el cálculo de optimización de geometría + frecuencia y
determinación de propiedades electrónicas al nivele de cálculo Funcional de la Densidad
(DFT)(B3LYP) usando la base de orbitales atómicos 6-31G*(d)
Cálculo: Obtención de la mínima energía
total del sistema
▪ Optimización Geométrica
(minimización de la energía)
Obtención de los modos
vibracionales de la molécula.
▪ Frecuencias.
(a partir de la estructura
optimizada)
ANÁLISIS DE RESULTADOS
• A partir del cálculo, se obtendrán dos archivos: *log y *chk
• Toda la información del cálculo se obtiene en el archivo *log
• La función de onda viene escrita en el archivo *chk
• El visualizador GaussView permite analizar los datos contenidos en los archivos (*chk):
• Resumen del cálculo
• Cargas atómicas (Mulliken)
• Análisis vibracional
• Superficies (HOMO, LUMO, ESP)
ANÁLISIS DE RESULTADOS
• GaussView
Click derecho sobre la ventana (archivo *log) Para construir superficies, se utiliza el archivo *chk
- Summary - HOMO
- Charge distribution - LUMO
- Vibrations - ESP
ANÁLISIS DE RESULTADOS
• GaussView
Para construir superficies, se utiliza el archivo *chk
- HOMO-LUMO
ANÁLISIS DE RESULTADOS
• GaussView
Edición de imagen para publicación
Para construir superficies, se utiliza el archivo *chk
- ESP
Se obtiene en base a la superposición de dos propiedades
(´densidad total de sistema y superficie ESP)
ANÁLISIS DE RESULTADOS
Distancias de enlace Angstroms
O-H1
O-H2
Ángulos de enlace Grados
H-O-H
Energía orbitales u.a. eV Kcal/mol
frontera
HOMO
LUMO
Cargas atómicas Carga
(Mulliken)
O
H
H
OBJETIVOS DE APRENDIZAJE
- Realizar de forma independiente cálculos de optimización + frecuencia de una molécula que
será asignada.
- Entrega de informe con análisis sistemático de sus datos.
METODOLOGÍA DE TRABAJO http://sobereva.com/multiwfn/
MOLÉCULAS
- Benceno - Ignacio
- Tolueno - Byron
- Fluoro-benceno – Nicole/Marisol
- Cloro-benceno - Claudio
- Benzoquinona - Javiera
ENTREGA DE REPORTE GRUPAL
Objetivo general:
Realizar un análisis comparativo de las moléculas calculadas, en términos de sus propiedades estructurales
y electrónicas.
Estructura del reporte (elaboración y entrega – 18 octubre):
- Descripción del trabajo a realizar, indicando la metodología de cálculo (nivel de cálculo), softwares
utilizados y moléculas calculadas y analizadas.
- Tabla de resultados (incluyendo datos de análisis de frecuencias).
- Figuras de HOMO, LUMO, ESP.
- Figuras LOL-π
- Discusión de resultados: comparativa en longitudes de enlace (experimental-teórica), estabilización
relativa de orbitales, densidades electrónicas de los orbitales (de acuerdo a átomos) y como cambian de
acuerdo a los sustituyentes, aromaticidad, efecto de sustituyentes en la aromaticidad.
- Interpretación de resultados en base a relaciones simples en torno a propiedades como solubilidad en
agua, polaridad (momento dipolar), absorción UV-Vis (gap HOMO-LUMO).
ANÁLISIS DE RESULTADOS http://sobereva.com/multiwfn/
Uso de Multiwfn para análisis de resultados.
1) Convertir el archivo *chk a *fchk
2) Abrir el archivo *fchk
3) Analizar aromaticidad de moléculas: LOL-π
ANÁLISIS DE RESULTADOS
Factor variable importante para la visualización:
(1) Lower and upper limit of color scale (ejemplo: 0.8; 0.88)
MAGISTER EN CIENCIAS QUIMICO BIOLOGICAS.
INFORMÁTICA APLICADA A SOLUCIONES CIENTÍFICAS
CLASE PRACTICA
CONOCIENDO EL SOFTWARE GAUSSIAN
Karina Muñoz Becerra
Doctora en Química
4 de agosto, 2023.
